次世代シークエンサーを用いた癌細胞低酸素応答の多角的トランスクリプトーム解析
【研究分野】ゲノム生物学
【研究キーワード】
次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 / 転写開始点転 / クロマチン / Chip Seq解析 / 転写開始転 / Chip Seq解析 / 転写開始点 / ChIP Seq解析
【研究成果の概要】
大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備されている可能性を示唆することができた。
【研究代表者】
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2010 - 2012
【配分額】25,480千円 (直接経費: 19,600千円、間接経費: 5,880千円)