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研究分野別サイレントキーワード
「マイクロアレイ」とサイレントキーワードを含む研究
【情報学】情報基礎学：マイクロアレイデータ ／マイクロアレイを含む研究件
❏高次元小標本におけるデータ解析の数理統計学的基礎とその応用(18300092)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (90246679)
【キーワード】多変量解析 / 機械学習 / パターン認識 / モデル選択 / ノイズ (他33件)
【概要】高次元小標本における高次元漸近理論を、非正規の一般的な設定のもとで構築した。高次元小標本データ特有の幾何学的な構造を発見した。従来型のPCAが高次元小標本で不一致性を引き起こすことを証明した。クロスデータ行列法とノイズ掃き出し法を提唱し、次元推定・固有値・漸近分布・固有ベクトル・主成分スコアの推定に、一致性をもつ解を与えた。クラスター分析と判別分析への応用を考え、前立腺がんのマイクロアレイデータの...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
【情報学】計算基盤：高次元データ ／マイクロアレイを含む研究件
❏大規模複雑データの理論と方法論の総合的研究(15H01678)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 数理物質系, 教授 (90246679)
【キーワード】高次元データ / データサイエンス / 統計数学 / ゲノム / マイクロアレイ
【概要】高次元データのノイズを解析すると、高次元球面付近でのノイズの漸近的な振る舞いについて、高次元中心極限定理が成立することを証明した。高次元における統計量の漸近分布を導き、データ数が少ない状況でも推測の精度を保証するための、高次元小標本漸近理論を開拓した。巨大なノイズを自動除去するデータ変換を考案し、非スパースな大規模複雑データにも高次元中心極限定理を成立させる技術を開発して、これを非スパースモデリン...
❏高次元小標本におけるデータ解析の数理統計学的基礎とその応用(18300092)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (90246679)
【キーワード】多変量解析 / 機械学習 / パターン認識 / モデル選択 / ノイズ (他33件)
【概要】高次元小標本における高次元漸近理論を、非正規の一般的な設定のもとで構築した。高次元小標本データ特有の幾何学的な構造を発見した。従来型のPCAが高次元小標本で不一致性を引き起こすことを証明した。クロスデータ行列法とノイズ掃き出し法を提唱し、次元推定・固有値・漸近分布・固有ベクトル・主成分スコアの推定に、一致性をもつ解を与えた。クラスター分析と判別分析への応用を考え、前立腺がんのマイクロアレイデータの...
【情報学】人間情報学：パターン認識 ／マイクロアレイを含む研究件
❏高次元小標本におけるデータ解析の数理統計学的基礎とその応用(18300092)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (90246679)
【キーワード】多変量解析 / 機械学習 / パターン認識 / モデル選択 / ノイズ (他33件)
【概要】高次元小標本における高次元漸近理論を、非正規の一般的な設定のもとで構築した。高次元小標本データ特有の幾何学的な構造を発見した。従来型のPCAが高次元小標本で不一致性を引き起こすことを証明した。クロスデータ行列法とノイズ掃き出し法を提唱し、次元推定・固有値・漸近分布・固有ベクトル・主成分スコアの推定に、一致性をもつ解を与えた。クラスター分析と判別分析への応用を考え、前立腺がんのマイクロアレイデータの...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
【情報学】情報学フロンティア：機械学習 ／マイクロアレイを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏高次元小標本におけるデータ解析の数理統計学的基礎とその応用(18300092)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (90246679)
【キーワード】多変量解析 / 機械学習 / パターン認識 / モデル選択 / ノイズ (他33件)
【概要】高次元小標本における高次元漸近理論を、非正規の一般的な設定のもとで構築した。高次元小標本データ特有の幾何学的な構造を発見した。従来型のPCAが高次元小標本で不一致性を引き起こすことを証明した。クロスデータ行列法とノイズ掃き出し法を提唱し、次元推定・固有値・漸近分布・固有ベクトル・主成分スコアの推定に、一致性をもつ解を与えた。クラスター分析と判別分析への応用を考え、前立腺がんのマイクロアレイデータの...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
【複合領域】健康・スポーツ科学：運動トレーニング ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動トレーニングと大動脈における遺伝子プロファイリング-トレーニングによる大動脈伸展性増大における分子メカニズムの解明-(16500391)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】前田 清司 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 講師 (30282346)
【キーワード】大動脈 / 運動トレーニング / mRNA / 血管拡張・収縮因子 / 大動脈伸展性 (他11件)
【概要】有酸素性運動トレーニングは、大動脈などの中心動脈の伸展性を増大させるが、このトレーニングによる中心動脈の適応がどのようなメカニズムで引き起こされているかは不明である。そこで我々は、運動トレーニングによる大動脈伸展性増大のメカニズムを分子レベルで解明することを計画し、トレーニングによる大動脈伸展性の増大にどのような遺伝子が関与しているのかを検討することを目的とした。まず、運動トレーニングによる大動脈...
❏スポーツ心臓の心肥大と心臓病の心肥大の成立機構の差違に関する分子生物学的研究(15650130)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】宮内 卓 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 教授 (60222329)
【キーワード】心臓 / 運動トレーニング / マイクロアレイ / スポーツ心臓 / 病的肥大心 (他14件)
【概要】本研究プロジェクトは、心臓の特性が異なる生理的肥大心と病的肥大心の成立機序の違いを分子レベルで解明することを目指している。本年度は、運動トレーニングによる生理的肥大心の適応機序における関連遺伝子のプロファイリングを行うため、3,800遺伝子の発現を定量的に評価することができるマイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行った。4週齢の雄SDラットにトレッドミルによる走トレーニング(30m/min,60...
【複合領域】生活科学：栄養学 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の全身エネルギー代謝調節機構の解析による食品機能の新側面の解明(17H01962)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (10151094)
【キーワード】エネルギー代謝 / 脳腸相関 / 栄養学 / 食品 / 脳・神経 (他7件)
【概要】転写因子Skn-1a欠損(S-KO)マウスは、野生型(WT)マウスに比較して、摂食量（通常食および高脂肪食）に変化がないにも関わらず、体脂肪率・体重増加率の優位な低下、エネルギー消費量の優位な増加が観察された。S-KOマウスは消化管の化学受容細胞（甘・苦・旨味受容細胞、刷子細胞）が消失している。これまでに、刷子細胞に発現するX-GPCRを欠失した(X-KO)マウスにおいてもWTマウスに較べ摂食量に...
❏消化管の甘味受容細胞の特定とその細胞機能の解析(25560046)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 農学生命科学研究科, 名誉教授 (10151094)
【キーワード】味覚科学 / 消化管刷子細胞 / エネルギー代謝 / 食品 / 栄養学 (他8件)
【概要】転写因子Skn-1aは味細胞のみならず、消化管刷子細胞に発現し、その細胞分化に関わることを見いだした。刷子細胞を欠失したSkn-1a (S-KO)マウスは野生型マウスと較べ、普通食(AIN93G)あるいは高脂肪食のいずれにおいても、摂食量は同等であるにもかかわらず、有意な低体重を示した。体脂肪率の低下、OGTT時のインスリン分泌量の低下、血清ケトン体量増加などが観察され、S-KOマウスにおいて脂質...
❏肝臓・消化管オートファジーの栄養素センシング／シグナリング機構(23380074)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】オートファジー / アミノ酸 / 肝細胞 / LC3 / アルギニン (他12件)
【概要】細胞内成分を大規模に分解し、再構成に関与するオートファジーについて、栄養と最も関係の深い臓器である肝細胞と消化管を用いて栄養性制御とそのシグナリング機構の詳細を解析した．特にアミノ酸や食品成分での制御機構について、またオートファジーマーカーであるLC3タンパク質や関連分子群のmRNAの制御、さらには寿命遺伝子と言われるサーチュインとの関連づけを行った。 ...
【複合領域】子ども学：運動 ／マイクロアレイを含む研究件
❏若齢期における食育および体育のレガシー効果と肥満および運動記憶因子の探索(24650449)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】木村 真規 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (40383666)
【キーワード】レガシー効果 / 運動 / 高脂肪食 / 網羅的遺伝子発現 / 脂肪 (他14件)
【概要】本研究では若齢期の食および運動習慣が成熟期の骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現に及ぼすレガシー(遺産，長期的)効果について，マウスを用いた検討を行った． 本研究の結果から，若齢期の高脂肪食摂取や自発走運動の経験は，たとえ成熟期に同様の食・生活環境および体重であっても，骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現にレガシー効果を生じる可能性が示唆された．また一部の遺伝子発現においては，自発走運動経験によるレガ...
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
【数物系科学】天文学：X線 ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【生物学】基礎生物学：タンパク質間相互作用 ／マイクロアレイを含む研究件
❏遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術(18300097)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
【キーワード】遺伝子ネットワーク / システム生物学 / シミュレーション / 遺伝子発現マイクロアレイデータ / 創薬ターゲット遺伝子 (他11件)
【概要】遺伝子ノックダウンや薬剤応答などに基づいた遺伝子発現データから大規模遺伝子ネットワークを推定する方法と統計的解析とシミュレーションによる遺伝子ネットワークの解析方法を用いて, 遺伝子ネットワークに基づく, 創薬ターゲットパスウェイを探索するためのバイオインフォマティクス技術を開発した.この技術を使って, 薬剤Fenofibrate, Gefitinib 並びに漢方薬が影響を与えるパスウェイの解析を...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
【生物学】基礎生物学：グルコース ／マイクロアレイを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
【生物学】人類学：進化 ／マイクロアレイを含む研究件
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏植物の倍数化におけるゲノム進化の分子機構(13874120)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】萌芽的研究
【研究期間】2001
【研究代表者】長谷部 光泰 岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (40237996)
【キーワード】倍数体 / 進化 / シロイヌナズナ / 人工倍数体 / 巨大化 (他8件)
【概要】倍数体進化は植物の重要な進化モードの一つである。しかし、(1)ゲノムが倍加することによりサイレンシングされない遺伝子の発現量は一様に増加するのか、それとも有る程度一定に保たれるのか、(2)特定の染色体上の領域がメチル化によりサイレンシングされるのか、あるいは特定の遺伝子が選択されてサイレンシングされるのか、(3)遺伝子族を形成する遺伝子は全ての遺伝子が同じようにサイレンシングされるのかはわかってお...
【工学】総合工学：マイクロ・ナノデバイス ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロデバイスを用いた細胞融合に基づく細胞機能制御に関する研究(23241041)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鷲津 正夫 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10201162)
【キーワード】ナノ・マイクロ科学 / 細胞融合 / 初期化 / 再生医療 / 静電気 (他13件)
【概要】マイクロオリフィスが作る電界集中を用いた高収率電気細胞融合法を確立した。それを用い，ES細胞と体細胞の融合を行ったところ，融合後5日程度で，付着平坦化/球状化を繰り返す不安定な挙動を示し，1週間程度で，初期化された細胞に特徴的な細胞塊を形成するのが観察された。また，これと同じサンプルではないが，融合産物から初期化を示すレポータの発行が観察された。同様の装置でB細胞とミエローマ細胞の融合を行ったとこ...
❏機械的加工と自己組織化を併用した規則配列ナノドットアレイの効率的製造法(23360065)
【研究テーマ】生産工学・加工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】吉野 雅彦 東京工業大学, 理工学研究科, 教授 (40201032)
【キーワード】マイクロナノデバイス / 機械工作・生産工学 / 先端機能デバイス / ナノ材料 / 精密部品加工 (他21件)
【概要】本研究は、数10nmレベルの金ナノドットアレイを製造するための低コストで効率的なプロセスを開発することを目的としている。本研究では以下の３つの成果を得た。本研究により、①超微細塑性加工法によるパターニングと焼鈍による自己組織化により直径10nmレベルの金ナノドットアレイを創出できることを示した。②パターニングにナノインプリント法を用いることにより効率的にナノドットアレイを作製できることを示した。③...
【工学】総合工学：ナノ材料 ／マイクロアレイを含む研究件
❏機械的加工と自己組織化を併用した規則配列ナノドットアレイの効率的製造法(23360065)
【研究テーマ】生産工学・加工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】吉野 雅彦 東京工業大学, 理工学研究科, 教授 (40201032)
【キーワード】マイクロナノデバイス / 機械工作・生産工学 / 先端機能デバイス / ナノ材料 / 精密部品加工 (他21件)
【概要】本研究は、数10nmレベルの金ナノドットアレイを製造するための低コストで効率的なプロセスを開発することを目的としている。本研究では以下の３つの成果を得た。本研究により、①超微細塑性加工法によるパターニングと焼鈍による自己組織化により直径10nmレベルの金ナノドットアレイを創出できることを示した。②パターニングにナノインプリント法を用いることにより効率的にナノドットアレイを作製できることを示した。③...
❏量子ビームを用いた高アスペクトマルチナノアレイエレクトロッドの作製(21686087)
【研究テーマ】原子力学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】大島 明博 大阪大学, 産業科学研究所, 特任研究員 (80398924)
【キーワード】量子ビーム / ナノ粒子 / 金属還元 / アレイ電極 / プラズマ (他9件)
【概要】架橋体を含むパーフルオロ系高分子に対して、各種イオンビームにより、マイクロ～ナノサイズで制御された精密微細加工を行った。その後、グラフト重合により機能化し銀イオンを担持した試料を調製した。量子ビームにより固相中直接還元を行い、SEM-EDXやXPSで構造解析を行った結果、純銀ナノ粒子を確認できた。また、加工体を観察した結果、60. m角のアレイ状の電極を作製ができた。また、直接パターニングにより幅...
【総合生物】神経科学：シナプス ／マイクロアレイを含む研究件
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏神経結合の特異性はどのように決まるのか?-単一細胞ジーンチップによるアプローチ-(16300097)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (30260037)
【キーワード】ショウジョウバエ / 軸索誘導 / 標的認識 / マイクロアレイ / シナプス (他12件)
【概要】神経細胞の標的特異性がどのようにしてコードされているのかは、神経科学における未解決問題のひとつである。我々はこの問題の総括的理解をめざし、異なる運動神経細胞によりそれぞれ支配されているショウジョウバエの隣り合った2つの筋肉、筋肉12及び筋肉13間で発現に差異のある遺伝子を、単一細胞レベルでのDNAマイクロアレイにより同定した。同定した候補分子のなかには、標的認識過程に直接関与する可能性のある膜局在...
【農学】農芸化学：ホウ素 ／マイクロアレイを含む研究件
❏BOR1遺伝子やシロイヌナズナ変異株を用いた植物のホウ素やケイ素の吸収利用機構の解明(13760047)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (80242163)
【キーワード】ホウ素 / シロイヌナズナ / マッピング / マイクロアレイ / 酵母 (他6件)
【概要】シロイヌナズナに存在する数個のBOR1の相同性遺伝子の破壊株を入手し,遺伝子破壊がホモに起っている株を確立した。確立した株について,ホウ素濃度の異なる培地で栽培を行い,野生型植物と生育の比較を行ったところ,低ホウ素濃度での根の伸長が野生型植物に比べて遅くなっている株が見つかった。これらの相同遺伝子のcDNAを入手して酵母で発現させたが,菌体内ホウ素に対する明確な影響は見られなかった。 BOR1とG...
❏アポプラストで作用する無機元素の生理学・生化学(13460031)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】間藤 徹 京都大学, 農学研究科, 助教授 (50157393)
【キーワード】ホウ素 / カルシウム / アルミニウム / アポプラスト / 細胞壁 (他11件)
【概要】本研究は,高濃度の塩,低pH,アルミニウム過剰,カルシウム欠乏など,土壌に起因するストレス(edaphic stress)に対して耐性を持つ作物を育種するための基礎研究を行うことにある。間藤(京都大学農学研究科)はエンドウUDP-Xylose合成酵素タンパク質を精製し,そのアミノ酸配列情報を基に遺伝子を単離した。この遺伝子はそのDNA配列の類似性からラムノース2,4デヒドラターゼをコードしていると...
【農学】農芸化学：タンパク質栄養 ／マイクロアレイを含む研究件
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
❏胎児期の栄養が生活習慣病を誘導する機構に関するエピジェノムおよび統合オミクス解析(24380066)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 教授 (40211164)
【キーワード】タンパク質栄養 / エピジェネティクス / 高血圧 / 胎児期 / メチル化 (他7件)
【概要】胎児期の母親の栄養の悪化により、子の成長後の生活習慣病のリスクが上昇することが知られている。研究代表者らは、高血圧モデルラットSHRSPにおいて、胎児期低タンパク質曝露が成長後の遺伝子発現に及ぼす影響を明らかにしてきた。本研究では、出生前後の腎臓での遺伝子発現変化を網羅的に調べたところ、細胞外マトリクスやアポトーシスに関わる遺伝子の変化が顕著であった。またこうした遺伝子の発現変化はDNAのメチル化...
【農学】農芸化学：マクロアレイ ／マイクロアレイを含む研究件
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏次世代型生体調節因子としてのアミノ酸の新規機能性の探索と有効性の検証(20248014)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】アミノ酸 / マイクロアレイ / 発現制御 / 栄養学 / シグナル伝達 (他6件)
【概要】アミノ酸のシグナル伝達と細胞応答に関する共同研究が、主にトランスクリプトミクスによる網羅的解析を用いて実施された。その結果、栄養素としてではない、情報分子としてのアミノ酸の機能性が、タンパク質合成と分解に関与する遺伝子発現とオートファジーの制御、糖代謝と脂質代謝の制御、神経組織におけるセリン有効性の情報伝達に関連して解析され、多様なアミノ酸の複雑な情報ネットワーク構造の一端が明らかになった。 ...
【農学】生産環境農学：ポストゲノム ／マイクロアレイを含む研究件
❏ファイトプラズマのマイクロアレイ解析系の開発-ホストスイッチング機構解明に向けて(19658016)
【研究テーマ】植物病理学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】難波 成任 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
【キーワード】ファイトプラズマ / ポストゲノム / マイクロアレイ / 細胞内寄生
【概要】ファイトプラズマはヨコバイなどの昆虫により伝搬され、700種以上の植物に病気を引き起こす農業上重要な植物病原細菌であり、約40年前に世界に先駆け我が国で最初に発見された微生物である。我々は2004年にファイトプラズマのゲノムを解読し(Oshima et al., Nature Genetics, 2004)、ファイトプラズマが代謝関連遺伝子の多くを失い、代わりに代謝物質の多くを宿主に依存した生活を...
❏細菌異物排出タンパク遺伝子資源のポストゲノム解析と新しい耐性機構の解明(13854012)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2001 - 2005
【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)
【キーワード】異物排出タンパク / 多剤耐性 / トランスポーター / 発現調節 / 二成分情報伝達系 (他23件)
【概要】本研究課題は、大腸菌をモデルとして細菌の異物排出タンパク質の網羅的解析、発現調節機構の解明を行い、新たな抗菌剤の創薬ターゲットを探る事を目的として開始された。本研究課題直前に、私たちは大腸菌の全推定異物排出タンパク強制発現ライブラリを世界に先駆けて作成していた。それを用いて、MFS, SMR, RND, ABCという代表的な4類型に分類できること、及びそれらの薬剤排出タンパクとしての性質を様々な方...
【農学】生産環境農学：運動神経 ／マイクロアレイを含む研究件
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏神経結合の特異性はどのように決まるのか?-単一細胞ジーンチップによるアプローチ-(16300097)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (30260037)
【キーワード】ショウジョウバエ / 軸索誘導 / 標的認識 / マイクロアレイ / シナプス (他12件)
【概要】神経細胞の標的特異性がどのようにしてコードされているのかは、神経科学における未解決問題のひとつである。我々はこの問題の総括的理解をめざし、異なる運動神経細胞によりそれぞれ支配されているショウジョウバエの隣り合った2つの筋肉、筋肉12及び筋肉13間で発現に差異のある遺伝子を、単一細胞レベルでのDNAマイクロアレイにより同定した。同定した候補分子のなかには、標的認識過程に直接関与する可能性のある膜局在...
【農学】境界農学：シロイヌナズナ ／マイクロアレイを含む研究件
❏BOR1遺伝子やシロイヌナズナ変異株を用いた植物のホウ素やケイ素の吸収利用機構の解明(13760047)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (80242163)
【キーワード】ホウ素 / シロイヌナズナ / マッピング / マイクロアレイ / 酵母 (他6件)
【概要】シロイヌナズナに存在する数個のBOR1の相同性遺伝子の破壊株を入手し,遺伝子破壊がホモに起っている株を確立した。確立した株について,ホウ素濃度の異なる培地で栽培を行い,野生型植物と生育の比較を行ったところ,低ホウ素濃度での根の伸長が野生型植物に比べて遅くなっている株が見つかった。これらの相同遺伝子のcDNAを入手して酵母で発現させたが,菌体内ホウ素に対する明確な影響は見られなかった。 BOR1とG...
❏植物の倍数化におけるゲノム進化の分子機構(13874120)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】萌芽的研究
【研究期間】2001
【研究代表者】長谷部 光泰 岡崎国立共同研究機構, 基礎生物学研究所, 教授 (40237996)
【キーワード】倍数体 / 進化 / シロイヌナズナ / 人工倍数体 / 巨大化 (他8件)
【概要】倍数体進化は植物の重要な進化モードの一つである。しかし、(1)ゲノムが倍加することによりサイレンシングされない遺伝子の発現量は一様に増加するのか、それとも有る程度一定に保たれるのか、(2)特定の染色体上の領域がメチル化によりサイレンシングされるのか、あるいは特定の遺伝子が選択されてサイレンシングされるのか、(3)遺伝子族を形成する遺伝子は全ての遺伝子が同じようにサイレンシングされるのかはわかってお...
【農学】社会経済農学：食品 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の全身エネルギー代謝調節機構の解析による食品機能の新側面の解明(17H01962)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (10151094)
【キーワード】エネルギー代謝 / 脳腸相関 / 栄養学 / 食品 / 脳・神経 (他7件)
【概要】転写因子Skn-1a欠損(S-KO)マウスは、野生型(WT)マウスに比較して、摂食量（通常食および高脂肪食）に変化がないにも関わらず、体脂肪率・体重増加率の優位な低下、エネルギー消費量の優位な増加が観察された。S-KOマウスは消化管の化学受容細胞（甘・苦・旨味受容細胞、刷子細胞）が消失している。これまでに、刷子細胞に発現するX-GPCRを欠失した(X-KO)マウスにおいてもWTマウスに較べ摂食量に...
❏消化管の甘味受容細胞の特定とその細胞機能の解析(25560046)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 農学生命科学研究科, 名誉教授 (10151094)
【キーワード】味覚科学 / 消化管刷子細胞 / エネルギー代謝 / 食品 / 栄養学 (他8件)
【概要】転写因子Skn-1aは味細胞のみならず、消化管刷子細胞に発現し、その細胞分化に関わることを見いだした。刷子細胞を欠失したSkn-1a (S-KO)マウスは野生型マウスと較べ、普通食(AIN93G)あるいは高脂肪食のいずれにおいても、摂食量は同等であるにもかかわらず、有意な低体重を示した。体脂肪率の低下、OGTT時のインスリン分泌量の低下、血清ケトン体量増加などが観察され、S-KOマウスにおいて脂質...
【農学】動物生命科学：消化管 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の甘味受容細胞の特定とその細胞機能の解析(25560046)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 農学生命科学研究科, 名誉教授 (10151094)
【キーワード】味覚科学 / 消化管刷子細胞 / エネルギー代謝 / 食品 / 栄養学 (他8件)
【概要】転写因子Skn-1aは味細胞のみならず、消化管刷子細胞に発現し、その細胞分化に関わることを見いだした。刷子細胞を欠失したSkn-1a (S-KO)マウスは野生型マウスと較べ、普通食(AIN93G)あるいは高脂肪食のいずれにおいても、摂食量は同等であるにもかかわらず、有意な低体重を示した。体脂肪率の低下、OGTT時のインスリン分泌量の低下、血清ケトン体量増加などが観察され、S-KOマウスにおいて脂質...
❏肝臓・消化管オートファジーの栄養素センシング／シグナリング機構(23380074)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】オートファジー / アミノ酸 / 肝細胞 / LC3 / アルギニン (他12件)
【概要】細胞内成分を大規模に分解し、再構成に関与するオートファジーについて、栄養と最も関係の深い臓器である肝細胞と消化管を用いて栄養性制御とそのシグナリング機構の詳細を解析した．特にアミノ酸や食品成分での制御機構について、またオートファジーマーカーであるLC3タンパク質や関連分子群のmRNAの制御、さらには寿命遺伝子と言われるサーチュインとの関連づけを行った。 ...
❏食餌中必須アミノ酸欠乏への応答における脳神経系・内分泌系の相互作用の解析(13876030)
【研究テーマ】食品科学・製品科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (40211164)
【キーワード】アミノ酸 / 摂食 / メチオニン / レセプター / グレリン (他10件)
【概要】必須アミノ酸欠乏食に応答した摂食低下の機構について検討を進め、メチオニン欠乏食摂取は胃等から分泌される摂食促進物質グレリンに対して応答できない状況を生じさせることを示唆する結果を前年度得ている。これをさらに確認するため、いくつかの異なった条件において、解析を行った。グレリンはラット脳室内に直接投与した。予めメチオニン欠乏食を与えておいたラットにグレリンを投与した場合と同様に、絶食させたラットにグレ...
【農学】森林圏科学：ストレス耐性 ／マイクロアレイを含む研究件
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏アルカリ性塩類耐性極強野生植物において耐性機構に関連する遺伝子の同定(18658001)
【研究テーマ】育種学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, アジア生物資源環境研究センター, 准教授 (30183057)
【キーワード】アルカリ性土壌 / 耐塩性機構 / マイクロアレイ / 耐性植物 / ストレス耐性 (他8件)
【概要】前年度の研究の結果、中国東北部のアルカリ塩類集積土壌に野生するPuccinellia tenuifloraおよびChloris virgataにおける高度の耐塩性機構に関与する事が予想された遺伝子について詳細な解析を行った.特に、Na+/H+アンチポーター(NHA、 NHX)、カリウムトランスポーター(HKT)、細胞膜PMP3タンパク質(PMP3)、DREBタンパク質およびカリウムチャンネルの遺伝...
【農学】森林圏科学：抵抗性 ／マイクロアレイを含む研究件
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
❏マツノザイセンチュウに対する抵抗性マツの抵抗性発現機構の解明(20380085)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】山田 利博 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30332571)
【キーワード】森林生態 / 保護 / 保全 / マツノザイセンチュウ / 抵抗性 (他10件)
【概要】マツ材線虫病に対する抵抗性機構を、抵抗性マツを用いて、遺伝子発現、組織学的・生化学的な変化から検討した。PR遺伝子の発現を伴う生体防御の発動はクロマツ感受性個体で早いのに対し抵抗性個体で遅く、抵抗性個体では活性酸素-リグニン化関連遺伝子が早く発現した。組織学的には感受性で組織破壊が激しく、一部の抵抗性品種でリグニン化が顕著であった。また抗菌性物質の集積はストローブマツ以外では抵抗性、感受性共に認め...
【農学】森林圏科学：酵母 ／マイクロアレイを含む研究件
❏酵母1遺伝子摂動株ライブラリによる表現型変化の網羅的解析とその予測システムの開発(20700270)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】古澤 力 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00372631)
【キーワード】生体生命システム情報学 / 分子育種 / 網羅的表現型解析 / 酵母 / マイクロアレイ (他6件)
【概要】細胞内の遺伝子を破壊・増強することによって,どのように細胞の表現型が変化するかを理解することが出来れば,目的の表現型を持った細胞をデザインする為の基盤となる.そこで本研究は,酵母の1遺伝子破壊・1遺伝子増強株ライブラリを用いて,その遺伝子破壊・増強の効果を網羅的に測定した.その結果を用いて,遺伝子破壊摂動に対して頑強あるいは脆弱な細胞機能の同定と,発現量変化との相関解析を行った. ...
❏BOR1遺伝子やシロイヌナズナ変異株を用いた植物のホウ素やケイ素の吸収利用機構の解明(13760047)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】藤原 徹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (80242163)
【キーワード】ホウ素 / シロイヌナズナ / マッピング / マイクロアレイ / 酵母 (他6件)
【概要】シロイヌナズナに存在する数個のBOR1の相同性遺伝子の破壊株を入手し,遺伝子破壊がホモに起っている株を確立した。確立した株について,ホウ素濃度の異なる培地で栽培を行い,野生型植物と生育の比較を行ったところ,低ホウ素濃度での根の伸長が野生型植物に比べて遅くなっている株が見つかった。これらの相同遺伝子のcDNAを入手して酵母で発現させたが,菌体内ホウ素に対する明確な影響は見られなかった。 BOR1とG...
【農学】水圏応用科学：微生物 ／マイクロアレイを含む研究件
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏tRNA動態に依存した細胞周期制御機構の解明(20780072)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】小川 哲弘 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40323480)
【キーワード】微生物 / マイクロアレイ / 発現制御 / tRNA
【概要】tRNAの動態に依存した細胞周期停止機構の解明を目的とし、出芽酵母において、リボヌクレアーゼを用いてtRNAを人工的にノックダウンし、解析を行った。当初目的とした分子機構の解明には至らなかったが、切断されたtRNAが、tRNAスプライシング機構を介して修復される可能性などの有意義な情報が得られた。また、ストレスに応答してtRNAを切断するRNaseであるRny1pの細胞周期停止機構を明らかにするた...
【医歯薬学】内科系臨床医学：アミノ酸代謝 ／マイクロアレイを含む研究件
❏魚類エネルギー代謝制御因子の網羅的解析と制御法の確立(21248027)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】潮 秀樹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (50251682)
【キーワード】アミノ酸代謝 / 脂質代謝 / ニジマス / ゼブラフィッシュ / アディポネクチン (他10件)
【概要】魚類のエネルギー代謝制御系を網羅的に解析し,有効なエネルギー代謝制御方法の考案につなげ,科学的事実に基づいた効率的魚類養殖手法の確立を目指した.その結果,穀類糠成分のガンマオリザノールの投与が魚類の脂質および糖質代謝を亢進し,効率的な魚類養殖法として有用であるものと判断された. ...
❏絶対独立栄養性・好熱性水素細菌のゲノム情報を基盤とした生理生化学的研究(21248010)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2009-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】石井 正治 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (30193262)
【キーワード】水素細菌 / ヒドロゲナーゼ / 活性酸素除去 / 硫黄代謝 / アミノ酸代謝 (他12件)
【概要】ゲノム情報を基盤としたTK-6株の進化系統的位置づけの明確化、絶対独立栄養性の分子基盤、高度好熱性の分子基盤、新規窒素代謝経路の分子基盤、呼吸代謝能多様性の分子基盤、新たな代謝系の探索とその分子基盤、に関して、当初の計画以上の結果を得た。具体的には、原著論文１５件、学会発表２７件、そして産業財産権の出願１件、という誇るべき成果を出せたものと自負している。 ...
【医歯薬学】内科系臨床医学：マイクロRNA(miRNA) ／マイクロアレイを含む研究件
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】内科系臨床医学：MLL遺伝子再構成 ／マイクロアレイを含む研究件
❏高密度ゲノムアレイを用いた小児白血病の解析(17790692)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助手 (30345152)
【キーワード】ゲノムアレイ / 白血病 / MLL遺伝子再構成 / マイクロアレイ / 乳児白血病
【概要】当研究の目的は、MLL遺伝子再構成を伴う乳児急性リンパ球性白血病(以下MLL-Re-ALL)のDNAを用いて、MLL-Re-ALLゲノムの変化を検索するものである。本年度はt(4;11)のMLL-Re-ALLの細胞株DNA 250ngからGeneChip【○!R】 Human Mapping 50K Array Hind 240を使用し、Genome Imbalance Map解析を行った。その結...
❏乳児白血病の遺伝子発現プロファイル解析と診断・治療への応用(15790519)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 科学技術振興特任教員 (30345152)
【キーワード】MLL遺伝子再構成 / 乳児白血病 / マイクロアレイ / 遺伝子発現プロファイル / 白血病 (他7件)
【概要】MLL遺伝子の再構成を有する22例の乳児ALL(リンパ芽球性白血病)を含めて、t(1;19)7例,t(12;21)6例,の計35例の乳児ALLの遺伝子発現プロファイルをマイクロアレイ(GeneChip U95A v2,Affymetrix)にて解析した。これらの遺伝子発現プロファイルを、主成分分析(PCA)法と2方向クラスター解析を用いた解析を行うと、乳児ALLは転座型に応じて分類されることを見出...
【医歯薬学】内科系臨床医学：乳児白血病 ／マイクロアレイを含む研究件
❏高密度ゲノムアレイを用いた小児白血病の解析(17790692)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助手 (30345152)
【キーワード】ゲノムアレイ / 白血病 / MLL遺伝子再構成 / マイクロアレイ / 乳児白血病
【概要】当研究の目的は、MLL遺伝子再構成を伴う乳児急性リンパ球性白血病(以下MLL-Re-ALL)のDNAを用いて、MLL-Re-ALLゲノムの変化を検索するものである。本年度はt(4;11)のMLL-Re-ALLの細胞株DNA 250ngからGeneChip【○!R】 Human Mapping 50K Array Hind 240を使用し、Genome Imbalance Map解析を行った。その結...
❏乳児白血病の遺伝子発現プロファイル解析と診断・治療への応用(15790519)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 科学技術振興特任教員 (30345152)
【キーワード】MLL遺伝子再構成 / 乳児白血病 / マイクロアレイ / 遺伝子発現プロファイル / 白血病 (他7件)
【概要】MLL遺伝子の再構成を有する22例の乳児ALL(リンパ芽球性白血病)を含めて、t(1;19)7例,t(12;21)6例,の計35例の乳児ALLの遺伝子発現プロファイルをマイクロアレイ(GeneChip U95A v2,Affymetrix)にて解析した。これらの遺伝子発現プロファイルを、主成分分析(PCA)法と2方向クラスター解析を用いた解析を行うと、乳児ALLは転座型に応じて分類されることを見出...
【医歯薬学】内科系臨床医学：ダイオキシン受容体 ／マイクロアレイを含む研究件
❏次世代環境汚染生体影響評価システムの開発(15201009)
【研究テーマ】放射線・化学物質影響科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2003 - 2006
【研究代表者】藤田 正一 北海道大学, 大学院獣医学研究科, 教授 (10143314)
【キーワード】シトクロムP450 / マイクロアレイ / 野生動物 / ステロイドホルモン / 環境汚染 (他14件)
【概要】DNAマイクロアレイは多くの遺伝子変動を短時間でスクリーニングできる有効なツールである。しかし、塩基配列の違いから幅広い生物種間に応用することは極めて難しく、この手技を様々な階層の野生生物に用いる為には、各々の生物特有のアレイの開発が必要である。そこで、より簡便に広範囲の野生生物に対応する次世代環境影響評価システムを開発することを目的として基礎的研究を行った。 これまでに、マイクロアレイ法で野生動...
❏バイオインフォマティクスを用いたダイオキシン受容体標的遺伝子の系統的同定(15591162)
【研究テーマ】胎児・新生児医学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】小崎 健次郎 慶應義塾大学, 医学部, 助教授 (30234743)
【キーワード】ダイオキシン / ダイオキシン受容体 / バイオインフォマティクス / マイクロアレイ / ヒト完全長cDNA配列 (他6件)
【概要】約5000個のヒト完全長cDNA配列(東大医科研が公開)と、ヒトゲノム配列と逐次比較し、約2800個の遺伝子について、転写開始点から10kb上流までの配列をデータベース化した。同様にマウス完全長cDNA配列(理化学研究所が公開)とマウスゲノム配列を逐次比較し、転写開始点から10kb上流までの配列をデータベース化した。これらのデータベースを用いて、転写開始点から10kb上流までの配列におけるダイオキ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：5-アミノレブリン酸(ALA) ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：遺伝子発現解析 ／マイクロアレイを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏翻訳リボゾーム親和精製法による弓状核におけるインスリンシグナルの標的遺伝子の同定(22590995)
【研究テーマ】代謝学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】中江 淳 慶應義塾大学, 医学部, 特任准教授 (00344573)
【キーワード】エネルギー / 糖質代謝異常 / AGRPニューロン / TRAP法 / 遺伝子発現解析 (他12件)
【概要】本研究では、視床下部弓状核のAGRPニューロン特異的な遺伝子発現解析に、Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP)法を利用し、EGFPとlarge-subunit ribosomal protein L10aのN末端との融合蛋白を特異的に発現させるトランスジェニックマウスの作製を試みた。2ラインの陽性マウスを得、このマウスとニューロン特異的C...
❏多細胞生物における細胞個性の解析のための研究手法の開発(15657051)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2003
【研究代表者】飯野 雄一 東京大学, 遺伝子実験施設, 助教授 (40192471)
【キーワード】C.エレガンス / ポリA結合蛋白質 / 単一細胞 / マイクロアレイ / mRNA単離法 (他8件)
【概要】多細胞生物の発生過程では、個々の細胞で遺伝子発現パターンの差異が生じ、それにより細胞内分子ネットワークが細胞間で大きく異なってくる。この差異が個々の細胞種の機能の違いを生み出していると考えられ、その違いを包括的に理解するための方法が必要である。そこで、体の全細胞数が約1000個と少なく、個々の細胞がすべて同定されているモデル生物、線虫C.エレガンスを用い、全遺伝子発現パターンと細胞個性の連関を理解...
【医歯薬学】外科系臨床医学：SDF-1 ／マイクロアレイを含む研究件
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
❏小動物悪性腫瘍の転移浸潤機構の分子生物学的ならびに臨床的解析(15208030)
【研究テーマ】臨床獣医学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2003 - 2006
【研究代表者】佐々木 伸雄 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 (60107414)
【キーワード】犬乳腺腫瘍細胞株 / 猫乳腺腫瘍細胞株 / 犬肥満細胞腫 / 接着因子 / レチノイド (他23件)
【概要】本研究では、我々が実際の症例から樹立した犬の乳癌細胞株、猫の乳癌細胞株、犬の肥満細胞腫細胞株、犬の骨肉腫細胞株、犬の悪性メラノーマ細胞株の5種類を用い、これらの腫瘍の浸潤能、転移能に関与する因子の解明を試みた。 犬の乳癌細胞株は同一症例の原発巣と転移巣からそれぞれ樹立した4ペアの細胞を用い、接着因子であるE-cadherin-catenin系の解析を行った。これらの細胞における発現には差がなかった...
【医歯薬学】外科系臨床医学：胎仔 ／マイクロアレイを含む研究件
❏レーザーマイクロダイセクションを用いたマウス胎仔皮膚再生の分子機構の解明(25293363)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (40224919)
【キーワード】皮膚 / 再生 / 胎仔 / 創傷 / 再生医療 (他7件)
【概要】哺乳類の胎仔の皮膚に実験的に傷をつけても、胎生期のある時期までは傷は素早く、そして瘢痕を残すことなく治癒し、皮膚は完全に元通りに再生する。われわれは、胎生13日までのマウス胎仔の皮膚に創傷を作成しても完全に再生するが、胎生14日以降の胎仔は再生せず傷跡を残すことを発見した。これをもとに、組織切片からレーザーマイクロダイセクションを用いて、胎生１３日と１５日の創傷部の表皮、真皮別にRNAを採取して、...
❏マウス胎仔皮膚再生モデルを用いた、皮膚再生遺伝子群の機能解析(17390477)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (40224919)
【キーワード】創傷治癒 / 皮膚 / 再生 / 胎仔 / 発生・分化 (他8件)
【概要】皮膚が再生する時期と再生しなくなる時期のマウス胎仔皮膚から、マイクロアレイにより得ることができた、皮膚を再生させる候補遺伝子をin vitro及びin vivoで胎仔皮膚創傷面から消失させることで、これら候補遺伝子の皮溝、皮丘、真皮の癒痕の形成与える影響につき検討した。siRNAを用いた機能解析のスクリーニングのため、マウス胎仔皮膚を用いたin vitroのスクリーニングモデルを開発した。Gene...
【医歯薬学】外科系臨床医学：放射線療法 ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：血管平滑筋細胞 ／マイクロアレイを含む研究件
❏多能性幹細胞由来血管前駆細胞の骨髄移植による戦略的血管再生療法の開発(21790757)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】山原 研一 独立行政法人国立循環器病研究センター, 再生医療部, 室長 (50450888)
【キーワード】ES細胞 / マイクロRNA(miRNA) / 血管内皮細胞 / 血管平滑筋細胞 / 血管前駆細胞 (他8件)
【概要】骨髄由来血管前駆細胞の代替としての、ES細胞由来血管前駆細胞の血管再生細胞ソースとしての有用性に関し検討を行った。我々の方法で誘導されたES細胞由来血管平滑筋細胞はその分化が不充分であり、マイクロRNA(miRNA)-145導入により、より分化した平滑筋細胞となった。また、我々のES細胞由来血管平滑筋細胞は、継代初期は抗老化性を示すものの、比較的早期の継代で細胞老化を起こすことが明らかとなり、ES...
❏遺伝子操作と新規薬剤を用いたエストロゲン受容体機能制御による血管障害治療法の開発(13557062)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】大内 尉義 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80168864)
【キーワード】エストロゲン受容体 / 血管平滑筋細胞 / アデノウィルスベクター / DNAチップ / 動脈硬化 (他13件)
【概要】本研究は、エストロゲン受容体(ER)サブタイプの観点を中心に、エストロゲンならびに選択的エストロゲン受容体調整薬(SERM)の抗動脈硬化作用を解明し、動脈硬化の新しい治療法開発へ応用することである。この3年間で以下の8つの成果をあげた。(1)低用量エストロゲンでもラット頚動脈バルン傷害による新生内膜肥厚は抑制され、その効果はアンジオテンシンIIタイプI受容体拮抗薬であるカンデサルタンとほぼ同等であ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：レーザーマイクロダイセクション ／マイクロアレイを含む研究件
❏レーザーマイクロダイセクションを用いたマウス胎仔皮膚再生の分子機構の解明(25293363)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (40224919)
【キーワード】皮膚 / 再生 / 胎仔 / 創傷 / 再生医療 (他7件)
【概要】哺乳類の胎仔の皮膚に実験的に傷をつけても、胎生期のある時期までは傷は素早く、そして瘢痕を残すことなく治癒し、皮膚は完全に元通りに再生する。われわれは、胎生13日までのマウス胎仔の皮膚に創傷を作成しても完全に再生するが、胎生14日以降の胎仔は再生せず傷跡を残すことを発見した。これをもとに、組織切片からレーザーマイクロダイセクションを用いて、胎生１３日と１５日の創傷部の表皮、真皮別にRNAを採取して、...
❏関節軟骨細胞の分化制御機構の解明(24390348)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】小野 貴司 東京大学, 医学部附属病院, 届出診療医 (00506248)
【キーワード】関節軟骨 / 変形性関節症 / FGF18 / レーザーマイクロダイセクション / Fgf18 (他8件)
【概要】関節軟骨で成長板軟骨に比して発現が大きい遺伝子を多数同定した。それらのうち、Fgf18は軟骨マトリクス分解酵素を阻害する作用を持つTimp1の発現を亢進させ、関節軟骨を保護する事を見出した。 また、凍結切片からlaser microdissection(LMD)により関節軟骨の微小領域のサンプリングを行い、次世代シークエンサーを用いて遺伝子発現解析を行う一連の手法を確立した。関節軟骨は数層から成る...
【医歯薬学】外科系臨床医学：放射線治療 ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：次世代シークエンサー ／マイクロアレイを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏魚類エネルギー代謝制御因子の網羅的解析と制御法の確立(21248027)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】潮 秀樹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (50251682)
【キーワード】アミノ酸代謝 / 脂質代謝 / ニジマス / ゼブラフィッシュ / アディポネクチン (他10件)
【概要】魚類のエネルギー代謝制御系を網羅的に解析し,有効なエネルギー代謝制御方法の考案につなげ,科学的事実に基づいた効率的魚類養殖手法の確立を目指した.その結果,穀類糠成分のガンマオリザノールの投与が魚類の脂質および糖質代謝を亢進し,効率的な魚類養殖法として有用であるものと判断された. ...
❏合弁花の三次元形態の定量的評価とその多様性を形成する花弁細胞の成長パターンの解析(21380025)
【研究テーマ】園芸学・造園学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2012
【研究代表者】河鰭 実之 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (10234113)
【キーワード】トルコギキョウ / 花冠 / 花形 / 開花 / 花弁成長 (他11件)
【概要】トルコギキョウ花弁の成長と花冠の3次元形態との関係を調査した.花冠先端が外側に反る品種では,開花後半に花弁先端部の横方法への成長が大きかった.コップ型の品種では花弁中間部や基部での横幅の著しい拡大がみられた.湾曲の少ない漏斗型の花では,花弁の部位間における成長の差は小さかった.これらのことから、花冠の立体的な形態は、花弁の細胞の成長パターンに由来する花弁内の領域的な成長の差によって生じていることが...
【医歯薬学】外科系臨床医学：ノッチシグナル ／マイクロアレイを含む研究件
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
❏軟骨形成マスター分子SOXトリオの上流、下流、修飾分子の解明のための戦略的研究(16390430)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】池田 敏之 東京大学, 医学部附属病院, 客員教授 (80322759)
【キーワード】軟骨分化 / SOX9 / SOX6 / S100A1 / S100B (他15件)
【概要】SOXトリオの下流分子をマイクロアレイによりスクリーニングし候補分子を解析する中で、S100A1,S100Bが軟骨組織に高発現するSOXトリオの直接の転写ターゲットであり、SOXトリオによる軟骨細胞の後期肥大分化の抑制作用を担う主分子であることを明らかにした。ヒトII型コラーゲン遺伝子のSOX9結合エンハンサーと蛍光レポーターを組み合わせた軟骨分化リアルタイムモニタリング細胞株ATDC5-S2RD...
【医歯薬学】外科系臨床医学：蝸牛 ／マイクロアレイを含む研究件
❏エピジェネティック制御機構を利用した進行性／加齢性難聴治療法の検討(24592573)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】務台 英樹 独立行政法人国立病院機構(東京医療センター臨床研究センター), 聴覚平衡覚研究部, 研究員 (60415891)
【キーワード】エピジェネティクス / 加齢性難聴 / 亜鉛トランスポーター / 緑茶カテキン / EGCG (他9件)
【概要】代表者は、進行性／加齢性難聴動物モデルDBA/2Jマウスに対するエピジェネティック調節剤の投与により、聴力低下が有意に抑制されることを見出した。 遺伝子発現網羅解析を実施し、定量的RTPCR法および免疫組織化学的検証により、蝸牛組織における亜鉛トランスポーターをコードするZip4(Slc39a4)遺伝子発現量の上昇と難聴進行抑制との関連が示された。Zip4発現上昇作用をもつ緑茶カテキン成分EGCG...
❏老人性難聴の発症に影響する遺伝子群および遺伝外因子の解析(23390393)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60251302)
【キーワード】.老化 / 蝸牛 / ミトコンドリア / 酸化ストレス / 老化 (他8件)
【概要】数種の遺伝子改変マウスを用いて特に酸化ストレスと老化による蝸牛の変性・老人性難聴の進行について解析した。スーパーオキシドディスムターゼ (SOD) は細胞内に発生したスーパーオキシドアニオン（活性酸素）を分解する酵素である。MnSODのヘテロマウスでは蝸牛内の老化に伴う酸化ストレスは増悪するが、15カ月齢まで血管条、有毛細胞、ラセン神経節細胞の変性や難聴の加速は見られなかった。Glutathion...
【医歯薬学】社会医学：筋肉 ／マイクロアレイを含む研究件
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏神経結合の特異性はどのように決まるのか?-単一細胞ジーンチップによるアプローチ-(16300097)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (30260037)
【キーワード】ショウジョウバエ / 軸索誘導 / 標的認識 / マイクロアレイ / シナプス (他12件)
【概要】神経細胞の標的特異性がどのようにしてコードされているのかは、神経科学における未解決問題のひとつである。我々はこの問題の総括的理解をめざし、異なる運動神経細胞によりそれぞれ支配されているショウジョウバエの隣り合った2つの筋肉、筋肉12及び筋肉13間で発現に差異のある遺伝子を、単一細胞レベルでのDNAマイクロアレイにより同定した。同定した候補分子のなかには、標的認識過程に直接関与する可能性のある膜局在...
【医歯薬学】社会医学：mRNA ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動トレーニングと大動脈における遺伝子プロファイリング-トレーニングによる大動脈伸展性増大における分子メカニズムの解明-(16500391)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】前田 清司 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 講師 (30282346)
【キーワード】大動脈 / 運動トレーニング / mRNA / 血管拡張・収縮因子 / 大動脈伸展性 (他11件)
【概要】有酸素性運動トレーニングは、大動脈などの中心動脈の伸展性を増大させるが、このトレーニングによる中心動脈の適応がどのようなメカニズムで引き起こされているかは不明である。そこで我々は、運動トレーニングによる大動脈伸展性増大のメカニズムを分子レベルで解明することを計画し、トレーニングによる大動脈伸展性の増大にどのような遺伝子が関与しているのかを検討することを目的とした。まず、運動トレーニングによる大動脈...
❏スポーツ心臓の心肥大と心臓病の心肥大の成立機構の差違に関する分子生物学的研究(15650130)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】宮内 卓 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 教授 (60222329)
【キーワード】心臓 / 運動トレーニング / マイクロアレイ / スポーツ心臓 / 病的肥大心 (他14件)
【概要】本研究プロジェクトは、心臓の特性が異なる生理的肥大心と病的肥大心の成立機序の違いを分子レベルで解明することを目指している。本年度は、運動トレーニングによる生理的肥大心の適応機序における関連遺伝子のプロファイリングを行うため、3,800遺伝子の発現を定量的に評価することができるマイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行った。4週齢の雄SDラットにトレッドミルによる走トレーニング(30m/min,60...
【医歯薬学】社会医学：心臓 ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動トレーニングと大動脈における遺伝子プロファイリング-トレーニングによる大動脈伸展性増大における分子メカニズムの解明-(16500391)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】前田 清司 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 講師 (30282346)
【キーワード】大動脈 / 運動トレーニング / mRNA / 血管拡張・収縮因子 / 大動脈伸展性 (他11件)
【概要】有酸素性運動トレーニングは、大動脈などの中心動脈の伸展性を増大させるが、このトレーニングによる中心動脈の適応がどのようなメカニズムで引き起こされているかは不明である。そこで我々は、運動トレーニングによる大動脈伸展性増大のメカニズムを分子レベルで解明することを計画し、トレーニングによる大動脈伸展性の増大にどのような遺伝子が関与しているのかを検討することを目的とした。まず、運動トレーニングによる大動脈...
❏スポーツ心臓の心肥大と心臓病の心肥大の成立機構の差違に関する分子生物学的研究(15650130)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】宮内 卓 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 教授 (60222329)
【キーワード】心臓 / 運動トレーニング / マイクロアレイ / スポーツ心臓 / 病的肥大心 (他14件)
【概要】本研究プロジェクトは、心臓の特性が異なる生理的肥大心と病的肥大心の成立機序の違いを分子レベルで解明することを目指している。本年度は、運動トレーニングによる生理的肥大心の適応機序における関連遺伝子のプロファイリングを行うため、3,800遺伝子の発現を定量的に評価することができるマイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行った。4週齢の雄SDラットにトレッドミルによる走トレーニング(30m/min,60...
【医歯薬学】社会医学：生体生命情報学 ／マイクロアレイを含む研究件
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏高次元小標本におけるデータ解析の数理統計学的基礎とその応用(18300092)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2009
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (90246679)
【キーワード】多変量解析 / 機械学習 / パターン認識 / モデル選択 / ノイズ (他33件)
【概要】高次元小標本における高次元漸近理論を、非正規の一般的な設定のもとで構築した。高次元小標本データ特有の幾何学的な構造を発見した。従来型のPCAが高次元小標本で不一致性を引き起こすことを証明した。クロスデータ行列法とノイズ掃き出し法を提唱し、次元推定・固有値・漸近分布・固有ベクトル・主成分スコアの推定に、一致性をもつ解を与えた。クラスター分析と判別分析への応用を考え、前立腺がんのマイクロアレイデータの...
【医歯薬学】社会医学：骨格筋 ／マイクロアレイを含む研究件
❏若齢期における食育および体育のレガシー効果と肥満および運動記憶因子の探索(24650449)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】木村 真規 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (40383666)
【キーワード】レガシー効果 / 運動 / 高脂肪食 / 網羅的遺伝子発現 / 脂肪 (他14件)
【概要】本研究では若齢期の食および運動習慣が成熟期の骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現に及ぼすレガシー(遺産，長期的)効果について，マウスを用いた検討を行った． 本研究の結果から，若齢期の高脂肪食摂取や自発走運動の経験は，たとえ成熟期に同様の食・生活環境および体重であっても，骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現にレガシー効果を生じる可能性が示唆された．また一部の遺伝子発現においては，自発走運動経験によるレガ...
❏サルコペニアの部位差に関わる分子基盤の解明(24650342)
【研究テーマ】リハビリテーション科学・福祉工学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】田中 信帆 独立行政法人国立病院機構(相模原病院臨床研究センター), 政策医療企画部, 研究員 (60530920)
【キーワード】サルコペニア / 加齢 / 部位 / 分子基盤 / マイクロアレイ (他9件)
【概要】部位特異的筋委縮に関わる遺伝子をcDNAマイクロアレイで解析を行った。高齢群と若年群の大腿四頭筋とハムストリングスの筋組織を解析し、高齢群の増加する遺伝子をそれぞれの筋で絞り込んだ。さらにその中からハムストリングと比べて大腿四頭筋で発現率の大きい遺伝子を調べ、大腿四頭筋で大きく増加した遺伝子20個を同定した。パスウェイ解析では10個のパスウェイが大腿四頭筋で同定された。 ...
【医歯薬学】社会医学：DNAチップ ／マイクロアレイを含む研究件
❏性決定およびその病態の分子機構(13670165)
【研究テーマ】人体病理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】仙波 憲太郎 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (70206663)
【キーワード】性 / SRY / WT1 / マイクロアレイ / DNAチップ (他6件)
【概要】我々は哺乳類の性決定とその病態の分子機構の研究を進めている。最近、この分子機構を制御する転写因子群が明らかにされつつあり、それらの蛋白質間の相互作用の解明が重要なテーマとなっている。我々はこれまで精巣の分化を誘導することが知られていた転写因子SRYが、がん抑制遺伝子産物として知られるWT1と協調的に機能することを示唆する以下のような結果を得た。 1)WT1はin vitroおよびin vivoにお...
❏遺伝子操作と新規薬剤を用いたエストロゲン受容体機能制御による血管障害治療法の開発(13557062)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】大内 尉義 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80168864)
【キーワード】エストロゲン受容体 / 血管平滑筋細胞 / アデノウィルスベクター / DNAチップ / 動脈硬化 (他13件)
【概要】本研究は、エストロゲン受容体(ER)サブタイプの観点を中心に、エストロゲンならびに選択的エストロゲン受容体調整薬(SERM)の抗動脈硬化作用を解明し、動脈硬化の新しい治療法開発へ応用することである。この3年間で以下の8つの成果をあげた。(1)低用量エストロゲンでもラット頚動脈バルン傷害による新生内膜肥厚は抑制され、その効果はアンジオテンシンIIタイプI受容体拮抗薬であるカンデサルタンとほぼ同等であ...
【医歯薬学】社会医学：SNP ／マイクロアレイを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】歯学：エビゲノム ／マイクロアレイを含む研究件
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏消化器癌の網羅的DNAメチル化解析による癌症例層別化(22390255)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】金田 篤志 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
【キーワード】小腸大腸肛門外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ (他7件)
【概要】胃癌は網羅的DNAメチル化解析により3群のエピジェノタイプに分類され、EBウィルス感染実験によりEBウィルス感染そのものが超高メチル化群の原因であることを証明した。大腸癌前癌病変を解析し、癌で認めたDNAメチル化エピジェノタイプは腺腫の段階ですでに完成しており、1%を占める鋸歯状腺腫がBRAF変異と強く相関する高メチル化群の前癌病変であり、99%を占める非鋸歯状腺腫がKRAS変異と強く相関する中メ...
❏消化器癌におけるタイリングアレイを用いた高解像度エピゲノム解析(19390345)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】金田 篤志 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
【キーワード】胃十二指腸外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ (他6件)
【概要】タイリングアレイを用いたDNAメチル化網羅的解析および質量分析機MassARRAYを用いたメチル化定量解析により、大腸癌では3つの異なるエピジェノタイプを同定し、肝癌ではC型肝炎ウィルス陽性肝癌に特異的にメチル化される遺伝子を同定した。 ...
【医歯薬学】歯学：変形性関節症 ／マイクロアレイを含む研究件
❏関節軟骨細胞の分化制御機構の解明(24390348)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】小野 貴司 東京大学, 医学部附属病院, 届出診療医 (00506248)
【キーワード】関節軟骨 / 変形性関節症 / FGF18 / レーザーマイクロダイセクション / Fgf18 (他8件)
【概要】関節軟骨で成長板軟骨に比して発現が大きい遺伝子を多数同定した。それらのうち、Fgf18は軟骨マトリクス分解酵素を阻害する作用を持つTimp1の発現を亢進させ、関節軟骨を保護する事を見出した。 また、凍結切片からlaser microdissection(LMD)により関節軟骨の微小領域のサンプリングを行い、次世代シークエンサーを用いて遺伝子発現解析を行う一連の手法を確立した。関節軟骨は数層から成る...
❏多数例のヒト組織の解析による変形性関節症の進行促進因子の特定(20390410)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】福井 尚志 独立行政法人国立病院機構(相模原病院臨床研究センター), 病態総合研究室, 部長 (10251258)
【キーワード】変形性関節症 / 軟骨変性因子 / マイクロアレイ / 関節液 / 滑膜 (他7件)
【概要】大きな個体差を考慮して多数例のヒト膝OAの症例から関節液、軟骨、滑膜組織を採取して種々の遺伝子発現およびタンパク解析を行い、ヒトのOA組織、関節液に関してのデータベースを構築することができた。このデータベースを活用することでOAで生じる滑膜の病変の成立機序の一因と思われるものを見出すことができた。この機序が実際のOAの病態にどの程度関与しているかを明らかにすることが今後の課題と思われる。 ...
【医歯薬学】歯学：関節軟骨 ／マイクロアレイを含む研究件
❏関節軟骨細胞の分化制御機構の解明(24390348)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】小野 貴司 東京大学, 医学部附属病院, 届出診療医 (00506248)
【キーワード】関節軟骨 / 変形性関節症 / FGF18 / レーザーマイクロダイセクション / Fgf18 (他8件)
【概要】関節軟骨で成長板軟骨に比して発現が大きい遺伝子を多数同定した。それらのうち、Fgf18は軟骨マトリクス分解酵素を阻害する作用を持つTimp1の発現を亢進させ、関節軟骨を保護する事を見出した。 また、凍結切片からlaser microdissection(LMD)により関節軟骨の微小領域のサンプリングを行い、次世代シークエンサーを用いて遺伝子発現解析を行う一連の手法を確立した。関節軟骨は数層から成る...
❏多数例のヒト組織の解析による変形性関節症の進行促進因子の特定(20390410)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】福井 尚志 独立行政法人国立病院機構(相模原病院臨床研究センター), 病態総合研究室, 部長 (10251258)
【キーワード】変形性関節症 / 軟骨変性因子 / マイクロアレイ / 関節液 / 滑膜 (他7件)
【概要】大きな個体差を考慮して多数例のヒト膝OAの症例から関節液、軟骨、滑膜組織を採取して種々の遺伝子発現およびタンパク解析を行い、ヒトのOA組織、関節液に関してのデータベースを構築することができた。このデータベースを活用することでOAで生じる滑膜の病変の成立機序の一因と思われるものを見出すことができた。この機序が実際のOAの病態にどの程度関与しているかを明らかにすることが今後の課題と思われる。 ...
【医歯薬学】歯学：バイオインフォマテイクス ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロアレイ解析の再現性・感度・特異度を飛躍的に向上させるデータ解析手法の開発(21710208)
【研究テーマ】ゲノム情報科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】門田 幸二 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
【キーワード】バイオインフォマティクス / マイクロアレイ / 遺伝子発現
【概要】実験によって得られたマイクロアレイデータから比較する二群間で発現変動遺伝子(DEG)を効率的に検出するためには、(1)正規化と(2)検出法の組合せが重要であることを明らかにした。また、研究代表者らが開発したDEG検出法であるWAD法を取り入れることが感度・特異度だけでなく再現性の観点からも重要であることを示した。 ...
❏全生物種のトランスクリプトーム解析を加速するHiCEPデータ高速解析手法の開発(19700273)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】門田 幸二 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教 (60392221)
【キーワード】バイオインフォマティクス / AFLP / HiCEP / マイクロアレイ
【概要】HiCEP法は、マイクロアレイなど他の技術では不可能であった未知遺伝子を含む転写物の網羅的単離およびプロファイリングが全ての生物で可能な唯一の実験技術であるが、一次元電気泳動(1-DE)パターン比較に基づく発現プロファイル解析法であるため、データ解析に多くの手間と時間がかかっていた。本研究課題によって開発された手法の適用により、データ解析の大部分において自動化が達成できた。 ...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
【医歯薬学】歯学：発がん ／マイクロアレイを含む研究件
❏炎症粘膜を背景とした発癌メカニズムの統合的解析(16H02672)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016 - 2017
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】炎症性腸疾患 / 発がん / 遺伝子変異 / 大腸癌 / 発癌 (他7件)
【概要】潰瘍性大腸炎およびクローン病に代表される炎症性腸疾患は原因不明の難治疾患であり, 本邦の罹患患者数は上昇の一途をたどっている. 炎症性腸疾患の臨床面における課題として, 急性期の炎症コントロールに加えて, 長期罹患症例における発癌リスクが挙げられる. 近年のシーケンス技術の進歩に伴い, 炎症性腸疾患関連癌は通常型大腸癌と全く異なる遺伝子変異プロファイルを呈することが明らかとなってきた一方で, ヒト...
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
【医歯薬学】歯学：再生医学 ／マイクロアレイを含む研究件
❏成体幹細胞システムを標的にした雌性生殖器官疾患の病因解明とその制御(20249067)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】吉村 泰典 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (10129736)
【キーワード】再生医学 / 移植・再生医療 / 応用動物 / 細胞・組織 / マイクロアレイ (他6件)
【概要】ヒト雌性生殖器官における幹細胞の生理的・病理的意義と役割を明らかにするとともに、幹細胞を標的にした疾患制御法の開発を目指すことが本研究の目的である。研究成果としては、子宮筋の幹細胞を分離・同定するための新しい方法を開発するとともに、妊娠子宮のリモデリングに子宮筋幹細胞が重要な役割を果たすことを明らかにした。一方、子宮内膜の幹細胞の分離・同定とその解析を通じて、内膜幹細胞が子宮内膜の再生に加えて子宮...
❏脊椎動物の脳の部域化決定における分子メカニズムの解析(19570217)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】道上 達男 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 准教授 (10282724)
【キーワード】形態形成 / 発生・分化 / 脳・神経 / 再生医学 / マイクロアレイ
【概要】脊椎動物の初期胚は、受精後様々な細胞内シグナリングの作用による体軸形成・三胚葉分化を経て胚の基本的なボディパターンが規定される。これまで、Wnt、FGF、RA などのシグナリングの前後軸に沿った仮想的濃度勾配が脳や脊髄の部域を規定していることが示されてきたが、本課題では、特にどのような遺伝子の関与が脳、特に脳の部域既定に必要であるかを明らかにするため、以下の3点について解析を行った。(1)既存の脳...
【医歯薬学】歯学：移植・再生医療 ／マイクロアレイを含む研究件
❏成体幹細胞システムを標的にした雌性生殖器官疾患の病因解明とその制御(20249067)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】吉村 泰典 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (10129736)
【キーワード】再生医学 / 移植・再生医療 / 応用動物 / 細胞・組織 / マイクロアレイ (他6件)
【概要】ヒト雌性生殖器官における幹細胞の生理的・病理的意義と役割を明らかにするとともに、幹細胞を標的にした疾患制御法の開発を目指すことが本研究の目的である。研究成果としては、子宮筋の幹細胞を分離・同定するための新しい方法を開発するとともに、妊娠子宮のリモデリングに子宮筋幹細胞が重要な役割を果たすことを明らかにした。一方、子宮内膜の幹細胞の分離・同定とその解析を通じて、内膜幹細胞が子宮内膜の再生に加えて子宮...
❏加齢黄斑変性に対する新規治療法の開発-ナノテクノロジーによる創薬および黄斑再生-(18390465)
【研究テーマ】眼科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】玉置 泰裕 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (20217178)
【キーワード】加齢黄斑変性 / 光線力学療法 / 高分子ミセル / 脈絡膜新生血管 / VEGFR2 (他12件)
【概要】脈絡膜新生血管(CNV)により惹起され、急激な中心視力の低下を来す加齢黄斑変性は、欧米では中途失明原因の第一位を占め、本邦においてもその患者数が急増している。本研究では加齢黄斑変性の新規治療法の確立を目的として、以下の検討を行った。 まず、高分子ミセルを用いた光線力学療法(PDT)のサルに対する安全性を評価する目的で、サルに臨床使用されているベルテポルフィンおよび高分子ミセルを用いたPDTを行い、...
【医歯薬学】歯学：オルガノイド ／マイクロアレイを含む研究件
❏炎症粘膜を背景とした発癌メカニズムの統合的解析(16H02672)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016 - 2017
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】炎症性腸疾患 / 発がん / 遺伝子変異 / 大腸癌 / 発癌 (他7件)
【概要】潰瘍性大腸炎およびクローン病に代表される炎症性腸疾患は原因不明の難治疾患であり, 本邦の罹患患者数は上昇の一途をたどっている. 炎症性腸疾患の臨床面における課題として, 急性期の炎症コントロールに加えて, 長期罹患症例における発癌リスクが挙げられる. 近年のシーケンス技術の進歩に伴い, 炎症性腸疾患関連癌は通常型大腸癌と全く異なる遺伝子変異プロファイルを呈することが明らかとなってきた一方で, ヒト...
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
【医歯薬学】薬学：再生医療 ／マイクロアレイを含む研究件
❏レーザーマイクロダイセクションを用いたマウス胎仔皮膚再生の分子機構の解明(25293363)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (40224919)
【キーワード】皮膚 / 再生 / 胎仔 / 創傷 / 再生医療 (他7件)
【概要】哺乳類の胎仔の皮膚に実験的に傷をつけても、胎生期のある時期までは傷は素早く、そして瘢痕を残すことなく治癒し、皮膚は完全に元通りに再生する。われわれは、胎生13日までのマウス胎仔の皮膚に創傷を作成しても完全に再生するが、胎生14日以降の胎仔は再生せず傷跡を残すことを発見した。これをもとに、組織切片からレーザーマイクロダイセクションを用いて、胎生１３日と１５日の創傷部の表皮、真皮別にRNAを採取して、...
❏関節軟骨細胞の分化制御機構の解明(24390348)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】小野 貴司 東京大学, 医学部附属病院, 届出診療医 (00506248)
【キーワード】関節軟骨 / 変形性関節症 / FGF18 / レーザーマイクロダイセクション / Fgf18 (他8件)
【概要】関節軟骨で成長板軟骨に比して発現が大きい遺伝子を多数同定した。それらのうち、Fgf18は軟骨マトリクス分解酵素を阻害する作用を持つTimp1の発現を亢進させ、関節軟骨を保護する事を見出した。 また、凍結切片からlaser microdissection(LMD)により関節軟骨の微小領域のサンプリングを行い、次世代シークエンサーを用いて遺伝子発現解析を行う一連の手法を確立した。関節軟骨は数層から成る...
❏マイクロデバイスを用いた細胞融合に基づく細胞機能制御に関する研究(23241041)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鷲津 正夫 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10201162)
【キーワード】ナノ・マイクロ科学 / 細胞融合 / 初期化 / 再生医療 / 静電気 (他13件)
【概要】マイクロオリフィスが作る電界集中を用いた高収率電気細胞融合法を確立した。それを用い，ES細胞と体細胞の融合を行ったところ，融合後5日程度で，付着平坦化/球状化を繰り返す不安定な挙動を示し，1週間程度で，初期化された細胞に特徴的な細胞塊を形成するのが観察された。また，これと同じサンプルではないが，融合産物から初期化を示すレポータの発行が観察された。同様の装置でB細胞とミエローマ細胞の融合を行ったとこ...
【医歯薬学】薬学：細胞・組織 ／マイクロアレイを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏肝臓・消化管オートファジーの栄養素センシング／シグナリング機構(23380074)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】オートファジー / アミノ酸 / 肝細胞 / LC3 / アルギニン (他12件)
【概要】細胞内成分を大規模に分解し、再構成に関与するオートファジーについて、栄養と最も関係の深い臓器である肝細胞と消化管を用いて栄養性制御とそのシグナリング機構の詳細を解析した．特にアミノ酸や食品成分での制御機構について、またオートファジーマーカーであるLC3タンパク質や関連分子群のmRNAの制御、さらには寿命遺伝子と言われるサーチュインとの関連づけを行った。 ...
❏成体幹細胞システムを標的にした雌性生殖器官疾患の病因解明とその制御(20249067)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】吉村 泰典 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (10129736)
【キーワード】再生医学 / 移植・再生医療 / 応用動物 / 細胞・組織 / マイクロアレイ (他6件)
【概要】ヒト雌性生殖器官における幹細胞の生理的・病理的意義と役割を明らかにするとともに、幹細胞を標的にした疾患制御法の開発を目指すことが本研究の目的である。研究成果としては、子宮筋の幹細胞を分離・同定するための新しい方法を開発するとともに、妊娠子宮のリモデリングに子宮筋幹細胞が重要な役割を果たすことを明らかにした。一方、子宮内膜の幹細胞の分離・同定とその解析を通じて、内膜幹細胞が子宮内膜の再生に加えて子宮...
【医歯薬学】薬学：発生・分化 ／マイクロアレイを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏DNAメチル化、ヒドロキシメチル化のラット正常腎、母体低栄養腎における役割の解明(17K10152)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】粟津 緑 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師(非常勤) (20129315)
【キーワード】腎発生 / 母体低栄養 / エピジェネティクス / DNAヒドロキシメチル化 / 酸化ストレス (他12件)
【概要】母体低栄養ラット後腎における全般的DNAヒドロキシメチル化（5hmC化）およびTet酵素（Tet1、2、３）は増加していた。またTetを介し5hmC化を促進するビタミンCとTet阻害薬dimethyloxallyl glycineは共に尿管芽分岐を抑制した。さらに母体低栄養腎で5hmC化が増加している遺伝子としてSod3を同定した。Sod3のmRNA発現は母体低栄養で減少していた。Sod3は慢性腎...
❏胎生期における肺血管の発生機構の分子生物学的解明と新規肺血管特異的新生因子の探索(23591583)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】内田 敬子 慶應義塾大学, 医学部, 共同研究員 (50286522)
【キーワード】肺血管 / 発生 / 肺高血圧 / 発生・分化 / マイクロアレイ (他7件)
【概要】胎児期において正常な肺血管を構築する血管内皮細胞由来の新規肺血管新生因子を探索することを目的に、肺血管内皮細胞を用いたマイクロアレイ解析を実施した。発生に伴い発現量が大きく変化するTbx4とSca-1に着目し、肺組織における発現様式を定量PCR法やin situ hybridization法によって観察し、さらに、肺間葉系細胞初代培養を用いて血管新生能に対するTbx4の役割をin vitroで解析...
【医歯薬学】薬学：ES細胞 ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロデバイスを用いた細胞融合に基づく細胞機能制御に関する研究(23241041)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鷲津 正夫 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10201162)
【キーワード】ナノ・マイクロ科学 / 細胞融合 / 初期化 / 再生医療 / 静電気 (他13件)
【概要】マイクロオリフィスが作る電界集中を用いた高収率電気細胞融合法を確立した。それを用い，ES細胞と体細胞の融合を行ったところ，融合後5日程度で，付着平坦化/球状化を繰り返す不安定な挙動を示し，1週間程度で，初期化された細胞に特徴的な細胞塊を形成するのが観察された。また，これと同じサンプルではないが，融合産物から初期化を示すレポータの発行が観察された。同様の装置でB細胞とミエローマ細胞の融合を行ったとこ...
❏多能性幹細胞由来血管前駆細胞の骨髄移植による戦略的血管再生療法の開発(21790757)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】山原 研一 独立行政法人国立循環器病研究センター, 再生医療部, 室長 (50450888)
【キーワード】ES細胞 / マイクロRNA(miRNA) / 血管内皮細胞 / 血管平滑筋細胞 / 血管前駆細胞 (他8件)
【概要】骨髄由来血管前駆細胞の代替としての、ES細胞由来血管前駆細胞の血管再生細胞ソースとしての有用性に関し検討を行った。我々の方法で誘導されたES細胞由来血管平滑筋細胞はその分化が不充分であり、マイクロRNA(miRNA)-145導入により、より分化した平滑筋細胞となった。また、我々のES細胞由来血管平滑筋細胞は、継代初期は抗老化性を示すものの、比較的早期の継代で細胞老化を起こすことが明らかとなり、ES...
【医歯薬学】薬学：マウス ／マイクロアレイを含む研究件
❏卵子の加齢メカニズムの解明～生殖補助医療の向上を目指して～(23592415)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】山田 朝子 (福永 朝子) 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (60464955)
【キーワード】排卵後加齢 / マウス / 酸素呼吸能 / マイクロアレイ / ミトコンドリア (他8件)
【概要】本邦では女性の晩婚化に伴い、卵子の加齢による質的低下が不妊治療の重要な課題となっており、卵子の加齢に伴う変化の解明は必要不可欠である。さらに、卵子は排卵後受精しない時間が長く経過すると発生能が低下し、質的な低下が起こることが知られている（排卵後加齢）。しかし排卵後加齢の背景にある分子生物学的メカニズムはいまだ不明な点が多い。そこで本研究では、排卵後加齢卵子における質的な低下を引き起こす因子を明らか...
❏βアミロイド沈着と脳老化の比較生物学的研究(17380185)
【研究テーマ】臨床獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】中山 裕之 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40155891)
【キーワード】イヌ / ネコ / マイクロアレイ / ネプリライシン / βアミロイド (他16件)
【概要】エラー!ヒトの神経系関連遺伝子マイクロアレイを用いて犬の脳における遺伝子発現を網羅的に調べた。老齢犬で発現量が増加した遺伝子にGFAP、CNPase、p35などが、発現減少または無変化であったものにはAPP、Tauがあった。 イヌとネコの脳についてNeprilysin(Nep)の発現と活性、β-Amyloid(Aβ)沈着を検索した。イヌ・ネコともに、Nepは大脳皮質では弱い発現が、線条体・黒質では...
❏自己免疫性関節炎発症におけるサイトカイン機能の解析(17390140)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】岩倉 洋一郎 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10089120)
【キーワード】自己免疫 / サイトカイン / 関節リウマチ / 疾患モデル動物 / 樹状細胞 (他14件)
【概要】我々はHTLV-I TgマウスとIL-1Ra KOマウスの2種類の関節リウマチモデルを独自に開発し、その発症構の解析を行って来た。マイクロアレイによる発症関連遺伝子の網羅的解析の結果、樹状細胞やマクロファージで発現するC型レクチンファミリーに属する遺伝子が2種類のモデルマウスの関節局所で発現亢進していることを見いだした。本研究ではそれらのC型レクチンのノックアウト(KO)マウスを作製し、これらの遺...
【医歯薬学】薬学：神経回路 ／マイクロアレイを含む研究件
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏神経結合の特異性はどのように決まるのか?-単一細胞ジーンチップによるアプローチ-(16300097)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (30260037)
【キーワード】ショウジョウバエ / 軸索誘導 / 標的認識 / マイクロアレイ / シナプス (他12件)
【概要】神経細胞の標的特異性がどのようにしてコードされているのかは、神経科学における未解決問題のひとつである。我々はこの問題の総括的理解をめざし、異なる運動神経細胞によりそれぞれ支配されているショウジョウバエの隣り合った2つの筋肉、筋肉12及び筋肉13間で発現に差異のある遺伝子を、単一細胞レベルでのDNAマイクロアレイにより同定した。同定した候補分子のなかには、標的認識過程に直接関与する可能性のある膜局在...
【医歯薬学】薬学：ミトコンドリア ／マイクロアレイを含む研究件
❏老人性難聴の発症に影響する遺伝子群および遺伝外因子の解析(23390393)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60251302)
【キーワード】.老化 / 蝸牛 / ミトコンドリア / 酸化ストレス / 老化 (他8件)
【概要】数種の遺伝子改変マウスを用いて特に酸化ストレスと老化による蝸牛の変性・老人性難聴の進行について解析した。スーパーオキシドディスムターゼ (SOD) は細胞内に発生したスーパーオキシドアニオン（活性酸素）を分解する酵素である。MnSODのヘテロマウスでは蝸牛内の老化に伴う酸化ストレスは増悪するが、15カ月齢まで血管条、有毛細胞、ラセン神経節細胞の変性や難聴の加速は見られなかった。Glutathion...
❏卵子の加齢メカニズムの解明～生殖補助医療の向上を目指して～(23592415)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】山田 朝子 (福永 朝子) 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (60464955)
【キーワード】排卵後加齢 / マウス / 酸素呼吸能 / マイクロアレイ / ミトコンドリア (他8件)
【概要】本邦では女性の晩婚化に伴い、卵子の加齢による質的低下が不妊治療の重要な課題となっており、卵子の加齢に伴う変化の解明は必要不可欠である。さらに、卵子は排卵後受精しない時間が長く経過すると発生能が低下し、質的な低下が起こることが知られている（排卵後加齢）。しかし排卵後加齢の背景にある分子生物学的メカニズムはいまだ不明な点が多い。そこで本研究では、排卵後加齢卵子における質的な低下を引き起こす因子を明らか...
【医歯薬学】薬学：メチル化 ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
❏胎児期の栄養が生活習慣病を誘導する機構に関するエピジェノムおよび統合オミクス解析(24380066)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 教授 (40211164)
【キーワード】タンパク質栄養 / エピジェネティクス / 高血圧 / 胎児期 / メチル化 (他7件)
【概要】胎児期の母親の栄養の悪化により、子の成長後の生活習慣病のリスクが上昇することが知られている。研究代表者らは、高血圧モデルラットSHRSPにおいて、胎児期低タンパク質曝露が成長後の遺伝子発現に及ぼす影響を明らかにしてきた。本研究では、出生前後の腎臓での遺伝子発現変化を網羅的に調べたところ、細胞外マトリクスやアポトーシスに関わる遺伝子の変化が顕著であった。またこうした遺伝子の発現変化はDNAのメチル化...
❏癌における転写ネットワーク変異の体系的解明(16101006)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】油谷 浩幸 東大, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / 転写 / コピー数多型 / タイリングアレイ / DNAメチル化 (他16件)
【概要】癌における転写調節異常の体系的解明を行うために、SNPアレイ、タイリングアレイなどのゲノム解析技術を応用した。 1) ゲノムコピー数解析 SNPタイピングアレイを応用してアレル別にコピー数を測定する手法Genome Imbalance Mapを開発した(Ishikawa, 2005)。ヘテロ接合性の消失(LOH)や片親性ダイソミー(UPD)を判定するために有効であり、1アレル分のシグナル差を検出で...
【医歯薬学】薬学：大腸菌 ／マイクロアレイを含む研究件
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
【医歯薬学】薬学：再生 ／マイクロアレイを含む研究件
❏レーザーマイクロダイセクションを用いたマウス胎仔皮膚再生の分子機構の解明(25293363)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (40224919)
【キーワード】皮膚 / 再生 / 胎仔 / 創傷 / 再生医療 (他7件)
【概要】哺乳類の胎仔の皮膚に実験的に傷をつけても、胎生期のある時期までは傷は素早く、そして瘢痕を残すことなく治癒し、皮膚は完全に元通りに再生する。われわれは、胎生13日までのマウス胎仔の皮膚に創傷を作成しても完全に再生するが、胎生14日以降の胎仔は再生せず傷跡を残すことを発見した。これをもとに、組織切片からレーザーマイクロダイセクションを用いて、胎生１３日と１５日の創傷部の表皮、真皮別にRNAを採取して、...
❏マウス胎仔皮膚再生モデルを用いた、皮膚再生遺伝子群の機能解析(17390477)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (40224919)
【キーワード】創傷治癒 / 皮膚 / 再生 / 胎仔 / 発生・分化 (他8件)
【概要】皮膚が再生する時期と再生しなくなる時期のマウス胎仔皮膚から、マイクロアレイにより得ることができた、皮膚を再生させる候補遺伝子をin vitro及びin vivoで胎仔皮膚創傷面から消失させることで、これら候補遺伝子の皮溝、皮丘、真皮の癒痕の形成与える影響につき検討した。siRNAを用いた機能解析のスクリーニングのため、マウス胎仔皮膚を用いたin vitroのスクリーニングモデルを開発した。Gene...
【医歯薬学】薬学：幹細胞 ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
❏成体幹細胞システムを標的にした雌性生殖器官疾患の病因解明とその制御(20249067)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】吉村 泰典 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (10129736)
【キーワード】再生医学 / 移植・再生医療 / 応用動物 / 細胞・組織 / マイクロアレイ (他6件)
【概要】ヒト雌性生殖器官における幹細胞の生理的・病理的意義と役割を明らかにするとともに、幹細胞を標的にした疾患制御法の開発を目指すことが本研究の目的である。研究成果としては、子宮筋の幹細胞を分離・同定するための新しい方法を開発するとともに、妊娠子宮のリモデリングに子宮筋幹細胞が重要な役割を果たすことを明らかにした。一方、子宮内膜の幹細胞の分離・同定とその解析を通じて、内膜幹細胞が子宮内膜の再生に加えて子宮...
【医歯薬学】薬学：大腸がん ／マイクロアレイを含む研究件
❏炎症粘膜を背景とした発癌メカニズムの統合的解析(16H02672)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016 - 2017
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】炎症性腸疾患 / 発がん / 遺伝子変異 / 大腸癌 / 発癌 (他7件)
【概要】潰瘍性大腸炎およびクローン病に代表される炎症性腸疾患は原因不明の難治疾患であり, 本邦の罹患患者数は上昇の一途をたどっている. 炎症性腸疾患の臨床面における課題として, 急性期の炎症コントロールに加えて, 長期罹患症例における発癌リスクが挙げられる. 近年のシーケンス技術の進歩に伴い, 炎症性腸疾患関連癌は通常型大腸癌と全く異なる遺伝子変異プロファイルを呈することが明らかとなってきた一方で, ヒト...
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】薬学：増感剤 ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【医歯薬学】薬学：光線力学療法 ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
【医歯薬学】薬学：エストロゲン受容体 ／マイクロアレイを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏遺伝子操作と新規薬剤を用いたエストロゲン受容体機能制御による血管障害治療法の開発(13557062)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】大内 尉義 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80168864)
【キーワード】エストロゲン受容体 / 血管平滑筋細胞 / アデノウィルスベクター / DNAチップ / 動脈硬化 (他13件)
【概要】本研究は、エストロゲン受容体(ER)サブタイプの観点を中心に、エストロゲンならびに選択的エストロゲン受容体調整薬(SERM)の抗動脈硬化作用を解明し、動脈硬化の新しい治療法開発へ応用することである。この3年間で以下の8つの成果をあげた。(1)低用量エストロゲンでもラット頚動脈バルン傷害による新生内膜肥厚は抑制され、その効果はアンジオテンシンIIタイプI受容体拮抗薬であるカンデサルタンとほぼ同等であ...
【医歯薬学】薬学：受容体 ／マイクロアレイを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏食餌中必須アミノ酸欠乏への応答における脳神経系・内分泌系の相互作用の解析(13876030)
【研究テーマ】食品科学・製品科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (40211164)
【キーワード】アミノ酸 / 摂食 / メチオニン / レセプター / グレリン (他10件)
【概要】必須アミノ酸欠乏食に応答した摂食低下の機構について検討を進め、メチオニン欠乏食摂取は胃等から分泌される摂食促進物質グレリンに対して応答できない状況を生じさせることを示唆する結果を前年度得ている。これをさらに確認するため、いくつかの異なった条件において、解析を行った。グレリンはラット脳室内に直接投与した。予めメチオニン欠乏食を与えておいたラットにグレリンを投与した場合と同様に、絶食させたラットにグレ...
【医歯薬学】薬学：アミノ酸 ／マイクロアレイを含む研究件
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
❏肝臓・消化管オートファジーの栄養素センシング／シグナリング機構(23380074)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】オートファジー / アミノ酸 / 肝細胞 / LC3 / アルギニン (他12件)
【概要】細胞内成分を大規模に分解し、再構成に関与するオートファジーについて、栄養と最も関係の深い臓器である肝細胞と消化管を用いて栄養性制御とそのシグナリング機構の詳細を解析した．特にアミノ酸や食品成分での制御機構について、またオートファジーマーカーであるLC3タンパク質や関連分子群のmRNAの制御、さらには寿命遺伝子と言われるサーチュインとの関連づけを行った。 ...
❏次世代型生体調節因子としてのアミノ酸の新規機能性の探索と有効性の検証(20248014)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】アミノ酸 / マイクロアレイ / 発現制御 / 栄養学 / シグナル伝達 (他6件)
【概要】アミノ酸のシグナル伝達と細胞応答に関する共同研究が、主にトランスクリプトミクスによる網羅的解析を用いて実施された。その結果、栄養素としてではない、情報分子としてのアミノ酸の機能性が、タンパク質合成と分解に関与する遺伝子発現とオートファジーの制御、糖代謝と脂質代謝の制御、神経組織におけるセリン有効性の情報伝達に関連して解析され、多様なアミノ酸の複雑な情報ネットワーク構造の一端が明らかになった。 ...
【医歯薬学】薬学：ショウジョウバエ ／マイクロアレイを含む研究件
❏ショウジョウバエ中枢神経系形成を制御するシグナルネットワーク(21370096)
【研究テーマ】発生生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】多羽田 哲也 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (10183865)
【キーワード】ショウジョウバエ / 視覚中枢 / 嗅覚中枢 / キノコ体 / EGF (他21件)
【概要】ショウジョウバエの脳をモデルとして、中枢神経の形成機構を研究した。視覚中枢のラミナ神経節およびメダラ神経節は同じ神経表皮に由来するものの全く異なったメカニズムで分化増殖することを明らかにした、また嗅覚中枢のキノコ体の形成には、平面細胞極性およびアクチン再構成に関わる遺伝子群が機能すること、さらに機能スクリーニングにより、機能未知の遺伝子の働きが必要であることを明らかにした。 ...
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏神経結合の特異性はどのように決まるのか?-単一細胞ジーンチップによるアプローチ-(16300097)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (30260037)
【キーワード】ショウジョウバエ / 軸索誘導 / 標的認識 / マイクロアレイ / シナプス (他12件)
【概要】神経細胞の標的特異性がどのようにしてコードされているのかは、神経科学における未解決問題のひとつである。我々はこの問題の総括的理解をめざし、異なる運動神経細胞によりそれぞれ支配されているショウジョウバエの隣り合った2つの筋肉、筋肉12及び筋肉13間で発現に差異のある遺伝子を、単一細胞レベルでのDNAマイクロアレイにより同定した。同定した候補分子のなかには、標的認識過程に直接関与する可能性のある膜局在...
【医歯薬学】薬学：エストロゲン ／マイクロアレイを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏遺伝子操作と新規薬剤を用いたエストロゲン受容体機能制御による血管障害治療法の開発(13557062)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】大内 尉義 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80168864)
【キーワード】エストロゲン受容体 / 血管平滑筋細胞 / アデノウィルスベクター / DNAチップ / 動脈硬化 (他13件)
【概要】本研究は、エストロゲン受容体(ER)サブタイプの観点を中心に、エストロゲンならびに選択的エストロゲン受容体調整薬(SERM)の抗動脈硬化作用を解明し、動脈硬化の新しい治療法開発へ応用することである。この3年間で以下の8つの成果をあげた。(1)低用量エストロゲンでもラット頚動脈バルン傷害による新生内膜肥厚は抑制され、その効果はアンジオテンシンIIタイプI受容体拮抗薬であるカンデサルタンとほぼ同等であ...
【医歯薬学】薬学：血管新生 ／マイクロアレイを含む研究件
❏胎生期における肺血管の発生機構の分子生物学的解明と新規肺血管特異的新生因子の探索(23591583)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】内田 敬子 慶應義塾大学, 医学部, 共同研究員 (50286522)
【キーワード】肺血管 / 発生 / 肺高血圧 / 発生・分化 / マイクロアレイ (他7件)
【概要】胎児期において正常な肺血管を構築する血管内皮細胞由来の新規肺血管新生因子を探索することを目的に、肺血管内皮細胞を用いたマイクロアレイ解析を実施した。発生に伴い発現量が大きく変化するTbx4とSca-1に着目し、肺組織における発現様式を定量PCR法やin situ hybridization法によって観察し、さらに、肺間葉系細胞初代培養を用いて血管新生能に対するTbx4の役割をin vitroで解析...
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
【医歯薬学】薬学：エネルギー代謝 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の全身エネルギー代謝調節機構の解析による食品機能の新側面の解明(17H01962)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (10151094)
【キーワード】エネルギー代謝 / 脳腸相関 / 栄養学 / 食品 / 脳・神経 (他7件)
【概要】転写因子Skn-1a欠損(S-KO)マウスは、野生型(WT)マウスに比較して、摂食量（通常食および高脂肪食）に変化がないにも関わらず、体脂肪率・体重増加率の優位な低下、エネルギー消費量の優位な増加が観察された。S-KOマウスは消化管の化学受容細胞（甘・苦・旨味受容細胞、刷子細胞）が消失している。これまでに、刷子細胞に発現するX-GPCRを欠失した(X-KO)マウスにおいてもWTマウスに較べ摂食量に...
❏消化管の甘味受容細胞の特定とその細胞機能の解析(25560046)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 農学生命科学研究科, 名誉教授 (10151094)
【キーワード】味覚科学 / 消化管刷子細胞 / エネルギー代謝 / 食品 / 栄養学 (他8件)
【概要】転写因子Skn-1aは味細胞のみならず、消化管刷子細胞に発現し、その細胞分化に関わることを見いだした。刷子細胞を欠失したSkn-1a (S-KO)マウスは野生型マウスと較べ、普通食(AIN93G)あるいは高脂肪食のいずれにおいても、摂食量は同等であるにもかかわらず、有意な低体重を示した。体脂肪率の低下、OGTT時のインスリン分泌量の低下、血清ケトン体量増加などが観察され、S-KOマウスにおいて脂質...
❏魚類エネルギー代謝制御因子の網羅的解析と制御法の確立(21248027)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】潮 秀樹 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (50251682)
【キーワード】アミノ酸代謝 / 脂質代謝 / ニジマス / ゼブラフィッシュ / アディポネクチン (他10件)
【概要】魚類のエネルギー代謝制御系を網羅的に解析し,有効なエネルギー代謝制御方法の考案につなげ,科学的事実に基づいた効率的魚類養殖手法の確立を目指した.その結果,穀類糠成分のガンマオリザノールの投与が魚類の脂質および糖質代謝を亢進し,効率的な魚類養殖法として有用であるものと判断された. ...
【医歯薬学】薬学：膵がん ／マイクロアレイを含む研究件
❏膵癌における孤在性浸潤の分子機構：孤在性癌細胞に発現する分子の同定および機能解析(24790362)
【研究テーマ】人体病理学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】眞杉 洋平 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (90528598)
【キーワード】人体病理学 / 弧在性浸潤 / 上皮間葉移行 / 膵癌 / 予後 (他9件)
【概要】本研究では、膵癌細胞が組織内に単独で浸潤する特徴的病理像、弧在性浸潤に注目した。この病理像が目立つ膵癌は悪性度が高いことが知られているが、その分子メカニズムは今まで不明であった。我々は膨大な遺伝子発現情報の中から、この現象のキーとなる重要分子二つ、SMAD3とIntegrin beta 4(ITGB4)が見出した。 本研究の結果により、これらの分子の高発現はEMTと称される特徴的浸潤様式と強く関わ...
❏miRNA発現ベクター及びDNAマイクロアレイを用いたヒト膵癌新規治療標的の探索(21790694)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】泉谷 昌志 東京大学, 医学部附属病院, 特任臨床医 (90532739)
【キーワード】胆道学 / 膵臓学 / マイクロRNA / マイクロアレイ / スクリーニング (他6件)
【概要】難治性固形癌の代表である膵癌の新規治療標的を探索することを目的とし、マイクロRNA発現ウイルスベクターライブラリーならびにDNAマイクロアレイを組み合わせたマイクロRNA機能スクリーニング系を構築した。これを用いて、膵癌細胞株の増殖を制御するマイクロRNAのスクリーニングを行い、とくに増殖を抑制するマイクロRNAを5種同定した。これらマイクロRNAならびにその標的は、膵癌の新規治療標的として有望で...
【医歯薬学】薬学：ブロテオーム ／マイクロアレイを含む研究件
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
【医歯薬学】薬学：プロテオミクス ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
❏C末端ラベル化法によるタンパク質マイクロアレイの作出(13559007)
【研究テーマ】広領域
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】プロテオミクス / プロテオーム / マイクロアレイ / プロテインチップ / 蛍光ラベル (他7件)
【概要】本研究は,(1)タンパク質のC末端ラベル化,(2)タンパク質のマイクロアレイ化,(3)タンパク質間相互作用の解析という手順で行う。前年度は,これら各ステップについての基盤技術を,Fos-Junをモデルタンパク質としてほぼ確立できたので,本年度は,ラベル化およびマイクロアレイ化のハイスループット化を図るために,他のタンパク質について種類を増やして条件検討を行った. まず,ポリコーム遺伝子群の中からR...
【医歯薬学】薬学：遺伝子ネットワーク ／マイクロアレイを含む研究件
❏遺伝子ネットワークによる創薬ターゲットパスウェイのイン・シリコ探索技術(18300097)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
【キーワード】遺伝子ネットワーク / システム生物学 / シミュレーション / 遺伝子発現マイクロアレイデータ / 創薬ターゲット遺伝子 (他11件)
【概要】遺伝子ノックダウンや薬剤応答などに基づいた遺伝子発現データから大規模遺伝子ネットワークを推定する方法と統計的解析とシミュレーションによる遺伝子ネットワークの解析方法を用いて, 遺伝子ネットワークに基づく, 創薬ターゲットパスウェイを探索するためのバイオインフォマティクス技術を開発した.この技術を使って, 薬剤Fenofibrate, Gefitinib 並びに漢方薬が影響を与えるパスウェイの解析を...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏階層的統計モデルに基づく異種ゲノム情報の統合手法に関する総合研究(17200020)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2008
【研究代表者】樋口 知之 統計数理研究所, モデリング研究系, 教授 (70202273)
【キーワード】階層ベイズ / 状態空間モデル / グラフィカルモデル / ベイジアンネットワーク / マイクロアレイデータ (他13件)
【概要】一般に生物学的知識は,データベースの形に具現化されることが多い.データベースに登録された情報にも信頼度の属性を与え,つまりそれを確率変数として取り扱うことで,データベースの登録上の過誤やその情報の不確実さをモデル化し,今までのモデルをさらに階層化したベイズモデルを構成した.これにより,マイクロアレイデータからの情報抽出,既存の生物学的知識の有効活用,データベースの信頼性の検証などを統一的に可能にす...
【医歯薬学】薬学：タンパク質 ／マイクロアレイを含む研究件
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】薬学：白血病 ／マイクロアレイを含む研究件
❏高密度ゲノムアレイを用いた小児白血病の解析(17790692)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助手 (30345152)
【キーワード】ゲノムアレイ / 白血病 / MLL遺伝子再構成 / マイクロアレイ / 乳児白血病
【概要】当研究の目的は、MLL遺伝子再構成を伴う乳児急性リンパ球性白血病(以下MLL-Re-ALL)のDNAを用いて、MLL-Re-ALLゲノムの変化を検索するものである。本年度はt(4;11)のMLL-Re-ALLの細胞株DNA 250ngからGeneChip【○!R】 Human Mapping 50K Array Hind 240を使用し、Genome Imbalance Map解析を行った。その結...
❏乳児白血病の遺伝子発現プロファイル解析と診断・治療への応用(15790519)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 科学技術振興特任教員 (30345152)
【キーワード】MLL遺伝子再構成 / 乳児白血病 / マイクロアレイ / 遺伝子発現プロファイル / 白血病 (他7件)
【概要】MLL遺伝子の再構成を有する22例の乳児ALL(リンパ芽球性白血病)を含めて、t(1;19)7例,t(12;21)6例,の計35例の乳児ALLの遺伝子発現プロファイルをマイクロアレイ(GeneChip U95A v2,Affymetrix)にて解析した。これらの遺伝子発現プロファイルを、主成分分析(PCA)法と2方向クラスター解析を用いた解析を行うと、乳児ALLは転座型に応じて分類されることを見出...
【医歯薬学】薬学：DNAマイクロアレイ ／マイクロアレイを含む研究件
❏若齢期における食育および体育のレガシー効果と肥満および運動記憶因子の探索(24650449)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】木村 真規 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (40383666)
【キーワード】レガシー効果 / 運動 / 高脂肪食 / 網羅的遺伝子発現 / 脂肪 (他14件)
【概要】本研究では若齢期の食および運動習慣が成熟期の骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現に及ぼすレガシー(遺産，長期的)効果について，マウスを用いた検討を行った． 本研究の結果から，若齢期の高脂肪食摂取や自発走運動の経験は，たとえ成熟期に同様の食・生活環境および体重であっても，骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現にレガシー効果を生じる可能性が示唆された．また一部の遺伝子発現においては，自発走運動経験によるレガ...
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
❏RNA新大陸における栄養応答の探索的研究(21658049)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / 栄養 / 絶食 / 低タンパク質食 / DNAマイクロアレイ (他9件)
【概要】6週齢Wistar系雄ラットを3日間予備飼育後、対照群、絶食群、5%タンパク質食群(各n=6)の3群にわけて14日間飼育した。対照群ラットの食餌はAIN93G、絶食群はAIN93Gで13日間飼育した後に24時間絶食、5%タンパク質食群は5%カゼイン食で14日間飼育した。肝臓より取得したRNAをプールし、GeneChip miRNA Arrays (Affymetrix)にてmiRNAの存在量を解析...
【医歯薬学】薬学：DNAメチル化 ／マイクロアレイを含む研究件
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
❏癌における転写ネットワーク変異の体系的解明(16101006)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】油谷 浩幸 東大, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
【キーワード】ゲノム / 転写 / コピー数多型 / タイリングアレイ / DNAメチル化 (他16件)
【概要】癌における転写調節異常の体系的解明を行うために、SNPアレイ、タイリングアレイなどのゲノム解析技術を応用した。 1) ゲノムコピー数解析 SNPタイピングアレイを応用してアレル別にコピー数を測定する手法Genome Imbalance Mapを開発した(Ishikawa, 2005)。ヘテロ接合性の消失(LOH)や片親性ダイソミー(UPD)を判定するために有効であり、1アレル分のシグナル差を検出で...
【医歯薬学】薬学：発現制御 ／マイクロアレイを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏次世代型生体調節因子としてのアミノ酸の新規機能性の探索と有効性の検証(20248014)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】アミノ酸 / マイクロアレイ / 発現制御 / 栄養学 / シグナル伝達 (他6件)
【概要】アミノ酸のシグナル伝達と細胞応答に関する共同研究が、主にトランスクリプトミクスによる網羅的解析を用いて実施された。その結果、栄養素としてではない、情報分子としてのアミノ酸の機能性が、タンパク質合成と分解に関与する遺伝子発現とオートファジーの制御、糖代謝と脂質代謝の制御、神経組織におけるセリン有効性の情報伝達に関連して解析され、多様なアミノ酸の複雑な情報ネットワーク構造の一端が明らかになった。 ...
❏tRNA動態に依存した細胞周期制御機構の解明(20780072)
【研究テーマ】応用生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】小川 哲弘 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (40323480)
【キーワード】微生物 / マイクロアレイ / 発現制御 / tRNA
【概要】tRNAの動態に依存した細胞周期停止機構の解明を目的とし、出芽酵母において、リボヌクレアーゼを用いてtRNAを人工的にノックダウンし、解析を行った。当初目的とした分子機構の解明には至らなかったが、切断されたtRNAが、tRNAスプライシング機構を介して修復される可能性などの有意義な情報が得られた。また、ストレスに応答してtRNAを切断するRNaseであるRny1pの細胞周期停止機構を明らかにするた...
【医歯薬学】薬学：がん ／マイクロアレイを含む研究件
❏網羅的な遺伝子発現解析に基づく十二指腸上皮性腫瘍の発症機構の解明(17K15925)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂口 賀基 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (20791445)
【キーワード】十二指腸上皮性腫瘍 / GSEA / 網羅的遺伝子発現解析 / Wnt/βcatenin pathway (他14件)
【概要】十二指腸上皮性腫瘍の網羅的遺伝子発現プロファイルに対するバイオインフォマティクス解析を施行した。主な実績として、Gene set enrichment analysisを通して十二指腸上皮性腫瘍における発現遺伝子が大腸腺腫と極めて類似している(p値<10-5）ことを初めて示した。またWnt/βcatenin pathwayが十二指腸上皮性腫瘍の形成に強く関与しているこ とも初めて示した。さら...
❏血清高感度肺がんバイオマーカーの同定と新規治療標的分子の臨床応用(16K08928)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】高野 淳 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50582607)
【キーワード】高感度バイオマーカー / 肺がん / バイオマーカー / 新規治療標的分子 / トランスレーショナルリサーチ (他9件)
【概要】URST1は、肺がん、口腔がん、乳がんのいずれにおいても、がんで高発現し、siRNAにてURST1を抑制するとG2/M arrestによりがん細胞の増殖を抑制した。免疫組織染色での検討では、上記がんのいずれにおいて予後マーカーであった。URST1に対する阻害剤をによりがん細胞の増殖が有意に抑制され治療薬として有望であった。KIF11も口腔がんで高発現し、がんを増殖させること、阻害剤によりがん細胞の...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】薬学：ポルフィリン ／マイクロアレイを含む研究件
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
❏ポルフィリン類化合物のX線増感作用に関する基礎的研究(22591395)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】高橋 淳子 独立行政法人産業技術総合研究所, 計測標準研究部門, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X 線 / 増感剤 / ポルフィリン / 5-アミノレブリン酸 (他13件)
【概要】放射線療法は周囲の正常部位にも障害を与えることから、癌限局的に照射の効果を与える手法の開発が必要である。 細胞が 5-アミノレブリン酸(5-ALA)を取り込み、プロトポルフィリン IX(PpIX)を生合成すること、また、PpIX の蓄積性は正常細胞より癌細胞で高い。PpIX に光照射すると活性酸素を発生して細胞損傷を招く性質を利用し、近年 5-ALAは光線力学療法の光増感剤としての実用化が進められ...
【医歯薬学】薬学：siRNA ／マイクロアレイを含む研究件
❏脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の展開:新規治療法と抵抗性の克服(21390403)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】高野 晋吾 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50292553)
【キーワード】膠芽腫 / 血管新生 / 腫瘍内皮細胞 / ケモカイン / 抵抗性 (他17件)
【概要】脳腫瘍に対する血管新生抑制療法の抵抗性の克服と、次世代の腫瘍血管内皮細胞を標的とした治療を提案した。 1.血管新生抑制作用のある抗癌剤の効果:CPT-11を低用量持続性に投与することにより、通常用量の間歇的投与に比べて、体重減少という全身副作用がなく、腫瘍血管新生および低酸素領域の出現を抑制することによりグリオーマの増殖を抑制することができた。 2.血管新生抑制療法の抵抗性の克服と標的としてのケモ...
❏子宮頸部腺癌の診断技術改良とsiRNAを用いたあらたな治療戦略(18591845)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】藤井 多久磨 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (10218969)
【キーワード】子宮頸癌 / 細胞診 / コルポスコープ / siRNA / BACライブラリー (他16件)
【概要】子宮頸癌の診療技術の改良に役立つ方法を研究した。診断では子宮頸癌をリアルタイムに診断する方法としてラマンコルポスコープの開発に着手した。従来にない斬新的なアプローチで再現性のあるデータを得ることができた。細胞診では従来、炎症所見の一つといわれているamphophiliaがHPV18型感染に特徴的な細胞像であることがわかった。細胞診検体を利用し、P16細胞免疫染色、HPV型判定、およびHPVのDNA...
❏マウス胎仔皮膚再生モデルを用いた、皮膚再生遺伝子群の機能解析(17390477)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (40224919)
【キーワード】創傷治癒 / 皮膚 / 再生 / 胎仔 / 発生・分化 (他8件)
【概要】皮膚が再生する時期と再生しなくなる時期のマウス胎仔皮膚から、マイクロアレイにより得ることができた、皮膚を再生させる候補遺伝子をin vitro及びin vivoで胎仔皮膚創傷面から消失させることで、これら候補遺伝子の皮溝、皮丘、真皮の癒痕の形成与える影響につき検討した。siRNAを用いた機能解析のスクリーニングのため、マウス胎仔皮膚を用いたin vitroのスクリーニングモデルを開発した。Gene...
【医歯薬学】薬学：転写因子 ／マイクロアレイを含む研究件
❏神経活動依存的な遺伝子発現誘導とシナプス構築の分子機構(19300107)
【研究テーマ】神経科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】能瀬 聡直 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30260037)
【キーワード】シナプス / ショウジョウバエ / 転写因子 / グルタミン酸受容体 / マイクロアレイ (他12件)
【概要】マイクロアレイ技術を用い、ショウジョウバエの神経筋シナプスにおいて、シナプス形成の前後や有無に対応したシナプス後細胞(筋肉細胞)での遺伝子発現の変化を検出することにより、シナプス形成・成熟過程において誘導される遺伝子を系統的にスクリーニングし、さらに機能を調べた。その結果、神経支配により発現が抑制される遺伝子のひとつである、転写因子longitudinals lacking(lola)が、筋肉にお...
❏軟骨形成マスター分子SOXトリオの上流、下流、修飾分子の解明のための戦略的研究(16390430)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】池田 敏之 東京大学, 医学部附属病院, 客員教授 (80322759)
【キーワード】軟骨分化 / SOX9 / SOX6 / S100A1 / S100B (他15件)
【概要】SOXトリオの下流分子をマイクロアレイによりスクリーニングし候補分子を解析する中で、S100A1,S100Bが軟骨組織に高発現するSOXトリオの直接の転写ターゲットであり、SOXトリオによる軟骨細胞の後期肥大分化の抑制作用を担う主分子であることを明らかにした。ヒトII型コラーゲン遺伝子のSOX9結合エンハンサーと蛍光レポーターを組み合わせた軟骨分化リアルタイムモニタリング細胞株ATDC5-S2RD...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】薬学：転写制御 ／マイクロアレイを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】薬学：非コードRNA ／マイクロアレイを含む研究件
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏RNA新大陸における栄養応答の探索的研究(21658049)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / 栄養 / 絶食 / 低タンパク質食 / DNAマイクロアレイ (他9件)
【概要】6週齢Wistar系雄ラットを3日間予備飼育後、対照群、絶食群、5%タンパク質食群(各n=6)の3群にわけて14日間飼育した。対照群ラットの食餌はAIN93G、絶食群はAIN93Gで13日間飼育した後に24時間絶食、5%タンパク質食群は5%カゼイン食で14日間飼育した。肝臓より取得したRNAをプールし、GeneChip miRNA Arrays (Affymetrix)にてmiRNAの存在量を解析...
【医歯薬学】薬学：免疫学 ／マイクロアレイを含む研究件
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏加齢黄斑変性に対する新規治療法の開発-ナノテクノロジーによる創薬および黄斑再生-(18390465)
【研究テーマ】眼科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】玉置 泰裕 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (20217178)
【キーワード】加齢黄斑変性 / 光線力学療法 / 高分子ミセル / 脈絡膜新生血管 / VEGFR2 (他12件)
【概要】脈絡膜新生血管(CNV)により惹起され、急激な中心視力の低下を来す加齢黄斑変性は、欧米では中途失明原因の第一位を占め、本邦においてもその患者数が急増している。本研究では加齢黄斑変性の新規治療法の確立を目的として、以下の検討を行った。 まず、高分子ミセルを用いた光線力学療法(PDT)のサルに対する安全性を評価する目的で、サルに臨床使用されているベルテポルフィンおよび高分子ミセルを用いたPDTを行い、...
【医歯薬学】薬学：バイオテクノロジー ／マイクロアレイを含む研究件
❏蛍光クエンチ解消原理の天然抗体への適用による革新的免疫測定法の開発(15H04191)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】上田 宏 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60232758)
【キーワード】バイオセンサー / バイオテクノロジー / 抗体 / 抗原 / 蛍光 (他14件)
【概要】従来の免疫測定法には，測定に多数のステップと最低数時間の時間を要する問題があった。我々は最近，組み換え抗体を用いた蛍光免疫センサータンパク質Quenchbody (Q-body)の構築原理を見いだし，サンプルと混合するだけで低分子からタンパク質まで多くの目的物質（抗原）を蛍光検出することに成功した。今回，その動作原理を精査することで，組換え抗体のみならず天然抗体をもQ-body化しうる方法論を複数...
❏マイクロデバイスを用いた細胞融合に基づく細胞機能制御に関する研究(23241041)
【研究テーマ】マイクロ・ナノデバイス
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鷲津 正夫 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10201162)
【キーワード】ナノ・マイクロ科学 / 細胞融合 / 初期化 / 再生医療 / 静電気 (他13件)
【概要】マイクロオリフィスが作る電界集中を用いた高収率電気細胞融合法を確立した。それを用い，ES細胞と体細胞の融合を行ったところ，融合後5日程度で，付着平坦化/球状化を繰り返す不安定な挙動を示し，1週間程度で，初期化された細胞に特徴的な細胞塊を形成するのが観察された。また，これと同じサンプルではないが，融合産物から初期化を示すレポータの発行が観察された。同様の装置でB細胞とミエローマ細胞の融合を行ったとこ...
【医歯薬学】看護学：老化 ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
❏老人性難聴の発症に影響する遺伝子群および遺伝外因子の解析(23390393)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60251302)
【キーワード】.老化 / 蝸牛 / ミトコンドリア / 酸化ストレス / 老化 (他8件)
【概要】数種の遺伝子改変マウスを用いて特に酸化ストレスと老化による蝸牛の変性・老人性難聴の進行について解析した。スーパーオキシドディスムターゼ (SOD) は細胞内に発生したスーパーオキシドアニオン（活性酸素）を分解する酵素である。MnSODのヘテロマウスでは蝸牛内の老化に伴う酸化ストレスは増悪するが、15カ月齢まで血管条、有毛細胞、ラセン神経節細胞の変性や難聴の加速は見られなかった。Glutathion...
❏βアミロイド沈着と脳老化の比較生物学的研究(17380185)
【研究テーマ】臨床獣医学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】中山 裕之 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (40155891)
【キーワード】イヌ / ネコ / マイクロアレイ / ネプリライシン / βアミロイド (他16件)
【概要】エラー!ヒトの神経系関連遺伝子マイクロアレイを用いて犬の脳における遺伝子発現を網羅的に調べた。老齢犬で発現量が増加した遺伝子にGFAP、CNPase、p35などが、発現減少または無変化であったものにはAPP、Tauがあった。 イヌとネコの脳についてNeprilysin(Nep)の発現と活性、β-Amyloid(Aβ)沈着を検索した。イヌ・ネコともに、Nepは大脳皮質では弱い発現が、線条体・黒質では...
【医歯薬学】看護学：エピジェネテイクス ／マイクロアレイを含む研究件
❏DNAメチル化、ヒドロキシメチル化のラット正常腎、母体低栄養腎における役割の解明(17K10152)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】粟津 緑 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師(非常勤) (20129315)
【キーワード】腎発生 / 母体低栄養 / エピジェネティクス / DNAヒドロキシメチル化 / 酸化ストレス (他12件)
【概要】母体低栄養ラット後腎における全般的DNAヒドロキシメチル化（5hmC化）およびTet酵素（Tet1、2、３）は増加していた。またTetを介し5hmC化を促進するビタミンCとTet阻害薬dimethyloxallyl glycineは共に尿管芽分岐を抑制した。さらに母体低栄養腎で5hmC化が増加している遺伝子としてSod3を同定した。Sod3のmRNA発現は母体低栄養で減少していた。Sod3は慢性腎...
❏マイクロサテライト不安定性を呈する発癌機構の統合的理解と新たな治療体系の確立(25253080)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】渡邉 聡明 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (80210920)
【キーワード】大腸癌 / マイクロサテライト不安定性 / オルガノイド / DNAメチル化 / 鋸歯状腺腫 (他14件)
【概要】大腸鋸歯状病変およびマイクロサテライト不安定性（MSI）を呈する大腸癌を含めた計55株の大腸腫瘍オルガノイド株を樹立し，詳細な分子生物学的検討を行った．オルガノイドは患者体内における組織学的特性を反映しており，固有の遺伝子発現や遺伝子変異のパターンを有していた．MSI大腸癌は多数の遺伝子変異を有しており，増殖因子が極めて乏しい環境でも発育可能であった．移植による担癌マウスモデルにおいても同様の傾向...
❏若齢期における食育および体育のレガシー効果と肥満および運動記憶因子の探索(24650449)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】木村 真規 慶應義塾大学, 薬学部, 講師 (40383666)
【キーワード】レガシー効果 / 運動 / 高脂肪食 / 網羅的遺伝子発現 / 脂肪 (他14件)
【概要】本研究では若齢期の食および運動習慣が成熟期の骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現に及ぼすレガシー(遺産，長期的)効果について，マウスを用いた検討を行った． 本研究の結果から，若齢期の高脂肪食摂取や自発走運動の経験は，たとえ成熟期に同様の食・生活環境および体重であっても，骨格筋・肝臓・脂肪組織の遺伝子発現にレガシー効果を生じる可能性が示唆された．また一部の遺伝子発現においては，自発走運動経験によるレガ...
【医歯薬学】看護学：脳・神経 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の全身エネルギー代謝調節機構の解析による食品機能の新側面の解明(17H01962)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (10151094)
【キーワード】エネルギー代謝 / 脳腸相関 / 栄養学 / 食品 / 脳・神経 (他7件)
【概要】転写因子Skn-1a欠損(S-KO)マウスは、野生型(WT)マウスに比較して、摂食量（通常食および高脂肪食）に変化がないにも関わらず、体脂肪率・体重増加率の優位な低下、エネルギー消費量の優位な増加が観察された。S-KOマウスは消化管の化学受容細胞（甘・苦・旨味受容細胞、刷子細胞）が消失している。これまでに、刷子細胞に発現するX-GPCRを欠失した(X-KO)マウスにおいてもWTマウスに較べ摂食量に...
❏トラフグのフグ毒センシングに関する行動・分子生物学的研究(24380109)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阪倉 良孝 長崎大学, 水産・環境科学総合研究科(水産), 教授 (20325682)
【キーワード】水産学 / 行動学 / 生理活性 / 脳・神経 / 遺伝子 (他6件)
【概要】フグに対するフグ毒の生態学的意義の解明の一環として，トラフグ稚魚のフグ毒の知覚・摂取と脳内作用を詳細に調べた。まず，Y字迷路水槽内でフグ毒に対する行動を調べ，毒の取り込みを免疫組織化学により調べた結果，トラフグ稚魚はフグ毒を嗅覚で感知して摂取し，取り込んだフグ毒が肝臓，皮膚，および脳と感覚器（眼，嗅覚器）に速やかに移行されることを明らかにした。フグ毒を感知した個体の脳内遺伝子発現を次世代シーケンサ...
❏老人性難聴の発症に影響する遺伝子群および遺伝外因子の解析(23390393)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60251302)
【キーワード】.老化 / 蝸牛 / ミトコンドリア / 酸化ストレス / 老化 (他8件)
【概要】数種の遺伝子改変マウスを用いて特に酸化ストレスと老化による蝸牛の変性・老人性難聴の進行について解析した。スーパーオキシドディスムターゼ (SOD) は細胞内に発生したスーパーオキシドアニオン（活性酸素）を分解する酵素である。MnSODのヘテロマウスでは蝸牛内の老化に伴う酸化ストレスは増悪するが、15カ月齢まで血管条、有毛細胞、ラセン神経節細胞の変性や難聴の加速は見られなかった。Glutathion...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化管の全身エネルギー代謝調節機構の解析による食品機能の新側面の解明(17H01962)
【研究テーマ】食生活学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】阿部 啓子 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任教授 (10151094)
【キーワード】エネルギー代謝 / 脳腸相関 / 栄養学 / 食品 / 脳・神経 (他7件)
【概要】転写因子Skn-1a欠損(S-KO)マウスは、野生型(WT)マウスに比較して、摂食量（通常食および高脂肪食）に変化がないにも関わらず、体脂肪率・体重増加率の優位な低下、エネルギー消費量の優位な増加が観察された。S-KOマウスは消化管の化学受容細胞（甘・苦・旨味受容細胞、刷子細胞）が消失している。これまでに、刷子細胞に発現するX-GPCRを欠失した(X-KO)マウスにおいてもWTマウスに較べ摂食量に...
❏血清高感度肺がんバイオマーカーの同定と新規治療標的分子の臨床応用(16K08928)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】高野 淳 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50582607)
【キーワード】高感度バイオマーカー / 肺がん / バイオマーカー / 新規治療標的分子 / トランスレーショナルリサーチ (他9件)
【概要】URST1は、肺がん、口腔がん、乳がんのいずれにおいても、がんで高発現し、siRNAにてURST1を抑制するとG2/M arrestによりがん細胞の増殖を抑制した。免疫組織染色での検討では、上記がんのいずれにおいて予後マーカーであった。URST1に対する阻害剤をによりがん細胞の増殖が有意に抑制され治療薬として有望であった。KIF11も口腔がんで高発現し、がんを増殖させること、阻害剤によりがん細胞の...
❏トラフグのフグ毒センシングに関する行動・分子生物学的研究(24380109)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】阪倉 良孝 長崎大学, 水産・環境科学総合研究科(水産), 教授 (20325682)
【キーワード】水産学 / 行動学 / 生理活性 / 脳・神経 / 遺伝子 (他6件)
【概要】フグに対するフグ毒の生態学的意義の解明の一環として，トラフグ稚魚のフグ毒の知覚・摂取と脳内作用を詳細に調べた。まず，Y字迷路水槽内でフグ毒に対する行動を調べ，毒の取り込みを免疫組織化学により調べた結果，トラフグ稚魚はフグ毒を嗅覚で感知して摂取し，取り込んだフグ毒が肝臓，皮膚，および脳と感覚器（眼，嗅覚器）に速やかに移行されることを明らかにした。フグ毒を感知した個体の脳内遺伝子発現を次世代シーケンサ...
【医歯薬学】看護学：トランスボーダー ／マイクロアレイを含む研究件
❏アルカリ性塩類耐性極強野生植物において耐性機構に関連する遺伝子の同定(18658001)
【研究テーマ】育種学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】高野 哲夫 東京大学, アジア生物資源環境研究センター, 准教授 (30183057)
【キーワード】アルカリ性土壌 / 耐塩性機構 / マイクロアレイ / 耐性植物 / ストレス耐性 (他8件)
【概要】前年度の研究の結果、中国東北部のアルカリ塩類集積土壌に野生するPuccinellia tenuifloraおよびChloris virgataにおける高度の耐塩性機構に関与する事が予想された遺伝子について詳細な解析を行った.特に、Na+/H+アンチポーター(NHA、 NHX)、カリウムトランスポーター(HKT)、細胞膜PMP3タンパク質(PMP3)、DREBタンパク質およびカリウムチャンネルの遺伝...
❏ムギネ酸の分泌トランスポーターに関する研究(15780045)
【研究テーマ】植物栄養学・土壌学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】中西 啓仁 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (80282698)
【キーワード】ムギネ酸 / 分泌トランスポーター / 鉄欠乏 / 日周性 / マイクロアレイ (他9件)
【概要】イネ科植物からムギネ酸分泌トランスポーターを単離するためにまず、候補の一つとされていたFRD3遺伝子のムギネ酸類トランスポーターとしての機能を測定した。この遺伝子産物はMATE(Multi-drug and toxin efflux)ファミリーに属し、12個の膜貫通ドメインをもつ。イネから、この遺伝子のcDNA配列を単離した。これを用いてアフリカツメガエルの卵母細胞でムギネ酸の分泌トランスポーター...
❏細菌異物排出タンパク遺伝子資源のポストゲノム解析と新しい耐性機構の解明(13854012)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2001 - 2005
【研究代表者】山口 明人 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (60114336)
【キーワード】異物排出タンパク / 多剤耐性 / トランスポーター / 発現調節 / 二成分情報伝達系 (他23件)
【概要】本研究課題は、大腸菌をモデルとして細菌の異物排出タンパク質の網羅的解析、発現調節機構の解明を行い、新たな抗菌剤の創薬ターゲットを探る事を目的として開始された。本研究課題直前に、私たちは大腸菌の全推定異物排出タンパク強制発現ライブラリを世界に先駆けて作成していた。それを用いて、MFS, SMR, RND, ABCという代表的な4類型に分類できること、及びそれらの薬剤排出タンパクとしての性質を様々な方...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／マイクロアレイを含む研究件
❏ヒトゲノムのコピー数変異における配列多様性の解明(17K17589)
【研究テーマ】生命・健康・医療情報学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】三森 隆広 国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (40760161)
【キーワード】ゲノム / コピー数変異 / 次世代シークエンサ / マイクロアレイ / 機械学習 (他11件)
【概要】ヒトゲノムのコピー数変異 (CNV) は大規模な配列の多様性を与える変異であり、薬剤代謝酵素を含む重要な遺伝子の発現量の個人差や、様々な疾患のリスクに関係していることが知られている。次世代シークエンス技術やマイクロアレイの発展により CNV の個人差を定量できるようになってきたが、これまで配列差を含めた解析は困難であった。本研究では CNV によるゲノム多様性の解明を目指し、長鎖型シークエンサを用...
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏大規模複雑データの理論と方法論の総合的研究(15H01678)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2015-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】青嶋 誠 筑波大学, 数理物質系, 教授 (90246679)
【キーワード】高次元データ / データサイエンス / 統計数学 / ゲノム / マイクロアレイ
【概要】高次元データのノイズを解析すると、高次元球面付近でのノイズの漸近的な振る舞いについて、高次元中心極限定理が成立することを証明した。高次元における統計量の漸近分布を導き、データ数が少ない状況でも推測の精度を保証するための、高次元小標本漸近理論を開拓した。巨大なノイズを自動除去するデータ変換を考案し、非スパースな大規模複雑データにも高次元中心極限定理を成立させる技術を開発して、これを非スパースモデリン...
【医歯薬学】看護学：バイオマーカー ／マイクロアレイを含む研究件
❏血清高感度肺がんバイオマーカーの同定と新規治療標的分子の臨床応用(16K08928)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】高野 淳 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50582607)
【キーワード】高感度バイオマーカー / 肺がん / バイオマーカー / 新規治療標的分子 / トランスレーショナルリサーチ (他9件)
【概要】URST1は、肺がん、口腔がん、乳がんのいずれにおいても、がんで高発現し、siRNAにてURST1を抑制するとG2/M arrestによりがん細胞の増殖を抑制した。免疫組織染色での検討では、上記がんのいずれにおいて予後マーカーであった。URST1に対する阻害剤をによりがん細胞の増殖が有意に抑制され治療薬として有望であった。KIF11も口腔がんで高発現し、がんを増殖させること、阻害剤によりがん細胞の...
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】看護学：臨床 ／マイクロアレイを含む研究件
❏血清高感度肺がんバイオマーカーの同定と新規治療標的分子の臨床応用(16K08928)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】高野 淳 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50582607)
【キーワード】高感度バイオマーカー / 肺がん / バイオマーカー / 新規治療標的分子 / トランスレーショナルリサーチ (他9件)
【概要】URST1は、肺がん、口腔がん、乳がんのいずれにおいても、がんで高発現し、siRNAにてURST1を抑制するとG2/M arrestによりがん細胞の増殖を抑制した。免疫組織染色での検討では、上記がんのいずれにおいて予後マーカーであった。URST1に対する阻害剤をによりがん細胞の増殖が有意に抑制され治療薬として有望であった。KIF11も口腔がんで高発現し、がんを増殖させること、阻害剤によりがん細胞の...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】看護学：相互作用 ／マイクロアレイを含む研究件
❏C末端ラベル化法によるタンパク質マイクロアレイの作出(13559007)
【研究テーマ】広領域
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
【キーワード】プロテオミクス / プロテオーム / マイクロアレイ / プロテインチップ / 蛍光ラベル (他7件)
【概要】本研究は,(1)タンパク質のC末端ラベル化,(2)タンパク質のマイクロアレイ化,(3)タンパク質間相互作用の解析という手順で行う。前年度は,これら各ステップについての基盤技術を,Fos-Junをモデルタンパク質としてほぼ確立できたので,本年度は,ラベル化およびマイクロアレイ化のハイスループット化を図るために,他のタンパク質について種類を増やして条件検討を行った. まず,ポリコーム遺伝子群の中からR...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】看護学：皮膚 ／マイクロアレイを含む研究件
❏レーザーマイクロダイセクションを用いたマウス胎仔皮膚再生の分子機構の解明(25293363)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (40224919)
【キーワード】皮膚 / 再生 / 胎仔 / 創傷 / 再生医療 (他7件)
【概要】哺乳類の胎仔の皮膚に実験的に傷をつけても、胎生期のある時期までは傷は素早く、そして瘢痕を残すことなく治癒し、皮膚は完全に元通りに再生する。われわれは、胎生13日までのマウス胎仔の皮膚に創傷を作成しても完全に再生するが、胎生14日以降の胎仔は再生せず傷跡を残すことを発見した。これをもとに、組織切片からレーザーマイクロダイセクションを用いて、胎生１３日と１５日の創傷部の表皮、真皮別にRNAを採取して、...
❏マウス胎仔皮膚再生モデルを用いた、皮膚再生遺伝子群の機能解析(17390477)
【研究テーマ】形成外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】貴志 和生 慶應義塾大学, 医学部, 講師 (40224919)
【キーワード】創傷治癒 / 皮膚 / 再生 / 胎仔 / 発生・分化 (他8件)
【概要】皮膚が再生する時期と再生しなくなる時期のマウス胎仔皮膚から、マイクロアレイにより得ることができた、皮膚を再生させる候補遺伝子をin vitro及びin vivoで胎仔皮膚創傷面から消失させることで、これら候補遺伝子の皮溝、皮丘、真皮の癒痕の形成与える影響につき検討した。siRNAを用いた機能解析のスクリーニングのため、マウス胎仔皮膚を用いたin vitroのスクリーニングモデルを開発した。Gene...
【医歯薬学】看護学：サイトカイン ／マイクロアレイを含む研究件
❏運動・ストレス・老化に関する新規バイオマーカーの開発(23240097)
【研究テーマ】応用健康科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】鈴木 克彦 早稲田大学, スポーツ科学学術院, 教授 (80344597)
【キーワード】バイオマーカー / プロテオミクス / マイクロアレイ / リボソームプロファイリング / 運動 (他18件)
【概要】運動ストレスに応答するバイオマーカーを検索するため、激運動前後の血液・尿サンプルでプロテオーム解析を行い、運動前後で変動したスポットに関して質量分析装置で同定した。そのうち、尿で顕著な上昇を示した分子についてELISAを構築した。また、血中に存在するマイクロRNAに着目し、マイクロアレイを用いた網羅的解析により一過性レジスタンス運動に応答する複数の血中マイクロRNAを同定し、リアルタイムPCRを用...
❏多数例のヒト組織の解析による変形性関節症の進行促進因子の特定(20390410)
【研究テーマ】整形外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】福井 尚志 独立行政法人国立病院機構(相模原病院臨床研究センター), 病態総合研究室, 部長 (10251258)
【キーワード】変形性関節症 / 軟骨変性因子 / マイクロアレイ / 関節液 / 滑膜 (他7件)
【概要】大きな個体差を考慮して多数例のヒト膝OAの症例から関節液、軟骨、滑膜組織を採取して種々の遺伝子発現およびタンパク解析を行い、ヒトのOA組織、関節液に関してのデータベースを構築することができた。このデータベースを活用することでOAで生じる滑膜の病変の成立機序の一因と思われるものを見出すことができた。この機序が実際のOAの病態にどの程度関与しているかを明らかにすることが今後の課題と思われる。 ...
❏自己免疫性関節炎発症におけるサイトカイン機能の解析(17390140)
【研究テーマ】免疫学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2005 - 2007
【研究代表者】岩倉 洋一郎 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10089120)
【キーワード】自己免疫 / サイトカイン / 関節リウマチ / 疾患モデル動物 / 樹状細胞 (他14件)
【概要】我々はHTLV-I TgマウスとIL-1Ra KOマウスの2種類の関節リウマチモデルを独自に開発し、その発症構の解析を行って来た。マイクロアレイによる発症関連遺伝子の網羅的解析の結果、樹状細胞やマクロファージで発現するC型レクチンファミリーに属する遺伝子が2種類のモデルマウスの関節局所で発現亢進していることを見いだした。本研究ではそれらのC型レクチンのノックアウト(KO)マウスを作製し、これらの遺...
【医歯薬学】看護学：シグナル伝達 ／マイクロアレイを含む研究件
❏翻訳リボゾーム親和精製法による弓状核におけるインスリンシグナルの標的遺伝子の同定(22590995)
【研究テーマ】代謝学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】中江 淳 慶應義塾大学, 医学部, 特任准教授 (00344573)
【キーワード】エネルギー / 糖質代謝異常 / AGRPニューロン / TRAP法 / 遺伝子発現解析 (他12件)
【概要】本研究では、視床下部弓状核のAGRPニューロン特異的な遺伝子発現解析に、Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP)法を利用し、EGFPとlarge-subunit ribosomal protein L10aのN末端との融合蛋白を特異的に発現させるトランスジェニックマウスの作製を試みた。2ラインの陽性マウスを得、このマウスとニューロン特異的C...
❏次世代型生体調節因子としてのアミノ酸の新規機能性の探索と有効性の検証(20248014)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】門脇 基二 新潟大学, 自然科学系, 教授 (90126029)
【キーワード】アミノ酸 / マイクロアレイ / 発現制御 / 栄養学 / シグナル伝達 (他6件)
【概要】アミノ酸のシグナル伝達と細胞応答に関する共同研究が、主にトランスクリプトミクスによる網羅的解析を用いて実施された。その結果、栄養素としてではない、情報分子としてのアミノ酸の機能性が、タンパク質合成と分解に関与する遺伝子発現とオートファジーの制御、糖代謝と脂質代謝の制御、神経組織におけるセリン有効性の情報伝達に関連して解析され、多様なアミノ酸の複雑な情報ネットワーク構造の一端が明らかになった。 ...
【医歯薬学】看護学：情報工学 ／マイクロアレイを含む研究件
❏消化器癌の網羅的DNAメチル化解析による癌症例層別化(22390255)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】金田 篤志 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
【キーワード】小腸大腸肛門外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ (他7件)
【概要】胃癌は網羅的DNAメチル化解析により3群のエピジェノタイプに分類され、EBウィルス感染実験によりEBウィルス感染そのものが超高メチル化群の原因であることを証明した。大腸癌前癌病変を解析し、癌で認めたDNAメチル化エピジェノタイプは腺腫の段階ですでに完成しており、1%を占める鋸歯状腺腫がBRAF変異と強く相関する高メチル化群の前癌病変であり、99%を占める非鋸歯状腺腫がKRAS変異と強く相関する中メ...
❏消化器癌におけるタイリングアレイを用いた高解像度エピゲノム解析(19390345)
【研究テーマ】消化器外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】金田 篤志 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
【キーワード】胃十二指腸外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ (他6件)
【概要】タイリングアレイを用いたDNAメチル化網羅的解析および質量分析機MassARRAYを用いたメチル化定量解析により、大腸癌では3つの異なるエピジェノタイプを同定し、肝癌ではC型肝炎ウィルス陽性肝癌に特異的にメチル化される遺伝子を同定した。 ...
【医歯薬学】看護学：遺伝子発現 ／マイクロアレイを含む研究件
❏網羅的な遺伝子発現解析に基づく十二指腸上皮性腫瘍の発症機構の解明(17K15925)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂口 賀基 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (20791445)
【キーワード】十二指腸上皮性腫瘍 / GSEA / 網羅的遺伝子発現解析 / Wnt/βcatenin pathway (他14件)
【概要】十二指腸上皮性腫瘍の網羅的遺伝子発現プロファイルに対するバイオインフォマティクス解析を施行した。主な実績として、Gene set enrichment analysisを通して十二指腸上皮性腫瘍における発現遺伝子が大腸腺腫と極めて類似している(p値<10-5）ことを初めて示した。またWnt/βcatenin pathwayが十二指腸上皮性腫瘍の形成に強く関与しているこ とも初めて示した。さら...
❏代謝ストレス応答性長鎖非コードRNAの機能(26291018)
【研究テーマ】機能生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】太田 邦史 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (90211789)
【キーワード】クロマチン / lncRNA / ヒストン修飾 / アンチセンスRNA / ノンコーディングRNA (他14件)
【概要】グルコース飢餓ストレス応答性の長鎖非コードRNA(lncRNA)とアンチセンスRNA(asRNA)の役割や動態を解析した。その結果、対になって合成されるlncRNAとasRNAの間に相反的な発現制御があること、asRNAの発現制御にはヒストンH3K4のメチル化を介したクロマチン制御が関わること、asRNAが細胞質内でリボソームと結合し、ナンセンス仲介分解系で分解されること、lncRNAの抑制・脱抑...
❏栄養応答におけるマイクロＲＮＡの役割を探る(24658118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任教授 (40211164)
【キーワード】マイクロRNA / アミノ酸 / タンパク質栄養 / 遺伝子発現 / ロイシン (他11件)
【概要】マイクロRNA（miRNA）は、タンパク質に翻訳されない小さなRNAであり、様々なmRNAに作用して遺伝子の発現を制御する。栄養条件の変化により量が変わるmiRNAを探索する目的で、アミノ酸のひとつロイシン欠乏に応答するmiRNAをDNAマイクロアレイにより調べたところ、miR-149*の増加に着目した。また、低タンパク質食に応答するmiR-203の量を培養細胞において人工的に増減させたところ、そ...
【医歯薬学】看護学：放射線 ／マイクロアレイを含む研究件
❏癌オルガノイドによる高MTV腫瘍における放射線抵抗機序の解明(17K11395)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】矢吹 健一郎 横浜市立大学, 医学研究科, 客員講師 (50722774)
【キーワード】オルガノイド培養法 / 頭頸部癌 / 腺様嚢胞癌 / 薬剤感受性試験 / 癌オルガノイド (他8件)
【概要】研究者らの所属する施設にて，予め同意を得た頭頸部腺様嚢胞癌患者から手術検体の一部を採取した．これを三次元培養法で分離・培養を行うことで細胞株を樹立し，さらに臍帯静脈血管内皮細胞および間葉系胚細胞を用いて癌オルガノイドを作製した．癌オルガノイドを用いて抗癌剤の薬剤感受性試験を施行した．放射線感受性の評価や，薬剤感受性試験結果を利用した患者治療に関しては研究期間内では達成することはできなかった． 本研...
❏アミノレブリン酸のX-線増感放射線療法の検証と遺伝子発現解析による作用機序の解明(25293270)
【研究テーマ】放射線科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】高橋 淳子 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (80415702)
【キーワード】放射線治療 / X線 / 放射線増感剤 / 5-アミノレブリン酸 / ポルフィリン (他14件)
【概要】ポルフィリン(PpIX)前駆体の5-アミノレブリン酸(ALA)は生体に取り込まれ、腫瘍細胞に特異的にPpIXが蓄積する。PpIXは光励起により活性酸素を生じるため、ALAは光線力学的治療の増感剤として用いられている。我々は新たにX線照射によりPpIXが活性酸素を生じることを見いだし、X線増感剤としての有用性を検証することとした。本課題では、ヒトの放射線治療装置リニアックは実験用放射線装置と同様に、...
【医歯薬学】看護学：トランスレーショナルリサーチ ／マイクロアレイを含む研究件
❏網羅的な遺伝子発現解析に基づく十二指腸上皮性腫瘍の発症機構の解明(17K15925)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂口 賀基 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (20791445)
【キーワード】十二指腸上皮性腫瘍 / GSEA / 網羅的遺伝子発現解析 / Wnt/βcatenin pathway (他14件)
【概要】十二指腸上皮性腫瘍の網羅的遺伝子発現プロファイルに対するバイオインフォマティクス解析を施行した。主な実績として、Gene set enrichment analysisを通して十二指腸上皮性腫瘍における発現遺伝子が大腸腺腫と極めて類似している(p値<10-5）ことを初めて示した。またWnt/βcatenin pathwayが十二指腸上皮性腫瘍の形成に強く関与しているこ とも初めて示した。さら...
❏血清高感度肺がんバイオマーカーの同定と新規治療標的分子の臨床応用(16K08928)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】高野 淳 東京大学, 医科学研究所, 特任講師 (50582607)
【キーワード】高感度バイオマーカー / 肺がん / バイオマーカー / 新規治療標的分子 / トランスレーショナルリサーチ (他9件)
【概要】URST1は、肺がん、口腔がん、乳がんのいずれにおいても、がんで高発現し、siRNAにてURST1を抑制するとG2/M arrestによりがん細胞の増殖を抑制した。免疫組織染色での検討では、上記がんのいずれにおいて予後マーカーであった。URST1に対する阻害剤をによりがん細胞の増殖が有意に抑制され治療薬として有望であった。KIF11も口腔がんで高発現し、がんを増殖させること、阻害剤によりがん細胞の...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】看護学：高血圧 ／マイクロアレイを含む研究件
❏胎児期の栄養が生活習慣病を誘導する機構に関するエピジェノムおよび統合オミクス解析(24380066)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】加藤 久典 東京大学, 総括プロジェクト機構, 教授 (40211164)
【キーワード】タンパク質栄養 / エピジェネティクス / 高血圧 / 胎児期 / メチル化 (他7件)
【概要】胎児期の母親の栄養の悪化により、子の成長後の生活習慣病のリスクが上昇することが知られている。研究代表者らは、高血圧モデルラットSHRSPにおいて、胎児期低タンパク質曝露が成長後の遺伝子発現に及ぼす影響を明らかにしてきた。本研究では、出生前後の腎臓での遺伝子発現変化を網羅的に調べたところ、細胞外マトリクスやアポトーシスに関わる遺伝子の変化が顕著であった。またこうした遺伝子の発現変化はDNAのメチル化...
❏スポーツ心臓の心肥大と心臓病の心肥大の成立機構の差違に関する分子生物学的研究(15650130)
【研究テーマ】スポーツ科学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】宮内 卓 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 教授 (60222329)
【キーワード】心臓 / 運動トレーニング / マイクロアレイ / スポーツ心臓 / 病的肥大心 (他14件)
【概要】本研究プロジェクトは、心臓の特性が異なる生理的肥大心と病的肥大心の成立機序の違いを分子レベルで解明することを目指している。本年度は、運動トレーニングによる生理的肥大心の適応機序における関連遺伝子のプロファイリングを行うため、3,800遺伝子の発現を定量的に評価することができるマイクロアレイを用いて遺伝子発現の解析を行った。4週齢の雄SDラットにトレッドミルによる走トレーニング(30m/min,60...
【医歯薬学】看護学：胃がん ／マイクロアレイを含む研究件
❏胃上皮幹細胞の分化制御機構の解明(17H05081)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】早河 翼 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (60777655)
【キーワード】胃上皮幹細胞 / 萎縮性胃炎 / 粘膜再生 / 腸上皮化生 / 分化 (他13件)
【概要】胃の幹細胞と前駆細胞および各種成熟細胞の遺伝子発現解析によりそれぞれの選択的なマーカーを新規に同定し、またそれぞれを標識可能なマウスを作成した。幹細胞その他の細胞群が発癌の超初期の段階において、どのような病理学的・分子学的変化を生じるのかについて、マウスモデルによる詳細な時系列解析と遺伝子発現解析によりその機序を明らかにした。幹細胞の増殖や粘膜再生がTuft細胞を介したアセチルコリン-ERK経路に...
❏クロマチンリモデリング因子ARID1A発現消失の胃癌における意義の解明(26860232)
【研究テーマ】人体病理学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】阿部 浩幸 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40708632)
【キーワード】胃癌 / ARID1A / EBV / Epstein-Barr virus / クロマチンリモデリンング (他7件)
【概要】胃癌におけるクロマチンリモデリング遺伝子ARID1Aの発現消失の意義をサブタイプ(EBV関連胃癌、MSI-H胃癌、その他)に分けて解析した。EBV陰性でMSI-Hでない胃癌細胞株を用いたARID1Aノックダウンによる網羅的遺伝子発現解析により、細胞増殖や細胞周期に関わる遺伝子の発現が変化しやすいことが判明した。またMTT assayによりARID1Aノックダウンが細胞増殖を抑制することが確認された...
❏大規模エピゲノム解析に基づく革新的消化器癌診断法の開発(23240129)
【研究テーマ】腫瘍診断学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】今井 浩三 東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (60117603)
【キーワード】胃癌 / 大腸癌 / 肝癌 / エピゲノム / ＤＮＡメチル化 (他14件)
【概要】大腸癌細胞のエピゲノムおよびトランスクリプトームを解析することで、エピジェネティックに不活化されたマイクロRNA遺伝子を同定した。大腸前癌病変および早期癌のエピゲノム・ゲノム解析を行うことで、早期発見マーカー候補となりうるDNAメチル化異常を同定した。さらに大腸癌前癌病変における内視鏡所見、病理所見、DNAメチル化異常の間の新たな相関を明らかにした。また胃癌背景胃粘膜におけるエピゲノム解析から、胃...
【医歯薬学】看護学：遺伝子診断 ／マイクロアレイを含む研究件
❏オリゴDNAアレイCGH法による25種の先天異常症候群の遺伝子内欠失の網羅的解析(21590638)
【研究テーマ】病態検査学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】小崎 健次郎 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (30234743)
【キーワード】遺伝子 / アレイ / 検査の感度 / 先天異常症候群 / 遺伝子診断 (他7件)
【概要】遺伝子診断では、翻訳領域内の各エクソン領域をPCR増幅し、その塩基配列を直接シーケーシング法により決定することが一般的である。本研究では、シーケーシング法では検出できない遺伝子異常である、複数エクソンの欠失を検出する方法の確立を目指した。アレイCGH法により標的遺伝子の各エクソンのコピー数の変化の検出を試みた。これまでの方法では検出し得なかった患者の変異を同定することが出来た。 ...
❏乏突起神経膠腫における化学療法感受性の分子メカニズムの解明(13470284)
【研究テーマ】脳神経外科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2004
【研究代表者】田中 実 (2002-2004) 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (50332581)
【キーワード】乏突起神経膠腫 / 1p,19q LOH / マイクロアレイ / 星細胞腫 / 神経膠芽腫 (他8件)
【概要】本研究では、多数の臨床検体を収集して腫瘍バンクを作成し、それらの腫瘍検体に対し、染色体の欠損(1p,19q,10q,CDKN2N)や遺伝子の変異(TP53)、増幅多数の症例についてのこれらの遺伝子マーカー(EGFR,CDK4)などを調べた。その結果、1p欠損を伴う腫瘍の多くは乏突起神経膠腫であり、また、乏突起神経膠腫の約60%に1pの欠損が認められることを再確認した。また、1pの欠損は多くは19q...
【医歯薬学】看護学：酸化ストレス ／マイクロアレイを含む研究件
❏DNAメチル化、ヒドロキシメチル化のラット正常腎、母体低栄養腎における役割の解明(17K10152)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】粟津 緑 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師(非常勤) (20129315)
【キーワード】腎発生 / 母体低栄養 / エピジェネティクス / DNAヒドロキシメチル化 / 酸化ストレス (他12件)
【概要】母体低栄養ラット後腎における全般的DNAヒドロキシメチル化（5hmC化）およびTet酵素（Tet1、2、３）は増加していた。またTetを介し5hmC化を促進するビタミンCとTet阻害薬dimethyloxallyl glycineは共に尿管芽分岐を抑制した。さらに母体低栄養腎で5hmC化が増加している遺伝子としてSod3を同定した。Sod3のmRNA発現は母体低栄養で減少していた。Sod3は慢性腎...
❏老人性難聴の発症に影響する遺伝子群および遺伝外因子の解析(23390393)
【研究テーマ】耳鼻咽喉科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】山岨 達也 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60251302)
【キーワード】.老化 / 蝸牛 / ミトコンドリア / 酸化ストレス / 老化 (他8件)
【概要】数種の遺伝子改変マウスを用いて特に酸化ストレスと老化による蝸牛の変性・老人性難聴の進行について解析した。スーパーオキシドディスムターゼ (SOD) は細胞内に発生したスーパーオキシドアニオン（活性酸素）を分解する酵素である。MnSODのヘテロマウスでは蝸牛内の老化に伴う酸化ストレスは増悪するが、15カ月齢まで血管条、有毛細胞、ラセン神経節細胞の変性や難聴の加速は見られなかった。Glutathion...
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