【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】1996 - 1997

【研究代表者】堤 伸浩 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (00202185)

【キーワード】葉緑体リボソームタンパク質 / RFLPマッピング / 発現解析 / イネ / 転写開始点 (他9件)

【概要】本研究では,葉緑体の機能を改変し育種的に利用するための,基礎的な知見を得るために,イネを材料として実験をおこなった.まず,イネのcDNAライブラリーを作成し葉緑体リボソームタンパク質遺伝子rpl19,rpl12-1,rpl12-2,rpl13,rpl15,rpl21,rpl24,rpl28,rpsl,rps9,rps17のcDNAクローンを単離し,塩基配列を決定しその構造を調べた.これらのcDNA...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2006 - 2008

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 (他9件)

【概要】motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の...

【研究テーマ】ゲノム生物学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2010 - 2012

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)

【キーワード】次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 (他12件)

【概要】大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...

【研究テーマ】育種学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】1993 - 1996

【研究代表者】平井 篤志 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (60023470)

【キーワード】イネ / ミトコンドリアゲノム / 転写制御 / 転写開始点 / 転写地図 (他7件)

【概要】ミトコンドリアは呼吸を通して、貯蔵エネルギーを生物が利用しやすいATPに変換する。しかし高等植物のミトコンドリアゲノムは構造が複雑で、ゲノムの分子構造と機能の関係が余り解明されておらず、育種へ応用が限定されている。本研究ではイネのミトコンドリアゲノム全体の遺伝子の位置を特定し、転写を調べ、それから遺伝子発現の制御因子についても解明し、その改変による育種への応用の基礎データを得ることをめざした。 ミ...

【研究テーマ】基礎ゲノム科学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2004 - 2005

【研究代表者】鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

【キーワード】完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 (他10件)

【概要】本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系...