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「ゲノム」とサイレントキーワードを含む研究
【情報学】人間情報学：統計数学 ／ゲノムを含む研究件
❏大規模複雑データの理論と方法論の総合的研究(15H01678)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 数理物質系, 教授 (90246679)
【キーワード】高次元データ / データサイエンス / 統計数学 / ゲノム / マイクロアレイ
【概要】高次元データのノイズを解析すると、高次元球面付近でのノイズの漸近的な振る舞いについて、高次元中心極限定理が成立することを証明した。高次元における統計量の漸近分布を導き、データ数が少ない状況でも推測の精度を保証するための、高次元小標本漸近理論を開拓した。巨大なノイズを自動除去するデータ変換を考案し、非スパースな大規模複雑データにも高次元中心極限定理を成立させる技術を開発して、これを非スパースモデリン...
❏確率分割による個人ゲノム漏洩におけるリスク評価と秘匿の方法の確立(24300109)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】間野 修平 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (20372948)
【キーワード】統計数学 / ゲノム
【概要】個人ゲノムが漏洩し，保有者が特定されると，個人情報が漏洩します．統計科学において議論されてきた個票開示リスクと相似の問題で，標本一意の秘匿済み個人ゲノムが母集団一意になる確率を抑える方法が必要です．基礎となる統計モデルは確率分割です．本研究では，これらのリスク評価と秘匿の方法の確立を目的としました．統計モデルの検討として，ゲノム上の相関を考慮したモデルの数値計算の手法を提案し，交換可能な確率分割の...
【情報学】情報学フロンティア：インターネット ／ゲノムを含む研究件
❏大規模遺伝子解析データの活用による食品成分の効果の個人差に関する包括的検討(16K14920)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子多型 / ゲノムワイド関連解析 / コーヒー / 魚食 (他14件)
【概要】個別化疾病予防のため、食品の効能に対する個人差をゲノムレベルで解明することが重要であるが、日本人集団を対象とする研究は乏しかった。本研究は食品因子と一塩基多型（SNPs）の関連の解明を目的とし、大規模日本人SNPsデータベースと食品摂取に関するアンケート調査を用いてゲノムワイド関連解析を実施した。 着目した４つの食習慣に有意に関連するSNPsを同定し、インターネットによるゲノムコホート研究が有用で...
❏モデル生物ゲノム配列情報のデータベース解析(07780585)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】中井 謙太 大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (60217643)
【キーワード】ゲノム / モデル生物 / データベース / インターネット / 配列解析
【概要】本研究では、近年特にゲノム塩基配列決定が進んでいるモデル生物遺伝子の組織特異的発現情報と、タンパク質の細胞内局在部位のデータを収集整理して、解析することを目標とした。 タンパク質の局在部位データに関しては、大腸菌と酵母をとりあげ、実験的に局在部位が決定されているタンパク質のアミノ酸配列を収集した。その結果、大腸菌は合計336のデータを、局在メカニズムに基づき、次の8つに分類した(細胞質タンパク質、...
【情報学】情報学フロンティア：アラインメント ／ゲノムを含む研究件
❏Regulatory DNA conserved between Phyla(26700030)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)
【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)
【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...
❏プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用(25540131)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (00596538)
【キーワード】プライバシー保護 / 化合物検索 / アラインメント / 隠れマルコフモデル / PPDM (他13件)
【概要】個人のゲノム情報や薬のたねとなる化合物情報などは，機密情報として取り扱うことが必要となる．一方，オープンサイエンスの立場からは，これらの情報を積極的に利用して他の情報と合わせてデータマイニングを行うことが重要である．本研究では，これらの生物分野の重要情報を秘匿したまま様々なデータマイニングを行う方法論の開発を行った．具体的には，化合物データベースの秘匿検索，隠れマルコフモデルを用いたゲノム情報の秘...
【情報学】情報学フロンティア：アルゴリズム ／ゲノムを含む研究件
❏大規模ゲノム情報解析を加速する並列計算システム(16K16145)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】笠原 雅弘 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60376605)
【キーワード】ワークフロー / 再現性 / コンテナ仮想化 / 並列計算 / パイプライン (他13件)
【概要】従来から長らく研究されてきた数値計算によるシミュレーション等の並列計算研究では演算器の利用効率が高いことが求められてきた。しかし、自然科学では発見は一度きりであり、ゲノム分野における並列計算では演算の実行よりもプログラムの作成にボトルネックが存在していることが多い。そこで、ゲノム解析に適した「composable なコンテナシステム」「学習量が少なくて済み、記述量も少ないワークフロー記述システム」...
❏多倍体生物の全ゲノム配列構築手法の開発(15H06209)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2015-08-28 - 2017-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】多倍体 / ゲノム / de novo アセンブリ / de novoアセンブリ / アルゴリズム
【概要】多倍体化は発酵用酵母や農業用植物に広く観察され、それら生物のゲノム配列情報解析からは産業上有用な知見が得られることが期待される。しかし、互いに類似した多数の相同染色体を持つ多倍体生物のゲノム配列を決定することは、効率的な新規アルゴリズムが要求される。本課題では、多倍体ゲノムの骨組みとなる構造（コンセンサス配列）および各々の相同染色体配列（ハプロタイプ）を決定するツールを開発した。 ...
❏ギガシークエンスデータの高速解析技術の開発(22700319)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】清水 佳奈 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (60367050)
【キーワード】ゲノム / ギガシークエンサー / アルゴリズム / ショートリード / 類似配列検索 (他8件)
【概要】ギガシークエンサーは,短い断片配列(リード)を大量に出力するため,高速な解析技術の開発が急務となっている.本研究では,オフセット付き鳩ノ巣原理を応用し,大量のリードから超高速に類似配列を発見するアルゴリズムSlideSortを開発した. SlideSortは従来手法と比較して,同程度のメモリで1000倍以上の速度向上を達成した.考案したアルゴリズムの応用例として,最小全域木を構築するソフトウェアの...
【情報学】情報学フロンティア：挿入 ／ゲノムを含む研究件
❏長鎖長次世代シークエンサによるイネ育種におけるゲノム動態と進化基本過程の理解(17H06246)
【研究テーマ】生産環境農学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】井澤 毅 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10263443)
【キーワード】イネ / ゲノム / MinION / 長鎖型 / 長鎖次世代シークエンサー (他16件)
【概要】長鎖型次世代ゲノムシークエンサーの一種であるMinIONを用いて、安価で、ゲノム情報を入手して、来歴のはっきりしたイネの育種におけるゲノムの変化を解析すること、植物の進化における基本過程を明らかにしようと考え、研究を進めたが、x10を超える程度のMinIONデータでは、正確にゲノム配列を決めることが不可能であることが、いろいろな既報ソフトウェアを使った解析から明らかとなった。一方で、イルミナの短鎖...
❏Regulatory DNA conserved between Phyla(26700030)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)
【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)
【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...
【情報学】情報学フロンティア：機械学習 ／ゲノムを含む研究件
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏Deep Learningを用いたデジタル病理画像からの遺伝子変異推定(16H06766)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (10776082)
【キーワード】深層学習 / デジタル病理画像 / 遺伝子変異 / 癌 / 機械学習 (他7件)
【概要】本研究では、Deep Learning（深層学習）を腫瘍のデジタル病理画像に適用することで、治療の選択に影響を与える遺伝子変異の有無を病理画像から推定し、遺伝子変異と相関する組織学的特徴を病理医が解釈可能な形で提示することを目指す。 本年度は、Deep Learningの教師データを効率よく得るために、腫瘍を含む領域・含まない領域を手動で選択するためのGUIシステム（PathologyMap）を開...
【情報学】情報学フロンティア：深層学習 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏Deep Learningを用いたデジタル病理画像からの遺伝子変異推定(16H06766)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (10776082)
【キーワード】深層学習 / デジタル病理画像 / 遺伝子変異 / 癌 / 機械学習 (他7件)
【概要】本研究では、Deep Learning（深層学習）を腫瘍のデジタル病理画像に適用することで、治療の選択に影響を与える遺伝子変異の有無を病理画像から推定し、遺伝子変異と相関する組織学的特徴を病理医が解釈可能な形で提示することを目指す。 本年度は、Deep Learningの教師データを効率よく得るために、腫瘍を含む領域・含まない領域を手動で選択するためのGUIシステム（PathologyMap）を開...
【情報学】情報学フロンティア：クロマチン相互作用 ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
【情報学】情報学フロンティア：人工知能(AI) ／ゲノムを含む研究件
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
【情報学】情報学フロンティア：統計科学 ／ゲノムを含む研究件
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
❏ゲノム網羅的薬理ゲノム研究における研究デザインとそのデータ解析法に関する研究(21890035)
【研究テーマ】人類遺伝学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】佐藤 泰憲 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (90536723)
【キーワード】ゲノム / 薬剤反応性 / 統計科学 / 遺伝疫学 / ゲノム網羅的アプローチ (他13件)
【概要】薬剤反応性の個体差の原因となる遺伝子を明らかにすることを目標として,ゲノム綱羅的薬理ゲノム研究における以下の三つの課題を統計学的視点から取り組み,新たな提案を与えた.(1)薬物動態関連遺伝子を同定するための統計手法の開発及び実データへの適用,(2)薬剤反応性遺伝子を同定するための統計手法の開発及び実データへの適用,(3)薬物動態及び遺伝子多型情報を考慮した薬効強度の予測モデルの構築.これらの研究成...
【複合領域】一般理論：差別 ／ゲノムを含む研究件
❏人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究(16H06320)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2016-05-31 - 2021-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / エスニシティ / 差別 / 遺伝子 / 環太平洋 (他17件)
【概要】本研究は、すべて人種化のプロセスとメカニズムを扱うものであり、内容的に相互に関連しつつも、以下のサブテーマに分けられる。代表者である竹沢は、それぞれのテーマにおいて、分担者らの協力を仰ぎながらリーダーシップをとっている。 ①人種主義・反人種主義の越境・転換に関する日仏共同研究、②人種化の政治経済の通文化的メカニズムに関する個人研究、③ポストゲノム時代の遺伝子検査ビジネスに関する国際共同研究、④日系...
❏人種表象の日本型グローバル研究(22222003)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / 人種主義 / エスニシティ / 表象 / 科学 (他15件)
【概要】本研究は、人種表象をめぐる地域横断型、文理融合型の国際共同研究である。代表者による編著書または共編著書、文理融合の国際共著論文等の共同研究の成果に限ると、本科研による主要な研究成果は、英語論文集2冊、日本語論文集3冊、雑誌特集号（または特集）2冊、文理融合国際共著論文1本、報告書20冊等である。このほか共催の成果として、雑誌特集号（または特集）2冊（うち1冊は英語）。2010年度から2014年度に...
【数物系科学】地球惑星科学：貝殻形成 ／ゲノムを含む研究件
❏トランスジェニック技術を用いた軟体動物貝殻形成遺伝子の機能解析(23244101)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)
【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...
❏貝穀形成に関わる遺伝子の網罹的探索:軟体動物ゲノムプロジェクトに向けて(15104009)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2003 - 2007
【研究代表者】遠藤 一佳 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (80251411)
【キーワード】進化 / 発生・分化 / 動物 / ゲノム / 遺伝子 (他12件)
【概要】本計画では,(1)貝殻形成のマスター遺伝子,(2)貝殻分泌の制御因子,(3)貝殻の左右非対称性の制御因子の単離・同定と機能の解明を通して,貝殻の進化過程や進化機構を考察することを目的とした研究を行い,以下の成果を得た. (1) 殻体形成のマスター遺伝子 転写調節因子engrailedと分泌成長因子dppのモノアラガイでの相同遺伝子の発現パターンを調べた結果engrailedは他の軟体動物と同様に貝...
【数物系科学】地球惑星科学：軟体動物 ／ゲノムを含む研究件
❏トランスジェニック技術を用いた軟体動物貝殻形成遺伝子の機能解析(23244101)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)
【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...
❏貝穀形成に関わる遺伝子の網罹的探索:軟体動物ゲノムプロジェクトに向けて(15104009)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2003 - 2007
【研究代表者】遠藤 一佳 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (80251411)
【キーワード】進化 / 発生・分化 / 動物 / ゲノム / 遺伝子 (他12件)
【概要】本計画では,(1)貝殻形成のマスター遺伝子,(2)貝殻分泌の制御因子,(3)貝殻の左右非対称性の制御因子の単離・同定と機能の解明を通して,貝殻の進化過程や進化機構を考察することを目的とした研究を行い,以下の成果を得た. (1) 殻体形成のマスター遺伝子 転写調節因子engrailedと分泌成長因子dppのモノアラガイでの相同遺伝子の発現パターンを調べた結果engrailedは他の軟体動物と同様に貝...
【数物系科学】地球惑星科学：バクテリア ／ゲノムを含む研究件
❏地球温暖化に適応するための海藻類の新品種開発手法の確立(19KT0038)
【研究テーマ】次世代の農資源利用
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2019-07-17 - 2022-03-31
【研究代表者】西辻 光希 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, スタッフサイエンティスト (60770823)
【キーワード】モズク / 共生バクテリア / モズク類 / 地球温暖化 / オキナワモズク (他12件)
【概要】NBRPバイオリソース藻類から褐藻フトモズク、イシモズクを入手し、次世代シーケンサー（Illumina MiSeqとNovaSeq）でシーケンスを行った。さらに独自手法を開発し、 Oxford Nanopore Technology minIONでのロングリードシーケンスデータの取得にも成功した。 得られたシーケンスデータを解析することにより、ドラフトゲノム配列の取得に成功した。さらに共生バクテリ...
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏バクテリア全ゲノム交換法の開発(22657040)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】田端 和仁 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50403001)
【キーワード】ゲノム / バクテリア / 再構成 / 合成生物学 / 次世代シークエンサー (他6件)
【概要】バクテリアゲノムの交換を目指し、その方法を開発する研究を行った。ゲノム交換を行うためには、宿主バクテリアのゲノムを取り除く必要がある。制限酵素の発現系を利用してゲノム破壊株の作成に成功した。さらに導入するゲノムも切断から守るため、認識部位のメチル化にも成功した。ゲノム入れ替えを試みたところ、いくつかのコロニーを得ることが出来たが、それらの持つゲノムはキメラ状態になっていることが示唆された。 ...
【生物学】生物学：遺伝子増幅 ／ゲノムを含む研究件
❏アンプリコミクス解析のための実験技術基盤の構築(23241064)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】仙波 憲太郎 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (70206663)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / 遺伝子増幅 / がん / ゲノム / 分子腫瘍学 (他7件)
【概要】がんは遺伝子の異常が原因となって生じる病気です。私たちの体の設計図である遺伝子はすべて父親と母親から一つずつもらっていますが、がん細胞の中には、遺伝子増幅と呼ばれる現象によって数倍から数十倍に多くなっている遺伝子が見つかっています。これまでの研究から、このような遺伝子（がん遺伝子）が、がんの治療や診断に利用できることがわかってきました。私たちは、遺伝子増幅が頻繁に観察される乳がんに注目し、がん遺伝...
❏リボソームRNA遺伝子における増幅誘導配列(EXP)の機能解析(17370065)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小林 武彦 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)
【キーワード】ゲノムの安定性 / リボソームRNA遺伝子 / 遺伝子増幅 / non coding RNA / DNA組換え (他19件)
【概要】ゲノムの不安定性は細胞老化や癌を引き起こす原因と考えられており、DNAを修復する機構、特に修復酵素群の働きについては、これまで遺伝学、生化学的手法により研究されてきた。リボソームRNA遺伝子(rDNA)は100コピー以上が繰り返して存在しており、リピート間での相同組換えによるコピーの脱落が頻繁に観察されるゲノム中で最も不安定な領域の1つと考えられている。しかしrDNAには、コピー数を回復させrDN...
【生物学】生物学：姉妹染色分体 ／ゲノムを含む研究件
❏姉妹染色分体間の接着形成に必須なアドヘリン複合体の分子機能の探求(18770149)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】須谷 尚史 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, COE助教 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体分配 / コヒーシン / ゲノム / 出芽酵母 (他8件)
【概要】真核生物の姉妹染色分体はコヒーシン複合体により接着されており、この接着は遺伝情報の正確な分配・継承に必須である。本研究ではコヒーシンの染色体結合が時空間的にどう制御されているかを、コヒーシンの染色体結合を司る出芽酵母Scc2 (アドヘリン)のゲノム学・生化学的解析を通じて探求した。以下の諸点が明らかとなった。 1,動原体とそれ以外の染色体部位(以下、染色体腕部)でコヒーシンの染色体結合は異なって制...
❏リボソームRNA遺伝子における増幅誘導配列(EXP)の機能解析(17370065)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小林 武彦 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)
【キーワード】ゲノムの安定性 / リボソームRNA遺伝子 / 遺伝子増幅 / non coding RNA / DNA組換え (他19件)
【概要】ゲノムの不安定性は細胞老化や癌を引き起こす原因と考えられており、DNAを修復する機構、特に修復酵素群の働きについては、これまで遺伝学、生化学的手法により研究されてきた。リボソームRNA遺伝子(rDNA)は100コピー以上が繰り返して存在しており、リピート間での相同組換えによるコピーの脱落が頻繁に観察されるゲノム中で最も不安定な領域の1つと考えられている。しかしrDNAには、コピー数を回復させrDN...
【生物学】生物学：再構成 ／ゲノムを含む研究件
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏バクテリア全ゲノム交換法の開発(22657040)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】田端 和仁 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50403001)
【キーワード】ゲノム / バクテリア / 再構成 / 合成生物学 / 次世代シークエンサー (他6件)
【概要】バクテリアゲノムの交換を目指し、その方法を開発する研究を行った。ゲノム交換を行うためには、宿主バクテリアのゲノムを取り除く必要がある。制限酵素の発現系を利用してゲノム破壊株の作成に成功した。さらに導入するゲノムも切断から守るため、認識部位のメチル化にも成功した。ゲノム入れ替えを試みたところ、いくつかのコロニーを得ることが出来たが、それらの持つゲノムはキメラ状態になっていることが示唆された。 ...
【生物学】生物学：オープンクロマチン ／ゲノムを含む研究件
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏乳がん細胞におけるＥＭＴ制御因子のシストローム解析(24501311)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80375071)
【キーワード】FAIRE-seq / シグナル伝達 / EMT / 乳がん / TGF-beta (他16件)
【概要】本研究では乳腺上皮細胞の上皮間葉転換EMTにおける遺伝子発現変化を次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより解析するとともに、オープンクロマチン領域の変化につきFAIRE-seqを用いてデータ取得を行った。その結果発現変動を受けるnon coding RNAなどの新規転写産物を同定した。このうちlncRNA-Smad7の抗アポトーシス作用を見いだした。また乳腺上皮細胞に恒常活性RASを発現させ...
【生物学】生物学：RNA修飾 ／ゲノムを含む研究件
❏生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発(15H02190)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岡本 晃充 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)
【キーワード】DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 (他19件)
【概要】われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析 ...
❏ＲＮＡ成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化(23350081)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / タンパク質 / ＲＮＡ / RNA (他12件)
【概要】本研究は、「RNA成熟システムの全体像を物理・化学的手法で包括的に理解する」ことを目標とした。申請は、３年間の短期申請で、生命の３つのドメイン（真正細菌、古細菌、真核生物）で起源生物に近い単細胞生物のRNA成熟システムを中心に調べた。RNA成熟に関わるtRNA修飾酵素、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼなどについて、X線結晶構造解析、生化学的解析を併用して、その性質を明らかにした。また、遺伝...
❏RNA修飾酵素とその基質RNA認識機構の分子進化(17613003)
【研究テーマ】極限環境生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 助教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / 生体分子 / ゲノム / 進化 (他9件)
【概要】本研究により、明らかとなった学術的知見は多岐にわたりますが、当初予定した三つの主要課題に照らし合わせつつ、記述すると下記のようになります。 (1)高温環境下の試験管内で、きちんと動作するRNA修飾系を組み立てる。 RNA修飾系において、RNAの構造安定化因子は(i)修飾ヌクレオシド自身(ii)RNA結合タンパク質(iii)ポリアミン(iv)塩類の4つであると思われます。細胞内における塩類濃度・組成...
【生物学】生物学：気質 ／ゲノムを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【生物学】基礎生物学：インシュレーター ／ゲノムを含む研究件
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏新規無毒化HSVベクターを用いた神経細胞選択的治療遺伝子デリバリーシステムの開発(16K08249)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】宮川 世志幸 日本医科大学, 医学部, 講師 (90415604)
【キーワード】ヘルペスウイルス / 遺伝子治療 / 遺伝子発現 / インシュレーター / 無毒化 (他14件)
【概要】本研究では、申請者らが開発した無毒化ヘルペスウイルス（HSV）ベクターシステムを応用して、神経特異的に治療遺伝子を送達できる新規遺伝子治療用担体の創出を目指している。同技術開発のために、本研究ではHSVゲノム上の神経特異的に転写活性化するTR領域に注目し、その遺伝子発現機構を解析した。その結果、TR領域に存在するインシュレーターが本領域からの遺伝子発現に重要な役割を果たしていること、また本制御配列...
【生物学】基礎生物学：piRNA ／ゲノムを含む研究件
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
【生物学】基礎生物学：クロマチン免疫沈降 ／ゲノムを含む研究件
❏癌における転写制御変異の統合的解析(20221009)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / がん / 転写制御 / クロマチン (他12件)
【概要】網羅的なゲノム・エピゲノム解析技術を確立するともに、癌細胞における転写制御の異常に関する統合的解析を行った。増殖、分化に関わる転写因子の標的分子の同定に加えて、ヒストン修飾、DNAメチル化、クロマチンアクセスなどエピゲノム修飾が分化や細胞老化プロセス,ウイルス感染においてダイナミックに変動することが明らかとなった。一方、肝細胞癌、膵癌をはじめとするがん細胞ゲノムに生じた体細胞変異を同定した。 ...
❏クロマチン沈降・DNAチップ法を用いたヒト転写因子標的遺伝子の網羅的同定法の開発(16681015)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)
【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)
【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...
❏癌における転写ネットワーク変異の体系的解明(16101006)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】油谷 浩幸 東大, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / 転写 / コピー数多型 / タイリングアレイ / DNAメチル化 (他16件)
【概要】癌における転写調節異常の体系的解明を行うために、SNPアレイ、タイリングアレイなどのゲノム解析技術を応用した。 1) ゲノムコピー数解析 SNPタイピングアレイを応用してアレル別にコピー数を測定する手法Genome Imbalance Mapを開発した(Ishikawa, 2005)。ヘテロ接合性の消失(LOH)や片親性ダイソミー(UPD)を判定するために有効であり、1アレル分のシグナル差を検出で...
【生物学】基礎生物学：アーキア ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱性を付与する遺伝子群の探策(16658045)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / 超好熱性 (他6件)
【概要】超好熱菌(hyperthermophile)は90℃以上でも生育可能な微生物であるが、生物がなぜこのような高温環境で生育し増殖できるのかという命題は極めて興味深い。これまでにタンパクの高い熱安定性、エーテル脂質・tRNAの特異修飾などが指摘されているが、実際には数多くの要因からなる相加的・相乗的な効果により超好熱性が達成されているものと推測される。本研究では我々が独自にゲノム解析した超好熱始原菌T...
❏超好熱始原菌における"missing gene"の同定と機能検証(16681016)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / Missing gene (他8件)
【概要】90℃以上でも生育可能な超好熱菌においては生育に必須な機構や代謝を構成する遺伝子群がそのゲノム中に見いだされても、その一部は相同性解析から全く同定できない"missing gene"となっているケースが多い。本研究では、T.kodakaraensisのゲノム情報と遺伝子操作技術により本菌の2.09Mbpゲノム上に散在する"missing gene"の同定と機能検証を...
【生物学】基礎生物学：出芽酵母 ／ゲノムを含む研究件
❏転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析(21570185)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】遺伝子 / 発現制御 / ゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム (他10件)
【概要】遺伝子発現におけるクロマチン機能に関する重要な問題の一つは、ヌクレオソームの配置決定とそのダイナミクスの機構である。本研究では、転写制御に着目し、出芽酵母ゲノム及びミニ染色体において、ヌクレオソームの配置を規定するシス因子としていくつかのDNAリピート配列を同定した。また、トランス因子としてクロマチンリモデリングIsw2複合体、ヒストン脱アセチル化酵素Rpd3、ピストンH3バリアントの機能を解析し...
❏姉妹染色分体間の接着形成に必須なアドヘリン複合体の分子機能の探求(18770149)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】須谷 尚史 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, COE助教 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体分配 / コヒーシン / ゲノム / 出芽酵母 (他8件)
【概要】真核生物の姉妹染色分体はコヒーシン複合体により接着されており、この接着は遺伝情報の正確な分配・継承に必須である。本研究ではコヒーシンの染色体結合が時空間的にどう制御されているかを、コヒーシンの染色体結合を司る出芽酵母Scc2 (アドヘリン)のゲノム学・生化学的解析を通じて探求した。以下の諸点が明らかとなった。 1,動原体とそれ以外の染色体部位(以下、染色体腕部)でコヒーシンの染色体結合は異なって制...
【生物学】基礎生物学：RNAサイレンシング ／ゲノムを含む研究件
❏RNAレベルでの遺伝子発現制御からみた植物の体制維持の理解(20370019)
【研究テーマ】植物分子生物・生理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】渡邊 雄一郎 (渡辺 雄一郎) 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (60183125)
【キーワード】植物分子機能 / 発現制御 / small RNA / RNAサイレンシング / 植物ウイルス (他21件)
【概要】植物の発生、環境応答に大きな寄与が示されている小分子RNAの機能発現を、関与するタンパク質性因子に注目した形で発現部位、局在、相互作用、動きについての解析をおこなった。miRNA,siRNAさらに植物固有に見られるtasiRNAの生合成、機能発現部位についての基本情報を得ること、さらに今後につながる研究材料の構築をすることができた。細胞質に小分子RNAによる機能発現の場として、Processing...
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
【生物学】基礎生物学：器官形成 ／ゲノムを含む研究件
❏トランスポゾンを用いた遺伝子トラップに基づく新しい生命科学研究の基盤創成(15H02370)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】川上 浩一 国立遺伝学研究所, 個体遺伝研究系, 教授 (70195048)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 遺伝学 / 神経科学 / 発生・分化 (他9件)
【概要】（１）遺伝子トラップスクリーンを実施し、さまざまな細胞・組織・器官特異的にGal4FFを発現するトランスジェニックフィッシュを多数作製した。これらの系統におけるトランスポソン挿入部位を決定した。 （２）細胞・組織・器官特異的Gal4FF発現トランスジェニックフィッシュを基に共同研究を実施し研究成果を英文論文40報として発表した。 （３）ボツリヌス毒素遺伝子を用いてGal4FF発現神経細胞の機能を効...
❏メダカ突然変異体を用いた脊椎動物器官形成の発生遺伝学的解析(14208090)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2002 - 2003
【研究代表者】武田 洋幸 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (80179647)
【キーワード】メダカ / Fgf / Wnt / 変異体 / 発生遺伝学 (他11件)
【概要】本研究では、体幹部の中胚葉組織の発生異常を示すメダカ変異体について、表現型の解析、原因遺伝子の同定を行った。また、初年度では、突然変異体を迅速に連鎖地図にマッピングするシステムも開発した。 1.変異体迅速マッピング法の開発:既存のESTマーカーから一定の基準を満たすものを選抜し,原因遺伝子の連鎖群特定を迅速に行うためのプライマーセット(M-marker)を構築した。これにより,ほとんどの変異体にお...
【生物学】基礎生物学：集団解析 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
❏温帯への分布拡大に伴うアカショウジョウバエ適応進化の実験室内再現(23370096)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】田村 浩一郎 首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00254144)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 進化 / 環境適応 / トランスクリプトーム (他13件)
【概要】本研究は、近年、分布を熱帯から温帯に急速に広げたアカショウジョウバエについて、低温環境への進化的適応の分子機構を明らかにすることを目的とした。温帯産と熱帯産の系統の間で低温耐性を比較したところ、平均して温帯産の低温耐性は熱帯産よりも高く、その大きな要因として低温順化の効果が高いことが分かった。そこで、アカショウジョウバエで低温順化によって発現量が変化する遺伝子を調べ、その発現量の変化をキイロショウ...
【生物学】基礎生物学：超好熱菌 ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱性を付与する遺伝子群の探策(16658045)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / 超好熱性 (他6件)
【概要】超好熱菌(hyperthermophile)は90℃以上でも生育可能な微生物であるが、生物がなぜこのような高温環境で生育し増殖できるのかという命題は極めて興味深い。これまでにタンパクの高い熱安定性、エーテル脂質・tRNAの特異修飾などが指摘されているが、実際には数多くの要因からなる相加的・相乗的な効果により超好熱性が達成されているものと推測される。本研究では我々が独自にゲノム解析した超好熱始原菌T...
❏超好熱始原菌における"missing gene"の同定と機能検証(16681016)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / Missing gene (他8件)
【概要】90℃以上でも生育可能な超好熱菌においては生育に必須な機構や代謝を構成する遺伝子群がそのゲノム中に見いだされても、その一部は相同性解析から全く同定できない"missing gene"となっているケースが多い。本研究では、T.kodakaraensisのゲノム情報と遺伝子操作技術により本菌の2.09Mbpゲノム上に散在する"missing gene"の同定と機能検証を...
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
【生物学】基礎生物学：tRNA ／ゲノムを含む研究件
❏初期生命が用いたタンパク質のみから構成される人工ゲノムの合成(15K16083)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】網蔵 和晃 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (60735918)
【キーワード】合成生物学 / 無細胞翻訳系 / リボソーム / tRNA / リポソーム (他10件)
【概要】本研究は、人工ゲノム構築に不可欠である関連遺伝子の追究から、それらの基盤技術の発展に貢献する研究である。本研究では、無細胞翻訳系中で複数種類のタンパク質が協働することで所望の機能が発揮される系の開発を行なった。特に、リボソーム関連遺伝子に着目したが、それ以外の遺伝子を用いた系の開発も行った。リコンビナントタンパク質を用いたリボソームの試験管内再構成系は、生合成因子を用いることで、よりリボソームの再...
❏ＲＮＡ成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化(23350081)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / タンパク質 / ＲＮＡ / RNA (他12件)
【概要】本研究は、「RNA成熟システムの全体像を物理・化学的手法で包括的に理解する」ことを目標とした。申請は、３年間の短期申請で、生命の３つのドメイン（真正細菌、古細菌、真核生物）で起源生物に近い単細胞生物のRNA成熟システムを中心に調べた。RNA成熟に関わるtRNA修飾酵素、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼなどについて、X線結晶構造解析、生化学的解析を併用して、その性質を明らかにした。また、遺伝...
❏RNA修飾酵素とその基質RNA認識機構の分子進化(17613003)
【研究テーマ】極限環境生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 助教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / 生体分子 / ゲノム / 進化 (他9件)
【概要】本研究により、明らかとなった学術的知見は多岐にわたりますが、当初予定した三つの主要課題に照らし合わせつつ、記述すると下記のようになります。 (1)高温環境下の試験管内で、きちんと動作するRNA修飾系を組み立てる。 RNA修飾系において、RNAの構造安定化因子は(i)修飾ヌクレオシド自身(ii)RNA結合タンパク質(iii)ポリアミン(iv)塩類の4つであると思われます。細胞内における塩類濃度・組成...
【生物学】基礎生物学：ゲノム進化 ／ゲノムを含む研究件
❏マウス腸内細菌におけるゲノム変異速度の解明(21K15065)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】高安 伶奈 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (20814833)
【キーワード】腸内細菌 / ゲノム / 進化 / 寿命 / ゲノム進化 (他7件)
【概要】本申請は、腸内細菌が宿主由来の環境圧の下でどのよう にゲノム変異してきたのか、をテーマにし、培養した複数細菌株を無菌マウスに植え、食事条件を変えたグループでトラックする計画を立てている。本年は、2021年4月以降に発表された既報告(Yilmaz et al. Cell Host & Microbe, 2021)を考慮し、無菌動物実験のための細菌培養を継続しつつ、より現実の腸内細菌叢に近いS...
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
【生物学】基礎生物学：遺伝情報 ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
❏DNAの高次構造と物理的特性に印された遺伝情報の解読(18570165)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】大山 隆 早稲田大学, 教育・総合科学学術院, 教授 (60268513)
【キーワード】遺伝情報 / DNA高次構造 / ゲノム / DNAの物理的特性 / クロマチン (他6件)
【概要】I.ベントDNAが担う遺伝情報の解析 T20は、負の超らせんを擬態した180塩基対の合成ベントDNAである。我々はこれまでに、HeLa細胞のゲノム内でT20がクロマチンを制御して転写を活性化できることを明らかにしていた。本研究では、T20をもつレポーターをマウスES細胞のゲノムに導入し、ES細胞におけるその機能と細胞分化がその機能に及ぼす影響について解析した。その結果、T20はマウスES細胞内でも...
【生物学】基礎生物学：シロアリ ／ゲノムを含む研究件
❏シロアリ類における不妊化遺伝子の進化(16K18591)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 助教 (70626803)
【キーワード】シロアリ / 遺伝子 / 進化 / 社会性 / 連鎖解析 (他9件)
【概要】シロアリは、多数の個体が集合して社会を形成する。その社会では個体間での分業がおこなわれており、繁殖に専念する繁殖個体（女王・王）や、繁殖をせずに他個体への給餌等の利他行動を行う非繁殖個体（ワーカーなど）などが存在する。本研究ではシロアリの分業に関わる遺伝子、とくに非繁殖個体の個体発生に関わる遺伝子（不妊化遺伝子）を同定するため、交配実験や全ゲノム情報を利用した解析をおこなった。その結果、不妊化遺伝...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
【生物学】基礎生物学：集団遺伝 ／ゲノムを含む研究件
❏「魔法形質」による種分化過程の解明と理論構築(18H02509)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細 将貴 早稲田大学, 教育・総合科学学術院, 准教授 (80557695)
【キーワード】種分化 / ゲノム / リシーケンス / GWAS / 集団遺伝
【概要】本研究は、適応と生殖隔離の両方に作用する「魔法形質」としてすぐれて単純な機構であるカタツムリの巻型の進化を、分子生態学的アプローチと数理生物学的アプローチによって深く追究することを目的とする。我々は、台湾南東部において実施した広域の細密サンプリングによって収集した約1500サンプルに対し、MIG-seq法によって膨大なシーケンスデータを取得した。また、31の代表的なサンプルに対してはリシーケンスデ...
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
【生物学】基礎生物学：分類学 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価(16K07859)
【研究テーマ】水圏生産科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
【キーワード】交雑 / 遺伝子浸透 / 集団遺伝学 / 集団ゲノム学 / 一塩基多型 (他17件)
【概要】大型二枚貝のタイラギは，貝殻表現型に基づき有鱗型と無鱗型に分けられる。しかし両種の同所分布域（瀬戸内海）では、形態が不明瞭な中間型個体が頻繁に観察される。このような個体は、種間交雑と，それに続く遺伝子浸透（雑種F1を介した種間の遺伝子交換）により生じていると考えられるが，十分な検証がなされていない。そこで本研究では，核DNAの一塩基多型解析により、有隣型－無鱗型間の交雑・遺伝子浸透を調べた。その結...
❏Bacteroidales目細菌の窒素固定と水素利用の新機能の解明(26292047)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】大熊 盛也 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 室長 (10270597)
【キーワード】微生物機能 / 窒素固定 / 水素代謝 / 共生 / シングルセルゲノム (他18件)
【概要】Bacteroidales目細菌において、窒素固定あるいは古細菌の水素代謝に関連する遺伝子をゲノム上に有する細菌種を見出し、培養株で活性を検出した。シロアリ腸内の窒素固定と水素利用還元的酢酸生成に働く細菌として、セルロース分解性原生生物の細胞内共生スピロヘータを同定した。この細胞内共生細菌と原生生物の細胞表層に共生するBacteroidales目細菌２種について、シングルセルゲノム解析で機能と共生...
【生物学】基礎生物学：進化生物学 ／ゲノムを含む研究件
❏スーパージーンが制御する擬態紋様形成機構の解明(15H05778)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31
【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)
【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)
【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
【生物学】基礎生物学：ゲノミクス ／ゲノムを含む研究件
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
【生物学】基礎生物学：種分化 ／ゲノムを含む研究件
❏「魔法形質」による種分化過程の解明と理論構築(18H02509)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細 将貴 早稲田大学, 教育・総合科学学術院, 准教授 (80557695)
【キーワード】種分化 / ゲノム / リシーケンス / GWAS / 集団遺伝
【概要】本研究は、適応と生殖隔離の両方に作用する「魔法形質」としてすぐれて単純な機構であるカタツムリの巻型の進化を、分子生態学的アプローチと数理生物学的アプローチによって深く追究することを目的とする。我々は、台湾南東部において実施した広域の細密サンプリングによって収集した約1500サンプルに対し、MIG-seq法によって膨大なシーケンスデータを取得した。また、31の代表的なサンプルに対してはリシーケンスデ...
❏「魔法形質」による種分化の分子進化過程(26711024)
【研究テーマ】生物多様性・分類
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】細 将貴 京都大学, 白眉センター, 特定助教 (80557695)
【キーワード】種分化 / 進化 / ゲノム / 系統地理 / 遺伝子 (他8件)
【概要】適応と生殖隔離の両方に同時に影響する形質である「魔法形質」は、すぐれて単純な種分化の機構として知られている。そのなかでも「カタツムリの巻型」は、形質状態がひとつの遺伝子で決定されるという点において特異な利点を持つ。本研究課題は、台湾東南部に分布するSatsuma属カタツムリの左巻き種群を対象に、巻型の進化過程を生態調査、系統地理学的解析、および交配実験によってあきらかにし、その結果をもとに巻型遺伝...
【生物学】基礎生物学：生殖 ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【生物学】基礎生物学：社会性 ／ゲノムを含む研究件
❏シロアリ類における不妊化遺伝子の進化(16K18591)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 助教 (70626803)
【キーワード】シロアリ / 遺伝子 / 進化 / 社会性 / 連鎖解析 (他9件)
【概要】シロアリは、多数の個体が集合して社会を形成する。その社会では個体間での分業がおこなわれており、繁殖に専念する繁殖個体（女王・王）や、繁殖をせずに他個体への給餌等の利他行動を行う非繁殖個体（ワーカーなど）などが存在する。本研究ではシロアリの分業に関わる遺伝子、とくに非繁殖個体の個体発生に関わる遺伝子（不妊化遺伝子）を同定するため、交配実験や全ゲノム情報を利用した解析をおこなった。その結果、不妊化遺伝...
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
【生物学】人類学：縄文 ／ゲノムを含む研究件
❏プレ・アイヌ期の人類集団を捉え直す：北海道先史時代人骨についての総合的研究(17H03737)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】安達 登 山梨大学, 大学院総合研究部, 教授 (60282125)
【キーワード】プレアイヌ / オホーツク文化 / 擦文文化 / 縄文 / ゲノム (他11件)
【概要】研究期間中に、査読つき英文論文6編、査読つき和文論文5編を出版した。成果の中で特筆すべきものとして、江戸時代アイヌのミトコンドリアDNAについて世界初の論文を公表したことが挙げられる。この研究で、アイヌは縄文時代人の遺伝的特徴を色濃く受け継ぐ他に、シベリア先住民族および本州日本人の遺伝的影響も想像以上に大きいことが明らかとなり、日本列島人の成立を説明する二重構造モデルに一部修正が必要なことを初めて...
❏琉球諸島と北部九州のヒト集団比較ゲノム解析～日本人の形成と環境適応の解明に向けて(24370099)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
【キーワード】ヒト / 日本列島 / ゲノム / 混血 / 琉球 (他22件)
【概要】本研究は「日本人の起源」を生物学的に検証する目的で詳細なサンプリングとゲノム解析をおこなった。その結果、日本人の集団構造をより高い解像度で明らかにした。【詳細】1.　琉球諸島住民のゲノム解析の結果、①琉球諸島は本土日本とは異なるクラスターを形成し、②石垣島で最近発見された1万7千年前の人骨と現在の先島諸島住民との遺伝的継続性は否定された（Sato et al. 2014）。2.　アイヌ、漢民族、本...
【生物学】人類学：縄文時代 ／ゲノムを含む研究件
❏考古学・人類学・文化財科学の学際的研究による縄文社会論の再構築(18H03593)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】山田 康弘 東京都立大学, 人文科学研究科, 教授 (40264270)
【キーワード】考古学 / 人類学 / 学際的研究 / 出土人骨 / 縄文時代 (他14件)
【概要】2020年度は、コロナ禍のために、資料へのアクセスが不可能となったものも多く、研究そのものの進捗状況は決して芳しいものではなかった。そのような中でも、昨年度サンプリングを実施した愛知県伊川津貝塚出土人骨5体から、遺存状態のよいDNAを採取することができた。これらの事例は、年代測定の結果時期的に晩期後半にまとまり、同じ埋葬姿勢をとり、一つの埋葬小群を構成するものであり、今後の解析が順調に進めば、縄文...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
【生物学】人類学：縄文人 ／ゲノムを含む研究件
❏糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング(21K19289)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2023-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / ゲノム / 縄文人 / 摂食物 / 次世代シークエンサー
【概要】鳥浜貝塚遺跡から出土した糞石をもちいた次世代シークエンサ（NGS）によるPCRアンプリコン・シークエンス法で、科レベル（イネ科、ナスか、セリ科など）、属レベル（ネギ属など）、種レベル（ダイズ、ニンニクなど）で現代の私達が食品としてもちいている植物が検出された。またその周辺土壌からDNAを抽出した同様の手法での実験では、ほとんどのリードがイネ科ヨシ属として検出された。これらの結果から、PCRアンプリ...
❏縄文人iPS細胞の構築とその応用に向けた研究(21H04779)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2021-04-05 - 2025-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】iPS細胞 / 縄文人 / ゲノム / トランスクリプトーム解析 / オルガノイド
【概要】
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
【生物学】人類学：形態 ／ゲノムを含む研究件
❏表現型可塑性：生態学と分子発生学の統合的研究(23247004)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】西村 欣也 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 准教授 (30222186)
【キーワード】エゾサンショウウオ / 表現型可塑性 / トランスクリプトーム解析 / 表現型多形 / ゲノム (他13件)
【概要】北海道の固有種であるエゾサンショウウオ(Hynobius retardatus)の幼生は、捕食者生物、餌生物、同種幼生の存在に呼応して生態学的機能を有する表現型可塑性を示す。そのため、進化生態学、発生生物学を融合する研究の優れたモデル生物である。 本研究では、エゾサンショウウオ幼生が捕食者生物存在下、餌生物存在下で可塑的に発現される形態変化について、幾何学的形態解析法を用いて定量的に明らかにし、そ...
❏ゲノム育種によりトラフグの優良品種作出をめざす(20228003)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】鈴木 譲 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】遺伝育種 / トラフグゲノム / 耐病性 / 体サイズ / 行動 (他13件)
【概要】全ゲノムが解読された最初の食用魚であるトラフグを用いて,有用形質を支配する遺伝子の特定めざした.トラフグとクサフグなどの種間交雑を進めて解析することにより,体サイズ,脊椎骨数,鱗の有無,寄生虫耐性,警戒心の強さ,淡水適応能力に関する遺伝子の染色体上の位置が特定され,ゲノム情報に基づく優良個体選抜育種への道筋をつけることができた.また,性決定遺伝子の特定に成功し,雄の価値が高いこの魚における性制御技...
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
【生物学】人類学：形態進化 ／ゲノムを含む研究件
❏トランスジェニック技術を用いた軟体動物貝殻形成遺伝子の機能解析(23244101)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)
【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
【生物学】人類学：摂食物 ／ゲノムを含む研究件
❏糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング(21K19289)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2023-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / ゲノム / 縄文人 / 摂食物 / 次世代シークエンサー
【概要】鳥浜貝塚遺跡から出土した糞石をもちいた次世代シークエンサ（NGS）によるPCRアンプリコン・シークエンス法で、科レベル（イネ科、ナスか、セリ科など）、属レベル（ネギ属など）、種レベル（ダイズ、ニンニクなど）で現代の私達が食品としてもちいている植物が検出された。またその周辺土壌からDNAを抽出した同様の手法での実験では、ほとんどのリードがイネ科ヨシ属として検出された。これらの結果から、PCRアンプリ...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
【生物学】人類学：分子進化 ／ゲノムを含む研究件
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
❏ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション(16570138)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】由良 敬 独立行政法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究副主幹 (50252226)
【キーワード】DNA修復タンパク質 / ゲノム / データベース / MutT / RuvA (他9件)
【概要】ゲノム塩基配列から推定されるアミノ酸配列がどのような機能のタンパク質であるかを知ることが、ゲノム生物学の重要な課題である。各タンパク質の機能同定を実験的に行うには、機能未知タンパク質のアミノ酸配列情報が膨大であるため、コンピュータによる機能の推定が重要となる。本研究課題では、タンパク質の機能を担うアミノ酸残基をシミュレーションなどで同定し、その残基の進化的保存性から共通祖先由来タンパク質の機能類似...
【生物学】人類学：寒冷適応 ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【生物学】人類学：糞石 ／ゲノムを含む研究件
❏糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング(21K19289)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2023-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / ゲノム / 縄文人 / 摂食物 / 次世代シークエンサー
【概要】鳥浜貝塚遺跡から出土した糞石をもちいた次世代シークエンサ（NGS）によるPCRアンプリコン・シークエンス法で、科レベル（イネ科、ナスか、セリ科など）、属レベル（ネギ属など）、種レベル（ダイズ、ニンニクなど）で現代の私達が食品としてもちいている植物が検出された。またその周辺土壌からDNAを抽出した同様の手法での実験では、ほとんどのリードがイネ科ヨシ属として検出された。これらの結果から、PCRアンプリ...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
【生物学】人類学：多型 ／ゲノムを含む研究件
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏キノコ類のゲノム多様性からヒト進化の新知見を得るための試行的研究(24657171)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム / キノコ類 / 次世代シーケンサー / 多型 / 人類進化 (他10件)
【概要】ヒトと密接な関係にあった生物種のゲノム情報は、ヒトゲノム解析のみでは伺いしることの出来なかった、人類進化に関する貴重な情報を与えてくれる。本課題では、ヒトが古くから食料や医薬品などとして利用してきたキノコ類のゲノム情報からヒトの進化に関する知見を引き出す基盤を整備するべく、菌根菌の一種であるLactirus volumesを対象に、全ゲノム塩基配列解析への利用を目標としたDNA抽出法の検討、および...
❏低頻度の遺伝子多型に着目した血中脂質量多様性の人類遺伝学的研究(21687021)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 助教 (90433581)
【キーワード】遺伝子 / 多型 / 人類 / 進化 / 中性脂肪 (他10件)
【概要】本研究では、生活習慣の異なるアジア・太平洋地域の人類集団について、血清脂質量と関連する遺伝子多型・変異を調査し、その人類生物学的意義を探った。その結果、1)脂肪酸不飽和化酵素遺伝子の多型が血中脂質量に及ぼす効果が、モンゴル人と日本人で劇的に異なっており、これが食事中の不飽和脂肪酸組成の差異に起因する可能性を見出した。2)高脂血症抵抗性多型であるMLXIPL遺伝子のGln241His多型が、中央アジ...
【生物学】人類学：進化 ／ゲノムを含む研究件
❏小区分43050:ゲノム生物学関連(0)
【研究テーマ】2019
【研究種目】ゲノム
【研究期間】トランスポゾン
【研究代表者】small RNA
【キーワード】進化
【概要】本申請は、腸内細菌が宿主由来の環境圧の下でどのよう にゲノム変異してきたのか、をテーマにし、培養した複数細菌株を無菌マウスに植え、食事条件を変えたグループでトラックする計画を立てている。本年は、2021年4月以降に発表された既報告(Yilmaz et al. Cell Host & Microbe, 2021)を考慮し、無菌動物実験のための細菌培養を継続しつつ、より現実の腸内細菌叢に近いS...
❏腸管出血性大腸菌の出現機構の全容解明ー制御法開発のための基盤構築(20H03486)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 久留米大学, 医学部, 教授 (40363585)
【キーワード】腸管出血性大腸菌 / ゲノム / 進化 / 志賀毒素 / 病原性
【概要】腸管出血性大腸菌は、志賀毒素(shiga toxin: Stx)と３型分泌装置を主な病原因子として保持しており、それぞれStxファージとLEE領域（可動性遺伝因子）にコードされている。さらに、ファージやプラスミド上に多数の病原因子が同定されている。我々は、ウシ常在大腸菌には、StxやLEEと共に多数の病原因子が蓄積していることを見出しており、それらの病原因子が強調して働くことでウシ腸内での生存に役...
❏C.elegans姉妹種を用いた小分子RNAによるトランスポゾン制御機構の解明(19H03212)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)
【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...
【生物学】人類学：多様性 ／ゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏サンゴに共生する褐虫藻核ゲノムのエピゲノミクス(16K07454)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
【キーワード】渦鞭毛藻 / サンゴ / 紫外線吸収物質 / 褐虫藻 / ゲノム (他16件)
【概要】サンゴに共生する渦鞭毛藻類の褐虫藻Symbiodiniaceaeは、少なくとも15のグループに分けることができるが、そのゲノム多様性やエピゲノムに関する研究は進んでいない。本研究では褐虫藻2種の全ゲノム配列（767 Mbと705 Mb）を決定した。比較解析により、二次共生により紅藻から獲得したと考えられる遺伝子の重複や損失が褐虫藻の多様化に影響してきたことを明らかにした。解読した褐虫藻ゲノムを利用...
❏聴覚システムの適応進化：比較omics解析による責任遺伝子の探索と解析(26430181)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】峯田 克彦 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (40374615)
【キーワード】聴覚 / 進化 / 多様性 / 適応 / 環境 (他7件)
【概要】聴覚は、動物が外部環境を音として認識する感覚であり、コミュニケーションや外敵の察知などに機能する。特に哺乳動物は非常に高次で多様な聴覚機能を有することが知られており、その進化・適応メカニズムの解明は動物全体の進化・多様性を理解する上で不可欠な知見である。一方で、聴覚を担う機械受容システムは特定の責任遺伝子が明確でなく、システム自体の複雑さのために視覚などの 他の感覚器と比較して進化や多様性の研究は...
【生物学】人類学：人類学 ／ゲノムを含む研究件
❏考古学・人類学・文化財科学の学際的研究による縄文社会論の再構築(18H03593)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】山田 康弘 東京都立大学, 人文科学研究科, 教授 (40264270)
【キーワード】考古学 / 人類学 / 学際的研究 / 出土人骨 / 縄文時代 (他14件)
【概要】2020年度は、コロナ禍のために、資料へのアクセスが不可能となったものも多く、研究そのものの進捗状況は決して芳しいものではなかった。そのような中でも、昨年度サンプリングを実施した愛知県伊川津貝塚出土人骨5体から、遺存状態のよいDNAを採取することができた。これらの事例は、年代測定の結果時期的に晩期後半にまとまり、同じ埋葬姿勢をとり、一つの埋葬小群を構成するものであり、今後の解析が順調に進めば、縄文...
❏人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究(16H06320)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2016-05-31 - 2021-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / エスニシティ / 差別 / 遺伝子 / 環太平洋 (他17件)
【概要】本研究は、すべて人種化のプロセスとメカニズムを扱うものであり、内容的に相互に関連しつつも、以下のサブテーマに分けられる。代表者である竹沢は、それぞれのテーマにおいて、分担者らの協力を仰ぎながらリーダーシップをとっている。 ①人種主義・反人種主義の越境・転換に関する日仏共同研究、②人種化の政治経済の通文化的メカニズムに関する個人研究、③ポストゲノム時代の遺伝子検査ビジネスに関する国際共同研究、④日系...
❏顔形状を規定するゲノム変異の網羅的探索によるゲノム・モンタージュ技術の開発(16H01752)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
【キーワード】ゲノム多型 / 顔形状 / モンタージュ / 人類学 / 情報システム (他9件)
【概要】一卵性双生児はよく似た顔をしていることから、ヒトの顔形状には遺伝要因が強く働いていると考えられる。そこで本研究では、ゲノム情報と顔形状データを大規模に収集・解析することにより、顔形状の個人差を規定する遺伝要因の解明をめざした。日本人ボランティアに対する測定会を実施し、双生児ときょうだい合計186名について顔3D形状の測定とゲノム多型解析を実施した。これを用いて顔形状のさまざまな部位における遺伝率を...
【生物学】人類学：弥生人 ／ゲノムを含む研究件
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏琉球諸島と北部九州のヒト集団比較ゲノム解析～日本人の形成と環境適応の解明に向けて(24370099)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
【キーワード】ヒト / 日本列島 / ゲノム / 混血 / 琉球 (他22件)
【概要】本研究は「日本人の起源」を生物学的に検証する目的で詳細なサンプリングとゲノム解析をおこなった。その結果、日本人の集団構造をより高い解像度で明らかにした。【詳細】1.　琉球諸島住民のゲノム解析の結果、①琉球諸島は本土日本とは異なるクラスターを形成し、②石垣島で最近発見された1万7千年前の人骨と現在の先島諸島住民との遺伝的継続性は否定された（Sato et al. 2014）。2.　アイヌ、漢民族、本...
【工学】プロセス・化学工学：ヒストン ／ゲノムを含む研究件
❏生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発(15H02190)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岡本 晃充 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)
【キーワード】DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 (他19件)
【概要】われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析 ...
❏統合ゲノム解析による大腸癌におけるヒストンメチル基転移酵素の機能解析(23310137)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古川 洋一 東京大学, 医科学研究所, 教授 (20272560)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / ゲノム / 大腸がん / ヒストン / メチル基転移酵素 (他6件)
【概要】我々は、siRNAを用いた遺伝子発現解析により、SMYD3が直接制御する下流遺伝子群の同定を行った。その結果、SMYD3によって発現増加する1543遺伝子を同定し、それらが126個の転写因子で調節されている可能性を示唆していた。更にSMYD3抗体を用いたChIP on chipデータも加えた統合解析により、SMYD3が直接制御する110個の遺伝子を同定した。またインシリコ解析により、SMYD3の発...
❏転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析(21570185)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】遺伝子 / 発現制御 / ゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム (他10件)
【概要】遺伝子発現におけるクロマチン機能に関する重要な問題の一つは、ヌクレオソームの配置決定とそのダイナミクスの機構である。本研究では、転写制御に着目し、出芽酵母ゲノム及びミニ染色体において、ヌクレオソームの配置を規定するシス因子としていくつかのDNAリピート配列を同定した。また、トランス因子としてクロマチンリモデリングIsw2複合体、ヒストン脱アセチル化酵素Rpd3、ピストンH3バリアントの機能を解析し...
【工学】プロセス・化学工学：1細胞ゲノミクス ／ゲノムを含む研究件
❏未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明(20H02897)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / メタゲノミクス / 1細胞ゲノミクス / 腸内微生物 / 1細胞トランスクリプトミクス (他10件)
【概要】本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が...
❏1細胞ゲノムの非増幅シーケンスによる未培養微生物の完全長ゲノム取得(19K22089)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / NGS / ゲノム / １細胞ゲノミクス / マイクロ流体デバイス
【概要】環境に存在する微生物の99%は実験室で培養できない。これら未培養微生物の理解には、ゲノムの直接解析が有用である。特に、細胞１つからゲノム配列を解読する「シングルセルゲノミクス」は、多様な微生物集団から個別のゲノム情報を得られる点で有効だが、従来法ではゲノム解読精度に課題があった。本研究では、従来法では困難であった、細胞１つからゲノムを解読し、その配列情報を１本のコンプリートゲノムへと再構成する技術...
【工学】土木工学：下水 ／ゲノムを含む研究件
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏水環境中の未知ウイルス発見のための選択的メタゲノム解析技術の開発(15H04065)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】真砂 佳史 国際連合大学サステイナビリティ高等研究所, サステイナビリティ高等研究所, リサーチフェロー (50507895)
【キーワード】ウイルス / 下水 / メタゲノム解析 / ゲノム解析 / シーケンシング (他10件)
【概要】本研究は効率的な新興病原ウイルスの発見に適した検出手法の開発を目標とした。下水中のウイルスゲノム群から解析対象のゲノムのみを選択的に回収し，次世代シーケンシング法によりその塩基配列を決定することで，下水中の存在量が低いウイルスであってもゲノム解析を可能にする手法を開発した。また，下水中のウイルスを対象としたメタゲノム解析を行い，得たほとんどの配列がデータベースに近縁配列がないことを確認した。メタゲ...
【工学】土木工学：土木環境システム ／ゲノムを含む研究件
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏水環境中の未知ウイルス発見のための選択的メタゲノム解析技術の開発(15H04065)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】真砂 佳史 国際連合大学サステイナビリティ高等研究所, サステイナビリティ高等研究所, リサーチフェロー (50507895)
【キーワード】ウイルス / 下水 / メタゲノム解析 / ゲノム解析 / シーケンシング (他10件)
【概要】本研究は効率的な新興病原ウイルスの発見に適した検出手法の開発を目標とした。下水中のウイルスゲノム群から解析対象のゲノムのみを選択的に回収し，次世代シーケンシング法によりその塩基配列を決定することで，下水中の存在量が低いウイルスであってもゲノム解析を可能にする手法を開発した。また，下水中のウイルスを対象としたメタゲノム解析を行い，得たほとんどの配列がデータベースに近縁配列がないことを確認した。メタゲ...
【工学】土木工学：マイノリティ ／ゲノムを含む研究件
❏人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究(16H06320)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2016-05-31 - 2021-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / エスニシティ / 差別 / 遺伝子 / 環太平洋 (他17件)
【概要】本研究は、すべて人種化のプロセスとメカニズムを扱うものであり、内容的に相互に関連しつつも、以下のサブテーマに分けられる。代表者である竹沢は、それぞれのテーマにおいて、分担者らの協力を仰ぎながらリーダーシップをとっている。 ①人種主義・反人種主義の越境・転換に関する日仏共同研究、②人種化の政治経済の通文化的メカニズムに関する個人研究、③ポストゲノム時代の遺伝子検査ビジネスに関する国際共同研究、④日系...
❏人種表象の日本型グローバル研究(22222003)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / 人種主義 / エスニシティ / 表象 / 科学 (他15件)
【概要】本研究は、人種表象をめぐる地域横断型、文理融合型の国際共同研究である。代表者による編著書または共編著書、文理融合の国際共著論文等の共同研究の成果に限ると、本科研による主要な研究成果は、英語論文集2冊、日本語論文集3冊、雑誌特集号（または特集）2冊、文理融合国際共著論文1本、報告書20冊等である。このほか共催の成果として、雑誌特集号（または特集）2冊（うち1冊は英語）。2010年度から2014年度に...
【工学】総合工学：マイクロ・ナノデバイス ／ゲノムを含む研究件
❏「その場」実験マイクロデバイスによるシングルセル・エピジェネティクス解析技術開発(25286035)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】小穴 英廣 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (20314172)
【キーワード】ゲノム / DNA / マイクロ流体デバイス / バイオテクノロジー / マイクロ・ナノデバイス (他7件)
【概要】本研究において、我々は個々の細胞から染色体/クロマチンを単離し、エピゲノム解析するための新たな手法を開発した。即ち、顕微鏡下で細胞から染色体/クロマチンを断片化させずに単離し、溶液条件を制御することで染色体/クロマチンを解きほぐしてクロマチンファイバーとし、これを展開して直線状の形態を取らせる事のできるマイクロ流体デバイスを開発した。このマイクロデバイス内では、取り出した染色体/クロマチンに対する...
❏シングルセル解析を目指したゲノムDNA単分子操作・解析マイクロデバイス開発(22310080)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】小穴 英廣 東京大学, 大学院・工学系研究科, 准教授 (20314172)
【キーワード】DNA / ゲノム / ナノバイオ / マイクロ / ナノデバイス (他8件)
【概要】本研究において、我々は個々の細胞からクロマチンファイバーを単離し、解析するための新たな手法を開発した。即ち、上記を実現するため、マイクロ流体デバイスおよびクロマチンファイバー操作技術を新たに開発した。ここで開発した手法は、個々の細胞中のクロマチンファイバーの後天的修飾について直接調べる手法への応用が期待される。 ...
【工学】総合工学：モデル化 ／ゲノムを含む研究件
❏環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発(25252002)
【研究テーマ】遺伝育種科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩田 洋佳 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (00355489)
【キーワード】イネ / 出穂 / 収量構成要素 / ゲノミックセレクション / 作物生育モデル (他15件)
【概要】イネの環境応答の主要因である出穂の早晩、および、その影響を受けて変化する収量構成要素を対象形質として、その環境応答のパターンについて遺伝と環境の両面からのモデル化にとりくんだ。出穂の早晩については、作物モデルとゲノミックセレクションのモデルを組合せ、出穂関連遺伝子のもつDNA多型の遺伝子型、および、栽培をしている環境における温度と日長を入力として、未試験の品種・系統の出穂日を予測するモデルの構築に...
❏プロモーター配列の設計(22240032)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
【キーワード】プロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 (他9件)
【概要】与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複し...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
【総合生物】生物科学：MinION ／ゲノムを含む研究件
❏長鎖長次世代シークエンサによるイネ育種におけるゲノム動態と進化基本過程の理解(17H06246)
【研究テーマ】生産環境農学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】井澤 毅 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10263443)
【キーワード】イネ / ゲノム / MinION / 長鎖型 / 長鎖次世代シークエンサー (他16件)
【概要】長鎖型次世代ゲノムシークエンサーの一種であるMinIONを用いて、安価で、ゲノム情報を入手して、来歴のはっきりしたイネの育種におけるゲノムの変化を解析すること、植物の進化における基本過程を明らかにしようと考え、研究を進めたが、x10を超える程度のMinIONデータでは、正確にゲノム配列を決めることが不可能であることが、いろいろな既報ソフトウェアを使った解析から明らかとなった。一方で、イルミナの短鎖...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
【総合生物】ゲノム科学：腫瘍内多様性 ／ゲノムを含む研究件
❏悪性神経膠腫のゲノム・エピゲノム変化による腫瘍進化機構の解明と新規標的療法の開発(26293321)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】武笠 晃丈 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (90463869)
【キーワード】悪性神経膠腫 / ゲノム / エピゲノム / 腫瘍内多様性 / 治療抵抗性
【概要】神経膠腫の悪性化機序を理解し、これに対応した治療戦略を構築するため、次世代シークエンサーなどを用いたオミクス解析技術を駆使し、再発・悪性転化を遂げた神経膠腫の初発・再発時の計122腫瘍検体の比較解析を行った。悪性転化に伴うメチル化の変化では、G-CIMPの特定のゲノムDAN領域の脱メチルが特徴的であった。これら脱メチル化領域は遺伝子の転写調整には無関係である部位に多かった。悪性化に伴い発現変化して...
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
【総合生物】ゲノム科学：生体高分子構造・機能 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】ゲノム科学：Mcmヘリカーゼ ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析(25290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / アセチル化 / Esco / 姉妹染色分体間接着 / DNA複製 (他11件)
【概要】ヒトでは２つのコヒーシンアセチル化酵素、Esco1、Esco2の存在が知られているが、其々の役割については不明である。Esco1はコヒーシンサブユニットPds5と直接結合し、この結合が染色体上のコヒーシンへの局在とアセチル化に重要であることを示した。さらに、分裂期のEsco1のリン酸化がPds5との結合を阻害することを示した。また、Esco2は、Esco1とは別の経路を介し、DNA複製因子Mcmと...
【総合生物】ゲノム科学：染色体構築・機能・分配 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】ゲノム科学：遺伝情報複製・再編 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】ゲノム科学：de novoアセンブリ ／ゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏多倍体生物の全ゲノム配列構築手法の開発(15H06209)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2015-08-28 - 2017-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】多倍体 / ゲノム / de novo アセンブリ / de novoアセンブリ / アルゴリズム
【概要】多倍体化は発酵用酵母や農業用植物に広く観察され、それら生物のゲノム配列情報解析からは産業上有用な知見が得られることが期待される。しかし、互いに類似した多数の相同染色体を持つ多倍体生物のゲノム配列を決定することは、効率的な新規アルゴリズムが要求される。本課題では、多倍体ゲノムの骨組みとなる構造（コンセンサス配列）および各々の相同染色体配列（ハプロタイプ）を決定するツールを開発した。 ...
【総合生物】ゲノム科学：Esco ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析(25290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / アセチル化 / Esco / 姉妹染色分体間接着 / DNA複製 (他11件)
【概要】ヒトでは２つのコヒーシンアセチル化酵素、Esco1、Esco2の存在が知られているが、其々の役割については不明である。Esco1はコヒーシンサブユニットPds5と直接結合し、この結合が染色体上のコヒーシンへの局在とアセチル化に重要であることを示した。さらに、分裂期のEsco1のリン酸化がPds5との結合を阻害することを示した。また、Esco2は、Esco1とは別の経路を介し、DNA複製因子Mcmと...
【総合生物】ゲノム科学：転写伸長 ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏Gene body領域エピゲノムのモニタリングによる細胞成熟誘導法の最適化(15K14431)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (80567511)
【キーワード】DNAメチル化 / 酸化的脱メチル化過程 / gene body領域 / 転写伸長反応 / 細胞成熟 (他14件)
【概要】本研究計画はglobal DNAメチル化修飾をバックグラウンドとする哺乳類ゲノムにおいて、gene body領域のエピジェネティック状態が細胞成熟に関与する可能性を検討し、これをもとに細胞成熟の評価および誘導を目指す。当初の成熟誘導法の樹立の計画に先立ち心筋細胞と肝細胞の比較を行ったところ、低メチル化を特徴とするgene body領域エピジェネティック・ドメインは心筋細胞により強く、他の細胞にはあ...
【総合生物】ゲノム科学：ゲノム維持修復 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】ゲノム科学：ゲノム進化・再編 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】ゲノム科学：ゲノム多様性 ／ゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
【総合生物】ゲノム科学：1細胞トランスクリプトーム ／ゲノムを含む研究件
❏Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価(17H03912)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 准教授 (80535328)
【キーワード】scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム (他11件)
【概要】原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を...
❏１細胞がんー間質相互作用解析による抗癌剤耐性克服ターゲットの探索(17H04992)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (10776082)
【キーワード】がん / 治療標的 / ゲノム / がん-間質細胞間相互作用 / シングルセルトランスクリプトーム (他7件)
【概要】腫瘍組織のシングルセルトランスクリプトームシークエンスのデータから、癌細胞や線維芽細胞、免疫細胞、血管内皮細胞といった各種細胞との間における細胞間相互作用全体（インタラクトーム）を解析・可視化する手法を開発した。この方法を用いてびまん型胃がんモデルマウスおよび利用可能なヒトの正常胃粘膜と胃癌組織のシングルセルシーケンスデータのインタラクトーム解析を行った。その結果、線維芽細胞を始めとして様々な細胞...
【総合生物】ゲノム科学：染色体構築 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
❏減数分裂第一・第二間における特殊な細胞周期制御機構の解析(19770144)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】佐藤 政充 東京大学, 大学院理学系研究科, 助教 (50447356)
【キーワード】染色体構築 / 機能 / 分配 / 遺伝学 / 遺伝子 (他8件)
【概要】減数分裂第一・第二間においては、2連続で分裂装置を形成させるために、スピンドル極体の複製が減数第一分裂の終期に起きること、さらにそれがサイクリン依存性キナーゼ(CDK)の活性に依存することを明らかにした。さらに、スピンドル極体が複製後に核内に埋め込まれる必要があるが、これもCDK活性に依存した現象であることが明らかとなった。 ...
【総合生物】ゲノム科学：染色体分配 ／ゲノムを含む研究件
❏減数分裂組み換えと染色体分配を連携させる微小管新規機能の研究(21687015)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】佐藤 政充 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (50447356)
【キーワード】細胞分裂 / 細胞周期 / 染色体分配 / 微小管 / 減数分裂組換え (他11件)
【概要】本研究では、分裂酵母の減数分裂において見られる新規の微小管構造が、減数分裂組換えとその後の染色体分配という2つの現象を連携させる機能を持つことを実証した。また、その分子メカニズムについても解析を行い、特定の微小管結合タンパク質が通常とは異なる部位に局在することで、減数分裂特有の難しい染色体分配を克服していることが分かった。 ...
❏姉妹染色分体間の接着形成に必須なアドヘリン複合体の分子機能の探求(18770149)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】須谷 尚史 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, COE助教 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体分配 / コヒーシン / ゲノム / 出芽酵母 (他8件)
【概要】真核生物の姉妹染色分体はコヒーシン複合体により接着されており、この接着は遺伝情報の正確な分配・継承に必須である。本研究ではコヒーシンの染色体結合が時空間的にどう制御されているかを、コヒーシンの染色体結合を司る出芽酵母Scc2 (アドヘリン)のゲノム学・生化学的解析を通じて探求した。以下の諸点が明らかとなった。 1,動原体とそれ以外の染色体部位(以下、染色体腕部)でコヒーシンの染色体結合は異なって制...
【総合生物】ゲノム科学：組み換え ／ゲノムを含む研究件
❏有糸分裂期と減数分裂期の染色体再編成の違いを生み出す要因の解明(17H03711)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】減数分裂 / 組換え / 染色体 / ゲノム再編成 / DNA再編成 (他8件)
【概要】ゲノムDNAの切断は、様々な染色体再編成や遺伝子変異を生じ、がん化や細胞老化などの疾患に結びつく。一方、減数分裂期にはSpo11 がDNA切断を担うが、染色体転座などは抑制される。今回大規模ゲノム再編成系TAQingシステムを、有糸分裂期と減数分裂期の酵母細胞に適用し、ゲノム再編成への影響を比較した。その結果、有糸分裂期には減数分裂期にはまれな転座やコピー数変動が多数見られた。Spo11欠損株で減...
❏リボソームRNA遺伝子における増幅誘導配列(EXP)の機能解析(17370065)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小林 武彦 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)
【キーワード】ゲノムの安定性 / リボソームRNA遺伝子 / 遺伝子増幅 / non coding RNA / DNA組換え (他19件)
【概要】ゲノムの不安定性は細胞老化や癌を引き起こす原因と考えられており、DNAを修復する機構、特に修復酵素群の働きについては、これまで遺伝学、生化学的手法により研究されてきた。リボソームRNA遺伝子(rDNA)は100コピー以上が繰り返して存在しており、リピート間での相同組換えによるコピーの脱落が頻繁に観察されるゲノム中で最も不安定な領域の1つと考えられている。しかしrDNAには、コピー数を回復させrDN...
【総合生物】ゲノム科学：発生遺伝学 ／ゲノムを含む研究件
❏貝穀形成に関わる遺伝子の網罹的探索:軟体動物ゲノムプロジェクトに向けて(15104009)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2003 - 2007
【研究代表者】遠藤 一佳 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (80251411)
【キーワード】進化 / 発生・分化 / 動物 / ゲノム / 遺伝子 (他12件)
【概要】本計画では,(1)貝殻形成のマスター遺伝子,(2)貝殻分泌の制御因子,(3)貝殻の左右非対称性の制御因子の単離・同定と機能の解明を通して,貝殻の進化過程や進化機構を考察することを目的とした研究を行い,以下の成果を得た. (1) 殻体形成のマスター遺伝子 転写調節因子engrailedと分泌成長因子dppのモノアラガイでの相同遺伝子の発現パターンを調べた結果engrailedは他の軟体動物と同様に貝...
❏メダカ突然変異体を用いた脊椎動物器官形成の発生遺伝学的解析(14208090)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2002 - 2003
【研究代表者】武田 洋幸 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (80179647)
【キーワード】メダカ / Fgf / Wnt / 変異体 / 発生遺伝学 (他11件)
【概要】本研究では、体幹部の中胚葉組織の発生異常を示すメダカ変異体について、表現型の解析、原因遺伝子の同定を行った。また、初年度では、突然変異体を迅速に連鎖地図にマッピングするシステムも開発した。 1.変異体迅速マッピング法の開発:既存のESTマーカーから一定の基準を満たすものを選抜し,原因遺伝子の連鎖群特定を迅速に行うためのプライマーセット(M-marker)を構築した。これにより,ほとんどの変異体にお...
【総合生物】ゲノム科学：ゲノム再編成 ／ゲノムを含む研究件
❏有糸分裂期と減数分裂期の染色体再編成の違いを生み出す要因の解明(17H03711)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】減数分裂 / 組換え / 染色体 / ゲノム再編成 / DNA再編成 (他8件)
【概要】ゲノムDNAの切断は、様々な染色体再編成や遺伝子変異を生じ、がん化や細胞老化などの疾患に結びつく。一方、減数分裂期にはSpo11 がDNA切断を担うが、染色体転座などは抑制される。今回大規模ゲノム再編成系TAQingシステムを、有糸分裂期と減数分裂期の酵母細胞に適用し、ゲノム再編成への影響を比較した。その結果、有糸分裂期には減数分裂期にはまれな転座やコピー数変動が多数見られた。Spo11欠損株で減...
❏スーパージーンが制御する擬態紋様形成機構の解明(15H05778)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31
【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)
【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)
【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...
【総合生物】生体分子化学：レトロトランスポゾン ／ゲノムを含む研究件
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
【総合生物】生体分子化学：活性発現の分子機構 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【総合生物】生体分子化学：始原菌 ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱性を付与する遺伝子群の探策(16658045)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / 超好熱性 (他6件)
【概要】超好熱菌(hyperthermophile)は90℃以上でも生育可能な微生物であるが、生物がなぜこのような高温環境で生育し増殖できるのかという命題は極めて興味深い。これまでにタンパクの高い熱安定性、エーテル脂質・tRNAの特異修飾などが指摘されているが、実際には数多くの要因からなる相加的・相乗的な効果により超好熱性が達成されているものと推測される。本研究では我々が独自にゲノム解析した超好熱始原菌T...
❏超好熱始原菌における"missing gene"の同定と機能検証(16681016)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / Missing gene (他8件)
【概要】90℃以上でも生育可能な超好熱菌においては生育に必須な機構や代謝を構成する遺伝子群がそのゲノム中に見いだされても、その一部は相同性解析から全く同定できない"missing gene"となっているケースが多い。本研究では、T.kodakaraensisのゲノム情報と遺伝子操作技術により本菌の2.09Mbpゲノム上に散在する"missing gene"の同定と機能検証を...
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
【総合生物】生体分子化学：ChIA-drop ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
【総合生物】生体分子化学：ChIA-PET ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
【総合生物】生体分子化学：ヌクレオソーム ／ゲノムを含む研究件
❏転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析(21570185)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】遺伝子 / 発現制御 / ゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム (他10件)
【概要】遺伝子発現におけるクロマチン機能に関する重要な問題の一つは、ヌクレオソームの配置決定とそのダイナミクスの機構である。本研究では、転写制御に着目し、出芽酵母ゲノム及びミニ染色体において、ヌクレオソームの配置を規定するシス因子としていくつかのDNAリピート配列を同定した。また、トランス因子としてクロマチンリモデリングIsw2複合体、ヒストン脱アセチル化酵素Rpd3、ピストンH3バリアントの機能を解析し...
❏遺伝情報の発現を制御するクロマチンドメインの分子構築と動態(19570169)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 発現制御 / 転写制御 / クロマチン (他8件)
【概要】真核生物のゲノムDNAはヒストンと結合し、ヌクレオソーム、クロマチンとして核内に収納されている。遺伝子発現におけるクロマチンの機能を明らかにすることを目的として、まず、ヒト由来His_6タグ付ヒストンH3バリアントを酵母で発現させ、それを含む酵母ミニ染色体を容易に精製する系を構築した。さらに、ゲノム遺伝子座におけるヌクレオソーム配置のダイナミックな変化が、転写制御に本質的な機能を有することを示した...
【総合生物】生体分子化学：Hi-C ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏コンデンシンを介したDNA超らせん構造の制御機構とその生理作用の解明(17K07281)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】須谷 尚史 東京大学, 定量生命科学研究所, 講師 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体凝縮 / コンデンシン / Smc5/6 (他11件)
【概要】本研究課題では、染色体凝縮の駆動因子コンデンシンがどのように染色体凝縮を引き起こしているのか解明することを目的とした。技術的困難等により当初予定したように研究は進展しなかったが、コンデンシンに類似したSmc5/6複合体がDNAに正の超らせんが蓄積した染色体領域を認識することを示す結果を得ることができた。Smc5/6の分子機能を理解する上で重要な知見であるとともに、Smc5/6がDNAの超らせん状態...
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：光ピンセット ／ゲノムを含む研究件
❏タンパク質機能を融合した光駆動ナノバイオ加工ツールの実現とゲノム分子解剖への展開(23710145)
【研究テーマ】ナノ材料・ナノバイオサイエンス
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】寺尾 京平 香川大学, 工学部, 准教授 (80467448)
【キーワード】分子マニピュレーション / 分子加工 / DNA / 分子操作 / 光ピンセット (他10件)
【概要】本研究は、生体分子を加工するツールを開発し、新たなゲノム解析技術へ応用することを目指す。本研究期間を通じて、光駆動微小構造体作製技術の確立と、微小構造へのタンパク質の固定化に取り組んだ。その成果として、自家蛍光を調節可能な微細構造の作製法を開発し、蛍光顕微鏡下で視認性の高い操作を実現した。また、光駆動微小構造体の基礎的な操作特性の把握を行い、作製効率や、光トラップによる発生力について新たな知見を得...
❏オンチップ型ゲノムDNA単分子操作・解析デバイスを目指した要素技術研究(17310081)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小穴 英廣 東京大学, 大学院・工学系研究科, 講師 (20314172)
【キーワード】DNA / 単分子解析 / マイクロマニピュレーション / 光ピンセット / マイクロ流体デバイス (他9件)
【概要】本研究課題においては、(1)狙った一つの細胞からMbオーダー(mmオーダー)のゲノムDNAを断片化することなく単離する。(2)単離したDNAの高次構造を制御し、単分子解析が容易な形態にして解析を行う。(3)解析後のDNAに対し、鎖上での空間的位置情報を押さえた上で興味ある塩基配列部分を回収する。という実験操作を全て顕微鏡下で連続的に行えるマイクロ流体デバイス開発を目指した、要素技術の確立を目的とし...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：配列解析 ／ゲノムを含む研究件
❏超ハイスループットシークエンスデータ解析を目指した高速配列解析環境の構築(21510217)
【研究テーマ】ゲノム情報科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】末次 克行 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫ゲノム研究ユニット, 主任研究員 (80533471)
【キーワード】情報工学 / 配列解析 / 並列処理 / ゲノム / GPGPU (他6件)
【概要】本課題では、膨大な配列データの効率的な処理を目的とし、GPUを科学技術計算に用いるGeneral Purpose computation on Graphic Processing Unit(GPGPU)を使ったソフトウェア開発を行った。解析の計算量およびデータサイズから最適だと思われる実装を施すことで高いパフォーマンスを得ることが出来た。いくつかの配列解析アルゴリズムを実装した結果、SSEやマル...
❏モデル生物ゲノム配列情報のデータベース解析(07780585)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】中井 謙太 大阪大学, 細胞生体工学センター, 助教授 (60217643)
【キーワード】ゲノム / モデル生物 / データベース / インターネット / 配列解析
【概要】本研究では、近年特にゲノム塩基配列決定が進んでいるモデル生物遺伝子の組織特異的発現情報と、タンパク質の細胞内局在部位のデータを収集整理して、解析することを目標とした。 タンパク質の局在部位データに関しては、大腸菌と酵母をとりあげ、実験的に局在部位が決定されているタンパク質のアミノ酸配列を収集した。その結果、大腸菌は合計336のデータを、局在メカニズムに基づき、次の8つに分類した(細胞質タンパク質、...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：次世代シーケンサ ／ゲノムを含む研究件
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏温帯への分布拡大に伴うアカショウジョウバエ適応進化の実験室内再現(23370096)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】田村 浩一郎 首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00254144)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 進化 / 環境適応 / トランスクリプトーム (他13件)
【概要】本研究は、近年、分布を熱帯から温帯に急速に広げたアカショウジョウバエについて、低温環境への進化的適応の分子機構を明らかにすることを目的とした。温帯産と熱帯産の系統の間で低温耐性を比較したところ、平均して温帯産の低温耐性は熱帯産よりも高く、その大きな要因として低温順化の効果が高いことが分かった。そこで、アカショウジョウバエで低温順化によって発現量が変化する遺伝子を調べ、その発現量の変化をキイロショウ...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：ゲノムアセンブリ ／ゲノムを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏次世代DNAシークエンサーを用いたゲノム解読のためのアルゴリズム開発(22700307)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】笠原 雅弘 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 講師 (60376605)
【キーワード】ゲノム / アルゴリズム / ゲノムアセンブリ / 遺伝学的地図
【概要】次世代DNAシークエンサーと呼ばれる高速・安価にDNA配列を読み取ることができる装置を用いてゲノム解読を行う場合には、解読・復元されたゲノム配列が断片化することが多く、各断片がどの染色体上のどの位置に存在するかは分からなかった。そこで、次世代DNAシークエンサーを用いて短期間に比較的少ない手間で遺伝学的地図を構築するアルゴリズムを開発し、染色体上に解読ゲノム断片配列を整列するシステムを開発した。...
【総合生物】神経科学：ChIPシークエンス ／ゲノムを含む研究件
❏細胞老化に伴うヘテロクロマチン領域形成のゲノム学的手法による機能解析(22710183)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】酒井 晶子 新潟大学, 医歯学総合研究科, 特任助教 (70532745)
【キーワード】ゲノム / ChIP-seq / 転写制御 / クロマチン / 発現制御
【概要】クロマチン構造は遺伝子の発現制御に重要な役割を持ち、細胞の状態や環境の変化とともに再構築され得る。本研究では加齢に伴うクロマチン構造変化の分子機構とその役割の理解を目的として、ほ乳類の脳においてクロマチン構造の構築に関わる因子のゲノム上の結合位置をChIP-seq法を用いて網羅的に同定することを試みた。その結果、脳の可塑性が高まる臨界期には、必須の転写因子Otx2とクロマチンの高次構造を司るコヒー...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
【総合生物】神経科学：クロマチン高次構造 ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
【総合生物】神経科学：コヒーシン ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析(25290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / アセチル化 / Esco / 姉妹染色分体間接着 / DNA複製 (他11件)
【概要】ヒトでは２つのコヒーシンアセチル化酵素、Esco1、Esco2の存在が知られているが、其々の役割については不明である。Esco1はコヒーシンサブユニットPds5と直接結合し、この結合が染色体上のコヒーシンへの局在とアセチル化に重要であることを示した。さらに、分裂期のEsco1のリン酸化がPds5との結合を阻害することを示した。また、Esco2は、Esco1とは別の経路を介し、DNA複製因子Mcmと...
❏姉妹染色分体間の接着形成に必須なアドヘリン複合体の分子機能の探求(18770149)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】須谷 尚史 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, COE助教 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体分配 / コヒーシン / ゲノム / 出芽酵母 (他8件)
【概要】真核生物の姉妹染色分体はコヒーシン複合体により接着されており、この接着は遺伝情報の正確な分配・継承に必須である。本研究ではコヒーシンの染色体結合が時空間的にどう制御されているかを、コヒーシンの染色体結合を司る出芽酵母Scc2 (アドヘリン)のゲノム学・生化学的解析を通じて探求した。以下の諸点が明らかとなった。 1,動原体とそれ以外の染色体部位(以下、染色体腕部)でコヒーシンの染色体結合は異なって制...
【総合生物】神経科学：1細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価(17H03912)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 准教授 (80535328)
【キーワード】scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム (他11件)
【概要】原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を...
❏「その場」実験マイクロデバイスによるシングルセル・エピジェネティクス解析技術開発(25286035)
【研究テーマ】ナノマイクロシステム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】小穴 英廣 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (20314172)
【キーワード】ゲノム / DNA / マイクロ流体デバイス / バイオテクノロジー / マイクロ・ナノデバイス (他7件)
【概要】本研究において、我々は個々の細胞から染色体/クロマチンを単離し、エピゲノム解析するための新たな手法を開発した。即ち、顕微鏡下で細胞から染色体/クロマチンを断片化させずに単離し、溶液条件を制御することで染色体/クロマチンを解きほぐしてクロマチンファイバーとし、これを展開して直線状の形態を取らせる事のできるマイクロ流体デバイスを開発した。このマイクロデバイス内では、取り出した染色体/クロマチンに対する...
【総合生物】神経科学：シナプス ／ゲノムを含む研究件
❏シナプス可塑性関連遺伝子Arcの神経特異的・活動依存的発現制御の分子機構(21500301)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】奥野 浩行 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (80272417)
【キーワード】シナプス / 脳・神経 / ゲノム / 転写調節 / Arc (他9件)
【概要】神経特異的前初期遺伝子Arcはシナプスの長期可塑性や長期記憶形成に関わり、その発現は神経活動によって制御されている。本研究においては、まず、このArcの活動依存性を担うゲノム領域を決定し、この転写調節に関わる因子を同定した。また、Arc遺伝子産物であるArcタンパクがシナプスに局在し、グルタミン酸受容体の動態を制御する新たな機構を明らかにした。 ...
❏線虫のシナプスタンパク質の局在と機能の解析(13680864)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (30323702)
【キーワード】遺伝子 / 解剖学 / ゲノム / 神経科学 / 脳・神経 (他7件)
【概要】線虫(C. elegans)のシナプスタンパク質を同定するために、哺乳類の中枢神経のシナプス、特にグルタミン酸受容体と複合体を形成するタンパク質の線虫ホモログの遺伝子のcDNA単離と発現解析を行った。PSD-95/SAP90ファミリーのタンパク質は線虫では遺伝子が1つだけ存在しており、トランスジェニック線虫を作製してプロモーター解析を行ったところ咽頭、腸および下皮細胞に発現が見られたが、神経系での...
【総合生物】神経科学：リボソーム ／ゲノムを含む研究件
❏初期生命が用いたタンパク質のみから構成される人工ゲノムの合成(15K16083)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】網蔵 和晃 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (60735918)
【キーワード】合成生物学 / 無細胞翻訳系 / リボソーム / tRNA / リポソーム (他10件)
【概要】本研究は、人工ゲノム構築に不可欠である関連遺伝子の追究から、それらの基盤技術の発展に貢献する研究である。本研究では、無細胞翻訳系中で複数種類のタンパク質が協働することで所望の機能が発揮される系の開発を行なった。特に、リボソーム関連遺伝子に着目したが、それ以外の遺伝子を用いた系の開発も行った。リコンビナントタンパク質を用いたリボソームの試験管内再構成系は、生合成因子を用いることで、よりリボソームの再...
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏バクテリア全ゲノム交換法の開発(22657040)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】田端 和仁 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助教 (50403001)
【キーワード】ゲノム / バクテリア / 再構成 / 合成生物学 / 次世代シークエンサー (他6件)
【概要】バクテリアゲノムの交換を目指し、その方法を開発する研究を行った。ゲノム交換を行うためには、宿主バクテリアのゲノムを取り除く必要がある。制限酵素の発現系を利用してゲノム破壊株の作成に成功した。さらに導入するゲノムも切断から守るため、認識部位のメチル化にも成功した。ゲノム入れ替えを試みたところ、いくつかのコロニーを得ることが出来たが、それらの持つゲノムはキメラ状態になっていることが示唆された。 ...
【総合生物】放射線生物学：クマムシ ／ゲノムを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
【総合生物】実験動物学：トランスポゾン ／ゲノムを含む研究件
❏C.elegans姉妹種を用いた小分子RNAによるトランスポゾン制御機構の解明(19H03212)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)
【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...
❏光操作に基づく細胞解析技術の開発と応用(18H03932)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / 細胞 / 遺伝子 / ゲノム / タンパク質 (他7件)
【概要】本研究では，DNA組換え反応の光操作技術（PA-Cre）を染色体に組み込んだノックインマウスやPA-Cre をコードするアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）を開発すると共に，当該技術のマウスの生体（in vivo）での検証を通じて新たな細胞解析技術を創出した．さらに，光照射でゲノム上での転移反応を示す光駆動型のタンパク質分子を世界で初めて開発し，細胞レベルでの検証を行なった．これらの技術は，従来技...
❏Poly(I:C)投与動物モデルを利用したLINE-1転移機構の解析(15H04891)
【研究テーマ】精神神経科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岩本 和也 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
【キーワード】体細胞変異 / 統合失調症 / トランスポゾン / 精神疾患 / 脳神経疾患 (他6件)
【概要】poly(I:C)マウスモデルを用い、仔マウス神経前駆細胞の解析を行った。RNA-seq解析では、免疫応答や炎症関連遺伝子群などで発現上昇を、神経発達に関連する遺伝子群で発現低下を認めた。iTRAQ法による蛋白質解析からはウイルス活動に対し抑制的に働く因子の発現上昇を認めた。また、マウスで転移活性を有する3種類のLINE-1サブファミリーについて個別にシトシン修飾状態を解析したところ、1種において...
【総合生物】実験動物学：ゲノム機能 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
【農学】農芸化学：アスパラガス ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】農芸化学：食用アスパラガス ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】農芸化学：雌雄性 ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】農芸化学：園芸学 ／ゲノムを含む研究件
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
❏トマト草型制御因子の解析－発現量的形質遺伝子座解析の受光態勢研究への利用－(23380021)
【研究テーマ】園芸学・造園学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】杉山 信男 東京農業大学, 農学部, 教授 (30012040)
【キーワード】園芸学 / ゲノム / 定量PCR / eQTL / トマト (他10件)
【概要】トマトの受光態勢や収量に大きな影響を及ぼすと考えられる草型に関わる量的形質遺伝子座（QTL）を検出した。草冠サイズに関わるQTLは葉長、下垂角度に関わるQTLと同一の領域にクラスター状に検出され、草冠サイズは下垂角度や葉長の影響を受けていることが明らかになった。また、地上部窒素濃度、硝酸トランスポーター、葉長のQTLも同一の領域に検出されたことから、窒素の体内での分布パターンが葉の成長に影響を及ぼ...
【農学】農芸化学：花 ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】農芸化学：遺伝子破壊 ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱性を付与する遺伝子群の探策(16658045)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / 超好熱性 (他6件)
【概要】超好熱菌(hyperthermophile)は90℃以上でも生育可能な微生物であるが、生物がなぜこのような高温環境で生育し増殖できるのかという命題は極めて興味深い。これまでにタンパクの高い熱安定性、エーテル脂質・tRNAの特異修飾などが指摘されているが、実際には数多くの要因からなる相加的・相乗的な効果により超好熱性が達成されているものと推測される。本研究では我々が独自にゲノム解析した超好熱始原菌T...
❏超好熱始原菌における"missing gene"の同定と機能検証(16681016)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / Missing gene (他8件)
【概要】90℃以上でも生育可能な超好熱菌においては生育に必須な機構や代謝を構成する遺伝子群がそのゲノム中に見いだされても、その一部は相同性解析から全く同定できない"missing gene"となっているケースが多い。本研究では、T.kodakaraensisのゲノム情報と遺伝子操作技術により本菌の2.09Mbpゲノム上に散在する"missing gene"の同定と機能検証を...
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
【農学】農芸化学：機能未知遺伝子 ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱始原菌における"missing gene"の同定と機能検証(16681016)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】福居 俊昭 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (80271542)
【キーワード】超好熱菌 / 始原菌 / アーキア / ゲノム / Missing gene (他8件)
【概要】90℃以上でも生育可能な超好熱菌においては生育に必須な機構や代謝を構成する遺伝子群がそのゲノム中に見いだされても、その一部は相同性解析から全く同定できない"missing gene"となっているケースが多い。本研究では、T.kodakaraensisのゲノム情報と遺伝子操作技術により本菌の2.09Mbpゲノム上に散在する"missing gene"の同定と機能検証を...
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
【農学】農芸化学：マクロアレイ ／ゲノムを含む研究件
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏ゲノム情報と染色体部分置換系統を利用したイネのシンク・ソース機能の解明(17208003)
【研究テーマ】作物学・雑草学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】大杉 立 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40343107)
【キーワード】イネ / 収量 / 染色体部分置換系統 / ルビスコ / 非構造性炭水化物 (他14件)
【概要】本研究では、主に染色体部分置換系統(CSSL)を材料としてイネの収量に関わるシンク機能、ソース機能の遺伝的要因を明らかにすることを目的とした。 (1)コシヒカリを遺伝的背景としたカサラスのCSSL39系統について、光合成炭酸固定酵素であるルビスコの含量と非構造性炭水化物(NSC)濃度を調査した結果、第10染色体の一部がカサラスに置換された系統で両者がコシヒカリより有意に高かった。ルビスコ含量に関す...
【農学】生産環境農学：難培養 ／ゲノムを含む研究件
❏未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明(20H02897)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / メタゲノミクス / 1細胞ゲノミクス / 腸内微生物 / 1細胞トランスクリプトミクス (他10件)
【概要】本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が...
❏培養不能微生物のゲノム解析(18687002)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】本郷 裕一 独立行政法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 協力研究員 (90392117)
【キーワード】難培養 / 微生物 / 細菌 / 共生 / ゲノム (他12件)
【概要】地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。 ...
【農学】生産環境農学：海洋細菌 ／ゲノムを含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】生産環境農学：難培養微生物 ／ゲノムを含む研究件
❏Bacteroidales目細菌の窒素固定と水素利用の新機能の解明(26292047)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】大熊 盛也 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 室長 (10270597)
【キーワード】微生物機能 / 窒素固定 / 水素代謝 / 共生 / シングルセルゲノム (他18件)
【概要】Bacteroidales目細菌において、窒素固定あるいは古細菌の水素代謝に関連する遺伝子をゲノム上に有する細菌種を見出し、培養株で活性を検出した。シロアリ腸内の窒素固定と水素利用還元的酢酸生成に働く細菌として、セルロース分解性原生生物の細胞内共生スピロヘータを同定した。この細胞内共生細菌と原生生物の細胞表層に共生するBacteroidales目細菌２種について、シングルセルゲノム解析で機能と共生...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
【農学】生産環境農学：ゲノム育種 ／ゲノムを含む研究件
❏環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発(25252002)
【研究テーマ】遺伝育種科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩田 洋佳 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (00355489)
【キーワード】イネ / 出穂 / 収量構成要素 / ゲノミックセレクション / 作物生育モデル (他15件)
【概要】イネの環境応答の主要因である出穂の早晩、および、その影響を受けて変化する収量構成要素を対象形質として、その環境応答のパターンについて遺伝と環境の両面からのモデル化にとりくんだ。出穂の早晩については、作物モデルとゲノミックセレクションのモデルを組合せ、出穂関連遺伝子のもつDNA多型の遺伝子型、および、栽培をしている環境における温度と日長を入力として、未試験の品種・系統の出穂日を予測するモデルの構築に...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【農学】生産環境農学：ゲノム構造 ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
【農学】生産環境農学：植物ホルモン ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】生産環境農学：ポストゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究(16H06320)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2016-05-31 - 2021-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / エスニシティ / 差別 / 遺伝子 / 環太平洋 (他17件)
【概要】本研究は、すべて人種化のプロセスとメカニズムを扱うものであり、内容的に相互に関連しつつも、以下のサブテーマに分けられる。代表者である竹沢は、それぞれのテーマにおいて、分担者らの協力を仰ぎながらリーダーシップをとっている。 ①人種主義・反人種主義の越境・転換に関する日仏共同研究、②人種化の政治経済の通文化的メカニズムに関する個人研究、③ポストゲノム時代の遺伝子検査ビジネスに関する国際共同研究、④日系...
❏細胞内寄生植物病原細菌のポストゲノミクス(16108001)
【研究テーマ】植物病理学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2008
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】細胞内寄生 / ポストゲノム / 宿主特異性 / 病原性 / ファイトプラズマ (他14件)
【概要】細胞内寄生性植物病原細菌の一種であるファイトプラズマをターゲットとし、そのゲノム配列にもとづいたポストゲノミクス解析を多方面から行った。その結果、ファイトプラズマの宿主特異性を決定している分子メカニズムの解明に成功し、またファイトプラズマが持つ新規な病原性因子の単離にも成功した。 ...
【農学】境界農学：シロイヌナズナ ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏植物の有性生殖における雌雄ゲノム相互作用の全ゲノム関連解析(26660088)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】高山 誠司 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (70273836)
【キーワード】植物 / ゲノム / 有性生殖 / 全ゲノム関連解析 / シロイヌナズナ
【概要】有性生殖では、異なる雌雄ゲノム間の相互作用を介して交配相手が選抜され、生まれてくる多様なゲノム組み合わせを持つ子孫が再度自然選択により選抜される。この雌雄ゲノム間の相互作用を介した受精前後の選抜は、種の存続を支える基盤となっているが、系の複雑さゆえに相関遺伝子の実体解明は遅れている。本研究ではこの雌雄ゲノム間相互作用の解析に、シロイヌナズナの野生系統を用いた全ゲノム関連解析が有効であることを示した...
【農学】境界農学：ファイトプラズマ ／ゲノムを含む研究件
❏太平洋島嶼国におけるファイトプラズマのゲノム疫学調査による感染機構多様性の解明(20KK0132)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2020-10-27 - 2025-03-31
【研究代表者】志柿 俊朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (90825217)
【キーワード】ファイトプラズマ / フィリピン / ソロモン諸島 / パプアニューギニア / LAMP法 (他11件)
【概要】本研究では、太平洋島嶼国の農業生産上の脅威となっている昆虫媒介性病害ファイトプラズマ病に関して、(1)作物並びに周辺の中間宿主植物における感染状況を網羅的に解明し、(2)島嶼地域におけるファイトプラズマの遺伝的多様性を解明し、宿主範囲および伝染環を特定する。これらの結果をもとに(3)ファイトプラズマの多様性獲得の進化メカニズムを明らかにするとともに、多様性にもとづいた新たな観点での予防技術を開発す...
❏ゲノム情報に基づくファイトプラズマの人工培養系の確立と形質転換換の試み(17658151)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】ファイトプラズマ / ゲノム / 退行的進化 / トランスポーター / 微量元素
【概要】ファイトプラズマを人工培養するための培地条件および環境条件の検討を行うため、Phytoplasma asteris OY strainのゲノムプロジェクトより得られた配列情報をもとに、代謝系およびトランスポーター遺伝子について詳細な解析を行い、昨年度は、ファイトプラズマが多くの物質を宿主に依存して生活する退行的進化を遂げた生物であることを明らかにした。今年度は、OY strainと近縁なAYWB ...
❏細胞内寄生植物病原細菌のポストゲノミクス(16108001)
【研究テーマ】植物病理学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2008
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】細胞内寄生 / ポストゲノム / 宿主特異性 / 病原性 / ファイトプラズマ (他14件)
【概要】細胞内寄生性植物病原細菌の一種であるファイトプラズマをターゲットとし、そのゲノム配列にもとづいたポストゲノミクス解析を多方面から行った。その結果、ファイトプラズマの宿主特異性を決定している分子メカニズムの解明に成功し、またファイトプラズマが持つ新規な病原性因子の単離にも成功した。 ...
【農学】境界農学：枯草菌 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム合成の基盤技術を自然界でのDNA水平伝播現象をもとに構築する(18K06196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ゲノム合成 / コンティグDNA / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他11件)
【概要】物理的なダメージを受けやすいサイズの大きなDNAを効率良く細胞中で合成する方法として、枯草菌を用いたプロトプラスト法による形質転換で、一度に複数のコンティグDNA断片を細胞中で連結する手法を考案した。また供与菌宿主として枯草菌を溶菌させ、溶菌液を用いて抽出・精製操作を経ずに大腸菌、出芽酵母へ導入する方法も開発できた。さらに接合伝達法についても大腸菌から真核細胞の酵母へ簡便に長鎖DNAを導入できるこ...
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
【農学】社会経済農学：作物モデル ／ゲノムを含む研究件
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発(25252002)
【研究テーマ】遺伝育種科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩田 洋佳 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (00355489)
【キーワード】イネ / 出穂 / 収量構成要素 / ゲノミックセレクション / 作物生育モデル (他15件)
【概要】イネの環境応答の主要因である出穂の早晩、および、その影響を受けて変化する収量構成要素を対象形質として、その環境応答のパターンについて遺伝と環境の両面からのモデル化にとりくんだ。出穂の早晩については、作物モデルとゲノミックセレクションのモデルを組合せ、出穂関連遺伝子のもつDNA多型の遺伝子型、および、栽培をしている環境における温度と日長を入力として、未試験の品種・系統の出穂日を予測するモデルの構築に...
【農学】動物生命科学：イネ ／ゲノムを含む研究件
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏長鎖長次世代シークエンサによるイネ育種におけるゲノム動態と進化基本過程の理解(17H06246)
【研究テーマ】生産環境農学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】井澤 毅 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10263443)
【キーワード】イネ / ゲノム / MinION / 長鎖型 / 長鎖次世代シークエンサー (他16件)
【概要】長鎖型次世代ゲノムシークエンサーの一種であるMinIONを用いて、安価で、ゲノム情報を入手して、来歴のはっきりしたイネの育種におけるゲノムの変化を解析すること、植物の進化における基本過程を明らかにしようと考え、研究を進めたが、x10を超える程度のMinIONデータでは、正確にゲノム配列を決めることが不可能であることが、いろいろな既報ソフトウェアを使った解析から明らかとなった。一方で、イルミナの短鎖...
❏環境適応型品種をデザインするための統合的モデル化手法の開発(25252002)
【研究テーマ】遺伝育種科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】岩田 洋佳 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (00355489)
【キーワード】イネ / 出穂 / 収量構成要素 / ゲノミックセレクション / 作物生育モデル (他15件)
【概要】イネの環境応答の主要因である出穂の早晩、および、その影響を受けて変化する収量構成要素を対象形質として、その環境応答のパターンについて遺伝と環境の両面からのモデル化にとりくんだ。出穂の早晩については、作物モデルとゲノミックセレクションのモデルを組合せ、出穂関連遺伝子のもつDNA多型の遺伝子型、および、栽培をしている環境における温度と日長を入力として、未試験の品種・系統の出穂日を予測するモデルの構築に...
【農学】動物生命科学：犬 ／ゲノムを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【農学】動物生命科学：原生生物 ／ゲノムを含む研究件
❏単細胞真核生物を題材とした真核生物－原核生物間水平伝播遺伝子の進化過程解明(22K19342)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2022-06-30 - 2025-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 遺伝子水平伝播 / 原生生物 / ゲノム / 昆虫
【概要】
❏未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明(20H02897)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / メタゲノミクス / 1細胞ゲノミクス / 腸内微生物 / 1細胞トランスクリプトミクス (他10件)
【概要】本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が...
❏培養不能微生物のゲノム解析(18687002)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】本郷 裕一 独立行政法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 協力研究員 (90392117)
【キーワード】難培養 / 微生物 / 細菌 / 共生 / ゲノム (他12件)
【概要】地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。 ...
【農学】動物生命科学：クロマチン構造 ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究(17K00397)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
【キーワード】細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク (他17件)
【概要】本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。 ...
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
【農学】森林圏科学：病原性 ／ゲノムを含む研究件
❏腸管出血性大腸菌の出現機構の全容解明ー制御法開発のための基盤構築(20H03486)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 久留米大学, 医学部, 教授 (40363585)
【キーワード】腸管出血性大腸菌 / ゲノム / 進化 / 志賀毒素 / 病原性
【概要】腸管出血性大腸菌は、志賀毒素(shiga toxin: Stx)と３型分泌装置を主な病原因子として保持しており、それぞれStxファージとLEE領域（可動性遺伝因子）にコードされている。さらに、ファージやプラスミド上に多数の病原因子が同定されている。我々は、ウシ常在大腸菌には、StxやLEEと共に多数の病原因子が蓄積していることを見出しており、それらの病原因子が強調して働くことでウシ腸内での生存に役...
❏大規模比較ゲノム解析による腸管出血性大腸菌出現プロセスの解明(17H04077)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 九州大学, 医学研究院, 准教授 (40363585)
【キーワード】志賀毒素産生性大腸菌 / 腸管病原性大腸菌 / 志賀毒素 / ３型分泌装置 / 進化 (他9件)
【概要】志賀毒素産生大腸菌(STEC)と腸管病原性大腸菌(EPEC)は、それぞれ溶血性尿毒素症候群と乳児下痢症の原因となる。STECやEPECはウシの腸管内に常在しているが、どのような大腸菌からどのようなプロセスを経て進化してきたかはまだよくわかっていない。我々は、ヒトとウシの常在大腸菌、ヒト臨床由来大腸菌の大規模ゲノム比較により、STECやEPECがウシ常在大腸菌に様々な病原遺伝子が蓄積することで出現し...
❏細胞内寄生植物病原細菌のポストゲノミクス(16108001)
【研究テーマ】植物病理学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2008
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】細胞内寄生 / ポストゲノム / 宿主特異性 / 病原性 / ファイトプラズマ (他14件)
【概要】細胞内寄生性植物病原細菌の一種であるファイトプラズマをターゲットとし、そのゲノム配列にもとづいたポストゲノミクス解析を多方面から行った。その結果、ファイトプラズマの宿主特異性を決定している分子メカニズムの解明に成功し、またファイトプラズマが持つ新規な病原性因子の単離にも成功した。 ...
【農学】森林圏科学：昆虫 ／ゲノムを含む研究件
❏単細胞真核生物を題材とした真核生物－原核生物間水平伝播遺伝子の進化過程解明(22K19342)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2022-06-30 - 2025-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 遺伝子水平伝播 / 原生生物 / ゲノム / 昆虫
【概要】
❏未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明(20H02897)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / メタゲノミクス / 1細胞ゲノミクス / 腸内微生物 / 1細胞トランスクリプトミクス (他10件)
【概要】本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が...
❏シロアリ類における不妊化遺伝子の進化(16K18591)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 助教 (70626803)
【キーワード】シロアリ / 遺伝子 / 進化 / 社会性 / 連鎖解析 (他9件)
【概要】シロアリは、多数の個体が集合して社会を形成する。その社会では個体間での分業がおこなわれており、繁殖に専念する繁殖個体（女王・王）や、繁殖をせずに他個体への給餌等の利他行動を行う非繁殖個体（ワーカーなど）などが存在する。本研究ではシロアリの分業に関わる遺伝子、とくに非繁殖個体の個体発生に関わる遺伝子（不妊化遺伝子）を同定するため、交配実験や全ゲノム情報を利用した解析をおこなった。その結果、不妊化遺伝...
【農学】森林圏科学：ストレス耐性 ／ゲノムを含む研究件
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏全ゲノム一塩基レベル変異解析に基づくストレス耐性細胞の創製(21360401)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 浩 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00226250)
【キーワード】ゲノム / DNAマイクロアレイ / 変異解析 / ストレス耐性 / 進化工学 (他8件)
【概要】本研究においては、進化工学に基づき長期植え継ぎ培養を行って、5%濃度のエタノールに耐性を示す大腸菌の細胞6株を取得した。DNAマイクロアレイを用いてストレス耐性株と親株の遺伝子発現量を網羅的に比較した。全ての遺伝子の発現量データを主成分解析したところ、ストレスに耐性を示す株は共通的にアミノ酸合成に関与する遺伝子の発現量が特徴的に変化していることが確認された。培地中にこの遺伝子発現変化に基づくアミノ...
【農学】森林圏科学：DNAマーカー ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【農学】森林圏科学：応用微生物 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム合成の基盤技術を自然界でのDNA水平伝播現象をもとに構築する(18K06196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ゲノム合成 / コンティグDNA / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他11件)
【概要】物理的なダメージを受けやすいサイズの大きなDNAを効率良く細胞中で合成する方法として、枯草菌を用いたプロトプラスト法による形質転換で、一度に複数のコンティグDNA断片を細胞中で連結する手法を考案した。また供与菌宿主として枯草菌を溶菌させ、溶菌液を用いて抽出・精製操作を経ずに大腸菌、出芽酵母へ導入する方法も開発できた。さらに接合伝達法についても大腸菌から真核細胞の酵母へ簡便に長鎖DNAを導入できるこ...
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏水平伝播を利用した次世代型クローニング技術の開発(23710239)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (10399694)
【キーワード】応用微生物 / 核酸 / ゲノム / バイオテクノロジー / 形質転換
【概要】水平伝播を利用した次世代型クローニング技術開発に向けて、供与菌(大腸菌)と受容菌(枯草菌)の適切な培養条件を確立するとともに、安定なDNAの移行操作についての菌株の種類やヌクレアーゼ阻害剤の効果を明らかにすることができた。特にビルレントファージ(λgt10)による溶菌システムを開発したことで、プラスミドを保持する既存の大腸菌株(ライブラリー)を手軽に使用することが可能となった。さらにエキソヌクレア...
【農学】森林圏科学：共生 ／ゲノムを含む研究件
❏小区分38020:応用微生物学関連(0)
【研究テーマ】2020
【研究種目】共生
【研究期間】メタゲノミクス
【研究代表者】1細胞ゲノミクス
【キーワード】腸内微生物
【概要】
❏マウス腸内細菌におけるゲノム変異速度の解明(21K15065)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】高安 伶奈 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (20814833)
【キーワード】腸内細菌 / ゲノム / 進化 / 寿命 / ゲノム進化 (他7件)
【概要】本申請は、腸内細菌が宿主由来の環境圧の下でどのよう にゲノム変異してきたのか、をテーマにし、培養した複数細菌株を無菌マウスに植え、食事条件を変えたグループでトラックする計画を立てている。本年は、2021年4月以降に発表された既報告(Yilmaz et al. Cell Host & Microbe, 2021)を考慮し、無菌動物実験のための細菌培養を継続しつつ、より現実の腸内細菌叢に近いS...
❏未培養原生生物1細胞ゲノム解析系の確立とシロアリ腸内木質分解性原生生物の機能解明(20H02897)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / メタゲノミクス / 1細胞ゲノミクス / 腸内微生物 / 1細胞トランスクリプトミクス (他10件)
【概要】本研究課題の目的は、未培養原生生物（単細胞真核生物）の1細胞ゲノム解析手法の確立である。環境中には多様な原生生物が生息するが、未培養種も多く、それらの生理・生態は未知である。本研究ではシロアリ腸内原生生物群集を材料とするが、それらはシロアリの餌である木材の分解発酵の主要部分を担うと考えられているものの、純粋培養成功例は無く、詳細な機能は不明である。ゲノム解析を行うにしても、原生生物細胞ごとに系統が...
【農学】森林圏科学：形質転換 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム合成の基盤技術を自然界でのDNA水平伝播現象をもとに構築する(18K06196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ゲノム合成 / コンティグDNA / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他11件)
【概要】物理的なダメージを受けやすいサイズの大きなDNAを効率良く細胞中で合成する方法として、枯草菌を用いたプロトプラスト法による形質転換で、一度に複数のコンティグDNA断片を細胞中で連結する手法を考案した。また供与菌宿主として枯草菌を溶菌させ、溶菌液を用いて抽出・精製操作を経ずに大腸菌、出芽酵母へ導入する方法も開発できた。さらに接合伝達法についても大腸菌から真核細胞の酵母へ簡便に長鎖DNAを導入できるこ...
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏水平伝播を利用した次世代型クローニング技術の開発(23710239)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (10399694)
【キーワード】応用微生物 / 核酸 / ゲノム / バイオテクノロジー / 形質転換
【概要】水平伝播を利用した次世代型クローニング技術開発に向けて、供与菌(大腸菌)と受容菌(枯草菌)の適切な培養条件を確立するとともに、安定なDNAの移行操作についての菌株の種類やヌクレアーゼ阻害剤の効果を明らかにすることができた。特にビルレントファージ(λgt10)による溶菌システムを開発したことで、プラスミドを保持する既存の大腸菌株(ライブラリー)を手軽に使用することが可能となった。さらにエキソヌクレア...
【農学】森林圏科学：連鎖地図 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報を利用した魚類汎用連鎖解析システムの開発(20380107)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)
【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【農学】森林圏科学：酵母 ／ゲノムを含む研究件
❏転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析(21570185)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】遺伝子 / 発現制御 / ゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム (他10件)
【概要】遺伝子発現におけるクロマチン機能に関する重要な問題の一つは、ヌクレオソームの配置決定とそのダイナミクスの機構である。本研究では、転写制御に着目し、出芽酵母ゲノム及びミニ染色体において、ヌクレオソームの配置を規定するシス因子としていくつかのDNAリピート配列を同定した。また、トランス因子としてクロマチンリモデリングIsw2複合体、ヒストン脱アセチル化酵素Rpd3、ピストンH3バリアントの機能を解析し...
❏遺伝情報の発現を制御するクロマチンドメインの分子構築と動態(19570169)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】清水 光弘 明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 発現制御 / 転写制御 / クロマチン (他8件)
【概要】真核生物のゲノムDNAはヒストンと結合し、ヌクレオソーム、クロマチンとして核内に収納されている。遺伝子発現におけるクロマチンの機能を明らかにすることを目的として、まず、ヒト由来His_6タグ付ヒストンH3バリアントを酵母で発現させ、それを含む酵母ミニ染色体を容易に精製する系を構築した。さらに、ゲノム遺伝子座におけるヌクレオソーム配置のダイナミックな変化が、転写制御に本質的な機能を有することを示した...
【農学】森林圏科学：微生物生態 ／ゲノムを含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】森林圏科学：植物 ／ゲノムを含む研究件
❏エピゲノムパターン構築に不可欠な遺伝子と有害配列の識別メカニズムの解明(22K06180)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤 泰子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10623978)
【キーワード】エピジェネティクス / DNAメチル化 / クロマチン / 植物 / ゲノム
【概要】
❏植物のDNA複製開始点の同定と動態解析(17K19250)
【研究テーマ】農芸化学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】金 鍾明 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (90415141)
【キーワード】DNA複製 / 植物 / ゲノム
【概要】植物のDNA複製開始点認識複合体のサブユニット一つをコードする遺伝子破壊株をシロイヌナズナを用いて初めて単離した。この破壊株を用いて解析を行ったところ、DNA複製の停滞を示すS期遅延が確認された。また、DNA複製の遅延に起因する根や花茎の伸長などに関する形態学的な表現型をいくつか確認した。また、このタンパク質のゲノムワイドな結合解析の結果から、DNA複製開始点の候補となるゲノム領域を絞りこむことが...
❏植物の有性生殖における雌雄ゲノム相互作用の全ゲノム関連解析(26660088)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】高山 誠司 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (70273836)
【キーワード】植物 / ゲノム / 有性生殖 / 全ゲノム関連解析 / シロイヌナズナ
【概要】有性生殖では、異なる雌雄ゲノム間の相互作用を介して交配相手が選抜され、生まれてくる多様なゲノム組み合わせを持つ子孫が再度自然選択により選抜される。この雌雄ゲノム間の相互作用を介した受精前後の選抜は、種の存続を支える基盤となっているが、系の複雑さゆえに相関遺伝子の実体解明は遅れている。本研究ではこの雌雄ゲノム間相互作用の解析に、シロイヌナズナの野生系統を用いた全ゲノム関連解析が有効であることを示した...
【農学】水圏応用科学：海洋生態 ／ゲノムを含む研究件
❏燃える氷：メタンハイドレートが作りだす生命フロンティアの開拓(16K12578)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】幸塚 麻里子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任研究員 (60706365)
【キーワード】メタンハイドレート / ドロマイト / 化石DNA / 海洋堆積物 / メタゲノム (他11件)
【概要】本研究の目的は、燃える氷で知られるメタンハイドレート中で過去の生物が長期保存されているかの検証とメタンハイドレートが周囲に作り出す高塩分環境に適応した微生物群集の解明である。 最初に申請者らは、顕微鏡観察とメタゲノム解析によって、メタンハイドレートには微細粒子状の鉱物が封じ込められており、外側から遮断された鉱物内には微生物群集が存在していることが明らかにした。さらにメタンハイドレート周辺の海洋堆積...
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【農学】水圏応用科学：集団遺伝学 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価(16K07859)
【研究テーマ】水圏生産科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
【キーワード】交雑 / 遺伝子浸透 / 集団遺伝学 / 集団ゲノム学 / 一塩基多型 (他17件)
【概要】大型二枚貝のタイラギは，貝殻表現型に基づき有鱗型と無鱗型に分けられる。しかし両種の同所分布域（瀬戸内海）では、形態が不明瞭な中間型個体が頻繁に観察される。このような個体は、種間交雑と，それに続く遺伝子浸透（雑種F1を介した種間の遺伝子交換）により生じていると考えられるが，十分な検証がなされていない。そこで本研究では，核DNAの一塩基多型解析により、有隣型－無鱗型間の交雑・遺伝子浸透を調べた。その結...
❏琉球諸島と北部九州のヒト集団比較ゲノム解析～日本人の形成と環境適応の解明に向けて(24370099)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
【キーワード】ヒト / 日本列島 / ゲノム / 混血 / 琉球 (他22件)
【概要】本研究は「日本人の起源」を生物学的に検証する目的で詳細なサンプリングとゲノム解析をおこなった。その結果、日本人の集団構造をより高い解像度で明らかにした。【詳細】1.　琉球諸島住民のゲノム解析の結果、①琉球諸島は本土日本とは異なるクラスターを形成し、②石垣島で最近発見された1万7千年前の人骨と現在の先島諸島住民との遺伝的継続性は否定された（Sato et al. 2014）。2.　アイヌ、漢民族、本...
❏ゲノム情報を利用した魚類汎用連鎖解析システムの開発(20380107)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)
【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...
【農学】水圏応用科学：耐病性 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム育種によりトラフグの優良品種作出をめざす(20228003)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】鈴木 譲 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】遺伝育種 / トラフグゲノム / 耐病性 / 体サイズ / 行動 (他13件)
【概要】全ゲノムが解読された最初の食用魚であるトラフグを用いて,有用形質を支配する遺伝子の特定めざした.トラフグとクサフグなどの種間交雑を進めて解析することにより,体サイズ,脊椎骨数,鱗の有無,寄生虫耐性,警戒心の強さ,淡水適応能力に関する遺伝子の染色体上の位置が特定され,ゲノム情報に基づく優良個体選抜育種への道筋をつけることができた.また,性決定遺伝子の特定に成功し,雄の価値が高いこの魚における性制御技...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【農学】水圏応用科学：微生物 ／ゲノムを含む研究件
❏インドのフィールドと遺伝資源を利用したトウジンビエのゲノミクスの促進(19KK0155)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2025-03-31
【研究代表者】練 春蘭 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (40376695)
【キーワード】インド / トウジンビエ / 遺伝子 / ゲノム / データベース (他8件)
【概要】トウジンビエのストレス耐性に関わる遺伝子群の候補としてSBP転写因子遺伝子群に着目し、それらの配列を特徴付け、それを国際誌において発表した。共同研究機関であるインド・国際半乾燥熱帯作物研究所（ICRISAT）から新規に提供されたトウジンビエの農業形質の表現型データと先行研究から収集した窒素関連形質の表現型データを用いてゲノムワイド関連解析を行い、それらの形質に関連しうるゲノム領域・遺伝子を検出した...
❏Bacteroidales目細菌の窒素固定と水素利用の新機能の解明(26292047)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】大熊 盛也 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 室長 (10270597)
【キーワード】微生物機能 / 窒素固定 / 水素代謝 / 共生 / シングルセルゲノム (他18件)
【概要】Bacteroidales目細菌において、窒素固定あるいは古細菌の水素代謝に関連する遺伝子をゲノム上に有する細菌種を見出し、培養株で活性を検出した。シロアリ腸内の窒素固定と水素利用還元的酢酸生成に働く細菌として、セルロース分解性原生生物の細胞内共生スピロヘータを同定した。この細胞内共生細菌と原生生物の細胞表層に共生するBacteroidales目細菌２種について、シングルセルゲノム解析で機能と共生...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
【農学】水圏応用科学：養殖 ／ゲノムを含む研究件
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
❏ゲノム育種にむけたトラフグ連鎖地図の作製(16780134)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)
【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)
【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...
【農学】水圏応用科学：種間交雑 ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【農学】水圏応用科学：生合成 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト共生細菌ゲノムがコードする二次代謝産物の生産とその機能解明(18K19139)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 郁朗 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)
【キーワード】腸内細菌 / ヒト共生菌 / 生合成 / ゲノム / 二次代謝産物 (他6件)
【概要】本研究において、放線菌由来抗腫瘍性化合物の生産系を確立し、他微生物での発現系の構築に向けた準備段階は終了した。また、ヒト感染性細菌代謝物の生理活性を明らかにし、その生合成酵素などのツールも取得している。腸内細菌のC-C結合開裂酵素においては、酵素の立体構造の知見がいくつかすでに得られており、これらを利用することでさらに有効な生理活性化合物を微生物生産することができる。今後、これらの遺伝子、代謝物、...
❏有用海洋シアノバクテリアの培養株構築と生合成遺伝子の解析(16K13091)
【研究テーマ】生物分子化学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】末永 聖武 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (60273215)
【キーワード】海洋シアノバクテリア / カナミエナミド / エノールエーテル / リングビアペプチンB / 全ゲノム増幅 (他12件)
【概要】カナミエナミドを産生する海洋シアノバクテリアMoorea bouilloniについて全ゲノム増幅を行った。吸光度・鎖長とも十分な質のゲノムサンプルが得られたことが確認できたので、次世代シークエンサーによる網羅的配列解析を行った。バイオインフォマティクス的手法によりメチルエノールエーテル構造をもつ鎖状ペプチドlyngbyapeptin Bの生合成に関与すると思われる遺伝子を見出した。現在、モデル基質...
【農学】水圏応用科学：量的形質遺伝子座(QTL) ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏トマト草型制御因子の解析－発現量的形質遺伝子座解析の受光態勢研究への利用－(23380021)
【研究テーマ】園芸学・造園学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】杉山 信男 東京農業大学, 農学部, 教授 (30012040)
【キーワード】園芸学 / ゲノム / 定量PCR / eQTL / トマト (他10件)
【概要】トマトの受光態勢や収量に大きな影響を及ぼすと考えられる草型に関わる量的形質遺伝子座（QTL）を検出した。草冠サイズに関わるQTLは葉長、下垂角度に関わるQTLと同一の領域にクラスター状に検出され、草冠サイズは下垂角度や葉長の影響を受けていることが明らかになった。また、地上部窒素濃度、硝酸トランスポーター、葉長のQTLも同一の領域に検出されたことから、窒素の体内での分布パターンが葉の成長に影響を及ぼ...
❏ゲノム情報と染色体部分置換系統を利用したイネのシンク・ソース機能の解明(17208003)
【研究テーマ】作物学・雑草学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】大杉 立 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40343107)
【キーワード】イネ / 収量 / 染色体部分置換系統 / ルビスコ / 非構造性炭水化物 (他14件)
【概要】本研究では、主に染色体部分置換系統(CSSL)を材料としてイネの収量に関わるシンク機能、ソース機能の遺伝的要因を明らかにすることを目的とした。 (1)コシヒカリを遺伝的背景としたカサラスのCSSL39系統について、光合成炭酸固定酵素であるルビスコの含量と非構造性炭水化物(NSC)濃度を調査した結果、第10染色体の一部がカサラスに置換された系統で両者がコシヒカリより有意に高かった。ルビスコ含量に関す...
【農学】水圏応用科学：フグ ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏フグ胚をモデルとした真骨魚類ゲノム重複による転写制御進化の解析(21570218)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】黒川 大輔 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (40342779)
【キーワード】Otx / ゲノム / フグ / 発生進化 / ゲノム重複
【概要】クサフグを用いて、これまで実験発生学的なアプローチが難しかったTakifugu属フグに外来遺伝子の導入によるトランスジェニック魚の作成や、モルフォリノオリゴの顕微注入による遺伝子破壊等の実験手法を導入し、真骨魚類特異的ゲノム重複により倍加したOtx2a, Otx2b遺伝子の機能、およびその転写調節についての解析を行うことにより、遺伝子重複が進化に与える影響を解析した。 ...
❏ゲノム情報を利用した魚類汎用連鎖解析システムの開発(20380107)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)
【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...
【農学】水圏応用科学：二枚貝 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価(16K07859)
【研究テーマ】水圏生産科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
【キーワード】交雑 / 遺伝子浸透 / 集団遺伝学 / 集団ゲノム学 / 一塩基多型 (他17件)
【概要】大型二枚貝のタイラギは，貝殻表現型に基づき有鱗型と無鱗型に分けられる。しかし両種の同所分布域（瀬戸内海）では、形態が不明瞭な中間型個体が頻繁に観察される。このような個体は、種間交雑と，それに続く遺伝子浸透（雑種F1を介した種間の遺伝子交換）により生じていると考えられるが，十分な検証がなされていない。そこで本研究では，核DNAの一塩基多型解析により、有隣型－無鱗型間の交雑・遺伝子浸透を調べた。その結...
❏二枚貝類のmtDNAゲノムの特異な進化とその系統学的意義(13440251)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】二枚貝 / mtDNA / ゲノム / 遺伝様式 / 進化 (他6件)
【概要】後生動物のmtDNAゲノムは一般に37種類の遺伝子をコードしており、母性遺伝する。しかし、軟体動物のムラサキイガイではmtDNAの遺伝子配置や遺伝子組成が他の動物と異なり、mtDNAが両性遺伝することも報告されている。しかし、他の二枚貝類についてはmtDNAがほとんど研究されていないため、これらの特異なゲノム構造や遺伝様式がどのように進化してきたのか不明であった。そこで、本研究は二枚貝類のmtDN...
【農学】水圏応用科学：褐虫藻 ／ゲノムを含む研究件
❏海洋環境下のサンゴ－褐虫藻共生系のゲノム基盤の解明(20H03235)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム
【概要】サンゴ礁を形成する造礁サンゴは、細胞内の共生藻類、褐虫藻と密接な相利共生関係を築いている。しかし温暖化などの地球規模の環境変動により、サンゴと褐虫藻の共生関係の崩壊、白化現象が頻発しており、世界中でサンゴ礁が減少を続けている。一方でサンゴ礁の基盤となるサンゴ-褐虫藻の共生メカニズムやその成立・維持の分子機構は、未だ多くが謎のままである。本研究はゲノム科学的手法を駆使し、現在進行系の環境変動の影響を...
❏環境DNA技術を用いたサンゴ礁生態系モニタリング手法の開発(17K07949)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 環境DNA / 褐虫藻 / ゲノム
【概要】気候変動などの影響によりサンゴ礁の状況は刻々と深刻化しており、そのきめ細かいモニタリングは重要である。本研究は、海水中に存在する環境DNAに注目し、海水を汲むだけでサンゴの検出を可能にする、新たなモニタリング手法の開発を目指した。サンゴと共生藻類を海水から検出できるのか確認するために水槽実験を行った結果、海水中の環境DNAは近傍に存在するサンゴの状況を良く反映していることが明らかになった。 ...
❏サンゴ“ホロビオント”成立・維持機構の構成的理解(17KT0027)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-07-18 - 2021-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム / 遺伝子
【概要】サンゴは、宿主動物の造礁サンゴと共生している藻類が共生し、あたかも一つの生物、ホロビオントとして生存する。本研究では、サンゴと褐虫藻のゲノム情報を活用し、複雑なサンゴ“ホロビオント”構成原理の解明に挑んだ。サンゴ幼生への褐虫藻培養株の感染実験と網羅的遺伝子発現解析により、共生に関わるサンゴの遺伝子群を特定した。これらの機能推定や進化的背景が明らかになり、多様なサンゴの共生メカニズムの存在が示唆され...
【農学】水圏応用科学：QTL解析 ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏ゲノム情報と染色体部分置換系統を利用したイネのシンク・ソース機能の解明(17208003)
【研究テーマ】作物学・雑草学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】大杉 立 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40343107)
【キーワード】イネ / 収量 / 染色体部分置換系統 / ルビスコ / 非構造性炭水化物 (他14件)
【概要】本研究では、主に染色体部分置換系統(CSSL)を材料としてイネの収量に関わるシンク機能、ソース機能の遺伝的要因を明らかにすることを目的とした。 (1)コシヒカリを遺伝的背景としたカサラスのCSSL39系統について、光合成炭酸固定酵素であるルビスコの含量と非構造性炭水化物(NSC)濃度を調査した結果、第10染色体の一部がカサラスに置換された系統で両者がコシヒカリより有意に高かった。ルビスコ含量に関す...
【農学】水圏応用科学：原虫 ／ゲノムを含む研究件
❏Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価(17H03912)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 准教授 (80535328)
【キーワード】scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム (他11件)
【概要】原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
【農学】水圏応用科学：育種 ／ゲノムを含む研究件
❏小区分40040:水圏生命科学関連(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】初回成熟年齢
【研究期間】QTL解析
【研究代表者】ゲノム
【キーワード】フグ
【概要】NBRPバイオリソース藻類から褐藻フトモズク、イシモズクを入手し、次世代シーケンサー（Illumina MiSeqとNovaSeq）でシーケンスを行った。さらに独自手法を開発し、 Oxford Nanopore Technology minIONでのロングリードシーケンスデータの取得にも成功した。 得られたシーケンスデータを解析することにより、ドラフトゲノム配列の取得に成功した。さらに共生バクテリ...
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
【農学】水圏応用科学：クサフグ ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【農学】水圏応用科学：トラフグ (Takifugu rubripes) ／ゲノムを含む研究件
❏順遺伝学的手法によるトラフグの初回成熟年齢決定機構の解明(18K05815)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細谷 将 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (60526466)
【キーワード】初回成熟年齢 / QTL解析 / ゲノム / フグ / リシーケンシング (他14件)
【概要】本研究は養殖生産において重要な「種固有の初回成熟年齢を決定するメカニズム」を遺伝学的に解明することを目的とする。重要養殖対象種であるトラフグとその近縁種であるクサフグでは初回成熟年齢にそれぞれ雌雄で1年の差がある。この差に注目し、種間交雑集団を用いたQTL解析により、染色体上の原因領域を特定した。当該領域を限局化するため、両種の野生からゲノム塩基配列を取得して、QTL領域内で特に配列の種間差が大き...
❏魚類モノクローナル抗体遺伝子の新規探索法と抗体発現系の確立(15H02461)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
【キーワード】IgNAR / 一本鎖抗体 / サメ抗体 / 免疫クロブリン / トランスクリプトーム (他21件)
【概要】イヌザメ（bamboo shark）のIgNARのcDNA配列を得て、定常部位の配列を抽出した。IgNARの可変部位をアンプリコンシーケンスし、個々の遺伝子の発現頻度を測る系を確立した。イヌザメに１ヶ月おきに抗原（HEL、BSA、MMP-09）を数回投与して投与１ヶ月後に採血した。BSAに関してELISAで抗体価を測定し、抗体価の上昇と連動して発現頻度の上昇した遺伝子を複数特定した。CHO細胞を用...
❏魚類ゲノムの低い連鎖不平衡を活用した有用遺伝子の同定(22658057)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】魚類 / 連鎖不平衡 / 性決定 / ゲノム / トラフグ (他6件)
【概要】近年、穀類を中心とした農業生物を対象とする遺伝学的研究の進展により、有用遺伝子座のみならず有用遺伝子の本体が次々と同定されているが、食用魚類において有用遺伝子本体が同定された例はない。本研究では、食用魚類で初となる有用遺伝子本体の遺伝学的な同定を試みた。解析対象としては、高級食用魚であるトラフグの付加価値を左右する精巣形成能を選んだ。 トラフグは、XX-XY型の性決定様式を持ち、その性を決定する遺...
【農学】水圏応用科学：比較ゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏C.elegans姉妹種を用いた小分子RNAによるトランスポゾン制御機構の解明(19H03212)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)
【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...
❏ベクターパーティクル：新たな遺伝子伝搬機構の解明(15H04549)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)
【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)
【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...
❏スーパージーンが制御する擬態紋様形成機構の解明(15H05778)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31
【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)
【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)
【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...
【農学】水圏応用科学：ミオシン重鎖 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏ミオシン重鎖アイソフォームから探る魚類の筋形成の分子メカニズム(18780160)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40401179)
【キーワード】水産学 / 発生・分化 / バイオテクノロジー / ミオシン重鎖 / 筋肉 (他10件)
【概要】メダカの筋形成過程で発現する主要なミオシン重鎖(myosin heavy chain, MYH)アイソフォームであるmMYH_<L1>、mMYH_<L2>およびmMYH_<emb1>につき、RACE法により転写開始点を同定した。次に、転写開始点から5'上流の配列をゲノムデータベースから抽出し、他生物種の相同領域とのホモロジー解析を行ったところ、mMYH_...
【農学】水圏応用科学：魚類 ／ゲノムを含む研究件
❏魚類ゲノムの低い連鎖不平衡を活用した有用遺伝子の同定(22658057)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】魚類 / 連鎖不平衡 / 性決定 / ゲノム / トラフグ (他6件)
【概要】近年、穀類を中心とした農業生物を対象とする遺伝学的研究の進展により、有用遺伝子座のみならず有用遺伝子の本体が次々と同定されているが、食用魚類において有用遺伝子本体が同定された例はない。本研究では、食用魚類で初となる有用遺伝子本体の遺伝学的な同定を試みた。解析対象としては、高級食用魚であるトラフグの付加価値を左右する精巣形成能を選んだ。 トラフグは、XX-XY型の性決定様式を持ち、その性を決定する遺...
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
【農学】水圏応用科学：水産学 ／ゲノムを含む研究件
❏魚類モノクローナル抗体遺伝子の新規探索法と抗体発現系の確立(15H02461)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
【キーワード】IgNAR / 一本鎖抗体 / サメ抗体 / 免疫クロブリン / トランスクリプトーム (他21件)
【概要】イヌザメ（bamboo shark）のIgNARのcDNA配列を得て、定常部位の配列を抽出した。IgNARの可変部位をアンプリコンシーケンスし、個々の遺伝子の発現頻度を測る系を確立した。イヌザメに１ヶ月おきに抗原（HEL、BSA、MMP-09）を数回投与して投与１ヶ月後に採血した。BSAに関してELISAで抗体価を測定し、抗体価の上昇と連動して発現頻度の上昇した遺伝子を複数特定した。CHO細胞を用...
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏ミオシン重鎖アイソフォームから探る魚類の筋形成の分子メカニズム(18780160)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40401179)
【キーワード】水産学 / 発生・分化 / バイオテクノロジー / ミオシン重鎖 / 筋肉 (他10件)
【概要】メダカの筋形成過程で発現する主要なミオシン重鎖(myosin heavy chain, MYH)アイソフォームであるmMYH_<L1>、mMYH_<L2>およびmMYH_<emb1>につき、RACE法により転写開始点を同定した。次に、転写開始点から5'上流の配列をゲノムデータベースから抽出し、他生物種の相同領域とのホモロジー解析を行ったところ、mMYH_...
【農学】水圏応用科学：バイオミネラリゼーション ／ゲノムを含む研究件
❏トランスジェニック技術を用いた軟体動物貝殻形成遺伝子の機能解析(23244101)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)
【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...
❏貝穀形成に関わる遺伝子の網罹的探索:軟体動物ゲノムプロジェクトに向けて(15104009)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2003 - 2007
【研究代表者】遠藤 一佳 筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (80251411)
【キーワード】進化 / 発生・分化 / 動物 / ゲノム / 遺伝子 (他12件)
【概要】本計画では,(1)貝殻形成のマスター遺伝子,(2)貝殻分泌の制御因子,(3)貝殻の左右非対称性の制御因子の単離・同定と機能の解明を通して,貝殻の進化過程や進化機構を考察することを目的とした研究を行い,以下の成果を得た. (1) 殻体形成のマスター遺伝子 転写調節因子engrailedと分泌成長因子dppのモノアラガイでの相同遺伝子の発現パターンを調べた結果engrailedは他の軟体動物と同様に貝...
【農学】水圏応用科学：性決定 ／ゲノムを含む研究件
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
❏異常スプライシングＲＮＡの網羅的同定とその意義の解明(23510234)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】坂本 博 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00187048)
【キーワード】mRNA品質管理 / 生殖細胞 / エキソン連結部複合体 / 細胞質スプライシング / 線虫 (他13件)
【概要】mRNA前駆体のスプライシング後のエキソン連結部に形成されるエキソン連結部複合体（EJC）の構成タンパク質であるY14の発現を阻害した線虫C. elegansでは、イントロンを含むスプライシング未完了RNAが細胞質に漏出することが明らかになった。さらに、これらのスプライシング未完了RNAの中には、細胞質において小胞体タンパク質IRE-1によってプロセシングを受けるものが存在することが示唆された。以...
❏魚類ゲノムの低い連鎖不平衡を活用した有用遺伝子の同定(22658057)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】魚類 / 連鎖不平衡 / 性決定 / ゲノム / トラフグ (他6件)
【概要】近年、穀類を中心とした農業生物を対象とする遺伝学的研究の進展により、有用遺伝子座のみならず有用遺伝子の本体が次々と同定されているが、食用魚類において有用遺伝子本体が同定された例はない。本研究では、食用魚類で初となる有用遺伝子本体の遺伝学的な同定を試みた。解析対象としては、高級食用魚であるトラフグの付加価値を左右する精巣形成能を選んだ。 トラフグは、XX-XY型の性決定様式を持ち、その性を決定する遺...
【農学】水圏応用科学：さんご ／ゲノムを含む研究件
❏海洋環境下のサンゴ－褐虫藻共生系のゲノム基盤の解明(20H03235)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム
【概要】サンゴ礁を形成する造礁サンゴは、細胞内の共生藻類、褐虫藻と密接な相利共生関係を築いている。しかし温暖化などの地球規模の環境変動により、サンゴと褐虫藻の共生関係の崩壊、白化現象が頻発しており、世界中でサンゴ礁が減少を続けている。一方でサンゴ礁の基盤となるサンゴ-褐虫藻の共生メカニズムやその成立・維持の分子機構は、未だ多くが謎のままである。本研究はゲノム科学的手法を駆使し、現在進行系の環境変動の影響を...
❏環境DNA技術を用いたサンゴ礁生態系モニタリング手法の開発(17K07949)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 環境DNA / 褐虫藻 / ゲノム
【概要】気候変動などの影響によりサンゴ礁の状況は刻々と深刻化しており、そのきめ細かいモニタリングは重要である。本研究は、海水中に存在する環境DNAに注目し、海水を汲むだけでサンゴの検出を可能にする、新たなモニタリング手法の開発を目指した。サンゴと共生藻類を海水から検出できるのか確認するために水槽実験を行った結果、海水中の環境DNAは近傍に存在するサンゴの状況を良く反映していることが明らかになった。 ...
❏サンゴ“ホロビオント”成立・維持機構の構成的理解(17KT0027)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-07-18 - 2021-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 褐虫藻 / 共生 / ゲノム / 遺伝子
【概要】サンゴは、宿主動物の造礁サンゴと共生している藻類が共生し、あたかも一つの生物、ホロビオントとして生存する。本研究では、サンゴと褐虫藻のゲノム情報を活用し、複雑なサンゴ“ホロビオント”構成原理の解明に挑んだ。サンゴ幼生への褐虫藻培養株の感染実験と網羅的遺伝子発現解析により、共生に関わるサンゴの遺伝子群を特定した。これらの機能推定や進化的背景が明らかになり、多様なサンゴの共生メカニズムの存在が示唆され...
【医歯薬学】基礎医学：熱産生 ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【医歯薬学】基礎医学：腸管出血性大腸菌 ／ゲノムを含む研究件
❏腸管出血性大腸菌の出現機構の全容解明ー制御法開発のための基盤構築(20H03486)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 久留米大学, 医学部, 教授 (40363585)
【キーワード】腸管出血性大腸菌 / ゲノム / 進化 / 志賀毒素 / 病原性
【概要】腸管出血性大腸菌は、志賀毒素(shiga toxin: Stx)と３型分泌装置を主な病原因子として保持しており、それぞれStxファージとLEE領域（可動性遺伝因子）にコードされている。さらに、ファージやプラスミド上に多数の病原因子が同定されている。我々は、ウシ常在大腸菌には、StxやLEEと共に多数の病原因子が蓄積していることを見出しており、それらの病原因子が強調して働くことでウシ腸内での生存に役...
❏大規模比較ゲノム解析による腸管出血性大腸菌出現プロセスの解明(17H04077)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 九州大学, 医学研究院, 准教授 (40363585)
【キーワード】志賀毒素産生性大腸菌 / 腸管病原性大腸菌 / 志賀毒素 / ３型分泌装置 / 進化 (他9件)
【概要】志賀毒素産生大腸菌(STEC)と腸管病原性大腸菌(EPEC)は、それぞれ溶血性尿毒素症候群と乳児下痢症の原因となる。STECやEPECはウシの腸管内に常在しているが、どのような大腸菌からどのようなプロセスを経て進化してきたかはまだよくわかっていない。我々は、ヒトとウシの常在大腸菌、ヒト臨床由来大腸菌の大規模ゲノム比較により、STECやEPECがウシ常在大腸菌に様々な病原遺伝子が蓄積することで出現し...
【医歯薬学】基礎医学：志賀毒素 ／ゲノムを含む研究件
❏腸管出血性大腸菌の出現機構の全容解明ー制御法開発のための基盤構築(20H03486)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 久留米大学, 医学部, 教授 (40363585)
【キーワード】腸管出血性大腸菌 / ゲノム / 進化 / 志賀毒素 / 病原性
【概要】腸管出血性大腸菌は、志賀毒素(shiga toxin: Stx)と３型分泌装置を主な病原因子として保持しており、それぞれStxファージとLEE領域（可動性遺伝因子）にコードされている。さらに、ファージやプラスミド上に多数の病原因子が同定されている。我々は、ウシ常在大腸菌には、StxやLEEと共に多数の病原因子が蓄積していることを見出しており、それらの病原因子が強調して働くことでウシ腸内での生存に役...
❏大規模比較ゲノム解析による腸管出血性大腸菌出現プロセスの解明(17H04077)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 九州大学, 医学研究院, 准教授 (40363585)
【キーワード】志賀毒素産生性大腸菌 / 腸管病原性大腸菌 / 志賀毒素 / ３型分泌装置 / 進化 (他9件)
【概要】志賀毒素産生大腸菌(STEC)と腸管病原性大腸菌(EPEC)は、それぞれ溶血性尿毒素症候群と乳児下痢症の原因となる。STECやEPECはウシの腸管内に常在しているが、どのような大腸菌からどのようなプロセスを経て進化してきたかはまだよくわかっていない。我々は、ヒトとウシの常在大腸菌、ヒト臨床由来大腸菌の大規模ゲノム比較により、STECやEPECがウシ常在大腸菌に様々な病原遺伝子が蓄積することで出現し...
【医歯薬学】基礎医学：ヘテロクロマチン ／ゲノムを含む研究件
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
【医歯薬学】基礎医学：生殖細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
❏異常スプライシングＲＮＡの網羅的同定とその意義の解明(23510234)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】坂本 博 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00187048)
【キーワード】mRNA品質管理 / 生殖細胞 / エキソン連結部複合体 / 細胞質スプライシング / 線虫 (他13件)
【概要】mRNA前駆体のスプライシング後のエキソン連結部に形成されるエキソン連結部複合体（EJC）の構成タンパク質であるY14の発現を阻害した線虫C. elegansでは、イントロンを含むスプライシング未完了RNAが細胞質に漏出することが明らかになった。さらに、これらのスプライシング未完了RNAの中には、細胞質において小胞体タンパク質IRE-1によってプロセシングを受けるものが存在することが示唆された。以...
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
【医歯薬学】内科系臨床医学：lncRNA ／ゲノムを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏乳がん細胞におけるＥＭＴ制御因子のシストローム解析(24501311)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80375071)
【キーワード】FAIRE-seq / シグナル伝達 / EMT / 乳がん / TGF-beta (他16件)
【概要】本研究では乳腺上皮細胞の上皮間葉転換EMTにおける遺伝子発現変化を次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより解析するとともに、オープンクロマチン領域の変化につきFAIRE-seqを用いてデータ取得を行った。その結果発現変動を受けるnon coding RNAなどの新規転写産物を同定した。このうちlncRNA-Smad7の抗アポトーシス作用を見いだした。また乳腺上皮細胞に恒常活性RASを発現させ...
【医歯薬学】内科系臨床医学：小型魚類 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏ミオシン重鎖アイソフォームから探る魚類の筋形成の分子メカニズム(18780160)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40401179)
【キーワード】水産学 / 発生・分化 / バイオテクノロジー / ミオシン重鎖 / 筋肉 (他10件)
【概要】メダカの筋形成過程で発現する主要なミオシン重鎖(myosin heavy chain, MYH)アイソフォームであるmMYH_<L1>、mMYH_<L2>およびmMYH_<emb1>につき、RACE法により転写開始点を同定した。次に、転写開始点から5'上流の配列をゲノムデータベースから抽出し、他生物種の相同領域とのホモロジー解析を行ったところ、mMYH_...
【医歯薬学】内科系臨床医学：心不全 Heart Failure ／ゲノムを含む研究件
❏心筋細胞の分化と破綻におけるエピゲノム機構の解析(26253049)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】小室 一成 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (30260483)
【キーワード】分子心臓学 / エピゲノム / 遺伝子制御 / 分子心臓病学 / 転写制御 (他9件)
【概要】我々は、未分化幹細胞が心筋細胞へと分化する過程、心筋細胞の機能が破綻する心不全発症の過程の両者におけるエピゲノム制御機構を解析した。まず分化に伴って活性化するWntシグナルの転写制御因子β-cateninが複数のエピゲノム制御因子と複合体を形成して中胚葉エンハンサーを活性化し下流の遺伝子プログラムを誘導することを明らかにした。さらに１細胞トランスクリプトーム解析とエピゲノム解析を統合することで、心...
❏心筋細胞特異的発現遺伝子群の統合的調節機構および慢性的疾患発生機序の解明(24689037)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80567511)
【キーワード】エピゲノム / DNAメチル化 / 細胞特異的発現遺伝子 / 成熟細胞 / DNA脱メチル化機構 (他15件)
【概要】本研究計画では各発生段階からの均一な心筋細胞集団からDNAメチル化エピゲノムデータから、細胞種特異的なDNAメチル化エピゲノムの成り立ちについての理解を深めた。結果として、細胞特異的発現遺伝子の一部に、gene body領域での顕著なDNAメチル化変動を経る遺伝子があることを見出した。これら成熟細胞におけるgene body領域の低メチル化状態は転写マシナリーおよびp300の蓄積を伴い、さらに成熟...
【医歯薬学】内科系臨床医学：マイクロRNA(miRNA) ／ゲノムを含む研究件
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏機能的スクリーニング法を用いた子宮体癌関連マイクロRNAの探索と核酸医薬への応用(22390313)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】青木 大輔 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30167788)
【キーワード】子宮体癌 / マイクロRNA / エピゲノム異常 / DNAメチル化 / 癌抑制型マイクロRNA (他13件)
【概要】子宮体癌においてエピジェネティックな異常メチル化により発現が抑制されている癌抑制型マイクロRNA(miRNA)を同定し、その機能を解析することを目的とした。ヒト子宮体癌由来細胞株に脱メチル化剤(5-Aza-CdR)を添加し発現が増加したマイクロRNAの中からmiR-34bを同定した。miR-34bは体癌組織で発現が抑制されており、培養細胞に導入するとコロニー形成能および遊走能を低下させた。マウス移...
【医歯薬学】内科系臨床医学：gene body領域 ／ゲノムを含む研究件
❏Gene body領域エピゲノムのモニタリングによる細胞成熟誘導法の最適化(15K14431)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (80567511)
【キーワード】DNAメチル化 / 酸化的脱メチル化過程 / gene body領域 / 転写伸長反応 / 細胞成熟 (他14件)
【概要】本研究計画はglobal DNAメチル化修飾をバックグラウンドとする哺乳類ゲノムにおいて、gene body領域のエピジェネティック状態が細胞成熟に関与する可能性を検討し、これをもとに細胞成熟の評価および誘導を目指す。当初の成熟誘導法の樹立の計画に先立ち心筋細胞と肝細胞の比較を行ったところ、低メチル化を特徴とするgene body領域エピジェネティック・ドメインは心筋細胞により強く、他の細胞にはあ...
❏心筋細胞特異的発現遺伝子群の統合的調節機構および慢性的疾患発生機序の解明(24689037)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80567511)
【キーワード】エピゲノム / DNAメチル化 / 細胞特異的発現遺伝子 / 成熟細胞 / DNA脱メチル化機構 (他15件)
【概要】本研究計画では各発生段階からの均一な心筋細胞集団からDNAメチル化エピゲノムデータから、細胞種特異的なDNAメチル化エピゲノムの成り立ちについての理解を深めた。結果として、細胞特異的発現遺伝子の一部に、gene body領域での顕著なDNAメチル化変動を経る遺伝子があることを見出した。これら成熟細胞におけるgene body領域の低メチル化状態は転写マシナリーおよびp300の蓄積を伴い、さらに成熟...
【医歯薬学】内科系臨床医学：メタゲノム解析 ／ゲノムを含む研究件
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏水環境中の未知ウイルス発見のための選択的メタゲノム解析技術の開発(15H04065)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】真砂 佳史 国際連合大学サステイナビリティ高等研究所, サステイナビリティ高等研究所, リサーチフェロー (50507895)
【キーワード】ウイルス / 下水 / メタゲノム解析 / ゲノム解析 / シーケンシング (他10件)
【概要】本研究は効率的な新興病原ウイルスの発見に適した検出手法の開発を目標とした。下水中のウイルスゲノム群から解析対象のゲノムのみを選択的に回収し，次世代シーケンシング法によりその塩基配列を決定することで，下水中の存在量が低いウイルスであってもゲノム解析を可能にする手法を開発した。また，下水中のウイルスを対象としたメタゲノム解析を行い，得たほとんどの配列がデータベースに近縁配列がないことを確認した。メタゲ...
【医歯薬学】内科系臨床医学：関連解析 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト肉眼解剖形質のデジタル解析とゲノム基盤解明(25251042)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-10-21 - 2016-03-31
【研究代表者】石田 肇 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (70145225)
【キーワード】解剖学 / ゲノム / 医用画像 / 形状解析 / 関連解析
【概要】WNT10Aの多型が歯牙形態に与える影響を見いだし,また、顔面の3次元表面形状データならびに身体形質（身長、手の形、皮膚色等）を収集して、琉球出身者と本土出身者の比較をするとともに、遺伝子との関連解析を行った。顔面形態については、相同モデル化による複雑な形状の解析を実現し、ゲノムワイド関連解析によって顔面の平坦性に関連する遺伝子多型の同定に成功した。 さらに、内部構造を含む医用画像データとゲノム解...
❏次世代シーケンサーを用いたパーキンソン病の遺伝因子に関する研究(23790384)
【研究テーマ】人類遺伝学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】三井 純 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (70579862)
【キーワード】関連解析 / ゲノム / 疾患感受性遺伝子
【概要】疾患と関連する稀な変異を効率よく検出するため,DNAサンプルをプーリングしたうえで,次世代シーケンサーを用いて解析を行った.パーキンソン病患者のDNA64サンプルを8行8列のマトリックスに配置し,各行各列で8サンプルのプーリングを行い,計16セットのプーリングDNAを作成した.各セットについて候補遺伝子領域をPCRで増幅し,GAIIxを用いてシーケンスした.整数計画法を用いて各行各列で変異のアレル...
❏次世代シーケンサーを用いたパーキンソン病の遺伝因子に関する研究(22890041)
【研究テーマ】神経内科学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2010
【研究代表者】三井 純 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (70579862)
【キーワード】ゲノム / 神経内科学 / パーキンソン病 / 関連解析 / 次世代シーケンサー
【概要】パーキンソン病患者サンプル64例を8×8のマトリックスに配置し,各8行各8列についてサンプルをプーリングした.候補となるライソゾーム遺伝子6遺伝子について,それぞれのプールDNAをPCRにて増幅し(合計24kb相当の領域),ライブラリーを作成し,IlluminaGAIIxシングルエンド100塩基の解析にて各ライブラリーあたり1レーン相当の解析を行った.アレルあたり1,000～2,000のdepth...
【医歯薬学】内科系臨床医学：神経内科学 ／ゲノムを含む研究件
❏先端ゲノムによる家族性神経疾患遺伝子の発見と新しい家系解析方法論の開発(25670420)
【研究テーマ】神経内科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】佐竹 渉 神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (50467594)
【キーワード】神経遺伝 / エクソーム / ゲノム / 遺伝性神経疾患 / 神経内科学 (他7件)
【概要】既知遺伝子による遺伝性疾患と未知遺伝子による遺伝性疾患の２つの遺伝性疾患が共在する患者がいる家系についてエクソーム解読を行った。Hiseq2500で超高速シークエンスを行い、BWAソフトウェアでヒトゲノム参照配列へのマッピング、GATKにてSNV (Single nucleotide variation)のコールを行った。エクソームシークエンスの平均depthはx108-121であった。遺伝性疾患...
❏次世代シーケンサーを用いたパーキンソン病の遺伝因子に関する研究(22890041)
【研究テーマ】神経内科学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2010
【研究代表者】三井 純 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (70579862)
【キーワード】ゲノム / 神経内科学 / パーキンソン病 / 関連解析 / 次世代シーケンサー
【概要】パーキンソン病患者サンプル64例を8×8のマトリックスに配置し,各8行各8列についてサンプルをプーリングした.候補となるライソゾーム遺伝子6遺伝子について,それぞれのプールDNAをPCRにて増幅し(合計24kb相当の領域),ライブラリーを作成し,IlluminaGAIIxシングルエンド100塩基の解析にて各ライブラリーあたり1レーン相当の解析を行った.アレルあたり1,000～2,000のdepth...
【医歯薬学】内科系臨床医学：行動 ／ゲノムを含む研究件
❏中枢神経を持たないクラゲの睡眠：「末梢睡眠」についての研究(20K21421)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2023-03-31
【研究代表者】立花 和則 東京工業大学, 生命理工学院, 准教授 (60212031)
【キーワード】末梢睡眠 / クラゲ / 散在神経系 / 行動解析 / ゲノム (他11件)
【概要】睡眠は健康な生活に必須である。睡眠が不足すると、意識がもうろうとすることなどから、脳の休息に重要であると考えられるが、睡眠がどのように脳の機能回復に働くのかということの分子的実体は不明の点が多い。脳（中枢神経）の無いクラゲにも睡眠が存在することは、睡眠は、脳のみでなく、末梢においても何らかの役割を果たしていることを示している。私たちはクラゲの睡眠を「末梢睡眠」と名付け、本研究はこの末梢睡眠を明らか...
❏ゲノム育種によりトラフグの優良品種作出をめざす(20228003)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】鈴木 譲 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】遺伝育種 / トラフグゲノム / 耐病性 / 体サイズ / 行動 (他13件)
【概要】全ゲノムが解読された最初の食用魚であるトラフグを用いて,有用形質を支配する遺伝子の特定めざした.トラフグとクサフグなどの種間交雑を進めて解析することにより,体サイズ,脊椎骨数,鱗の有無,寄生虫耐性,警戒心の強さ,淡水適応能力に関する遺伝子の染色体上の位置が特定され,ゲノム情報に基づく優良個体選抜育種への道筋をつけることができた.また,性決定遺伝子の特定に成功し,雄の価値が高いこの魚における性制御技...
【医歯薬学】内科系臨床医学：ハプロタイプ ／ゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏ハプロタイプ配列群に基づくアレル特異的ゲノム動態解析手法の開発(18K14624)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ゲノム / ハプロタイプ / 遺伝子構造アノテーション / アレル特異的 / アレル特異的現象 (他7件)
【概要】多倍体生物のゲノムにおいて、片方のアレルからのみ遺伝子の発現が観察される現象については、X染色体不活性化や哺乳類におけるゲノムインプリンティング等が長く研究対象となってきており、疾患との関連も報告され生命活動の維持に重要であることが示されている。本研究の具体的な目的は、汎用的なアレル特異的現象のin silico解析パイプラインを開発することであり、単一の代表ゲノム配列に依存せず、各ハプロタイプ配...
【医歯薬学】内科系臨床医学：プロモーター ／ゲノムを含む研究件
❏プロモーター配列の設計(22240032)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
【キーワード】プロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 (他9件)
【概要】与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複し...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
❏クロマチン沈降・DNAチップ法を用いたヒト転写因子標的遺伝子の網羅的同定法の開発(16681015)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)
【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)
【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...
【医歯薬学】内科系臨床医学：ゲノム科学 ／ゲノムを含む研究件
❏大規模ゲノム情報解析を加速する並列計算システム(16K16145)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】笠原 雅弘 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60376605)
【キーワード】ワークフロー / 再現性 / コンテナ仮想化 / 並列計算 / パイプライン (他13件)
【概要】従来から長らく研究されてきた数値計算によるシミュレーション等の並列計算研究では演算器の利用効率が高いことが求められてきた。しかし、自然科学では発見は一度きりであり、ゲノム分野における並列計算では演算の実行よりもプログラムの作成にボトルネックが存在していることが多い。そこで、ゲノム解析に適した「composable なコンテナシステム」「学習量が少なくて済み、記述量も少ないワークフロー記述システム」...
❏生命科学・医学の発展に対応した社会規範形成-生命倫理基本法の構築(18390159)
【研究テーマ】医療社会学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】位田 隆一 京都大学, 大学院・公共政策連携研究部, 教授 (40127543)
【キーワード】生命倫理 / ゲノム科学 / 再生医療 / バイオバンク / 生殖補助医療 (他10件)
【概要】本研究では、ゲノム科学、再生医療、臓器移植、ヒト胚研究等の生命科学・医学の諸分野の科学的発展と課題を明らかにし、そこに生じうる倫理的法的社会的問題を把握し、学際的に理論的および実際的側面に配慮しつつ、新しい社会規範としての生命倫理のあり方と体系を総合的に検討して、生命倫理基本法の枠組みを提言した。具体的には、生命倫理基本法の必要性と基本的考え方、生命倫理一般原則群、分野別規範群、倫理審査体制、国や...
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
【医歯薬学】内科系臨床医学：ゲノム多型 ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏顔形状を規定するゲノム変異の網羅的探索によるゲノム・モンタージュ技術の開発(16H01752)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
【キーワード】ゲノム多型 / 顔形状 / モンタージュ / 人類学 / 情報システム (他9件)
【概要】一卵性双生児はよく似た顔をしていることから、ヒトの顔形状には遺伝要因が強く働いていると考えられる。そこで本研究では、ゲノム情報と顔形状データを大規模に収集・解析することにより、顔形状の個人差を規定する遺伝要因の解明をめざした。日本人ボランティアに対する測定会を実施し、双生児ときょうだい合計186名について顔3D形状の測定とゲノム多型解析を実施した。これを用いて顔形状のさまざまな部位における遺伝率を...
【医歯薬学】外科系臨床医学：バイオバンク ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏生命科学・医学の発展に対応した社会規範形成-生命倫理基本法の構築(18390159)
【研究テーマ】医療社会学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】位田 隆一 京都大学, 大学院・公共政策連携研究部, 教授 (40127543)
【キーワード】生命倫理 / ゲノム科学 / 再生医療 / バイオバンク / 生殖補助医療 (他10件)
【概要】本研究では、ゲノム科学、再生医療、臓器移植、ヒト胚研究等の生命科学・医学の諸分野の科学的発展と課題を明らかにし、そこに生じうる倫理的法的社会的問題を把握し、学際的に理論的および実際的側面に配慮しつつ、新しい社会規範としての生命倫理のあり方と体系を総合的に検討して、生命倫理基本法の枠組みを提言した。具体的には、生命倫理基本法の必要性と基本的考え方、生命倫理一般原則群、分野別規範群、倫理審査体制、国や...
【医歯薬学】外科系臨床医学：CRISPR ／ゲノムを含む研究件
❏極限的な乾燥耐性を実現させるゲノム保護・修復機構の解明(22H00372)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2022-04-01 - 2026-03-31
【研究代表者】黄川田 隆洋 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 主席研究員 (60414900)
【キーワード】DNA修復 / 極限乾燥耐性 / ゲノム / CRISPR
【概要】
❏次世代型CRISPRシステムの構築によるヒト遺伝子機能解明のための基盤技術開発(15H04319)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】程 久美子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50213327)
【キーワード】CRISPR / dCas9 / base-pairing / thermodynamics / melting temperature (他10件)
【概要】本研究は、CRISPR法の改良による次世代型ヒト遺伝子機能解明のための基盤技術の開発を目的とした研究である。CRISPRシステムとは、原核生物の免疫防御システムを利用した新しいゲノム編集法であり、あらゆる生物種に応用可能な画期的技術として注目されている。CRISPR法では、標的部位を塩基配列で識別するガイドRNAがCas9たんぱく質と複合体を形成し、ガイドRNAが対合したゲノム領域をCas9が切断...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：ヒトゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノムアノテーションで見過された短鎖ペプチドコードORFの発見と疾患マーカー開発(17K19565)
【研究テーマ】病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】矢田 哲士 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728)
【キーワード】ショートORF(sORF) / 短鎖ペプチド / ノンコーディングRNA(ncRNA) / ヒトゲノム / 疾患マーカー (他8件)
【概要】ヒトゲノムには数多くの長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)遺伝子が同定されているが、その多くの機能は分かっていない。一方、lncRNAだと考えられていた遺伝子が短いペプチドをコードしている例が報告されている。ここでは、分子生物学と生化学を使った実験的アプローチと情報生物学に基づく計算的アプローチを連携させて、lncRNAとして同定されていたヒトのRNAの中から、短いペプチドをコードしているR...
❏クロマチン構造とＤＮＡメチル化が誘導する進化(23241058)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-05-31 - 2014-03-31
【研究代表者】森下 真一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
【キーワード】DNAメチル化 / 塩基置換 / 進化 / 近交系 / ヒトゲノム (他7件)
【概要】ゲノムの多様性は主として自然選択説と中立説から解釈されてきた。これらの説を補う第三の視点として、クロマチン構造およびDNAメチル化が多様性にあたえる影響を本研究では分析した。その結果、低DNAメチル化にあるCpG の周辺では１塩基変異率が有意に低くなることがわかった。さらに転写開始点下流においてヌクレオソームが存在する場所では１塩基変異率が有意に高くなる。一方、存在しないリンカー領域では挿入削除率...
【医歯薬学】外科系臨床医学：遺伝子発現解析 ／ゲノムを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏ミオシン重鎖アイソフォームから探る魚類の筋形成の分子メカニズム(18780160)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40401179)
【キーワード】水産学 / 発生・分化 / バイオテクノロジー / ミオシン重鎖 / 筋肉 (他10件)
【概要】メダカの筋形成過程で発現する主要なミオシン重鎖(myosin heavy chain, MYH)アイソフォームであるmMYH_<L1>、mMYH_<L2>およびmMYH_<emb1>につき、RACE法により転写開始点を同定した。次に、転写開始点から5'上流の配列をゲノムデータベースから抽出し、他生物種の相同領域とのホモロジー解析を行ったところ、mMYH_...
【医歯薬学】外科系臨床医学：治療標的 ／ゲノムを含む研究件
❏上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定(20H00545)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80280783)
【キーワード】癌 / 遺伝子 / ゲノム / 遺伝学 / 病理学 (他7件)
【概要】上皮内肺がん17例、微小浸潤腺がん2例について、全ゲノム/RNAシークエンスデータおよび長鎖シークエンスデータを取得し、進行がんと比較することで、総合的に早期肺発がん機構のメカニズムの推定を行った。既知のがん遺伝子変異としては、EGFR、KRAS、MET、BRAF、HER2遺伝子の変異、RET遺伝子融合は、早期肺がん形成に働くドライバー変化であることが明らかにされた。一方、TP53やSMARCA2...
❏１細胞がんー間質相互作用解析による抗癌剤耐性克服ターゲットの探索(17H04992)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (10776082)
【キーワード】がん / 治療標的 / ゲノム / がん-間質細胞間相互作用 / シングルセルトランスクリプトーム (他7件)
【概要】腫瘍組織のシングルセルトランスクリプトームシークエンスのデータから、癌細胞や線維芽細胞、免疫細胞、血管内皮細胞といった各種細胞との間における細胞間相互作用全体（インタラクトーム）を解析・可視化する手法を開発した。この方法を用いてびまん型胃がんモデルマウスおよび利用可能なヒトの正常胃粘膜と胃癌組織のシングルセルシーケンスデータのインタラクトーム解析を行った。その結果、線維芽細胞を始めとして様々な細胞...
❏アクセス可能な治療標的探索の為のがん-間質細胞間相互作用のシーケンシング解析(25710020)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】石川 俊平 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (50418638)
【キーワード】ゲノム / がん / 治療標的 / 癌 / 病理学
【概要】ヒト癌細胞のマウス移植系におけるトランスクリプトームシーケンスのデータから、マウスとヒトとの配列を分離して癌細胞と間質細胞との細胞間相互作用全体（インターラクトーム）を解析する方法を高精度化した。この方法を用いて、様々な癌種の細胞や臨床検体から樹立したXenograftの解析を行い、癌の組織像を反映したインターラクトームプロファイルや、特定の癌種で重要な相互作用候補を同定することができ、候補分子の...
【医歯薬学】外科系臨床医学：婦人科腫瘍学 ／ゲノムを含む研究件
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
❏アンプリコミクス解析のための実験技術基盤の構築(23241064)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】仙波 憲太郎 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (70206663)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / 遺伝子増幅 / がん / ゲノム / 分子腫瘍学 (他7件)
【概要】がんは遺伝子の異常が原因となって生じる病気です。私たちの体の設計図である遺伝子はすべて父親と母親から一つずつもらっていますが、がん細胞の中には、遺伝子増幅と呼ばれる現象によって数倍から数十倍に多くなっている遺伝子が見つかっています。これまでの研究から、このような遺伝子（がん遺伝子）が、がんの治療や診断に利用できることがわかってきました。私たちは、遺伝子増幅が頻繁に観察される乳がんに注目し、がん遺伝...
【医歯薬学】外科系臨床医学：小分子RNA ／ゲノムを含む研究件
❏C.elegans姉妹種を用いた小分子RNAによるトランスポゾン制御機構の解明(19H03212)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)
【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...
❏卵巣癌DNAコピー数異常の謎を解く－piRNAの卵巣癌への関与－(17K19613)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / 小分子RNA / トランスクリプトーム / 低分子RNA / ゲノム (他6件)
【概要】Piwi-interacting RNA (piRNA)は生殖組織特異的に産生される小分子RNA群である。卵巣漿液性癌 5検体と正常卵巣 2検体を用いて全トランスクリプトーム解析（mRNA-seq）および全小分子RNA解析（miRNA-seq）を行ったところ、20-23塩基長のmiRNAは卵巣癌と正常卵巣の間で発現パターンが明らかに異なっていたが、26-34塩基長のpiRNAは卵巣癌の一部において...
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
【医歯薬学】外科系臨床医学：エクソーム ／ゲノムを含む研究件
❏先端ゲノムによる家族性神経疾患遺伝子の発見と新しい家系解析方法論の開発(25670420)
【研究テーマ】神経内科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】佐竹 渉 神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (50467594)
【キーワード】神経遺伝 / エクソーム / ゲノム / 遺伝性神経疾患 / 神経内科学 (他7件)
【概要】既知遺伝子による遺伝性疾患と未知遺伝子による遺伝性疾患の２つの遺伝性疾患が共在する患者がいる家系についてエクソーム解読を行った。Hiseq2500で超高速シークエンスを行い、BWAソフトウェアでヒトゲノム参照配列へのマッピング、GATKにてSNV (Single nucleotide variation)のコールを行った。エクソームシークエンスの平均depthはx108-121であった。遺伝性疾患...
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
【医歯薬学】外科系臨床医学：漿液性卵巣がん ／ゲノムを含む研究件
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
【医歯薬学】外科系臨床医学：エピゲノム異常 ／ゲノムを含む研究件
❏オートファジー活性化とゲノム変異、エピゲノム異常の連携によるがん細胞の選択的淘汰(17K19626)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】藤井 誠志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, ユニット長 (30314743)
【キーワード】オートファジー / ゲノム変異 / エピゲノム異常 / 病理学 / がん (他7件)
【概要】RAS、BRAF、TP53の変異の有無が異なる4種の大腸がん細胞株（HT-29、SW480、HCT116、DLD-1）の飢餓応答時と非飢餓時の細胞株を作製し、マルチオミクス解析として、ヒストン修飾(H3K4me3、H3K9me2、H3K27me3)を指標とするChIP-seqを行い、クロマチン構造の変化を見出した。Fucci導入細胞株では、オートファジーが活性化すると、G1/S期の割合が増加した。...
❏機能的スクリーニング法を用いた子宮体癌関連マイクロRNAの探索と核酸医薬への応用(22390313)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】青木 大輔 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30167788)
【キーワード】子宮体癌 / マイクロRNA / エピゲノム異常 / DNAメチル化 / 癌抑制型マイクロRNA (他13件)
【概要】子宮体癌においてエピジェネティックな異常メチル化により発現が抑制されている癌抑制型マイクロRNA(miRNA)を同定し、その機能を解析することを目的とした。ヒト子宮体癌由来細胞株に脱メチル化剤(5-Aza-CdR)を添加し発現が増加したマイクロRNAの中からmiR-34bを同定した。miR-34bは体癌組織で発現が抑制されており、培養細胞に導入するとコロニー形成能および遊走能を低下させた。マウス移...
【医歯薬学】外科系臨床医学：Cre-LoxP ／ゲノムを含む研究件
❏中区分37:生体分子化学およびその関連分野(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】光操作
【研究期間】細胞
【研究代表者】遺伝子
【キーワード】ゲノム
【概要】
❏近赤外光によるゲノムの光操作技術の創出(20K20451)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / Cre-loxP / 近赤外光 / ゲノム / DNA組換え反応
【概要】
❏光操作に基づく細胞解析技術の開発と応用(18H03932)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / 細胞 / 遺伝子 / ゲノム / タンパク質 (他7件)
【概要】本研究では，DNA組換え反応の光操作技術（PA-Cre）を染色体に組み込んだノックインマウスやPA-Cre をコードするアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）を開発すると共に，当該技術のマウスの生体（in vivo）での検証を通じて新たな細胞解析技術を創出した．さらに，光照射でゲノム上での転移反応を示す光駆動型のタンパク質分子を世界で初めて開発し，細胞レベルでの検証を行なった．これらの技術は，従来技...
【医歯薬学】外科系臨床医学：DNA修復 ／ゲノムを含む研究件
❏極限的な乾燥耐性を実現させるゲノム保護・修復機構の解明(22H00372)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2022-04-01 - 2026-03-31
【研究代表者】黄川田 隆洋 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 主席研究員 (60414900)
【キーワード】DNA修復 / 極限乾燥耐性 / ゲノム / CRISPR
【概要】
❏有糸分裂期と減数分裂期の染色体再編成の違いを生み出す要因の解明(17H03711)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】減数分裂 / 組換え / 染色体 / ゲノム再編成 / DNA再編成 (他8件)
【概要】ゲノムDNAの切断は、様々な染色体再編成や遺伝子変異を生じ、がん化や細胞老化などの疾患に結びつく。一方、減数分裂期にはSpo11 がDNA切断を担うが、染色体転座などは抑制される。今回大規模ゲノム再編成系TAQingシステムを、有糸分裂期と減数分裂期の酵母細胞に適用し、ゲノム再編成への影響を比較した。その結果、有糸分裂期には減数分裂期にはまれな転座やコピー数変動が多数見られた。Spo11欠損株で減...
❏リボソームRNA遺伝子における増幅誘導配列(EXP)の機能解析(17370065)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小林 武彦 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)
【キーワード】ゲノムの安定性 / リボソームRNA遺伝子 / 遺伝子増幅 / non coding RNA / DNA組換え (他19件)
【概要】ゲノムの不安定性は細胞老化や癌を引き起こす原因と考えられており、DNAを修復する機構、特に修復酵素群の働きについては、これまで遺伝学、生化学的手法により研究されてきた。リボソームRNA遺伝子(rDNA)は100コピー以上が繰り返して存在しており、リピート間での相同組換えによるコピーの脱落が頻繁に観察されるゲノム中で最も不安定な領域の1つと考えられている。しかしrDNAには、コピー数を回復させrDN...
【医歯薬学】外科系臨床医学：発がん機構 ／ゲノムを含む研究件
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
【医歯薬学】外科系臨床医学：STIC ／ゲノムを含む研究件
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
【医歯薬学】外科系臨床医学：クロマチン ／ゲノムを含む研究件
❏エピゲノムパターン構築に不可欠な遺伝子と有害配列の識別メカニズムの解明(22K06180)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤 泰子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10623978)
【キーワード】エピジェネティクス / DNAメチル化 / クロマチン / 植物 / ゲノム
【概要】
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
【医歯薬学】外科系臨床医学：病理学 ／ゲノムを含む研究件
❏上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定(20H00545)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80280783)
【キーワード】癌 / 遺伝子 / ゲノム / 遺伝学 / 病理学 (他7件)
【概要】上皮内肺がん17例、微小浸潤腺がん2例について、全ゲノム/RNAシークエンスデータおよび長鎖シークエンスデータを取得し、進行がんと比較することで、総合的に早期肺発がん機構のメカニズムの推定を行った。既知のがん遺伝子変異としては、EGFR、KRAS、MET、BRAF、HER2遺伝子の変異、RET遺伝子融合は、早期肺がん形成に働くドライバー変化であることが明らかにされた。一方、TP53やSMARCA2...
❏オートファジー活性化とゲノム変異、エピゲノム異常の連携によるがん細胞の選択的淘汰(17K19626)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】藤井 誠志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, ユニット長 (30314743)
【キーワード】オートファジー / ゲノム変異 / エピゲノム異常 / 病理学 / がん (他7件)
【概要】RAS、BRAF、TP53の変異の有無が異なる4種の大腸がん細胞株（HT-29、SW480、HCT116、DLD-1）の飢餓応答時と非飢餓時の細胞株を作製し、マルチオミクス解析として、ヒストン修飾(H3K4me3、H3K9me2、H3K27me3)を指標とするChIP-seqを行い、クロマチン構造の変化を見出した。Fucci導入細胞株では、オートファジーが活性化すると、G1/S期の割合が増加した。...
❏Deep Learningを用いたデジタル病理画像からの遺伝子変異推定(16H06766)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (10776082)
【キーワード】深層学習 / デジタル病理画像 / 遺伝子変異 / 癌 / 機械学習 (他7件)
【概要】本研究では、Deep Learning（深層学習）を腫瘍のデジタル病理画像に適用することで、治療の選択に影響を与える遺伝子変異の有無を病理画像から推定し、遺伝子変異と相関する組織学的特徴を病理医が解釈可能な形で提示することを目指す。 本年度は、Deep Learningの教師データを効率よく得るために、腫瘍を含む領域・含まない領域を手動で選択するためのGUIシステム（PathologyMap）を開...
【医歯薬学】外科系臨床医学：クローン進化 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム異常とエピゲノム異常によるATLの協奏的クローン進化メカニズムの解明(21K08386)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】山岸 誠 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任講師 (90625261)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / HTLV-1 / ATL / クローン進化 (他8件)
【概要】これまでの解析総数として、HTLV-1キャリア、HAM、ATL、累計120症例、及び正常T細胞を対象に、RNA-seqを用いて全遺伝子発現解析を実施し、ATL細胞の基盤となる基本的性質がキャリア体内ですでに形成されていることを証明した。 感染細胞のエピゲノム異常の形成メカニズムを明らかにするために、HTLV-1 TaxのChIP-seq解析を実施した。Taxは、宿主細胞のクロマチンに結合し、クロマ...
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
【医歯薬学】外科系臨床医学：ゲノム変異 ／ゲノムを含む研究件
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
❏オートファジー活性化とゲノム変異、エピゲノム異常の連携によるがん細胞の選択的淘汰(17K19626)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】藤井 誠志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 先端医療開発センター, ユニット長 (30314743)
【キーワード】オートファジー / ゲノム変異 / エピゲノム異常 / 病理学 / がん (他7件)
【概要】RAS、BRAF、TP53の変異の有無が異なる4種の大腸がん細胞株（HT-29、SW480、HCT116、DLD-1）の飢餓応答時と非飢餓時の細胞株を作製し、マルチオミクス解析として、ヒストン修飾(H3K4me3、H3K9me2、H3K27me3)を指標とするChIP-seqを行い、クロマチン構造の変化を見出した。Fucci導入細胞株では、オートファジーが活性化すると、G1/S期の割合が増加した。...
【医歯薬学】外科系臨床医学：肉腫 ／ゲノムを含む研究件
❏脱分化型脂肪肉腫に対するエピゲノム解析(18K15328)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】浅野 尚文 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (10445299)
【キーワード】肉腫 / 脂肪肉腫 / 脱分化型脂肪肉腫 / DNAメチル化 / 脱メチル化剤 (他8件)
【概要】脱分化型脂肪肉腫は成人に好発する高悪性度腫瘍である。今回我々は、高分化型/脱分化型脂肪肉腫に対するゲノム網羅的なDNAメチル化解析を行い、悪性度の高い脱分化型脂肪肉腫では脂肪分化に関する遺伝子のDNAメチル化が悪性化に関与している可能性を見出した。本研究成果から、今後、脱分化型脂肪肉腫に対する新規治療戦略として脱メチル化剤治療が有用な可能性が示唆された。 ...
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
❏骨軟部腫瘍における診断マーカーの同定と腫瘍概念の再構築を目指した融合遺伝子の探索(16H02676)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
【キーワード】肉腫 / ゲノム解析 / がんゲノム / 骨軟部腫瘍 / 融合遺伝子 (他9件)
【概要】本課題では、骨軟部腫瘍の多様性の分子メカニズムの解明と新規治療方法の開発を目的として、骨軟部腫瘍のゲノム解析・機能解析を進めた。国内28医療機関、14研究機関からなる骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムのネットワークを通じて、腫瘍、正常検体の収集と対象20疾患(脱分化型脂肪肉腫、腱滑膜巨細胞腫、類上皮肉腫、類骨骨腫、骨芽細胞腫など)について400例を超えるゲノム解析を実施した。その結果、疾患特異的な融合...
【医歯薬学】外科系臨床医学：悪性軟部腫瘍 ／ゲノムを含む研究件
❏難治性希少肉腫である淡明細胞肉腫の治療標的となるゲノム異常の探索(17K10992)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】岩田 慎太郎 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (90549685)
【キーワード】遺伝子解析 / 融合遺伝子 / 発現解析 / 明細胞肉腫 / 悪性軟部腫瘍 (他10件)
【概要】希少がんの一種である明細胞肉腫における治療標的となりうる遺伝子異常を同定するため、国内の肉腫専門施設より腫瘍検体を収集し、次世代シークエンサーによる全エクソーム解析を行った。 明細胞肉腫における特異的融合遺伝子が同定された症例においては、遺伝子変異数が多い群で予後不良であること、また一部の症例に共通の遺伝子変異が存在することが明らかとなった。さらにはこの融合遺伝子によりその下流にあるMiTF及びc...
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
【医歯薬学】外科系臨床医学：連鎖解析 ／ゲノムを含む研究件
❏シロアリ類における不妊化遺伝子の進化(16K18591)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 助教 (70626803)
【キーワード】シロアリ / 遺伝子 / 進化 / 社会性 / 連鎖解析 (他9件)
【概要】シロアリは、多数の個体が集合して社会を形成する。その社会では個体間での分業がおこなわれており、繁殖に専念する繁殖個体（女王・王）や、繁殖をせずに他個体への給餌等の利他行動を行う非繁殖個体（ワーカーなど）などが存在する。本研究ではシロアリの分業に関わる遺伝子、とくに非繁殖個体の個体発生に関わる遺伝子（不妊化遺伝子）を同定するため、交配実験や全ゲノム情報を利用した解析をおこなった。その結果、不妊化遺伝...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【医歯薬学】外科系臨床医学：全エクソン解析 ／ゲノムを含む研究件
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
【医歯薬学】外科系臨床医学：がんゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏骨軟部腫瘍における診断マーカーの同定と腫瘍概念の再構築を目指した融合遺伝子の探索(16H02676)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
【キーワード】肉腫 / ゲノム解析 / がんゲノム / 骨軟部腫瘍 / 融合遺伝子 (他9件)
【概要】本課題では、骨軟部腫瘍の多様性の分子メカニズムの解明と新規治療方法の開発を目的として、骨軟部腫瘍のゲノム解析・機能解析を進めた。国内28医療機関、14研究機関からなる骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムのネットワークを通じて、腫瘍、正常検体の収集と対象20疾患(脱分化型脂肪肉腫、腱滑膜巨細胞腫、類上皮肉腫、類骨骨腫、骨芽細胞腫など)について400例を超えるゲノム解析を実施した。その結果、疾患特異的な融合...
【医歯薬学】外科系臨床医学：次世代シークエンサー ／ゲノムを含む研究件
❏糞石ゲノム解析による縄文人の栄養・衛生・健康状態のマルチプロファイリング(21K19289)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2023-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / ゲノム / 縄文人 / 摂食物 / 次世代シークエンサー
【概要】鳥浜貝塚遺跡から出土した糞石をもちいた次世代シークエンサ（NGS）によるPCRアンプリコン・シークエンス法で、科レベル（イネ科、ナスか、セリ科など）、属レベル（ネギ属など）、種レベル（ダイズ、ニンニクなど）で現代の私達が食品としてもちいている植物が検出された。またその周辺土壌からDNAを抽出した同様の手法での実験では、ほとんどのリードがイネ科ヨシ属として検出された。これらの結果から、PCRアンプリ...
❏長鎖長次世代シークエンサによるイネ育種におけるゲノム動態と進化基本過程の理解(17H06246)
【研究テーマ】生産環境農学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】井澤 毅 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10263443)
【キーワード】イネ / ゲノム / MinION / 長鎖型 / 長鎖次世代シークエンサー (他16件)
【概要】長鎖型次世代ゲノムシークエンサーの一種であるMinIONを用いて、安価で、ゲノム情報を入手して、来歴のはっきりしたイネの育種におけるゲノムの変化を解析すること、植物の進化における基本過程を明らかにしようと考え、研究を進めたが、x10を超える程度のMinIONデータでは、正確にゲノム配列を決めることが不可能であることが、いろいろな既報ソフトウェアを使った解析から明らかとなった。一方で、イルミナの短鎖...
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
【医歯薬学】外科系臨床医学：治療 ／ゲノムを含む研究件
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
❏エピゲノム修復に基づく発達障害疾患の新規治療戦略(23390272)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】久保田 健夫 山梨大学, 医学工学総合研究部, 教授 (70293511)
【キーワード】エピジェネティクス / エピゲノム / レット症候群 / MeCP2 / 遺伝子発現 (他17件)
【概要】エピゲノムには、ゲノムにはない可逆性が存在する。そこで、エピゲノム異常に起因する発達障害疾患（Rett症候群）を対象にエピゲノム修復治療の可能性を検証した。当初、個々の遺伝子に作用する化合物の作製を予定したが、修復対象遺伝子が多数想定されたことから、グローバルな作用を有する化合物の探索を行った。その結果、本症に使用されている抗てんかん薬に多数の遺伝子を対象にしたエピゲノム修復を介した発現回復作用が...
【医歯薬学】外科系臨床医学：めだか ／ゲノムを含む研究件
❏メダカゲノムを用いた発生重要遺伝子のエピジェネティック発現制御機構(25291048)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】武田 洋幸 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80179647)
【キーワード】エピジェネティクス / メダカ / DNAメチレーション / ヒストン修飾 / ゲノム (他6件)
【概要】脊椎動物モデルであるメダカを用いて、初期胚および発生・成長過程におけるepigenetic codeを発生重要遺伝子に着目して明らかにし、成立機構を解析した結果、発生重要遺伝子は未分化状態の胞胚期細胞ではDNA低メチル化状態にあり、さらに抑制的なヒストン修飾によりその発現が強く抑制されていることが判明した。機械学習および近交系（NNIとHd-rR）の比較により、その遺伝子領域には複数の特徴的配列が...
❏転写因子とシス調節ＤＮＡの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明(22310120)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010-04-01 - 2013-03-31
【研究代表者】日下部 岳広 甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)
【キーワード】遺伝子 / ゲノム / 転写調節 / 発生・分化 / ホヤ (他6件)
【概要】次世代型DNAシークエンサーによりmRNAの５'端配列を大量に決定し、ゲノム上にマッピングすることによりホヤゲノム中の転写開始点と遺伝子発現プロファイルを決定した。これらのデータを用いて、組織特異的または発生段階特異的プロモーターの発見、トランススプライシングされる遺伝子の転写開始点の同定、miRNA遺伝子の転写制御領域の同定等の成果が得られた。ホヤとメダカを用いた発生遺伝学的実験解析によ...
❏ゲノム情報を利用した魚類汎用連鎖解析システムの開発(20380107)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)
【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：融合遺伝子 ／ゲノムを含む研究件
❏難治性希少肉腫である淡明細胞肉腫の治療標的となるゲノム異常の探索(17K10992)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】岩田 慎太郎 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (90549685)
【キーワード】遺伝子解析 / 融合遺伝子 / 発現解析 / 明細胞肉腫 / 悪性軟部腫瘍 (他10件)
【概要】希少がんの一種である明細胞肉腫における治療標的となりうる遺伝子異常を同定するため、国内の肉腫専門施設より腫瘍検体を収集し、次世代シークエンサーによる全エクソーム解析を行った。 明細胞肉腫における特異的融合遺伝子が同定された症例においては、遺伝子変異数が多い群で予後不良であること、また一部の症例に共通の遺伝子変異が存在することが明らかとなった。さらにはこの融合遺伝子によりその下流にあるMiTF及びc...
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
❏骨軟部腫瘍における診断マーカーの同定と腫瘍概念の再構築を目指した融合遺伝子の探索(16H02676)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
【キーワード】肉腫 / ゲノム解析 / がんゲノム / 骨軟部腫瘍 / 融合遺伝子 (他9件)
【概要】本課題では、骨軟部腫瘍の多様性の分子メカニズムの解明と新規治療方法の開発を目的として、骨軟部腫瘍のゲノム解析・機能解析を進めた。国内28医療機関、14研究機関からなる骨軟部腫瘍ゲノムコンソーシアムのネットワークを通じて、腫瘍、正常検体の収集と対象20疾患(脱分化型脂肪肉腫、腱滑膜巨細胞腫、類上皮肉腫、類骨骨腫、骨芽細胞腫など)について400例を超えるゲノム解析を実施した。その結果、疾患特異的な融合...
【医歯薬学】外科系臨床医学：iPS細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏縄文人iPS細胞の構築とその応用に向けた研究(21H04779)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2021-04-05 - 2025-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】iPS細胞 / 縄文人 / ゲノム / トランスクリプトーム解析 / オルガノイド
【概要】
❏エピゲノム修復に基づく発達障害疾患の新規治療戦略(23390272)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】久保田 健夫 山梨大学, 医学工学総合研究部, 教授 (70293511)
【キーワード】エピジェネティクス / エピゲノム / レット症候群 / MeCP2 / 遺伝子発現 (他17件)
【概要】エピゲノムには、ゲノムにはない可逆性が存在する。そこで、エピゲノム異常に起因する発達障害疾患（Rett症候群）を対象にエピゲノム修復治療の可能性を検証した。当初、個々の遺伝子に作用する化合物の作製を予定したが、修復対象遺伝子が多数想定されたことから、グローバルな作用を有する化合物の探索を行った。その結果、本症に使用されている抗てんかん薬に多数の遺伝子を対象にしたエピゲノム修復を介した発現回復作用が...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
【医歯薬学】外科系臨床医学：細胞老化 ／ゲノムを含む研究件
❏黄体ホルモンによる子宮内膜の細胞分化の分子基盤(16H05469)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】大須賀 穣 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80260496)
【キーワード】プロゲステロン / 着床 / 子宮 / 子宮腺筋症 / 子宮内膜 (他21件)
【概要】子宮とその関連疾患におけるプロゲステロン(P4)の作用機構を解析した。P4が子宮内膜管腔上皮の細胞増殖抑制に作用すると胚接着部位の上皮細胞の断片化とトロホブラストによる貪食に作用し胚浸潤を促すこと、管腔上皮剥離と胚生存シグナル活性化を通じて胚浸潤を可能にする子宮内膜間質のHIF2αの作用にはP4シグナルは直接影響しないこと(JCI 2018)、子宮腺筋症のKRAS変異で病変のP4抵抗性が誘導される...
❏リボソームRNA遺伝子における増幅誘導配列(EXP)の機能解析(17370065)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】小林 武彦 国立遺伝学研究所, 細胞遺伝研究系, 教授 (40270475)
【キーワード】ゲノムの安定性 / リボソームRNA遺伝子 / 遺伝子増幅 / non coding RNA / DNA組換え (他19件)
【概要】ゲノムの不安定性は細胞老化や癌を引き起こす原因と考えられており、DNAを修復する機構、特に修復酵素群の働きについては、これまで遺伝学、生化学的手法により研究されてきた。リボソームRNA遺伝子(rDNA)は100コピー以上が繰り返して存在しており、リピート間での相同組換えによるコピーの脱落が頻繁に観察されるゲノム中で最も不安定な領域の1つと考えられている。しかしrDNAには、コピー数を回復させrDN...
【医歯薬学】外科系臨床医学：マルチオミクス ／ゲノムを含む研究件
❏卵巣癌オルガノイドバンクの階層的オミクスによる難治性卵巣癌根治療法の実現(21H03079)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2021-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / オルガノイド / ゲノム / トランスクリプトーム / マルチオミクス
【概要】
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：染色体 ／ゲノムを含む研究件
❏有糸分裂期と減数分裂期の染色体再編成の違いを生み出す要因の解明(17H03711)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】減数分裂 / 組換え / 染色体 / ゲノム再編成 / DNA再編成 (他8件)
【概要】ゲノムDNAの切断は、様々な染色体再編成や遺伝子変異を生じ、がん化や細胞老化などの疾患に結びつく。一方、減数分裂期にはSpo11 がDNA切断を担うが、染色体転座などは抑制される。今回大規模ゲノム再編成系TAQingシステムを、有糸分裂期と減数分裂期の酵母細胞に適用し、ゲノム再編成への影響を比較した。その結果、有糸分裂期には減数分裂期にはまれな転座やコピー数変動が多数見られた。Spo11欠損株で減...
❏コンデンシンを介したDNA超らせん構造の制御機構とその生理作用の解明(17K07281)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】須谷 尚史 東京大学, 定量生命科学研究所, 講師 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体凝縮 / コンデンシン / Smc5/6 (他11件)
【概要】本研究課題では、染色体凝縮の駆動因子コンデンシンがどのように染色体凝縮を引き起こしているのか解明することを目的とした。技術的困難等により当初予定したように研究は進展しなかったが、コンデンシンに類似したSmc5/6複合体がDNAに正の超らせんが蓄積した染色体領域を認識することを示す結果を得ることができた。Smc5/6の分子機能を理解する上で重要な知見であるとともに、Smc5/6がDNAの超らせん状態...
❏ケミカルジェネティクス法で新規同定したGreatwallキナーゼ標的候補の解析(15K07041)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】奥村 英一 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (00323808)
【キーワード】Greatwall / Gwl / M期 / 染色体 / ゲノム (他9件)
【概要】細胞分裂周期のM期は複数のM期キナーゼにより制御されている。その中のひとつであるGreatwall（Gwl）キナーゼは、生存に必須であり、M期の開始と進行を制御する。M期開始は、Arpp19/Ensaを標的としてリン酸化し、これがB55型PP2Aフォスファターゼ活性を抑制することで制御する。しかしM期進行の制御については、リン酸化の標的など制御機構は不明である。本研究では、代表者等がこれまでに見い...
【医歯薬学】社会医学：筋肉 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
❏ミオシン重鎖アイソフォームから探る魚類の筋形成の分子メカニズム(18780160)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40401179)
【キーワード】水産学 / 発生・分化 / バイオテクノロジー / ミオシン重鎖 / 筋肉 (他10件)
【概要】メダカの筋形成過程で発現する主要なミオシン重鎖(myosin heavy chain, MYH)アイソフォームであるmMYH_<L1>、mMYH_<L2>およびmMYH_<emb1>につき、RACE法により転写開始点を同定した。次に、転写開始点から5'上流の配列をゲノムデータベースから抽出し、他生物種の相同領域とのホモロジー解析を行ったところ、mMYH_...
【医歯薬学】社会医学：人種 ／ゲノムを含む研究件
❏人種化のプロセスとメカニズムに関する複合的研究(16H06320)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2016-05-31 - 2021-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / エスニシティ / 差別 / 遺伝子 / 環太平洋 (他17件)
【概要】本研究は、すべて人種化のプロセスとメカニズムを扱うものであり、内容的に相互に関連しつつも、以下のサブテーマに分けられる。代表者である竹沢は、それぞれのテーマにおいて、分担者らの協力を仰ぎながらリーダーシップをとっている。 ①人種主義・反人種主義の越境・転換に関する日仏共同研究、②人種化の政治経済の通文化的メカニズムに関する個人研究、③ポストゲノム時代の遺伝子検査ビジネスに関する国際共同研究、④日系...
❏人種表象の日本型グローバル研究(22222003)
【研究テーマ】文化人類学・民俗学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】竹沢 泰子 京都大学, 人文科学研究所, 教授 (70227015)
【キーワード】人種 / 人種主義 / エスニシティ / 表象 / 科学 (他15件)
【概要】本研究は、人種表象をめぐる地域横断型、文理融合型の国際共同研究である。代表者による編著書または共編著書、文理融合の国際共著論文等の共同研究の成果に限ると、本科研による主要な研究成果は、英語論文集2冊、日本語論文集3冊、雑誌特集号（または特集）2冊、文理融合国際共著論文1本、報告書20冊等である。このほか共催の成果として、雑誌特集号（または特集）2冊（うち1冊は英語）。2010年度から2014年度に...
【医歯薬学】社会医学：ゲノムワイド関連解析 ／ゲノムを含む研究件
❏デスモイド型線維腫症の病態に基づく診断、新規治療開発への学際的・国際的共同研究(17H01585)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】西田 佳弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院教授 (50332698)
【キーワード】デスモイド / CTNNB1 / drug repositioning / 患者立脚型アウトカム / whole exome sequencing (他12件)
【概要】(i) Apc1638N変異マウスにおいてデスモイド様腫瘍組織が発生することを確認した。次にdrug repositioning法で特定した薬剤Xを本マウスに投与して、デスモイド様組織の発症を抑制していることを明らかにした。Meflin特異的CTNNB1exon3欠損マウスを作成し、皮下にデスモイド様組織が発生することを見いだした。(ii)Pdgf-CreとCTNNB1exon3欠損マウスをかけあ...
❏大規模遺伝子解析データの活用による食品成分の効果の個人差に関する包括的検討(16K14920)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子多型 / ゲノムワイド関連解析 / コーヒー / 魚食 (他14件)
【概要】個別化疾病予防のため、食品の効能に対する個人差をゲノムレベルで解明することが重要であるが、日本人集団を対象とする研究は乏しかった。本研究は食品因子と一塩基多型（SNPs）の関連の解明を目的とし、大規模日本人SNPsデータベースと食品摂取に関するアンケート調査を用いてゲノムワイド関連解析を実施した。 着目した４つの食習慣に有意に関連するSNPsを同定し、インターネットによるゲノムコホート研究が有用で...
❏分子遺伝疫学的解析による痛風の病態解明とゲノムテーラーメイド医療への応用(25293145)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松尾 洋孝 防衛医科大学校(医学教育部医学科進学課程及び専門課程、動物実験施設、共同利用研究, その他部局等, 講師 (00528292)
【キーワード】分子遺伝疫学 / 予防医学 / 個人差医療 / 尿酸 / 遺伝統計学 (他15件)
【概要】本研究では、多数例の痛風症例等のゲノムサンプルと臨床データを収集し、全例およびサブタイプ別にゲノムワイドな解析を行った。また、見出された痛風・尿酸関連遺伝子を対象とした分子機能解析を行い、痛風・高尿酸血症の発症リスクを評価した。本研究により、サブタイプ特異的なものを含む10個の関連遺伝子座を見出した。さらに、尿酸排泄輸送体遺伝子ABCG2の機能低下型変異は個人の発症リスクだけではなく、日本人集団と...
【医歯薬学】社会医学：卵巣がん ／ゲノムを含む研究件
❏卵巣癌オルガノイドバンクの階層的オミクスによる難治性卵巣癌根治療法の実現(21H03079)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2021-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / オルガノイド / ゲノム / トランスクリプトーム / マルチオミクス
【概要】
❏全エクソン解析を用いた高異型度漿液性癌の卵管起源説に基づく発癌機序の解明(20K18232)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】婦人科腫瘍学 / 卵巣癌 / 全エクソン解析 / 発癌機構 / 漿液性卵巣癌 (他7件)
【概要】卵巣高悪性度漿液性癌（HGSOC）の卵管上皮起源説が注目されている。我々は以前に、癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築した。 今回我々は、様々な組織型の卵巣癌検体を用いて、Whole exome sequencingとRNA-seqを行い、組織型ごとの遺伝子プロファイルやRNA発現の差異...
❏卵巣癌DNAコピー数異常の謎を解く－piRNAの卵巣癌への関与－(17K19613)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / 小分子RNA / トランスクリプトーム / 低分子RNA / ゲノム (他6件)
【概要】Piwi-interacting RNA (piRNA)は生殖組織特異的に産生される小分子RNA群である。卵巣漿液性癌 5検体と正常卵巣 2検体を用いて全トランスクリプトーム解析（mRNA-seq）および全小分子RNA解析（miRNA-seq）を行ったところ、20-23塩基長のmiRNAは卵巣癌と正常卵巣の間で発現パターンが明らかに異なっていたが、26-34塩基長のpiRNAは卵巣癌の一部において...
【医歯薬学】社会医学：生体生命情報学 ／ゲノムを含む研究件
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏プロモーター配列の設計(22240032)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
【キーワード】プロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 (他9件)
【概要】与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複し...
【医歯薬学】社会医学：ひと ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏アジア人における皮膚の機能的形質および細菌叢に関する遺伝人類学研究(26291095)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】木村 亮介 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00453712)
【キーワード】細菌叢 / 皮膚 / 多様性 / ヒト / ゲノム
【概要】集団遺伝学的探索によって、アジア特異的に働いた強い自然選択の痕跡が、汗腺機能と関連があるABCC11およびEDARといった遺伝子の非同義変異に見出されている。本研究では、ABCC11とEDARを中心とした遺伝子型と皮膚形質および皮膚細菌叢の個体差との関連を明らかにすることを目的とする。結果として、両遺伝子のアジア型非同義変異が、顔面のポルフィリンの量と関連していることを示した。二つの変異の効果に相...
❏キノコ類のゲノム多様性からヒト進化の新知見を得るための試行的研究(24657171)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム / キノコ類 / 次世代シーケンサー / 多型 / 人類進化 (他10件)
【概要】ヒトと密接な関係にあった生物種のゲノム情報は、ヒトゲノム解析のみでは伺いしることの出来なかった、人類進化に関する貴重な情報を与えてくれる。本課題では、ヒトが古くから食料や医薬品などとして利用してきたキノコ類のゲノム情報からヒトの進化に関する知見を引き出す基盤を整備するべく、菌根菌の一種であるLactirus volumesを対象に、全ゲノム塩基配列解析への利用を目標としたDNA抽出法の検討、および...
【医歯薬学】社会医学：マイクロアレイ ／ゲノムを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏大規模複雑データの理論と方法論の総合的研究(15H01678)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 数理物質系, 教授 (90246679)
【キーワード】高次元データ / データサイエンス / 統計数学 / ゲノム / マイクロアレイ
【概要】高次元データのノイズを解析すると、高次元球面付近でのノイズの漸近的な振る舞いについて、高次元中心極限定理が成立することを証明した。高次元における統計量の漸近分布を導き、データ数が少ない状況でも推測の精度を保証するための、高次元小標本漸近理論を開拓した。巨大なノイズを自動除去するデータ変換を考案し、非スパースな大規模複雑データにも高次元中心極限定理を成立させる技術を開発して、これを非スパースモデリン...
【医歯薬学】社会医学：可塑性 ／ゲノムを含む研究件
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
【医歯薬学】社会医学：ゲノム解析 ／ゲノムを含む研究件
❏中区分53:器官システム内科学およびその関連分野(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】肝胆膵がん
【研究期間】ゲノム
【研究代表者】オミックス解析
【キーワード】分子分類
【概要】研究開始時までに得られていた複数の元素を用いた大腸菌の長期培養群について、それぞれから、特徴的な表現型を示す株の単離を試みた。添加した元素は、Li, W, Ru, Eu, Ndなどで、いずれも大腸菌での生理活性は報告例がないものである。これら、添加した元素を直接利用している大腸菌がいるのではないかと考え、主に金属添加、未添加の状態で培養を行い、添加元素を要求する株のスクリーニングを実施した。しか...
❏太平洋島嶼国におけるファイトプラズマのゲノム疫学調査による感染機構多様性の解明(20KK0132)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2020-10-27 - 2025-03-31
【研究代表者】志柿 俊朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (90825217)
【キーワード】ファイトプラズマ / フィリピン / ソロモン諸島 / パプアニューギニア / LAMP法 (他11件)
【概要】本研究では、太平洋島嶼国の農業生産上の脅威となっている昆虫媒介性病害ファイトプラズマ病に関して、(1)作物並びに周辺の中間宿主植物における感染状況を網羅的に解明し、(2)島嶼地域におけるファイトプラズマの遺伝的多様性を解明し、宿主範囲および伝染環を特定する。これらの結果をもとに(3)ファイトプラズマの多様性獲得の進化メカニズムを明らかにするとともに、多様性にもとづいた新たな観点での予防技術を開発す...
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
【医歯薬学】社会医学：分子疫学 ／ゲノムを含む研究件
❏太平洋島嶼国におけるファイトプラズマのゲノム疫学調査による感染機構多様性の解明(20KK0132)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2020-10-27 - 2025-03-31
【研究代表者】志柿 俊朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任研究員 (90825217)
【キーワード】ファイトプラズマ / フィリピン / ソロモン諸島 / パプアニューギニア / LAMP法 (他11件)
【概要】本研究では、太平洋島嶼国の農業生産上の脅威となっている昆虫媒介性病害ファイトプラズマ病に関して、(1)作物並びに周辺の中間宿主植物における感染状況を網羅的に解明し、(2)島嶼地域におけるファイトプラズマの遺伝的多様性を解明し、宿主範囲および伝染環を特定する。これらの結果をもとに(3)ファイトプラズマの多様性獲得の進化メカニズムを明らかにするとともに、多様性にもとづいた新たな観点での予防技術を開発す...
❏分子遺伝疫学的解析による痛風の病態解明とゲノムテーラーメイド医療への応用(25293145)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松尾 洋孝 防衛医科大学校(医学教育部医学科進学課程及び専門課程、動物実験施設、共同利用研究, その他部局等, 講師 (00528292)
【キーワード】分子遺伝疫学 / 予防医学 / 個人差医療 / 尿酸 / 遺伝統計学 (他15件)
【概要】本研究では、多数例の痛風症例等のゲノムサンプルと臨床データを収集し、全例およびサブタイプ別にゲノムワイドな解析を行った。また、見出された痛風・尿酸関連遺伝子を対象とした分子機能解析を行い、痛風・高尿酸血症の発症リスクを評価した。本研究により、サブタイプ特異的なものを含む10個の関連遺伝子座を見出した。さらに、尿酸排泄輸送体遺伝子ABCG2の機能低下型変異は個人の発症リスクだけではなく、日本人集団と...
【医歯薬学】社会医学：DNAチップ ／ゲノムを含む研究件
❏超好熱始原菌T.kodakaraensisKOD1の全遺伝子機能解析(14103011)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2002 - 2006
【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)
【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)
【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...
❏性決定およびその病態の分子機構(13670165)
【研究テーマ】人体病理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】仙波 憲太郎 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (70206663)
【キーワード】性 / SRY / WT1 / マイクロアレイ / DNAチップ (他6件)
【概要】我々は哺乳類の性決定とその病態の分子機構の研究を進めている。最近、この分子機構を制御する転写因子群が明らかにされつつあり、それらの蛋白質間の相互作用の解明が重要なテーマとなっている。我々はこれまで精巣の分化を誘導することが知られていた転写因子SRYが、がん抑制遺伝子産物として知られるWT1と協調的に機能することを示唆する以下のような結果を得た。 1)WT1はin vitroおよびin vivoにお...
【医歯薬学】社会医学：SNP ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
【医歯薬学】社会医学：メタゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
【医歯薬学】社会医学：行動学 ／ゲノムを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【医歯薬学】社会医学：内科 ／ゲノムを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏関節リウマチを対象としたヒト免疫学の確立(23229007)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー内科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】ゲノム / 内科 / 免疫学 / 組織・細胞 / 生体分子 (他6件)
【概要】本研究では関節リウマチ（RA）患者のリンパ球について、主に(1)制御性T細胞（Treg）(2)遺伝子多型(3)自己抗原特異的CD4陽性T細胞に焦点を当てて解析した。(1)マウスにおいてTGF-beta3を産生し液性免疫応答を抑制するLAG3陽性Tregを同定し、さらにヒトLAG3陽性Tregが活動性RAで減少していることを示した。(2) 健常人約100名のリンパ球サブセットで発現遺伝子と遺伝子多型...
❏肺高血圧症に関連するBMPによる転写制御のChIP-seq解析(22790750)
【研究テーマ】呼吸器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 大学院・医学系研究科, 講師 (80375071)
【キーワード】シグナル伝達 / ゲノム / 内科 / 病理学 / 循環器・高血圧
【概要】特発性肺高血圧症との関係が深い骨形成因子(BMP)シグナルについて、肺動脈平滑筋細胞および血管内皮細胞を用いて、次世代シーケンサーを用いたクロマチン免疫沈降-シーケンシング法(ChIP-seq)による下流の転写因子Smad1/Smad5の網羅的結合部位同定を行った。その結果肺動脈平滑筋細胞特異的な新規標的遺伝子を同定し、siRNAや阻害剤を用いた検討によりその病態との関与を示唆する役割を見出した。...
【医歯薬学】歯学：1細胞RNAシークエンス ／ゲノムを含む研究件
❏Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価(17H03912)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 准教授 (80535328)
【キーワード】scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム (他11件)
【概要】原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を...
❏パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究(17K00397)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
【キーワード】細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク (他17件)
【概要】本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。 ...
【医歯薬学】歯学：ATACシークエンス ／ゲノムを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
【医歯薬学】歯学：エビゲノム ／ゲノムを含む研究件
❏小区分50020:腫瘍診断および治療学関連(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】肉腫
【研究期間】脂肪肉腫
【研究代表者】脱分化型脂肪肉腫
【キーワード】DNAメチル化
【概要】これまでの解析総数として、HTLV-1キャリア、HAM、ATL、累計120症例、及び正常T細胞を対象に、RNA-seqを用いて全遺伝子発現解析を実施し、ATL細胞の基盤となる基本的性質がキャリア体内ですでに形成されていることを証明した。 感染細胞のエピゲノム異常の形成メカニズムを明らかにするために、HTLV-1 TaxのChIP-seq解析を実施した。Taxは、宿主細胞のクロマチンに結合し、クロマ...
❏１細胞内のゲノム構造と転写活性制御を紐解くイメージ・シーケンス統合解析(18H01801)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / ゲノム / トランスクリプトーム / マイクロ流体デバイス / 1細胞解析 (他7件)
【概要】１細胞単位で遺伝子の発現を解析する技術が普及し、データ蓄積が飛躍的に進んでいる。このなかで、次世代の解析法として必要とされるのは、細胞の多様性を生む原因と結果を知るための多階層の情報を統合的に解析する技術である。本研究では、(1)1細胞単位でゲノム中の遺伝子変異を解析する技術や、(2)組織観察像から任意の微小領域を選択し、微小組織を採集して抽出した微量な核酸から遺伝子発現やゲノム配列を解析し、組織...
❏脱分化型脂肪肉腫に対するエピゲノム解析(18K15328)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】浅野 尚文 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (10445299)
【キーワード】肉腫 / 脂肪肉腫 / 脱分化型脂肪肉腫 / DNAメチル化 / 脱メチル化剤 (他8件)
【概要】脱分化型脂肪肉腫は成人に好発する高悪性度腫瘍である。今回我々は、高分化型/脱分化型脂肪肉腫に対するゲノム網羅的なDNAメチル化解析を行い、悪性度の高い脱分化型脂肪肉腫では脂肪分化に関する遺伝子のDNAメチル化が悪性化に関与している可能性を見出した。本研究成果から、今後、脱分化型脂肪肉腫に対する新規治療戦略として脱メチル化剤治療が有用な可能性が示唆された。 ...
【医歯薬学】歯学：エンハンサー ／ゲノムを含む研究件
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏多発奇形症候群責任遺伝子群の組織特異的発現機構の解明:比較ゲノム学的検討(18659307)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】小崎 健次郎 慶應義塾大学, 医学部, 准教授 (30234743)
【キーワード】ゲノム / 発生生物学 / ニワトリ胚 / 多発奇形症候群 / エンハンサー
【概要】比較ゲノム学的検討は、形態形成遺伝子の時期・部位特異的な遺伝子発現を規定する遺伝子配列を同定するために効果的な方法であると期待されている。種間で高度に保存された非翻訳領域(Conserved non-codingelement、以下CNE)の配列が候補領域と考えられる。 本研究では、Townes-Brocks症候群の原因遺伝子SALL1の遺伝子内のCNEの系統的な検討を行った。CNEに相当するDN...
【医歯薬学】歯学：変形性関節症 ／ゲノムを含む研究件
❏変形性関節症の病因解明・治療標的分子同定のための統合研究:ROADプロジェクト(19109007)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】中村 耕三 国立障害者リハビリテーションセンター(研究所), 自立支援局, 自立支援局長(研究所併任) (60126133)
【キーワード】変形性関節症 / 軟骨代謝 / 遺伝子 / 画像解析 / 疫学 (他6件)
【概要】変形性関節症(OA)の予防・治療法の確立に対する社会的ニーズの高まりは疑いの余地がない。我々は最近、OAの分子メカニズム解明から画期的な予防・治療法の開発を目指した戦略的OA統合研究計画としてROADプロジェクトを樹立した。本研究課題では、(1)軟骨変性制御分子のクローニングと分子ネットワークの解明、(2)重症度評価システムの開発、(3)遺伝・環境因子の網羅的・系統的探索、の3テーマについての研究...
❏分子生物学的手法を用いた変形性関節症の病態解明と治療法の開発に関する戦略的研究(15209049)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2003 - 2006
【研究代表者】中村 耕三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60126133)
【キーワード】変形性関節症 / ノックアウトマウス / Carminerin / ゲノム疫学 / 再生医療 (他14件)
【概要】1)Reverse geneticsからの病態解明へのアプローチ:昨年度までの研究で確立した、マイクロサージェリー技術を用いたマウスの膝関節の靱帯・半月板の切離・切除の組み合わせによる4種類のOAモデル(Osteoarthritis Cartilage 13:632,2005)を組織学的に観察することによって、軟骨の破壊・変性に先行してRunx2やCOL10の発現誘導を伴う軟骨細胞の肥大分化が起こ...
【医歯薬学】歯学：トランスくリプトーム解析 ／ゲノムを含む研究件
❏縄文人iPS細胞の構築とその応用に向けた研究(21H04779)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2021-04-05 - 2025-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】iPS細胞 / 縄文人 / ゲノム / トランスクリプトーム解析 / オルガノイド
【概要】
❏表現型可塑性：生態学と分子発生学の統合的研究(23247004)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】西村 欣也 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 准教授 (30222186)
【キーワード】エゾサンショウウオ / 表現型可塑性 / トランスクリプトーム解析 / 表現型多形 / ゲノム (他13件)
【概要】北海道の固有種であるエゾサンショウウオ(Hynobius retardatus)の幼生は、捕食者生物、餌生物、同種幼生の存在に呼応して生態学的機能を有する表現型可塑性を示す。そのため、進化生態学、発生生物学を融合する研究の優れたモデル生物である。 本研究では、エゾサンショウウオ幼生が捕食者生物存在下、餌生物存在下で可塑的に発現される形態変化について、幾何学的形態解析法を用いて定量的に明らかにし、そ...
【医歯薬学】歯学：次世代シーケンサー ／ゲノムを含む研究件
❏多領域間クロマチン相互作用を１分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法の開発(20K21384)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2020-07-30 - 2022-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C (他14件)
【概要】多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し...
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
【医歯薬学】歯学：バイオインフォマテイクス ／ゲノムを含む研究件
❏ハプロタイプ配列群に基づくアレル特異的ゲノム動態解析手法の開発(18K14624)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ゲノム / ハプロタイプ / 遺伝子構造アノテーション / アレル特異的 / アレル特異的現象 (他7件)
【概要】多倍体生物のゲノムにおいて、片方のアレルからのみ遺伝子の発現が観察される現象については、X染色体不活性化や哺乳類におけるゲノムインプリンティング等が長く研究対象となってきており、疾患との関連も報告され生命活動の維持に重要であることが示されている。本研究の具体的な目的は、汎用的なアレル特異的現象のin silico解析パイプラインを開発することであり、単一の代表ゲノム配列に依存せず、各ハプロタイプ配...
❏コンデンシンを介したDNA超らせん構造の制御機構とその生理作用の解明(17K07281)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】須谷 尚史 東京大学, 定量生命科学研究所, 講師 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体凝縮 / コンデンシン / Smc5/6 (他11件)
【概要】本研究課題では、染色体凝縮の駆動因子コンデンシンがどのように染色体凝縮を引き起こしているのか解明することを目的とした。技術的困難等により当初予定したように研究は進展しなかったが、コンデンシンに類似したSmc5/6複合体がDNAに正の超らせんが蓄積した染色体領域を認識することを示す結果を得ることができた。Smc5/6の分子機能を理解する上で重要な知見であるとともに、Smc5/6がDNAの超らせん状態...
❏魚類モノクローナル抗体遺伝子の新規探索法と抗体発現系の確立(15H02461)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
【キーワード】IgNAR / 一本鎖抗体 / サメ抗体 / 免疫クロブリン / トランスクリプトーム (他21件)
【概要】イヌザメ（bamboo shark）のIgNARのcDNA配列を得て、定常部位の配列を抽出した。IgNARの可変部位をアンプリコンシーケンスし、個々の遺伝子の発現頻度を測る系を確立した。イヌザメに１ヶ月おきに抗原（HEL、BSA、MMP-09）を数回投与して投与１ヶ月後に採血した。BSAに関してELISAで抗体価を測定し、抗体価の上昇と連動して発現頻度の上昇した遺伝子を複数特定した。CHO細胞を用...
【医歯薬学】歯学：ゲノム編集 ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏プロテアソームの遺伝的多様性と免疫疾患(16K14648)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新田 剛 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (30373343)
【キーワード】遺伝子多様性 / 免疫学 / ゲノム / プロテアソーム / T細胞 (他8件)
【概要】胸腺プロテアソーム遺伝子PSMB11の多様性（variation）がCD8 T細胞の抗原認識レパトアと免疫関連疾患の感受性に影響を及ぼす可能性を検証した。機能に影響を与える３種類のvariationについて、ノックインマウスを作製したところ、胸腺でのCD8 T細胞の正の選択が阻害された。特に日本人に多くみられるG49Sは、CD8 T細胞のTCRレパトアを変化させ、自己免疫疾患であるシェーグレン症候...
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
【医歯薬学】歯学：解剖学 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト肉眼解剖形質のデジタル解析とゲノム基盤解明(25251042)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-10-21 - 2016-03-31
【研究代表者】石田 肇 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (70145225)
【キーワード】解剖学 / ゲノム / 医用画像 / 形状解析 / 関連解析
【概要】WNT10Aの多型が歯牙形態に与える影響を見いだし,また、顔面の3次元表面形状データならびに身体形質（身長、手の形、皮膚色等）を収集して、琉球出身者と本土出身者の比較をするとともに、遺伝子との関連解析を行った。顔面形態については、相同モデル化による複雑な形状の解析を実現し、ゲノムワイド関連解析によって顔面の平坦性に関連する遺伝子多型の同定に成功した。 さらに、内部構造を含む医用画像データとゲノム解...
❏線虫のシナプスタンパク質の局在と機能の解析(13680864)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (30323702)
【キーワード】遺伝子 / 解剖学 / ゲノム / 神経科学 / 脳・神経 (他7件)
【概要】線虫(C. elegans)のシナプスタンパク質を同定するために、哺乳類の中枢神経のシナプス、特にグルタミン酸受容体と複合体を形成するタンパク質の線虫ホモログの遺伝子のcDNA単離と発現解析を行った。PSD-95/SAP90ファミリーのタンパク質は線虫では遺伝子が1つだけ存在しており、トランスジェニック線虫を作製してプロモーター解析を行ったところ咽頭、腸および下皮細胞に発現が見られたが、神経系での...
【医歯薬学】歯学：発がん ／ゲノムを含む研究件
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
【医歯薬学】歯学：疾患関連遺伝子 ／ゲノムを含む研究件
❏統合ゲノム解析による大腸癌におけるヒストンメチル基転移酵素の機能解析(23310137)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古川 洋一 東京大学, 医科学研究所, 教授 (20272560)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / ゲノム / 大腸がん / ヒストン / メチル基転移酵素 (他6件)
【概要】我々は、siRNAを用いた遺伝子発現解析により、SMYD3が直接制御する下流遺伝子群の同定を行った。その結果、SMYD3によって発現増加する1543遺伝子を同定し、それらが126個の転写因子で調節されている可能性を示唆していた。更にSMYD3抗体を用いたChIP on chipデータも加えた統合解析により、SMYD3が直接制御する110個の遺伝子を同定した。またインシリコ解析により、SMYD3の発...
❏アンプリコミクス解析のための実験技術基盤の構築(23241064)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】仙波 憲太郎 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (70206663)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / 遺伝子増幅 / がん / ゲノム / 分子腫瘍学 (他7件)
【概要】がんは遺伝子の異常が原因となって生じる病気です。私たちの体の設計図である遺伝子はすべて父親と母親から一つずつもらっていますが、がん細胞の中には、遺伝子増幅と呼ばれる現象によって数倍から数十倍に多くなっている遺伝子が見つかっています。これまでの研究から、このような遺伝子（がん遺伝子）が、がんの治療や診断に利用できることがわかってきました。私たちは、遺伝子増幅が頻繁に観察される乳がんに注目し、がん遺伝...
❏免疫応答・炎症反応に対するカチオントランスポーターの関与とその制御(18390287)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー・感染症内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部・附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】免疫学 / ゲノム / 内科 / 遺伝学 / 関節リウマチ (他10件)
【概要】最近ゲノム疫学的研究から、免疫応答や炎症反応に(有機)カチオントランスポーターであるSLC22A4が関与している可能性が示唆されてきた。我々は仮説なしの全ゲノム解析で日本人の関節リウマチ患者とSLC22A4の第1イントロンの一塩基多型(single nucleotide polymorphism以下SNP)が関連していることを報告し、続いてPeltekovaらはSLC22A4のアミノ酸置換を伴った...
【医歯薬学】歯学：オルガノイド ／ゲノムを含む研究件
❏縄文人iPS細胞の構築とその応用に向けた研究(21H04779)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2021-04-05 - 2025-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】iPS細胞 / 縄文人 / ゲノム / トランスクリプトーム解析 / オルガノイド
【概要】
❏卵巣癌オルガノイドバンクの階層的オミクスによる難治性卵巣癌根治療法の実現(21H03079)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2021-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / オルガノイド / ゲノム / トランスクリプトーム / マルチオミクス
【概要】
❏”異なる上皮の接点”の形成・維持機構の解明と試験管内発がんモデルの開発(26253069)
【研究テーマ】外科学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】川口 義弥 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60359792)
【キーワード】食道胃接合部 / ES細胞 / 内胚葉上皮 / 組織形成 / オルガノイド (他18件)
【概要】本研究では、発生過程における食道―胃接合部形成機構の解明を目指した。遺伝子ノックアウト及びlineage tracing実験、複数の転写因子の発現を示す蛍光蛋白レポーターマウス (”Rainbow Mouse”)の作成と同マウスから採取した細胞のin vitro分化誘導実験の結果、発生13.5日までに接合部形成位置を境として逆方向のSox2/GATA4の濃度勾配が形成され、結果的に胃側間質にFGF...
【医歯薬学】薬学：アセチル化 ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析(25290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / アセチル化 / Esco / 姉妹染色分体間接着 / DNA複製 (他11件)
【概要】ヒトでは２つのコヒーシンアセチル化酵素、Esco1、Esco2の存在が知られているが、其々の役割については不明である。Esco1はコヒーシンサブユニットPds5と直接結合し、この結合が染色体上のコヒーシンへの局在とアセチル化に重要であることを示した。さらに、分裂期のEsco1のリン酸化がPds5との結合を阻害することを示した。また、Esco2は、Esco1とは別の経路を介し、DNA複製因子Mcmと...
【医歯薬学】薬学：形態形成 ／ゲノムを含む研究件
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
❏トランスジェニック技術を用いた軟体動物貝殻形成遺伝子の機能解析(23244101)
【研究テーマ】層位・古生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)
【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)
【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...
【医歯薬学】薬学：迅速診断 ／ゲノムを含む研究件
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
❏ナノポアシークエンサーを用いた不明熱病原体ゲノムの同定(15K14417)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
【キーワード】ゲノム / 簡易型シークエンサー / 熱帯感染症 / 迅速診断
【概要】本研究ではナノポアシークエンサーを用いて熱帯感染症不明熱病原体を同定する方法論開発を試みた。ランダムプライマーを用いた増幅系については実験ノイズが大きく安定したプロトコールを確立することができなかったが、代表的なウィルス性、細菌性、寄生虫性感染源であるデングウィルス、16S rRNAによる汎細菌性感染源、熱帯熱マラリア原虫については安定した検出系を構築することができた。また開発された実験系を用いて...
【医歯薬学】薬学：1細胞解析 ／ゲノムを含む研究件
❏小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】シングルセル解析
【研究期間】ゲノム
【研究代表者】トランスクリプトーム
【キーワード】マイクロ流体デバイス
【概要】本研究では、1細胞ゲノミクスとマイクロ流体技術を活用して、環境試料に存在する微生物の素性を明らかにし、最適な培養法を設計する「ゲノムデータに基づく戦略的微生物培養プロセス」を開発する。「単離培養を繰り返し、新規・有用微生物のヒットを期待する」という古典的・労働集約的な方法に対して、我々が提唱する新法では、「新規・有用種の存在・特性を事前に検知し、培養条件を事前に最適化して対象物を釣り上げる」という...
❏1細胞ゲノムの非増幅シーケンスによる未培養微生物の完全長ゲノム取得(19K22089)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / NGS / ゲノム / １細胞ゲノミクス / マイクロ流体デバイス
【概要】環境に存在する微生物の99%は実験室で培養できない。これら未培養微生物の理解には、ゲノムの直接解析が有用である。特に、細胞１つからゲノム配列を解読する「シングルセルゲノミクス」は、多様な微生物集団から個別のゲノム情報を得られる点で有効だが、従来法ではゲノム解読精度に課題があった。本研究では、従来法では困難であった、細胞１つからゲノムを解読し、その配列情報を１本のコンプリートゲノムへと再構成する技術...
❏１細胞内のゲノム構造と転写活性制御を紐解くイメージ・シーケンス統合解析(18H01801)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / ゲノム / トランスクリプトーム / マイクロ流体デバイス / 1細胞解析 (他7件)
【概要】１細胞単位で遺伝子の発現を解析する技術が普及し、データ蓄積が飛躍的に進んでいる。このなかで、次世代の解析法として必要とされるのは、細胞の多様性を生む原因と結果を知るための多階層の情報を統合的に解析する技術である。本研究では、(1)1細胞単位でゲノム中の遺伝子変異を解析する技術や、(2)組織観察像から任意の微小領域を選択し、微小組織を採集して抽出した微量な核酸から遺伝子発現やゲノム配列を解析し、組織...
【医歯薬学】薬学：再生医療 ／ゲノムを含む研究件
❏黄体ホルモンによる子宮内膜の細胞分化の分子基盤(16H05469)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】大須賀 穣 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80260496)
【キーワード】プロゲステロン / 着床 / 子宮 / 子宮腺筋症 / 子宮内膜 (他21件)
【概要】子宮とその関連疾患におけるプロゲステロン(P4)の作用機構を解析した。P4が子宮内膜管腔上皮の細胞増殖抑制に作用すると胚接着部位の上皮細胞の断片化とトロホブラストによる貪食に作用し胚浸潤を促すこと、管腔上皮剥離と胚生存シグナル活性化を通じて胚浸潤を可能にする子宮内膜間質のHIF2αの作用にはP4シグナルは直接影響しないこと(JCI 2018)、子宮腺筋症のKRAS変異で病変のP4抵抗性が誘導される...
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
❏生命科学・医学の発展に対応した社会規範形成-生命倫理基本法の構築(18390159)
【研究テーマ】医療社会学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】位田 隆一 京都大学, 大学院・公共政策連携研究部, 教授 (40127543)
【キーワード】生命倫理 / ゲノム科学 / 再生医療 / バイオバンク / 生殖補助医療 (他10件)
【概要】本研究では、ゲノム科学、再生医療、臓器移植、ヒト胚研究等の生命科学・医学の諸分野の科学的発展と課題を明らかにし、そこに生じうる倫理的法的社会的問題を把握し、学際的に理論的および実際的側面に配慮しつつ、新しい社会規範としての生命倫理のあり方と体系を総合的に検討して、生命倫理基本法の枠組みを提言した。具体的には、生命倫理基本法の必要性と基本的考え方、生命倫理一般原則群、分野別規範群、倫理審査体制、国や...
【医歯薬学】薬学：スプライシング ／ゲノムを含む研究件
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
❏ゲノム情報正常発現を保証するスプライシング未完了RNAの核内繋留機構(26290062)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】坂本 博 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00187048)
【キーワード】ゲノム機能発現 / 遺伝子発現調節 / RNAスプライシング / 核外輸送 / 品質管理 (他9件)
【概要】NXF-1とCRM1は真核生物に共通するmRNAとsnRNAの核外輸送受容体である。Y14を含むEJCはスプライシング後のエキソン連結部に結合し、さまざまなmRNA代謝経路に関与している。線虫C. elegansにおいてY14を阻害した場合、CRM1及びNXF-1類似因子であるNXF-2依存的にスプライシング未完了RNAが細胞質に漏出する。タグ付きのNXF-2を発現する線虫及び培養細胞を解析した結...
【医歯薬学】薬学：細胞・組織 ／ゲノムを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏”異なる上皮の接点”の形成・維持機構の解明と試験管内発がんモデルの開発(26253069)
【研究テーマ】外科学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】川口 義弥 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60359792)
【キーワード】食道胃接合部 / ES細胞 / 内胚葉上皮 / 組織形成 / オルガノイド (他18件)
【概要】本研究では、発生過程における食道―胃接合部形成機構の解明を目指した。遺伝子ノックアウト及びlineage tracing実験、複数の転写因子の発現を示す蛍光蛋白レポーターマウス (”Rainbow Mouse”)の作成と同マウスから採取した細胞のin vitro分化誘導実験の結果、発生13.5日までに接合部形成位置を境として逆方向のSox2/GATA4の濃度勾配が形成され、結果的に胃側間質にFGF...
❏磁気微粒子合成オルガネラの再構築による有用物質生産磁性細菌の創製(23226016)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】松永 是 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 学長 (10134834)
【キーワード】応用微生物 / ゲノム / 細胞・組織 / 生体機能利用 / バイオテクノロジー (他6件)
【概要】本研究は、磁気回収が可能な新規有用物質生産微生物を創製することを大目的としている。磁性細菌の磁気微粒子合成オルガネラであるマグネトソームを再構築するための要素技術開発を行った。具体的には、下記の成果を得た。(1)磁気微粒子のサイズ・形態制御に関わるタンパク質の機能を明らかにした。(2)マグネトソームタンパク質の細胞内局在を明らかにした。(3)細菌に導入する遺伝子の組み合わせによって、磁気微粒子の形...
【医歯薬学】薬学：細胞周期 ／ゲノムを含む研究件
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
❏減数分裂組み換えと染色体分配を連携させる微小管新規機能の研究(21687015)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】佐藤 政充 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (50447356)
【キーワード】細胞分裂 / 細胞周期 / 染色体分配 / 微小管 / 減数分裂組換え (他11件)
【概要】本研究では、分裂酵母の減数分裂において見られる新規の微小管構造が、減数分裂組換えとその後の染色体分配という2つの現象を連携させる機能を持つことを実証した。また、その分子メカニズムについても解析を行い、特定の微小管結合タンパク質が通常とは異なる部位に局在することで、減数分裂特有の難しい染色体分配を克服していることが分かった。 ...
❏姉妹染色分体間の接着形成に必須なアドヘリン複合体の分子機能の探求(18770149)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】須谷 尚史 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, COE助教 (30401524)
【キーワード】染色体 / 染色体分配 / コヒーシン / ゲノム / 出芽酵母 (他8件)
【概要】真核生物の姉妹染色分体はコヒーシン複合体により接着されており、この接着は遺伝情報の正確な分配・継承に必須である。本研究ではコヒーシンの染色体結合が時空間的にどう制御されているかを、コヒーシンの染色体結合を司る出芽酵母Scc2 (アドヘリン)のゲノム学・生化学的解析を通じて探求した。以下の諸点が明らかとなった。 1,動原体とそれ以外の染色体部位(以下、染色体腕部)でコヒーシンの染色体結合は異なって制...
【医歯薬学】薬学：線虫 ／ゲノムを含む研究件
❏C.elegans姉妹種を用いた小分子RNAによるトランスポゾン制御機構の解明(19H03212)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)
【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)
【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...
❏異常スプライシングＲＮＡの網羅的同定とその意義の解明(23510234)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】坂本 博 神戸大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00187048)
【キーワード】mRNA品質管理 / 生殖細胞 / エキソン連結部複合体 / 細胞質スプライシング / 線虫 (他13件)
【概要】mRNA前駆体のスプライシング後のエキソン連結部に形成されるエキソン連結部複合体（EJC）の構成タンパク質であるY14の発現を阻害した線虫C. elegansでは、イントロンを含むスプライシング未完了RNAが細胞質に漏出することが明らかになった。さらに、これらのスプライシング未完了RNAの中には、細胞質において小胞体タンパク質IRE-1によってプロセシングを受けるものが存在することが示唆された。以...
❏線虫のシナプスタンパク質の局在と機能の解析(13680864)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (30323702)
【キーワード】遺伝子 / 解剖学 / ゲノム / 神経科学 / 脳・神経 (他7件)
【概要】線虫(C. elegans)のシナプスタンパク質を同定するために、哺乳類の中枢神経のシナプス、特にグルタミン酸受容体と複合体を形成するタンパク質の線虫ホモログの遺伝子のcDNA単離と発現解析を行った。PSD-95/SAP90ファミリーのタンパク質は線虫では遺伝子が1つだけ存在しており、トランスジェニック線虫を作製してプロモーター解析を行ったところ咽頭、腸および下皮細胞に発現が見られたが、神経系での...
【医歯薬学】薬学：組織・細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏磁気微粒子合成オルガネラの再構築による有用物質生産磁性細菌の創製(23226016)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】松永 是 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 学長 (10134834)
【キーワード】応用微生物 / ゲノム / 細胞・組織 / 生体機能利用 / バイオテクノロジー (他6件)
【概要】本研究は、磁気回収が可能な新規有用物質生産微生物を創製することを大目的としている。磁性細菌の磁気微粒子合成オルガネラであるマグネトソームを再構築するための要素技術開発を行った。具体的には、下記の成果を得た。(1)磁気微粒子のサイズ・形態制御に関わるタンパク質の機能を明らかにした。(2)マグネトソームタンパク質の細胞内局在を明らかにした。(3)細菌に導入する遺伝子の組み合わせによって、磁気微粒子の形...
❏関節リウマチを対象としたヒト免疫学の確立(23229007)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー内科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】ゲノム / 内科 / 免疫学 / 組織・細胞 / 生体分子 (他6件)
【概要】本研究では関節リウマチ（RA）患者のリンパ球について、主に(1)制御性T細胞（Treg）(2)遺伝子多型(3)自己抗原特異的CD4陽性T細胞に焦点を当てて解析した。(1)マウスにおいてTGF-beta3を産生し液性免疫応答を抑制するLAG3陽性Tregを同定し、さらにヒトLAG3陽性Tregが活動性RAで減少していることを示した。(2) 健常人約100名のリンパ球サブセットで発現遺伝子と遺伝子多型...
【医歯薬学】薬学：DNA複製 ／ゲノムを含む研究件
❏植物のDNA複製開始点の同定と動態解析(17K19250)
【研究テーマ】農芸化学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】金 鍾明 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (90415141)
【キーワード】DNA複製 / 植物 / ゲノム
【概要】植物のDNA複製開始点認識複合体のサブユニット一つをコードする遺伝子破壊株をシロイヌナズナを用いて初めて単離した。この破壊株を用いて解析を行ったところ、DNA複製の停滞を示すS期遅延が確認された。また、DNA複製の遅延に起因する根や花茎の伸長などに関する形態学的な表現型をいくつか確認した。また、このタンパク質のゲノムワイドな結合解析の結果から、DNA複製開始点の候補となるゲノム領域を絞りこむことが...
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンアセチル化制御ネットワークの解析(25290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / アセチル化 / Esco / 姉妹染色分体間接着 / DNA複製 (他11件)
【概要】ヒトでは２つのコヒーシンアセチル化酵素、Esco1、Esco2の存在が知られているが、其々の役割については不明である。Esco1はコヒーシンサブユニットPds5と直接結合し、この結合が染色体上のコヒーシンへの局在とアセチル化に重要であることを示した。さらに、分裂期のEsco1のリン酸化がPds5との結合を阻害することを示した。また、Esco2は、Esco1とは別の経路を介し、DNA複製因子Mcmと...
【医歯薬学】薬学：発生・分化 ／ゲノムを含む研究件
❏パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究(17K00397)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
【キーワード】細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク (他17件)
【概要】本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。 ...
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
【医歯薬学】薬学：ES細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏”異なる上皮の接点”の形成・維持機構の解明と試験管内発がんモデルの開発(26253069)
【研究テーマ】外科学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】川口 義弥 京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (60359792)
【キーワード】食道胃接合部 / ES細胞 / 内胚葉上皮 / 組織形成 / オルガノイド (他18件)
【概要】本研究では、発生過程における食道―胃接合部形成機構の解明を目指した。遺伝子ノックアウト及びlineage tracing実験、複数の転写因子の発現を示す蛍光蛋白レポーターマウス (”Rainbow Mouse”)の作成と同マウスから採取した細胞のin vitro分化誘導実験の結果、発生13.5日までに接合部形成位置を境として逆方向のSox2/GATA4の濃度勾配が形成され、結果的に胃側間質にFGF...
❏ヌクレオチドピロフォスファターゼ(NPPS)による骨軟骨代謝調節機構 -ttwマウスの骨軟骨組織の解析とヒトnpps遺伝子SNPs骨軟骨疾患への関与-(13470303)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】中川 匠 (2003) 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (90338385)
【キーワード】ヌクレオチドピロリン酸(NPPS) / ttw / cystatin 10 / OPLL / ポリモルフィズム (他17件)
【概要】ttwマウスの石灰化誘導の分子メカニズムの解析、およびヒトnpps遺伝子座におけるSNPsの骨軟骨疾患への関与、の2点について検討した。 ttwマウスにおいて高リン食で石灰化とともに誘導される遺伝子をdifferential displayで単離、その中でも軟骨特異的に発現している新規遺伝子cystatin 10(cst10)のクローニングに成功した。In vitroの解析から、cst10は軟骨細...
【医歯薬学】薬学：メチル化 ／ゲノムを含む研究件
❏生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発(15H02190)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岡本 晃充 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)
【キーワード】DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 (他19件)
【概要】われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析 ...
❏癌における転写ネットワーク変異の体系的解明(16101006)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】油谷 浩幸 東大, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / 転写 / コピー数多型 / タイリングアレイ / DNAメチル化 (他16件)
【概要】癌における転写調節異常の体系的解明を行うために、SNPアレイ、タイリングアレイなどのゲノム解析技術を応用した。 1) ゲノムコピー数解析 SNPタイピングアレイを応用してアレル別にコピー数を測定する手法Genome Imbalance Mapを開発した(Ishikawa, 2005)。ヘテロ接合性の消失(LOH)や片親性ダイソミー(UPD)を判定するために有効であり、1アレル分のシグナル差を検出で...
【医歯薬学】薬学：大腸菌 ／ゲノムを含む研究件
❏大腸菌実験室進化を通じた生物の元素利用に対する進化的可塑性の検討(21K18662)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2024-03-31
【研究代表者】川上 了史 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (60566800)
【キーワード】実験室進化 / 大腸菌 / 金属イオン / ゲノム解析 / ゲノム
【概要】研究開始時までに得られていた複数の元素を用いた大腸菌の長期培養群について、それぞれから、特徴的な表現型を示す株の単離を試みた。添加した元素は、Li, W, Ru, Eu, Ndなどで、いずれも大腸菌での生理活性は報告例がないものである。これら、添加した元素を直接利用している大腸菌がいるのではないかと考え、主に金属添加、未添加の状態で培養を行い、添加元素を要求する株のスクリーニングを実施した。しか...
❏ベクターパーティクル：新たな遺伝子伝搬機構の解明(15H04549)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)
【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)
【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
【医歯薬学】薬学：ヒストン修飾 ／ゲノムを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏メダカゲノムを用いた発生重要遺伝子のエピジェネティック発現制御機構(25291048)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】武田 洋幸 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80179647)
【キーワード】エピジェネティクス / メダカ / DNAメチレーション / ヒストン修飾 / ゲノム (他6件)
【概要】脊椎動物モデルであるメダカを用いて、初期胚および発生・成長過程におけるepigenetic codeを発生重要遺伝子に着目して明らかにし、成立機構を解析した結果、発生重要遺伝子は未分化状態の胞胚期細胞ではDNA低メチル化状態にあり、さらに抑制的なヒストン修飾によりその発現が強く抑制されていることが判明した。機械学習および近交系（NNIとHd-rR）の比較により、その遺伝子領域には複数の特徴的配列が...
❏ブロモドメインタンパク質の制御を目的とした新しいがん治療法の開発(23790126)
【研究テーマ】創薬化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 助教 (50466843)
【キーワード】ゲノム創薬 / 大腸がん / 分子標的治療 / ヒストン修飾 / 発現制御 (他6件)
【概要】大腸癌細胞におけるブロモドメインタンパク質BRD8の発現亢進には、脱ユビキチンン化による分解抑制機構が関与していることが明らかとなった。また、BRD8ノックダウン細胞の遺伝子発現プロファイル解析は、BRD8が癌の悪性化に関わっていることを示唆し、BRD8が有望な癌治療の標的となりうる知見を得た。 ...
【医歯薬学】薬学：ファージ ／ゲノムを含む研究件
❏大規模比較ゲノム解析による腸管出血性大腸菌出現プロセスの解明(17H04077)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】小椋 義俊 九州大学, 医学研究院, 准教授 (40363585)
【キーワード】志賀毒素産生性大腸菌 / 腸管病原性大腸菌 / 志賀毒素 / ３型分泌装置 / 進化 (他9件)
【概要】志賀毒素産生大腸菌(STEC)と腸管病原性大腸菌(EPEC)は、それぞれ溶血性尿毒素症候群と乳児下痢症の原因となる。STECやEPECはウシの腸管内に常在しているが、どのような大腸菌からどのようなプロセスを経て進化してきたかはまだよくわかっていない。我々は、ヒトとウシの常在大腸菌、ヒト臨床由来大腸菌の大規模ゲノム比較により、STECやEPECがウシ常在大腸菌に様々な病原遺伝子が蓄積することで出現し...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
【医歯薬学】薬学：ロドプシン ／ゲノムを含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
【医歯薬学】薬学：合成生物学 ／ゲノムを含む研究件
❏初期生命が用いたタンパク質のみから構成される人工ゲノムの合成(15K16083)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】網蔵 和晃 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (60735918)
【キーワード】合成生物学 / 無細胞翻訳系 / リボソーム / tRNA / リポソーム (他10件)
【概要】本研究は、人工ゲノム構築に不可欠である関連遺伝子の追究から、それらの基盤技術の発展に貢献する研究である。本研究では、無細胞翻訳系中で複数種類のタンパク質が協働することで所望の機能が発揮される系の開発を行なった。特に、リボソーム関連遺伝子に着目したが、それ以外の遺伝子を用いた系の開発も行った。リコンビナントタンパク質を用いたリボソームの試験管内再構成系は、生合成因子を用いることで、よりリボソームの再...
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏プロモーター配列の設計(22240032)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】矢田 哲士 京都大学, 大学院・情報学研究科, 准教授 (10322728)
【キーワード】プロモーター / 転写制御 / バイオインフォマティクス / ゲノム生物学 / 合成生物学 (他9件)
【概要】与えられた培養細胞において、与えられた転写強度を示すプロモーターのDNA塩基配列を体系的に設計する計算手法を開発した。この手法を用いることによって、わずか2箇所に塩基置換を導入することで、培 養 細 胞HEK293TにおけるヒトCREプロモーターの転写強度を~2.5倍に引き上げる改変プロモーターの設計に成功した。一方で、ヒトIFNBプロモーターのように、転写因子の結合部位(TFBS)が互いに重複し...
【医歯薬学】薬学：幹細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏Gene body領域エピゲノムのモニタリングによる細胞成熟誘導法の最適化(15K14431)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (80567511)
【キーワード】DNAメチル化 / 酸化的脱メチル化過程 / gene body領域 / 転写伸長反応 / 細胞成熟 (他14件)
【概要】本研究計画はglobal DNAメチル化修飾をバックグラウンドとする哺乳類ゲノムにおいて、gene body領域のエピジェネティック状態が細胞成熟に関与する可能性を検討し、これをもとに細胞成熟の評価および誘導を目指す。当初の成熟誘導法の樹立の計画に先立ち心筋細胞と肝細胞の比較を行ったところ、低メチル化を特徴とするgene body領域エピジェネティック・ドメインは心筋細胞により強く、他の細胞にはあ...
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
【医歯薬学】薬学：大腸がん ／ゲノムを含む研究件
❏新規ブロモドメイン含有タンパク質を標的とした新たな大腸がん治療戦略(17K07214)
【研究テーマ】腫瘍治療学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】大腸がん / 分子標的治療 / エピジェネティクス / ブロモドメイン / 遺伝子発現 (他6件)
【概要】我々はこれまでに、ブロモドメインタンパク質ファミリーに属するBRD8が腫瘍組織で発現増加していることや、BRD8が調節する遺伝子群を明らかにしてきたが、その主要な機能ドメインであるブロモドメインについては不明な点が多かった。本研究において、細胞内でBRD8がヒストンタンパク質と相互作用すること、さらに既に開発されているブロモドメイン阻害剤（BETファミリー阻害剤）に対して感受性を示さないことが明ら...
❏新規ブロモドメインタンパクのエピジェネティックリーダー機能の解析と癌細胞での役割(26860206)
【研究テーマ】病態医化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】分子標的治療 / 大腸がん / 遺伝子発現 / エピジェネティクス / ゲノム
【概要】大腸がんで発現亢進を認めるブロモドメインタンパク質BRD8は、エピジェネティックな遺伝子発現調節に深く関わっているものと考えられるが、その標的となる遺伝子は明らかになっていない。本研究では遺伝子発現データ、ChIP-seqデータ、さらにChIA-PETデータを統合解析することにより、BRD8が直接制御する49遺伝子を同定した。この遺伝子群には、がんの発生や進展に関わる重要なシグナル経路を制御する遺...
❏統合ゲノム解析による大腸癌におけるヒストンメチル基転移酵素の機能解析(23310137)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古川 洋一 東京大学, 医科学研究所, 教授 (20272560)
【キーワード】疾患関連遺伝子 / ゲノム / 大腸がん / ヒストン / メチル基転移酵素 (他6件)
【概要】我々は、siRNAを用いた遺伝子発現解析により、SMYD3が直接制御する下流遺伝子群の同定を行った。その結果、SMYD3によって発現増加する1543遺伝子を同定し、それらが126個の転写因子で調節されている可能性を示唆していた。更にSMYD3抗体を用いたChIP on chipデータも加えた統合解析により、SMYD3が直接制御する110個の遺伝子を同定した。またインシリコ解析により、SMYD3の発...
【医歯薬学】薬学：膜タンパク質 ／ゲノムを含む研究件
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏細胞内寄生植物病原細菌のポストゲノミクス(16108001)
【研究テーマ】植物病理学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2008
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】細胞内寄生 / ポストゲノム / 宿主特異性 / 病原性 / ファイトプラズマ (他14件)
【概要】細胞内寄生性植物病原細菌の一種であるファイトプラズマをターゲットとし、そのゲノム配列にもとづいたポストゲノミクス解析を多方面から行った。その結果、ファイトプラズマの宿主特異性を決定している分子メカニズムの解明に成功し、またファイトプラズマが持つ新規な病原性因子の単離にも成功した。 ...
【医歯薬学】薬学：マイクロ流体デバイス ／ゲノムを含む研究件
❏小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】シングルセル解析
【研究期間】ゲノム
【研究代表者】トランスクリプトーム
【キーワード】マイクロ流体デバイス
【概要】本研究では、1細胞ゲノミクスとマイクロ流体技術を活用して、環境試料に存在する微生物の素性を明らかにし、最適な培養法を設計する「ゲノムデータに基づく戦略的微生物培養プロセス」を開発する。「単離培養を繰り返し、新規・有用微生物のヒットを期待する」という古典的・労働集約的な方法に対して、我々が提唱する新法では、「新規・有用種の存在・特性を事前に検知し、培養条件を事前に最適化して対象物を釣り上げる」という...
❏1細胞ゲノムの非増幅シーケンスによる未培養微生物の完全長ゲノム取得(19K22089)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / NGS / ゲノム / １細胞ゲノミクス / マイクロ流体デバイス
【概要】環境に存在する微生物の99%は実験室で培養できない。これら未培養微生物の理解には、ゲノムの直接解析が有用である。特に、細胞１つからゲノム配列を解読する「シングルセルゲノミクス」は、多様な微生物集団から個別のゲノム情報を得られる点で有効だが、従来法ではゲノム解読精度に課題があった。本研究では、従来法では困難であった、細胞１つからゲノムを解読し、その配列情報を１本のコンプリートゲノムへと再構成する技術...
❏１細胞内のゲノム構造と転写活性制御を紐解くイメージ・シーケンス統合解析(18H01801)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細川 正人 早稲田大学, ナノ・ライフ創新研究機構, その他(招聘研究員) (60722981)
【キーワード】シングルセル解析 / ゲノム / トランスクリプトーム / マイクロ流体デバイス / 1細胞解析 (他7件)
【概要】１細胞単位で遺伝子の発現を解析する技術が普及し、データ蓄積が飛躍的に進んでいる。このなかで、次世代の解析法として必要とされるのは、細胞の多様性を生む原因と結果を知るための多階層の情報を統合的に解析する技術である。本研究では、(1)1細胞単位でゲノム中の遺伝子変異を解析する技術や、(2)組織観察像から任意の微小領域を選択し、微小組織を採集して抽出した微量な核酸から遺伝子発現やゲノム配列を解析し、組織...
【医歯薬学】薬学：酵素 ／ゲノムを含む研究件
❏サンゴに共生する褐虫藻核ゲノムのエピゲノミクス(16K07454)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
【キーワード】渦鞭毛藻 / サンゴ / 紫外線吸収物質 / 褐虫藻 / ゲノム (他16件)
【概要】サンゴに共生する渦鞭毛藻類の褐虫藻Symbiodiniaceaeは、少なくとも15のグループに分けることができるが、そのゲノム多様性やエピゲノムに関する研究は進んでいない。本研究では褐虫藻2種の全ゲノム配列（767 Mbと705 Mb）を決定した。比較解析により、二次共生により紅藻から獲得したと考えられる遺伝子の重複や損失が褐虫藻の多様化に影響してきたことを明らかにした。解読した褐虫藻ゲノムを利用...
❏ＲＮＡ成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化(23350081)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / タンパク質 / ＲＮＡ / RNA (他12件)
【概要】本研究は、「RNA成熟システムの全体像を物理・化学的手法で包括的に理解する」ことを目標とした。申請は、３年間の短期申請で、生命の３つのドメイン（真正細菌、古細菌、真核生物）で起源生物に近い単細胞生物のRNA成熟システムを中心に調べた。RNA成熟に関わるtRNA修飾酵素、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼなどについて、X線結晶構造解析、生化学的解析を併用して、その性質を明らかにした。また、遺伝...
❏生命進化に伴うRNA修飾酵素の機能変化の構造基盤(19350087)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 大学院・理工学研究科, 教授 (20256960)
【キーワード】酵素化学 / 核酸 / 酵素 / 生体分子 / ゲノム (他6件)
【概要】生命は真核生物、真正細菌、古細菌の3つに分類される。本研究では、この3つの生物界で、RNA修飾酵素の構造と機能がどう異なっているかを調べた。その結果、新たにマルチサイト特異性酵素を発見し、葉酸依存性RNAメチル化酵素のX線結晶構造解析に成功し、その触媒機構を提案し、タンパク質ノット型RNAメチル化酵素の基質RNA認識が多段階からなっていることを証明し、さらにRNA修飾ネットワークが存在することを発...
【医歯薬学】薬学：神経科学 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト嗅覚受容体の新規リガンド同定法の確立(16K14576)
【研究テーマ】神経化学・神経薬理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】竹内 春樹 東京大学, 大学院薬学系研究科, 研究員 (70548859)
【キーワード】嗅覚 / 神経細胞 / 嗅覚受容体 / 直接変換法 / リガンド (他9件)
【概要】ヒト嗅覚受容体のリガンドを同定することは、ヒトの匂い受容の理解にとって必須である。本申請課題では、ヒト嗅覚受容体のリガンドを同定するアッセイ系の確立するため、ヒト嗅神経をin vitroで作出する方法を計画した。発生期の嗅覚神経細胞の遺伝子発現プロファイルデータから候補となる転写因子を絞り込んだ。現在、レンチウイルスを用いてヒト線維芽細胞に遺伝子導入し、嗅覚神経細胞への分化誘導を試みている。 ...
❏CDC42遺伝子異常症の病態解明(16K09974)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 俊樹 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (60383741)
【キーワード】武内・小崎症候群 / 巨大血小板 / 知的障害 / 血小板減少症 / リンパ浮腫 (他10件)
【概要】研究成果として、巨大血小板の電子顕微鏡を用いた形態解析、遺伝子改変モデル動物を用いた機能解析の結果、国内外の本患者の表現型スペクトラムについて、研究分担者である上原朋子を筆頭著者、研究代表者（武内俊樹）を責任連絡著者として、国際学会誌Scientific Reportsに英文論文として発表した。国内外の5人の患者について、詳細な表現型の比較検討を行った。その結果、巨大血小板性血小板減少症、知的障害...
❏トランスポゾンを用いた遺伝子トラップに基づく新しい生命科学研究の基盤創成(15H02370)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】川上 浩一 国立遺伝学研究所, 個体遺伝研究系, 教授 (70195048)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 遺伝学 / 神経科学 / 発生・分化 (他9件)
【概要】（１）遺伝子トラップスクリーンを実施し、さまざまな細胞・組織・器官特異的にGal4FFを発現するトランスジェニックフィッシュを多数作製した。これらの系統におけるトランスポソン挿入部位を決定した。 （２）細胞・組織・器官特異的Gal4FF発現トランスジェニックフィッシュを基に共同研究を実施し研究成果を英文論文40報として発表した。 （３）ボツリヌス毒素遺伝子を用いてGal4FF発現神経細胞の機能を効...
【医歯薬学】薬学：免疫 ／ゲノムを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏ゲノム育種によりトラフグの耐病性品種作出をめざす(17208017)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】鈴木 譲 東大, 農学生命科学研究科, 教授 (40107412)
【キーワード】トラフグ / ゲノム / 育種 / 寄生虫 / 耐病性 (他12件)
【概要】水産動物で唯一ゲノムが解読されているトラフグを用いて,耐病性関連マーカーの探索や免疫関連因子の機能解析を行なうことで,育種の基礎を確立することをめざしている. <高密度連鎖地図の作成>マーカー選抜育種に必須の連鎖地図は、マーカー数1219からなり,全ゲノム配列の86%に染色体上の位置情報を与えるまでの極めて高密度のものを作成することができた. <寄生虫耐性/感受性を規定する遺伝子...
【医歯薬学】薬学：構造活性相関 ／ゲノムを含む研究件
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究(25250023)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、クロマチン構造によって凝縮されている染色体ゲノムDNA上で、相同組換えがどのように行われているか、その分子機構を解明することである。本研究では、in vitro相同組換え反応系とクロマチン再構成系とを独自に融合させることで、高次クロマチン上における相同組換え反応機構を明らかにした。また、ヒストンバリアントによって形成される多様なクロマチン構造が、相同組換え反応を制御することを見出し...
【医歯薬学】薬学：有機化学 ／ゲノムを含む研究件
❏生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発(15H02190)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岡本 晃充 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)
【キーワード】DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 (他19件)
【概要】われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析 ...
❏ゲノムDNAの精密有機化学合成(18750144)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】大窪 章寛 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (60376960)
【キーワード】ゲノム / 核酸 / 有機化学 / 高分子化学
【概要】本研究は、10万塩基対以上の細菌のゲノムDNAを迅速かつ高純度で化学合成することを最終目的としている。汎用されているホスホロアミダイトDNA合成では、固相担体上に一塩基ずつ鎖伸長を行い、目的のオリゴヌクレオチドを得ている。しかし、数十量体のDNAオリゴマーであれば、迅速かつ高純度で安定供給が可能であるが、数百量体のDNAオリゴマーになると鎖伸長効率やデブリネーションの問題から化学合成が困難である。...
【医歯薬学】薬学：腫瘍免疫 ／ゲノムを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏ウィルス関連頭頸部癌の腫瘍免疫応答と予後についての研究(16K20230)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】齊藤 祐毅 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40611009)
【キーワード】頭頸部腫瘍 / 腫瘍免疫 / HPV / 免疫応答 / 頭頸部扁平上皮癌 (他10件)
【概要】PD-1阻害剤の奏効群は腫瘍遺伝子変異量（TMB: Tumor Mutation Burden）が大きく、T細胞免疫プロファイルスコア（GEP : Tcell-inflamed gene expression profile）が高い症例とされているが,臨床的指標が明らかでなかったために頭頸部扁平上皮癌528症例のTMBおよびGEPを計測し、臨床指標との関連を解析した。甲状腺乳頭癌、肺癌、悪性黒色腫...
【医歯薬学】薬学：アポトーシス ／ゲノムを含む研究件
❏乳がん細胞におけるＥＭＴ制御因子のシストローム解析(24501311)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80375071)
【キーワード】FAIRE-seq / シグナル伝達 / EMT / 乳がん / TGF-beta (他16件)
【概要】本研究では乳腺上皮細胞の上皮間葉転換EMTにおける遺伝子発現変化を次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより解析するとともに、オープンクロマチン領域の変化につきFAIRE-seqを用いてデータ取得を行った。その結果発現変動を受けるnon coding RNAなどの新規転写産物を同定した。このうちlncRNA-Smad7の抗アポトーシス作用を見いだした。また乳腺上皮細胞に恒常活性RASを発現させ...
❏細胞死抑制蛋白による内耳障害の新しい治療法(蛋白治療)の開発(17659527)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 助教授 (60251302)
【キーワード】ゲノム / 薬剤反応性 / 内耳 / 蝸牛 / 難聴 (他10件)
【概要】細胞死を防御する蛋白質を投与して、内耳障害の予防・治療に応用する蛋白治療を開発した。ミトコンドリアからのチトクロームcの放出を抑えるBcl-XLの三つの水素結合を除去したanti-apoptotic蛋白(FNK)を作成し、これにHIV/Tat蛋白のProtein Transduction Domain(PTD)をくっつけて細胞内に導入できるようにした(FNK-PTD)。まずこの蛋白にmycをtag...
【医歯薬学】薬学：アミノ酸 ／ゲノムを含む研究件
❏新分野「食のエピジェノミクス」創生の基礎研究(16658055)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (40211164)
【キーワード】アミノ酸 / エピジェネティクス / ヒストン / クロマチン / 転写因子 (他11件)
【概要】本年度は、食餌成分のうちアミノ酸に注目し、アミノ酸の利用性によるエピジェネティクスレベルでの変化を検出できるか否かを解析した。特にアミノ酸に欠乏に鋭敏に応答する遺伝子であるIGFBP-1遺伝子に着目し、これらの遺伝子部位におけるヒストンのアセチル化およびメチル化の変動を免疫クロマチン沈降法(ChIP法)で検出した。HepG2細胞をロイシン欠乏培地(-Leu)で12時間処理し、同遺伝子を含む領域約3...
❏センサリーゲノミクスの展開と味覚の生体情報工学の基盤解析(16108004)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (10151094)
【キーワード】味覚システム / トランスジェニック動物 / DNAマイクロアレイ / 味覚伝道路 / 摂食行動 (他19件)
【概要】味覚は、動物が適正な摂食行動を行う上で、そしてヒトが高度の食文化を形成し、近代食品産業を発展させる基盤として、きわめて重要な要因である。本年度は味の受容・伝達情報に関するゲノミクスとして、1)モデル魚を用いた味覚システム、2)味覚情報経路の解析を行い、以下の結果を得た。(1)GPCR→Gタンパク質→PLCβ2→TRPM5経路のうち、まず味覚バイオマーカーとして確認したPLCβ2がモデル魚(ゼブラと...
【医歯薬学】薬学：生体分子 ／ゲノムを含む研究件
❏ケミカルジェネティクス法で新規同定したGreatwallキナーゼ標的候補の解析(15K07041)
【研究テーマ】細胞生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】奥村 英一 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (00323808)
【キーワード】Greatwall / Gwl / M期 / 染色体 / ゲノム (他9件)
【概要】細胞分裂周期のM期は複数のM期キナーゼにより制御されている。その中のひとつであるGreatwall（Gwl）キナーゼは、生存に必須であり、M期の開始と進行を制御する。M期開始は、Arpp19/Ensaを標的としてリン酸化し、これがB55型PP2Aフォスファターゼ活性を抑制することで制御する。しかしM期進行の制御については、リン酸化の標的など制御機構は不明である。本研究では、代表者等がこれまでに見い...
❏関節リウマチを対象としたヒト免疫学の確立(23229007)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー内科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】ゲノム / 内科 / 免疫学 / 組織・細胞 / 生体分子 (他6件)
【概要】本研究では関節リウマチ（RA）患者のリンパ球について、主に(1)制御性T細胞（Treg）(2)遺伝子多型(3)自己抗原特異的CD4陽性T細胞に焦点を当てて解析した。(1)マウスにおいてTGF-beta3を産生し液性免疫応答を抑制するLAG3陽性Tregを同定し、さらにヒトLAG3陽性Tregが活動性RAで減少していることを示した。(2) 健常人約100名のリンパ球サブセットで発現遺伝子と遺伝子多型...
❏光シグナル伝達を基盤とした子実体形成機構の解明(22580097)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】宮崎 安将 独立行政法人森林総合研究所, きのこ・微生物研究領域, 主任研究員 (40343800)
【キーワード】きのこ / 光受容体 / 形態変化 / シイタケ / 子実体形成 (他17件)
【概要】きのこの子実体形成には光が必要である。シイタケの光受容体遺伝子 Le.cry は、担子菌初のクリプトクロム型光受容体をコードしていた。その産物Le.CRY の解析 の結果、青色光領域を吸収し子実体形成に関わることが示唆された。プロテオーム解析の結果、 リン酸化や糖鎖付加などの翻訳後修飾を介して、子実体形成に関わる代謝経路やシグナル伝達 経路が存在することが分かった。トランスクリプトーム解析の結果、...
【医歯薬学】薬学：核酸 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム合成の基盤技術を自然界でのDNA水平伝播現象をもとに構築する(18K06196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ゲノム合成 / コンティグDNA / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他11件)
【概要】物理的なダメージを受けやすいサイズの大きなDNAを効率良く細胞中で合成する方法として、枯草菌を用いたプロトプラスト法による形質転換で、一度に複数のコンティグDNA断片を細胞中で連結する手法を考案した。また供与菌宿主として枯草菌を溶菌させ、溶菌液を用いて抽出・精製操作を経ずに大腸菌、出芽酵母へ導入する方法も開発できた。さらに接合伝達法についても大腸菌から真核細胞の酵母へ簡便に長鎖DNAを導入できるこ...
❏サンゴに共生する褐虫藻核ゲノムのエピゲノミクス(16K07454)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
【キーワード】渦鞭毛藻 / サンゴ / 紫外線吸収物質 / 褐虫藻 / ゲノム (他16件)
【概要】サンゴに共生する渦鞭毛藻類の褐虫藻Symbiodiniaceaeは、少なくとも15のグループに分けることができるが、そのゲノム多様性やエピゲノムに関する研究は進んでいない。本研究では褐虫藻2種の全ゲノム配列（767 Mbと705 Mb）を決定した。比較解析により、二次共生により紅藻から獲得したと考えられる遺伝子の重複や損失が褐虫藻の多様化に影響してきたことを明らかにした。解読した褐虫藻ゲノムを利用...
❏次世代型CRISPRシステムの構築によるヒト遺伝子機能解明のための基盤技術開発(15H04319)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】程 久美子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50213327)
【キーワード】CRISPR / dCas9 / base-pairing / thermodynamics / melting temperature (他10件)
【概要】本研究は、CRISPR法の改良による次世代型ヒト遺伝子機能解明のための基盤技術の開発を目的とした研究である。CRISPRシステムとは、原核生物の免疫防御システムを利用した新しいゲノム編集法であり、あらゆる生物種に応用可能な画期的技術として注目されている。CRISPR法では、標的部位を塩基配列で識別するガイドRNAがCas9たんぱく質と複合体を形成し、ガイドRNAが対合したゲノム領域をCas9が切断...
【医歯薬学】薬学：分化 ／ゲノムを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏ゲノム情報を利用した魚類の筋分化制御に関する研究(19108003)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】渡部 終五 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40111489)
【キーワード】水産学 / 魚類 / ゲノム / 発生・分化 / 筋肉 (他16件)
【概要】本研究では、筋肉の性質を最終的に規定するミオシン重鎖遺伝子(myosin heavy chain gene, MYH)に着目し、その発現の多様性が魚類の筋肉の構造や機能に密接に関わることを示すとともに、それらの発現制御に関わる転写ネットワークの一端を明らかにした。これら成果は、筋線維のタイプの決定機構を利用した肉質の改良や、筋成長の分子機構に基づく効率的な育種など、水産業への貢献にもつながることが...
【医歯薬学】薬学：細胞 ／ゲノムを含む研究件
❏光操作に基づく新たな細胞標識技術の開発と応用(22K18338)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2022-06-30 - 2025-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / ゲノム / 遺伝子 / 標識 / 細胞
【概要】
❏光操作に基づく細胞解析技術の開発と応用(18H03932)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / 細胞 / 遺伝子 / ゲノム / タンパク質 (他7件)
【概要】本研究では，DNA組換え反応の光操作技術（PA-Cre）を染色体に組み込んだノックインマウスやPA-Cre をコードするアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）を開発すると共に，当該技術のマウスの生体（in vivo）での検証を通じて新たな細胞解析技術を創出した．さらに，光照射でゲノム上での転移反応を示す光駆動型のタンパク質分子を世界で初めて開発し，細胞レベルでの検証を行なった．これらの技術は，従来技...
❏新規相同組換え法を応用した遺伝子変異修復システム(24659265)
【研究テーマ】応用薬理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】岡田 尚巳 日本医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00326828)
【キーワード】遺伝子修正 / 遺伝性神経筋疾患 / 細胞治療 / ゲノム / 細胞 (他8件)
【概要】Duchenne 型筋ジストロフィー(DMD)をはじめとする単一遺伝子病に対し、遺伝子治療によるタンパク質補充療法の非臨床試験が活発に推進され効果が期待されているが、将来的には遺伝子変異そのものの修正が根本的な治療として期待される。遺伝子組み換え技術を用いた遺伝子修正療法の実用化をめざし、より高い有効性と安全性、正確性を備えたシステムの構築を検討した。また、疾患モデルにおける炎症病態を解析し、遺伝...
【医歯薬学】薬学：ブロテオーム ／ゲノムを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏多様な半構造化データからのデータ構造推定(24300054)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】馬見塚 拓 京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)
【キーワード】知識発見とデータマイニング / グラフマイニング / 機械学習 / 生体生命情報学 / 人工知能 (他7件)
【概要】本研究では、グラフやネットワークに代表される半構造化データの様々な問題設定に対する解決手法を構築することを目指してきた。特に、ノードとリンクで表されるグラフにおいて、ノードに付けられたラベルに関する「ラベル伝搬」、さらに、リンクを予測する「リンク予測」という二つの問題に着目した。さらに、手法構築のみならず実データへの適用及び有効性実証を行った。この応用においては、特に生命科学におけるグラフデータ等...
【医歯薬学】薬学：遺伝子発現制御 ／ゲノムを含む研究件
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
❏小分子RNAに誘導されるエピゲノム変化の生化学的解析(26710011)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】山中 総一郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (80711845)
【キーワード】小分子RNA / トランスポゾン / 生殖細胞 / ATAC-seq / ゲノム (他13件)
【概要】トランスポゾンとその残滓は、ヒトゲノムでは 45%もの領域を占めている。トランスポゾンの持つ転移能は個体に有害であり、特に生殖細胞におけるトランスポゾンの発現抑制は次世代への正確な遺伝情報の伝達を考えた場合に、生物にとって喫緊の課題である。私は小分子RNAがトランスポゾンの発現を生殖細胞でいかに抑制しているかに関して研究をハエとマウスを用いて行ってきた。ハエにおいては、特定ゲノム領域に存在するタン...
【医歯薬学】薬学：タンパク質 ／ゲノムを含む研究件
❏クロマチン上で起こる転写と共役した二重鎖切断修復の分子機構の解明(20H00449)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 癌 / 蛋白質 / 放射線
【概要】真核生物では、ゲノムDNAはクロマチンを形成することで細胞核内に収納されている。クロマチンは、DNAを損傷から保護する役割を担っていると考えられているが、一方で、DNA損傷修復に対して阻害的にも働く。細胞には、ゲノムDNA二重鎖切断損傷を正確に修復するための機構が備わっている。増殖時の細胞では、複製された染色体を鋳型にした相同組換え修復（HRR）によって二重鎖切断修復を行うことが可能となる。他方、...
❏光操作に基づく細胞解析技術の開発と応用(18H03932)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】佐藤 守俊 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00323501)
【キーワード】光操作 / 細胞 / 遺伝子 / ゲノム / タンパク質 (他7件)
【概要】本研究では，DNA組換え反応の光操作技術（PA-Cre）を染色体に組み込んだノックインマウスやPA-Cre をコードするアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）を開発すると共に，当該技術のマウスの生体（in vivo）での検証を通じて新たな細胞解析技術を創出した．さらに，光照射でゲノム上での転移反応を示す光駆動型のタンパク質分子を世界で初めて開発し，細胞レベルでの検証を行なった．これらの技術は，従来技...
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
【医歯薬学】薬学：RNA ／ゲノムを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏次世代型CRISPRシステムの構築によるヒト遺伝子機能解明のための基盤技術開発(15H04319)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】程 久美子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50213327)
【キーワード】CRISPR / dCas9 / base-pairing / thermodynamics / melting temperature (他10件)
【概要】本研究は、CRISPR法の改良による次世代型ヒト遺伝子機能解明のための基盤技術の開発を目的とした研究である。CRISPRシステムとは、原核生物の免疫防御システムを利用した新しいゲノム編集法であり、あらゆる生物種に応用可能な画期的技術として注目されている。CRISPR法では、標的部位を塩基配列で識別するガイドRNAがCas9たんぱく質と複合体を形成し、ガイドRNAが対合したゲノム領域をCas9が切断...
❏ＲＮＡ成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化(23350081)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】堀 弘幸 愛媛大学, 理工学研究科, 教授 (20256960)
【キーワード】核酸 / 酵素 / タンパク質 / ＲＮＡ / RNA (他12件)
【概要】本研究は、「RNA成熟システムの全体像を物理・化学的手法で包括的に理解する」ことを目標とした。申請は、３年間の短期申請で、生命の３つのドメイン（真正細菌、古細菌、真核生物）で起源生物に近い単細胞生物のRNA成熟システムを中心に調べた。RNA成熟に関わるtRNA修飾酵素、tRNAスプライシングエンドヌクレアーゼなどについて、X線結晶構造解析、生化学的解析を併用して、その性質を明らかにした。また、遺伝...
【医歯薬学】薬学：RNAi ／ゲノムを含む研究件
❏転移因子とＡｒｇｏｎａｕｔｅの軍拡競争からゲノムの進化を探る(20221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】塩見 春彦 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (60202107)
【キーワード】ゲノム機能 / RNAサイレンシング / 転移因子 / 小分子RNA / RNAi (他20件)
【概要】「転移因子とRNAサイレンシング機構の間の'軍拡競争'が複雑な遺伝子発現制禦を可能にするゲノムの進化をもたらした」という仮説の検証をショウジョウバエを用いて行った。その結果、転移因子の抑制機構が体細胞では遺伝子の発現制御にも密接に関与していること、そして、生殖細胞では生殖幹細胞-体細胞相互作用や卵形成過程における軸形成に関与していることを示唆する結果を得た。 ...
❏大規模RNAiライブラリーを用いたカルシウム流入分子機構の網羅的探索(17689011)
【研究テーマ】薬理学一般
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】廣瀬 謙造 名古屋大学, 大学院医学系研究科, 教授 (00292730)
【キーワード】カルシウム / カルシウムストア / ゲノム / RNAi / siRNA
【概要】本研究においては、転写産物を網羅する大規模なRNAiライブラリーからカルシウム流入機構をノックダウンするsiRNA配列を取得し、カルシウム流入機構を担う分子の探索を行うことを目的としている。昨年度までに、RNAiライブラリー構築法の改良とモデル系を用いたセレクション法を確立している。また、カルシウム濃度上昇によって選別する方法が確立された。これらの技術基盤をもとに、本年度は、カルシウム濃度上昇を抑...
❏ヒトゲノム機能解析のためのsiRNAライブラリの構築とRNAi関連遺伝子の探索(16201040)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】西郷 薫 東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (50136454)
【キーワード】RNA interference / RNAi / siRNA / human / genome (他10件)
【概要】ヒトをはじめとする様々な哺乳類ゲノムプロジェクトの進行により哺乳類の遺伝情報を担うおおよその遺伝子が特定され、ゲノム研究は、その構造解析から機能解析に焦点が移ってきたと言える。本研究では、ヒトを含む哺乳類の網羅的ゲノム機能解明のためのRNAi関連技術を開発し、siRNAミニライブラリを構築して、RNAi関連遺伝子群のスクリーニングを行った。我々は、RNAi効果の高いsiRNA配列の選択法を確立して...
【医歯薬学】薬学：RNAシークエンス ／ゲノムを含む研究件
❏難治性希少肉腫である淡明細胞肉腫の治療標的となるゲノム異常の探索(17K10992)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】岩田 慎太郎 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医長 (90549685)
【キーワード】遺伝子解析 / 融合遺伝子 / 発現解析 / 明細胞肉腫 / 悪性軟部腫瘍 (他10件)
【概要】希少がんの一種である明細胞肉腫における治療標的となりうる遺伝子異常を同定するため、国内の肉腫専門施設より腫瘍検体を収集し、次世代シークエンサーによる全エクソーム解析を行った。 明細胞肉腫における特異的融合遺伝子が同定された症例においては、遺伝子変異数が多い群で予後不良であること、また一部の症例に共通の遺伝子変異が存在することが明らかとなった。さらにはこの融合遺伝子によりその下流にあるMiTF及びc...
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
❏乳がん細胞におけるＥＭＴ制御因子のシストローム解析(24501311)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80375071)
【キーワード】FAIRE-seq / シグナル伝達 / EMT / 乳がん / TGF-beta (他16件)
【概要】本研究では乳腺上皮細胞の上皮間葉転換EMTにおける遺伝子発現変化を次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより解析するとともに、オープンクロマチン領域の変化につきFAIRE-seqを用いてデータ取得を行った。その結果発現変動を受けるnon coding RNAなどの新規転写産物を同定した。このうちlncRNA-Smad7の抗アポトーシス作用を見いだした。また乳腺上皮細胞に恒常活性RASを発現させ...
【医歯薬学】薬学：DNA ／ゲノムを含む研究件
❏非Ｂ型ＤＮＡの核内における生成と制御：ゲノムワイド解析によるアプローチ(21K06012)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】須谷 尚史 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (30401524)
【キーワード】DNA / 非B型DNA / ゲノム / ゲノム不安定性
【概要】本研究課題では、ゲノム上に生じる正常な形状でないDNA（非B型DNA）に焦点を当てた解析を行なっている。非B型DNAはゲノムの不安定性の要因となると考えられている。非B型DNAにはどのような種類があるのか、ゲノム上のどこに存在するのか、なぜ生成するのか、細胞は非B型DNAに起因するゲノム不安定性にどのように対応しているのか、などの諸点を明らかにすることが本研究課題の目的である。 本年度はSmc5/...
❏考古学・人類学・文化財科学の学際的研究による縄文社会論の再構築(18H03593)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】山田 康弘 東京都立大学, 人文科学研究科, 教授 (40264270)
【キーワード】考古学 / 人類学 / 学際的研究 / 出土人骨 / 縄文時代 (他14件)
【概要】2020年度は、コロナ禍のために、資料へのアクセスが不可能となったものも多く、研究そのものの進捗状況は決して芳しいものではなかった。そのような中でも、昨年度サンプリングを実施した愛知県伊川津貝塚出土人骨5体から、遺存状態のよいDNAを採取することができた。これらの事例は、年代測定の結果時期的に晩期後半にまとまり、同じ埋葬姿勢をとり、一つの埋葬小群を構成するものであり、今後の解析が順調に進めば、縄文...
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
【医歯薬学】薬学：DNAマイクロアレイ ／ゲノムを含む研究件
❏全ゲノム一塩基レベル変異解析に基づくストレス耐性細胞の創製(21360401)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】清水 浩 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00226250)
【キーワード】ゲノム / DNAマイクロアレイ / 変異解析 / ストレス耐性 / 進化工学 (他8件)
【概要】本研究においては、進化工学に基づき長期植え継ぎ培養を行って、5%濃度のエタノールに耐性を示す大腸菌の細胞6株を取得した。DNAマイクロアレイを用いてストレス耐性株と親株の遺伝子発現量を網羅的に比較した。全ての遺伝子の発現量データを主成分解析したところ、ストレスに耐性を示す株は共通的にアミノ酸合成に関与する遺伝子の発現量が特徴的に変化していることが確認された。培地中にこの遺伝子発現変化に基づくアミノ...
❏センサリーゲノミクスの展開と味覚の生体情報工学の基盤解析(16108004)
【研究テーマ】応用分子細胞生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (10151094)
【キーワード】味覚システム / トランスジェニック動物 / DNAマイクロアレイ / 味覚伝道路 / 摂食行動 (他19件)
【概要】味覚は、動物が適正な摂食行動を行う上で、そしてヒトが高度の食文化を形成し、近代食品産業を発展させる基盤として、きわめて重要な要因である。本年度は味の受容・伝達情報に関するゲノミクスとして、1)モデル魚を用いた味覚システム、2)味覚情報経路の解析を行い、以下の結果を得た。(1)GPCR→Gタンパク質→PLCβ2→TRPM5経路のうち、まず味覚バイオマーカーとして確認したPLCβ2がモデル魚(ゼブラと...
【医歯薬学】薬学：DNAメチル化 ／ゲノムを含む研究件
❏エピゲノムパターン構築に不可欠な遺伝子と有害配列の識別メカニズムの解明(22K06180)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤 泰子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10623978)
【キーワード】エピジェネティクス / DNAメチル化 / クロマチン / 植物 / ゲノム
【概要】
❏脱分化型脂肪肉腫に対するエピゲノム解析(18K15328)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】浅野 尚文 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (10445299)
【キーワード】肉腫 / 脂肪肉腫 / 脱分化型脂肪肉腫 / DNAメチル化 / 脱メチル化剤 (他8件)
【概要】脱分化型脂肪肉腫は成人に好発する高悪性度腫瘍である。今回我々は、高分化型/脱分化型脂肪肉腫に対するゲノム網羅的なDNAメチル化解析を行い、悪性度の高い脱分化型脂肪肉腫では脂肪分化に関する遺伝子のDNAメチル化が悪性化に関与している可能性を見出した。本研究成果から、今後、脱分化型脂肪肉腫に対する新規治療戦略として脱メチル化剤治療が有用な可能性が示唆された。 ...
❏Gene body領域エピゲノムのモニタリングによる細胞成熟誘導法の最適化(15K14431)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】小田 真由美 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (80567511)
【キーワード】DNAメチル化 / 酸化的脱メチル化過程 / gene body領域 / 転写伸長反応 / 細胞成熟 (他14件)
【概要】本研究計画はglobal DNAメチル化修飾をバックグラウンドとする哺乳類ゲノムにおいて、gene body領域のエピジェネティック状態が細胞成熟に関与する可能性を検討し、これをもとに細胞成熟の評価および誘導を目指す。当初の成熟誘導法の樹立の計画に先立ち心筋細胞と肝細胞の比較を行ったところ、低メチル化を特徴とするgene body領域エピジェネティック・ドメインは心筋細胞により強く、他の細胞にはあ...
【医歯薬学】薬学：発現制御 ／ゲノムを含む研究件
❏パーソナルゲノム時代の組織特異的エンハンサー予測アルゴリズム研究(17K00397)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
【キーワード】細胞種特異的エンハンサー / Hi-Cデータ解析 / A/Bコンパートメント / グラフ畳み込みネットワーク (他17件)
【概要】本研究では真核生物の組織特異的発現に重要と考えられているエンハンサーについて、その特異性制御機構と標的遺伝子群を、主にゲノム配列情報から理解することを目指した。異なる細胞種に対する Hi-Cデータを再解析・相互比較することで、細胞の種類によって TADやA/B コンパートメント等が変化した領域の遺伝子発現の特異性を調べた。その結果、B細胞とそのリンパ腫などの間に、興味深い機能的相関を観察した。 ...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏新規無毒化HSVベクターを用いた神経細胞選択的治療遺伝子デリバリーシステムの開発(16K08249)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】宮川 世志幸 日本医科大学, 医学部, 講師 (90415604)
【キーワード】ヘルペスウイルス / 遺伝子治療 / 遺伝子発現 / インシュレーター / 無毒化 (他14件)
【概要】本研究では、申請者らが開発した無毒化ヘルペスウイルス（HSV）ベクターシステムを応用して、神経特異的に治療遺伝子を送達できる新規遺伝子治療用担体の創出を目指している。同技術開発のために、本研究ではHSVゲノム上の神経特異的に転写活性化するTR領域に注目し、その遺伝子発現機構を解析した。その結果、TR領域に存在するインシュレーターが本領域からの遺伝子発現に重要な役割を果たしていること、また本制御配列...
【医歯薬学】薬学：がん ／ゲノムを含む研究件
❏中区分55:恒常性維持器官の外科学およびその関連分野(0)
【研究テーマ】2020
【研究種目】癌
【研究期間】遺伝子
【研究代表者】ゲノム
【キーワード】遺伝学
【概要】本研究は、空間トランスクリプトーム解析技術とロングリード技術を駆使して、がん組織空間上に不均一に生じているゲノム変異およびトランスクリプトーム異常を解析し、組織局所におけるがんの進展を分子レベルで明らかにする手法を開発・実践するものである。本年度は、肺腺がん凍結手術検体より取得した空間トランスクリプトームの全長cDNA増幅産物を用いて、ロングリード解析を実施した。位置バーコードを含む全長cDNAに...
❏クロマチン上で起こる転写と共役した二重鎖切断修復の分子機構の解明(20H00449)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 癌 / 蛋白質 / 放射線
【概要】真核生物では、ゲノムDNAはクロマチンを形成することで細胞核内に収納されている。クロマチンは、DNAを損傷から保護する役割を担っていると考えられているが、一方で、DNA損傷修復に対して阻害的にも働く。細胞には、ゲノムDNA二重鎖切断損傷を正確に修復するための機構が備わっている。増殖時の細胞では、複製された染色体を鋳型にした相同組換え修復（HRR）によって二重鎖切断修復を行うことが可能となる。他方、...
❏上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定(20H00545)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80280783)
【キーワード】癌 / 遺伝子 / ゲノム / 遺伝学 / 病理学 (他7件)
【概要】上皮内肺がん17例、微小浸潤腺がん2例について、全ゲノム/RNAシークエンスデータおよび長鎖シークエンスデータを取得し、進行がんと比較することで、総合的に早期肺発がん機構のメカニズムの推定を行った。既知のがん遺伝子変異としては、EGFR、KRAS、MET、BRAF、HER2遺伝子の変異、RET遺伝子融合は、早期肺がん形成に働くドライバー変化であることが明らかにされた。一方、TP53やSMARCA2...
【医歯薬学】薬学：siRNA ／ゲノムを含む研究件
❏子宮頸部腺癌の診断技術改良とsiRNAを用いたあらたな治療戦略(18591845)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】藤井 多久磨 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (10218969)
【キーワード】子宮頸癌 / 細胞診 / コルポスコープ / siRNA / BACライブラリー (他16件)
【概要】子宮頸癌の診療技術の改良に役立つ方法を研究した。診断では子宮頸癌をリアルタイムに診断する方法としてラマンコルポスコープの開発に着手した。従来にない斬新的なアプローチで再現性のあるデータを得ることができた。細胞診では従来、炎症所見の一つといわれているamphophiliaがHPV18型感染に特徴的な細胞像であることがわかった。細胞診検体を利用し、P16細胞免疫染色、HPV型判定、およびHPVのDNA...
❏大規模RNAiライブラリーを用いたカルシウム流入分子機構の網羅的探索(17689011)
【研究テーマ】薬理学一般
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】廣瀬 謙造 名古屋大学, 大学院医学系研究科, 教授 (00292730)
【キーワード】カルシウム / カルシウムストア / ゲノム / RNAi / siRNA
【概要】本研究においては、転写産物を網羅する大規模なRNAiライブラリーからカルシウム流入機構をノックダウンするsiRNA配列を取得し、カルシウム流入機構を担う分子の探索を行うことを目的としている。昨年度までに、RNAiライブラリー構築法の改良とモデル系を用いたセレクション法を確立している。また、カルシウム濃度上昇によって選別する方法が確立された。これらの技術基盤をもとに、本年度は、カルシウム濃度上昇を抑...
❏ヒトゲノム機能解析のためのsiRNAライブラリの構築とRNAi関連遺伝子の探索(16201040)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】西郷 薫 東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (50136454)
【キーワード】RNA interference / RNAi / siRNA / human / genome (他10件)
【概要】ヒトをはじめとする様々な哺乳類ゲノムプロジェクトの進行により哺乳類の遺伝情報を担うおおよその遺伝子が特定され、ゲノム研究は、その構造解析から機能解析に焦点が移ってきたと言える。本研究では、ヒトを含む哺乳類の網羅的ゲノム機能解明のためのRNAi関連技術を開発し、siRNAミニライブラリを構築して、RNAi関連遺伝子群のスクリーニングを行った。我々は、RNAi効果の高いsiRNA配列の選択法を確立して...
【医歯薬学】薬学：トランスクリプトーム ／ゲノムを含む研究件
❏小区分62010:生命、健康および医療情報学関連(0)
【研究テーマ】2018
【研究種目】ゲノム
【研究期間】統計科学
【研究代表者】がん
【キーワード】トランスクリプトーム
【概要】本研究は、空間トランスクリプトーム解析技術とロングリード技術を駆使して、がん組織空間上に不均一に生じているゲノム変異およびトランスクリプトーム異常を解析し、組織局所におけるがんの進展を分子レベルで明らかにする手法を開発・実践するものである。本年度は、肺腺がん凍結手術検体より取得した空間トランスクリプトームの全長cDNA増幅産物を用いて、ロングリード解析を実施した。位置バーコードを含む全長cDNAに...
❏卵巣癌オルガノイドバンクの階層的オミクスによる難治性卵巣癌根治療法の実現(21H03079)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2021-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / オルガノイド / ゲノム / トランスクリプトーム / マルチオミクス
【概要】
❏転写異常に繋がるゲノム変異の網羅的探索法の開発とゲノム医療への応用(18H03327)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】白石 友一 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (70516880)
【キーワード】ゲノム / 統計科学 / がん / トランスクリプトーム / スプライシング (他11件)
【概要】申請者が開発を続けていたSAVNetについての研究成果をまとめ、さらに国際がんゲノムコンソーシアムが主導するがん種横断的な全ゲノム解析プロジェクトに参画し、研究グループへの貢献を行なった。またSAVNetを希少疾患のデータに適用することで、いくつかの新規遺伝子変異の発見に成功した。公共データベースに登録されている大規模トランスクリプトームデータを活用するべく、トランスクリプトームデータのみからスプ...
【医歯薬学】薬学：転写 ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
❏神経可塑性への系統的システム生物学アプローチ(20241047)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】CARNINCI Piero (CARNINCI PIero) 独立行政法人理化学研究所, 研究員 (10333296)
【キーワード】ゲノム / ノンコードRNA / レトロトランスポゾン / iPS / 幹細胞 (他19件)
【概要】我々は、マウス大脳皮質の興奮性グルタミン酸作動性錐体(Py)神経細胞と抑制性GABA作動性Parvalbumin(Pv)神経細胞で発現している転写産物を、次世代シークエンサーであるイルミナ社ゲノムアナライザーを用いて、網羅的に解析した。この際、脳の可塑性を再活性化することがわかっている(未発表)、バルプロ酸(VPA)とtricostatin A(TSA)による処理も合わせて行い、トランスクリプトー...
【医歯薬学】薬学：転写因子 ／ゲノムを含む研究件
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏アスパラガスの雌雄性を操作する(16K14843)
【研究テーマ】園芸科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 北海道大学, 農学研究院, 助教 (10726061)
【キーワード】食用アスパラガス / 性決定 / 遺伝子 / DNAマーカー / 植物ホルモン (他17件)
【概要】モデル植物・シロイヌナズナにおいては、MYB35という遺伝子を欠損すると雄性不稔となることが知られていたが、食用アスパラガスにおいては、これによく似た遺伝子（AoMYB35）が雄株にのみ存在し、雌株に存在しないということを明らかにした。AoMYB35は食用アスパラガスの雌雄性決定遺伝子の候補として有力なものである。また、雌花の雄蕊における細胞死を特徴づけると共に、食用アスパラガスの各花器官（花被片...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
【医歯薬学】薬学：転写制御 ／ゲノムを含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
【医歯薬学】薬学：転写調節 ／ゲノムを含む研究件
❏PAR化修飾によるクロマチン高次構造制御・遺伝子転写調節機構の包括的解析(16K18469)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
【キーワード】PAR化 / 次世代シーケンサー / １細胞解析 / ChIA-drop / ChIA-PET (他9件)
【概要】細胞核内で起きるタンパク質のポリADPリボシル化（PAR化）修飾はその電気的性質から周囲のクロマチン環境を大きく変化させ、遺伝子の転写制御や修復に関わることが知られている。本研究ではこの修飾によるクロマチン高次構造の変化を観測するための新たな研究手法の開発を行った。クロマチン複合体を微小液滴に封入しラベリングを行うことからChIA-dropと名付けたこの手法は、Hi-CやChIA-PETといった既...
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏転写因子とシス調節ＤＮＡの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明(22310120)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010-04-01 - 2013-03-31
【研究代表者】日下部 岳広 甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)
【キーワード】遺伝子 / ゲノム / 転写調節 / 発生・分化 / ホヤ (他6件)
【概要】次世代型DNAシークエンサーによりmRNAの５'端配列を大量に決定し、ゲノム上にマッピングすることによりホヤゲノム中の転写開始点と遺伝子発現プロファイルを決定した。これらのデータを用いて、組織特異的または発生段階特異的プロモーターの発見、トランススプライシングされる遺伝子の転写開始点の同定、miRNA遺伝子の転写制御領域の同定等の成果が得られた。ホヤとメダカを用いた発生遺伝学的実験解析によ...
【医歯薬学】薬学：非コードRNA ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノムアノテーションで見過された短鎖ペプチドコードORFの発見と疾患マーカー開発(17K19565)
【研究テーマ】病理病態学、感染・免疫学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】矢田 哲士 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728)
【キーワード】ショートORF(sORF) / 短鎖ペプチド / ノンコーディングRNA(ncRNA) / ヒトゲノム / 疾患マーカー (他8件)
【概要】ヒトゲノムには数多くの長鎖ノンコーディングRNA(lncRNA)遺伝子が同定されているが、その多くの機能は分かっていない。一方、lncRNAだと考えられていた遺伝子が短いペプチドをコードしている例が報告されている。ここでは、分子生物学と生化学を使った実験的アプローチと情報生物学に基づく計算的アプローチを連携させて、lncRNAとして同定されていたヒトのRNAの中から、短いペプチドをコードしているR...
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明(24221011)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2012-05-31 - 2017-03-31
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / クロマチン / クローン進化 / 微小環境 (他15件)
【概要】治療抵抗性腫瘍細胞のサバイバルおよびクローン進化、さらに腫瘍微小環境に対する適応について解明すべく、腫瘍細胞集団内のゲノム不均一性とエピゲノムの可塑性についてヒト腫瘍検体および腫瘍細胞の解析を行った。 グリオーマ再発に際してアルキル化剤治療によりミスマッチ修復異常を来したクローンは高頻度にC>T変異を生じ、悪性転化を引き起こす。また、腫瘍内微小環境において形成される低pH状態下では転写因子S...
【医歯薬学】薬学：免疫学 ／ゲノムを含む研究件
❏プロテアソームの遺伝的多様性と免疫疾患(16K14648)
【研究テーマ】ゲノム医科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新田 剛 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (30373343)
【キーワード】遺伝子多様性 / 免疫学 / ゲノム / プロテアソーム / T細胞 (他8件)
【概要】胸腺プロテアソーム遺伝子PSMB11の多様性（variation）がCD8 T細胞の抗原認識レパトアと免疫関連疾患の感受性に影響を及ぼす可能性を検証した。機能に影響を与える３種類のvariationについて、ノックインマウスを作製したところ、胸腺でのCD8 T細胞の正の選択が阻害された。特に日本人に多くみられるG49Sは、CD8 T細胞のTCRレパトアを変化させ、自己免疫疾患であるシェーグレン症候...
❏関節リウマチを対象としたヒト免疫学の確立(23229007)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー内科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】ゲノム / 内科 / 免疫学 / 組織・細胞 / 生体分子 (他6件)
【概要】本研究では関節リウマチ（RA）患者のリンパ球について、主に(1)制御性T細胞（Treg）(2)遺伝子多型(3)自己抗原特異的CD4陽性T細胞に焦点を当てて解析した。(1)マウスにおいてTGF-beta3を産生し液性免疫応答を抑制するLAG3陽性Tregを同定し、さらにヒトLAG3陽性Tregが活動性RAで減少していることを示した。(2) 健常人約100名のリンパ球サブセットで発現遺伝子と遺伝子多型...
❏免疫応答・炎症反応に対するカチオントランスポーターの関与とその制御(18390287)
【研究テーマ】膠原病・アレルギー・感染症内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】山本 一彦 東京大学, 医学部・附属病院, 教授 (80191394)
【キーワード】免疫学 / ゲノム / 内科 / 遺伝学 / 関節リウマチ (他10件)
【概要】最近ゲノム疫学的研究から、免疫応答や炎症反応に(有機)カチオントランスポーターであるSLC22A4が関与している可能性が示唆されてきた。我々は仮説なしの全ゲノム解析で日本人の関節リウマチ患者とSLC22A4の第1イントロンの一塩基多型(single nucleotide polymorphism以下SNP)が関連していることを報告し、続いてPeltekovaらはSLC22A4のアミノ酸置換を伴った...
【医歯薬学】薬学：薬剤反応性 ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム網羅的薬理ゲノム研究における研究デザインとそのデータ解析法に関する研究(21890035)
【研究テーマ】人類遺伝学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】佐藤 泰憲 千葉大学, 医学部附属病院, 講師 (90536723)
【キーワード】ゲノム / 薬剤反応性 / 統計科学 / 遺伝疫学 / ゲノム網羅的アプローチ (他13件)
【概要】薬剤反応性の個体差の原因となる遺伝子を明らかにすることを目標として,ゲノム綱羅的薬理ゲノム研究における以下の三つの課題を統計学的視点から取り組み,新たな提案を与えた.(1)薬物動態関連遺伝子を同定するための統計手法の開発及び実データへの適用,(2)薬剤反応性遺伝子を同定するための統計手法の開発及び実データへの適用,(3)薬物動態及び遺伝子多型情報を考慮した薬効強度の予測モデルの構築.これらの研究成...
❏環境汚染物質の胎児期曝露による生後発癌リスクとそのエピジェネティク分子機構(20380168)
【研究テーマ】応用獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】大迫 誠一郎 東京大学, 大学院・医学系研究科, 准教授 (00274837)
【キーワード】有害化学物質 / ゲノム / 発生・分化 / 環境 / 薬剤反応性 (他6件)
【概要】胎生期の環境因子が子どもやさらには成人してからの健康に与える影響が懸念されている。胎生期にダイオキシンに曝露され生まれた実験動物では、ベンツピレンなどの変異原物質による成熟後の化学発癌感受性が高まる。本研究ではマウスを用いて、変異原物質の代謝活性化を司る酵素CYP1A1遺伝子におけるDNAメチル化などのエピジェネティックメモリーが、周産期のダイオキシン曝露で変化すること、およびその分子機構の一部を...
❏細胞死抑制蛋白による内耳障害の新しい治療法(蛋白治療)の開発(17659527)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 助教授 (60251302)
【キーワード】ゲノム / 薬剤反応性 / 内耳 / 蝸牛 / 難聴 (他10件)
【概要】細胞死を防御する蛋白質を投与して、内耳障害の予防・治療に応用する蛋白治療を開発した。ミトコンドリアからのチトクロームcの放出を抑えるBcl-XLの三つの水素結合を除去したanti-apoptotic蛋白(FNK)を作成し、これにHIV/Tat蛋白のProtein Transduction Domain(PTD)をくっつけて細胞内に導入できるようにした(FNK-PTD)。まずこの蛋白にmycをtag...
【医歯薬学】薬学：化合物 ／ゲノムを含む研究件
❏プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用(25540131)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (00596538)
【キーワード】プライバシー保護 / 化合物検索 / アラインメント / 隠れマルコフモデル / PPDM (他13件)
【概要】個人のゲノム情報や薬のたねとなる化合物情報などは，機密情報として取り扱うことが必要となる．一方，オープンサイエンスの立場からは，これらの情報を積極的に利用して他の情報と合わせてデータマイニングを行うことが重要である．本研究では，これらの生物分野の重要情報を秘匿したまま様々なデータマイニングを行う方法論の開発を行った．具体的には，化合物データベースの秘匿検索，隠れマルコフモデルを用いたゲノム情報の秘...
❏エピゲノム修復に基づく発達障害疾患の新規治療戦略(23390272)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】久保田 健夫 山梨大学, 医学工学総合研究部, 教授 (70293511)
【キーワード】エピジェネティクス / エピゲノム / レット症候群 / MeCP2 / 遺伝子発現 (他17件)
【概要】エピゲノムには、ゲノムにはない可逆性が存在する。そこで、エピゲノム異常に起因する発達障害疾患（Rett症候群）を対象にエピゲノム修復治療の可能性を検証した。当初、個々の遺伝子に作用する化合物の作製を予定したが、修復対象遺伝子が多数想定されたことから、グローバルな作用を有する化合物の探索を行った。その結果、本症に使用されている抗てんかん薬に多数の遺伝子を対象にしたエピゲノム修復を介した発現回復作用が...
【医歯薬学】薬学：ノックアウトマウス ／ゲノムを含む研究件
❏黄体ホルモンによる子宮内膜の細胞分化の分子基盤(16H05469)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】大須賀 穣 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80260496)
【キーワード】プロゲステロン / 着床 / 子宮 / 子宮腺筋症 / 子宮内膜 (他21件)
【概要】子宮とその関連疾患におけるプロゲステロン(P4)の作用機構を解析した。P4が子宮内膜管腔上皮の細胞増殖抑制に作用すると胚接着部位の上皮細胞の断片化とトロホブラストによる貪食に作用し胚浸潤を促すこと、管腔上皮剥離と胚生存シグナル活性化を通じて胚浸潤を可能にする子宮内膜間質のHIF2αの作用にはP4シグナルは直接影響しないこと(JCI 2018)、子宮腺筋症のKRAS変異で病変のP4抵抗性が誘導される...
❏分子生物学的手法を用いた変形性関節症の病態解明と治療法の開発に関する戦略的研究(15209049)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2003 - 2006
【研究代表者】中村 耕三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60126133)
【キーワード】変形性関節症 / ノックアウトマウス / Carminerin / ゲノム疫学 / 再生医療 (他14件)
【概要】1)Reverse geneticsからの病態解明へのアプローチ:昨年度までの研究で確立した、マイクロサージェリー技術を用いたマウスの膝関節の靱帯・半月板の切離・切除の組み合わせによる4種類のOAモデル(Osteoarthritis Cartilage 13:632,2005)を組織学的に観察することによって、軟骨の破壊・変性に先行してRunx2やCOL10の発現誘導を伴う軟骨細胞の肥大分化が起こ...
❏ヌクレオチドピロフォスファターゼ(NPPS)による骨軟骨代謝調節機構 -ttwマウスの骨軟骨組織の解析とヒトnpps遺伝子SNPs骨軟骨疾患への関与-(13470303)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】中川 匠 (2003) 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (90338385)
【キーワード】ヌクレオチドピロリン酸(NPPS) / ttw / cystatin 10 / OPLL / ポリモルフィズム (他17件)
【概要】ttwマウスの石灰化誘導の分子メカニズムの解析、およびヒトnpps遺伝子座におけるSNPsの骨軟骨疾患への関与、の2点について検討した。 ttwマウスにおいて高リン食で石灰化とともに誘導される遺伝子をdifferential displayで単離、その中でも軟骨特異的に発現している新規遺伝子cystatin 10(cst10)のクローニングに成功した。In vitroの解析から、cst10は軟骨細...
【医歯薬学】薬学：バイオテクノロジー ／ゲノムを含む研究件
❏ゲノム合成の基盤技術を自然界でのDNA水平伝播現象をもとに構築する(18K06196)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ゲノム合成 / コンティグDNA / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他11件)
【概要】物理的なダメージを受けやすいサイズの大きなDNAを効率良く細胞中で合成する方法として、枯草菌を用いたプロトプラスト法による形質転換で、一度に複数のコンティグDNA断片を細胞中で連結する手法を考案した。また供与菌宿主として枯草菌を溶菌させ、溶菌液を用いて抽出・精製操作を経ずに大腸菌、出芽酵母へ導入する方法も開発できた。さらに接合伝達法についても大腸菌から真核細胞の酵母へ簡便に長鎖DNAを導入できるこ...
❏次世代型CRISPRシステムの構築によるヒト遺伝子機能解明のための基盤技術開発(15H04319)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】程 久美子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50213327)
【キーワード】CRISPR / dCas9 / base-pairing / thermodynamics / melting temperature (他10件)
【概要】本研究は、CRISPR法の改良による次世代型ヒト遺伝子機能解明のための基盤技術の開発を目的とした研究である。CRISPRシステムとは、原核生物の免疫防御システムを利用した新しいゲノム編集法であり、あらゆる生物種に応用可能な画期的技術として注目されている。CRISPR法では、標的部位を塩基配列で識別するガイドRNAがCas9たんぱく質と複合体を形成し、ガイドRNAが対合したゲノム領域をCas9が切断...
❏生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発(15H02190)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岡本 晃充 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)
【キーワード】DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 (他19件)
【概要】われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析 ...
【医歯薬学】看護学：一塩基多型 ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価(16K07859)
【研究テーマ】水圏生産科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
【キーワード】交雑 / 遺伝子浸透 / 集団遺伝学 / 集団ゲノム学 / 一塩基多型 (他17件)
【概要】大型二枚貝のタイラギは，貝殻表現型に基づき有鱗型と無鱗型に分けられる。しかし両種の同所分布域（瀬戸内海）では、形態が不明瞭な中間型個体が頻繁に観察される。このような個体は、種間交雑と，それに続く遺伝子浸透（雑種F1を介した種間の遺伝子交換）により生じていると考えられるが，十分な検証がなされていない。そこで本研究では，核DNAの一塩基多型解析により、有隣型－無鱗型間の交雑・遺伝子浸透を調べた。その結...
❏大規模遺伝子解析データの活用による食品成分の効果の個人差に関する包括的検討(16K14920)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子多型 / ゲノムワイド関連解析 / コーヒー / 魚食 (他14件)
【概要】個別化疾病予防のため、食品の効能に対する個人差をゲノムレベルで解明することが重要であるが、日本人集団を対象とする研究は乏しかった。本研究は食品因子と一塩基多型（SNPs）の関連の解明を目的とし、大規模日本人SNPsデータベースと食品摂取に関するアンケート調査を用いてゲノムワイド関連解析を実施した。 着目した４つの食習慣に有意に関連するSNPsを同定し、インターネットによるゲノムコホート研究が有用で...
【医歯薬学】看護学：データベース ／ゲノムを含む研究件
❏インドのフィールドと遺伝資源を利用したトウジンビエのゲノミクスの促進(19KK0155)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2019-10-07 - 2025-03-31
【研究代表者】練 春蘭 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (40376695)
【キーワード】インド / トウジンビエ / 遺伝子 / ゲノム / データベース (他8件)
【概要】トウジンビエのストレス耐性に関わる遺伝子群の候補としてSBP転写因子遺伝子群に着目し、それらの配列を特徴付け、それを国際誌において発表した。共同研究機関であるインド・国際半乾燥熱帯作物研究所（ICRISAT）から新規に提供されたトウジンビエの農業形質の表現型データと先行研究から収集した窒素関連形質の表現型データを用いてゲノムワイド関連解析を行い、それらの形質に関連しうるゲノム領域・遺伝子を検出した...
❏食用アスパラガスの新規雌雄性決定遺伝子の探索と機能解析(19K15827)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】津釜 大侑 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (10726061)
【キーワード】アスパラガス / 雌雄性 / 遺伝子 / 転写因子 / ゲノム (他14件)
【概要】食用アスパラガスの雌雄異株性は少数の遺伝子が制御し、転写因子遺伝子・AoMYB35はその候補である。当方では食用アスパラガスの自殖性株を有している。これらにより新規の食用アスパラガス雌雄性制御遺伝子を得ることが本研究の目的である。AoMYB35とそのシロイヌナズナにおける相同因子で花粉成熟に必須であるAtMYB35が結合するDNA配列を網羅的に解析し、それらの間に差異を見出した。これに基づく解析か...
❏ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション(16570138)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】由良 敬 独立行政法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究副主幹 (50252226)
【キーワード】DNA修復タンパク質 / ゲノム / データベース / MutT / RuvA (他9件)
【概要】ゲノム塩基配列から推定されるアミノ酸配列がどのような機能のタンパク質であるかを知ることが、ゲノム生物学の重要な課題である。各タンパク質の機能同定を実験的に行うには、機能未知タンパク質のアミノ酸配列情報が膨大であるため、コンピュータによる機能の推定が重要となる。本研究課題では、タンパク質の機能を担うアミノ酸残基をシミュレーションなどで同定し、その残基の進化的保存性から共通祖先由来タンパク質の機能類似...
【医歯薬学】看護学：老化 ／ゲノムを含む研究件
❏ＤＮＡ損傷応答シグナルによる早期細胞老化誘導機構の解明(23240124)
【研究テーマ】発がん
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中西 真 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (40217774)
【キーワード】癌 / ゲノム / シグナル伝達 / 発現抑制 / 老化
【概要】我々は細胞老化過程についてFucciシステムを用いたタイムラプスイメージングで解析を行った。その結果、老化過程では、G2期の細胞が細胞分裂期を回避してG1期に移行することが分かった。この分裂期回避にはp53が必須の役割を果たしていること、またG2期の細胞に一過性にp53を活性化させるだけで細胞老化が誘導されることが分かった。さらに、p53は早期のAPC/CCdh1の活性化と、pRb/p107/p1...
❏変形性関節症の重症度定量的評価の確立および危険因子の解明：日英米国際共同研究(23390356)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】村木 重之 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40401070)
【キーワード】コホート / 医療・福祉 / 老化 / 疫学 / 国際比較 (他7件)
【概要】われわれは膝、腰椎、股関節の関節裂隙、骨棘、その他OA 指標を定量化する自動定量システムを開発し、厳密なOA の国際比較を可能とした。本研究では、日本The ROAD Study（3,040例）, 英国The Chingford Study（1,353例）のコホート研究による国際共同研究を行い、膝、腰椎、股関節における関節裂隙幅、骨棘形成、その他OA 指標の基準値の確立及び人種間差の解明を行うとと...
❏ロコモティブシンドロームの疫学指標の解明による要介護予防戦略の確立(23390172)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】吉村 典子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (60240355)
【キーワード】医療・福祉 / 老化 / 疫学 / ロコモティブシンドローム / 要介護 (他12件)
【概要】運動器障害予防のために設立された大規模住民コホート研究ROADにおいて追跡調査を行い、わが国における大腿骨骨粗鬆症(OP)の有病者数を1280万人、変形性膝関節症(KOA) 2530万人、変形性腰椎症(LS) 3790万人、これらのいずれかを持つものは4700万人と推定した。さらにわが国におけるOP(大腿骨頸部)、KOA、LSの年間累積発生率をそれぞれ年間1.8％、3.3%、11.4%と推定した。...
【医歯薬学】看護学：脳神経疾患 ／ゲノムを含む研究件
❏Poly(I:C)投与動物モデルを利用したLINE-1転移機構の解析(15H04891)
【研究テーマ】精神神経科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】岩本 和也 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
【キーワード】体細胞変異 / 統合失調症 / トランスポゾン / 精神疾患 / 脳神経疾患 (他6件)
【概要】poly(I:C)マウスモデルを用い、仔マウス神経前駆細胞の解析を行った。RNA-seq解析では、免疫応答や炎症関連遺伝子群などで発現上昇を、神経発達に関連する遺伝子群で発現低下を認めた。iTRAQ法による蛋白質解析からはウイルス活動に対し抑制的に働く因子の発現上昇を認めた。また、マウスで転移活性を有する3種類のLINE-1サブファミリーについて個別にシトシン修飾状態を解析したところ、1種において...
❏Ａｕｄｉｔｏｒｙ　Ｎｅｕｒｏｐｐａｔｈｙの新規原因遺伝子の解明(24390391)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】松永 達雄 独立行政法人国立病院機構(東京医療センター臨床研究センター), 聴覚・平衡覚研究部, 室長 (90245580)
【キーワード】遺伝子 / 医療・福祉 / ゲノム / 脳神経疾患 / バイオテクノロジー
【概要】Auditory Neuropathy (AN)は著しく言語聴取力が低い新しい難聴の病態である。本研究ではANの新たな遺伝的原因の解明を目的とした。まず36例のAN症例でサンガー法による検討をして、25例でOTOF遺伝子に11種類の新規変異を同定し、1例でGJB2遺伝子に既知変異を同定した。OTOF遺伝子変異が1アレルの4例では全ゲノムSNP解析と定量的PCR解析で大欠失を同定しなかった。上記解析...
❏エピゲノム修復に基づく発達障害疾患の新規治療戦略(23390272)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】久保田 健夫 山梨大学, 医学工学総合研究部, 教授 (70293511)
【キーワード】エピジェネティクス / エピゲノム / レット症候群 / MeCP2 / 遺伝子発現 (他17件)
【概要】エピゲノムには、ゲノムにはない可逆性が存在する。そこで、エピゲノム異常に起因する発達障害疾患（Rett症候群）を対象にエピゲノム修復治療の可能性を検証した。当初、個々の遺伝子に作用する化合物の作製を予定したが、修復対象遺伝子が多数想定されたことから、グローバルな作用を有する化合物の探索を行った。その結果、本症に使用されている抗てんかん薬に多数の遺伝子を対象にしたエピゲノム修復を介した発現回復作用が...
【医歯薬学】看護学：国際共同研究 ／ゲノムを含む研究件
❏デスモイド型線維腫症の病態に基づく診断、新規治療開発への学際的・国際的共同研究(17H01585)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】西田 佳弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院教授 (50332698)
【キーワード】デスモイド / CTNNB1 / drug repositioning / 患者立脚型アウトカム / whole exome sequencing (他12件)
【概要】(i) Apc1638N変異マウスにおいてデスモイド様腫瘍組織が発生することを確認した。次にdrug repositioning法で特定した薬剤Xを本マウスに投与して、デスモイド様組織の発症を抑制していることを明らかにした。Meflin特異的CTNNB1exon3欠損マウスを作成し、皮下にデスモイド様組織が発生することを見いだした。(ii)Pdgf-CreとCTNNB1exon3欠損マウスをかけあ...
❏日米3集団の潜在性動脈硬化症危険因子に関する国際疫学共同研究(17209023)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】上島 弘嗣 滋賀医科大学, 医学部, 教授 (70144483)
【キーワード】潜在性動脈硬化 / 冠動脈石灰化 / 頸動脈内膜中膜肥厚 / 危険因子 / 国際共同研究 (他15件)
【概要】本研究は過去に実施した「若年男性の冠動脈石灰化と頸動脈肥厚による動脈硬化度と循環器疾患危険因子との関連」(基盤(A)(2)H.13～16)を発展させたものである。元の研究では対象を40歳代男性に限定し、300名の調査を行ったが、本研究課題では、これを50～70歳代に拡大し約1000名の調査を行った。また、異人種である米国白人、人種的には日本人であるが米国の生活習慣を持つ日系米人のフィールドとの比較...
【医歯薬学】看護学：生命倫理学バイオエシックス) ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏生命科学・医学の発展に対応した社会規範形成-生命倫理基本法の構築(18390159)
【研究テーマ】医療社会学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】位田 隆一 京都大学, 大学院・公共政策連携研究部, 教授 (40127543)
【キーワード】生命倫理 / ゲノム科学 / 再生医療 / バイオバンク / 生殖補助医療 (他10件)
【概要】本研究では、ゲノム科学、再生医療、臓器移植、ヒト胚研究等の生命科学・医学の諸分野の科学的発展と課題を明らかにし、そこに生じうる倫理的法的社会的問題を把握し、学際的に理論的および実際的側面に配慮しつつ、新しい社会規範としての生命倫理のあり方と体系を総合的に検討して、生命倫理基本法の枠組みを提言した。具体的には、生命倫理基本法の必要性と基本的考え方、生命倫理一般原則群、分野別規範群、倫理審査体制、国や...
【医歯薬学】看護学：生理学 ／ゲノムを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏新規血清尿酸値制御因子を標的とした機能性食品成分の探索(16H01808)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】栄養学 / 生理学 / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター / 尿酸 (他8件)
【概要】尿酸トランスポーターに関する一連の研究の結果、1)近位尿細管上皮細胞刷子縁膜に発現する尿酸トランスポーターOAT10/SLC22A13は生理的な尿酸輸送を担い、機能低下を伴う遺伝子多型R377Cは血清尿酸値や痛風リスクに影響を与えること、2)尿酸トランスポーターABCG2が主要な尿毒症物質であるインドキシル硫酸の生理的な輸送を担うこと、3)フェブキソスタットなどの尿酸降下薬は尿酸トランスポーターA...
❏新規薬効標的分子の探索を目指した尿酸の全身動態モデルの構築(23689008)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】薬理学 / 生理学 / ゲノム / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター
【概要】生理的な尿酸輸送を担い、痛風の主要な病因遺伝子である尿酸トランスポーターABCG2について、モデル動物を用いた詳細な解析を行った結果、ABCG2は腸管への尿酸排出を担うことが明らかとなった。さらに、ヒト検体を用いた解析により、ABCG2の機能低下は従来の分類でいう産生過剰型高尿酸血症をもたらすことが示された。これらの結果から、尿中への尿酸排泄を基準にした従来の病型分類では産生過剰型に分類されていた...
【医歯薬学】看護学：ウイルス ／ゲノムを含む研究件
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏新規無毒化HSVベクターを用いた神経細胞選択的治療遺伝子デリバリーシステムの開発(16K08249)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】宮川 世志幸 日本医科大学, 医学部, 講師 (90415604)
【キーワード】ヘルペスウイルス / 遺伝子治療 / 遺伝子発現 / インシュレーター / 無毒化 (他14件)
【概要】本研究では、申請者らが開発した無毒化ヘルペスウイルス（HSV）ベクターシステムを応用して、神経特異的に治療遺伝子を送達できる新規遺伝子治療用担体の創出を目指している。同技術開発のために、本研究ではHSVゲノム上の神経特異的に転写活性化するTR領域に注目し、その遺伝子発現機構を解析した。その結果、TR領域に存在するインシュレーターが本領域からの遺伝子発現に重要な役割を果たしていること、また本制御配列...
❏ウィルス関連頭頸部癌の腫瘍免疫応答と予後についての研究(16K20230)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】齊藤 祐毅 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40611009)
【キーワード】頭頸部腫瘍 / 腫瘍免疫 / HPV / 免疫応答 / 頭頸部扁平上皮癌 (他10件)
【概要】PD-1阻害剤の奏効群は腫瘍遺伝子変異量（TMB: Tumor Mutation Burden）が大きく、T細胞免疫プロファイルスコア（GEP : Tcell-inflamed gene expression profile）が高い症例とされているが,臨床的指標が明らかでなかったために頭頸部扁平上皮癌528症例のTMBおよびGEPを計測し、臨床指標との関連を解析した。甲状腺乳頭癌、肺癌、悪性黒色腫...
【医歯薬学】看護学：尿酸 ／ゲノムを含む研究件
❏新規血清尿酸値制御因子を標的とした機能性食品成分の探索(16H01808)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】栄養学 / 生理学 / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター / 尿酸 (他8件)
【概要】尿酸トランスポーターに関する一連の研究の結果、1)近位尿細管上皮細胞刷子縁膜に発現する尿酸トランスポーターOAT10/SLC22A13は生理的な尿酸輸送を担い、機能低下を伴う遺伝子多型R377Cは血清尿酸値や痛風リスクに影響を与えること、2)尿酸トランスポーターABCG2が主要な尿毒症物質であるインドキシル硫酸の生理的な輸送を担うこと、3)フェブキソスタットなどの尿酸降下薬は尿酸トランスポーターA...
❏分子遺伝疫学的解析による痛風の病態解明とゲノムテーラーメイド医療への応用(25293145)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松尾 洋孝 防衛医科大学校(医学教育部医学科進学課程及び専門課程、動物実験施設、共同利用研究, その他部局等, 講師 (00528292)
【キーワード】分子遺伝疫学 / 予防医学 / 個人差医療 / 尿酸 / 遺伝統計学 (他15件)
【概要】本研究では、多数例の痛風症例等のゲノムサンプルと臨床データを収集し、全例およびサブタイプ別にゲノムワイドな解析を行った。また、見出された痛風・尿酸関連遺伝子を対象とした分子機能解析を行い、痛風・高尿酸血症の発症リスクを評価した。本研究により、サブタイプ特異的なものを含む10個の関連遺伝子座を見出した。さらに、尿酸排泄輸送体遺伝子ABCG2の機能低下型変異は個人の発症リスクだけではなく、日本人集団と...
【医歯薬学】看護学：腸内細菌 ／ゲノムを含む研究件
❏マウス腸内細菌におけるゲノム変異速度の解明(21K15065)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】高安 伶奈 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (20814833)
【キーワード】腸内細菌 / ゲノム / 進化 / 寿命 / ゲノム進化 (他7件)
【概要】本申請は、腸内細菌が宿主由来の環境圧の下でどのよう にゲノム変異してきたのか、をテーマにし、培養した複数細菌株を無菌マウスに植え、食事条件を変えたグループでトラックする計画を立てている。本年は、2021年4月以降に発表された既報告(Yilmaz et al. Cell Host & Microbe, 2021)を考慮し、無菌動物実験のための細菌培養を継続しつつ、より現実の腸内細菌叢に近いS...
❏ヒト共生細菌ゲノムがコードする二次代謝産物の生産とその機能解明(18K19139)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 郁朗 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)
【キーワード】腸内細菌 / ヒト共生菌 / 生合成 / ゲノム / 二次代謝産物 (他6件)
【概要】本研究において、放線菌由来抗腫瘍性化合物の生産系を確立し、他微生物での発現系の構築に向けた準備段階は終了した。また、ヒト感染性細菌代謝物の生理活性を明らかにし、その生合成酵素などのツールも取得している。腸内細菌のC-C結合開裂酵素においては、酵素の立体構造の知見がいくつかすでに得られており、これらを利用することでさらに有効な生理活性化合物を微生物生産することができる。今後、これらの遺伝子、代謝物、...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
【医歯薬学】看護学：エピジェネテイクス ／ゲノムを含む研究件
❏エピゲノムパターン構築に不可欠な遺伝子と有害配列の識別メカニズムの解明(22K06180)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤 泰子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10623978)
【キーワード】エピジェネティクス / DNAメチル化 / クロマチン / 植物 / ゲノム
【概要】
❏新規ブロモドメイン含有タンパク質を標的とした新たな大腸がん治療戦略(17K07214)
【研究テーマ】腫瘍治療学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】大腸がん / 分子標的治療 / エピジェネティクス / ブロモドメイン / 遺伝子発現 (他6件)
【概要】我々はこれまでに、ブロモドメインタンパク質ファミリーに属するBRD8が腫瘍組織で発現増加していることや、BRD8が調節する遺伝子群を明らかにしてきたが、その主要な機能ドメインであるブロモドメインについては不明な点が多かった。本研究において、細胞内でBRD8がヒストンタンパク質と相互作用すること、さらに既に開発されているブロモドメイン阻害剤（BETファミリー阻害剤）に対して感受性を示さないことが明ら...
❏サンゴに共生する褐虫藻核ゲノムのエピゲノミクス(16K07454)
【研究テーマ】遺伝・染色体動態
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
【キーワード】渦鞭毛藻 / サンゴ / 紫外線吸収物質 / 褐虫藻 / ゲノム (他16件)
【概要】サンゴに共生する渦鞭毛藻類の褐虫藻Symbiodiniaceaeは、少なくとも15のグループに分けることができるが、そのゲノム多様性やエピゲノムに関する研究は進んでいない。本研究では褐虫藻2種の全ゲノム配列（767 Mbと705 Mb）を決定した。比較解析により、二次共生により紅藻から獲得したと考えられる遺伝子の重複や損失が褐虫藻の多様化に影響してきたことを明らかにした。解読した褐虫藻ゲノムを利用...
【医歯薬学】看護学：感染症 ／ゲノムを含む研究件
❏Single cell応答に基づく原虫病研究の基盤構築と有用性の評価(17H03912)
【研究テーマ】獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 准教授 (80535328)
【キーワード】scRNA-seq / transcriptomics / Toxoplasma gondii / protozoan / １細胞トランスクリプトーム (他11件)
【概要】原虫は、そのサイズ、形態、偏性通性寄生性等において多様であり、近年利用が進んでいる１細胞トランスクリプトーム解析を行う際には、それに応じた技術基盤を確立する必要があった。そこで本研究では、上市されているscRNA-seqライブラリー構築を評価し、BD Rhapsodyが好適であることを見出した。さらに、トキソプラズマ原虫のタキゾイト→ブラディゾイト間のステージ変換をモデルにscRNA-seq解析を...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
【医歯薬学】看護学：脳・神経 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト嗅覚受容体の新規リガンド同定法の確立(16K14576)
【研究テーマ】神経化学・神経薬理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】竹内 春樹 東京大学, 大学院薬学系研究科, 研究員 (70548859)
【キーワード】嗅覚 / 神経細胞 / 嗅覚受容体 / 直接変換法 / リガンド (他9件)
【概要】ヒト嗅覚受容体のリガンドを同定することは、ヒトの匂い受容の理解にとって必須である。本申請課題では、ヒト嗅覚受容体のリガンドを同定するアッセイ系の確立するため、ヒト嗅神経をin vitroで作出する方法を計画した。発生期の嗅覚神経細胞の遺伝子発現プロファイルデータから候補となる転写因子を絞り込んだ。現在、レンチウイルスを用いてヒト線維芽細胞に遺伝子導入し、嗅覚神経細胞への分化誘導を試みている。 ...
❏新規無毒化HSVベクターを用いた神経細胞選択的治療遺伝子デリバリーシステムの開発(16K08249)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】宮川 世志幸 日本医科大学, 医学部, 講師 (90415604)
【キーワード】ヘルペスウイルス / 遺伝子治療 / 遺伝子発現 / インシュレーター / 無毒化 (他14件)
【概要】本研究では、申請者らが開発した無毒化ヘルペスウイルス（HSV）ベクターシステムを応用して、神経特異的に治療遺伝子を送達できる新規遺伝子治療用担体の創出を目指している。同技術開発のために、本研究ではHSVゲノム上の神経特異的に転写活性化するTR領域に注目し、その遺伝子発現機構を解析した。その結果、TR領域に存在するインシュレーターが本領域からの遺伝子発現に重要な役割を果たしていること、また本制御配列...
❏トランスポゾンを用いた遺伝子トラップに基づく新しい生命科学研究の基盤創成(15H02370)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】川上 浩一 国立遺伝学研究所, 個体遺伝研究系, 教授 (70195048)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 遺伝学 / 神経科学 / 発生・分化 (他9件)
【概要】（１）遺伝子トラップスクリーンを実施し、さまざまな細胞・組織・器官特異的にGal4FFを発現するトランスジェニックフィッシュを多数作製した。これらの系統におけるトランスポソン挿入部位を決定した。 （２）細胞・組織・器官特異的Gal4FF発現トランスジェニックフィッシュを基に共同研究を実施し研究成果を英文論文40報として発表した。 （３）ボツリヌス毒素遺伝子を用いてGal4FF発現神経細胞の機能を効...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／ゲノムを含む研究件
❏中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野(0)
【研究テーマ】2020
【研究種目】ゲノム
【研究期間】遺伝子
【研究代表者】癌
【キーワード】蛋白質
【概要】
❏がんゲノム医療のための革新的核酸抽出技術の開発(21K19926)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2024-03-31
【研究代表者】石川 雅浩 埼玉医科大学, 保健医療学部, 講師 (70540417)
【キーワード】自家蛍光 / 核酸抽出 / ゲノム / 遺伝子 / 画像処理
【概要】
❏クロマチン上で起こる転写と共役した二重鎖切断修復の分子機構の解明(20H00449)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 癌 / 蛋白質 / 放射線
【概要】真核生物では、ゲノムDNAはクロマチンを形成することで細胞核内に収納されている。クロマチンは、DNAを損傷から保護する役割を担っていると考えられているが、一方で、DNA損傷修復に対して阻害的にも働く。細胞には、ゲノムDNA二重鎖切断損傷を正確に修復するための機構が備わっている。増殖時の細胞では、複製された染色体を鋳型にした相同組換え修復（HRR）によって二重鎖切断修復を行うことが可能となる。他方、...
【医歯薬学】看護学：遺伝子変異 ／ゲノムを含む研究件
❏高悪性度漿液性卵巣癌の発癌初期における分子機構の解明(17K16851)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中村 康平 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 特任助教 (10775802)
【キーワード】卵巣癌 / ゲノム / STIC / 発癌 / 遺伝子変異 (他13件)
【概要】我々は癌化に必要な3つの遺伝子異常（p53/KRAS/c-Myc or Akt）を同定し、卵管 采上皮不死化細胞株を用いたin vitro発癌モデルを構築し、発癌初期病変であるSerous tubal intraepithelial carcinoma (STIC) におけるシグナル異常の同定 を行い、 卵管采への排卵時の卵胞液による刺激がHGSOC発癌の初期段階に関与していることが示唆された。ま...
❏Deep Learningを用いたデジタル病理画像からの遺伝子変異推定(16H06766)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31
【研究代表者】河村 大輔 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (10776082)
【キーワード】深層学習 / デジタル病理画像 / 遺伝子変異 / 癌 / 機械学習 (他7件)
【概要】本研究では、Deep Learning（深層学習）を腫瘍のデジタル病理画像に適用することで、治療の選択に影響を与える遺伝子変異の有無を病理画像から推定し、遺伝子変異と相関する組織学的特徴を病理医が解釈可能な形で提示することを目指す。 本年度は、Deep Learningの教師データを効率よく得るために、腫瘍を含む領域・含まない領域を手動で選択するためのGUIシステム（PathologyMap）を開...
【医歯薬学】看護学：危険因子 ／ゲノムを含む研究件
❏ロコモティブシンドロームの疫学指標の解明による要介護予防戦略の確立(23390172)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】吉村 典子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (60240355)
【キーワード】医療・福祉 / 老化 / 疫学 / ロコモティブシンドローム / 要介護 (他12件)
【概要】運動器障害予防のために設立された大規模住民コホート研究ROADにおいて追跡調査を行い、わが国における大腿骨骨粗鬆症(OP)の有病者数を1280万人、変形性膝関節症(KOA) 2530万人、変形性腰椎症(LS) 3790万人、これらのいずれかを持つものは4700万人と推定した。さらにわが国におけるOP(大腿骨頸部)、KOA、LSの年間累積発生率をそれぞれ年間1.8％、3.3%、11.4%と推定した。...
❏日米3集団の潜在性動脈硬化症危険因子に関する国際疫学共同研究(17209023)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】上島 弘嗣 滋賀医科大学, 医学部, 教授 (70144483)
【キーワード】潜在性動脈硬化 / 冠動脈石灰化 / 頸動脈内膜中膜肥厚 / 危険因子 / 国際共同研究 (他15件)
【概要】本研究は過去に実施した「若年男性の冠動脈石灰化と頸動脈肥厚による動脈硬化度と循環器疾患危険因子との関連」(基盤(A)(2)H.13～16)を発展させたものである。元の研究では対象を40歳代男性に限定し、300名の調査を行ったが、本研究課題では、これを50～70歳代に拡大し約1000名の調査を行った。また、異人種である米国白人、人種的には日本人であるが米国の生活習慣を持つ日系米人のフィールドとの比較...
【医歯薬学】看護学：トランスボーダー ／ゲノムを含む研究件
❏新規血清尿酸値制御因子を標的とした機能性食品成分の探索(16H01808)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】栄養学 / 生理学 / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター / 尿酸 (他8件)
【概要】尿酸トランスポーターに関する一連の研究の結果、1)近位尿細管上皮細胞刷子縁膜に発現する尿酸トランスポーターOAT10/SLC22A13は生理的な尿酸輸送を担い、機能低下を伴う遺伝子多型R377Cは血清尿酸値や痛風リスクに影響を与えること、2)尿酸トランスポーターABCG2が主要な尿毒症物質であるインドキシル硫酸の生理的な輸送を担うこと、3)フェブキソスタットなどの尿酸降下薬は尿酸トランスポーターA...
❏分子遺伝疫学的解析による痛風の病態解明とゲノムテーラーメイド医療への応用(25293145)
【研究テーマ】疫学・予防医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】松尾 洋孝 防衛医科大学校(医学教育部医学科進学課程及び専門課程、動物実験施設、共同利用研究, その他部局等, 講師 (00528292)
【キーワード】分子遺伝疫学 / 予防医学 / 個人差医療 / 尿酸 / 遺伝統計学 (他15件)
【概要】本研究では、多数例の痛風症例等のゲノムサンプルと臨床データを収集し、全例およびサブタイプ別にゲノムワイドな解析を行った。また、見出された痛風・尿酸関連遺伝子を対象とした分子機能解析を行い、痛風・高尿酸血症の発症リスクを評価した。本研究により、サブタイプ特異的なものを含む10個の関連遺伝子座を見出した。さらに、尿酸排泄輸送体遺伝子ABCG2の機能低下型変異は個人の発症リスクだけではなく、日本人集団と...
❏新規薬効標的分子の探索を目指した尿酸の全身動態モデルの構築(23689008)
【研究テーマ】医療系薬学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】薬理学 / 生理学 / ゲノム / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター
【概要】生理的な尿酸輸送を担い、痛風の主要な病因遺伝子である尿酸トランスポーターABCG2について、モデル動物を用いた詳細な解析を行った結果、ABCG2は腸管への尿酸排出を担うことが明らかとなった。さらに、ヒト検体を用いた解析により、ABCG2の機能低下は従来の分類でいう産生過剰型高尿酸血症をもたらすことが示された。これらの結果から、尿中への尿酸排泄を基準にした従来の病型分類では産生過剰型に分類されていた...
【医歯薬学】看護学：次世代シークエンス ／ゲノムを含む研究件
❏一細胞解析を目指したマルチオミクス解析手法の開発(15H04318)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
【キーワード】多層オーミクス解析 / シングルセル解析 / 単一細胞解析 / 次世代シークエンス / 多層オーミクス (他10件)
【概要】本研究では、単一細胞を対象としたシングルセル転写開始点解析、エピゲノム解析（オープンクロマチン解析とDNAメチル化解析）手法の基盤技術開発を行った。DNAメチル化については、単一細胞におけるバイサルファイト反応の制御を厳密に行うことが困難であり、安定的にデータを産生することが可能な実験系の構築開発をすることができなかったが、その他の項目については実験系を確立し、多くの研究者に対して共同研究の形でデ...
❏性差のエピゲノム解析(21221008)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2009-05-11 - 2014-03-31
【研究代表者】塩田 邦郎 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (80196352)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / ゲノムネットワーク / T-DMR / 性差 (他19件)
【概要】哺乳類の雌雄の違いは性染色体(X、Y)によると考えられてきたが、発達や様々な病気を雌雄の違いで考えると性染色体のみでは説明が困難である。雌雄で同じ常染色体でもゲノムDNAの利用法に違いはないだろうか？本研究では、DNAメチル化解析やヒストン修飾解析を行い、常染色体のゲノムの長期利用に性差を示す領域が存在することを明らかにした。雌雄はゲノム配列が同じ常染色体であっても、性依存性にゲノムの利用を変えて...
【医歯薬学】看護学：ゲノム疫学 ／ゲノムを含む研究件
❏慢性腎臓病の個別化予防実現へ向けたゲノム・メタボローム疫学研究(17K19838)
【研究テーマ】社会医学、看護学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武林 亨 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (30265780)
【キーワード】メタボローム疫学 / 個別化予防医療 / メタボロミクス疫学 / ゲノム疫学 / GWAS (他8件)
【概要】CE/MS法による尿中メタボローム測定の信頼性評価は、血漿のメタボローム測定と比較してもCVは良好で、本測定系の再現性は高いと考えられた。 ゲノム-メタボローム関連解析では、サンプルサイズが小さく、他方でゲノムとメタボロームの双方の変数が多いことから、多重比較調整のペナルティが非常に大きかったことから統計学的に有意な結果は得られなかったが遺伝子-代謝物の関連の強さのランキングからは、これまでの知見...
❏分子生物学的手法を用いた変形性関節症の病態解明と治療法の開発に関する戦略的研究(15209049)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2003 - 2006
【研究代表者】中村 耕三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60126133)
【キーワード】変形性関節症 / ノックアウトマウス / Carminerin / ゲノム疫学 / 再生医療 (他14件)
【概要】1)Reverse geneticsからの病態解明へのアプローチ:昨年度までの研究で確立した、マイクロサージェリー技術を用いたマウスの膝関節の靱帯・半月板の切離・切除の組み合わせによる4種類のOAモデル(Osteoarthritis Cartilage 13:632,2005)を組織学的に観察することによって、軟骨の破壊・変性に先行してRunx2やCOL10の発現誘導を伴う軟骨細胞の肥大分化が起こ...
【医歯薬学】看護学：GWAS ／ゲノムを含む研究件
❏イネの野外ビッグデータを用いた「人工知能」による育種プラットフォームの開発(19H00938)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】下野 裕之 岩手大学, 農学部, 教授 (70451490)
【キーワード】人工知能 / 育種 / 多収 / ゲノム / 多型 (他13件)
【概要】「人工知能」の育種への利用により品種育成を補助するシステムを開発を目指した．まず，（１）「表現型」の標準化として，イネ収量の野外ビックデータから，表現型である品種特性を作物モデルを用いて環境に対する回帰係数として抽出するプラットフォームの開発した．続いて，（２）「遺伝子型」の標準化として，163万箇所のSNPデータに基づく365品種/系統の遺伝子型プラットフォームを構築した．また，（３）「人工知能...
❏「魔法形質」による種分化過程の解明と理論構築(18H02509)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】細 将貴 早稲田大学, 教育・総合科学学術院, 准教授 (80557695)
【キーワード】種分化 / ゲノム / リシーケンス / GWAS / 集団遺伝
【概要】本研究は、適応と生殖隔離の両方に作用する「魔法形質」としてすぐれて単純な機構であるカタツムリの巻型の進化を、分子生態学的アプローチと数理生物学的アプローチによって深く追究することを目的とする。我々は、台湾南東部において実施した広域の細密サンプリングによって収集した約1500サンプルに対し、MIG-seq法によって膨大なシーケンスデータを取得した。また、31の代表的なサンプルに対してはリシーケンスデ...
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
【医歯薬学】看護学：メタボローム ／ゲノムを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏慢性腎臓病の個別化予防実現へ向けたゲノム・メタボローム疫学研究(17K19838)
【研究テーマ】社会医学、看護学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武林 亨 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (30265780)
【キーワード】メタボローム疫学 / 個別化予防医療 / メタボロミクス疫学 / ゲノム疫学 / GWAS (他8件)
【概要】CE/MS法による尿中メタボローム測定の信頼性評価は、血漿のメタボローム測定と比較してもCVは良好で、本測定系の再現性は高いと考えられた。 ゲノム-メタボローム関連解析では、サンプルサイズが小さく、他方でゲノムとメタボロームの双方の変数が多いことから、多重比較調整のペナルティが非常に大きかったことから統計学的に有意な結果は得られなかったが遺伝子-代謝物の関連の強さのランキングからは、これまでの知見...
❏宿主-微生物間相互作用情報に基づくプロバイオティクス評価系の構築(20780105)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】福田 真嗣 独立行政法人理化学研究所, 免疫系構築研究チーム, 基礎科学特別研究員 (80435677)
【キーワード】プロバイオティクス / 腸内細菌 / メタボローム / トランスクリプトーム / ゲノム (他13件)
【概要】腸管出血性大腸菌O157:H7によるマウス感染死を予防できるビフィズス菌と予防できないビフィズス菌の違いについて、複合オミクス解析手法を用いて詳細な比較解析を行った。その結果、プロバイオティックビフィズス菌を定着させたマウスの腸管内では短鎖脂肪酸産生量が有意に多く、そのことがO157感染による腸管上皮細胞の細胞死を抑制していることを見出した。従って、プロバイオティックビフィズス菌の効果の一因として...
【医歯薬学】看護学：臨床 ／ゲノムを含む研究件
❏デスモイド型線維腫症の病態に基づく診断、新規治療開発への学際的・国際的共同研究(17H01585)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】西田 佳弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院教授 (50332698)
【キーワード】デスモイド / CTNNB1 / drug repositioning / 患者立脚型アウトカム / whole exome sequencing (他12件)
【概要】(i) Apc1638N変異マウスにおいてデスモイド様腫瘍組織が発生することを確認した。次にdrug repositioning法で特定した薬剤Xを本マウスに投与して、デスモイド様組織の発症を抑制していることを明らかにした。Meflin特異的CTNNB1exon3欠損マウスを作成し、皮下にデスモイド様組織が発生することを見いだした。(ii)Pdgf-CreとCTNNB1exon3欠損マウスをかけあ...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】看護学：細菌 ／ゲノムを含む研究件
❏シアノバクテリアの持つロドプシンの機能解析：彼らは光をどう使い分けるのか？(15K14601)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】ロドプシン / シアノバクテリア / バクテリア / 微生物生態 / 光合成 (他10件)
【概要】シアノバクテリア（Synechocystis sp. PCC 7509）から未知ロドプシンを見出しSyHRと命名した。異種発現系を用いた機能解析の結果、SyHRは光でCl-やSO42-を細胞内に輸送することが示された。また分光解析の結果、SyHRは緑色（約540 nm）の光を利用することが分かった。本研究で、シアノバクテリアの持つSyHRがクロロフィルが利用しない緑色の光を利用し、陰イオンを能動的...
❏海洋生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの構築(15H02800)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / ロドプシン / 微生物生態 / 光エネルギー / 海洋細菌 (他8件)
【概要】本研究では、ゲノムやメタゲノムデータ解析を通して、以下の成果を挙げた。 1. PR遺伝子を持つ海洋細菌の光適応戦略を明らかにした。2. 海洋細菌から見つかったNa+やCl-輸送型ロドプシンの立体構造解析から、イオン輸送機構を明らかにした。3. 様々な環境に存在する未知微生物型ロドプシンを見出し、その機能を明らかにした。 ...
❏培養不能微生物のゲノム解析(18687002)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】本郷 裕一 独立行政法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 協力研究員 (90392117)
【キーワード】難培養 / 微生物 / 細菌 / 共生 / ゲノム (他12件)
【概要】地球上の99%以上の微生物種は培養法が不明であり、その生理・生態はほとんど未知である。本研究では、シロアリ腸内に共生する培養不能細菌の1種の少数細胞から、DNA合成酵素を使用することで全遺伝子情報を1千万倍に増幅して完全解読する手法の確立を試み、世界で初めて成功した。これにより、これまで詳細が不明であったシロアリと腸内原生生物、腸内細菌の複雑な3者共生機構を世界で初めて明らかにした。 ...
【医歯薬学】看護学：臓器移植 ／ゲノムを含む研究件
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
❏生命科学・医学の発展に対応した社会規範形成-生命倫理基本法の構築(18390159)
【研究テーマ】医療社会学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】位田 隆一 京都大学, 大学院・公共政策連携研究部, 教授 (40127543)
【キーワード】生命倫理 / ゲノム科学 / 再生医療 / バイオバンク / 生殖補助医療 (他10件)
【概要】本研究では、ゲノム科学、再生医療、臓器移植、ヒト胚研究等の生命科学・医学の諸分野の科学的発展と課題を明らかにし、そこに生じうる倫理的法的社会的問題を把握し、学際的に理論的および実際的側面に配慮しつつ、新しい社会規範としての生命倫理のあり方と体系を総合的に検討して、生命倫理基本法の枠組みを提言した。具体的には、生命倫理基本法の必要性と基本的考え方、生命倫理一般原則群、分野別規範群、倫理審査体制、国や...
【医歯薬学】看護学：シグナル伝達 ／ゲノムを含む研究件
❏マルチオミクス解析によるクマムシ乾眠機構の全体像の解明(17H03620)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】荒川 和晴 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40453550)
【キーワード】クマムシ / 乾眠 / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム (他10件)
【概要】クマムシ乾眠の分子機構の全体像を明らかにするため、マルチオミクス解析によってまず乾眠誘導型クマムシにおいて1422個の遺伝子が誘導されることを見出し、このうち928個の保存されたコンポーネントを乾眠のコアセットと定義した。また、時系列リン酸化プロテオミクスによってこの遺伝子発現誘導がAMPKシグナリングを介して制御されることを明らかにした。さらに、UV照射からの復帰と乾眠の交叉によって、酸化ストレ...
❏乳がん細胞におけるＥＭＴ制御因子のシストローム解析(24501311)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鯉沼 代造 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80375071)
【キーワード】FAIRE-seq / シグナル伝達 / EMT / 乳がん / TGF-beta (他16件)
【概要】本研究では乳腺上皮細胞の上皮間葉転換EMTにおける遺伝子発現変化を次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより解析するとともに、オープンクロマチン領域の変化につきFAIRE-seqを用いてデータ取得を行った。その結果発現変動を受けるnon coding RNAなどの新規転写産物を同定した。このうちlncRNA-Smad7の抗アポトーシス作用を見いだした。また乳腺上皮細胞に恒常活性RASを発現させ...
❏ＤＮＡ損傷応答シグナルによる早期細胞老化誘導機構の解明(23240124)
【研究テーマ】発がん
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中西 真 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (40217774)
【キーワード】癌 / ゲノム / シグナル伝達 / 発現抑制 / 老化
【概要】我々は細胞老化過程についてFucciシステムを用いたタイムラプスイメージングで解析を行った。その結果、老化過程では、G2期の細胞が細胞分裂期を回避してG1期に移行することが分かった。この分裂期回避にはp53が必須の役割を果たしていること、またG2期の細胞に一過性にp53を活性化させるだけで細胞老化が誘導されることが分かった。さらに、p53は早期のAPC/CCdh1の活性化と、pRb/p107/p1...
【医歯薬学】看護学：国際比較 ／ゲノムを含む研究件
❏変形性関節症の重症度定量的評価の確立および危険因子の解明：日英米国際共同研究(23390356)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】村木 重之 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40401070)
【キーワード】コホート / 医療・福祉 / 老化 / 疫学 / 国際比較 (他7件)
【概要】われわれは膝、腰椎、股関節の関節裂隙、骨棘、その他OA 指標を定量化する自動定量システムを開発し、厳密なOA の国際比較を可能とした。本研究では、日本The ROAD Study（3,040例）, 英国The Chingford Study（1,353例）のコホート研究による国際共同研究を行い、膝、腰椎、股関節における関節裂隙幅、骨棘形成、その他OA 指標の基準値の確立及び人種間差の解明を行うとと...
❏ロコモティブシンドロームの疫学指標の解明による要介護予防戦略の確立(23390172)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】吉村 典子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (60240355)
【キーワード】医療・福祉 / 老化 / 疫学 / ロコモティブシンドローム / 要介護 (他12件)
【概要】運動器障害予防のために設立された大規模住民コホート研究ROADにおいて追跡調査を行い、わが国における大腿骨骨粗鬆症(OP)の有病者数を1280万人、変形性膝関節症(KOA) 2530万人、変形性腰椎症(LS) 3790万人、これらのいずれかを持つものは4700万人と推定した。さらにわが国におけるOP(大腿骨頸部)、KOA、LSの年間累積発生率をそれぞれ年間1.8％、3.3%、11.4%と推定した。...
【医歯薬学】看護学：ストレス ／ゲノムを含む研究件
❏腫瘍微小環境における癌幹細胞維持ならびに悪性化機構の解明(26710005)
【研究テーマ】腫瘍生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】大澤 毅 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (50567592)
【キーワード】がん微小環境 / がん幹細胞 / 低酸素 / 低栄養 / 低pH (他10件)
【概要】癌の増殖と転移には腫瘍微小環境が重要な役割を果たす。これまで申請者は低酸素下の栄養飢餓で残存する癌細胞が癌の悪性化、及び、治療抵抗性を促進することを見出し報告してきた。本研究はこの低酸素・低栄養によって誘導される癌の悪性化のメカニズムを癌幹細胞の詳細な解析から解明し、低酸素・低栄養に抵抗性な癌幹細胞を標的とした新しい癌の制御法の開発につながる研究を目指して研究を行った。本研究から、低酸素・低栄養・...
❏サンゴの「個性」がストレス耐性の鍵？-ゲノム科学による解明-(25660172)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】新里 宙也 沖縄科学技術大学院大学, その他の研究科, 研究員 (70524726)
【キーワード】ゲノム / サンゴ礁 / SNP / ストレス / サンゴ
【概要】地球規模の環境変動により、サンゴ礁が危機的な状況にある。サンゴのストレス耐性には共生する藻類が重要だと考えられているが、ストレス耐性は個体により著しく異なるのではないか、という仮説のもと、ストレスに耐性がある個体と敏感な個体を複数選別し、そのゲノム上の一塩基多型(SNP: Single Nucleotide Polymorphism)を比較することで、ストレス耐性に関わる遺伝子やゲノム領域の特定を...
❏RNAレベルでの遺伝子発現制御からみた植物の体制維持の理解(20370019)
【研究テーマ】植物分子生物・生理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】渡邊 雄一郎 (渡辺 雄一郎) 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (60183125)
【キーワード】植物分子機能 / 発現制御 / small RNA / RNAサイレンシング / 植物ウイルス (他21件)
【概要】植物の発生、環境応答に大きな寄与が示されている小分子RNAの機能発現を、関与するタンパク質性因子に注目した形で発現部位、局在、相互作用、動きについての解析をおこなった。miRNA,siRNAさらに植物固有に見られるtasiRNAの生合成、機能発現部位についての基本情報を得ること、さらに今後につながる研究材料の構築をすることができた。細胞質に小分子RNAによる機能発現の場として、Processing...
【医歯薬学】看護学：情報工学 ／ゲノムを含む研究件
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
❏超ハイスループットシークエンスデータ解析を目指した高速配列解析環境の構築(21510217)
【研究テーマ】ゲノム情報科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】末次 克行 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫ゲノム研究ユニット, 主任研究員 (80533471)
【キーワード】情報工学 / 配列解析 / 並列処理 / ゲノム / GPGPU (他6件)
【概要】本課題では、膨大な配列データの効率的な処理を目的とし、GPUを科学技術計算に用いるGeneral Purpose computation on Graphic Processing Unit(GPGPU)を使ったソフトウェア開発を行った。解析の計算量およびデータサイズから最適だと思われる実装を施すことで高いパフォーマンスを得ることが出来た。いくつかの配列解析アルゴリズムを実装した結果、SSEやマル...
【医歯薬学】看護学：遺伝子発現 ／ゲノムを含む研究件
❏ヒト共生細菌ゲノムがコードする二次代謝産物の生産とその機能解明(18K19139)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 郁朗 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)
【キーワード】腸内細菌 / ヒト共生菌 / 生合成 / ゲノム / 二次代謝産物 (他6件)
【概要】本研究において、放線菌由来抗腫瘍性化合物の生産系を確立し、他微生物での発現系の構築に向けた準備段階は終了した。また、ヒト感染性細菌代謝物の生理活性を明らかにし、その生合成酵素などのツールも取得している。腸内細菌のC-C結合開裂酵素においては、酵素の立体構造の知見がいくつかすでに得られており、これらを利用することでさらに有効な生理活性化合物を微生物生産することができる。今後、これらの遺伝子、代謝物、...
❏新規ブロモドメイン含有タンパク質を標的とした新たな大腸がん治療戦略(17K07214)
【研究テーマ】腫瘍治療学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】大腸がん / 分子標的治療 / エピジェネティクス / ブロモドメイン / 遺伝子発現 (他6件)
【概要】我々はこれまでに、ブロモドメインタンパク質ファミリーに属するBRD8が腫瘍組織で発現増加していることや、BRD8が調節する遺伝子群を明らかにしてきたが、その主要な機能ドメインであるブロモドメインについては不明な点が多かった。本研究において、細胞内でBRD8がヒストンタンパク質と相互作用すること、さらに既に開発されているブロモドメイン阻害剤（BETファミリー阻害剤）に対して感受性を示さないことが明ら...
❏統計モデルによるゲノムワイドな遺伝子転写カスケード解析法の開発(16K00387)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】大里 直樹 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 主任研究員 (50509536)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / エンハンサー / クロマチン相互作用 / インシュレータ (他17件)
【概要】ゲノムワイドな遺伝子転写カスケードの解析のために、遺伝子の転写開始点から離れた位置（遠位）のDNAに結合する、転写因子が発現を制御する遺伝子（転写標的遺伝子）を予測する手法を開発した。転写標的遺伝子の予測のために、転写因子のDNA結合の位置と遺伝子の転写開始点の対応関係の基準を評価するための指標を見出した。同じ転写因子の転写標的遺伝子には、似た機能をもつ遺伝子が多く含まれ、遺伝子機能の数を転写標的...
【医歯薬学】看護学：医療・福祉 ／ゲノムを含む研究件
❏デスモイド型線維腫症の病態に基づく診断、新規治療開発への学際的・国際的共同研究(17H01585)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】西田 佳弘 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院教授 (50332698)
【キーワード】デスモイド / CTNNB1 / drug repositioning / 患者立脚型アウトカム / whole exome sequencing (他12件)
【概要】(i) Apc1638N変異マウスにおいてデスモイド様腫瘍組織が発生することを確認した。次にdrug repositioning法で特定した薬剤Xを本マウスに投与して、デスモイド様組織の発症を抑制していることを明らかにした。Meflin特異的CTNNB1exon3欠損マウスを作成し、皮下にデスモイド様組織が発生することを見いだした。(ii)Pdgf-CreとCTNNB1exon3欠損マウスをかけあ...
❏Ａｕｄｉｔｏｒｙ　Ｎｅｕｒｏｐｐａｔｈｙの新規原因遺伝子の解明(24390391)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】松永 達雄 独立行政法人国立病院機構(東京医療センター臨床研究センター), 聴覚・平衡覚研究部, 室長 (90245580)
【キーワード】遺伝子 / 医療・福祉 / ゲノム / 脳神経疾患 / バイオテクノロジー
【概要】Auditory Neuropathy (AN)は著しく言語聴取力が低い新しい難聴の病態である。本研究ではANの新たな遺伝的原因の解明を目的とした。まず36例のAN症例でサンガー法による検討をして、25例でOTOF遺伝子に11種類の新規変異を同定し、1例でGJB2遺伝子に既知変異を同定した。OTOF遺伝子変異が1アレルの4例では全ゲノムSNP解析と定量的PCR解析で大欠失を同定しなかった。上記解析...
❏変形性関節症の重症度定量的評価の確立および危険因子の解明：日英米国際共同研究(23390356)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】村木 重之 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40401070)
【キーワード】コホート / 医療・福祉 / 老化 / 疫学 / 国際比較 (他7件)
【概要】われわれは膝、腰椎、股関節の関節裂隙、骨棘、その他OA 指標を定量化する自動定量システムを開発し、厳密なOA の国際比較を可能とした。本研究では、日本The ROAD Study（3,040例）, 英国The Chingford Study（1,353例）のコホート研究による国際共同研究を行い、膝、腰椎、股関節における関節裂隙幅、骨棘形成、その他OA 指標の基準値の確立及び人種間差の解明を行うとと...
【医歯薬学】看護学：放射線 ／ゲノムを含む研究件
❏クロマチン上で起こる転写と共役した二重鎖切断修復の分子機構の解明(20H00449)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム / 遺伝子 / 癌 / 蛋白質 / 放射線
【概要】真核生物では、ゲノムDNAはクロマチンを形成することで細胞核内に収納されている。クロマチンは、DNAを損傷から保護する役割を担っていると考えられているが、一方で、DNA損傷修復に対して阻害的にも働く。細胞には、ゲノムDNA二重鎖切断損傷を正確に修復するための機構が備わっている。増殖時の細胞では、複製された染色体を鋳型にした相同組換え修復（HRR）によって二重鎖切断修復を行うことが可能となる。他方、...
❏相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明(17H01408)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】胡桃坂 仁志 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (80300870)
【キーワード】ゲノム維持修復 / ゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 (他14件)
【概要】本研究の目的は、ゲノムDNAの維持と再編に必須である相同組換えの中心反応 “相同鎖検索”が、クロマチン構造上でどのようになされるのかを明らかにすることである。クロマチン再構成技術、in vitro組換え試験系、そしてX線およびクライオ電子顕微鏡による構造生物学的解析を融合することで、クロマチン上における相同鎖検索のメカニズムの解析を行なった。その結果、減数分裂期組換えで働く因子であるSYCP3の生...
❏高い放射線耐性を持つ動物クマムシの放射線防護メカニズムの解析(16H02951)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】國枝 武和 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (10463879)
【キーワード】放射線 / クマムシ / DNA / 活性酸素種 / DNA防護 (他12件)
【概要】本研究課題では高い放射線耐性を示すクマムシに固有なDNA防護タンパク質Dsupについて、そのDNA防護メカニズムの解明を行った。その結果、Dsupタンパク質が活性酸素種からDNAを防護する活性を持ち、放射線への抵抗性の少なくとも一部は間接作用の遮蔽によることを示唆した。さらに、そのメカニズムはDNA傷害の修復促進ではなくストレス因子からのDNA防護であることを明瞭に示すとともに、それを可能にするD...
【医歯薬学】看護学：疫学 ／ゲノムを含む研究件
❏変形性関節症の重症度定量的評価の確立および危険因子の解明：日英米国際共同研究(23390356)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】村木 重之 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (40401070)
【キーワード】コホート / 医療・福祉 / 老化 / 疫学 / 国際比較 (他7件)
【概要】われわれは膝、腰椎、股関節の関節裂隙、骨棘、その他OA 指標を定量化する自動定量システムを開発し、厳密なOA の国際比較を可能とした。本研究では、日本The ROAD Study（3,040例）, 英国The Chingford Study（1,353例）のコホート研究による国際共同研究を行い、膝、腰椎、股関節における関節裂隙幅、骨棘形成、その他OA 指標の基準値の確立及び人種間差の解明を行うとと...
❏ロコモティブシンドロームの疫学指標の解明による要介護予防戦略の確立(23390172)
【研究テーマ】公衆衛生学・健康科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】吉村 典子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (60240355)
【キーワード】医療・福祉 / 老化 / 疫学 / ロコモティブシンドローム / 要介護 (他12件)
【概要】運動器障害予防のために設立された大規模住民コホート研究ROADにおいて追跡調査を行い、わが国における大腿骨骨粗鬆症(OP)の有病者数を1280万人、変形性膝関節症(KOA) 2530万人、変形性腰椎症(LS) 3790万人、これらのいずれかを持つものは4700万人と推定した。さらにわが国におけるOP(大腿骨頸部)、KOA、LSの年間累積発生率をそれぞれ年間1.8％、3.3%、11.4%と推定した。...
❏変形性関節症の病因解明・治療標的分子同定のための統合研究:ROADプロジェクト(19109007)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2007 - 2011
【研究代表者】中村 耕三 国立障害者リハビリテーションセンター(研究所), 自立支援局, 自立支援局長(研究所併任) (60126133)
【キーワード】変形性関節症 / 軟骨代謝 / 遺伝子 / 画像解析 / 疫学 (他6件)
【概要】変形性関節症(OA)の予防・治療法の確立に対する社会的ニーズの高まりは疑いの余地がない。我々は最近、OAの分子メカニズム解明から画期的な予防・治療法の開発を目指した戦略的OA統合研究計画としてROADプロジェクトを樹立した。本研究課題では、(1)軟骨変性制御分子のクローニングと分子ネットワークの解明、(2)重症度評価システムの開発、(3)遺伝・環境因子の網羅的・系統的探索、の3テーマについての研究...
【医歯薬学】看護学：トランスレーショナルリサーチ ／ゲノムを含む研究件
❏滑膜肉腫における変異SWI/SNFクロマチン制御複合体の機能解析(17K10985)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】中山 タラントロバート 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (00365298)
【キーワード】発がん / 遺伝子 / ゲノム / トランスレーショナル・リサーチ / 融合遺伝子 (他20件)
【概要】滑膜肉腫は、思春期から若年成人に好発する代表的な悪性軟部腫瘍（肉腫）である。原因と考えられる融合遺伝子SS18-SSXのがん化に関わる機能は未解明な点が多い。本研究では、SS18がクロマチン制御SWI/SNF複合体のサブユニットであることに注目し、SS18-SSXを有する変異SWI/SNF複合体の機能異常が滑膜肉腫のがん化に関与するという仮説のもと、滑膜肉腫細胞株のSS18-SSXをノックダウンし...
❏卵巣癌DNAコピー数異常の謎を解く－piRNAの卵巣癌への関与－(17K19613)
【研究テーマ】腫瘍学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】千代田 達幸 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40445367)
【キーワード】卵巣癌 / 小分子RNA / トランスクリプトーム / 低分子RNA / ゲノム (他6件)
【概要】Piwi-interacting RNA (piRNA)は生殖組織特異的に産生される小分子RNA群である。卵巣漿液性癌 5検体と正常卵巣 2検体を用いて全トランスクリプトーム解析（mRNA-seq）および全小分子RNA解析（miRNA-seq）を行ったところ、20-23塩基長のmiRNAは卵巣癌と正常卵巣の間で発現パターンが明らかに異なっていたが、26-34塩基長のpiRNAは卵巣癌の一部において...
❏新規血清尿酸値制御因子を標的とした機能性食品成分の探索(16H01808)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】高田 龍平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (90376468)
【キーワード】栄養学 / 生理学 / トランスレーショナルリサーチ / トランスポーター / 尿酸 (他8件)
【概要】尿酸トランスポーターに関する一連の研究の結果、1)近位尿細管上皮細胞刷子縁膜に発現する尿酸トランスポーターOAT10/SLC22A13は生理的な尿酸輸送を担い、機能低下を伴う遺伝子多型R377Cは血清尿酸値や痛風リスクに影響を与えること、2)尿酸トランスポーターABCG2が主要な尿毒症物質であるインドキシル硫酸の生理的な輸送を担うこと、3)フェブキソスタットなどの尿酸降下薬は尿酸トランスポーターA...
【医歯薬学】看護学：肥満 ／ゲノムを含む研究件
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
❏思春期の心身の健康における胎児期から幼児期の環境要因と遺伝要因に関する研究(23390173)
【研究テーマ】衛生学・公衆衛生学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山縣 然太朗 山梨大学, 総合研究部, 教授 (10210337)
【キーワード】思春期 / 肥満 / 高血圧 / メンタルヘルス / 出生コホート研究 (他11件)
【概要】妊娠届出時から中学3年までの2464人の縦断データセットを構築し思春期の健康に関連する要因を分析した。 主な成果は次の様である。1)乳児期から14歳までのBMIの軌跡群を同定した。2)妊娠中の喫煙は低出生体重と児の肥満のリスクであるが、妊娠初期までの禁煙は影響をなくす。3)3歳児の睡眠不足が思春期の肥満のリスクである。4)中学生の咬合不全の割合が44.9％であり、頭痛のリスクを38％増加させる。5...
【医歯薬学】看護学：出生前診断 ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
【医歯薬学】看護学：分子標的治療 ／ゲノムを含む研究件
❏肝胆膵がんの多元的オミックス解析による分子機構の解明(18H04049)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
【キーワード】肝胆膵がん / ゲノム / オミックス解析 / 分子分類 / 分子標的治療 (他12件)
【概要】肝がんについて、免疫ゲノム解析より腫瘍内の免疫抑制機構の視点で４つの分類を確立した。また、プロテオームとの統合解析を行い、肝臓がんの分子標的薬適応の分類も行った。肝細胞がんと胆管がんが混在する特殊な「混合型肝がん」の統合的ゲノム解析を行い、その可塑性の特徴を明らかにした。胆嚢がんを含む219例の胆道がんのゲノムとRNAデータより、個々の分子標的薬の同定を行い約1/3 の症例について治療薬が見つかっ...
❏新規ブロモドメイン含有タンパク質を標的とした新たな大腸がん治療戦略(17K07214)
【研究テーマ】腫瘍治療学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】大腸がん / 分子標的治療 / エピジェネティクス / ブロモドメイン / 遺伝子発現 (他6件)
【概要】我々はこれまでに、ブロモドメインタンパク質ファミリーに属するBRD8が腫瘍組織で発現増加していることや、BRD8が調節する遺伝子群を明らかにしてきたが、その主要な機能ドメインであるブロモドメインについては不明な点が多かった。本研究において、細胞内でBRD8がヒストンタンパク質と相互作用すること、さらに既に開発されているブロモドメイン阻害剤（BETファミリー阻害剤）に対して感受性を示さないことが明ら...
❏新規ブロモドメインタンパクのエピジェネティックリーダー機能の解析と癌細胞での役割(26860206)
【研究テーマ】病態医化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山口 貴世志 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50466843)
【キーワード】分子標的治療 / 大腸がん / 遺伝子発現 / エピジェネティクス / ゲノム
【概要】大腸がんで発現亢進を認めるブロモドメインタンパク質BRD8は、エピジェネティックな遺伝子発現調節に深く関わっているものと考えられるが、その標的となる遺伝子は明らかになっていない。本研究では遺伝子発現データ、ChIP-seqデータ、さらにChIA-PETデータを統合解析することにより、BRD8が直接制御する49遺伝子を同定した。この遺伝子群には、がんの発生や進展に関わる重要なシグナル経路を制御する遺...
【医歯薬学】看護学：環境 ／ゲノムを含む研究件
❏燃える氷：メタンハイドレートが作りだす生命フロンティアの開拓(16K12578)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】幸塚 麻里子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任研究員 (60706365)
【キーワード】メタンハイドレート / ドロマイト / 化石DNA / 海洋堆積物 / メタゲノム (他11件)
【概要】本研究の目的は、燃える氷で知られるメタンハイドレート中で過去の生物が長期保存されているかの検証とメタンハイドレートが周囲に作り出す高塩分環境に適応した微生物群集の解明である。 最初に申請者らは、顕微鏡観察とメタゲノム解析によって、メタンハイドレートには微細粒子状の鉱物が封じ込められており、外側から遮断された鉱物内には微生物群集が存在していることが明らかにした。さらにメタンハイドレート周辺の海洋堆積...
❏聴覚システムの適応進化：比較omics解析による責任遺伝子の探索と解析(26430181)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】峯田 克彦 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (40374615)
【キーワード】聴覚 / 進化 / 多様性 / 適応 / 環境 (他7件)
【概要】聴覚は、動物が外部環境を音として認識する感覚であり、コミュニケーションや外敵の察知などに機能する。特に哺乳動物は非常に高次で多様な聴覚機能を有することが知られており、その進化・適応メカニズムの解明は動物全体の進化・多様性を理解する上で不可欠な知見である。一方で、聴覚を担う機械受容システムは特定の責任遺伝子が明確でなく、システム自体の複雑さのために視覚などの 他の感覚器と比較して進化や多様性の研究は...
❏環境汚染物質の胎児期曝露による生後発癌リスクとそのエピジェネティク分子機構(20380168)
【研究テーマ】応用獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】大迫 誠一郎 東京大学, 大学院・医学系研究科, 准教授 (00274837)
【キーワード】有害化学物質 / ゲノム / 発生・分化 / 環境 / 薬剤反応性 (他6件)
【概要】胎生期の環境因子が子どもやさらには成人してからの健康に与える影響が懸念されている。胎生期にダイオキシンに曝露され生まれた実験動物では、ベンツピレンなどの変異原物質による成熟後の化学発癌感受性が高まる。本研究ではマウスを用いて、変異原物質の代謝活性化を司る酵素CYP1A1遺伝子におけるDNAメチル化などのエピジェネティックメモリーが、周産期のダイオキシン曝露で変化すること、およびその分子機構の一部を...
【医歯薬学】看護学：胃がん ／ゲノムを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏癌における転写制御変異の統合的解析(20221009)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2008 - 2012
【研究代表者】油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / エピゲノム / がん / 転写制御 / クロマチン (他12件)
【概要】網羅的なゲノム・エピゲノム解析技術を確立するともに、癌細胞における転写制御の異常に関する統合的解析を行った。増殖、分化に関わる転写因子の標的分子の同定に加えて、ヒストン修飾、DNAメチル化、クロマチンアクセスなどエピゲノム修飾が分化や細胞老化プロセス,ウイルス感染においてダイナミックに変動することが明らかとなった。一方、肝細胞癌、膵癌をはじめとするがん細胞ゲノムに生じた体細胞変異を同定した。 ...
【医歯薬学】看護学：遺伝学 ／ゲノムを含む研究件
❏上皮内肺がん等の全ゲノムシークエンス解析による新規ドライバー遺伝子の同定(20H00545)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (80280783)
【キーワード】癌 / 遺伝子 / ゲノム / 遺伝学 / 病理学 (他7件)
【概要】上皮内肺がん17例、微小浸潤腺がん2例について、全ゲノム/RNAシークエンスデータおよび長鎖シークエンスデータを取得し、進行がんと比較することで、総合的に早期肺発がん機構のメカニズムの推定を行った。既知のがん遺伝子変異としては、EGFR、KRAS、MET、BRAF、HER2遺伝子の変異、RET遺伝子融合は、早期肺がん形成に働くドライバー変化であることが明らかにされた。一方、TP53やSMARCA2...
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
【医歯薬学】看護学：遺伝子診断 ／ゲノムを含む研究件
❏ウシ多発性眼球形成異常症原因遺伝子のクローニングとその機能解析(18380167)
【研究テーマ】応用動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】国枝 哲夫 岡山大学, 大学院・自然科学研究科, 教授 (80178011)
【キーワード】牛 / 眼球 / 発生異常 / 遺伝子診断 / 遺伝性疾患 (他10件)
【概要】本研究は、我が国の特定地域において多発し、畜産業上も重大な影響を与えている和牛の遺伝性疾患である多発性眼球形成異常症の原因遺伝子をポジショナルクローニング法により同定し、その遺伝子診断法を確立するとともに、当該遺伝子の機能の解析を行うことを目的とするものである。 これまでの研究において、本疾患の原因遺伝子をウシ第19染色体にマッピングし、この領域の染色体地図を作製している。また、発症牛では、眼の主...
❏生きた細胞内における遺伝子診断を可能にする機能性核酸プローブの設計(15750141)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助手 (20346084)
【キーワード】ゲノム / DNAzyme / 遺伝子 / アロステリック / 診断 (他15件)
【概要】"細胞膜内における遺伝子検出・診断"を可能にするプローブとして、申請者は標的核酸をアロステリックエフェクターとする自己切断核酸配列(TASC)を提案してきた。まず、コンセプトとの実証に向けて、大腸菌rRNA-12MG1655 strainの16srRNAを標的としたTASCシステムをデザインし、in vitro系における遺伝子検出実験を行った。具体的には、5末端をフルオレセインでラ...
【医歯薬学】看護学：医療安全 ／ゲノムを含む研究件
❏人体情報の法的保護と利用の総合的研究(18K18554)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2018-06-29 - 2023-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】医行為 / 生命の始まり / 出生前診断 / 人工妊娠中絶 / 強制不妊手術 (他28件)
【概要】まず、編著として、『医事法研究第４号』甲斐克則責任編集（信山社、2022年1月）と『医事法講座第12巻　医行為と医事法』　甲斐克則編 （信山社、2022年3月）を企画・刊行できた。後者には、「医行為と医事法の関わり」　という論説も寄稿した　(pp.3-15)。 つぎに、論文等として、「医師でない彫り師によるタトゥー施術行為と医師法17条にいう『医業』の内容となる医行為」令和2年度重要判例解説・ジュ...
❏人体の適正利用と適正規制に関する医事法上の総合的研究(15K12982)
【研究テーマ】新領域法学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】甲斐 克則 早稲田大学, 法学学術院(法務研究科・法務教育研究センター), 教授 (80233641)
【キーワード】人体 / 適正利用 / 適正規制 / 臓器移植 / 遺伝子検査 (他22件)
【概要】2015 年 8 月 2 日～6 日にポルトガルのコインブラで開催された第 21 回世界医事法学会に参加し、人体の利用の一場面ともいえる医療器具を使った延命措置の差控え・中止の意思決定について基調講演を行った。また、個人の研究成果として、甲斐克則『臓器移植と刑法』を刊行したほか、甲斐克則『終末期医療と刑法』を刊行したことの意義は大きい。さらに、共同研究の成果として、甲斐克則編『医事法講座第8巻 再...
【医歯薬学】看護学：コミュニケーション ／ゲノムを含む研究件
❏次世代ソシオゲノミクス：シロアリの社会性に関わるゲノム基盤の全容解明(25251041)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三浦 徹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (00332594)
【キーワード】シロアリ / 社会性 / ゲノミクス / DNAメチル化 / カースト (他18件)
【概要】本研究課題では、社会性昆虫であるシロアリ類について、社会性のゲノム基盤の解明を目的として近年飛躍的に進歩した次世代シーケンシング技術を用いた研究を進めてきた。トランスクリプトーム解析および遺伝子発現解析から、オオシロアリにおける兵隊カーストの分化過程における大顎形成に関わる遺伝子が同定された。また近縁種との比較から、シロアリ祖先系統で多くの遺伝子のアミノ酸非同義置換率が上昇し、正の自然選択圧働いて...
❏テナガザル類の多様性と系統生物地理学(20405016)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2011
【研究代表者】平井 啓久 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (10128308)
【キーワード】東南アジア / テナガザル / 染色体 / ゲノム / ヘテロクロマチン (他30件)
【概要】調査地はインドネシア、タイ、マレーシア、バングラデシュの4カ国を対象におこなった。解析した種は8種である。西シロマユテナガザルの染色体ならびにDNAの解析を世界で初めておこない、第8染色体に逆位を発見した。テナガザル全4属のミトコンドリアゲノムの全塩基配列を用いて系統関係を解析し、新たな分岐系統樹をしめした。転移性DNA解析がヘテロクロマチンの研究に新たな洞察を与えた。音声や形態を新規の方法で解析...
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