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「メタゲノム」とサイレントキーワードを含む研究
【環境学】環境保全学：微生物群集 ／メタゲノムを含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏南極に保存された古代試料のゲノム解析による氷期サイクルの生物相変遷(18H04139)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】本山 秀明 国立極地研究所, 研究教育系, 教授 (20210099)
【キーワード】古代DNA / 南極 / アイスコア / メタゲノム / 微生物群集 (他7件)
【概要】アイスコア中の断片化した微量DNAを解読する技術開発を進め，構築した手法を用いて，南極ドームふじアイスコア試料からの微生物解析をおこなった．その結果，氷期と間氷期では検出されるバクテリアの種類や由来に大きな違いが検出され，南極アイスコア中の微生物を古環境指標として利用できる事を示した．また，南極域の動物の集団動態が環境変動にどのような影響を受けてきたのかを解明するために，南極で採取したミイラ化した...
【数物系科学】地球惑星科学：南極 ／メタゲノムを含む研究件
❏南極に保存された古代試料のゲノム解析による氷期サイクルの生物相変遷(18H04139)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】本山 秀明 国立極地研究所, 研究教育系, 教授 (20210099)
【キーワード】古代DNA / 南極 / アイスコア / メタゲノム / 微生物群集 (他7件)
【概要】アイスコア中の断片化した微量DNAを解読する技術開発を進め，構築した手法を用いて，南極ドームふじアイスコア試料からの微生物解析をおこなった．その結果，氷期と間氷期では検出されるバクテリアの種類や由来に大きな違いが検出され，南極アイスコア中の微生物を古環境指標として利用できる事を示した．また，南極域の動物の集団動態が環境変動にどのような影響を受けてきたのかを解明するために，南極で採取したミイラ化した...
❏次世代シーケンサを用いた東南極・昭和基地周辺における菌類相の季節変動と遷移の解明(16K12643)
【研究テーマ】自然共生システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】辻 雅晴 国立極地研究所, 研究教育系, 特任研究員 (70756923)
【キーワード】南極 / メタゲノム / 次世代シーケンス / 菌類 / 昭和基地 (他8件)
【概要】本研究課題では日本の南極観測の拠点である東オングル島から異なる季節（12月（春）と2月（秋））にそれぞれ同じ地点から採取された土壌における菌類の多様性の変化についてillumina社製の次世代シーケンサーMiseqを利用してその解明を試みた。 次世代 シーケンサーで得られた配列を解析した結果、菌類では、128の集団 に分類することが出来た。この集団を詳細に解析し春と秋の季節の違いによる菌類相お変化...
【生物学】基礎生物学：シロアリ ／メタゲノムを含む研究件
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
❏シングルセル・ゲノミクスによる難培養微生物の機能解明と遺伝子資源化(22241046)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (90392117)
【キーワード】細菌叢ゲノム / 共生 / 難培養 / バイオマス / メタゲノム (他7件)
【概要】シングルセル・ゲノミクスとは、1細胞のみを用いて、ある生物種のゲノムを解読する研究分野あるいは手法である。ゲノムとは全遺伝情報、すなわち設計図であり、その生物種を用いた基礎・応用研究上、最も重要なデータの一つである。 細菌ゲノムの解読には10億個以上の同一系統の細胞が必要だが、培養すれば容易に集められる。ゲノムDNAの配列解析に要するコストも年々低下しており、これまでに、細菌を中心に1400以上の...
【生物学】人類学：多様性 ／メタゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏次世代シーケンサを用いた東南極・昭和基地周辺における菌類相の季節変動と遷移の解明(16K12643)
【研究テーマ】自然共生システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】辻 雅晴 国立極地研究所, 研究教育系, 特任研究員 (70756923)
【キーワード】南極 / メタゲノム / 次世代シーケンス / 菌類 / 昭和基地 (他8件)
【概要】本研究課題では日本の南極観測の拠点である東オングル島から異なる季節（12月（春）と2月（秋））にそれぞれ同じ地点から採取された土壌における菌類の多様性の変化についてillumina社製の次世代シーケンサーMiseqを利用してその解明を試みた。 次世代 シーケンサーで得られた配列を解析した結果、菌類では、128の集団 に分類することが出来た。この集団を詳細に解析し春と秋の季節の違いによる菌類相お変化...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【工学】土木工学：腸管系ウイルス ／メタゲノムを含む研究件
❏感染症早期発見に向けた流入下水中胃腸炎ウイルスの網羅的検出と流行指標の開発(20K04745)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流行指標 / 下水 / ウイルス (他7件)
【概要】今後ますます進むであろう社会の国際化や気候変動により、病原微生物の生態が変化し、新興ウイルスあるいは，これまで我が国では感染報告の無いウイルスによる新たな感染症の脅威が高まると考えられる。人間社会におけるウイルスの多様性と感染症の発生程度を把握し、ウイルス感染症を早期検出することは感染症対策を講じる上で必要かつ急務である。本申請研究では，下水試料からssRNAウイルス（多くのヒト腸管系ウイルスが有...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
【工学】土木工学：下水 ／メタゲノムを含む研究件
❏感染症早期発見に向けた流入下水中胃腸炎ウイルスの網羅的検出と流行指標の開発(20K04745)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流行指標 / 下水 / ウイルス (他7件)
【概要】今後ますます進むであろう社会の国際化や気候変動により、病原微生物の生態が変化し、新興ウイルスあるいは，これまで我が国では感染報告の無いウイルスによる新たな感染症の脅威が高まると考えられる。人間社会におけるウイルスの多様性と感染症の発生程度を把握し、ウイルス感染症を早期検出することは感染症対策を講じる上で必要かつ急務である。本申請研究では，下水試料からssRNAウイルス（多くのヒト腸管系ウイルスが有...
❏非意図的下水飲用再利用における腸管系ウイルスの移動および消長(20F20061)
【研究テーマ】
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2020-04-24 - 2022-03-31
【研究代表者】片山 浩之 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (00302779)
【キーワード】ウイルス / 下水 / 水環境 / メタゲノム / 下水処理
【概要】下水処理の前後におけるウイルスの存在状況を実測するため、日本国内にある下水処理場において、膜分離活性汚泥法（MBR）および活性汚泥法による除去を行っている処理場において、定期的に試料を分与いただいてウイルス濃度を測定した。MBRにおいては、ウイルスの種類にもよるが約4Log程度、通常の活性汚泥法では約2Log程度の除去が見られることを明らかにした。 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
【農学】農芸化学：腸内エコシステム ／メタゲノムを含む研究件
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【農学】農芸化学：メタゲノミクス ／メタゲノムを含む研究件
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
❏ヒト腸内細菌叢代謝機構の解明(25710016)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】山田 拓司 東京工業大学, 生命理工学研究科, 講師 (10437262)
【キーワード】バイオインフォマティクス / メタゲノミクス / ヒト腸内細菌 / データベース / 腸内細菌 (他7件)
【概要】腸内代謝経路データベースの基盤構築、及び代謝経路中における遺伝子未知の反応に対する遺伝子予測ツールを構築することができた。特に腸内代謝経路データベースは詳細な文献調査にもとづいて構築されており、これまで登録されている既知の反応情報と比較して、その２倍以上の反応経路を本研究によりデータ化している。また、各反応を担う遺伝子情報についても文献情報から抽出しており、非常に精度の高いデータベースとなっている...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【農学】農芸化学：統合オミクス ／メタゲノムを含む研究件
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【農学】生産環境農学：難培養 ／メタゲノムを含む研究件
❏細胞共生による原生生物の同所的種分化の可能性(17K19423)
【研究テーマ】多様性生物学、人類学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 種分化 / 原生生物 / 腸内微生物 / メタン菌 (他12件)
【概要】生物の種分化過程には様々な類型がある。本研究では、シロアリ腸内共生原生生物（単細胞真核生物）を題材として、原生生物と原核生物（細菌とアーキア）の細胞共生が原生生物の同所的種分化を引き起こすという仮説を立て、その検証を行った。その結果、材料とした原生生物はこれまで1属1種と考えられていたが、細胞内にメタン生成アーキアが共生するか否かで明確に2種に分離されることを明らかにした。また、同共生アーキアのゲ...
❏シングルセル・ゲノミクスによる難培養微生物の機能解明と遺伝子資源化(22241046)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (90392117)
【キーワード】細菌叢ゲノム / 共生 / 難培養 / バイオマス / メタゲノム (他7件)
【概要】シングルセル・ゲノミクスとは、1細胞のみを用いて、ある生物種のゲノムを解読する研究分野あるいは手法である。ゲノムとは全遺伝情報、すなわち設計図であり、その生物種を用いた基礎・応用研究上、最も重要なデータの一つである。 細菌ゲノムの解読には10億個以上の同一系統の細胞が必要だが、培養すれば容易に集められる。ゲノムDNAの配列解析に要するコストも年々低下しており、これまでに、細菌を中心に1400以上の...
【農学】生産環境農学：海洋細菌 ／メタゲノムを含む研究件
❏地球生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの創出(18H04136)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00553108)
【キーワード】微生物生態 / 海洋微生物 / ロドプシン / 光エネルギー / メタゲノム (他8件)
【概要】本研究では、大規模に微生物のゲノム・メタゲノム・トランスクリプトームのデータを収集・解析を行うことで、バクテリアだけでなく、真核微生物や巨大ウイルスの持つ未知ロドプシンを探索し、その機能を明らかにした。さらに、ロドプシン遺伝子の分子系統及び分布を大規模に可視化した。また、ロドプシン遺伝子は保有するがレチナール生合成経路の遺伝子を保有しない微生物分離株を用いて、未知のレチナール生合成経路が存在する可...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【農学】生産環境農学：難培養微生物 ／メタゲノムを含む研究件
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
❏海洋無脊椎動物を用いた有用難培養微生物のバイオエンリッチメント(23580286)
【研究テーマ】水産化学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】張 成年 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, グループ長 (70360766)
【キーワード】難培養微生物 / 海産無脊椎動物 / 腸内細菌叢 / バイオエンリッチメント / アルギン酸リアーゼ (他10件)
【概要】海産無脊椎動物腸を培養装置としたアルギン酸分解微生物群およびアルギン酸リアーゼ遺伝子群のバイオエンリッチメントの妥当性を検証するため、単一種の褐藻（カジメ）をサザエおよびタツナミガイに一ヶ月間給餌し、腸内細菌叢の菌種組成変化とアルギン酸リアーゼ活性を評価した。細菌叢は一定方向に収束する傾向を示し、特にサザエで顕著であった。アルギン酸リアーゼ遺伝子種も多くみられ、アルギン酸リアーゼ酵素活性も上昇する...
【農学】社会経済農学：根圏微生物 ／メタゲノムを含む研究件
❏根圏微生物に関わる作物遺伝子ネットワークの探索ー染色体地図上でのオミクス情報統合(22K19167)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2022-06-30 - 2024-03-31
【研究代表者】藤本 優 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (60554475)
【キーワード】根圏微生物 / メタゲノム / 作物
【概要】
❏人工土壌作出による土壌微生物および根圏微生物の動態解明(25292054)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】篠原 信 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門 野菜病害虫・機能解析研究領域, 上級研究員 (90326075)
【キーワード】有機質肥料活用型養液栽培 / 人工土壌 / メタゲノム / 微生物生態系 / バイオフィルム (他12件)
【概要】メタゲノム解析の結果、有機質肥料活用型養液栽培における根圏微生物のうち硝化菌が約1％を占める特異な生態系が明らかとなった。根圏微生物は植物種ごとに異なり、独自の微生物相を示した。根圏微生物から側根促進物質が抽出され、根の発達に大きく関与することが示唆された。単独では病原菌への拮抗性を示さず他の微生物と組み合わせると拮抗作用を示すペアが発見され、創発的な拮抗性が明らかとなった。 ...
【農学】社会経済農学：硝化菌 ／メタゲノムを含む研究件
❏農耕地における窒素循環の駆動力―微小環境でリンクする硝化と脱窒(26310315)
【研究テーマ】食料循環研究
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-07-18 - 2017-03-31
【研究代表者】早津 雅仁 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境変動研究センター 物質循環研究領域, 主席研究員 (70283348)
【キーワード】硝化 / 脱窒 / 亜酸化窒素 / メタゲノム / アンモニア酸化細菌 (他10件)
【概要】微生物の相互作用により硝化と脱窒が共役的あるいは共同的に進行する反応系の形成やそこに関与する硝化菌や脱窒菌の多様性や菌数、活性を明らかにすることを目的として以下の結果を得た。土壌の微粒子の解析には、粒子間の微生物の混入防止する技術の開発が不可欠である。農耕地の硝化や脱窒の活性が活発な部位は、土壌のごく表層や有機物層などに限られその部位には多様あるいは多数の硝化菌や脱窒菌が存在する。茶園土壌から新規...
❏人工土壌作出による土壌微生物および根圏微生物の動態解明(25292054)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】篠原 信 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門 野菜病害虫・機能解析研究領域, 上級研究員 (90326075)
【キーワード】有機質肥料活用型養液栽培 / 人工土壌 / メタゲノム / 微生物生態系 / バイオフィルム (他12件)
【概要】メタゲノム解析の結果、有機質肥料活用型養液栽培における根圏微生物のうち硝化菌が約1％を占める特異な生態系が明らかとなった。根圏微生物は植物種ごとに異なり、独自の微生物相を示した。根圏微生物から側根促進物質が抽出され、根の発達に大きく関与することが示唆された。単独では病原菌への拮抗性を示さず他の微生物と組み合わせると拮抗作用を示すペアが発見され、創発的な拮抗性が明らかとなった。 ...
【農学】森林圏科学：菌類 ／メタゲノムを含む研究件
❏食物アレルギーの発症における腸内細菌叢の役割の解明(17K17624)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】鈴木 寿人 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (80783042)
【キーワード】食物アレルギー / 腸内細菌叢 / メタゲノム / バクテロイデス / エスケリキア (他13件)
【概要】乳幼児の食物アレルギーを発症する要因の１つとして腸内細菌叢に着目し、研究を開始した。食物アレルギーと診断された乳幼児29名と非食物アレルギーの乳幼児21名に対して、1歳6か月の時点での便検体を収集し、腸内細菌のバランス、量の比較を行った。その結果、食物アレルギー群ではBacteroides属の低下とEscherichia属の増加が確認された。授乳方法や分娩方法、食習慣による影響は確認されなかった。...
❏次世代シーケンサを用いた東南極・昭和基地周辺における菌類相の季節変動と遷移の解明(16K12643)
【研究テーマ】自然共生システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】辻 雅晴 国立極地研究所, 研究教育系, 特任研究員 (70756923)
【キーワード】南極 / メタゲノム / 次世代シーケンス / 菌類 / 昭和基地 (他8件)
【概要】本研究課題では日本の南極観測の拠点である東オングル島から異なる季節（12月（春）と2月（秋））にそれぞれ同じ地点から採取された土壌における菌類の多様性の変化についてillumina社製の次世代シーケンサーMiseqを利用してその解明を試みた。 次世代 シーケンサーで得られた配列を解析した結果、菌類では、128の集団 に分類することが出来た。この集団を詳細に解析し春と秋の季節の違いによる菌類相お変化...
【農学】森林圏科学：昆虫 ／メタゲノムを含む研究件
❏細胞共生による原生生物の同所的種分化の可能性(17K19423)
【研究テーマ】多様性生物学、人類学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 種分化 / 原生生物 / 腸内微生物 / メタン菌 (他12件)
【概要】生物の種分化過程には様々な類型がある。本研究では、シロアリ腸内共生原生生物（単細胞真核生物）を題材として、原生生物と原核生物（細菌とアーキア）の細胞共生が原生生物の同所的種分化を引き起こすという仮説を立て、その検証を行った。その結果、材料とした原生生物はこれまで1属1種と考えられていたが、細胞内にメタン生成アーキアが共生するか否かで明確に2種に分離されることを明らかにした。また、同共生アーキアのゲ...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
【農学】森林圏科学：共生 ／メタゲノムを含む研究件
❏細胞共生による原生生物の同所的種分化の可能性(17K19423)
【研究テーマ】多様性生物学、人類学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 種分化 / 原生生物 / 腸内微生物 / メタン菌 (他12件)
【概要】生物の種分化過程には様々な類型がある。本研究では、シロアリ腸内共生原生生物（単細胞真核生物）を題材として、原生生物と原核生物（細菌とアーキア）の細胞共生が原生生物の同所的種分化を引き起こすという仮説を立て、その検証を行った。その結果、材料とした原生生物はこれまで1属1種と考えられていたが、細胞内にメタン生成アーキアが共生するか否かで明確に2種に分離されることを明らかにした。また、同共生アーキアのゲ...
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏環境ゲノミクスによるシロアリ腸内ファージ群集解析と害虫防除への応用の可能性(26650158)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 腸内細菌 / 昆虫 / シロアリ / ウイルス (他13件)
【概要】シロアリは枯死材のみを餌とする昆虫で、地球の物質循環において重要な役割を果たすと同時に、人間にとっては木材の大害虫でもある。その高効率な木質消化能力の大部分は、腸内に共生する微生物群集によるものである。本研究では、その腸内共生細菌叢を攻撃する可能性があるバクテリオファージ群集のゲノム解析を初めて行い、その群集構造とファージが感染する腸内細菌種の同定に、一部成功した。 ...
【農学】森林圏科学：土壌 ／メタゲノムを含む研究件
❏環境DNAを用いた森林葉食性昆虫の天敵微生物のモニタリング技術の開発(17H03826)
【研究テーマ】森林科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】鎌田 直人 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (90303255)
【キーワード】昆虫病原菌 / 土壌微生物 / 環境DNA / モニタリング / ブナアオシャチホコ (他18件)
【概要】最長35年間の長期にわたり密度変動を調査してきた東北地方の4地域（八甲田山・岩木山・八幡平・安比高原）のブナ林でブナアオシャチホコの幼虫の密度調査を引き続き行った。八幡平では2012-13年に執拗が目立つほどに密度が高くなったが、2014年には密度は減少し、その後は2017年まで減少を続け、その後、2018年には増加に転じた。。一方で、2006-2008年に大発生した八甲田山では、その後密度が低い...
❏農耕地における窒素循環の駆動力―微小環境でリンクする硝化と脱窒(26310315)
【研究テーマ】食料循環研究
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-07-18 - 2017-03-31
【研究代表者】早津 雅仁 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境変動研究センター 物質循環研究領域, 主席研究員 (70283348)
【キーワード】硝化 / 脱窒 / 亜酸化窒素 / メタゲノム / アンモニア酸化細菌 (他10件)
【概要】微生物の相互作用により硝化と脱窒が共役的あるいは共同的に進行する反応系の形成やそこに関与する硝化菌や脱窒菌の多様性や菌数、活性を明らかにすることを目的として以下の結果を得た。土壌の微粒子の解析には、粒子間の微生物の混入防止する技術の開発が不可欠である。農耕地の硝化や脱窒の活性が活発な部位は、土壌のごく表層や有機物層などに限られその部位には多様あるいは多数の硝化菌や脱窒菌が存在する。茶園土壌から新規...
【農学】森林圏科学：海洋微生物 ／メタゲノムを含む研究件
❏海洋微生物光受容の全貌解明：大規模メタゲノムで描き出す海と光のSeascape(22H00557)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / 微生物生態 / 光受容体 / メタゲノム
【概要】
❏地球生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの創出(18H04136)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00553108)
【キーワード】微生物生態 / 海洋微生物 / ロドプシン / 光エネルギー / メタゲノム (他8件)
【概要】本研究では、大規模に微生物のゲノム・メタゲノム・トランスクリプトームのデータを収集・解析を行うことで、バクテリアだけでなく、真核微生物や巨大ウイルスの持つ未知ロドプシンを探索し、その機能を明らかにした。さらに、ロドプシン遺伝子の分子系統及び分布を大規模に可視化した。また、ロドプシン遺伝子は保有するがレチナール生合成経路の遺伝子を保有しない微生物分離株を用いて、未知のレチナール生合成経路が存在する可...
【農学】森林圏科学：微生物生態 ／メタゲノムを含む研究件
❏海洋微生物光受容の全貌解明：大規模メタゲノムで描き出す海と光のSeascape(22H00557)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00553108)
【キーワード】海洋微生物 / 微生物生態 / 光受容体 / メタゲノム
【概要】
❏地球生態系と太陽を繋ぐ新しい光エネルギーフローモデルの創出(18H04136)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2018-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】吉澤 晋 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (00553108)
【キーワード】微生物生態 / 海洋微生物 / ロドプシン / 光エネルギー / メタゲノム (他8件)
【概要】本研究では、大規模に微生物のゲノム・メタゲノム・トランスクリプトームのデータを収集・解析を行うことで、バクテリアだけでなく、真核微生物や巨大ウイルスの持つ未知ロドプシンを探索し、その機能を明らかにした。さらに、ロドプシン遺伝子の分子系統及び分布を大規模に可視化した。また、ロドプシン遺伝子は保有するがレチナール生合成経路の遺伝子を保有しない微生物分離株を用いて、未知のレチナール生合成経路が存在する可...
【農学】水圏応用科学：微生物 ／メタゲノムを含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏ナノ地球微生物学：酸化鉄ナノ鉱物の生成・溶解を駆動する微生物から紐解く元素循環(19H03310)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2019-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】加藤 真悟 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 上級研究員 (40554548)
【キーワード】鉄酸化微生物 / 鉄還元微生物 / ナノ鉱物 / バイオミネラリゼーション / 微生物ダークマター (他11件)
【概要】本研究では、「多種多様な未培養微生物が酸化鉄ナノ鉱物の生成・溶解を駆動し、地球表層環境における様々な元素の挙動・循環を支配している」という作業仮説の検証を通じて、それらの未培養微生物を分離培養により同定し、地球表層環境における「酸化鉄ナノ鉱物の生成・溶解プロセスの実態」と「微生物－酸化鉄ナノ鉱物－多元素の相互作用」を解明することを目的とした。本研究によって得られる成果は、自然界の元素循環に対する新...
❏細胞共生による原生生物の同所的種分化の可能性(17K19423)
【研究テーマ】多様性生物学、人類学およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2019-03-31
【研究代表者】本郷 裕一 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90392117)
【キーワード】共生 / 種分化 / 原生生物 / 腸内微生物 / メタン菌 (他12件)
【概要】生物の種分化過程には様々な類型がある。本研究では、シロアリ腸内共生原生生物（単細胞真核生物）を題材として、原生生物と原核生物（細菌とアーキア）の細胞共生が原生生物の同所的種分化を引き起こすという仮説を立て、その検証を行った。その結果、材料とした原生生物はこれまで1属1種と考えられていたが、細胞内にメタン生成アーキアが共生するか否かで明確に2種に分離されることを明らかにした。また、同共生アーキアのゲ...
【医歯薬学】境界医学：メタボロゲノミクス ／メタゲノムを含む研究件
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【医歯薬学】内科系臨床医学：メタゲノム解析 ／メタゲノムを含む研究件
❏感染症早期発見に向けた流入下水中胃腸炎ウイルスの網羅的検出と流行指標の開発(20K04745)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流行指標 / 下水 / ウイルス (他7件)
【概要】今後ますます進むであろう社会の国際化や気候変動により、病原微生物の生態が変化し、新興ウイルスあるいは，これまで我が国では感染報告の無いウイルスによる新たな感染症の脅威が高まると考えられる。人間社会におけるウイルスの多様性と感染症の発生程度を把握し、ウイルス感染症を早期検出することは感染症対策を講じる上で必要かつ急務である。本申請研究では，下水試料からssRNAウイルス（多くのヒト腸管系ウイルスが有...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
【医歯薬学】外科系臨床医学：代謝物質 ／メタゲノムを含む研究件
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【医歯薬学】社会医学：腸内環境 ／メタゲノムを含む研究件
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【医歯薬学】歯学：次世代シーケンサー ／メタゲノムを含む研究件
❏次世代シーケンサを用いた東南極・昭和基地周辺における菌類相の季節変動と遷移の解明(16K12643)
【研究テーマ】自然共生システム
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2016-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】辻 雅晴 国立極地研究所, 研究教育系, 特任研究員 (70756923)
【キーワード】南極 / メタゲノム / 次世代シーケンス / 菌類 / 昭和基地 (他8件)
【概要】本研究課題では日本の南極観測の拠点である東オングル島から異なる季節（12月（春）と2月（秋））にそれぞれ同じ地点から採取された土壌における菌類の多様性の変化についてillumina社製の次世代シーケンサーMiseqを利用してその解明を試みた。 次世代 シーケンサーで得られた配列を解析した結果、菌類では、128の集団 に分類することが出来た。この集団を詳細に解析し春と秋の季節の違いによる菌類相お変化...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
❏下水中のヒト腸管系ウイルスの網羅的検出手法の確立(15K18141)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東北大学, 未来科学技術共同研究センター, 助教 (20749444)
【キーワード】ヒト腸管系ウイルス / メタゲノム / 下水 / 次世代シーケンサー
【概要】下水中のヒト腸管系ウイルスの存在は人間社会におけるウイルスのヒトへの感染状況を端的に示していることから，下水中のヒト腸管系ウイルスを効率的かつ網羅的に検出する手法の確立した。その結果，本手法を適用しない場合と比べて40-1000倍の効率でヒトウイルス遺伝子を検出することが可能であった。また，未分類ウイルスとして，これまで日本では検出報告のない6種が検出された。本手法を用いること下水中のヒトウイルス...
【医歯薬学】看護学：ウイルス ／メタゲノムを含む研究件
❏小区分22060:土木環境システム関連(0)
【研究テーマ】2020
【研究種目】ウイルス
【研究期間】下水
【研究代表者】水環境
【キーワード】メタゲノム
【概要】
❏感染症早期発見に向けた流入下水中胃腸炎ウイルスの網羅的検出と流行指標の開発(20K04745)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流行指標 / 下水 / ウイルス (他7件)
【概要】今後ますます進むであろう社会の国際化や気候変動により、病原微生物の生態が変化し、新興ウイルスあるいは，これまで我が国では感染報告の無いウイルスによる新たな感染症の脅威が高まると考えられる。人間社会におけるウイルスの多様性と感染症の発生程度を把握し、ウイルス感染症を早期検出することは感染症対策を講じる上で必要かつ急務である。本申請研究では，下水試料からssRNAウイルス（多くのヒト腸管系ウイルスが有...
❏非意図的下水飲用再利用における腸管系ウイルスの移動および消長(20F20061)
【研究テーマ】
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2020-04-24 - 2022-03-31
【研究代表者】片山 浩之 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (00302779)
【キーワード】ウイルス / 下水 / 水環境 / メタゲノム / 下水処理
【概要】下水処理の前後におけるウイルスの存在状況を実測するため、日本国内にある下水処理場において、膜分離活性汚泥法（MBR）および活性汚泥法による除去を行っている処理場において、定期的に試料を分与いただいてウイルス濃度を測定した。MBRにおいては、ウイルスの種類にもよるが約4Log程度、通常の活性汚泥法では約2Log程度の除去が見られることを明らかにした。 重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-...
【医歯薬学】看護学：腸内細菌 ／メタゲノムを含む研究件
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【医歯薬学】看護学：腸内細菌叢 ／メタゲノムを含む研究件
❏ALS/PDC - 世界3大多発地での環境と遺伝子の cross talk -(18KK0239)
【研究テーマ】
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
【研究期間】2018-10-09 - 2023-03-31
【研究代表者】小久保 康昌 三重大学, 地域イノベーション学研究科, 招へい教授 (60263000)
【キーワード】筋萎縮性側索硬化症 / パーキンソン認知症複合 / フィールド調査 / 遺伝子解析 / エピゲノミクス (他14件)
【概要】①経年的なフィールド調査と疫学像、臨床像、生活様式や食生活、社会環境の変遷：紀伊半島では、約280例の患者レジストリを用いて自然歴の解析を進めている。多発地区での患者follow upを継続している。グアム島は、2019年9月に現地調査を行った。パプア州では、2020年3月に現地調査を行う予定であったが、新型コロナウイルス感染拡大により中止した。2020年度、2021年度は、コロナ禍の影響でグアム...
❏食物アレルギーの発症における腸内細菌叢の役割の解明(17K17624)
【研究テーマ】小児科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】鈴木 寿人 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (80783042)
【キーワード】食物アレルギー / 腸内細菌叢 / メタゲノム / バクテロイデス / エスケリキア (他13件)
【概要】乳幼児の食物アレルギーを発症する要因の１つとして腸内細菌叢に着目し、研究を開始した。食物アレルギーと診断された乳幼児29名と非食物アレルギーの乳幼児21名に対して、1歳6か月の時点での便検体を収集し、腸内細菌のバランス、量の比較を行った。その結果、食物アレルギー群ではBacteroides属の低下とEscherichia属の増加が確認された。授乳方法や分娩方法、食習慣による影響は確認されなかった。...
❏マヌカハニー摂取による大腸がん予防機構の解明に向けたニュートリオミクス研究(15F15395)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2015-11-09 - 2018-03-31
【研究代表者】冨田 勝 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 教授 (60227626)
【キーワード】Rice Bran / Gut microbiota / Metabolome / Metagenome / Multi-omics (他8件)
【概要】In this year, we conducted a screening experiment using different food products (Manuka Honey, Rice Bran and Soy Beans) in the animal models that we have created in last year.Unfortunately, Manuka Hom...
【医歯薬学】看護学：感染症 ／メタゲノムを含む研究件
❏新規ウイルス探索を含めた川崎病患者に対するショットガンメタゲノム解析(22K07944)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2022-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】鈴木 寿人 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (80783042)
【キーワード】川崎病 / メタゲノム / ウイルス / 感染症
【概要】
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
❏感染症ゲノム遺伝子型迅速診断法の開発と臨床検体での評価(15H05272)
【研究テーマ】寄生虫学(含衛生動物学)
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】山岸 潤也 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 准教授 (80535328)
【キーワード】感染症 / ゲノム / 次世代シーケンサー / 網羅的診断 / 感染症迅速診断 (他16件)
【概要】本研究課題では、１）小型迅速次世代シーケンサーMinIONを、核酸等温増幅系である２）Loop-mediated Isothermal Amplification（LAMP）法、あるいは３）非特異的multiple displacement amplification (MDA)法と組み合わせることで、病原体ゲノム配列に基づいた感染症迅速診断系の開発を試みた。本系は、シーケンサーやサンプル処理に関...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／メタゲノムを含む研究件
❏多個体ハプロタイプ解析による超高ヘテロ接合性生物圏の実態解明(20K15769)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】梶谷 嶺 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40756706)
【キーワード】ハプロタイプ / ゲノム / メタゲノム / 多様性 / ヘテロ接合性 (他8件)
【概要】本年度では前年度に引き続きハプロタイプ解析用ツールの開発を実施した。開発を進めるにあたって、多数の微生物のハプロタイプが混在した微生物叢のメタゲノムデータは当ツールのテストに適しており、本研究の成果の応用先にもなることが見いだされた。そのため微生物叢のデータを用いて開発を推進し、類似した配列の誤接続を防ぎつつゲノム配列を決定可能なツール: MetaPlatanusを実装し論文発表した (Kajit...
❏先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析(17H03738)
【研究テーマ】自然人類学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】太田 博樹 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)
【キーワード】糞石 / 歯石 / ゲノム / DNAメタバーコーディング法 / 摂食物同定 (他27件)
【概要】本研究の目的は、先史時代遺跡で見つかる糞石や歯石のゲノム解析をおこなうことにより、当時の人々の摂食対象となっていた動植物の同定する技術の確立である。本研究では、この技術的基礎を確立のために①飼育下の哺乳動物の糞便、②伝統的生活を続ける現代の先住民の糞便などをもちいて糞便からのDNA抽出技術の改良、ゲノム解析による摂食物同定技術の最適化を進めて来た。こいして蓄積したノウハウにもとづき、③日本の先史時...
❏流入下水中ヒトウイルスの選択的メタゲノム解析による新規病原ウイルスの検出(17K06614)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】風間 しのぶ 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 特任講師 (20749444)
【キーワード】腸管系ウイルス / メタゲノム / 流入下水 / 未知塩基配列 / メタゲノム解析 (他10件)
【概要】一本鎖（＋）RNAウイルスを効率的に検出する選択的メタゲノム解析手法を用いて、流入下水およびヒト便検体から新たなウイルスゲノムと考えられる配列を検出することに成功した。当該配列は流入下水検体（31検体）から100％、および胃腸炎患者便検体（50検体）から86％の割合で検出された。本研究で用いた手法により、将来的なウイルス感染症の早期検出が期待され、また、本研究で検出した配列は新たな糞便汚染指標とし...
【医歯薬学】看護学：メタボローム ／メタゲノムを含む研究件
❏メタゲノムおよびメタボローム解析を用いた実環境での殺藻細菌の機能解明(20H03070)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤田 雅紀 北海道大学, 水産科学研究院, 准教授 (30505251)
【キーワード】天然物化学 / 生物有機化学 / アオコ / 殺藻細菌 / メタゲノム (他15件)
【概要】①　同定した殺藻細菌および殺藻物質の実環境での機能解析　　Pseudomonas属殺藻細菌をモデルとし、アオコ原因藻類との共培養により産生誘導される殺藻物質を同定するためのメタボロミクス解析方法を確立した。解析の結果、共培養下で特異的に産生される化合物を見出し、赤潮原因藻類に対する殺藻物質として報告のあるpseudopyronine Aであり、またアオコ原因藻類である藍藻Microcystis a...
❏腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析(16H04901)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 代謝物質 / メタゲノム / メタボローム / メタボロゲノミクス (他13件)
【概要】ヒトの腸管内には多種多様な腸内細菌が生息しており、それらが宿主腸管細胞と密接に相互作用することで、複雑な腸内微生物社会が形成されている。しかし、この複雑で洗練された腸内微生物社会がどのようなメカニズムで形成・維持されているのかの詳細については不明な点が数多く残されている。そこで本研究では、大腸菌をモデル細菌として用い、無菌マウスや超並列シーケンサー、質量分析計といったツールを駆使することで、腸内細...
❏マヌカハニー摂取による大腸がん予防機構の解明に向けたニュートリオミクス研究(15F15395)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】特別研究員奨励費
【研究期間】2015-11-09 - 2018-03-31
【研究代表者】冨田 勝 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 教授 (60227626)
【キーワード】Rice Bran / Gut microbiota / Metabolome / Metagenome / Multi-omics (他8件)
【概要】In this year, we conducted a screening experiment using different food products (Manuka Honey, Rice Bran and Soy Beans) in the animal models that we have created in last year.Unfortunately, Manuka Hom...
【医歯薬学】看護学：メタボロミクス ／メタゲノムを含む研究件
❏メタゲノムおよびメタボローム解析を用いた実環境での殺藻細菌の機能解明(20H03070)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2020-04-01 - 2025-03-31
【研究代表者】藤田 雅紀 北海道大学, 水産科学研究院, 准教授 (30505251)
【キーワード】天然物化学 / 生物有機化学 / アオコ / 殺藻細菌 / メタゲノム (他15件)
【概要】①　同定した殺藻細菌および殺藻物質の実環境での機能解析　　Pseudomonas属殺藻細菌をモデルとし、アオコ原因藻類との共培養により産生誘導される殺藻物質を同定するためのメタボロミクス解析方法を確立した。解析の結果、共培養下で特異的に産生される化合物を見出し、赤潮原因藻類に対する殺藻物質として報告のあるpseudopyronine Aであり、またアオコ原因藻類である藍藻Microcystis a...
❏体質改善・疾患予防を目指した腸内エコシステム制御技術の開発(26660118)
【研究テーマ】食品科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】福田 真嗣 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特任准教授 (80435677)
【キーワード】腸内細菌 / 腸内エコシステム / メタボローム / メタゲノム / 腸内デザイン (他16件)
【概要】われわれの腸管内には、多種多様な腸内細菌が生息しており、腸管細胞と密接に相互作用することで複雑な生態系、すなわち「腸内エコシステム」を形成している。腸内エコシステムのバランスの乱れが様々な疾患につながるものの、その分子機構の詳細は不明であったことから本研究では、ヒトへの応用を将来的な目標とし、霊長類であるコモンマーモセットを用いた腸内エコシステム制御技術の開発を行った。その結果、抗生物質投与後に正...
【医歯薬学】看護学：細菌 ／メタゲノムを含む研究件
❏2020年東京オリンピック前後の都市マイクロバイオームの変動調査(20K10436)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2020-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】鈴木 治夫 慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 准教授 (40638772)
【キーワード】マイクロバイオーム / 微生物 / 細菌 / ウイルス / 都市 (他19件)
【概要】微生物による感染症の増加要因には、抗菌薬耐性などの病原体要因に加え、都市化による人口の集中、交通機関の発達による人の国際的な移動などの社会的要因が関与している。感染症の国際化に対応するためには、感染症のアウトブレイク（パンデミック）が発生する前の状態を定期的に観測する国際協力体制の構築が必要である。これまでに、国際コンソーシアム MetaSUB (Metagenomics & Metade...
❏時系列メタゲノミクスでみる西部北太平洋亜寒帯・亜熱帯海域の微生物群集動態(24241002)
【研究テーマ】環境動態解析
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】浜崎 恒二 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (80277871)
【キーワード】微生物 / メタゲノム / 西部北太平洋 / 海洋細菌 / 時系列観測 (他9件)
【概要】西部北太平洋海域は，世界でも有数の漁場であり，活発な生物ポンプ作用による二酸化炭素吸収海域でもある．本研究は，西部北太平洋の亜寒帯及び亜熱帯海域に設置された時系列観測点において，微生物群集構造および代謝機能の網羅的解析を行うことにより，亜寒帯及び亜熱帯外洋域における微生物機能の時系列変動を比較解析した初めての例として，貴重なデータと成果を得ることができた．さらに，次世代型のメタゲノム解析・評価シス...
【医歯薬学】看護学：バイオフィルム ／メタゲノムを含む研究件
❏バイオフィルムを介した胆管ステント閉塞メカニズムの解明(21K07013)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31
【研究代表者】炭山 和毅 東京慈恵会医科大学, 医学部, 教授 (90385328)
【キーワード】胆管ステント / バイオフィルム / メタゲノム / 閉塞性黄疸
【概要】2021年4月より新規に8例の閉塞性黄疸患者の胆管ステントを回収し、ステント内腔表面におけるバイオフィルム構造解析を実施した。各々のステントサンプルは４分割し、嫌気および好気培養・MiSeqによる16Sr rRNAアンプリコンシークエンス、顕微鏡による解析を実施した。まず、大気圧電子顕微鏡（Atmospheric Scanning Electron Microscopy [ASEM]）および共焦点...
❏人工土壌作出による土壌微生物および根圏微生物の動態解明(25292054)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】篠原 信 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門 野菜病害虫・機能解析研究領域, 上級研究員 (90326075)
【キーワード】有機質肥料活用型養液栽培 / 人工土壌 / メタゲノム / 微生物生態系 / バイオフィルム (他12件)
【概要】メタゲノム解析の結果、有機質肥料活用型養液栽培における根圏微生物のうち硝化菌が約1％を占める特異な生態系が明らかとなった。根圏微生物は植物種ごとに異なり、独自の微生物相を示した。根圏微生物から側根促進物質が抽出され、根の発達に大きく関与することが示唆された。単独では病原菌への拮抗性を示さず他の微生物と組み合わせると拮抗作用を示すペアが発見され、創発的な拮抗性が明らかとなった。 ...
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