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研究キーワード：京都大学における「細菌」 に関係する研究一覧：21件
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発表日：2026年5月8日
1
「ゆらぎ」の操作による微生物叢制御
―微生物叢遷移の再現性を制御する―
林息吹 生命科学研究科博士後期課程学生と東樹宏和 同教授らの研究グループは、多様な微生物種で構成される群集において、遷移初期の「ゆらぎ」を操作することで、遷移後の群集に現れる様々なばらつきが制御可能であることを実証しました。 近年、医療や農業、環境分野において機能的な微生物群集（マイクロバイオーム）の重要性が認識され、その制御への関心が高まっています。しかし、同じ条件で培養しても全く異なる群集構成に変化することがあり、その予測や制御は困難とされてきました。 本研究では、こうした違いが培養初期のわずかな細胞数の差、すなわち「初期ゆらぎ」によって生じると考え、さまざまなゆらぎ条件を...
キーワード：微生物群集/生物群集/マイクロ/生態系/細菌群集/微生物/微生物叢/ゆらぎ/マイクロバイオーム/細菌
他の関係分野：環境学生物学工学農学
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発表日：2026年4月15日
2
生態系の動態を予測・制御するデータ分析の体系化
―微生物叢の「崩壊」はなぜ起こるのか―
東樹宏和 生命科学研究科教授らの研究グループは、多様な微生物種で構成される生態系が急激にその構造と機能を変化させる現象について、その仕組みを統一的に理解するためのデータ分析手法を体系化しました。 近年、腸内細菌叢や農地土壌の微生物叢などが、人の健康や作物生産、環境浄化に深く関わることが明らかになってきています。その一方で、こうした微生物叢は、一見安定に見えても環境条件の変化に伴って急激に崩壊し、元の状態に戻らない場合があることが知られています。そのため、微生物叢の予測や制御は大きな課題となってきました。 本研究では、理論生態学や統計物理学、非線形力学を用いた分析を比較しつつ、微...
キーワード：環境浄化/微生物群集/統計物理/統計物理学/非線形/非線形力学/データ解析/生物群集/ヒステリシス/体系化/微生物学/ランドスケープ/農地/生態系/土壌/土壌微生物/微生物生態/生態学/微生物/微生物叢/細菌/細菌叢/腸内細菌/腸内細菌叢
他の関係分野：環境学数物系科学生物学工学農学
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発表日：2026年2月24日
3
iPS細胞由来血小板を用いたMRSA殺菌メカニズムの解明
―遺伝子編集が可能な感染症研究プラットフォームとしての可能性―
iPS細胞由来血小板（iPS血小板）注1）には多剤耐性細菌MRSA注2）を殺菌する能力があった。TLR2/MyD88シグナリング経路注3）がMRSA殺菌に寄与していることを遺伝子編集注4）したiPS血小板を用いて証明した。IgG/FcγRIIA結合注5）も殺菌作用に寄与していた一方、MRSAのα毒素注6）は殺菌作用に拮抗していることが示唆された。iPS血小板はMR...
キーワード：免疫機能/クローン/質量分析/カテーテル/バイオリアクター/センサー/核分裂/新エネルギー/ペプチドグリカン/遺伝子改変/血流/生体内/アダプター/黄色ブドウ球菌/微生物学/抗菌活性/細胞壁/病原性/微生物/自然免疫受容体/病原体/巨核球/血栓/細胞膜/CRISPR/iPS細胞/TLR/シグナリング/細胞株/死亡率/臨床検査/Toll様受容体/医療費/骨髄/歯学/造血幹細胞/DNA損傷/HLA/MRSA/RNA/インテグリン/タンパク質発現/ラット/リガンド/遺伝子治療/遺伝子導入/炎症性サイトカイン/幹細胞/血液/血小板/抗生物質/細胞分裂/自然免疫/受容体/多剤耐性/多剤耐性菌/免疫細胞/臨床試験/サイトカイン/ヒトiPS細胞/遺伝子/感染症/抗体/細菌/造血/薬剤耐性/臨床研究
他の関係分野：複合領域生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2026年2月14日
4
電子のやりとりに連動した構造変化が鍵！
コレラ菌の生育に必須のナトリウムポンプのはたらく仕組みを解明
先進国ではコレラはもはや深刻な感染症ではありませんが、途上国では地域的流行（エンデミック）が散発しており、依然として深刻な感染症です。また世界的に見ても、抗菌剤の効かない薬剤耐性菌の出現は大きな社会問題となっています。新しい抗菌剤の標的となるタンパク質や、その標的に作用する化合物を探し続けることは、社会的意義の大きい基礎研究です。 石川萌 農学研究科博士課程学生（現：日本学術振興会海外特別研究員）、桝谷貴洋 同助教、村井正俊 同准教授、岸川淳一 京都工芸繊維大学准教授、関健仁 総合研究大学院大学（分子科学研究所）博士課程学生、岡崎圭一 分子科学研究所准教授らの研究グループは、Blanc...
キーワード：キノン/酸化還元反応/酸化還元酵素/還元反応/シミュレーション/酸化還元/電子顕微鏡/動力学/分子動力学/病原性/ナトリウム/ナトリウム輸送/抗菌剤/構造変化/創薬/立体構造/感染症/細菌/薬剤耐性
他の関係分野：化学生物学工学農学
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発表日：2025年12月2日
5
レーズン水が自然発酵によりワインになる仕組み
―ワインの原型のひとつか？―
日尾守 農学研究科修士課程学生（研究当時）と橋本渉 同教授らの研究グループは、レーズンを水に浸漬する（レーズン水）だけでワインができる仕組みの一端を明らかにしました。 19世紀には、レーズン（干しブドウ）はパン種に用いられており、レーズンに真核生物であるアルコール発酵性パン酵母が存在することが知られていました。また、レーズンを原料とするワインも製造されています。一方、ブドウにはアルコール発酵性酵母がほとんど検出されないことが報告されており、レーズンにおけるアルコール発酵性酵母の由来やレーズン水からワインができるプロセスでの微生物動態には不明な点が多く存在します。 本研究では...
キーワード：グルコース/発酵/糸状菌/微生物/微生物叢/アルコール/細菌
他の関係分野：生物学農学
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発表日：2025年11月18日
6
病原体への抵抗性か？ガス交換か？
―植物の進化におけるトレードオフ―
気孔は葉の表面に存在する小さな穴で、光合成に必要なガス交換を担う重要な器官であると同時に、植物と細菌が繰り広げる攻防の最前線でもあります。植物は気孔を閉じることで細菌の侵入を防ぎますが、病原細菌は閉じた気孔を再び開かせることが知られていました。しかし、その仕組みの詳細は長らく不明でした。 峯彰 農学研究科准教授、平田梨佳子 同特定研究員、津田賢一 中国・華中農業大学（Huazhong Agricultural University）教授らの研究グループは、病原細菌がシロイヌナズナの遺伝子発現制御の仕組みを転用することで、気孔を再び開かせることを発見しました。さらに、この遺伝子発現制御...
キーワード：アブラナ科/トレードオフ/共進化/光合成/アブラナ科植物/シロイヌナズナ/育種学/抵抗性/病原体/遺伝子発現制御/発現制御/遺伝子/遺伝子発現/細菌
他の関係分野：生物学農学
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発表日：2025年11月12日
7
腸管バリア機能を制御する新たな短鎖脂肪酸受容体の同定
～炎症性腸疾患や大腸がんなどの予防・治療法の開発応用に期待～
キーワード：免疫機能/炎症性腸疾患/生体防御/大腸/短鎖脂肪酸/血液/脂肪酸/受容体/上皮細胞/大腸がん/細菌/腸内細菌
他の関係分野：複合領域
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発表日：2025年10月16日
8
人と動物実験のギャップをつなぐ卵殻膜研究
―³Hラベル体内動態解析とIBDモデルによる腸内細菌バランス改善機序の解明―
髙宮幸一 複合原子力科学研究所教授、清水美穂 東京農工大学客員准教授、跡見順子 同客員教授（研究当時）、渡邊敏行 同教授らは、卵殻膜の主要タンパク質をプロテオミクス解析によりリゾチームと同定し、動物実験とヒト臨床試験を体重あたり同一投与量で比較することで、両者に共通する有効性を初めて明らかにしました。これまでに知られていなかった複合天然素材をトリチウムラベルし、体内動態を簡便に解析できる手法を開発し、この成果により、今後、卵殻膜を活用した新しい機能性食品や医療補助食品の開発が期待されます。 本研究成果は、2025年9月18日に、国際学術誌「International Journal ...
キーワード：トリチウム/リチウム/原子力/機能性/機能性食品/リゾチーム/IBD/オミクス/オミクス解析/動態解析/プロテオミクス/体内動態/臨床試験/細菌/腸内細菌/動物実験
他の関係分野：工学農学
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発表日：2025年9月27日
9
ニホンザルの季節適応力を解明
―腸内細菌が果たす食物の季節変化への適応能力―
半谷吾郎 生態学研究センター准教授、Lee Wanyi 同特定助教らは、屋久島に生息する野生ニホンザルを対象に、食性の季節変化に対応する腸内細菌叢の適応メカニズムを解明しました。 野生動物にとって、季節による食物の変化は大きな課題です。ニホンザルは果実や種子を優先的に摂取しますが、これらが不足する季節には、代替的に葉や樹皮といった低栄養の資源を利用します。しかし、葉や樹皮は繊維質が多く、サル自身の酵素だけでは十分に消化できません。そのため腸内細菌が発酵によって繊維を分解し、短鎖脂肪酸と呼ばれるエネルギー源を生み出すことが、生存の鍵となります。これまで腸内細菌の組成が季節で変化すること...
キーワード：季節変化/行動観察/発酵/生態学/微生物/短鎖脂肪酸/脂肪酸/細菌/細菌叢/腸内細菌/腸内細菌叢/低栄養
他の関係分野：複合領域農学
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発表日：2025年9月8日
10
産後女性のうつ症状は短鎖脂肪酸の産生に関わる腸内細菌叢と食習慣に関連
―食生活習慣から身体とこころの健康をまもる支援を目指して―
産後うつの症状が見られる産後女性は25〜30%にのぼり、その発症時期や罹患期間は、周産期だけでなく産後4〜5年にわたって長期間持続する可能性があります。うつ病の診断初期には身体症状のみを報告する場合が多く、こころの不調を身体的側面から包括的に検討するという視点が求められます。これまでの研究で、うつ病患者の腸内細菌叢の多様性や組成は健常者のそれと異なることが示されています。また、野菜や果物、魚の摂取を中心とする食習慣はうつ病の緩和に関連する可能性があります。しかし、産後の女性を対象とした研究は世界的にも限られており、特に未診断・未治療のうつ病の早期発見や重症化の予防を目的とした研究は行われていま...
キーワード：心身の健康/発酵/きのこ/短鎖脂肪酸/脂肪酸/うつ/うつ病/細菌/細菌叢/周産期/食習慣/食生活/精神疾患/早期発見/腸内細菌/腸内細菌叢/乳幼児
他の関係分野：複合領域農学
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発表日：2025年8月9日
11
ストレスが誘導するグルココルチコイドは急性炎症を促進する
―グルココルチコイドの新規免疫促進作用の発見―
生田宏一 医学研究科特任教授（兼：医生物学研究所連携教授）と榛葉旭恒 同助教（研究当時）らの研究グループは、副腎で産生されるホルモンであるグルココルチコイドが炎症性ヘルパーT細胞であるTh17細胞の発生に必要であることを明らかにしました。さらに、ストレスによって分泌されるグルココルチコイドが、Th17細胞による急性炎症の惹起を促進することを明らかにしました。 ストレスが炎症性疾患の発症に寄与することが知られていますが、ストレスに反応して分泌されるグルココルチコイドが炎症の惹起に関係するかは不明でした。本研究では、サイトカインIL-17を産生して慢性炎症や自己免疫疾患を増悪させるTh1...
キーワード：グルココルチコイド/感染防御/副腎/differentiation/炎症性疾患/炎症性腸疾患/関節/ホルモン/ヘルパーT細胞/液性因子/Th1/Th17細胞/T細胞/マウス/リウマチ/関節リウマチ/好中球/自己免疫/自己免疫疾患/受容体/腸炎/慢性炎症/免疫応答/免疫細胞/サイトカイン/ストレス/細菌/真菌
他の関係分野：生物学農学
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発表日：2025年7月20日
12
腸内細菌は樹状細胞を介して腸から離れたがんの免疫環境に影響する
―免疫チェックポイント阻害薬の作用に関与する新たな腸内細菌を同定―
西川博嘉 医学研究科教授（兼：国立がん研究センター分野長、名古屋大学教授）、小山正平 国立がん研究センター部門長（研究当時：同研究員、大阪大学特任准教授）、辨野義己 腸内フローラ研究所理事長（研究当時：理化学研究所特別招聘研究員）らの研究チームは、免疫チェックポイント阻害薬の治療効果を高める新たな腸内細菌としてルミノコッカス科に属するYB328株を同定し、その培養と作用メカニズムの解明に成功しました。 YB328株が腸内で免疫応答の司令塔である樹状細胞を活性化し、その樹状細胞ががん組織まで移動することで免疫効果を発揮するとともに、腸内細菌叢の多様化を通じた樹状細胞のさらなる活性化によ...
キーワード：がん研究/腸内フローラ/CD8/PD-1/がん免疫/がん免疫療法/臨床応用/腸内環境/免疫療法/T細胞/がん治療/樹状細胞/免疫チェックポイント/免疫チェックポイント阻害薬/免疫応答/免疫細胞/細菌/細菌叢/腸内細菌/腸内細菌叢
他の関係分野：複合領域総合生物農学
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発表日：2025年7月14日
13
マウスモデルで細胞老化のメカニズムに迫る老化細胞が周囲の細胞に与える影響
ドキシサイクリン（Dox）依存的に老化が誘導された一次老化細胞（mCherry陽性）と、その周囲で二次的に老化が誘導された二次老化細胞（GFP陽性）を、フローサイトメトリー（セルソーター）を用いてそれぞれ識別・分離することが可能なモデル。 2）細胞老化が肝臓の領域局在性を乱す 肝臓は肝細胞を中心とした肝小葉構造の集合体から構成されており、門脈側から中心静脈側にかけて異なる機能を担う「領域局在性（zonation）」を有していることが知られています。この領域は主に3つに分類され、per...
キーワード：分解能/インフォマティクス/セルソーター/遺伝子改変/一細胞/生体内/生体組織/iPS細胞/p21/インターロイキン/がん遺伝子/サイクリン依存性キナーゼ/マウスモデル/炎症反応/細胞老化/組織修復/発現解析/病理/病理学/老化細胞/可塑性/胎児/大腸/P38/フローサイトメトリー/モデルマウス/線維芽細胞/DNA損傷/MAPK/RNA/がん細胞/キナーゼ/ストレス応答/ファージ/マウス/マクロファージ/遺伝子改変マウス/遺伝子治療/炎症性サイトカイン/肝細胞/再生医療/細胞周期/受容体/生理活性/生理活性物質/阻害剤/転写因子/培養細胞/免疫応答/免疫細胞/ウイルス/サイトカイン/ストレス/遺伝子/遺伝子発現/加齢/細菌/生理学/創傷治癒/老化
他の関係分野：工学総合生物
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発表日：2025年7月4日
14
ヒトiPS細胞からあごの骨を再現したオルガノイドを作製
ヒトiPS細胞から神経堤細胞を介して顎骨オルガノイドを作製した。マウスへ移植した顎骨オルガノイドには血管が侵入し、成熟した骨組織として機能した。骨形成不全症の患者さんのiPS細胞を用いて、生体外の疾患モデルを構築した。1. 要旨 本池総太特命助教、池谷真准教授（CiRA...
キーワード：マイクロCT/生体模倣/3次元構造/マイクロ/モデリング/摂食障害/iPS細胞/グリア細胞/色素細胞/内胚葉/末梢神経/免疫染色/臨床応用/外傷/骨折/3次元培養/CT画像/オルガノイド/間葉系細胞/骨再生/骨細胞/骨疾患/骨髄/歯周病/神経堤細胞/石灰化/組織幹細胞/軟骨/アクチン/グリア/コラーゲン/スクリーニング/マウス/遺伝子治療/幹細胞/凝集体/骨芽細胞/骨形成/再生医療/細菌感染/細胞培養/腎臓/創薬/多能性幹細胞/分化誘導/ヒトiPS細胞/遺伝子/遺伝子発現/細菌/疾患モデル
他の関係分野：生物学工学
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発表日：2025年6月20日
15
海洋の窒素循環を解明する新たな研究
～アナモックスの酸素同位体分別測定に初めて成功～
大西雄二 生態学研究センター日本学術振興会特別研究員（PD）、木庭啓介 同教授は、岡部聡 北海道大学教授、小林香苗 海洋研究開発機構特任研究員らと共同で、嫌気性アンモニア酸化（アナモックス）反応における酸素同位体分別（18ε）を求めることに世界で初めて成功しました。 海洋の窒素循環は、地球環境の維持に不可なサイクルであり、その仕組みを正確に理解することにより、気候変動対策や生態系の保全に大きく寄与することができます。しかし、その中で重要な役割を果たす嫌気性アンモニア酸化（アナモックス）による窒素除去のプロセスについては、まだ...
キーワード：窒素循環/海洋/気候変動/酸素同位体/酸素同位体比/地球化学/同位体/同位体分別/同位体比/アンモニア/分子状酸素/地球環境/同位体効果/生態系/生態学/細菌
他の関係分野：環境学数物系科学化学工学農学
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発表日：2025年6月10日
16
海洋性の光合成細菌の窒素固定能力が炭素源の種類で変化
－持続可能な物質生産への貢献を期待－
材料化学専攻 沼田圭司 教授（理化学研究所（理研）環境資源科学研究センターバイオ高分子研究チームチームディレクター）、鈴木美紀 特定研究員、細胞生産研究チームの白井智量 上級研究員らの共同研究グループは、海洋性の紅色非硫黄光合成細菌の窒素固定化効率や固定化された窒素の代謝経路が、環境中の炭素源の種類に応じて変化し、細胞増殖速度に影響することを明らかにしました。本研究成果は、農業用肥料や漁業用飼料だけでなく、生分解性プラスチックの生産ツールとしても期待されている紅色非硫黄光合成細菌を用いた持続可能な物質生産に貢献すると期待されます。紅色非硫黄光合成細菌は、光合成と窒素固定...
キーワード：海洋/太陽/高分子/生分解性プラスチック/窒素固定/光合成/光合成細菌/太陽光/生分解/持続可能/プラスチック/二酸化炭素/物質生産/生分解性/漁業/アミノ酸/細胞増殖/細菌
他の関係分野：環境学数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年4月21日
17
細菌が環境中の鉄の存在を「知る」しくみを解明 膜タンパク質の多段階切断を介して、細胞外の情報が細胞内へ伝達される
秋山芳展 医生物学研究所教授、横山達彦 岐阜大学助教、久堀智子 同准教授、永井宏樹 同教授らの研究グループは、奈良先端科学技術大学院大学と理化学研究所との共同研究で、細菌が環境の鉄イオンを感知する分子メカニズムを解明しました。 生命は、生存に不可欠な元素である鉄を取り込むために、巧妙なシステムを進化させてきました。効率的に鉄を取り込むために、細菌は外界の鉄を感知することができますが、その分子メカニズムの全容はこれまで不明でした。細菌は鉄を取り込む際に、分子モーターが生み出す機械的な力を利用することが知られています。本研究ではこの力が、情報伝達を担う膜タンパク質「FecR」にも伝わり、...
キーワード：モーター/機能制御/分子モーター/膜タンパク質/遺伝子/細菌
他の関係分野：工学総合生物
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発表日：2025年3月14日
18
日本農地における安定な土壌微生物群集を推定
―細菌・真菌群集の安定状態とその機能―
藤田博昭 生命科学研究科助教と東樹宏和 同教授は、日本全国の農地を対象として、土壌中の細菌および真菌群集の構造（組成）が安定した状態にあるかどうかを俯瞰的に評価しました。 生態系内では、様々な生物種がお互いに関わり合っています。この関わり合いにおける「相性」によって、落ち着きどころよい種組成（「安定状態」）へと生物群集の構造が向かっていくと考えられます。ただ、生物群集の組成が落ち着く先は、1つとは限りません。ボールが凸凹した地形を転がって、別の凹地へと向かっていくように、複数の安定な状態があるかもしれません。こうした複数の安定な状態を、生態学では「代替安定状態」と呼びます。...
キーワード：産学連携/微生物群集/統計力学/生物群集/農地/生態系/群集構造/生態系機能/土壌/土壌微生物/生態学/微生物/微生物叢/細菌/真菌
他の関係分野：複合領域環境学数物系科学生物学農学
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発表日：2025年2月27日
19
分解酵素は細胞膜の中でタンパク質をヘッドロックして切断する
〜基質と結合した膜内タンパク質分解酵素の立体構造を解明〜
秋⼭芳展 医⽣物学研究所教授、檜作洋平 同助教、清⽔洋祐 同博⼠前期課程学生、禾晃和 横浜市立大学准教授らの研究チームは、大阪大学蛋白質研究所、東北大学大学院医学系研究科と共同で、細胞膜の中で働く特殊なタンパク質分解酵素RsePが基質となるタンパク質を結合した状態の立体構造を明らかにしました。本研究により、RsePの内部に取り込まれた基質タンパク質は、しっかりと固定（ヘッドロック）され、引き伸ばされた状態で切断されることが明らかになりました。切断の仕組みを詳しく調べていくことで、将来的には、細菌の感染や増殖を抑える薬剤の開発につながることが期待されます。 本研究成果は、2025年2月...
キーワード：産学連携/電子顕微鏡/クライオ電子顕微鏡/細胞膜/タンパク質分解/ヘリックス/立体構造/細菌
他の関係分野：複合領域工学
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発表日：2025年2月25日
20
アブラナ目の生体防御を担う細胞の形成に気孔形成因子が転用されていた
～植物の特殊な機能を持つ細胞への進化の謎解明へ～野菜の味の改変や二酸化炭素吸収能を高めた作物の開発に期待
山岡尚平 生命科学研究科准教授、河内孝之 同教授、白川一 奈良先端科学技術大学院大学助教、山口暢俊 同准教授、伊藤寿朗 同教授らは、植物の葉の気孔を開閉する孔辺細胞と生体防御を担うミロシン細胞という2つの異なる機能に特殊化した細胞分化について、それぞれの細胞の遺伝子の発現に共通して関与する新規の転写因子であるWASABI MAKER（WSB）を同定することに成功しました。さらに、植物が進化の過程で形成してきた転写ネットワークの一部を転用することにより、同じWSBを使いながら、2種の特殊化した細胞を獲得するというネットワークの仕組みを明らかにしました。 植物が進化の過程で、動物細胞が持...
キーワード：産学連携/二酸化炭素/生体防御/細胞分化/転写因子/遺伝子/遺伝子発現/細菌
他の関係分野：複合領域工学
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発表日：2025年2月17日
21
加齢変化に適応して小腸上皮幹細胞が維持される仕組みを解明
マウスの小腸上皮組織の詳細な解析により、加齢に伴って小腸上皮の分化細胞の数や機能が変化することを見出した。一方で、活発に新陳代謝する小腸上皮の細胞を供給する小腸上皮幹細胞の集団（幹細胞プール）が維持されていた。次世代シーケンサーやオルガノイド技術を活用し、IFN-γ経路の活性化とERK/MAPK経路の活性低下が、加齢に伴うマウスの小腸上皮幹細胞の遺伝子発現変化を誘導することを見出した。小腸上皮幹細胞において、これら2つのシグナル伝達経路の活性変化は加齢に伴って同調して起き、この２つの経路の変化が相互に作用を補償しあうことで、幹細胞プールが維持されることを解明した。...
キーワード：プロファイル/情報学/産学連携/制御システム/一細胞/リン酸/Lgr5/免疫系/細胞膜/脂質代謝異常/iPS細胞/インターフェロン/遺伝子発現プロファイル/遺伝子発現解析/炎症反応/加齢変化/増殖因子/発現解析/免疫染色/mRNA/ホルモン/筋肉/寿命/腸内環境/オルガノイド/間葉系細胞/次世代シーケンサー/組織幹細胞/MAPK/RNA/アポトーシス/マウス/幹細胞/血液/再生医療/細胞核/細胞死/細胞増殖/細胞分裂/受容体/小腸/上皮細胞/内分泌/免疫応答/免疫細胞/ウイルス/コミュニケーション/サイトカイン/バイオマーカー/遺伝子/遺伝子発現/加齢/健康寿命/高齢化/細菌/細菌叢/脂質/脂質代謝/腸内細菌/腸内細菌叢/糖代謝/糖尿病/認知症/老化
他の関係分野：情報学複合領域工学総合生物農学