Discovery Sagaサイレントキーワード俯瞰

Discovery Saga 詳細表示研究者リスト表示ダウンロード（UTF-8 txt)

タンパク質に関するサイレントキーワードコンピュータ・シミュレーションが含まれる科研費採択研究3件

タンパク質に関するサイレントキーワードコンピュータ・シミュレーションが含まれる科研費採択研究 3件

自由エネルギー地形解析による異常プリオンタンパク質のフォールディング原理の解明
【研究分野】生体生命情報学
【研究領域課題番号】19700279 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

コンピュータシミュレーション / 生命情報工学 / 分子動力学シミュレーション / タンパク質 / 隠れマルコフモデル / フォールディング / バイオインフォマティクス / フオールデイング
【研究成果の概要】

大規模シミュレーションを実行することで、慣性半径(Rg, Radius of gyration)と初期構造からのRMSD (Root Mean Square Deviation)に対しての自由エネルギー地形を求め、マウスとウシのプリオンタンパク質に自由エネルギー最小な状態の他に、構造転換の中間状態となり得る準安定状態が存在することを示した。
【研究代表者】

関嶋政和独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センター研究員 (Kakenデータベース)
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【配分額】1,940千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 240千円)

候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発

【研究分野】生体生命情報学

【研究領域課題番号】19300102 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

コンピュータシミュレーション / 蛋白質 / ドッキング / 高性能計算 / バイオインフォマティクス

【研究成果の概要】

複数のタンパク質の立体構造データを入力し、表面形状相補性と静電相互作用に基づいて、各ペアがドッキングするか否かの判定を行うための手法を開発した。既存法ZDOCKとは異なり、実数のみで表面形状相補性を計算するrPSCモデルの着想を得て、精度を落とさず約4倍の高速化が達成できた。タンパク質の性質に応じて評価関数を動的に調整する手法も開発した。候補サイトの空間分布に注目した後処理により信頼度の向上が達成できた。

【研究代表者】

秋山泰東京工業大学大学院・情報理工学研究科教授 (Kakenデータベース)

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2007 - 2010

【配分額】18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円)

【研究分担者】
塚本弘毅	産業技術総合研究所	生命情報工学研究センター	特別研究員	(Kakenデータベース)

【研究連携者】
塚本弘毅	産業技術総合研究所	生命情報工学研究センター	特別研究員	(Kakenデータベース)

蛋白質内における光エネルギー変換反応の研究
【研究分野】生物物理学
【研究領域課題番号】20870010 (KAKENデータベースで見る）
【研究キーワード】

生物物理 / 蛋白質 / 酵素反応 / 生体生命情報学 / コンピューターシミュレーション / 計算化学
【研究成果の概要】

光受容体蛋白質BLUF (blue light sensing using FAD, FAD : flavin adenine dinucleotide)の光反応機構を理論計算的手法で解析した。BLUFの蛋白質立体構造データに基づき、静電ポテンシャル計算によってBLUF活性部位であるflavin, Tyr-21及びTrp-104の酸化還元電位を計算し、BLUFの電子移動反応の駆動力を求めた。その結果、活性時の蛋白質コンフォメーションを反映している立体構造を同定できた。
【研究代表者】

石北央京大医学(系)研究科(研究院) 助教 (Kakenデータベース)
【研究種目】若手研究(スタートアップ)
【研究期間】2007 - 2008
【配分額】3,276千円 (直接経費: 2,520千円、間接経費: 756千円)