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横浜市立大学 研究シーズDiscovery Saga
研究キーワード:横浜市立大学における「細胞運命」 に関係する研究一覧:3
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発表日:2025年10月2日
1
植物DNAメチル化酵素MET1の働きをクライオ電顕で可視化
~動物とは異なる”植物ならでは”の仕組みを発見~
本研究では、まず植物のDNAメチル化酵素MET1のDNAメチル化活性の特性を調べるために、試験管内でMET1の機能を評価しました。その結果、MET1は片鎖メチル化CG配列を含むDNAだけを特異的にメチル化することが分かりました。これまでの研究から、動物のDNMT1は、N末端にあるRFTSドメインがC末端にあるDNA結合ポケットに蓋をしてDNA結合を妨げる、いわばブレーキが掛けられた自己阻害状態を取ることが報告されています。植物MET1は2つのRFTSドメインを持っているため、これらがDNMT1と同じようにDNA結合を阻害するかを確かめました。その結果、2つのRFTSドメインを取り除い...
キーワード:環境変化/DNA結合/ゲノムDNA/反応機構/X線結晶構造解析/結晶構造解析/種分化/生存戦略/環境適応/ヒストン/持続可能/持続可能な開発/ドメイン構造/電子顕微鏡/分解能/ヌクレオソーム/触媒ドメイン/新生鎖/X線結晶構造/結晶構造/シロイヌナズナ/環境ストレス/キチン/クライオ電子顕微鏡/細胞運命/DNA損傷修復/Dnmt1/がん化/DNAメチル化/DNA損傷/DNA複製/アセチル化/アミノ酸/ストレス応答/タンパク質分解/メチル化/ユビキチン/ユビキチン化/構造生物学/細胞分裂/生体分子/創薬/翻訳後修飾/立体構造/ゲノム/ストレス/遺伝学/遺伝子/遺伝子発現/老化
他の関係分野:複合領域化学生物学工学総合生物農学
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発表日:2025年7月14日
2
大学院生 中村菜緒さんらが筆頭著者の論文が「Structure」に掲載! さらに第9回北陸エピジェネティクス研究会で学生優秀発表賞を受賞!
クライオ電子顕微鏡単粒子解析で脱ユビキチン化酵素USP7の活性化に伴う構造変化を可視化
生命医科学研究科 博士前期課程2年(構造生物学研究室・エピジェネティクス構造生命科学)の中村 菜緒さんと、同研究科の博士前期課程を修了した吉見 早恵さんらの研究グループは、細胞運命を決定するDNAメチル化の制御で働く脱ユビキチン化酵素USP7の活性化に伴う構造変化をクライオ電子顕微鏡単粒子法で明らかにしました。その研究成果が、Cell Press誌「Structure」に掲載されました。また、2025年6月18日(水)に福井県民ホールで開催された第9回北陸エピジェネティクス研究会にて中村 菜緒さんが本成果(Cryo-EMによる動的構造変化の可視化:USP7はDNMT1と相互作用し...
キーワード:脱ユビキチン化酵素/持続可能/持続可能な開発/電子顕微鏡/キチン/クライオ電子顕微鏡/細胞運命/Dnmt1/DNAメチル化/メチル化/ユビキチン/ユビキチン化/構造生物学/構造変化/動的構造
他の関係分野:生物学工学農学
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発表日:2025年7月11日
3
活性化するUSP7の構造変化をクライオEMで捉える
~不活性化の時は開き、活性化の時は“シュッ”と閉じる~
本研究では、試験管内でUSP7によるユビキチン化H3の脱ユビキチン化を再現するための実験系を構築しました。生化学的な方法で2カ所のリジン残基がモノユビキチン化されたヒストンH3 (H3ub2) を作り、そこにUSP7タンパク質を混ぜることで、ユビキチンがヒストンH3から外れる実験系(脱ユビキチン化実験)を構築しました。次に、ユビキチン化H3に結合するDNMT1の一部であるRFTSドメインを加えて脱ユビキチン化実験を行いました。すると、USP7はユビキチンをヒストンH3から外すことができないことがわかりました。これはRFTSドメインが非常に強くH3ub2に結合しているため、USP7の働...
キーワード:脱ユビキチン化酵素/機能ドメイン/ヒストン/持続可能/持続可能な開発/極低温/電子顕微鏡/分解能/キチン/クライオ電子顕微鏡/細胞運命/DNA損傷修復/Dnmt1/高分解能/がん化/DNAメチル化/DNA損傷/アミノ酸/タンパク質分解/メチル化/ユビキチン/ユビキチン化/構造生物学/構造変化/神経変性/神経変性疾患/生体分子/阻害剤/翻訳後修飾/立体構造/ゲノム/遺伝子/遺伝子発現
他の関係分野:生物学工学農学