【研究領域課題番号】20H03065 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学

【研究成果の概要】

本年度、静岡県浜名湖産のニホンウナギ（降河中の銀ウナギが中心）の新規標本を得た（N = 26)。これらの標本についてゲノムDNAを抽出した。一方、愛媛産のニホンウナギについてはCOVID19の影響でサンプリングが出来なかったため、研究分担者（横内一樹）が凍結保存していた標本（2016-2017年度採集。N = 56）で代用することにした。これらの標本からもDNAを抽出済みである。なお、愛媛産の標本については耳石の微量元素解析により由来（海ウナギか川ウナギか）を同定済みである（海ウナギ、N = 16; 川ウナギ、N = 23; Shifter、N = 16）。
昨年度にDNAを抽出した標本（浜名湖、N = 21; 愛媛、N = 44）について、RADライブラリーを作製し、次世代DNAシーケンサーによりシーケンスデータを得た。得られたシーケンスリード数は20,002,292から99,002,225(mean = 32,798,725; sd = 10,066,497）であり、SNP同定を行う上で十分なデータ量であった。

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2020-04-01 - 2024-03-31

【配分額】17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)

【研究分野】水圏生産科学

【研究領域課題番号】16K07859 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

交雑 / 遺伝子浸透 / 集団遺伝学 / 集団ゲノム学 / 一塩基多型 / 遺伝子汚染 / 遺伝子移入 / 集団ゲノミクス / タイラギ / 二枚貝 / 保全遺伝学 / 分子生態学 / 遺伝的多様性保全 / RAD / 分類学 / ゲノム / 遺伝学

【研究成果の概要】

大型二枚貝のタイラギは，貝殻表現型に基づき有鱗型と無鱗型に分けられる。しかし両種の同所分布域（瀬戸内海）では、形態が不明瞭な中間型個体が頻繁に観察される。このような個体は、種間交雑と，それに続く遺伝子浸透（雑種F1を介した種間の遺伝子交換）により生じていると考えられるが，十分な検証がなされていない。そこで本研究では，核DNAの一塩基多型解析により、有隣型－無鱗型間の交雑・遺伝子浸透を調べた。その結果、両者が同所的に生息する瀬戸内海では、F1、F2、有隣型への戻し交配個体および無鱗型への戻し交配個体が認められ、少なくとも瀬戸内海においては、交雑と双方向の遺伝子浸透が起こっていることが立証された。

【研究の社会的意義】

本課題により、瀬戸内海産タイラギの有鱗型と無鱗型間で、交雑と双方向の遺伝子浸透（雑種を介した一方の種から他方の種への遺伝子移入）が生じていることが示された。過去のアイソザイム研究では、両者の雑種第一世代F1が生じていることは推測されていたが、本課題では、さらにF2（F1間の子供）や、両種への戻し交配個体（F1－純種間の子供）も生じていることが明らかになった。これらの結果は、タイラギ類の分類学、進化生物学および分子生態学上の学術的価値が高いだけではなく、種苗生産・放流によるタイラギ増殖の遺伝的攪乱リスクの啓蒙と資源保全・増殖戦略の策定のための重要な知見となる。

【研究種目】基盤研究(C)

【研究期間】2016-04-01 - 2020-03-31

【配分額】4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)

【研究分野】林学・森林工学

【研究領域課題番号】18658063 (KAKENデータベースで見る）

【研究キーワード】

マイクロサテライトマーカー / 複合SSRアンカーマーカー / 作製法 / 共優性多型マーカー / 複合SSRプライマー / 育種学 / 分子生態学 / 集団遺伝学

【研究成果の概要】

平成19年度は主に以下のような結果が得られた。
1)引き続き、以下の生物種を用いて作製法の汎用性を検討した。
樹木:カワクルミ
動物:クワノザイセイチュウ、カシノナガキクイムシ
草本:レンゲショウマ、フジアザミ
クワノザイセイチュウを除き、他の全ての種から共優性で多型性の高い複合SSRマーカーが得られた。このことから、考案した共優性SSRマーカー作製法は極めて汎用性が高いことが示された。現在、他の研究グループにもこの方法を利用して短時間で多型性の高い複合SSRマーカー作製に成功した。
2)複合SSRマーカーが得るために、更に簡便な作製方法:inter-compound-SSR(ICSSR)法を考案した。この方法では、ゲノムDNAからICSSR領域を1回PCRで増幅し、sub-cloning後塩基配列を1回決定するだけて共優性多型マーカーを作製できる。この方法を用いて、アジアザミ、マテバシイ、ヌルデから多型性のあるSSRマーカをそれぞれ10、7、9座作製した。

【研究種目】萌芽研究

【研究期間】2006 - 2007

【配分額】2,900千円 (直接経費: 2,900千円)