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ゲノムに関するサイレントキーワードヒストンが含まれる科研費採択研究5件

ゲノムに関するサイレントキーワードヒストンが含まれる科研費採択研究 5件

生活習慣病に強相関する核酸メチル化の超高感度検出化学技術開発
【研究分野】生体関連化学
【研究領域課題番号】15H02190 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

DNA / メチル化 / 脱メチル化 / ヒストン / 金属反応 / ペプチド合成 / エピジェネティクス / 化学合成 / イメージング / DNAメチル化 / 金属錯体 / RNA修飾 / ＤＮＡメチル化 / ＲＮＡ修飾 / 核酸 / 有機化学 / 癌 / ゲノム / バイオテクノロジー
【研究成果の概要】

われわれが開発した化学反応を基礎にして、高効率なエピジェネティクス検出研究を進めた。成果は次の通り。課題(i) 腫瘍不均一性を解くためのDNA反復配列に現れるメチル化の超高輝度検出、課題(ii) 腫瘍術後診断を効率化するDNA脱メチル化特異的反応生成物の超高性能分析、課題(iii) 遺伝子発現を制御するヒストン構造の化学的再現と解析
【研究代表者】

岡本晃充東京大学先端科学技術研究センター教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【配分額】42,770千円 (直接経費: 32,900千円、間接経費: 9,870千円)

統合ゲノム解析による大腸癌におけるヒストンメチル基転移酵素の機能解析

【研究分野】ゲノム医科学

【研究領域課題番号】23310137 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

疾患関連遺伝子 / ゲノム / 大腸がん / ヒストン / メチル基転移酵素 / 大腸癌

【研究成果の概要】

我々は、siRNAを用いた遺伝子発現解析により、SMYD3が直接制御する下流遺伝子群の同定を行った。その結果、SMYD3によって発現増加する1543遺伝子を同定し、それらが126個の転写因子で調節されている可能性を示唆していた。更にSMYD3抗体を用いたChIP on chipデータも加えた統合解析により、SMYD3が直接制御する110個の遺伝子を同定した。またインシリコ解析により、SMYD3の発現は細胞周期調節に深く関わっていることが示された。この結果は、SMYD3ががん細胞の増殖に重要な役割を演ずるとともに、その機能抑制が有望ながん治療戦略になることを示唆している。

【研究代表者】

古川洋一東京大学医科学研究所教授 (Kakenデータベース)

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【配分額】20,540千円 (直接経費: 15,800千円、間接経費: 4,740千円)

【研究分担者】
池上恒雄	東京大学	医科学研究所	准教授	(Kakenデータベース)
山口類	東京大学	東京大学	講師	(Kakenデータベース)
山口貴世志	東京大学	医科学研究所	助教	(Kakenデータベース)

転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析
【研究分野】分子生物学
【研究領域課題番号】21570185 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

遺伝子 / 発現制御 / ゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム / 転写制御 / DNA構造 / ヒストン / 出芽酵母 / 酵母
【研究成果の概要】

遺伝子発現におけるクロマチン機能に関する重要な問題の一つは、ヌクレオソームの配置決定とそのダイナミクスの機構である。本研究では、転写制御に着目し、出芽酵母ゲノム及びミニ染色体において、ヌクレオソームの配置を規定するシス因子としていくつかのDNAリピート配列を同定した。また、トランス因子としてクロマチンリモデリングIsw2複合体、ヒストン脱アセチル化酵素Rpd3、ピストンH3バリアントの機能を解析した。
【研究代表者】

清水光弘明星大学理工学部教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【配分額】4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
【研究協力者】
胡桃坂仁志早稲田大学理工学術院教授 (Kakenデータベース)
MITCHELL Aaron P. 米国カーネーギーメロン大学教授

遺伝情報の発現を制御するクロマチンドメインの分子構築と動態

【研究分野】分子生物学

【研究領域課題番号】19570169 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

ゲノム / 遺伝子 / 発現制御 / 転写制御 / クロマチン / ヌクレオソーム / ヒストン / 酵母

【研究成果の概要】

真核生物のゲノムDNAはヒストンと結合し、ヌクレオソーム、クロマチンとして核内に収納されている。遺伝子発現におけるクロマチンの機能を明らかにすることを目的として、まず、ヒト由来His_6タグ付ヒストンH3バリアントを酵母で発現させ、それを含む酵母ミニ染色体を容易に精製する系を構築した。さらに、ゲノム遺伝子座におけるヌクレオソーム配置のダイナミックな変化が、転写制御に本質的な機能を有することを示した。

【研究代表者】

清水光弘明星大学理工学部教授 (Kakenデータベース)

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2007 - 2008

【配分額】4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)

【研究協力者】
MITCHELL Aaron P.	米国カーネーギーメロン大学	教授
胡桃坂仁志	早稲田大学	理工学術院	教授	(Kakenデータベース)
諸橋伸行	明星大学	大学院・理工学研究科・博士後期課程
伊藤沙弥香	明星大学	大学院・理工学研究科・博士前期課程
神庭昂平	明星大学	大学院・理工学研究科・博士前期課程
早川新一	明星大学	大学院・理工学研究科・博士前期課程
藤田仁	明星大学	大学院・理工学研究科・博士前期課程

新分野「食のエピジェノミクス」創生の基礎研究
【研究分野】食品科学
【研究領域課題番号】16658055 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

アミノ酸 / エピジェネティクス / ヒストン / クロマチン / 転写因子 / DNAメチル化 / 食餌タンパク質 / ラット / ゲノム / RLGS / 栄養条件
【研究成果の概要】

本年度は、食餌成分のうちアミノ酸に注目し、アミノ酸の利用性によるエピジェネティクスレベルでの変化を検出できるか否かを解析した。特にアミノ酸に欠乏に鋭敏に応答する遺伝子であるIGFBP-1遺伝子に着目し、これらの遺伝子部位におけるヒストンのアセチル化およびメチル化の変動を免疫クロマチン沈降法(ChIP法)で検出した。HepG2細胞をロイシン欠乏培地(-Leu)で12時間処理し、同遺伝子を含む領域約30kbpについて3kbpの解像度で測定した。ヒストンH3のアセチル化は転写開始点付近(+73および-3357)においてロイシン欠乏で有意に増加した。H4については転写領域から上流20kbにかけて幅広い領域で有意な増加が認められた。H3のメチル化に関しても、転写促進性のLys4のメチル化では転写開始点付近で増加し、逆に抑制性のLys9のメチル化は10数kb以上上流の領域で減少しており、ロイシン欠乏による同遺伝子の転写制御と良く対応していた。同じ条件において各種転写因子の結合状態をChIP法で調べたところ、数kb上流付近へのATF-3、ATF-4およびC/EBPβの結合が-Leuで有意に増加しており、これは他のアミノ酸応答遺伝子であるアスパラギンシンターゼ(AS)遺伝子でも明確に観察された。これらの転写因子の機能をより明確にするため、各転写因子をノックダウンした場合にIGFBP-1およびAS遺伝子のアミノ酸に対する応答がどのようになるかを検討した。ATF-3およびATF-4のノックダウンの場合にこれら遺伝子の発現上昇が抑制されたので、これらの転写因子の重要性が確認された。
【研究代表者】

加藤久典東京大学大学院・農学生命科学研究科助教授 (Kakenデータベース)
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004 - 2005
【配分額】3,500千円 (直接経費: 3,500千円)

【研究分担者】
塩田邦郎東京大学大学院・農学生命科学研究科教授 (Kakenデータベース)

【研究分担者】
塩田邦郎	東京大学	大学院・農学生命科学研究科	教授	(Kakenデータベース)