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研究キーワード：理化学研究所における「立体構造」 に関係する研究一覧：13件
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発表日：2025年11月20日
1
遺伝子スケールのクロマチンを設計し再構成する
－3次元DNA構造の構築原理に迫る、ゲノム物理の新基盤－
理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター 生体非平衡物理学理研白眉研究チーム（研究当時）の深井 洋佑 研究員（研究当時、現 開拓研究所 川口生体非平衡物理学研究室 研究員）、川口 喬吾 理研白眉研究チームリーダー（研究当時、現 開拓研究所 川口生体非平衡物理学研究室 主任研究員、東京大学 大学院理学系研究科附属知の物理学研究センター 准教授）、エピジェネティクス制御研究チーム（研究当時）の若森 昌聡 技師（研究当時）、梅原 崇史 チームリーダー（研究当時、現 立命館大学 薬学部 教授）、東京大学 定量生命科学研究所 先端定量生命科学研究部門 クロマチン構造機能研究分野の鯨井 智也 講師、胡...
キーワード：コンパートメント/先端技術/非平衡/非平衡物理/非平衡物理学/輸送現象/一分子観察/遺伝情報/ACT/ヒストン/単一分子/ドメイン構造/3次元構造/カリウム/ダイナミクス/ナノメートル/ポリマー/原子間力顕微鏡/物理モデル/流体力/流体力学/Hi-C/ヌクレオソーム/遺伝子クラスター/カルス/ゲノム構造/タンパク質修飾/クロマチン構造/細胞運命/ゲノム情報/DNA修復/エピジェネティクス制御/クロマチン/遺伝子制御/染色体/免疫制御/ゆらぎ/エンハンサー/DNAメチル化/in vitro/アセチル化/がん細胞/ヒストン修飾/メチル化/ラット/蛍光色素/蛍光標識/構造変化/細胞核/自然免疫/生体分子/創薬/翻訳後修飾/立体構造/ゲノム/遺伝子/遺伝子発現/網羅的解析
他の関係分野：情報学複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年11月15日 この記事は2025年11月29日号以降に掲載されます。
2
細胞膜がタンパク質の形を変える鍵だった
－分子スイッチ「Rac1」を活性化する分子複合体の構造を解明－
この記事は2025年11月29日号以降に掲載されます。
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発表日：2025年11月12日 この記事は2025年11月26日号以降に掲載されます。
3
魚類に特有の卵巣特異的な糖鎖代謝機構を発見
この記事は2025年11月26日号以降に掲載されます。
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発表日：2025年10月30日
4
イヌの薬物代謝の個体差における原因の一端を解明
－CYP2B6解析でヒトやイヌの安全な薬物治療の発展に貢献－
理化学研究所（理研）生命医科学研究センター 基盤技術開発研究チームの桃沢 幸秀 チームディレクター（生命医科学研究センター 副センター長）、ファーマコゲノミクス研究チームの福永 航也 上級研究員、鹿児島大学 共同獣医学部の宇野 泰広 教授、昭和薬科大学 薬物動態学研究室の山崎 浩史 教授、東京大学 大学院農学生命科学研究科の富安 博隆 准教授、日本動物高度医療センターの辻本 元 科長、ITEA株式会社 東京環境アレルギー研究所の阪口 雅弘 所長、麻布大学 獣医学部 小動物内科学研究室の久末 正晴 教授らの共同研究グル...
キーワード：協同性/タンパク質構造/ゲノミクス/遺伝情報/塩基配列/クロム/構造モデル/反応速度/シミュレーション/ドッキング/生体内/イントロン/カルス/酸化酵素/哺乳類/P450/ゲノム配列/ウシ/獣医学/酵素活性/遺伝的多様性/アミノ酸配列/機能解析/マウスモデル/酵素反応/ゲノム解析/大腸/アミノ酸置換/in vitro/アミノ酸/グルタミン酸/スプライシング/チトクロームP450/マウス/モデル動物/リガンド/構造変化/酸化反応/受容体/創薬/体内動態/代謝酵素/大腸菌/副作用/薬物代謝/薬物代謝酵素/薬物動態学/立体構造/臨床試験/アレルギー/ゲノム/遺伝学/遺伝子/肝移植/個別化医療/網羅的解析/薬物相互作用/薬物動態
他の関係分野：化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年10月6日
5
神経・腎疾患をもたらす酸化還元タンパク質の構造揺らぎ
－チオレドキシンの突然変異が疾患の原因となる仕組みを解明－
理化学研究所（理研）放射光科学研究センター 生物系ビームライン基盤グループの竹下 浩平 研究員、岡山大学 学術研究院 教育学域の大守 伊織 教授、日本原子力研究開発機構 物質科学研究センター 強相関材料物性研究グループの中川 洋 研究主幹、総合科学研究機構 中性子科学センターの岡﨑 伸生 副主任技師らの共同研究グループは、体内で酸化還元反応の調節に重要な働きを担うタンパク質「チオレドキシン」の突然変異が脳神経変性や慢性腎臓病の原因となる仕組みを、機能解析と...
キーワード：システム開発/突然変異/原子核/物質科学/分子動力学シミュレーション/揺らぎ/SPring-8/中性子/軟X線/放射光/遠赤外線/赤外線/電子供与体/らせん構造/酸化還元反応/タンパク質立体構造/ロイシン/X線結晶構造解析/チオレドキシン/結晶構造解析/シンクロトロン放射/強相関/酸化還元電位/可視光/還元反応/熱安定性/シミュレーション/ピコ秒/機構総合/原子力/酸化還元/電磁波/動力学/分子動力学/疎水性相互作用/X線結晶構造/システイン/結晶構造/酵素活性/アミノ酸配列/オミックス/機能解析/腎臓病/オミックス解析/点突然変異/分子機構/ナノテクノロジー/NF-κB/RNA/アポトーシス/アミノ酸/インスリン/てんかん/バイオテクノロジー/ヘリックス/ラット/抗酸化/細胞死/神経細胞/神経細胞死/神経変性/神経変性疾患/腎障害/腎臓/創薬/立体構造/立体構造解析/ストレス/加齢/酸化ストレス/慢性腎臓病
他の関係分野：複合領域環境学数物系科学化学生物学総合理工工学農学
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発表日：2025年9月18日
6
「魔女の雑草」の寄生戦略を分子レベルで解明
－ストライガ防除に向けた分子標的を発見－
理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター 植物化学遺伝学研究チームの岡本 昌憲 チームディレクター、片桐 壮太郎 特別研究員、藤山 敬介 基礎科学特別研究員らの共同研究グループは、アフリカで甚大な農業被害をもたらす根寄生雑草ストライガ[1]が特異的に持つ寄生戦略に必要な遺伝子変異を特定しました。本研究成果により、ストライガの弱体化・防除のための新たな研究開発が進むことが期待されます。ストライ...
キーワード：南アフリカ/水蒸気/ロイシン/光合成/持続可能/持続可能な開発/マイクロ/二酸化炭素/酸化酵素/トウモロコシ/リン酸/植物ホルモン/シロイヌナズナ/環境ストレス/スギ/乾燥ストレス/系統解析/酵素活性/土壌/生合成/生合成酵素/アミノ酸配列/機能解析/ホルモン/発展途上国/分子標的/予測モデル/アミノ酸置換/脱リン酸化/アミノ酸/リン酸化酵素/遺伝子導入/受容体/立体構造/ストレス/遺伝学/遺伝子/遺伝子変異
他の関係分野：複合領域数物系科学生物学工学農学
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発表日：2025年9月14日
7
補酵素骨格を転移する生合成酵素の触媒機構を解明
－酵素を使った抗生物質のカスタム化へつながる一歩－
理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター ケミカルバイオロジー・生合成研究チームの淡川 孝義 チームディレクター、全 智揚 研究員らの共同研究グループは、抗生物質の生合成においてメチル化に関わる補酵素[1]のS-アデノシルメチオニン（SAM）[2]の代謝に関係する新規酵素の触媒機構の解明に成功しました。本研...
キーワード：水分子/分子動力学シミュレーション/X線回折/二量体/アンモニア/求核置換反応/触媒反応/天然物合成/反応機構/RNA修飾/アミン/触媒機能/遷移状態/活性化エネルギー/シミュレーション/酸化物/動力学/分解能/分子動力学/量子力学/酵素工学/天然物化学/物質生産/生物物理学/X線結晶構造/システイン/部位特異的変異/biosynthesis/結晶構造/変異体/細胞壁/病原性/生合成/生合成遺伝子/生合成酵素/微生物/アミノ酸配列/プロトン/ビタミン/アルギニン/エピジェネティクス制御/酵素反応/ポリアミン/生物物理/ATP/RNA/アミノ酸/グルタミン酸/ケミカルバイオロジー/ヘリックス/メチル化/ラジカル/ラット/リガンド/化合物ライブラリー/官能基/抗菌薬/抗生物質/構造変化/合成生物学/生体分子/阻害剤/創薬/低分子化合物/誘導体/立体構造/ゲノム/遺伝子/細菌/疼痛
他の関係分野：数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年8月30日
8
RNAを見分けてほどく、ヘリカーゼの分子機構
－タンパク質の柔軟な天然変性領域がRNA識別の鍵－
理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター 生体分子動的構造研究チーム（研究当時）の嶋田 一夫 チームリーダー（研究当時、現生命医科学研究センター 生体分子動的構造研究チーム チームディレクター、バイオ産業情報化コンソーシアム（JBIC）特別顧問）、外山 侑樹 研究員（研究当時、現生命医科学研究センター 生体分子動的構造研究チーム 客員研究員、東京大学 大学院薬学系研究科 特任助教）、東京大学 大学院薬学系研究科 生命物理化学教室の竹内 恒 教授の共同研究チームは、...
キーワード：環境変化/言語発達/原子核/磁気共鳴/閉じ込め/内部構造/スペクトル/磁場/芳香族/ポリペプチド/構造形成/アミド/らせん構造/蛍光スペクトル/物理化学/X線結晶構造解析/塩基配列/結晶構造解析/アミン/選択性/構造モデル/ドメイン構造/カリウム/電子顕微鏡/電磁波/構造予測/配列解析/神経発達/生体内/X線結晶構造/結晶構造/変異体/生合成/クライオ電子顕微鏡/アルギニン/転写制御因子/翻訳制御/アデノシン/がん遺伝子/悪性黒色腫/悪性脳腫瘍/浸潤/染色体/mRNA/ポリアミン/分子機構/翻訳調節/がん化/ATP/RNA/アミノ酸/がん細胞/グルタミン酸/コンフォメーション/トリプトファン/ヌクレオシド/ヘリックス/メラノーマ/遺伝子発現制御/核磁気共鳴/蛍光標識/高次構造/細胞骨格/細胞増殖/生体分子/創薬/相互作用解析/転写因子/転写制御/動的構造/発現制御/発現調節/分子認識/立体構造/ストレス
他の関係分野：複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年8月27日
9
「アクチン3Dプリンター」の開発
－細胞骨格の形成を光で操作する新技術－
理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター 構成的細胞生物学研究チーム（研究当時）の山本 啓 基礎科学特別研究員（研究当時）、宮﨑 牧人 チームリーダー（研究当時、現生命医科学研究センター 構成的細胞生物学研究チーム チームディレクター）の研究チームは、細胞骨格[1]を構成するアクチン分子[1]を素材とした3次元構造を...
キーワード：分子ロボット/核形成/光応答性/オルガネラ/光応答/青色光/胚発生/加水分解/水分解/計測技術/光照射/3Dプリンター/3次元構造/マイクロ/モーター/ロボット/アクチン繊維/アクチン結合タンパク質/オプトジェネティクス/生体内/脂質膜/リン酸/ミオシン/細胞膜/平滑筋/アデノシン/細胞運動/浸潤/光遺伝学/光操作/ATP/in vitro/アクチン/がん細胞/蛍光顕微鏡/蛍光標識/細胞骨格/細胞生物学/立体構造/遺伝学/脂質
他の関係分野：情報学数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年8月20日
10
生体分子モーターの回転駆動機構を原子レベルで解明
－「歪み」と「押し出し」から成る駆動力－
理化学研究所（理研）開拓研究所 杉田理論分子科学研究室の杉田 有治 主任研究員（計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームプリンシパル）、本橋 昌大 大学院生リサーチ・アソシエイトらの共同研究グループは、生体内でエネルギー変換を担う分子モーター[1]である「F1-ATPase」の回転機構について、計算機シミュレーションを用いて解析し、原子レベルの「歪（ひず）み」と「押し出し」によっ...
キーワード：データ駆動/スーパーコンピュータ/最適化/自由エネルギー/人工知能（AI）/計算量/分子動力学シミュレーション/計算機シミュレーション/分子構造/一分子観察/高分子/ATP合成/静電相互作用/材料科学/生体分子モーター/結合状態/加水分解/遷移状態/水分解/単一分子/TMD/シミュレーション/ナノスケール/ポリマー/マルチスケール/モーター/モデリング/結晶化/大規模計算/電子顕微鏡/電子顕微鏡法/動力学/分解能/分子シミュレーション/分子動力学/並列計算/生体内/エネルギー変換/好熱菌/リン酸/スギ/ATP合成酵素/MDシミュレーション/クライオ電子顕微鏡/分子モーター/高分解能/細胞膜/アデノシン/ナノマシン/生物物理/動態解析/分子機構/ナノテクノロジー/ATP/アミノ酸/ミトコンドリア/構造変化/高次構造/細胞骨格/生体高分子/生体分子/生体膜/分子動力学計算/立体構造/細菌/脂質
他の関係分野：情報学数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年8月9日
11
海洋細菌由来のテルペン合成酵素の機能を解明
－原子レベルでの酵素機能を理解し機能の改変を実現－
理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター 天然物生合成研究ユニットの高橋 俊二 ユニットリーダー、藤山 敬介 訪問研究員（研究当時、現 植物化学遺伝学研究チーム 基礎科学特別研究員）、髙木 海 テクニカルスタッフⅠ、ニュー・ノック・クウィン・ヴォ 特別研究員（研究当時、現 植物ゲノム発現研究チーム 研究員）、森田 直子 テクニカルスタッフⅠ、分子構造解析ユニットの野川 俊彦 技師の研究チームは、ユニークなドメイン[1]構成を有する海洋細菌Aquimarina spongiae由来の...
キーワード：最適化/人工知能（AI）/先端技術/海洋/水分子/分子構造/二量体/触媒反応/X線結晶解析/結晶解析/X線結晶構造解析/ブラシノステロイド/結晶構造解析/分子進化/触媒作用/持続可能/持続可能な開発/環境負荷/結晶化/構造最適化/生体内/X線結晶構造/カルス/部位特異的変異/テルペン/リン酸/海洋細菌/結晶構造/変異体/技術革新/ホスファターゼ/二次代謝/生合成/生合成遺伝子/生合成酵素/炭化水素/二次代謝産物/微生物/アミノ酸配列/酵素反応/代謝産物/発展途上国/脱リン酸化/アミノ酸/ステロイド/テルペノイド/ラット/環化反応/抗炎症/抗炎症作用/生体分子/生理活性/創薬/天然化合物/天然有機化合物/立体構造/ウイルス/ゲノム/遺伝学/遺伝子/抗がん剤/細菌/真菌
他の関係分野：情報学複合領域環境学数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年7月31日
12
原始紅藻Galdieria sulphuraria光化学系I集光性色素タンパク質超複合体の立体構造解析
静岡大学 農学部の長尾 遼 准教授は、岡山大学の加藤 公児 准教授（特任）、沈 建仁 教授、京都大学の熊沢 穣 博士課程生、伊福 健太郎 教授、理化学研究所の堂前 直 ユニットリーダーらと共に、極限環境に適応した原始紅藻Galdieria sulphuraria NIES-3638由来PSI-LHCIの立体構造をクライオ電子顕微鏡による単粒子構造解析により2.19Åの分解能で明らかにしました。詳細は静岡大学のホームページ...
キーワード：光化学/光化学系I/電子顕微鏡/分解能/極限環境/クライオ電子顕微鏡/立体構造/立体構造解析
他の関係分野：化学生物学工学総合生物
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発表日：2025年7月31日
13
インシリコスクリーニングから見出した抗精神病薬が黄色ブドウ球菌の病原因子を阻害するメカニズムを解明
京都工芸繊維大学分子化学系の北所 健悟 准教授らの研究グループは、大阪公立大学 大学院生活科学研究科の神谷 重樹 教授、筑波大学 医学医療系の広川 貴次 教授、株式会社 丸和栄養食品の伊中 浩治 代表取締役社長、古林 直樹 研究員、加茂 昌之 研究員、京都大学 大学院医学研究科医学研究支援センターの奥野 友紀子 特定准教授、理化学研究所 放射光科学研究センター 利用システム開発研究部門の引間 孝明 研究員（研究当時）、同センター 利用技術・システム開発研究部門の山本 雅貴 部門長、北海道大学 大学院薬学研究院 創薬科学部門の前仲 勝実 教授らとの共同研究により、黄色ブドウ球菌が産生する病原因子...
キーワード：システム開発/放射光/X線構造解析/黄色ブドウ球菌/リパーゼ/スクリーニング/抗精神病薬/創薬/立体構造
他の関係分野：複合領域数物系科学総合生物農学