横浜市立大学大学院医学研究科 遺伝学の松本直通教授、東京大学医学部附属病院 小児科の滝澤慶一助教と張田豊准教授らの研究グループは、慢性良性蛋白尿の原因とされるCUBN遺伝子のC末端に生じる病的バリアントについて、その蛋白尿の発症機序の一端を明らかにしました。従来、タンパク質が途中で切断されるナンセンス変異などでは、同経路の異常が知られていましたが、ア...

生命医科学研究科 博士後期課程3年（創薬有機化学研究室所属）の藤田陽さんが2026年3月26日（木）～29日（日）に関西大学で開催された日本薬学会 第146年会の一般学術発表（口頭発表）で「CPPグラフト型PPI阻害ペプチドの合理的デザイン」について発表し、学生優秀発表賞を受賞しました。受賞者生命医科学研究科　博士後期課程3年創薬有機化学研究室所属...

本研究では、クライオ電子顕微鏡＊1を用いて、単純ヘルペスウイルス由来のHPCがDNAと、2種類の阻害剤（アメナメビル＊2またはプリテリビル＊3）のいずれかを結合した状態の立体構造を決定しました（図1）。その結果、HPCは、二本鎖DNAをほどく反応を担うヘリケースモジュールと、RNAプライマーの合成を担うプライメースモジュールからなる構造をとることが明らかになりました。DNAおよび阻害剤はいずれもヘリケースモジュールに結合していました。 ...

ヒストンのアセチル化として特にヒストンH4のN末テールの5番目、8番目、12番目、16番目に存在するリシン（H4-4Kと略記）のアセチル化（H4-4Kacと略記）がユークロマチン形成に重要です。私たちは、以前の研究でヒストンH4-4Kacを含むヌクレオソームと通常のヌクレオソームの構造を比較したところ、ヌクレオソームのコアの構造は変化しないのに、H4のテールの動的構造が変化し、さらにはH3のN末テールの動的な構造も変化することを見出しました。H4のテールはアセチル化によりDNA結合型からDNA非結合型に変化しますが、その結果H3のN末テールのDNA結合型構造も変化し、更にその動的な構...

横浜市立大学大学院生命医科学研究科寺山 慧研究教授および木原生物学研究所 殿崎 薫准教授の２名が、令和８年度科学技術分野の文部科学大臣表彰「若手科学者賞」を受賞しました。文部科学省では、科学技術に関する...

生命医科学研究科　構造創薬科学研究室　矢口敦也学振特別研究員が2026年1月15日（木）～16日（金）に東京大学の本郷キャンパスにて開催された理化学研究所創発物性科学研究センター主催の国際シンポジウム「International Symposium on Supramolecular Chemistry and Functional Materials 2026 （CEMSupra2026）」においてCEMS Rising Star Awardを受賞しました。CEMS Rising Star Awardは、本国際シンポジウム期間内で発表された129件のポスター発表中より4件の最...

本研究グループは、これまでに報告されていた多能性幹細胞から卵巣体細胞を分化誘導する手法（Yoshino et al., Science 2021［参考文献2］）を基盤に、発生学的な知見に基づいた改良を加えることで、精巣体細胞への分化を促す新たな培養法を確立しました。具体的には、ES細胞から精巣が形成されるまでの段階的な発生過程を試験管内で再現する誘導工程において、最終段階で、卵巣への分化を促す働きを持つWntシグナルを阻害する化合物（IWR1）を添加する手法を開発しました。このシグナル制御により、卵巣への分化を抑え、精巣分化に不可欠な転写因子であるNr5a1やGata4を発現する胎仔...

生命医科学研究科 博士後期課程2年（生命情報科学研究室）の村上 優貴さんらの研究グループは、細胞膜透過性を加味したPROTACリンカー設計AIを開発しました。その研究成果が「JACS Au」に掲載されました。筆頭著者生命医科学研究科　博士後期課程2年生命情報科学研究室村上優貴むらかみ ゆうき...

研究グループは、PPLの立体構造と糖鎖認識機構を原子レベルで明らかにするため、X線結晶構造解析およびクライオ電子顕微鏡単粒子解析を行いました。X線結晶構造解析では、GalNAc（N-acetylgalactosamine）と結合したPPLの複合体構造を2.0 Å分解能で決定しました。解析の結果、GalNAcの環構造は Trp35と強いスタッキング相互作用を形成し、さらにAsp20、Asn42、Ser24 など複数の残基との水素結合ネットワークにより高い特異性で認識されることが明らかになりました（図2）。一方、TF抗原や A型抗原のような長い糖鎖...

生命医科学研究科の石本直偉士助教が、2025年12月1日〜6日に台北国際会議中心（台湾）で開催された第19回アジア結晶学連合国際会議（AsCA2025）において、「Structural insights into cyclised pilin subunits in bacterial conjugation（細菌接合における環状化Pilusの構造生物学的洞察）」についてRising Star Sessionで発表し、Rising Star Awardを受賞しました。...

千葉大学大学院医学研究院 木内政宏助教と平原潔教授、横浜市立大学大学院医学研究科 呼吸器病学柳生洋行助教らの研究グループは、「組織常在性記憶CD4+T細胞（CD4+TRM細胞）」注1）が肺や腸などの組織に長期間とどまるメカニズムと、炎症性サイトカインの持続的な産生は、遺伝子の働きを調節するタンパク質である転写因...

研究グループは、40年にわたって、3,500症例以上の腎癌検体を凍結保存してきました。この中から、①普段あまり遭遇することのないような珍しい組織型の腎癌、②組織像が複雑で病理診断ができなかった症例（分類不能型腎細胞癌）、③薬剤が効きづらく治療に難渋した症例、などを中心に219症例について、全ゲノム解析（DNA配列を調べる方法で、遺伝子の傷を含めたゲノム全域の変化が分かります）や、遺伝子発現解析（それぞれの遺伝子がどの程度働いているかをRNAレベルで調べる方法）を行いました。複数の病理医により、最新のWHO分類（病理分類の国際的な基準）に基づいた病理診断の再評価が全症例についてなされま...

研究グループは、ヒストンH3 tailのメチル化修飾（H3K9me3）と、異なるDNA上の部位に片鎖のみがメチル化されたヘミメチル化CpGサイトを1か所持つヌクレオソームを3種類作成しました。これらのヌクレオソームとUHRF1複合体をクライオ電子顕微鏡（cryo-EM）を用いた単粒子解析（single-particle analysis）により、2.7～2.9 Åの分解能で再構成しました。その結果、ヌクレオソーム表面にあるacidic patchに対し、UHRF1のTTD中のArg247およびArg250が入り込むアルギニンアンカーとして機能し...

全身あるいは内皮細胞選択的にCXADR遺伝子を欠損させたマウスにエンドトキシンを全身投与し、生体内でのCXADRの役割を検討しました。この結果、CXADRは、エンドトキシンによる不全心臓において発現が亢進し、炎症促進および炎症抑制の二重の役割を果たしていることが示されました。さらに内皮細胞特異的欠損では、全身欠損とは対照的に主な炎症惹起分子であるp38の活性が抑制されました。本研究により、細胞起源に応じたCXADRによる多様なp38活性制御は、敗血症に伴う局所臓器炎症の新たな制御機序であり、特に血管内皮細胞に発現するCXADRは、心不全やショックを伴...

ヒト由来のPDIファミリーには20種類以上の因子が存在しますが、本研究ではその中から、カルシウム依存的に相分離を示すPDIA6を発見しました（図1）。相分離し、集合化したPDIA6は、他のシャペロンやジスルフィド結合異性化酵素、未成熟インスリンを濃縮し、その区画内で未成熟インスリンの凝集形成を抑制するとともに、立体構造形成（フォールディング）を促進する機能を有することが明らかとなりました。小胞体内のPDIA6集合体の有無における成熟インスリン生産の実験から、PDIA6集合体を形成した状態では、成熟インスリンが多く生産されることに対し、PDIA6が集合体を形成せず単体のみ存在している状...

生命医科学研究科の石本直偉士助教が、2025年9月23日〜25日に奈良コンベンションセンターで開催された第63回日本生物物理学会において、「Structural basis of the conjugation H-pilus reveals the cyclic nature of the TrhA pilin（性繊毛H-Pilusの構造が明らかにしたTrhA pilinの環状化）」について若手招待講演で発表し、若手奨励賞を受賞しました。...

バイオ産業におけるアジア最大級のパートナリングイベント「BioJapan2025」が、今年もパシフィコ横浜で開催されます！横浜市立大学は、例年通り、アカデミアブースにて研究活動および産学連携の取り組みを紹介し、来場される企業関係者をはじめとする幅広いステークホルダーに対して、研究成果や連携の可能性を効果的に発信することを目的として出展します。本学は、全学の多様性・卓越性を有する研究群の強みを有機的に連結させ「共創を加速する『よこはまデータサイクル』を構築し、未来社会における高いヘルスウェルビーイングを実現する」を提案内容として、文部...

本研究では、まず植物のDNAメチル化酵素MET1のDNAメチル化活性の特性を調べるために、試験管内でMET1の機能を評価しました。その結果、MET1は片鎖メチル化CG配列を含むDNAだけを特異的にメチル化することが分かりました。これまでの研究から、動物のDNMT1は、Ｎ末端にあるRFTSドメインがＣ末端にあるDNA結合ポケットに蓋をしてDNA結合を妨げる、いわばブレーキが掛けられた自己阻害状態を取ることが報告されています。植物MET1は2つのRFTSドメインを持っているため、これらがDNMT1と同じようにDNA結合を阻害するかを確かめました。その結果、2つのRFTSドメインを取り除い...

11月15日（土）開催科学を楽しむ全42種類のプログラム理化学研究所横浜キャンパスと横浜市立大学鶴見キャンパスは、来場者に最先端の研究に親しみ楽しんでいただく一般公開イベントを11月15日（土）に開催します。理化学研究所顕微鏡クイズ:目で観て当てよう！2025...

生命医科学研究科 博士後期期課程2年 保科隼佑さんが2025年6月22日（日）-6月25日 (水)に沖縄県石垣島で開催されたアジア・オセアニア質量分析会議において、「Quantitative Proteomics of Post-Translational Modification in Parkinson’s Disease Model Cells」について発表し、ポスター賞を受賞しました。おめでとうございます！ 「ベストプレゼンテーション賞」には約180人が応募し、12人がポスター賞を受賞しました。...

生命医科学研究科 博士前期課程2年三上芽生さんが、2025年６月22日(日)～25日(水)に沖縄県のANAインターコンチネンタル石垣リゾートで開催されたThe 10th Asia-Oceania Mass Spectrometry Conference (AOMSC 2025)において、「Search for Differentiation markers of human iPSCs by EV using data-independent acquisition LC/MS/MS」について発表し、Best Presentation Award (First Prize)を受賞しました。...

生命医科学研究科 博士前期課程２年（創薬再生科学研究室）の三上 芽生さんが、2025年５月14日に東京都品川区の微生物化学研究所で開催された第164回 質量分析学会関東談話会において、「データ非依存的取得LC/MS/MSを用いたEVプロテオミクスによるヒトiPS細胞の分化マーカー探索」について発表し、優秀学生発表賞を受賞しました。受賞者生命医科学研究科 博士...

本研究グループは、クライオ電子顕微鏡＊３により、IncHプラスミド由来のH-Pilusの高分解能での構造解析に成功しました（図1, 2）。H-Pilusはこれまで報告されてきたPilusと同様のα-Helixとループから構成されていた一方で、構成単位のピリン（H-pilusの構成タンパク質：TrhA）はN末端とC末端が結合し環状化していることを明らかにしました（図1, 2b, c）。ピリンの環状化は質量分析を中心にこれまでも報告[2]されてきましたが、構造学的情報はありませんでした。本研究では、この環状化したピリンを世界ではじめ...

生命医科学研究科 博士後期課程2年（生命情報科学研究室所属）の村上 優貴さんが、2025年3月26日〜29日に福岡国際会議場で開催された日本薬学会第145年会において、「細胞膜透過性を加味したPROTACリンカー生成AIの開発」について発表し、学生優秀発表賞を受賞しました。村上 優貴さん受賞者生命医科学研究科　博士後期課程2年生命情報...

生命医科学研究科の博士前期課程を修了した髙野玲奈さんらの研究グループは、ClozapineのPROTAC化に成功し、その研究成果が「ACS Medicinal Chemistry Letters」に掲載されました。髙野さんがデザインしたアイキャッチ画像が、カバーアートとして選ばれました。論文著者生命医科学研究科　博士前期課程2年（2024年3月修了）...

本研究では、クライオ電子顕微鏡単粒子解析によりGLUT9の尿酸が結合しているときの構造と、結合していないとき（アポ型）の構造を明らかにしました（図2a）。また、放射標識した尿酸を用いた分子機能解析により、GLUT9を介した尿酸輸送を直接測定することで、GLUTファミリーの中でも特異的な基質選択性を持つGLUT9の尿酸認識機構を明らかにしました。 ...

DNAはヒストンと呼ばれるタンパク質に巻き付いてヌクレオソームと呼ばれる構造になります。ヌクレオソームは束になってクロマチンと呼ばれる構造になります。クロマチンの中で特に凝縮度が高いものをヘテロクロマチンと呼びます。ヘテロクロマチンを形成するタンパク質にHP1が存在します。HP1はNテイル、クロモドメイン(CD) 、ヒンジ領域、クロモシャドードメイン(CSD)で構成されています（図２）。ヘテロクロマチンでは、ヌクレオソーム中のヒストンH3の９番目のリシン残基がメチル化され(H3K9me)、HP1のCDがH3K9meと結合します。ヌクレオソーム中にはヒストンH3が２個存在します。HP1の...

横浜市立大学 大学院生命医科学研究科の池口満徳教授、井上雅郎特任助教らは、東京科学大学（Science Tokyo）総合研究院 高等研究府 細胞構造生理学研究室の藤吉好則特別栄誉教授、香西大輔プロジェクト助教らと共同で、細胞内外の水輸送に関与する膜タンパク質として知られる水チャネル（用語1）の一種であるアクアポリン3（用語2）の立体構造解析（用語3）を行いました。その結果、アクアポリン3は、これまで構造解析が行われた多くの水チャネルでは見られなかった、細胞外側から水の通路がほぼ塞がれたチャネル構造を持つことを発見しました。...

本研究では、予測AIの適用範囲を定義する信頼度を自動的に調整するフレームワークであるDyRAMO（Dynamic Reliability Adjustment for Multi-objective Optimization）を開発しました。DyRAMOによる信頼度の調整は、①信頼度の設定、②分子設計、③設定された信頼度の高さと分子設計の結果の評価、を通して行われます（図２）。Step 1：使用する予測AIそれぞれにおいて、信頼度を設定し、それに基づき適用範囲を定義します。ここで、本検証での信頼度は、予測する分子と教師データに含まれる分子との構造的な...

今回の研究では、超好熱菌Aquifex aeolicusが持っている大腸菌由来RsePのホモログタンパク質（AaRseP）について、クライオ電子顕微鏡単粒子解析を用いた立体構造解析に取り組みました。AaRsePは分子量が5万以下のタンパク質で、クライオ電子顕微鏡で解析するにはサイズが小さかったことから、AaRsePの可溶性ドメインを認識する抗体を取得し、その抗体のFab＊４を結合させて構造解析を行いました。大腸菌で発現させて精製したAaRsePの野生型タンパク質や活性を低下させた変異体について、...