【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】水圏生産科学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 回遊 / 浸透圧調節 / 進化 / 比較ゲノム

【概要】海と河をめぐる回遊機構（遡河回遊）に関しては、これまでに多くの生理・生態学的な知見が集積しているが、回遊を可能ならしめたゲノム上の変異は同定されていない。トラフグ属魚類の多くは純海産魚であるが、その近縁2種は淡水適応に成功し、河に遡って産卵する。本研究では、これまでの回遊研究とは異なった切り口、すなわち順遺伝学的手法を採用した。その結果、遡河性2種に共通の淡水耐性遺伝子座を見出した。次に、トラフグ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】渡邉 日出海 (2006, 2008) 北海道大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (30322754)

【キーワード】比較ゲノム / 地理的隔離 / 種分化 / 分岐年代 / 淡水魚 (他15件)

【概要】生物種の分岐年代を高精度で推定するために、従来広く利用されてきた化石試料には依存しない方法を新たに開発した。本方法では、生物学とは独立に年代が詳しく調べられている地殻変動イベントとそれによって引き起こされたと考えられる種分化を基準とする。これにより、化石試料に伴う大きな曖昧さを回避し、化石を得ることが困難な系統についても現生生物のDNAを用いて種分岐年代を正確に求めることができるようになった。 ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】井上 潤 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (10596779)

【キーワード】解析パイプライン / Web tool / ゲノム比較 / 左右相称動物 / 脊索動物の起源 (他14件)

【概要】遺伝子の機能を推定する web tool, ORTHOSCOPE を開発した．ORTHOSCOPE は，ユーザーが注目する左右相称動物に含まれる数種のゲノムデータから，同じ機能を持つと考えられる遺伝子を判定する． ORTHOSCOPE を用いて，脊椎動物祖先の出現を可能にした 2 つの器官の由来に迫った：(1) 脊椎動物のすばやい動きを可能にする骨格筋は，骨格筋アクチンとトロポニン C を新たに用...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水圏生産科学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 回遊 / 浸透圧調節 / 進化 / 比較ゲノム

【概要】海と河をめぐる回遊機構（遡河回遊）に関しては、これまでに多くの生理・生態学的な知見が集積しているが、回遊を可能ならしめたゲノム上の変異は同定されていない。トラフグ属魚類の多くは純海産魚であるが、その近縁2種は淡水適応に成功し、河に遡って産卵する。本研究では、これまでの回遊研究とは異なった切り口、すなわち順遺伝学的手法を採用した。その結果、遡河性2種に共通の淡水耐性遺伝子座を見出した。次に、トラフグ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生産科学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 回遊 / 浸透圧調節 / 進化 / 比較ゲノム

【概要】海と河をめぐる回遊機構（遡河回遊）に関しては、これまでに多くの生理・生態学的な知見が集積しているが、回遊を可能ならしめたゲノム上の変異は同定されていない。トラフグ属魚類の多くは純海産魚であるが、その近縁2種は淡水適応に成功し、河に遡って産卵する。本研究では、これまでの回遊研究とは異なった切り口、すなわち順遺伝学的手法を採用した。その結果、遡河性2種に共通の淡水耐性遺伝子座を見出した。次に、トラフグ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助手 (20292790)

【キーワード】トラフグ / 比較ゲノム / 連鎖地図 / 育種 / 養殖 (他7件)

【概要】【背景】近年ゲノム情報を活用した効率的な育種法の確立が養殖産業において強く求められている。トラフグはゲノムドラフト配列が解読されているため,連鎖地図を利用することで,効率的な育種が可能となるが、連鎖地図の報告はこれまでない.本研究ではトラフグのゲノム全領域をカヴァーする連鎖地図を得るため,昨年度作製した連鎖地図にマーカーを付け加え、トラフグの染色体数に対応した数の連鎖群を得ることを目的とした。また...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2006 - 2007

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)

【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】生物・生体工学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2002 - 2006

【研究代表者】今中 忠行 京都大学, 工学研究科, 教授 (30029219)

【キーワード】超好熱菌 / 機能未知遺伝子 / 遺伝子破壊 / 始原菌 / 新規代謝系 (他12件)

【概要】1.超好熱菌遺伝子破壊系の改良 ΔpyrF株を宿主とし、pyrFマーカー遺伝子の上流および下流に相同領域を導入することにより、一段階目の相同組換えの後にpyrFマーカー遺伝子がゲノム上から脱落する系を開発した。この系では原理的には如何なる数の遺伝子でも破壊・導入が可能となる。 2.中央代謝経路の解明 炭素中央代謝に着目し、ゲノム情報からその存在が不明であった多数の遺伝子を特定した。 (1)我々は超...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2014-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】Frith Martin 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40462832)

【キーワード】genome / orthology / alignment / probability / substitution (他10件)

【概要】ヒトDNAの配列再編成の調査は、NARで発表されました。簡略化された”チャイルドテーブル”アルゴリズムは、類似した配列を見つけるために、IEEE/ACM TCBBで発表されました。ゲノムの変異を見つける方法は、BMC Medical Genomicsで発表されました。DNA隣接ベース（細菌の系列差別を改善する）我々の方法は、BMC Bioinformaticsで発表されました。我々の分析法は、最近...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】層位・古生物学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】遠藤 一佳 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80251411)

【キーワード】貝殻形成 / 軟体動物 / 形態形成 / 進化発生学 / バイオミネラリゼーション (他18件)

【概要】軟体動物の貝殻形成機構を解明するため、巻貝類のモノアラガイ、セイヨウカサガイ、クサイロアオガイ、二枚貝類のアコヤガイ、および頭足類のオウムガイ等を用いたゲノム解析、トランスクリプトーム解析、プロテオーム解析を行うとともに、胚への遺伝子導入技術の開発や各種阻害剤による遺伝子産物の機能解析を行った。その結果、貝殻の初期発生に関連した遺伝子経路と貝殻成長における巻きと捩れを制御するタンパク質を発見したほ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】木下 滋晴 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (40401179)

【キーワード】寿命 / 老化 / 魚 / 筋肉 / 成長ホルモン (他16件)

【概要】魚類は様々な抗老化特性を示し、ヒトの最大寿命をはるかに超える長命種や一年未満で死ぬ短命種など寿命や老化の多様性を探る興味深い対象である。本研究では魚類の示す抗老化特性の一つである筋肉の終生的成長や再生能力維持に関し、成長と老化のバランスを制御するmTORシグナルの老齢段階での亢進が魚類では抑制されている可能性を提示した。また、mTORシグナルの過剰な促進は成長を促進するが、それはオートファジー、D...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2012-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】加藤 明 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (40311336)

【キーワード】比較ゲノム / 無胃魚 / 胃 / 胃酸 / 壁細胞 (他8件)

【概要】公開されている魚類ゲノムデータを無胃魚（フグ、ゼブラフィッシュなど）と有胃魚（イトヨなど）に分類し、無胃魚で共通に欠損する遺伝子の解析から胃の機能を担う未知因子を探索した。比較ゲノム解析から無胃魚で共通に欠損する16遺伝子を特定した。これらは胃の機能を担うことが知られる遺伝子（atp4a, kcne2, slc26a9, vsig1, cldn18など）を含む一方、酸で活性化されるアミノ酸輸送体に...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】林 良信 慶應義塾大学, 法学部(日吉), 講師 (70626803)

【キーワード】真社会性 / 亜社会性 / 遺伝子 / 自然選択 / 昆虫 (他11件)

【概要】「単独性生物から社会性生物への進化」は、生物界に新たな複雑性を生じさせた生物進化史上の革新的な出来事の一つであり、生物学において特に注目すべき重要な現象である。本研究では、社会性生物の中でも特に複雑な社会を構築し高度な利他行動を示すシロアリに注目し、比較ゲノム解析によって単独性のゴキブリから亜社会性のゴキブリ、そして真社会性のシロアリが進化する過程でどのようなゲノム領域が急速に進化したのかを明らか...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2004 - 2006

【研究代表者】渡邊 純一 (渡辺 純一) 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)

【キーワード】寄生原虫 / マラリア / トキソプラズマ / 比較ゲノム / 発現遺伝子 (他11件)

【概要】もっとも単純な真核生物である寄生原虫は、医学的重要性のために英米でゲノム解読が早くから進められている。我々は、発現遺伝子の制御機構を解明する目的で、独自に開発したoligo-cap法を利用して、種々の寄生原虫から全長cDNAライブラリを作成し、トランスクリプトームの解析を行った。三日熱マラリア原虫(Plasmodium vivax)、ネズミマラリア原虫(P. berghei)、トキソプラズマ原虫(...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2019-04-01 - 2023-03-31

【研究代表者】菊地 泰生 宮崎大学, 医学部, 准教授 (20353659)

【キーワード】ゲノム / トランスポゾン / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 (他10件)

【概要】トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegan...

【研究テーマ】水圏生命科学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)

【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)

【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...

【研究テーマ】進化生物学

【研究種目】基盤研究(S)

【研究期間】2015-05-29 - 2020-03-31

【研究代表者】藤原 晴彦 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40183933)

【キーワード】スーパージーン / 進化遺伝 / ベイツ型擬態 / シロオビアゲハ / ナガサキアゲハ (他20件)

【概要】複雑な適応形質を制御する染色体上の隣接遺伝子群「スーパージーン」の分子的実体を他に先駆けて示した。具体的には、シロオビアゲハと近縁種ナガサキアゲハの擬態を制御するスーパージーンの構造と機能を明らかにした。前者では染色体逆位、後者では構造多様性により組換えが抑制され、両種の擬態遺伝子座は平行進化で進化した可能性が示された。また、両種の擬態形質はスーパージーン内のdsx遺伝子により主に制御されることが...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】寺井 悟朗 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任准教授 (40785375)

【キーワード】２次構造 / RNA / 点突然変異 / 原核生物 / 翻訳 (他10件)

【概要】大腸菌のmRNA配列とタンパク質発現量に関する大規模データを分析し、タンパク質発現量と高い相関を示すmRNAの２次構造的特徴を抽出した。この特徴は最小自由エネルギーなどの既存の２次構造的特徴よりも高い相関を持つことを示した。さらに、この特徴を改良するとともに、これを学習するアルゴリズムを開発した。また、発見した特徴に基づきタンパク質発現量を正または負に制御する突然変異をデザインするアルゴリズムを開...

【研究テーマ】水圏生産科学

【研究種目】挑戦的萌芽研究

【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 農学生命科学研究科, 准教授 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 回遊 / 浸透圧調節 / 進化 / 比較ゲノム

【概要】海と河をめぐる回遊機構（遡河回遊）に関しては、これまでに多くの生理・生態学的な知見が集積しているが、回遊を可能ならしめたゲノム上の変異は同定されていない。トラフグ属魚類の多くは純海産魚であるが、その近縁2種は淡水適応に成功し、河に遡って産卵する。本研究では、これまでの回遊研究とは異なった切り口、すなわち順遺伝学的手法を採用した。その結果、遡河性2種に共通の淡水耐性遺伝子座を見出した。次に、トラフグ...

【研究テーマ】水産学一般

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2008 - 2010

【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)

【キーワード】遺伝 / 育種 / トラフグ / メダカ / 棘鰭上目魚類 (他11件)

【概要】魚類に分子育種法を適用するためには、全ゲノムを覆うマーカー座が必須あるが、マーカー座の種特異性は著しく高い。多くの魚種に利用可能なマーカー座を得るため、まず、トラフグのゲノム地図を作製した。次に、これを既報のメダカのゲノム地図と比較して、魚類において保存されたゲノム構造の特徴を明らかとした。この情報をもとに、モデル魚類間で保存されたマーカー座を同定した。これらの座を用いることで、非モデル魚であるマ...