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研究分野別サイレントキーワード
「SNP」とサイレントキーワードを含む研究
【生物学】生物学：気質 ／SNPを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【生物学】基礎生物学：集団遺伝 ／SNPを含む研究件
❏日本列島のアワビ類における種分化遺伝子の探索(17K19280)
【研究テーマ】森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
【キーワード】アワビ / 種分化 / 集団ゲノミクス / ゲノムシーケンス / GRAS-Di (他20件)
【概要】日本の水産重要種であるエゾアワビ（エゾ）、クロアワビ（クロ）、マダカアワビ（マダカ）、メガイアワビ（メガイ）は近縁な関係にあり、分布域が重複するものの、それぞれが独自の表現型を示す。これらのアワビ類の進化的関係と種分化プロセス、種分化に関与するゲノム基盤の解明に挑戦することを目的とし、ゲノムワイドSNPマーカーを用いた集団ゲノミクス解析を行った。エゾ・クロとマダカ、メガイ間では明確な遺伝的分化が生...
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
【生物学】人類学：寒冷適応 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【生物学】人類学：遺伝的多型 ／SNPを含む研究件
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
❏メダカを用いたヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の構築(21657065)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
【キーワード】野生メダカ / 水田農耕 / 拡散 / cytochrome P450 / 遺伝的多型 (他17件)
【概要】【背景】近年ヒト集団において膨大な遺伝的多型が報告されてきているが、対立遺伝子(アレル)間の機能的差違や進化的意義は不明な場合がほとんどである。 【目的】メダカを用いた多型の機能差を計る実験系を構築する。 【平成22年度の成果】(1)野生メダカ地域集団試料の収集:勝村啓史(協力者)は昨年に引き続き野生メダカのサンプリングをおこなった。特に北部九州(弥生時代に水田農耕が伝播したと考えられる地域)4地...
【生物学】人類学：進化 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏食道癌の時空間的オミックス解析による進化と多様性の解明(15H04921)
【研究テーマ】外科学一般
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748)
【キーワード】CRT治療感受性（抵抗性） / evolution / 次世代シークエンサー / メチル化 / 食道癌 (他18件)
【概要】本研究では単に食道がん原発巣切除標本のマルチサンプリングから進化解明を行う基礎研究の内容から、食道がんに対する重要なアームのひとつであるCRT治療感受性(抵抗性)の機序解明や予測法の確立に活かすという臨床研究へと方向性をシフトした。食道がん28例に対してCRTを実施したところ14例が抵抗性群であり、4例については治療前と再発後に各々4～6検体のゲノム精緻解析を実施した結果、再発時の系統樹様式と再発...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【生物学】人類学：ゲノム人類学 ／SNPを含む研究件
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
❏ゲノム情報を活用した人類学研究の新ストラテジー構築(19570226)
【研究テーマ】人類学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教 (40401228)
【キーワード】分子人類学 / ゲノム人類学 / 適応進化 / 多型 / 生体機能解析 (他12件)
【概要】ゲノム情報からヒトにおいて環境適応に関連してきた可能性のある多型が見つかる。これらについて(1)機能解析を行うための実験モデル生物としてメダカ(Oryzias latipes)が有望であることが明らかになった。また(2)ゲノム中で人類集団間での対立遺伝子(アレル)頻度が大きく異なることが知られていたアルコール脱水素酵素(ADH)遺伝子クラスターについて、全ヒト多様性のうち、東アジアにおいて正の自然...
【生物学】人類学：自然選択 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏日本人の起源と進化－集団ゲノム学的アプローチによる縄文人由来ゲノム領域の抽出－(18H02514)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)
【キーワード】縄文人 / 渡来人 / 日本列島人 / 遺伝的多様性 / 現代日本人の形成モデル (他20件)
【概要】日本人男性345名のY染色体の全塩基配列決定を行い系統解析を行った。その結果、本土日本人男性では35.4％の頻度で観察されるが、他の東アジア人には観察されないクレードを発見した。遺伝子系図解析によって過去の人口変動を推定したところ、縄文時代晩期から弥生時代にかけて人口が急激に減少したことが示された。 47都道府県の全ゲノムSNPアリル頻度データを用いて解析を行い、都道府県間の遺伝的差異は、縄文人に...
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
【生物学】人類学：モンゴル人 ／SNPを含む研究件
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
【工学】総合工学：シミュレーション ／SNPを含む研究件
❏日本人の起源と進化－集団ゲノム学的アプローチによる縄文人由来ゲノム領域の抽出－(18H02514)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)
【キーワード】縄文人 / 渡来人 / 日本列島人 / 遺伝的多様性 / 現代日本人の形成モデル (他20件)
【概要】日本人男性345名のY染色体の全塩基配列決定を行い系統解析を行った。その結果、本土日本人男性では35.4％の頻度で観察されるが、他の東アジア人には観察されないクレードを発見した。遺伝子系図解析によって過去の人口変動を推定したところ、縄文時代晩期から弥生時代にかけて人口が急激に減少したことが示された。 47都道府県の全ゲノムSNPアリル頻度データを用いて解析を行い、都道府県間の遺伝的差異は、縄文人に...
❏薬物動態解析を目的とした臨床ゲノム情報システムの開発(16200038)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】小山 博史 東京大学, 医学部附属病院, 科学技術振興特任教員(特任教授) (30194640)
【キーワード】薬物動態解析 / 抗癌剤 / 遺伝子多型 / 個別化医療 / グリッドコンピューティング (他20件)
【概要】(1)データベースグリッド技術であるOGSA-WebDBを用い臨床ゲノム情報と関連する複数のライフサイエンスデータベースから薬剤関連情報を網羅的に抽出できる臨床ゲノム情報探索システムを開発した.副作用情報はTOXINETから、遺伝子名はPharmGKBから、蛋白質情報はEntrez Proteinから抽出し、抽出遺伝子あるいは蛋白質名に対応した発現臓器をLSBMから,パスウエイ情報はKEGGから,...
【総合生物】ゲノム科学：ゲノム多様性 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
【農学】動物生命科学：犬 ／SNPを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【農学】森林圏科学：SNPマーカー ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏林木育種は人工林の遺伝的多様性をどう変化させたのか(15H04510)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】井出 雄二 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (90213024)
【キーワード】遺伝的多様性 / 造林種苗 / スギ / 太平洋側天然林 / 日本海側天然林 (他20件)
【概要】わが国では、昭和30年代に始まった林木育種以前と以後で造林種苗は遺伝的に変化したと考えられる。そこで、静岡県天竜地方において成立年代の異なる林分の遺伝的多様性を、2種類の遺伝マーカー（SSR、SNP）を用いて比較し、以下のことを明らかにした。（１）遺伝的多様性は調査した年代間で大きな変化は認められない。（２）江戸時代植栽の超高齢林では、太平洋側天然林起源の系統が用いられていた。（３）明治期には、多...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【農学】森林圏科学：トドマツ ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【農学】森林圏科学：標高適応 ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【農学】森林圏科学：適応的遺伝子 ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【農学】森林圏科学：コピー数多型 ／SNPを含む研究件
❏日本列島のアワビ類における種分化遺伝子の探索(17K19280)
【研究テーマ】森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
【キーワード】アワビ / 種分化 / 集団ゲノミクス / ゲノムシーケンス / GRAS-Di (他20件)
【概要】日本の水産重要種であるエゾアワビ（エゾ）、クロアワビ（クロ）、マダカアワビ（マダカ）、メガイアワビ（メガイ）は近縁な関係にあり、分布域が重複するものの、それぞれが独自の表現型を示す。これらのアワビ類の進化的関係と種分化プロセス、種分化に関与するゲノム基盤の解明に挑戦することを目的とし、ゲノムワイドSNPマーカーを用いた集団ゲノミクス解析を行った。エゾ・クロとマダカ、メガイ間では明確な遺伝的分化が生...
❏卵巣癌の薬物応答に関与する新規バイオマーカーの特定(24592529)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】山上 亘 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30348718)
【キーワード】卵巣癌 / 分子標的治療薬 / 化学療法 / バイオマーカー / SNP (他12件)
【概要】本研究は①一塩基多型(single nucleotide polymorphism, SNP)に基づいた卵巣癌術後化学療法の効果予測　②卵巣癌への分子標的治療薬効果予測マーカーの開発を目的とした。①は癌症例の血中リンパ球の網羅的SNP解析により、化学療法の好中球減少の程度で有意差を認めるSNPを5種、および判別分析にて20種抽出した。これらの中に予後と相関を認めたSNPが認められた。②は卵巣癌組織...
【農学】水圏応用科学：遺伝的多様性 ／SNPを含む研究件
❏日本人の起源と進化－集団ゲノム学的アプローチによる縄文人由来ゲノム領域の抽出－(18H02514)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)
【キーワード】縄文人 / 渡来人 / 日本列島人 / 遺伝的多様性 / 現代日本人の形成モデル (他20件)
【概要】日本人男性345名のY染色体の全塩基配列決定を行い系統解析を行った。その結果、本土日本人男性では35.4％の頻度で観察されるが、他の東アジア人には観察されないクレードを発見した。遺伝子系図解析によって過去の人口変動を推定したところ、縄文時代晩期から弥生時代にかけて人口が急激に減少したことが示された。 47都道府県の全ゲノムSNPアリル頻度データを用いて解析を行い、都道府県間の遺伝的差異は、縄文人に...
❏林木育種は人工林の遺伝的多様性をどう変化させたのか(15H04510)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】井出 雄二 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (90213024)
【キーワード】遺伝的多様性 / 造林種苗 / スギ / 太平洋側天然林 / 日本海側天然林 (他20件)
【概要】わが国では、昭和30年代に始まった林木育種以前と以後で造林種苗は遺伝的に変化したと考えられる。そこで、静岡県天竜地方において成立年代の異なる林分の遺伝的多様性を、2種類の遺伝マーカー（SSR、SNP）を用いて比較し、以下のことを明らかにした。（１）遺伝的多様性は調査した年代間で大きな変化は認められない。（２）江戸時代植栽の超高齢林では、太平洋側天然林起源の系統が用いられていた。（３）明治期には、多...
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
【農学】水圏応用科学：量的形質遺伝子座(QTL) ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【農学】水圏応用科学：さんご ／SNPを含む研究件
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
❏サンゴの「個性」がストレス耐性の鍵？-ゲノム科学による解明-(25660172)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】新里 宙也 沖縄科学技術大学院大学, その他の研究科, 研究員 (70524726)
【キーワード】ゲノム / サンゴ礁 / SNP / ストレス / サンゴ
【概要】地球規模の環境変動により、サンゴ礁が危機的な状況にある。サンゴのストレス耐性には共生する藻類が重要だと考えられているが、ストレス耐性は個体により著しく異なるのではないか、という仮説のもと、ストレスに耐性がある個体と敏感な個体を複数選別し、そのゲノム上の一塩基多型(SNP: Single Nucleotide Polymorphism)を比較することで、ストレス耐性に関わる遺伝子やゲノム領域の特定を...
【医歯薬学】基礎医学：熱産生 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【医歯薬学】内科系臨床医学：連鎖不平衡 ／SNPを含む研究件
❏自然選択がヒトゲノム多様性および連鎖不平衡構造に与える影響の解析(18710160)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】大橋 順 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (80301141)
【キーワード】自然選択 / 連鎖不平衡 / ヒトゲノム多様性 / コンピュータシミュレーション / SNP (他7件)
【概要】1.GYPC欠失変異およびその周辺領域のSNPおよびマイクロサテライトマーカーの解析 メラネシア系集団としてバロパ島民、ニューギニア南部ギデラ族およびソロモン諸島民、ポリネシア系集団としてトンガ人において、GYPC遺伝子欠失変異の解析を行った(各集団100個体程度)。スクリーニングの結果、バロパ島民においてのみGYPC欠失変異が観察された。欠失変異周辺に存在する5個のマイクロサテライトマーカーを解...
❏日本人2型糖尿病感受性領域の連鎖不平衡マッピングによる糖尿病感受性遺伝子の同定(15310138)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2003 - 2005
【研究代表者】原 一雄 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (50359600)
【キーワード】SNP / 相関解析 / 連鎖不平衡 / インスリン抵抗性 / 2型糖尿病
【概要】我々が既に同定した計9箇所の日本人2型糖尿病原因遺伝子座(1p36-p32,2q34,3q26-q28,6p23,7p22-p21,9p,11p13-p12、15q13-q21と20q12-q13)についてSNPを利用した患者対照解析を行い、2型糖尿病感受性遺伝子の絞込みを行った。染色体1番(1p36-p32)の領域についてはAMPキナーゼα2サブユニット遺伝子(PRKAA2)のイントロン2に存在...
【医歯薬学】内科系臨床医学：疾患感受性 ／SNPを含む研究件
❏遺伝子多型性に基づく心血管病患者の予後予測評価および治療薬の開発(12794012)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】地域連携推進研究費
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】永井 良三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60207975)
【キーワード】心血管病 / 遺伝子多型 / 疾患感受性 / プロモーター領域 / Matrix metalloproteinase (他13件)
【概要】本研究の目的は心血管病の発症・重症度を規定する遺伝子マーカーを同定することである。 我々は東大病院循環器内科用い包括的臨床データベースを構築し約1800例のデータを得ており、あわせて東京大学医学部の当該倫理委員会の承認のもと遺伝子検体採取を行い約1300例のDNAが解析可能である。これらを活用し動脈硬化症発症を規定する遺伝子多型およびそれに付随する遺伝子機能解析を行い以下の結果を得た。(1)ATP...
❏包括的アプローチによる自己免疫疾患感受性遺伝子の解析(11470505)
【研究テーマ】人類遺伝学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】土屋 尚之 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (60231437)
【キーワード】全身性エリテマトーデス / 慢性関節リウマチ / Crohn病 / 遺伝子多型 / 遺伝子発現 (他24件)
【概要】慢性関節リウマチ(RA)、全身性エリテマトーデス(SLE)、Crohn病の病因、病態を、ゲノム研究のアプローチを用いて検討した。 まず、過去に系統的な多型スクリーニングが施行されていなかった遺伝子(TNFR2,FCGR2B, CD28,CTLA-4,CD80, CD86,CD22,SHP-1,CCR3,CCR4,CXCR1,CXCR2,CXCR3,BLYS, BCMA, OX4OL, NKG2A,...
【医歯薬学】内科系臨床医学：プロモーター ／SNPを含む研究件
❏遺伝子多型性に基づく心血管病患者の予後予測評価および治療薬の開発(12794012)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】地域連携推進研究費
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】永井 良三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60207975)
【キーワード】心血管病 / 遺伝子多型 / 疾患感受性 / プロモーター領域 / Matrix metalloproteinase (他13件)
【概要】本研究の目的は心血管病の発症・重症度を規定する遺伝子マーカーを同定することである。 我々は東大病院循環器内科用い包括的臨床データベースを構築し約1800例のデータを得ており、あわせて東京大学医学部の当該倫理委員会の承認のもと遺伝子検体採取を行い約1300例のDNAが解析可能である。これらを活用し動脈硬化症発症を規定する遺伝子多型およびそれに付随する遺伝子機能解析を行い以下の結果を得た。(1)ATP...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】外科系臨床医学：めだか ／SNPを含む研究件
❏メダカを用いたヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の構築(21657065)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
【キーワード】野生メダカ / 水田農耕 / 拡散 / cytochrome P450 / 遺伝的多型 (他17件)
【概要】【背景】近年ヒト集団において膨大な遺伝的多型が報告されてきているが、対立遺伝子(アレル)間の機能的差違や進化的意義は不明な場合がほとんどである。 【目的】メダカを用いた多型の機能差を計る実験系を構築する。 【平成22年度の成果】(1)野生メダカ地域集団試料の収集:勝村啓史(協力者)は昨年に引き続き野生メダカのサンプリングをおこなった。特に北部九州(弥生時代に水田農耕が伝播したと考えられる地域)4地...
❏ゲノム情報を活用した人類学研究の新ストラテジー構築(19570226)
【研究テーマ】人類学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教 (40401228)
【キーワード】分子人類学 / ゲノム人類学 / 適応進化 / 多型 / 生体機能解析 (他12件)
【概要】ゲノム情報からヒトにおいて環境適応に関連してきた可能性のある多型が見つかる。これらについて(1)機能解析を行うための実験モデル生物としてメダカ(Oryzias latipes)が有望であることが明らかになった。また(2)ゲノム中で人類集団間での対立遺伝子(アレル)頻度が大きく異なることが知られていたアルコール脱水素酵素(ADH)遺伝子クラスターについて、全ヒト多様性のうち、東アジアにおいて正の自然...
【医歯薬学】社会医学：卵巣がん ／SNPを含む研究件
❏卵巣癌の薬物応答に関与する新規バイオマーカーの特定(24592529)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】山上 亘 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30348718)
【キーワード】卵巣癌 / 分子標的治療薬 / 化学療法 / バイオマーカー / SNP (他12件)
【概要】本研究は①一塩基多型(single nucleotide polymorphism, SNP)に基づいた卵巣癌術後化学療法の効果予測　②卵巣癌への分子標的治療薬効果予測マーカーの開発を目的とした。①は癌症例の血中リンパ球の網羅的SNP解析により、化学療法の好中球減少の程度で有意差を認めるSNPを5種、および判別分析にて20種抽出した。これらの中に予後と相関を認めたSNPが認められた。②は卵巣癌組織...
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
【医歯薬学】社会医学：マイクロアレイ ／SNPを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
❏転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築(11780251)
【研究テーマ】知能情報学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】角田 達彦 理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, チームリーダー(研究職) (10273468)
【キーワード】転写制御 / 転写因子 / 転写因子結合配列 / p53 / プロモータ (他13件)
【概要】この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相...
【医歯薬学】社会医学：DNAチップ ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏性ホルモン受容体とその応答遺伝子からみた骨粗鬆症の病態解析(12470219)
【研究テーマ】内分泌学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】井上 聡 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40251251)
【キーワード】骨粗鬆症 / エストロゲン / SNP / 骨芽細胞 / 標的遺伝子 (他11件)
【概要】エストロゲン受容体のαとβ両方の活性を抑えるドミナントネガティブ体を発現するトランスジェニックラットを作製したところ、雌において閉経後骨粗鬆症モデルとしての卵巣摘除後ホルモン補充に対し抵抗性を示した。次に、雄の骨代謝におけるエストロゲン受容体の重要性を示し、さらにこの疾患モデル動物由来の骨芽細胞よりエストロゲンの新しい標的遺伝子として、DNAチップ解析によりサイクリンD2,D3を同定した。主にSN...
【医歯薬学】社会医学：行動学 ／SNPを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏犬の気質に関する行動遺伝学的研究；攻撃性の細分類と遺伝的背景の解明(26292163)
【研究テーマ】統合動物科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 攻撃性 / SNP / 犬 (他6件)
【概要】本研究では，攻撃性と気質評価に特化したアンケートを作成し，犬の飼い主よりチワワ372頭，トイプードル537頭の血液およびアンケートの回答を収集した。アンケート回答結果を検討した上で，特定の表現型についてゲノムワイド関連解析を実施したところ，攻撃性を気質やその動機づけによって細分類することで，従来得ることのできなかった関連性が示唆される遺伝子多型が検出され，犬の攻撃性に関わる感受性遺伝子多型の一部が...
【医歯薬学】歯学：次世代シーケンサー ／SNPを含む研究件
❏日本列島のアワビ類における種分化遺伝子の探索(17K19280)
【研究テーマ】森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
【キーワード】アワビ / 種分化 / 集団ゲノミクス / ゲノムシーケンス / GRAS-Di (他20件)
【概要】日本の水産重要種であるエゾアワビ（エゾ）、クロアワビ（クロ）、マダカアワビ（マダカ）、メガイアワビ（メガイ）は近縁な関係にあり、分布域が重複するものの、それぞれが独自の表現型を示す。これらのアワビ類の進化的関係と種分化プロセス、種分化に関与するゲノム基盤の解明に挑戦することを目的とし、ゲノムワイドSNPマーカーを用いた集団ゲノミクス解析を行った。エゾ・クロとマダカ、メガイ間では明確な遺伝的分化が生...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【医歯薬学】薬学：エストロゲン受容体 ／SNPを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏性ホルモン受容体とその応答遺伝子からみた骨粗鬆症の病態解析(12470219)
【研究テーマ】内分泌学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】井上 聡 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40251251)
【キーワード】骨粗鬆症 / エストロゲン / SNP / 骨芽細胞 / 標的遺伝子 (他11件)
【概要】エストロゲン受容体のαとβ両方の活性を抑えるドミナントネガティブ体を発現するトランスジェニックラットを作製したところ、雌において閉経後骨粗鬆症モデルとしての卵巣摘除後ホルモン補充に対し抵抗性を示した。次に、雄の骨代謝におけるエストロゲン受容体の重要性を示し、さらにこの疾患モデル動物由来の骨芽細胞よりエストロゲンの新しい標的遺伝子として、DNAチップ解析によりサイクリンD2,D3を同定した。主にSN...
【医歯薬学】薬学：受容体 ／SNPを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏性ホルモン受容体とその応答遺伝子からみた骨粗鬆症の病態解析(12470219)
【研究テーマ】内分泌学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】井上 聡 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40251251)
【キーワード】骨粗鬆症 / エストロゲン / SNP / 骨芽細胞 / 標的遺伝子 (他11件)
【概要】エストロゲン受容体のαとβ両方の活性を抑えるドミナントネガティブ体を発現するトランスジェニックラットを作製したところ、雌において閉経後骨粗鬆症モデルとしての卵巣摘除後ホルモン補充に対し抵抗性を示した。次に、雄の骨代謝におけるエストロゲン受容体の重要性を示し、さらにこの疾患モデル動物由来の骨芽細胞よりエストロゲンの新しい標的遺伝子として、DNAチップ解析によりサイクリンD2,D3を同定した。主にSN...
【医歯薬学】薬学：エストロゲン ／SNPを含む研究件
❏子宮内膜症・エストロゲン依存性婦人科腫瘍の発生・進展機構の分子的解明(21592089)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2009 - 2011
【研究代表者】矢野 哲 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (90251264)
【キーワード】エストロゲン / 受容体 / 卵巣癌 / 子宮内膜癌 / 乳癌 (他22件)
【概要】乳癌関連遺伝子DBC1はERβと核内で複合体を形成し、ERβの転写活性化能を阻害することが示された。乳腺や卵巣などのERβ含有組織において、DBC1はERβの転写活性に抑制的に作用することにより造腫瘍作用を発揮すると考えられる。またDBC1は、癌抑制遺伝子BRCA1のC末端のBRCTと結合しその転写活性化能を抑制し、BRCA1依存性の生存促進因子SIRT1の発現を抑制するという別経路による造腫瘍性...
❏性ホルモン受容体とその応答遺伝子からみた骨粗鬆症の病態解析(12470219)
【研究テーマ】内分泌学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】井上 聡 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40251251)
【キーワード】骨粗鬆症 / エストロゲン / SNP / 骨芽細胞 / 標的遺伝子 (他11件)
【概要】エストロゲン受容体のαとβ両方の活性を抑えるドミナントネガティブ体を発現するトランスジェニックラットを作製したところ、雌において閉経後骨粗鬆症モデルとしての卵巣摘除後ホルモン補充に対し抵抗性を示した。次に、雄の骨代謝におけるエストロゲン受容体の重要性を示し、さらにこの疾患モデル動物由来の骨芽細胞よりエストロゲンの新しい標的遺伝子として、DNAチップ解析によりサイクリンD2,D3を同定した。主にSN...
【医歯薬学】薬学：トランスクリプトーム ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
【医歯薬学】看護学：遺伝子多型(SNPs) ／SNPを含む研究件
❏薬物動態解析を目的とした臨床ゲノム情報システムの開発(16200038)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】小山 博史 東京大学, 医学部附属病院, 科学技術振興特任教員(特任教授) (30194640)
【キーワード】薬物動態解析 / 抗癌剤 / 遺伝子多型 / 個別化医療 / グリッドコンピューティング (他20件)
【概要】(1)データベースグリッド技術であるOGSA-WebDBを用い臨床ゲノム情報と関連する複数のライフサイエンスデータベースから薬剤関連情報を網羅的に抽出できる臨床ゲノム情報探索システムを開発した.副作用情報はTOXINETから、遺伝子名はPharmGKBから、蛋白質情報はEntrez Proteinから抽出し、抽出遺伝子あるいは蛋白質名に対応した発現臓器をLSBMから,パスウエイ情報はKEGGから,...
❏遺伝子多型性に基づく心血管病患者の予後予測評価および治療薬の開発(12794012)
【研究テーマ】循環器内科学
【研究種目】地域連携推進研究費
【研究期間】2000 - 2002
【研究代表者】永井 良三 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (60207975)
【キーワード】心血管病 / 遺伝子多型 / 疾患感受性 / プロモーター領域 / Matrix metalloproteinase (他13件)
【概要】本研究の目的は心血管病の発症・重症度を規定する遺伝子マーカーを同定することである。 我々は東大病院循環器内科用い包括的臨床データベースを構築し約1800例のデータを得ており、あわせて東京大学医学部の当該倫理委員会の承認のもと遺伝子検体採取を行い約1300例のDNAが解析可能である。これらを活用し動脈硬化症発症を規定する遺伝子多型およびそれに付随する遺伝子機能解析を行い以下の結果を得た。(1)ATP...
❏包括的アプローチによる自己免疫疾患感受性遺伝子の解析(11470505)
【研究テーマ】人類遺伝学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】土屋 尚之 東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (60231437)
【キーワード】全身性エリテマトーデス / 慢性関節リウマチ / Crohn病 / 遺伝子多型 / 遺伝子発現 (他24件)
【概要】慢性関節リウマチ(RA)、全身性エリテマトーデス(SLE)、Crohn病の病因、病態を、ゲノム研究のアプローチを用いて検討した。 まず、過去に系統的な多型スクリーニングが施行されていなかった遺伝子(TNFR2,FCGR2B, CD28,CTLA-4,CD80, CD86,CD22,SHP-1,CCR3,CCR4,CXCR1,CXCR2,CXCR3,BLYS, BCMA, OX4OL, NKG2A,...
【医歯薬学】看護学：一塩基多型 ／SNPを含む研究件
❏文化－ジーン共進化説のミクロ的確認とネットワーク社会学的展開(20K20281)
【研究テーマ】社会学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2020-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】桜井 芳生 鹿児島大学, 法文教育学域法文学系, 教授 (50264396)
【キーワード】遺伝子 / 遺伝子社会学 / 遺伝子一塩基多型 / SNP / ツイッター (他27件)
【概要】遺伝子変数が、ひとびとの社会行為・意識に影響を与えているかをさぐった。遺伝子一塩基多型（SNP)rs53576が、ツイッターの頻度に、rs4680が、スマホゲーム頻度に、セロトニントレンスポーター遺伝子多型５－HTTLPRが、「生きにくさ」意識に、影響をあたえていることを、世界で初めて見出した。一冊の成書『遺伝子社会学の試み 社会学的生物学嫌い(バイオフォビア)を超えて 』日本評論社 として、市場...
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏マルチパーティー間のプライバシーアウェアな最適化法(17650012)
【研究テーマ】計算機システム・ネットワーク
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】小林 重信 東京工業大学, 大学院総合理工学研究科, 教授 (40016697)
【キーワード】クラスタリング / プライバシ / セキュリティ / 遺伝的アルゴリズム / k-means (他12件)
【概要】本研究ではネットワーク上の経路探索とクラスタリングの二つのアルゴリズムについて、そのセキュリティ要件を明らかにし、これをプライバシを保護しつつ実行するためのプロトコルを考案した。 ・プライバシアウェアな最適経路探索サービス 平成17年度ではWeb上の経路探索サービスにおける、クライアントが入力した訪問地点や訪問日時などの個人情報を開示することなく最適経路探索を探索するための局所探索法を考案し、一回...
【医歯薬学】看護学：データベース ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
❏薬物動態解析を目的とした臨床ゲノム情報システムの開発(16200038)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】小山 博史 東京大学, 医学部附属病院, 科学技術振興特任教員(特任教授) (30194640)
【キーワード】薬物動態解析 / 抗癌剤 / 遺伝子多型 / 個別化医療 / グリッドコンピューティング (他20件)
【概要】(1)データベースグリッド技術であるOGSA-WebDBを用い臨床ゲノム情報と関連する複数のライフサイエンスデータベースから薬剤関連情報を網羅的に抽出できる臨床ゲノム情報探索システムを開発した.副作用情報はTOXINETから、遺伝子名はPharmGKBから、蛋白質情報はEntrez Proteinから抽出し、抽出遺伝子あるいは蛋白質名に対応した発現臓器をLSBMから,パスウエイ情報はKEGGから,...
【医歯薬学】看護学：全ゲノム解析 ／SNPを含む研究件
❏日本列島のアワビ類における種分化遺伝子の探索(17K19280)
【研究テーマ】森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
【キーワード】アワビ / 種分化 / 集団ゲノミクス / ゲノムシーケンス / GRAS-Di (他20件)
【概要】日本の水産重要種であるエゾアワビ（エゾ）、クロアワビ（クロ）、マダカアワビ（マダカ）、メガイアワビ（メガイ）は近縁な関係にあり、分布域が重複するものの、それぞれが独自の表現型を示す。これらのアワビ類の進化的関係と種分化プロセス、種分化に関与するゲノム基盤の解明に挑戦することを目的とし、ゲノムワイドSNPマーカーを用いた集団ゲノミクス解析を行った。エゾ・クロとマダカ、メガイ間では明確な遺伝的分化が生...
❏アポリポ蛋白Ｃ‐IIの新たな転写調節機構の解明(24790914)
【研究テーマ】代謝学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】高瀬 暁 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (80508094)
【キーワード】chylomicronemia / apoC-II deficiency / SNP / rare variant / アポﾘﾎﾟ蛋白C-II (他9件)
【概要】著明な高TG血症を呈するapoC-II欠損症の殆どは蛋白完全欠損例だが、血清apoC-II蛋白が少量検出されるapoC-II低下症(hypoapoC-II)も報告されている。 著明な高TG血症、反復する急性膵炎、測定感度以下(免疫比濁法)のapoC-II蛋白からapoC-II欠損症と診断された自験例は、immunoblotにて少量の血清apoC-II蛋白が検出されhypoapoC-IIと考えられた...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／SNPを含む研究件
❏文化－ジーン共進化説のミクロ的確認とネットワーク社会学的展開(20K20281)
【研究テーマ】社会学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(開拓)
【研究期間】2020-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】桜井 芳生 鹿児島大学, 法文教育学域法文学系, 教授 (50264396)
【キーワード】遺伝子 / 遺伝子社会学 / 遺伝子一塩基多型 / SNP / ツイッター (他27件)
【概要】遺伝子変数が、ひとびとの社会行為・意識に影響を与えているかをさぐった。遺伝子一塩基多型（SNP)rs53576が、ツイッターの頻度に、rs4680が、スマホゲーム頻度に、セロトニントレンスポーター遺伝子多型５－HTTLPRが、「生きにくさ」意識に、影響をあたえていることを、世界で初めて見出した。一冊の成書『遺伝子社会学の試み 社会学的生物学嫌い(バイオフォビア)を超えて 』日本評論社 として、市場...
❏生活習慣病遺伝子を指標としたアジア地域での農耕・遊牧への遺伝的適応の実証研究(23687036)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】ゲノム多様性 / 生活習慣病 / SNP / モンゴル人 / 適応 (他19件)
【概要】遊牧民族であるモンゴル人と、農耕を中心的な生業としてきた日本人では、肥満などの生活習慣病への感受性に大きな差を示す。このような差は、両集団が異なる生業に遺伝的に適応してきたことに部分的に由来すると考え、ゲノム人類学・遺伝疫学的解析を展開した。その結果、モンゴル人と日本人などの農耕民族の間で、アルコール代謝、脂肪酸代謝、糖新生・解糖などに関与する遺伝子群や、脂肪蓄積に関連する遺伝子セットが大きな遺伝...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏ゲノム科学による南西諸島全域のサンゴ個体群の全容解明(26290065)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】新里 宙也 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)
【キーワード】サンゴ / 集団遺伝 / SNP / ゲノム / 南西諸島 (他6件)
【概要】生物多様性豊かなサンゴ礁が存在する南西諸島のサンゴの遺伝的集団構造を、ゲノム科学的手法を用いて明らかにすることを目的とした。南西諸島で普通に見られ、種の多様性が高いミドリイシ属サンゴの仲間で、全ゲノムが解読されている種の沖縄周辺の詳細な集団構造を、ゲノムワイドなSNP情報により明らかにした。さらにゲノム情報と次世代シーケンサーから得られる膨大なDNA情報を活用して、多様なサンゴ種の集団構造を解析可...
【医歯薬学】看護学：GWAS ／SNPを含む研究件
❏盲導犬の適性気質に関わるゲノムマーカーの探索(17K19317)
【研究テーマ】獣医学、畜産学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】武内 ゆかり 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (10240730)
【キーワード】行動学 / 気質 / 注意散漫 / SNP / GWAS (他9件)
【概要】本研究では，日本盲導犬協会に所属する763頭の盲導犬候補個体に対する訓練士による行動傾向評価データを用いて盲導犬適性気質を抽出した。 続いて，適性と有意に関わる「注意散漫」気質について，215個体の遺伝子型データをもとにゲノムワイド関連解析を実施した。その結果，「注意散漫」気質と有意に関連する一塩基多型が36番染色体のplakophilin4遺伝子上に存在することが明らかとなった。 ...
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏ゲノムワイド関連研究によるパニック障害の候補遺伝子研究(22591256)
【研究テーマ】精神神経科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】梅景 正 東京大学, 環境安全本部, 准教授 (20323587)
【キーワード】Panic Disorder, GWAS, SNP / Panic Disorder / GWAS / SNP / Panic disorder
【概要】本研究は、パニック障害患者を対象に一般健常成人をコントロールとしてゲノムワイド関連解析(GWAS)を行い、候補補遺伝子の特定を目指したものである。これまでに行った2つのGWASをもとにメタ解析を行い(患者718名、健常対照1717名)、候補部位を同定した。さらに、TaqMan解析法を用いて独立したサンプル(患者329名、健常対照861名)にて確認実験を行った。その結果、有意な関連を持つ遺伝子を見出...
【医歯薬学】看護学：遺伝子発現 ／SNPを含む研究件
❏気候変動の影響緩和を目指した北方針葉樹の環境適応ゲノミクス(16H02554)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60323474)
【キーワード】トドマツ / SNP / 局所適応 / 産地選択 / 多変量ランダムフォーレスト (他47件)
【概要】トドマツ産地試験林の形態・生理解析から、適応に関与する機能形質を解明した。分離集団を用いて機能形質のQTLを解明し、樹冠発達にかかわる遺伝子としてAタイプARRのタンパクが候補として挙げられた。トドマツ相互移植試験地の表現型データとSNPデータに基づくアソシエーション解析から、生残・成長・繁殖等の適応形質に関連する候補SNPを検出した。北海道全域の天然林を対象に、集団遺伝解析を行い、気象因子が遺伝...
❏北方針葉樹における標高適応に関わるフェノロジーの分子遺伝機構(25292081)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】後藤 晋 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (60323474)
【キーワード】QTL / フェノロジー / RADseq / SNPマーカー / リアルタイムPCR (他22件)
【概要】トドマツの高標高×低標高交配家系から作出した分離集団240個体について、フェノロジーと成長形質を測定し、約500個のSNPマーカーを用いて連鎖地図を作成した結果、染色体数と同じ１2連鎖群に収束した。作成した連鎖地図を用いてQTL解析を行った結果、4形質について有意なQTLを検出できた。さらに、部位別に抽出したRNAを利用してトランスクリプトーム解析を行った結果、223,621本のトランスクリプトと...
❏ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法(16300088)
【研究テーマ】統計科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2007
【研究代表者】江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
【キーワード】機械学習 / 統計推論 / ブースティング / 遺伝子発現 / タンパク発現 (他18件)
【概要】バイオインフォマティックスのための新たな統計科学を構築することに貢献した。特にヒトゲノム多様性に由来する様々なデータから合理的な結論を得るための統計的方法論を開発した。具体的な問題としては、遺伝子発現データからの難治性がん疾患遺伝子の発見や、SNPsデータから薬剤感受性を規定する遺伝子多型の同定が挙げられる。これらの目的のために特化した新たな統計的方法を開発,又は開発中である。主な研究成果は次のよ...
【医歯薬学】看護学：遺伝学 ／SNPを含む研究件
❏遺伝学と生理学の融合によるヒト寒冷適応進化の実証研究(18H02515)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】中山 一大 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (90433581)
【キーワード】ヒト / 寒冷適応進化 / 褐色脂肪組織 / 自然選択 / ゲノム多型 (他15件)
【概要】ヒトが高緯度の寒冷環境に遺伝的に適応した証拠を発見するため、ヒトの体温調節に重要な役割を果たしている褐色脂肪組織の個人差や、寒冷刺激化での体温調節機能の変化等を生理学的な手法で詳細に解析し、これに関連するゲノム多型の進化パターンの解析を行った。その結果、ヒトが北アジアから南北アメリカ大陸への進出の際の寒冷適応の証拠と思われるゲノム領域を複数同定することができた。 ...
❏東アジアにおける『寒冷適応＝肥満抗性仮説』の実証に向けたゲノム人類学研究(26291096)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】中山 一大 自治医科大学, 医学部, 講師 (90433581)
【キーワード】モンゴル人 / ゲノム多様性 / 寒冷適応 / 正の自然選択 / 肥満 (他14件)
【概要】現代人の肥満はエネルギーの摂取量と消費量の不均衡にその原因がある。本課題では、エネルギー消費の一翼を担う「代謝性熱産生」に着目し、現代人の肥満感受性が、祖先集団が過去に獲得した寒冷環境への遺伝的適応形質の影響下にある、という仮説を実証すべく、全ゲノムレベルでのヒトの遺伝的様性パターンの解析、遺伝疫学解析、分子生物学解析を柱とする学際的研究を推進した。 ...
【医歯薬学】看護学：化学療法 ／SNPを含む研究件
❏卵巣癌の薬物応答に関与する新規バイオマーカーの特定(24592529)
【研究テーマ】産婦人科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】山上 亘 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30348718)
【キーワード】卵巣癌 / 分子標的治療薬 / 化学療法 / バイオマーカー / SNP (他12件)
【概要】本研究は①一塩基多型(single nucleotide polymorphism, SNP)に基づいた卵巣癌術後化学療法の効果予測　②卵巣癌への分子標的治療薬効果予測マーカーの開発を目的とした。①は癌症例の血中リンパ球の網羅的SNP解析により、化学療法の好中球減少の程度で有意差を認めるSNPを5種、および判別分析にて20種抽出した。これらの中に予後と相関を認めたSNPが認められた。②は卵巣癌組織...
❏薬物動態解析を目的とした臨床ゲノム情報システムの開発(16200038)
【研究テーマ】医用システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】小山 博史 東京大学, 医学部附属病院, 科学技術振興特任教員(特任教授) (30194640)
【キーワード】薬物動態解析 / 抗癌剤 / 遺伝子多型 / 個別化医療 / グリッドコンピューティング (他20件)
【概要】(1)データベースグリッド技術であるOGSA-WebDBを用い臨床ゲノム情報と関連する複数のライフサイエンスデータベースから薬剤関連情報を網羅的に抽出できる臨床ゲノム情報探索システムを開発した.副作用情報はTOXINETから、遺伝子名はPharmGKBから、蛋白質情報はEntrez Proteinから抽出し、抽出遺伝子あるいは蛋白質名に対応した発現臓器をLSBMから,パスウエイ情報はKEGGから,...
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