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研究分野別サイレントキーワード
「大腸菌」とサイレントキーワードを含む研究
【複合領域】文化財科学・博物館学：ams ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌細胞の形態形成・細胞分裂の制御機構の解析(05760063)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1993
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (90192822)
【キーワード】大腸菌 / cafA / RNaseE / ams / mukA (他7件)
【概要】cafA遺伝子の破壊株cafA::catを構築し、その細胞分裂や染色体分配に異常がないことを落射蛍光顕微鏡により確認した。cafA遺伝子と相互作用する因子を細胞分裂変異株の中から検索した。その結果、RNaseEの変異株ams1の温度感受性がcafAプラスミドによって部分的に回復されることを見い出した。また、ams1 cafA::catの二重変異株ではその温度感受性が増強されていた。これは、CafA...
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
【環境学】環境保全学：精密質量分析 ／大腸菌を含む研究件
❏微生物による有機物代謝の集成としての生物学的廃水処理プロセスのモデル化(19K22922)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (30312979)
【キーワード】未知スクリーニング分析 / ノンターゲット分析 / 精密質量分析 / 活性汚泥 / 微生物群集構造解析 (他6件)
【概要】下水処理場から流入下水と処理水、および活性汚泥を採取し、溶存有機物を高分解能精密質量分析計により化合物種レベルで分析するとともに、有機物分解反応を担う微生物群集について解析した。その結果、微生物群集構造は、流入水組成とは関連性が見いだせなかったのに対し、処理水との関連性が示されたことから、微生物代謝産物としての処理水と微生物組成との関連を示すことができた。また、下水処理水中の有機物のうち、微生物が...
❏環境中における大腸菌の増殖基質を探る(17K20060)
【研究テーマ】環境保全対策およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 准教授 (30312979)
【キーワード】大腸菌 / 未知スクリーニング分析 / 高分解能質量分析計 / 精密質量分析 / ノンターゲット分析 (他6件)
【概要】環境中において増殖が問題となる微生物が、実際に環境中で用いている有機物を調べるための技術開発を目的とした。本研究では、環境中における大腸菌の増殖を例として行った。環境中で大腸菌が増殖する際に利用する基質を、精密質量分析計を用いた低分子有機物の網羅的分析手法を用いて抽出し、分子式推定を行い、構造推定を試みた。その結果、河川水中の有機物を利用して増殖すること、利用される有機物候補の分子式を示すことがで...
【環境学】環境保全学：未知スクリーニング分析 ／大腸菌を含む研究件
❏微生物による有機物代謝の集成としての生物学的廃水処理プロセスのモデル化(19K22922)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (30312979)
【キーワード】未知スクリーニング分析 / ノンターゲット分析 / 精密質量分析 / 活性汚泥 / 微生物群集構造解析 (他6件)
【概要】下水処理場から流入下水と処理水、および活性汚泥を採取し、溶存有機物を高分解能精密質量分析計により化合物種レベルで分析するとともに、有機物分解反応を担う微生物群集について解析した。その結果、微生物群集構造は、流入水組成とは関連性が見いだせなかったのに対し、処理水との関連性が示されたことから、微生物代謝産物としての処理水と微生物組成との関連を示すことができた。また、下水処理水中の有機物のうち、微生物が...
❏環境中における大腸菌の増殖基質を探る(17K20060)
【研究テーマ】環境保全対策およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 准教授 (30312979)
【キーワード】大腸菌 / 未知スクリーニング分析 / 高分解能質量分析計 / 精密質量分析 / ノンターゲット分析 (他6件)
【概要】環境中において増殖が問題となる微生物が、実際に環境中で用いている有機物を調べるための技術開発を目的とした。本研究では、環境中における大腸菌の増殖を例として行った。環境中で大腸菌が増殖する際に利用する基質を、精密質量分析計を用いた低分子有機物の網羅的分析手法を用いて抽出し、分子式推定を行い、構造推定を試みた。その結果、河川水中の有機物を利用して増殖すること、利用される有機物候補の分子式を示すことがで...
【環境学】環境保全学：ノンターゲット分析 ／大腸菌を含む研究件
❏微生物による有機物代謝の集成としての生物学的廃水処理プロセスのモデル化(19K22922)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (30312979)
【キーワード】未知スクリーニング分析 / ノンターゲット分析 / 精密質量分析 / 活性汚泥 / 微生物群集構造解析 (他6件)
【概要】下水処理場から流入下水と処理水、および活性汚泥を採取し、溶存有機物を高分解能精密質量分析計により化合物種レベルで分析するとともに、有機物分解反応を担う微生物群集について解析した。その結果、微生物群集構造は、流入水組成とは関連性が見いだせなかったのに対し、処理水との関連性が示されたことから、微生物代謝産物としての処理水と微生物組成との関連を示すことができた。また、下水処理水中の有機物のうち、微生物が...
❏環境中における大腸菌の増殖基質を探る(17K20060)
【研究テーマ】環境保全対策およびその関連分野
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2017-06-30 - 2020-03-31
【研究代表者】栗栖 太 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 准教授 (30312979)
【キーワード】大腸菌 / 未知スクリーニング分析 / 高分解能質量分析計 / 精密質量分析 / ノンターゲット分析 (他6件)
【概要】環境中において増殖が問題となる微生物が、実際に環境中で用いている有機物を調べるための技術開発を目的とした。本研究では、環境中における大腸菌の増殖を例として行った。環境中で大腸菌が増殖する際に利用する基質を、精密質量分析計を用いた低分子有機物の網羅的分析手法を用いて抽出し、分子式推定を行い、構造推定を試みた。その結果、河川水中の有機物を利用して増殖すること、利用される有機物候補の分子式を示すことがで...
【数物系科学】地球惑星科学：実験室進化 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌実験室進化を通じた生物の元素利用に対する進化的可塑性の検討(21K18662)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2024-03-31
【研究代表者】川上 了史 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (60566800)
【キーワード】実験室進化 / 大腸菌 / 金属イオン / ゲノム解析 / ゲノム
【概要】研究開始時までに得られていた複数の元素を用いた大腸菌の長期培養群について、それぞれから、特徴的な表現型を示す株の単離を試みた。添加した元素は、Li, W, Ru, Eu, Ndなどで、いずれも大腸菌での生理活性は報告例がないものである。これら、添加した元素を直接利用している大腸菌がいるのではないかと考え、主に金属添加、未添加の状態で培養を行い、添加元素を要求する株のスクリーニングを実施した。しか...
❏実験室耐熱進化系を用いた新規相互作用の出現・消失機構の解明(26440200)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】岸本 利彦 東邦大学, 理学部, 教授 (90339200)
【キーワード】実験室進化 / 高温適応進化 / 相互作用 / 大腸菌 / 進化
【概要】通常大腸菌では致死温度となる45℃適応進化過程の初期において、相互作用依存的増殖が生じ、適応経過とともに濃度依存性が解消する現象が確認された。本研究では、45℃適応進化初期に固定される変異が段階的に蓄積した大腸菌株を単離し、蓄積変異と相互作用の対応を解析した。その結果、ストレスによる代謝モードの変更→2次代謝産物の蓄積→細胞の2次代謝産物利用→相互作用の発生→細胞内の秩序回復→代謝モードの回復→相...
【数物系科学】地球惑星科学：バクテリア ／大腸菌を含む研究件
❏超効率バイオアッセイシステム開発のためのインクジェット技術の確立(23658138)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】江前 敏晴 筑波大学, 生命環境系, 教授 (40203640)
【キーワード】バイオアッセイ / インクジェット / バクテリア / 細胞 / 寒天培地 (他11件)
【概要】インクジェットプリンタにより培地及び細菌を紙に印刷し、顕微鏡によりコロニー成長を評価することで数時間のうちに最適環境条件を決定できるバイオアッセイシステム開発を目指した。ポリスチレンのトルエン溶液に浸漬し全面疎水化したろ紙に、培地を形成したい区画にだけトルエンを印刷してポしスチレン樹脂を溶かし出し、親疎水性パターンを作製した。印刷中のゲル化を押さえるため、インクカートリッジの加熱と寒天の硫酸加水分...
❏バクテリア・セントロメア様配列migSの染色体分配機構における分子機能の解明(16370082)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】仁木 宏典 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 教授 (70208122)
【キーワード】大腸菌 / 染色体 / 核分裂 / 複製 / セントロメア (他12件)
【概要】大腸菌の複製起点(oriC)領域の染色体分配の様子が解るにつれ、染色体分配の駆動メカニズムの存在が明確になった。oriC領域は、細胞中央から細胞両極へと移動する。このoriCの移動を担うシス配列(migS)を見いだした。さらに、migSと相互作用するタンパク質を分離し、質量分析を基にその遺伝子を明らかにした。これら遺伝子破壊株を調べたところ、2つの遺伝子破壊株で所migS欠失株と同様にoriCの移...
【生物学】生物学：DnaA ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏大腸菌のDNA複製開始タンパクDnaAの活性制御に関する研究(11480202)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】関水 和久 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (90126095)
【キーワード】大腸菌 / DNA複製開始 / DnaA / ATP / ATPase (他13件)
【概要】本研究は、大腸菌のDNA複製開始蛋白DnaAの活性制御機構を明らかにすることにより、DNA複製の制御機構を理解することを目的としたものである。すでに研究代表者らは、DnaA蛋白がATPに対して高い親和性を有すること、ATP結合型DnaA蛋白は、それ自身のATPase活性により、不活性なADP結合型となること、及び、複製酵素であるDNAポリメラーゼIIIホロ酵素がDnaA蛋白に結合したATPの加水分...
【生物学】生物学：DnaAタンパク質 ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏複製開始蛋白DnaAのATP結合阻害を指標とした新規細菌感染症治療薬の開発(12557210)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2001
【研究代表者】関水 和久 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (90126095)
【キーワード】DnaA蛋白 / 黄色ブドウ球菌 / ATP結合 / 塩基性リン脂質 / 酸性リン脂質 (他15件)
【概要】黄色ブドウ球菌は、ヒトの日和見感染症の原因菌である。研究者代表者らは、黄色ブドウ球菌のDNA複製開始蛋白DnaAを標的とした抗菌剤開発を指向し、DnaA蛋白の生化学的解析に着手した。大腸菌DnaA蛋白の研究からDnaA蛋白のATP結合型は複製開始活性型で、ADP型は不活性型であることが分かっている。精製した黄色ブドウ球菌DnaA蛋白は、ATP、ADPに対しKd値としてそれぞれ1nM、5nMと高い親...
【生物学】生物学：DNAポリメラーゼ ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏大腸菌のDNA複製開始タンパクDnaAの活性制御に関する研究(11480202)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2000
【研究代表者】関水 和久 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (90126095)
【キーワード】大腸菌 / DNA複製開始 / DnaA / ATP / ATPase (他13件)
【概要】本研究は、大腸菌のDNA複製開始蛋白DnaAの活性制御機構を明らかにすることにより、DNA複製の制御機構を理解することを目的としたものである。すでに研究代表者らは、DnaA蛋白がATPに対して高い親和性を有すること、ATP結合型DnaA蛋白は、それ自身のATPase活性により、不活性なADP結合型となること、及び、複製酵素であるDNAポリメラーゼIIIホロ酵素がDnaA蛋白に結合したATPの加水分...
【生物学】生物学：宿主認識 ／大腸菌を含む研究件
❏病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学(25440066)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
【キーワード】バクテリオファージ / ウイルス / 構造蛋白質 / 繊維状蛋白質 / X線結晶構造解析 (他14件)
【概要】T4ファージの近位尾繊維蛋白質gp34のＣ末端564残基を可溶性３量体として発現し精製・結晶化を行った。結晶構造解析により、gp34のＣ末端744-1289の立体構造を決定した。その構造は、全長18nmの繊維状であった。細部は、３本鎖β-へリックスやβ-プリズム構造などを含めファージ尾部蛋白質共通のドメイン構造であり、ファージの尾部構造蛋白質の進化はパーツとなるドメインの組み合わせにより、感染に必...
❏ファージセラピーを目指した感染動力学に関する研究(13450340)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】ファージ / 大腸菌O157:H7 / レセプター / ファージセラピー / 緑色蛍光タンパク (他13件)
【概要】健康なブタ糞便からスクリーニングされた大腸菌O157:H7特異的ファージをPP01と命名し、PP01の宿主認識機構を解析した。大腸菌O157:H7のOmpC遺伝子をプラスミドにクローニングし、耐性菌をそのプラスミドで形質転換すると、PP01に対する被感染性が回復した。さらにOmpC欠損大腸菌K12(W3110)を同プラスミドで形質転換すると、PP01に対し被感染性を示した。これらの事実より、大腸菌...
【生物学】生物学：バクテリオファージ ／大腸菌を含む研究件
❏病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学(25440066)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
【キーワード】バクテリオファージ / ウイルス / 構造蛋白質 / 繊維状蛋白質 / X線結晶構造解析 (他14件)
【概要】T4ファージの近位尾繊維蛋白質gp34のＣ末端564残基を可溶性３量体として発現し精製・結晶化を行った。結晶構造解析により、gp34のＣ末端744-1289の立体構造を決定した。その構造は、全長18nmの繊維状であった。細部は、３本鎖β-へリックスやβ-プリズム構造などを含めファージ尾部蛋白質共通のドメイン構造であり、ファージの尾部構造蛋白質の進化はパーツとなるドメインの組み合わせにより、感染に必...
❏グリーンバイオケミストリーを目指したファージ表層工学の展開(16360408)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】グリーンケミストリー / バクテリオファージ / 表層工学 / 大腸菌 / 緑色蛍光タンパク質 (他6件)
【概要】大腸菌は環境水中の糞便汚染の指標細菌として知られており、その迅速な検出方法が求められている。先にT4e^-ファージのキャプシドに存在するSoc(small outer capsid)タンパク質に緑色蛍光タンパク質(GFP)を提示させたT4e^-/GFPファージを分子構築した。T4e^-/GFP感染後の菌体内で増幅されるGFPの蛍光をとらえることにより、大腸菌K12(W3110)の迅速検出が可能とな...
❏ファージセラピーを目指した感染動力学に関する研究(13450340)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】ファージ / 大腸菌O157:H7 / レセプター / ファージセラピー / 緑色蛍光タンパク (他13件)
【概要】健康なブタ糞便からスクリーニングされた大腸菌O157:H7特異的ファージをPP01と命名し、PP01の宿主認識機構を解析した。大腸菌O157:H7のOmpC遺伝子をプラスミドにクローニングし、耐性菌をそのプラスミドで形質転換すると、PP01に対する被感染性が回復した。さらにOmpC欠損大腸菌K12(W3110)を同プラスミドで形質転換すると、PP01に対し被感染性を示した。これらの事実より、大腸菌...
【生物学】生物学：再構成 ／大腸菌を含む研究件
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏シアノバクテリアの概日振動系の大腸菌での再構成(17657002)
【研究テーマ】遺伝・ゲノム動態
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】岩崎 秀雄 早稲田大, 理工学術院, 助教授 (00324393)
【キーワード】シアノバクテリア / 大腸菌 / 再構成 / 概日リズム / KaiC (他6件)
【概要】私たちは,シアノバクテリアでは概日リズム発生の主要因が転写翻訳フィードバックではないことを最近明らかにした(Tomtia et al.2005)。さらに,in vitroではKaiA, KaiB, KaiCの三者でKaiCのリン酸化振動に十分であることを示した(Nakajima et al.2005)。本研究では,このリン酸化振動を大腸菌に移植できるかどうかを試み,さらに人工的な入出力系を付与出来...
【生物学】生物学：転写終結 ／大腸菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏RNAシャペロンHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進作用の解析(16K07259)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助教 (10444366)
【キーワード】small RNA / Hfq / 転写終結 / ステムループ構造 / 小分子RNA (他7件)
【概要】本研究課題では、RNAシャペロンであるHfqに結合して機能する小分子RNA（sRNA）が持つステムループ構造が、転写終結を通して、3’末端のsRNA結合モジュールの形成に重要な役割を持つことを明らかにした。また、Hfqによるhfq自己発現制御の分子機構を明らかにし、細胞に有害である過剰なHfqの産生を防ぐという生物学的意義を見出した。 ...
【生物学】基礎生物学：病原性大腸菌 ／大腸菌を含む研究件
❏ChIP-chipによる3種の大腸菌を用いた転写因子結合部位の多様性の解析(20241045)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】小笠原 直毅 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
【キーワード】ゲノム進化・再編 / ChIP-chip / 転写制御ネットワーク / ChAP-chip / Fur (他13件)
【概要】ChIP-chipおよびChAP-seqを用いて、複数の大腸菌種におけるグローバルレギュレーターの結合領域を比較することで、大腸菌のゲノム多様性の獲得と転写ネットワークの変化がどのように関係するかを検討した。その結果、今回検討した転写因子では、大腸菌株間における結合プロファイルの保存性が極めて高く、転写因子が制御する遺伝子に変異が生じた場合でも、その結合プロファイルは維持されることが示唆された。...
❏ファージセラピーを目指した感染動力学に関する研究(13450340)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】ファージ / 大腸菌O157:H7 / レセプター / ファージセラピー / 緑色蛍光タンパク (他13件)
【概要】健康なブタ糞便からスクリーニングされた大腸菌O157:H7特異的ファージをPP01と命名し、PP01の宿主認識機構を解析した。大腸菌O157:H7のOmpC遺伝子をプラスミドにクローニングし、耐性菌をそのプラスミドで形質転換すると、PP01に対する被感染性が回復した。さらにOmpC欠損大腸菌K12(W3110)を同プラスミドで形質転換すると、PP01に対し被感染性を示した。これらの事実より、大腸菌...
【生物学】基礎生物学：タンパク質複合体 ／大腸菌を含む研究件
❏病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学(25440066)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
【キーワード】バクテリオファージ / ウイルス / 構造蛋白質 / 繊維状蛋白質 / X線結晶構造解析 (他14件)
【概要】T4ファージの近位尾繊維蛋白質gp34のＣ末端564残基を可溶性３量体として発現し精製・結晶化を行った。結晶構造解析により、gp34のＣ末端744-1289の立体構造を決定した。その構造は、全長18nmの繊維状であった。細部は、３本鎖β-へリックスやβ-プリズム構造などを含めファージ尾部蛋白質共通のドメイン構造であり、ファージの尾部構造蛋白質の進化はパーツとなるドメインの組み合わせにより、感染に必...
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
【生物学】基礎生物学：翻訳 ／大腸菌を含む研究件
❏低分子量熱ショックタンパク質の新機能：翻訳制御における制御ターゲットの探索(21K20631)
【研究テーマ】
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2021-08-30 - 2023-03-31
【研究代表者】三輪 つくみ 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (70912179)
【キーワード】大腸菌 / 低分子量熱ショックタンパク質 / σ因子 / 翻訳制御 / 熱ショック応答 (他7件)
【概要】ストレスによって生じるタンパク質凝集（凝集体）は蓄積することで細胞毒性を示す場合がある。凝集体の処理にあたるのがシャペロンである。シャペロンの中でも低分子量熱ショックタンパク質 (small Heat shock protein; sHsp)は凝集体処理の初期ステップである凝集体の隔離を担っている。最近の応募者の研究から、大腸菌のsHspであるIbpAはシャペロンとしての機能以外に、mRNAとの結...
❏外来塩基配列による翻訳促進効果を利用した大腸菌タンパク質発現系の革新と原理の解明(19K15809)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】近藤 興 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (50728293)
【キーワード】大腸菌 / 物質生産 / 翻訳促進 / 遺伝子発現 / 翻訳 (他9件)
【概要】本研究では，研究代表者らが先に見出した「外来の塩基配列によって翻訳が促進される現象（TED）」のメカニズムの解明に取り組んだ。まず，TEDの影響下にある遺伝子の転写産物の量に着目し，レポーター遺伝子のmRNA量を調べた。その結果，対照と比べて数倍程度多かった。さらに，試験管内において TEDの再現を得る方法の検討を行った。その結果，大腸菌由来リボソームなどの精製した分子群を用いることでその再現に成...
【生物学】基礎生物学：1細胞培養計測系 ／大腸菌を含む研究件
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
❏マイクロ流路での大腸菌の細胞伸長の表現型可塑性の解析:迅速な適応性(22657006)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (40178950)
【キーワード】1細胞培養計測系 / マイクロ流路 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 (他12件)
【概要】マイクロ流路を使って、大腸菌の細胞伸長に関わる3つの要因を解析した。(仮説1)「捕食回避説」、(仮説2)「低密度良好説」、(仮説3)「環境ストレス説」である。各要因を、単独および複数を組み合わせて検証することにした。まず、増殖しすぎた細胞を自動的に取り除けるように工夫した1細胞計測系を構築した(特願2011-156767)。この計測系を捕食者テトラヒメナ・被食者大腸菌の混合培養系に応用したところ、...
【生物学】基礎生物学：細胞伸長 ／大腸菌を含む研究件
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
❏マイクロ流路での大腸菌の細胞伸長の表現型可塑性の解析:迅速な適応性(22657006)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (40178950)
【キーワード】1細胞培養計測系 / マイクロ流路 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 (他12件)
【概要】マイクロ流路を使って、大腸菌の細胞伸長に関わる3つの要因を解析した。(仮説1)「捕食回避説」、(仮説2)「低密度良好説」、(仮説3)「環境ストレス説」である。各要因を、単独および複数を組み合わせて検証することにした。まず、増殖しすぎた細胞を自動的に取り除けるように工夫した1細胞計測系を構築した(特願2011-156767)。この計測系を捕食者テトラヒメナ・被食者大腸菌の混合培養系に応用したところ、...
【生物学】基礎生物学：変動環境 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌の進化実験を用いた生体リズム現象の創出(26640135)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】変動環境 / 進化実験 / 大腸菌 / 生体リズム現象
【概要】本研究では、周期的に時間変動する環境下で大腸菌の進化実験を行い、どのような表現型と遺伝子型の変化が出現するかを解析することを目的とした。周期的に変動する炭素源や抗生物質添加といった環境下で大腸菌を植え継ぎ培養することにより、変動環境に適応した大腸菌の取得を試みた。結果として、2つの抗生物質の添加を周期的に切り替えた場合に、一方の薬剤には耐性を獲得し、もう一方への耐性獲得は抑制されるという非対称な進...
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
【生物学】基礎生物学：SOS応答 ／大腸菌を含む研究件
❏エネルギー蓄積型persisterの形成機構の解明および根絶技術の開発(19K07565)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】persister / エネルギー代謝 / ATP / 乳酸デヒドロゲナーゼ / SOS応答 (他13件)
【概要】細菌集団の一部でpersisterと呼ばれる休眠状態の細菌が存在しており、抗菌薬から生き残ることが知られている。本研究では、大腸菌をモデル細菌株として用い、ldhA発現を起点としたエネルギー蓄積型persisterの形成メカニズムを明らかにすることを目的とした。ldhAを過剰発現させた結果、SOS応答の制御遺伝子recAの発現量が有意に増加すること、および抗菌薬処理後のヒドロキシラジカルの産生量が...
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
【生物学】基礎生物学：表現型可塑性 ／大腸菌を含む研究件
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
❏マイクロ流路での大腸菌の細胞伸長の表現型可塑性の解析:迅速な適応性(22657006)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (40178950)
【キーワード】1細胞培養計測系 / マイクロ流路 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 (他12件)
【概要】マイクロ流路を使って、大腸菌の細胞伸長に関わる3つの要因を解析した。(仮説1)「捕食回避説」、(仮説2)「低密度良好説」、(仮説3)「環境ストレス説」である。各要因を、単独および複数を組み合わせて検証することにした。まず、増殖しすぎた細胞を自動的に取り除けるように工夫した1細胞計測系を構築した(特願2011-156767)。この計測系を捕食者テトラヒメナ・被食者大腸菌の混合培養系に応用したところ、...
【生物学】基礎生物学：タンパク質間相互作用 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
【生物学】基礎生物学：シアノバクテリア ／大腸菌を含む研究件
❏バクテリアにおけるエネルギー代謝ステート遷移の分子機構(18H02124)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】田中 寛 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60222113)
【キーワード】エネルギー代謝ステート / 大腸菌 / シアノバクテリア / 中央代謝経路 / 明暗環境応答 (他7件)
【概要】バクテリアは生育環境の変化によりエネルギー獲得代謝の様式を大きく変化させる。本研究では大腸菌とシアノバクテリアを研究材料として、バクテリアが大きく代謝ステートを変化させる際の分子機構について解析した。大腸菌は培地中のグルコースの有無により代謝状態を大きく変えるが、従来はこのステート遷移は遺伝子発現状態の変化で説明されてきた。本研究では酢酸オーバーフロー代謝が特定の酵素OGDHの活性化に関わり、代謝...
❏シアノバクテリアの概日振動系の大腸菌での再構成(17657002)
【研究テーマ】遺伝・ゲノム動態
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】岩崎 秀雄 早稲田大, 理工学術院, 助教授 (00324393)
【キーワード】シアノバクテリア / 大腸菌 / 再構成 / 概日リズム / KaiC (他6件)
【概要】私たちは,シアノバクテリアでは概日リズム発生の主要因が転写翻訳フィードバックではないことを最近明らかにした(Tomtia et al.2005)。さらに,in vitroではKaiA, KaiB, KaiCの三者でKaiCのリン酸化振動に十分であることを示した(Nakajima et al.2005)。本研究では,このリン酸化振動を大腸菌に移植できるかどうかを試み,さらに人工的な入出力系を付与出来...
【生物学】基礎生物学：転写後制御 ／大腸菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏RNAシャペロンHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進作用の解析(16K07259)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助教 (10444366)
【キーワード】small RNA / Hfq / 転写終結 / ステムループ構造 / 小分子RNA (他7件)
【概要】本研究課題では、RNAシャペロンであるHfqに結合して機能する小分子RNA（sRNA）が持つステムループ構造が、転写終結を通して、3’末端のsRNA結合モジュールの形成に重要な役割を持つことを明らかにした。また、Hfqによるhfq自己発現制御の分子機構を明らかにし、細胞に有害である過剰なHfqの産生を防ぐという生物学的意義を見出した。 ...
❏Hfq結合型小分子RNAの機能構造の解析(25440012)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 転写後制御 / Hfq / 大腸菌
【概要】本課題研究は、大腸菌小分子RNA（sRNA）の機能構造を明らかにすることを目的にした。幅広い生物に存在するsRNAと同様に、大腸菌sRNAは、mRNAと塩基対を形成することによりmRNAを抑制する。sRNA/mRNA間の塩基対の形成は、Hfqタンパク質により促進される。本課題研究のもっとも大きな成果は、Hfqとの機能的結合において、sRNAのHfq結合領域が3’末端に位置することの重要性を示したこ...
【生物学】人類学：進化 ／大腸菌を含む研究件
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
❏実験室耐熱進化系を用いた新規相互作用の出現・消失機構の解明(26440200)
【研究テーマ】進化生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】岸本 利彦 東邦大学, 理学部, 教授 (90339200)
【キーワード】実験室進化 / 高温適応進化 / 相互作用 / 大腸菌 / 進化
【概要】通常大腸菌では致死温度となる45℃適応進化過程の初期において、相互作用依存的増殖が生じ、適応経過とともに濃度依存性が解消する現象が確認された。本研究では、45℃適応進化初期に固定される変異が段階的に蓄積した大腸菌株を単離し、蓄積変異と相互作用の対応を解析した。その結果、ストレスによる代謝モードの変更→2次代謝産物の蓄積→細胞の2次代謝産物利用→相互作用の発生→細胞内の秩序回復→代謝モードの回復→相...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
【工学】プロセス・化学工学：局在化 ／大腸菌を含む研究件
❏細菌リポ蛋白質の選別的な膜局在化を支える分子基盤の解明(18K05396)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31
【研究代表者】徳田 元 盛岡大学, その他部局等, 名誉教授 (40125943)
【キーワード】ABCトランスポーター / 蛋白質輸送 / 大腸菌 / ペリプラズム / 化学架橋 (他15件)
【概要】リポ蛋白質外膜局在化の詳細な分子機構を、大腸菌で解明することを目的に本研究を行っている。これまでに内膜に存在するABCトランスポーターLolCDEによる選別、内膜からの遊離、遊離リポ蛋白質のLolAとの可溶性複合体形成をin vitroで再現する実験系を構築した。すでに明らかにしたように、リポ蛋白質の選別には２位のアミノ酸残基がシグナルとなることをin vitro実験系で示した。最近中国の研究者ら...
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
【工学】土木工学：生菌 ／大腸菌を含む研究件
❏VNC概念による病原性微生物指標の開発(19560555)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】矢口 淳一 八戸工業高等専門学校, 建設環境工学科, 教授 (80342450)
【キーワード】水質 / リアルタイムPCR / DNA / 大腸菌 / 閾値サイクル数 (他12件)
【概要】大腸菌に特異的な塩基配列を用いてリアルタイムPCRを行うことで、大腸菌の生菌数を迅速に定量できることができた。定量範囲は1×10^1～1×10^6cfu/tubeであった。細菌活性の有無を区別できるPMA試薬は、ハロゲン光照射約10分間でDNAを不活化でき、またPMA試薬自身も不活性化された。PMA試薬で菌体液を処理した後、リアルタイムPCR反応を施すことで活性のある菌体とない菌体を定量できるか検...
❏VNC概念による上下水道施設における病原性微生物感染リスクの再評価に関する研究(16560488)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】矢口 淳一 八戸工業高等専門学校, 建設環境工学科, 教授 (80342450)
【キーワード】VNC / 生菌 / 全菌 / 塩素消毒 / 大腸菌 (他13件)
【概要】生理的活性のある細菌を直接蛍光顕微鏡下で検出する方法として、DVC法,マイクロコロニー法,CTC法,BacLight法の4つの手法を検討し、これらの方法とDAPI染色による全菌数計数法および平板培養法を用いて青森県内の河川や排水中の細菌数を測定し、水環境中の細菌の挙動についてまとめた。河川水では、平板培養法で測定した生菌数はDAPI試薬で検出される全菌数より2〜5オーダー程度少なくほとんどの細菌が...
【工学】土木工学：レジオネラ ／大腸菌を含む研究件
❏病原微生物のソーストラッキングを用いた公共財としての水の安全確保(18206056)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】水の安全 / 病原微生物 / ウイルス / 遺伝子 / 指標微生物 (他16件)
【概要】総合的な病原微生物対策のために必要ではあるが未解決の課題群に取り組み、以下の成果を上げた。 紫外線照射により不活化した大腸菌の海水中での挙動を解明するため、NaCl 溶液、MgCl2溶液、CaCl2 溶液中における光回復の程度を調べた。その結果、全ての溶液中で、高い塩濃度では光回復が抑制された。光回復抑制の機構は、細胞膜内外における陽イオンの電位差が浸透圧を生み出し、光回復酵素の生成が阻害されたか...
❏水中微生物の光回復を抑制した紫外線照射水処理手法の開発(13555147)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】紫外線消毒 / 光回復 / 大腸菌 / クリプトスポリジウム / レジオネラ (他13件)
【概要】水の紫外線消毒処理に対する社会的関心が高まりつつある。よって本研究では、紫外線不活化の特性やその後の光回復の危険性などについて定量的知見を得ることを目的とした。微生物種や処理方式の違いにより不活化や光回復の特性が大きく異なることから、特に水中の健康関連微生物に注目してその挙動を調べることとした。測定には、従来用いられてきた培養法による生残性/感染性の測定に加え、Endonuclease Sensi...
【工学】土木工学：光回復 ／大腸菌を含む研究件
❏病原微生物のソーストラッキングを用いた公共財としての水の安全確保(18206056)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】水の安全 / 病原微生物 / ウイルス / 遺伝子 / 指標微生物 (他16件)
【概要】総合的な病原微生物対策のために必要ではあるが未解決の課題群に取り組み、以下の成果を上げた。 紫外線照射により不活化した大腸菌の海水中での挙動を解明するため、NaCl 溶液、MgCl2溶液、CaCl2 溶液中における光回復の程度を調べた。その結果、全ての溶液中で、高い塩濃度では光回復が抑制された。光回復抑制の機構は、細胞膜内外における陽イオンの電位差が浸透圧を生み出し、光回復酵素の生成が阻害されたか...
❏水中微生物の光回復を抑制した紫外線照射水処理手法の開発(13555147)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2002
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】紫外線消毒 / 光回復 / 大腸菌 / クリプトスポリジウム / レジオネラ (他13件)
【概要】水の紫外線消毒処理に対する社会的関心が高まりつつある。よって本研究では、紫外線不活化の特性やその後の光回復の危険性などについて定量的知見を得ることを目的とした。微生物種や処理方式の違いにより不活化や光回復の特性が大きく異なることから、特に水中の健康関連微生物に注目してその挙動を調べることとした。測定には、従来用いられてきた培養法による生残性/感染性の測定に加え、Endonuclease Sensi...
【工学】土木工学：塩素消毒 ／大腸菌を含む研究件
❏VNC概念による病原性微生物指標の開発(19560555)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2007 - 2009
【研究代表者】矢口 淳一 八戸工業高等専門学校, 建設環境工学科, 教授 (80342450)
【キーワード】水質 / リアルタイムPCR / DNA / 大腸菌 / 閾値サイクル数 (他12件)
【概要】大腸菌に特異的な塩基配列を用いてリアルタイムPCRを行うことで、大腸菌の生菌数を迅速に定量できることができた。定量範囲は1×10^1～1×10^6cfu/tubeであった。細菌活性の有無を区別できるPMA試薬は、ハロゲン光照射約10分間でDNAを不活化でき、またPMA試薬自身も不活性化された。PMA試薬で菌体液を処理した後、リアルタイムPCR反応を施すことで活性のある菌体とない菌体を定量できるか検...
❏VNC概念による上下水道施設における病原性微生物感染リスクの再評価に関する研究(16560488)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】矢口 淳一 八戸工業高等専門学校, 建設環境工学科, 教授 (80342450)
【キーワード】VNC / 生菌 / 全菌 / 塩素消毒 / 大腸菌 (他13件)
【概要】生理的活性のある細菌を直接蛍光顕微鏡下で検出する方法として、DVC法,マイクロコロニー法,CTC法,BacLight法の4つの手法を検討し、これらの方法とDAPI染色による全菌数計数法および平板培養法を用いて青森県内の河川や排水中の細菌数を測定し、水環境中の細菌の挙動についてまとめた。河川水では、平板培養法で測定した生菌数はDAPI試薬で検出される全菌数より2〜5オーダー程度少なくほとんどの細菌が...
【工学】土木工学：浄水処理 ／大腸菌を含む研究件
❏ポストMDGsに向けた新たな水へのアクセス指標の開発と水アクセス改善手法の提案(26303013)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】滝沢 智 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10206914)
【キーワード】安全な飲料水 / IWS / 大腸菌 / 家庭内水処理 / 浄水処理 (他17件)
【概要】ハノイでは家庭内水処理装置（HWT）により、安全な飲料水へのアクセスが8％～20％改善した。タイのチェンマイでは、逆浸透膜を用いたRO-HWTにより地下水中のフッ素を90％以上除去できた。 ネパールのカトマンズでは、間歇給水（IWS）により約半数の住民が週に6時間以下しか水道を利用できず、水道水の半数が大腸菌に汚染されていたが、HWTにより安全な水の利用率を42％から80％に向上できる。 ジャカル...
❏浄水処理に於ける膜分離濃縮排水の衛生的処理方法の開発(07505028)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】1995 - 1997
【研究代表者】藤田 賢二 (藤田 賢ニ) 埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (40107529)
【キーワード】膜濾過 / 精密濾過膜 / 膜洗浄排水 / 汚泥濃縮 / 大腸菌ファージ (他14件)
【概要】膜洗浄排水の微生物学的安全性の評価:指標微生物として、細菌と大腸菌ファージを用い、膜による除去特性と排水ならびに膜中への濃縮特性を調べた。大形のファージや細菌は膜で除去され、膜分離されたものはほぼ全量が洗浄排水中に流出する。膜孔径より小さなファージQβでも膜である程度除去されるが、抑留ファージ全量が膜洗浄排水中に流出することはない。膜内部に抑留されているものと推測される。 膜洗浄排水の濃縮処理:無...
【工学】総合工学：マイクロ流路 ／大腸菌を含む研究件
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
❏マイクロ流路での大腸菌の細胞伸長の表現型可塑性の解析:迅速な適応性(22657006)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (40178950)
【キーワード】1細胞培養計測系 / マイクロ流路 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 (他12件)
【概要】マイクロ流路を使って、大腸菌の細胞伸長に関わる3つの要因を解析した。(仮説1)「捕食回避説」、(仮説2)「低密度良好説」、(仮説3)「環境ストレス説」である。各要因を、単独および複数を組み合わせて検証することにした。まず、増殖しすぎた細胞を自動的に取り除けるように工夫した1細胞計測系を構築した(特願2011-156767)。この計測系を捕食者テトラヒメナ・被食者大腸菌の混合培養系に応用したところ、...
【総合生物】生体分子化学：低分子量熱ショックタンパク質 ／大腸菌を含む研究件
❏低分子量熱ショックタンパク質の新機能：翻訳制御機構の解析(22K14860)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】三輪 つくみ 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (70912179)
【キーワード】低分子量熱ショックタンパク質 / 発現制御 / IbpA / 大腸菌
【概要】
❏低分子量熱ショックタンパク質の新機能：翻訳制御における制御ターゲットの探索(21K20631)
【研究テーマ】
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2021-08-30 - 2023-03-31
【研究代表者】三輪 つくみ 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (70912179)
【キーワード】大腸菌 / 低分子量熱ショックタンパク質 / σ因子 / 翻訳制御 / 熱ショック応答 (他7件)
【概要】ストレスによって生じるタンパク質凝集（凝集体）は蓄積することで細胞毒性を示す場合がある。凝集体の処理にあたるのがシャペロンである。シャペロンの中でも低分子量熱ショックタンパク質 (small Heat shock protein; sHsp)は凝集体処理の初期ステップである凝集体の隔離を担っている。最近の応募者の研究から、大腸菌のsHspであるIbpAはシャペロンとしての機能以外に、mRNAとの結...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：次世代シーケンサ ／大腸菌を含む研究件
❏進化実験を用いた抗生物質耐性の進化ダイナミクスの解析(26290071)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】進化実験 / 抗生物質耐性 / 大腸菌 / 抗生物質 / 次世代シーケンサ
【概要】近年大きな問題となっている抗生物質耐性菌の出現を抑制するためには、その進化ダイナミクスを理解し、制御する必要がある。そこで本研究では、複数の抗生物質を同時に添加した環境下での大腸菌の進化実験を行い、その進化ダイナミクスを解析した。結果として、耐性進化が抑制される組み合わせや、逆に促進される組み合わせが存在することが見出された。また、酸・アルカリ・界面活性剤などさまざまなストレス環境下での大腸菌進化...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
【総合生物】生体医工学・生体材料学：進化実験 ／大腸菌を含む研究件
❏環境へのフィードバック制御を用いた進化過程をコントロールする手法の開発(17H03622)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】進化実験 / 大腸菌 / フィードバック制御 / 実験自動化
【概要】本研究は、大腸菌のストレス耐性間のクロストークの実態を明らかにし、それに基づいて進化過程をコントロールする手法の開発を目的としている。全自動の進化実験システムを用い、95種類のストレス環境下において大腸菌進化実験を行い、耐性株を取得した。それらのストレス耐性株について、遺伝子発現量変化、ゲノム変異に加えて耐性間のクロストークを定量した。それらのデータに基づいて、環境にフィードバック制御を加えること...
❏大腸菌進化実験を用いた環境適応ネットワークの構成的理解(15KT0085)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2018-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】環境適応ネットワーク / 大腸菌 / 進化実験
【概要】生物システムは動的に変化する環境条件に対し、柔軟にその内部状態を変化させることによって適応をする能力を持つ。近年の分子生物学の発展は、その適応に関与する多くの要素を同定した一方で、こうした複数の構成要素からなる環境適応ネットワークが、進化の過程によってどのように出現したかについては、不明な点が多く残されている。そこで本研究では、多数の異なる環境下での大腸菌進化実験を行い、その進化ダイナミクスをトラ...
❏大腸菌の進化実験を用いた生体リズム現象の創出(26640135)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】変動環境 / 進化実験 / 大腸菌 / 生体リズム現象
【概要】本研究では、周期的に時間変動する環境下で大腸菌の進化実験を行い、どのような表現型と遺伝子型の変化が出現するかを解析することを目的とした。周期的に変動する炭素源や抗生物質添加といった環境下で大腸菌を植え継ぎ培養することにより、変動環境に適応した大腸菌の取得を試みた。結果として、2つの抗生物質の添加を周期的に切り替えた場合に、一方の薬剤には耐性を獲得し、もう一方への耐性獲得は抑制されるという非対称な進...
【総合生物】神経科学：リボソーム ／大腸菌を含む研究件
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
❏変異リボトキシンを用いたリボソーム暗号解読中心の研究(08458179)
【研究テーマ】構造生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】正木 春彦 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (50134515)
【キーワード】リボソーム / コリシン / リボトキシン / ヌクレアーゼ / インヒビター (他10件)
【概要】1.コリシンE3,E4,E6のC末端ドメインE3C,E4C,E6Cと,E3Cの活性中心変異体(E517Q),およびそれぞれのインヒビターImmE3,ImmE4,ImmE6と,E3耐性を獲得したImmE6点変異体(W47C)を精製し,各Cドメインのリボソーム失活活性,リボソームの結合特性,Immとの結合特性といった分子レベルでの特異性を,各imm遺伝子の各コリシンに対する耐性度(免疫性)という生物学...
【農学】農芸化学：cafA ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌細胞の形態形成・細胞分裂の制御機構の解析(05760063)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1993
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (90192822)
【キーワード】大腸菌 / cafA / RNaseE / ams / mukA (他7件)
【概要】cafA遺伝子の破壊株cafA::catを構築し、その細胞分裂や染色体分配に異常がないことを落射蛍光顕微鏡により確認した。cafA遺伝子と相互作用する因子を細胞分裂変異株の中から検索した。その結果、RNaseEの変異株ams1の温度感受性がcafAプラスミドによって部分的に回復されることを見い出した。また、ams1 cafA::catの二重変異株ではその温度感受性が増強されていた。これは、CafA...
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
【農学】農芸化学：RNaseE ／大腸菌を含む研究件
❏DNA、RNA結合蛋白質Hfqによる大腸菌細胞複製の制御機構(12660069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2000 - 2001
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (90192822)
【キーワード】鉄イオン / 酸化ストレス / Hfq / RNaseE / RNaseG (他11件)
【概要】DNA、RNA結合タンパク質Hfq(Hfq遺伝子産物)による細胞複製制御機構の解析を行った。hfq変異株は、鉄イオンの取り込み系タンパク質FepAとFhuEを過剰発現し、過酸化水素のような酸化ストレスに対して高感受性を示した。常磁核磁気共鳴法による細胞内鉄イオン濃度の測定により、変異株では高濃度の鉄イオンが細胞内に蓄積していることが示された。また精製Hfqタンパク質は、試験管内でFenton反応に...
❏大腸菌細胞の形態形成・細胞分裂の制御機構の解析(05760063)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1993
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (90192822)
【キーワード】大腸菌 / cafA / RNaseE / ams / mukA (他7件)
【概要】cafA遺伝子の破壊株cafA::catを構築し、その細胞分裂や染色体分配に異常がないことを落射蛍光顕微鏡により確認した。cafA遺伝子と相互作用する因子を細胞分裂変異株の中から検索した。その結果、RNaseEの変異株ams1の温度感受性がcafAプラスミドによって部分的に回復されることを見い出した。また、ams1 cafA::catの二重変異株ではその温度感受性が増強されていた。これは、CafA...
【農学】農芸化学：rpoS ／大腸菌を含む研究件
❏主要型シグマ因子の生物機能と構造機能相関に関する研究(09460046)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1997 - 1999
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】主要型シグマ因子 / 定常期特異的転写開始因子 / σ^<38> / 大腸菌 / ラン藻 (他14件)
【概要】(1)大腸菌のrpoS^+およびrpoS欠損株(rpoS::Tn10)を用いることにより、rpoS依存性のkatEプロモーターは以前報告されていたものと異なる位置にあることを示し、更に転写開始点の7-8bp上流にσ^<70>およびσ^<38>依存性大腸菌プロモータと類似した配列が存在するが、明確な-35領域配列は確認できなかった。C末端領域(CTE)が高塩濃度に対応するため...
❏大腸菌増殖定常期待特異的シグマ因子(σ^<38>)のプロモーター認識特異性(07760074)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / promoter / rpos
【概要】1、大腸菌の2種の主要(型)シグマ因子のプロモーター認識特異性を調べるために、コンセンサス型プロモーターのうち、両者に認識されるlacUV5、およびσ^<70>にのみ認識されるalaSプロモーターを用いて解析を行った。前年度までの解析により、この認識の違いは、-10領域とその周辺領域に由来することが判明している。alaSプロモーターを基に、部分的に塩基配列をlacUV5型に変異させた一...
【農学】農芸化学：H-NS ／大腸菌を含む研究件
❏ChIP-chipによる3種の大腸菌を用いた転写因子結合部位の多様性の解析(20241045)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2008 - 2010
【研究代表者】小笠原 直毅 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
【キーワード】ゲノム進化・再編 / ChIP-chip / 転写制御ネットワーク / ChAP-chip / Fur (他13件)
【概要】ChIP-chipおよびChAP-seqを用いて、複数の大腸菌種におけるグローバルレギュレーターの結合領域を比較することで、大腸菌のゲノム多様性の獲得と転写ネットワークの変化がどのように関係するかを検討した。その結果、今回検討した転写因子では、大腸菌株間における結合プロファイルの保存性が極めて高く、転写因子が制御する遺伝子に変異が生じた場合でも、その結合プロファイルは維持されることが示唆された。...
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
❏細菌の細胞複製を制御する因子の解析(03453137)
【研究テーマ】応用微生物学・発酵学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1991 - 1992
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】大腸菌 / 染色体複製 / 細胞分裂 / oriC / Fプラスミド (他12件)
【概要】染色体の複製開始を同調化した大腸菌を用いて、複製開始直後の菌体よりoric-複合体を調製し、その構成成分を分析した。その結果、Hendricksonらによって見い出されていた35K,55K,75Kの蛋白質は、グリコーゲン顆粒由来のものであり、oric-複合体形成には関係のないことが判明した(J.Bacteriol.1992,174:5454-5456)。新たにoric-複合体の構成成分として、ヒス...
【農学】農芸化学：有機 ／大腸菌を含む研究件
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
❏細菌の細胞複製を制御する因子の解析(03453137)
【研究テーマ】応用微生物学・発酵学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1991 - 1992
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】大腸菌 / 染色体複製 / 細胞分裂 / oriC / Fプラスミド (他12件)
【概要】染色体の複製開始を同調化した大腸菌を用いて、複製開始直後の菌体よりoric-複合体を調製し、その構成成分を分析した。その結果、Hendricksonらによって見い出されていた35K,55K,75Kの蛋白質は、グリコーゲン顆粒由来のものであり、oric-複合体形成には関係のないことが判明した(J.Bacteriol.1992,174:5454-5456)。新たにoric-複合体の構成成分として、ヒス...
【農学】農芸化学：Hfq ／大腸菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏RNAシャペロンHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進作用の解析(16K07259)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助教 (10444366)
【キーワード】small RNA / Hfq / 転写終結 / ステムループ構造 / 小分子RNA (他7件)
【概要】本研究課題では、RNAシャペロンであるHfqに結合して機能する小分子RNA（sRNA）が持つステムループ構造が、転写終結を通して、3’末端のsRNA結合モジュールの形成に重要な役割を持つことを明らかにした。また、Hfqによるhfq自己発現制御の分子機構を明らかにし、細胞に有害である過剰なHfqの産生を防ぐという生物学的意義を見出した。 ...
❏Hfq結合型小分子RNAの機能構造の解析(25440012)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 転写後制御 / Hfq / 大腸菌
【概要】本課題研究は、大腸菌小分子RNA（sRNA）の機能構造を明らかにすることを目的にした。幅広い生物に存在するsRNAと同様に、大腸菌sRNAは、mRNAと塩基対を形成することによりmRNAを抑制する。sRNA/mRNA間の塩基対の形成は、Hfqタンパク質により促進される。本課題研究のもっとも大きな成果は、Hfqとの機能的結合において、sRNAのHfq結合領域が3’末端に位置することの重要性を示したこ...
【農学】農芸化学：σ^<38> ／大腸菌を含む研究件
❏主要型シグマ因子の生物機能と構造機能相関に関する研究(09460046)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1997 - 1999
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】主要型シグマ因子 / 定常期特異的転写開始因子 / σ^<38> / 大腸菌 / ラン藻 (他14件)
【概要】(1)大腸菌のrpoS^+およびrpoS欠損株(rpoS::Tn10)を用いることにより、rpoS依存性のkatEプロモーターは以前報告されていたものと異なる位置にあることを示し、更に転写開始点の7-8bp上流にσ^<70>およびσ^<38>依存性大腸菌プロモータと類似した配列が存在するが、明確な-35領域配列は確認できなかった。C末端領域(CTE)が高塩濃度に対応するため...
❏定常期大腸菌RNAポリメラーゼの主要シグマ因子σ^<38>(rpoS遺伝子産物)の研究(05454069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】増殖停止 / シグマ因子 / σ^<38> / 定常期 / 大腸菌 (他10件)
【概要】本研究は主要型シグマ因子、特に大腸菌の増殖定常期細胞に特異的なシグマ様因子σ38(=rpoS遺伝子産物)の構造と機能との相関関係を明らかにすることを目標として計画された。本研究の成果の概要は以下のとおりである。(1)大腸菌のrpoS遺伝子のコードする蛋白質が主要シグマ因子のアミノ酸配列と高い相同性を持つことを確認するとともに、大腸菌の精製したRNAポリメラーゼ・コア酵素と再構成したホロ酵素(Eσ3...
【農学】生産環境農学：RNAポリメラーゼ ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌増殖定常期待特異的シグマ因子(σ^<38>)のプロモーター認識特異性(07760074)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / promoter / rpos
【概要】1、大腸菌の2種の主要(型)シグマ因子のプロモーター認識特異性を調べるために、コンセンサス型プロモーターのうち、両者に認識されるlacUV5、およびσ^<70>にのみ認識されるalaSプロモーターを用いて解析を行った。前年度までの解析により、この認識の違いは、-10領域とその周辺領域に由来することが判明している。alaSプロモーターを基に、部分的に塩基配列をlacUV5型に変異させた一...
❏大腸菌増殖定常期および緊縮応答時に特異的なσ因子、σ^<38>の発現調節(06760073)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1994
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / trans cription / ppGpp (他8件)
【概要】(1)rpoS遺伝子の発現はこれまでに、転写、翻訳、翻訳後の蛋白質安定性の少なくとも3段階で制御されていることが知られている。ppGppを欠く大腸菌株(ΔrelA、ΔspoT)においては、菌体内にRpoS蛋白質が蓄積しないことが知られている。その分子機構を調べるため、rpoS遺伝子上流部分にlacZ遺伝子を連結し、転写および翻訳レベルでの融合遺伝子を作製、ラムダファージを利用したベクターを用いて1...
❏定常期大腸菌RNAポリメラーゼの主要シグマ因子σ^<38>(rpoS遺伝子産物)の研究(05454069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】増殖停止 / シグマ因子 / σ^<38> / 定常期 / 大腸菌 (他10件)
【概要】本研究は主要型シグマ因子、特に大腸菌の増殖定常期細胞に特異的なシグマ様因子σ38(=rpoS遺伝子産物)の構造と機能との相関関係を明らかにすることを目標として計画された。本研究の成果の概要は以下のとおりである。(1)大腸菌のrpoS遺伝子のコードする蛋白質が主要シグマ因子のアミノ酸配列と高い相同性を持つことを確認するとともに、大腸菌の精製したRNAポリメラーゼ・コア酵素と再構成したホロ酵素(Eσ3...
【農学】生産環境農学：rRNA ／大腸菌を含む研究件
❏DNA、RNA結合蛋白質Hfqによる大腸菌細胞複製の制御機構(12660069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2000 - 2001
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (90192822)
【キーワード】鉄イオン / 酸化ストレス / Hfq / RNaseE / RNaseG (他11件)
【概要】DNA、RNA結合タンパク質Hfq(Hfq遺伝子産物)による細胞複製制御機構の解析を行った。hfq変異株は、鉄イオンの取り込み系タンパク質FepAとFhuEを過剰発現し、過酸化水素のような酸化ストレスに対して高感受性を示した。常磁核磁気共鳴法による細胞内鉄イオン濃度の測定により、変異株では高濃度の鉄イオンが細胞内に蓄積していることが示された。また精製Hfqタンパク質は、試験管内でFenton反応に...
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
【農学】境界農学：シグマ因子 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌増殖定常期待特異的シグマ因子(σ^<38>)のプロモーター認識特異性(07760074)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / promoter / rpos
【概要】1、大腸菌の2種の主要(型)シグマ因子のプロモーター認識特異性を調べるために、コンセンサス型プロモーターのうち、両者に認識されるlacUV5、およびσ^<70>にのみ認識されるalaSプロモーターを用いて解析を行った。前年度までの解析により、この認識の違いは、-10領域とその周辺領域に由来することが判明している。alaSプロモーターを基に、部分的に塩基配列をlacUV5型に変異させた一...
❏大腸菌増殖定常期および緊縮応答時に特異的なσ因子、σ^<38>の発現調節(06760073)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1994
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / trans cription / ppGpp (他8件)
【概要】(1)rpoS遺伝子の発現はこれまでに、転写、翻訳、翻訳後の蛋白質安定性の少なくとも3段階で制御されていることが知られている。ppGppを欠く大腸菌株(ΔrelA、ΔspoT)においては、菌体内にRpoS蛋白質が蓄積しないことが知られている。その分子機構を調べるため、rpoS遺伝子上流部分にlacZ遺伝子を連結し、転写および翻訳レベルでの融合遺伝子を作製、ラムダファージを利用したベクターを用いて1...
❏定常期大腸菌RNAポリメラーゼの主要シグマ因子σ^<38>(rpoS遺伝子産物)の研究(05454069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】増殖停止 / シグマ因子 / σ^<38> / 定常期 / 大腸菌 (他10件)
【概要】本研究は主要型シグマ因子、特に大腸菌の増殖定常期細胞に特異的なシグマ様因子σ38(=rpoS遺伝子産物)の構造と機能との相関関係を明らかにすることを目標として計画された。本研究の成果の概要は以下のとおりである。(1)大腸菌のrpoS遺伝子のコードする蛋白質が主要シグマ因子のアミノ酸配列と高い相同性を持つことを確認するとともに、大腸菌の精製したRNAポリメラーゼ・コア酵素と再構成したホロ酵素(Eσ3...
【農学】境界農学：枯草菌 ／大腸菌を含む研究件
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏リアルタイム菌体pH測定法の開発とSha輸送系によるpH環境調節機構の解明(14760066)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2002 - 2003
【研究代表者】古園 さおり 独立行政法人理化学研究所, 環境分子生物学研究室, 研究員 (90321760)
【キーワード】GFP / pHプローブ / 菌体内pH / pH恒常性 / 枯草菌 (他8件)
【概要】本研究は、pH感受性GFP変異体をpHプローブとして用いて、動的変化や局所的変化を含めた菌体内pHに関する詳細な情報を得ることを目的としている。本年度は、Bacillus属細菌におけるpH測定系の確立と、大腸菌の膜近傍pHの測定を行った。枯草菌や好アルカリ性菌などのBacillus属細菌における本pHプローブの発現量は大腸菌に比べて低く、そのままでは精度の良い測定が困難であるため、プロモーター改変...
【農学】森林圏科学：応用微生物 ／大腸菌を含む研究件
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏代謝制御機構の理解と有用菌株デザインに向けた大腸菌の代謝ダイナミクス解析(19780061)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】平沢 敬 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (20407125)
【キーワード】応用微生物 / バイオテクノロジー / 分析科学 / 代謝ダイナミクス / 大腸菌 (他6件)
【概要】本研究では、代謝制御機構の理解と産業上有用とされる化合物を生産する有用菌株デザインを目的として、大腸菌の細胞内の代謝のダイナミックな変化を代謝フラックス分布の変化からとらえることを目的とした。 生物の代謝は、遺伝子発現レベルでさまざまなタンパク質により制御を受けていることが知られている。代謝制御に関わるタンパク質の遺伝子を欠損させた細胞を培養することで、親株とは異なる細胞内酵素濃度組成になった状態...
【農学】水圏応用科学：微生物 ／大腸菌を含む研究件
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
【医歯薬学】基礎医学：乳酸デヒドロゲナーゼ ／大腸菌を含む研究件
❏エネルギー蓄積型persisterの形成機構の解明および根絶技術の開発(19K07565)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】persister / エネルギー代謝 / ATP / 乳酸デヒドロゲナーゼ / SOS応答 (他13件)
【概要】細菌集団の一部でpersisterと呼ばれる休眠状態の細菌が存在しており、抗菌薬から生き残ることが知られている。本研究では、大腸菌をモデル細菌株として用い、ldhA発現を起点としたエネルギー蓄積型persisterの形成メカニズムを明らかにすることを目的とした。ldhAを過剰発現させた結果、SOS応答の制御遺伝子recAの発現量が有意に増加すること、および抗菌薬処理後のヒドロキシラジカルの産生量が...
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
【医歯薬学】基礎医学：低分子RNA ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌小分子RNAによるmRNA抑制機構の解析(22770175)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
【キーワード】低分子RNA / 遺伝子発現抑制 / 大腸菌 / 塩基対形成 / RNAシャペロン (他6件)
【概要】本研究は、sRNAの1つであるSgrSをモデルsRNAとして用いて、sRNA/mRNA間の塩基対形成の詳細、およびRNA結合タンパク質であるHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進モデルの解明を目的とした。研究成果として、SgrS168-181 nt領域とptsG mRNAとで形成される塩基対が機能的に十分な最小の塩基対であること、またsRNAの3'末端に位置する連続したU塩基が...
❏大腸菌低分子RNAによる遺伝子発現抑制系の解析(20770137)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部・薬学科, 助手 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / mRNA抑制 / 転写後制御 / 大腸菌 / 低分子RNA (他6件)
【概要】本研究は大腸菌低分子RNA (small RNA : sRNA)による遺伝子発現抑制系を詳細に解明することを目的にする。SgrS sRNAは標的であるptsG mRNAに塩基対形成により作用し、ptsG mRNAの翻訳阻害、および不安定化を誘起する。本研究により、SgrS/ ptsG mRNA間の塩基対形成がptsG mRNAの翻訳阻害に十分であることを見いだした。またptsG mRNAの翻訳阻害...
【医歯薬学】内科系臨床医学：プロモーター ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌増殖定常期待特異的シグマ因子(σ^<38>)のプロモーター認識特異性(07760074)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1995
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / promoter / rpos
【概要】1、大腸菌の2種の主要(型)シグマ因子のプロモーター認識特異性を調べるために、コンセンサス型プロモーターのうち、両者に認識されるlacUV5、およびσ^<70>にのみ認識されるalaSプロモーターを用いて解析を行った。前年度までの解析により、この認識の違いは、-10領域とその周辺領域に由来することが判明している。alaSプロモーターを基に、部分的に塩基配列をlacUV5型に変異させた一...
❏大腸菌増殖定常期および緊縮応答時に特異的なσ因子、σ^<38>の発現調節(06760073)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1994
【研究代表者】田中 寛 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助手 (60222113)
【キーワード】Escherichia coli / RNA polymerase / sigma factor / trans cription / ppGpp (他8件)
【概要】(1)rpoS遺伝子の発現はこれまでに、転写、翻訳、翻訳後の蛋白質安定性の少なくとも3段階で制御されていることが知られている。ppGppを欠く大腸菌株(ΔrelA、ΔspoT)においては、菌体内にRpoS蛋白質が蓄積しないことが知られている。その分子機構を調べるため、rpoS遺伝子上流部分にlacZ遺伝子を連結し、転写および翻訳レベルでの融合遺伝子を作製、ラムダファージを利用したベクターを用いて1...
❏定常期大腸菌RNAポリメラーゼの主要シグマ因子σ^<38>(rpoS遺伝子産物)の研究(05454069)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】高橋 秀夫 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90013333)
【キーワード】増殖停止 / シグマ因子 / σ^<38> / 定常期 / 大腸菌 (他10件)
【概要】本研究は主要型シグマ因子、特に大腸菌の増殖定常期細胞に特異的なシグマ様因子σ38(=rpoS遺伝子産物)の構造と機能との相関関係を明らかにすることを目標として計画された。本研究の成果の概要は以下のとおりである。(1)大腸菌のrpoS遺伝子のコードする蛋白質が主要シグマ因子のアミノ酸配列と高い相同性を持つことを確認するとともに、大腸菌の精製したRNAポリメラーゼ・コア酵素と再構成したホロ酵素(Eσ3...
【医歯薬学】外科系臨床医学：小分子RNA ／大腸菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏RNAシャペロンHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進作用の解析(16K07259)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助教 (10444366)
【キーワード】small RNA / Hfq / 転写終結 / ステムループ構造 / 小分子RNA (他7件)
【概要】本研究課題では、RNAシャペロンであるHfqに結合して機能する小分子RNA（sRNA）が持つステムループ構造が、転写終結を通して、3’末端のsRNA結合モジュールの形成に重要な役割を持つことを明らかにした。また、Hfqによるhfq自己発現制御の分子機構を明らかにし、細胞に有害である過剰なHfqの産生を防ぐという生物学的意義を見出した。 ...
❏Hfq結合型小分子RNAの機能構造の解析(25440012)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 転写後制御 / Hfq / 大腸菌
【概要】本課題研究は、大腸菌小分子RNA（sRNA）の機能構造を明らかにすることを目的にした。幅広い生物に存在するsRNAと同様に、大腸菌sRNAは、mRNAと塩基対を形成することによりmRNAを抑制する。sRNA/mRNA間の塩基対の形成は、Hfqタンパク質により促進される。本課題研究のもっとも大きな成果は、Hfqとの機能的結合において、sRNAのHfq結合領域が3’末端に位置することの重要性を示したこ...
【医歯薬学】外科系臨床医学：緑色蛍光タンパク質(GFP) ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌細胞間相互作用をとおしてみた生命体情報ネットワーク(16650063)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】清水 浩 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00226250)
【キーワード】大腸菌 / 生命体情報ネットワーク / 細胞間相互作用 / 適応 / フローサイトメトリー (他12件)
【概要】細胞内には遺伝子、タンパク質、代謝といった多階層のネットワークが存在し、それらの階層間の関係が複雑に絡み合っている。さらに環境と細胞間の相互作用を通じて、上位の階層である細胞集団においても細胞間の相互作用ネットワークが形成される。本研究では、生物ネットワークの解析を行うことにより、そこでの情報のやりとりを明らかにしていくことを目的とした。大腸菌としてグルタミン合成酵素遺伝子を欠損させた宿主にグルタ...
❏グリーンバイオケミストリーを目指したファージ表層工学の展開(16360408)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】グリーンケミストリー / バクテリオファージ / 表層工学 / 大腸菌 / 緑色蛍光タンパク質 (他6件)
【概要】大腸菌は環境水中の糞便汚染の指標細菌として知られており、その迅速な検出方法が求められている。先にT4e^-ファージのキャプシドに存在するSoc(small outer capsid)タンパク質に緑色蛍光タンパク質(GFP)を提示させたT4e^-/GFPファージを分子構築した。T4e^-/GFP感染後の菌体内で増幅されるGFPの蛍光をとらえることにより、大腸菌K12(W3110)の迅速検出が可能とな...
❏リアルタイム菌体pH測定法の開発とSha輸送系によるpH環境調節機構の解明(14760066)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2002 - 2003
【研究代表者】古園 さおり 独立行政法人理化学研究所, 環境分子生物学研究室, 研究員 (90321760)
【キーワード】GFP / pHプローブ / 菌体内pH / pH恒常性 / 枯草菌 (他8件)
【概要】本研究は、pH感受性GFP変異体をpHプローブとして用いて、動的変化や局所的変化を含めた菌体内pHに関する詳細な情報を得ることを目的としている。本年度は、Bacillus属細菌におけるpH測定系の確立と、大腸菌の膜近傍pHの測定を行った。枯草菌や好アルカリ性菌などのBacillus属細菌における本pHプローブの発現量は大腸菌に比べて低く、そのままでは精度の良い測定が困難であるため、プロモーター改変...
【医歯薬学】社会医学：マイクロアレイ ／大腸菌を含む研究件
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
❏ラボオートメーションを活用した大腸菌人工進化実験による適応進化ダイナミクスの解析(23680030)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】若手研究(A)
【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31
【研究代表者】古澤 力 独立行政法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チーリーダー (00372631)
【キーワード】進化 / 大腸菌 / オートメーション / トランスクリプトーム / ゲノム (他12件)
【概要】本研究は、進化過程における微生物の表現型・遺伝子型の変化を高精度に解析することにより、適応進化のダイナミクスを担うメカニズムの根源に迫ることを目的としている。まず系統的な進化実験を行うために、ラボオートメーションを用いた自動培養システムの構築を行い、数百系列の培養を対数増殖期を保つように植え継ぐことに成功した。そのシステムを用いて、様々なストレス添加条件下での進化実験を行い、その過程における遺伝子...
❏大腸菌プロテオームチップによる大規模タンパク質間相互作用解析(17201042)
【研究テーマ】応用ゲノム科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2005 - 2006
【研究代表者】土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
【キーワード】プロテオーム / マイクロアレイ / 微生物ゲノム / 蛍光ラベル化法 / タンパク質間相互作用 (他9件)
【概要】申請者らが独自に開発した「タンパク質C末端ラベル化法」を用いて、大腸菌の全タンパク質約4400を1枚のチップに固定化したプロテオームチップによる大規模なタンパク質問相互作用解析を行うために、(1)プローブとする大腸菌タンパク質のC末端蛍光ラベル化、(2)大腸菌全タンパク質約4400種類を固定化したプロテオームチップの作製、(3)タンパク質問相互作用の検出および解析の各ステップにおいてハイスループッ...
【医歯薬学】薬学：ATP ／大腸菌を含む研究件
❏エネルギー蓄積型persisterの形成機構の解明および根絶技術の開発(19K07565)
【研究テーマ】
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】persister / エネルギー代謝 / ATP / 乳酸デヒドロゲナーゼ / SOS応答 (他13件)
【概要】細菌集団の一部でpersisterと呼ばれる休眠状態の細菌が存在しており、抗菌薬から生き残ることが知られている。本研究では、大腸菌をモデル細菌株として用い、ldhA発現を起点としたエネルギー蓄積型persisterの形成メカニズムを明らかにすることを目的とした。ldhAを過剰発現させた結果、SOS応答の制御遺伝子recAの発現量が有意に増加すること、および抗菌薬処理後のヒドロキシラジカルの産生量が...
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
【医歯薬学】薬学：細胞周期 ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏大腸菌細胞の形態形成・細胞分裂の制御機構の解析(05760063)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1993
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (90192822)
【キーワード】大腸菌 / cafA / RNaseE / ams / mukA (他7件)
【概要】cafA遺伝子の破壊株cafA::catを構築し、その細胞分裂や染色体分配に異常がないことを落射蛍光顕微鏡により確認した。cafA遺伝子と相互作用する因子を細胞分裂変異株の中から検索した。その結果、RNaseEの変異株ams1の温度感受性がcafAプラスミドによって部分的に回復されることを見い出した。また、ams1 cafA::catの二重変異株ではその温度感受性が増強されていた。これは、CafA...
【医歯薬学】薬学：カルシウム ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌細胞の形態形成・細胞分裂の制御機構の解析(05760063)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】奨励研究(A)
【研究期間】1993
【研究代表者】和地 正明 東京工業大学, 生命理工学部, 助手 (90192822)
【キーワード】大腸菌 / cafA / RNaseE / ams / mukA (他7件)
【概要】cafA遺伝子の破壊株cafA::catを構築し、その細胞分裂や染色体分配に異常がないことを落射蛍光顕微鏡により確認した。cafA遺伝子と相互作用する因子を細胞分裂変異株の中から検索した。その結果、RNaseEの変異株ams1の温度感受性がcafAプラスミドによって部分的に回復されることを見い出した。また、ams1 cafA::catの二重変異株ではその温度感受性が増強されていた。これは、CafA...
❏細菌の細胞周期における蛋白質の燐酸化,カルシウムイオン、細胞骨格様蛋白質の役割(05453161)
【研究テーマ】応用微生物学・応用生物化学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1993 - 1995
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】ヒストン様蛋白質 / H-NS / 細胞周期 / カルシウム / 細胞骨格様蛋白質 (他13件)
【概要】1 大腸菌のoriC-膜複合体中にヒストン様蛋白質H-NSを抗H-NS抗体を用いて検出した。さらにその欠失変異体は、野性株と比べて高頻度に無核細胞を放出し、細胞あたりの核数(ploidy)が減少していることを見い出した。これはH-NSが染色体の複製と分配において重要な役割を果たしていることを示唆している。 2 大腸菌の細胞周期におけるカルシウムの役割を明らかにするために、培地中の高濃度のカルシウム...
【医歯薬学】薬学：DNA複製 ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏複製開始蛋白DnaAのATP結合阻害を指標とした新規細菌感染症治療薬の開発(12557210)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2001
【研究代表者】関水 和久 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (90126095)
【キーワード】DnaA蛋白 / 黄色ブドウ球菌 / ATP結合 / 塩基性リン脂質 / 酸性リン脂質 (他15件)
【概要】黄色ブドウ球菌は、ヒトの日和見感染症の原因菌である。研究者代表者らは、黄色ブドウ球菌のDNA複製開始蛋白DnaAを標的とした抗菌剤開発を指向し、DnaA蛋白の生化学的解析に着手した。大腸菌DnaA蛋白の研究からDnaA蛋白のATP結合型は複製開始活性型で、ADP型は不活性型であることが分かっている。精製した黄色ブドウ球菌DnaA蛋白は、ATP、ADPに対しKd値としてそれぞれ1nM、5nMと高い親...
【医歯薬学】薬学：ファージ ／大腸菌を含む研究件
❏病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学(25440066)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
【キーワード】バクテリオファージ / ウイルス / 構造蛋白質 / 繊維状蛋白質 / X線結晶構造解析 (他14件)
【概要】T4ファージの近位尾繊維蛋白質gp34のＣ末端564残基を可溶性３量体として発現し精製・結晶化を行った。結晶構造解析により、gp34のＣ末端744-1289の立体構造を決定した。その構造は、全長18nmの繊維状であった。細部は、３本鎖β-へリックスやβ-プリズム構造などを含めファージ尾部蛋白質共通のドメイン構造であり、ファージの尾部構造蛋白質の進化はパーツとなるドメインの組み合わせにより、感染に必...
❏ファージセラピーを目指した感染動力学に関する研究(13450340)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教授 (00282848)
【キーワード】ファージ / 大腸菌O157:H7 / レセプター / ファージセラピー / 緑色蛍光タンパク (他13件)
【概要】健康なブタ糞便からスクリーニングされた大腸菌O157:H7特異的ファージをPP01と命名し、PP01の宿主認識機構を解析した。大腸菌O157:H7のOmpC遺伝子をプラスミドにクローニングし、耐性菌をそのプラスミドで形質転換すると、PP01に対する被感染性が回復した。さらにOmpC欠損大腸菌K12(W3110)を同プラスミドで形質転換すると、PP01に対し被感染性を示した。これらの事実より、大腸菌...
❏ファージの溶菌遺伝子を用いたプログラム自己破砕大腸菌の開発(09555250)
【研究テーマ】生物・生体工学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1997 - 1999
【研究代表者】丹治 保典 東京工業大学, 生命理工学部, 助教授 (00282848)
【キーワード】ファージ / リゾチーム / 溶菌 / 大腸菌 / バチルス (他8件)
【概要】本研究では大腸菌に自己破砕能を付与することによりタンパク質の分離精製プロセスを簡略化することを目的とした。Bacillus属に分類される細菌7種を用い、活性汚泥からファージのスクリーニングを行ったところ、Bacillus amyloliquefaciensに感染するファージ数種を得ることができた。さらにショットガンクローニング法を用い、溶菌酵素をコードする遺伝子領域を解析したところ、新規な溶菌酵素...
【医歯薬学】薬学：合成生物学 ／大腸菌を含む研究件
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
❏細胞と同等の成分を持つ人工細胞の高機能化による生命構成の必要条件解明(26650044)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】藤原 慶 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (20580989)
【キーワード】合成生物学 / 人工細胞 / 膜タンパク質 / ゲノム / 無細胞転写翻訳 (他10件)
【概要】本研究では人工細胞を生細胞に近づけその性質を解析することで、生命を構成するために必要な条件を明らかにするための基盤を構築することを目的とした。この試みを通し、細胞分裂面を決定するタンパク質局在波の人工細胞内における起動条件を見出した。また、生細胞と同様に多種多様の膜タンパク質を保持した人工細胞の構築を目的とした新規人工細胞融合法の開発と、ゲノムDNAを無細胞系によって機能的に転写翻訳する系の確立、...
【医歯薬学】薬学：核磁気共鳴(NMR) ／大腸菌を含む研究件
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏変異リボトキシンを用いたリボソーム暗号解読中心の研究(08458179)
【研究テーマ】構造生物化学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1997
【研究代表者】正木 春彦 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (50134515)
【キーワード】リボソーム / コリシン / リボトキシン / ヌクレアーゼ / インヒビター (他10件)
【概要】1.コリシンE3,E4,E6のC末端ドメインE3C,E4C,E6Cと,E3Cの活性中心変異体(E517Q),およびそれぞれのインヒビターImmE3,ImmE4,ImmE6と,E3耐性を獲得したImmE6点変異体(W47C)を精製し,各Cドメインのリボソーム失活活性,リボソームの結合特性,Immとの結合特性といった分子レベルでの特異性を,各imm遺伝子の各コリシンに対する耐性度(免疫性)という生物学...
【医歯薬学】薬学：細胞分裂 ／大腸菌を含む研究件
❏マイクロ流路長期培養系を用いた大腸菌の細胞伸長における表現型可塑性の解析(24657014)
【研究テーマ】生態・環境
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】嶋田 正和 東京大学, 大学院情報学環, 教授 (40178950)
【キーワード】一細胞培養系 / 大腸菌 / 細胞伸長 / 表現型可塑性 / 細胞密度 (他21件)
【概要】一細胞培養系を用いて、大腸菌の細胞伸長に関わる３要因を解析した。（仮説A）「捕食回避説」、（仮説B）「低密度良好説」、（仮説C）「環境ストレス説」である。細胞密度・増殖環境変化に伴う細胞伸長作用とrecA 遺伝子発現の関連性を調べた。その結果、一部細胞でrecA 遺伝子プロモーター活性が高くなり、recA を強く発現する細胞（"高 recA 発現細胞")は細胞サイズの大きい伸長細胞...
❏細菌の細胞複製を制御する因子の解析(03453137)
【研究テーマ】応用微生物学・発酵学
【研究種目】一般研究(B)
【研究期間】1991 - 1992
【研究代表者】永井 和夫 東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (00011974)
【キーワード】大腸菌 / 染色体複製 / 細胞分裂 / oriC / Fプラスミド (他12件)
【概要】染色体の複製開始を同調化した大腸菌を用いて、複製開始直後の菌体よりoric-複合体を調製し、その構成成分を分析した。その結果、Hendricksonらによって見い出されていた35K,55K,75Kの蛋白質は、グリコーゲン顆粒由来のものであり、oric-複合体形成には関係のないことが判明した(J.Bacteriol.1992,174:5454-5456)。新たにoric-複合体の構成成分として、ヒス...
【医歯薬学】薬学：スクリーニング ／大腸菌を含む研究件
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
❏大腸癌におけるコリバクチン産生性大腸菌の病原性の検討とスクリーニング法の開発(26460962)
【研究テーマ】消化器内科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】吉田 俊太郎 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (70598713)
【キーワード】大腸癌 / 大腸菌 / スクリーニング / 腸内細菌
【概要】大腸癌発生に関連すると報告されているコリバクチン陽性大腸菌について、本邦における保菌率や特徴について検討した。大腸癌症例のコリバクチン陽性率は43%、コントロールでは46%であり頻度、相対濃度に差を認めなかった。コリバクチン陽性患者の大腸癌ではk-ras遺伝子変異例が認められたのに対し、コリバクチン陰性患者ではk-ras遺伝子は全例野生型であった。ほか、局在、進行度、カプセル内視鏡所見などの臨床像...
❏生きた細胞内における遺伝子診断を可能にする機能性核酸プローブの設計(15750141)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助手 (20346084)
【キーワード】ゲノム / DNAzyme / 遺伝子 / アロステリック / 診断 (他15件)
【概要】"細胞膜内における遺伝子検出・診断"を可能にするプローブとして、申請者は標的核酸をアロステリックエフェクターとする自己切断核酸配列(TASC)を提案してきた。まず、コンセプトとの実証に向けて、大腸菌rRNA-12MG1655 strainの16srRNAを標的としたTASCシステムをデザインし、in vitro系における遺伝子検出実験を行った。具体的には、5末端をフルオレセインでラ...
【医歯薬学】薬学：核酸 ／大腸菌を含む研究件
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏非修飾RNAをプローブとした遺伝子配列センシングと細胞間相違解析への展開(19655063)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助教 (20346084)
【キーワード】生細胞内遺伝子診断 / RNA / 核酸 / 蛋白質 / 大腸菌
【概要】従来の修飾人工核酸を用いるアプローチとは一線を画し、「非修飾RNAを利用した新しい診断・検出系の構築」を目指し、下記2テーマに関する実験を実施した。(目的1:原核細胞適合型プローブ:非修飾RNA(MB-mRNA)を用いた細胞適合型遺伝子診断。検出系の構築)ゲノム・プラスミドから直接転写可能な天然型RNAをプローブとするモレキュラービーコン(MB)-RNA最適化に向け、大腸菌を用いたin vivoセ...
【医歯薬学】薬学：細胞 ／大腸菌を含む研究件
❏超効率バイオアッセイシステム開発のためのインクジェット技術の確立(23658138)
【研究テーマ】木質科学
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2011 - 2013
【研究代表者】江前 敏晴 筑波大学, 生命環境系, 教授 (40203640)
【キーワード】バイオアッセイ / インクジェット / バクテリア / 細胞 / 寒天培地 (他11件)
【概要】インクジェットプリンタにより培地及び細菌を紙に印刷し、顕微鏡によりコロニー成長を評価することで数時間のうちに最適環境条件を決定できるバイオアッセイシステム開発を目指した。ポリスチレンのトルエン溶液に浸漬し全面疎水化したろ紙に、培地を形成したい区画にだけトルエンを印刷してポしスチレン樹脂を溶かし出し、親疎水性パターンを作製した。印刷中のゲル化を押さえるため、インクカートリッジの加熱と寒天の硫酸加水分...
❏生きた細胞内における遺伝子診断を可能にする機能性核酸プローブの設計(15750141)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助手 (20346084)
【キーワード】ゲノム / DNAzyme / 遺伝子 / アロステリック / 診断 (他15件)
【概要】"細胞膜内における遺伝子検出・診断"を可能にするプローブとして、申請者は標的核酸をアロステリックエフェクターとする自己切断核酸配列(TASC)を提案してきた。まず、コンセプトとの実証に向けて、大腸菌rRNA-12MG1655 strainの16srRNAを標的としたTASCシステムをデザインし、in vitro系における遺伝子検出実験を行った。具体的には、5末端をフルオレセインでラ...
【医歯薬学】薬学：遺伝子発現制御 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌小分子RNAによるmRNA抑制機構の解析(22770175)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2010 - 2011
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部, 助手 (10444366)
【キーワード】低分子RNA / 遺伝子発現抑制 / 大腸菌 / 塩基対形成 / RNAシャペロン (他6件)
【概要】本研究は、sRNAの1つであるSgrSをモデルsRNAとして用いて、sRNA/mRNA間の塩基対形成の詳細、およびRNA結合タンパク質であるHfqによるsRNA/mRNA間の塩基対形成の促進モデルの解明を目的とした。研究成果として、SgrS168-181 nt領域とptsG mRNAとで形成される塩基対が機能的に十分な最小の塩基対であること、またsRNAの3'末端に位置する連続したU塩基が...
❏大腸菌低分子RNAによる遺伝子発現抑制系の解析(20770137)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2008 - 2009
【研究代表者】森田 鉄兵 鈴鹿医療科学大学, 薬学部・薬学科, 助手 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / mRNA抑制 / 転写後制御 / 大腸菌 / 低分子RNA (他6件)
【概要】本研究は大腸菌低分子RNA (small RNA : sRNA)による遺伝子発現抑制系を詳細に解明することを目的にする。SgrS sRNAは標的であるptsG mRNAに塩基対形成により作用し、ptsG mRNAの翻訳阻害、および不安定化を誘起する。本研究により、SgrS/ ptsG mRNA間の塩基対形成がptsG mRNAの翻訳阻害に十分であることを見いだした。またptsG mRNAの翻訳阻害...
【医歯薬学】薬学：RNA ／大腸菌を含む研究件
❏非修飾RNAをプローブとした遺伝子配列センシングと細胞間相違解析への展開(19655063)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助教 (20346084)
【キーワード】生細胞内遺伝子診断 / RNA / 核酸 / 蛋白質 / 大腸菌
【概要】従来の修飾人工核酸を用いるアプローチとは一線を画し、「非修飾RNAを利用した新しい診断・検出系の構築」を目指し、下記2テーマに関する実験を実施した。(目的1:原核細胞適合型プローブ:非修飾RNA(MB-mRNA)を用いた細胞適合型遺伝子診断。検出系の構築)ゲノム・プラスミドから直接転写可能な天然型RNAをプローブとするモレキュラービーコン(MB)-RNA最適化に向け、大腸菌を用いたin vivoセ...
❏病原微生物のソーストラッキングを用いた公共財としての水の安全確保(18206056)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】水の安全 / 病原微生物 / ウイルス / 遺伝子 / 指標微生物 (他16件)
【概要】総合的な病原微生物対策のために必要ではあるが未解決の課題群に取り組み、以下の成果を上げた。 紫外線照射により不活化した大腸菌の海水中での挙動を解明するため、NaCl 溶液、MgCl2溶液、CaCl2 溶液中における光回復の程度を調べた。その結果、全ての溶液中で、高い塩濃度では光回復が抑制された。光回復抑制の機構は、細胞膜内外における陽イオンの電位差が浸透圧を生み出し、光回復酵素の生成が阻害されたか...
【医歯薬学】薬学：発現制御 ／大腸菌を含む研究件
❏低分子量熱ショックタンパク質の新機能：翻訳制御機構の解析(22K14860)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2022-04-01 - 2027-03-31
【研究代表者】三輪 つくみ 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (70912179)
【キーワード】低分子量熱ショックタンパク質 / 発現制御 / IbpA / 大腸菌
【概要】
❏低分子量熱ショックタンパク質の新機能：翻訳制御における制御ターゲットの探索(21K20631)
【研究テーマ】
【研究種目】研究活動スタート支援
【研究期間】2021-08-30 - 2023-03-31
【研究代表者】三輪 つくみ 東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (70912179)
【キーワード】大腸菌 / 低分子量熱ショックタンパク質 / σ因子 / 翻訳制御 / 熱ショック応答 (他7件)
【概要】ストレスによって生じるタンパク質凝集（凝集体）は蓄積することで細胞毒性を示す場合がある。凝集体の処理にあたるのがシャペロンである。シャペロンの中でも低分子量熱ショックタンパク質 (small Heat shock protein; sHsp)は凝集体処理の初期ステップである凝集体の隔離を担っている。最近の応募者の研究から、大腸菌のsHspであるIbpAはシャペロンとしての機能以外に、mRNAとの結...
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
【医歯薬学】薬学：抗菌剤 ／大腸菌を含む研究件
❏染色体複製開始とその制御を行う、動的かつ複合的蛋白質高次装置の機能構造特性(16370081)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2004 - 2006
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / DnaA / 細胞周期 / DNAポリメラーゼ / タンパク質複合体 (他14件)
【概要】DnaA蛋白質は複製起点と複製開始複合体を形成して2重鎖DNAの開裂という開始反応を遂行するほか、複製開始制御機構の標的因子ともなっている。本計画研究では、複製開始反応と開始制御反応の分子機構を、「DnaAが直接関わる、動的かっ複合的蛋白質相互作用として、特に蛋白質構造に基づいて理解する」ことを目指した。 1.全長DnaAの構造解析と複製開始複合体の構造解明 まず、超好熱菌DnaA蛋白質を精製して...
❏DnaAドメインIVを用いた新規抗菌剤の探索開発プロセスの研究(13558090)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】片山 勉 九州大学, 大学院・薬学研究院, 教授 (70264059)
【キーワード】DNA複製 / 細胞周期 / DnaAタンパク質 / 大腸菌 / DNAポリメラーゼ (他13件)
【概要】多剤耐性菌の出現や、新興感染症が次々と発生するなど、新規抗菌剤への社会的需要は高い。DnaA蛋白質は細菌類に広く保存されており、染色体の複製に必須である。DnaA蛋白質(52kDa)のC末端10kDa断片に、この特異的DNA結合能が担われていて、ドメインIVと呼ばれる。DnaA機能阻害剤開発のため、本研究計画前半では、このドメインIV蛋白断片を用いて、活性スクリーニング系の開発、3次元構造解析をま...
❏複製開始蛋白DnaAのATP結合阻害を指標とした新規細菌感染症治療薬の開発(12557210)
【研究テーマ】生物系薬学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2000 - 2001
【研究代表者】関水 和久 東京大学, 大学院・薬学系研究科, 教授 (90126095)
【キーワード】DnaA蛋白 / 黄色ブドウ球菌 / ATP結合 / 塩基性リン脂質 / 酸性リン脂質 (他15件)
【概要】黄色ブドウ球菌は、ヒトの日和見感染症の原因菌である。研究者代表者らは、黄色ブドウ球菌のDNA複製開始蛋白DnaAを標的とした抗菌剤開発を指向し、DnaA蛋白の生化学的解析に着手した。大腸菌DnaA蛋白の研究からDnaA蛋白のATP結合型は複製開始活性型で、ADP型は不活性型であることが分かっている。精製した黄色ブドウ球菌DnaA蛋白は、ATP、ADPに対しKd値としてそれぞれ1nM、5nMと高い親...
【医歯薬学】薬学：抗生物質 ／大腸菌を含む研究件
❏難治性感染症の原因となる休止細菌の分子機構解明(15K15134)
【研究テーマ】細菌学(含真菌学)
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】常田 聡 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (30281645)
【キーワード】大腸菌 / 休止細菌 / マイクロアレイ / 感染症 / 抗生物質 (他7件)
【概要】代謝活性を止めている休止細菌は，抗生物質存在下において生存できるため，感染症難治化の原因となる。本研究では，細菌の細胞骨格であるFtsZに着目し，細胞分裂時のZ-ringの形成を蛍光共鳴エネルギー移動で検出する遺伝子組換え大腸菌株の開発を行った。その結果，セルソーターを用いることで休止細菌と分裂細菌の分離に成功し，休止細菌は抗生物質（オフロキサシン）に対して高い抵抗性を持つことがわかった。また，ト...
❏進化実験を用いた抗生物質耐性の進化ダイナミクスの解析(26290071)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】古澤 力 国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (00372631)
【キーワード】進化実験 / 抗生物質耐性 / 大腸菌 / 抗生物質 / 次世代シーケンサ
【概要】近年大きな問題となっている抗生物質耐性菌の出現を抑制するためには、その進化ダイナミクスを理解し、制御する必要がある。そこで本研究では、複数の抗生物質を同時に添加した環境下での大腸菌の進化実験を行い、その進化ダイナミクスを解析した。結果として、耐性進化が抑制される組み合わせや、逆に促進される組み合わせが存在することが見出された。また、酸・アルカリ・界面活性剤などさまざまなストレス環境下での大腸菌進化...
【医歯薬学】薬学：バイオテクノロジー ／大腸菌を含む研究件
❏タンパク質プレニル化経路の分子進化工学(15K14228)
【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス
【研究種目】挑戦的萌芽研究
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】梅野 太輔 千葉大学, 大学院工学研究院, 准教授 (00400812)
【キーワード】合成生物学 / 制御 / 翻訳後修飾 / 進化分子工学 / プレニル化転移酵素 (他17件)
【概要】真核生物は，疎水的なプレニル基の付加によって，様々なタンパク質を膜周辺に局在化する機構を有する。本研究は，酵母プレニル化酵素Ram1/2系の大腸菌内で発現させ，タンパク質の局在調節機構の再構築を目的とした。自在なタンパク質の機能制御には至らなかったが，プレニル二リン酸に対するプレニル化酵素の基質消費活性スクリーニング系の確立, およびプレニル化システムによる転写抑制因子の細胞活性のオンオフ制御にむ...
❏水平伝播を利用した細胞間ダイレクトクローニング技術の開発(26430197)
【研究テーマ】システムゲノム科学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2014-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金子 真也 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (10399694)
【キーワード】ダイレクトクローニング / 大腸菌 / 枯草菌 / 応用微生物 / 形質転換 (他8件)
【概要】微生物間におけるDNAの水平伝播を模して、DNAを抽出・精製することなく、迅速かつ簡便に他の宿主に移行する「細胞間ダイレクトクローニング技術」の開発において、プラスミドDNAを保持する大腸菌をビルレントファージによって溶菌させ、溶菌液を直接用いて枯草菌を形質転換させる詳細な条件検討を行い、効率良くプラスミドDNAを大腸菌から枯草菌へ送り込む最適条件を確立することができた。連続的に用いることで枯草菌...
❏代謝制御機構の理解と有用菌株デザインに向けた大腸菌の代謝ダイナミクス解析(19780061)
【研究テーマ】応用微生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】平沢 敬 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (20407125)
【キーワード】応用微生物 / バイオテクノロジー / 分析科学 / 代謝ダイナミクス / 大腸菌 (他6件)
【概要】本研究では、代謝制御機構の理解と産業上有用とされる化合物を生産する有用菌株デザインを目的として、大腸菌の細胞内の代謝のダイナミックな変化を代謝フラックス分布の変化からとらえることを目的とした。 生物の代謝は、遺伝子発現レベルでさまざまなタンパク質により制御を受けていることが知られている。代謝制御に関わるタンパク質の遺伝子を欠損させた細胞を培養することで、親株とは異なる細胞内酵素濃度組成になった状態...
【医歯薬学】看護学：ウイルス ／大腸菌を含む研究件
❏ベクターパーティクル：新たな遺伝子伝搬機構の解明(15H04549)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)
【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)
【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...
❏病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学(25440066)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2013-04-01 - 2017-03-31
【研究代表者】金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
【キーワード】バクテリオファージ / ウイルス / 構造蛋白質 / 繊維状蛋白質 / X線結晶構造解析 (他14件)
【概要】T4ファージの近位尾繊維蛋白質gp34のＣ末端564残基を可溶性３量体として発現し精製・結晶化を行った。結晶構造解析により、gp34のＣ末端744-1289の立体構造を決定した。その構造は、全長18nmの繊維状であった。細部は、３本鎖β-へリックスやβ-プリズム構造などを含めファージ尾部蛋白質共通のドメイン構造であり、ファージの尾部構造蛋白質の進化はパーツとなるドメインの組み合わせにより、感染に必...
❏雨天時下水道由来の健康リスク因子の起源解析に基づく汚染制御の高度化(24246090)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】古米 弘明 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (40173546)
【キーワード】合流式下水道雨天時越流水 / 分布型下水道モデル / 水質モデル / 糞便汚染 / 大腸菌 (他12件)
【概要】本研究は、合流式下水道雨天時越流水（CSO）由来の汚濁負荷量を評価して、台場周辺海域における水質に及ぼす影響を調べ、沿岸域における糞便汚染の制御・管理に資する知見を得ることを目的としている。そのために、雨天時の流入下水や降雨後の沿岸水を採水して、ウイルスを含めた病原微生物の存在状態を調査した。そして雨天時越流水由来の汚濁流出負荷量を受水域3次元流動水質モデルに導入して水質予測を行うことで、台場周辺...
【医歯薬学】看護学：遺伝子 ／大腸菌を含む研究件
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
❏病原微生物のソーストラッキングを用いた公共財としての水の安全確保(18206056)
【研究テーマ】土木環境システム
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2006 - 2008
【研究代表者】大垣 眞一郎 東京大学, 大学院・工学系研究科, 教授 (20005549)
【キーワード】水の安全 / 病原微生物 / ウイルス / 遺伝子 / 指標微生物 (他16件)
【概要】総合的な病原微生物対策のために必要ではあるが未解決の課題群に取り組み、以下の成果を上げた。 紫外線照射により不活化した大腸菌の海水中での挙動を解明するため、NaCl 溶液、MgCl2溶液、CaCl2 溶液中における光回復の程度を調べた。その結果、全ての溶液中で、高い塩濃度では光回復が抑制された。光回復抑制の機構は、細胞膜内外における陽イオンの電位差が浸透圧を生み出し、光回復酵素の生成が阻害されたか...
❏生きた細胞内における遺伝子診断を可能にする機能性核酸プローブの設計(15750141)
【研究テーマ】生体関連化学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2003 - 2004
【研究代表者】山東 信介 京都大学, 工学研究科, 助手 (20346084)
【キーワード】ゲノム / DNAzyme / 遺伝子 / アロステリック / 診断 (他15件)
【概要】"細胞膜内における遺伝子検出・診断"を可能にするプローブとして、申請者は標的核酸をアロステリックエフェクターとする自己切断核酸配列(TASC)を提案してきた。まず、コンセプトとの実証に向けて、大腸菌rRNA-12MG1655 strainの16srRNAを標的としたTASCシステムをデザインし、in vitro系における遺伝子検出実験を行った。具体的には、5末端をフルオレセインでラ...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌実験室進化を通じた生物の元素利用に対する進化的可塑性の検討(21K18662)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2021-07-09 - 2024-03-31
【研究代表者】川上 了史 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (60566800)
【キーワード】実験室進化 / 大腸菌 / 金属イオン / ゲノム解析 / ゲノム
【概要】研究開始時までに得られていた複数の元素を用いた大腸菌の長期培養群について、それぞれから、特徴的な表現型を示す株の単離を試みた。添加した元素は、Li, W, Ru, Eu, Ndなどで、いずれも大腸菌での生理活性は報告例がないものである。これら、添加した元素を直接利用している大腸菌がいるのではないかと考え、主に金属添加、未添加の状態で培養を行い、添加元素を要求する株のスクリーニングを実施した。しか...
❏ベクターパーティクル：新たな遺伝子伝搬機構の解明(15H04549)
【研究テーマ】水圏生命科学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【研究代表者】木暮 一啓 東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (10161895)
【キーワード】遺伝子伝搬 / 大腸菌 / 好冷細菌 / Vector Particle / 増殖温度特性 (他15件)
【概要】広宿主域な遺伝子伝達粒子(VP)の特性と遺伝子の解明を試みた。VP感染大腸菌とF-の接合実験より、4つの栄養要求性の復帰を調べた結果、VP生産遺伝子が染色体上のpro-leu遺伝子座近傍にあることを明らかにした。VP伝播遺伝子が伝搬する遺伝子を明らかにするため、至適増殖温度10℃の好冷細菌由来のVPを大腸菌に形質導入し、その性状と遺伝子をしらべた。その結果、至適、許容温度範囲が共に7℃低下、10℃...
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
【医歯薬学】看護学：薬剤耐性 ／大腸菌を含む研究件
❏膜破壊型殺菌消毒剤を活用した細菌の多剤耐性獲得に関する転写調節因子の分子機構解明(23590157)
【研究テーマ】環境系薬学
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2011-04-28 - 2015-03-31
【研究代表者】前田 拓也 兵庫医療大学, 薬学部, 准教授 (40270300)
【キーワード】殺菌消毒剤 / 多剤耐性 / 転写調節因子 / marオペロン / 大腸菌 (他7件)
【概要】膜破壊型殺菌消毒剤である第四アンモニウム塩に対する大腸菌耐性株のプロテオーム解析を行い、野生株に比べ耐性株に特異的に発現量が増大したタンパク質を複数確認した。これらのタンパク質が大腸菌の多剤耐性を担うmarオペロンの転写調節因子と相互作用している可能性がある。バイオインフォマティクス解析により、marオペロンの転写抑制因子MarRの点変異が立体構造を変化させ、標的のmarOとの結合性が変化して、結...
❏実験動物における薬剤耐性菌の出現と意義(06680837)
【研究テーマ】実験動物学
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1994 - 1995
【研究代表者】前島 一淑 慶應義塾大学, 医学部, 教授 (70051464)
【キーワード】薬剤耐性 / 実験動物 / 腸内細菌そう / 大腸菌 / レンサ球菌 (他8件)
【概要】1960年代および1980年代の私たちの検索によれば,実験動物の常在細菌叢から化学療法剤に対する薬剤耐性菌が分離されることは稀で,感染病対策としてこれらの薬剤が予防的に投与されている実験動物における薬剤耐性菌の出現も一過性で,さまざまな薬剤耐性菌がヒトや家畜に濃厚汚染している状況とは大きく異なっていた.実験動物やヒトや家畜における薬剤耐性菌の分布の相違に関する機序解明は興味深く,それ自体重要な研究...
【医歯薬学】看護学：細菌 ／大腸菌を含む研究件
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
【医歯薬学】看護学：遺伝子発現 ／大腸菌を含む研究件
❏外来塩基配列による翻訳促進効果を利用した大腸菌タンパク質発現系の革新と原理の解明(19K15809)
【研究テーマ】
【研究種目】若手研究
【研究期間】2019-04-01 - 2022-03-31
【研究代表者】近藤 興 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (50728293)
【キーワード】大腸菌 / 物質生産 / 翻訳促進 / 遺伝子発現 / 翻訳 (他9件)
【概要】本研究では，研究代表者らが先に見出した「外来の塩基配列によって翻訳が促進される現象（TED）」のメカニズムの解明に取り組んだ。まず，TEDの影響下にある遺伝子の転写産物の量に着目し，レポーター遺伝子のmRNA量を調べた。その結果，対照と比べて数倍程度多かった。さらに，試験管内において TEDの再現を得る方法の検討を行った。その結果，大腸菌由来リボソームなどの精製した分子群を用いることでその再現に成...
❏細菌型sRNAにおけるHfq結合領域の構造原理の解明(17KK0146)
【研究テーマ】分子生物学
【研究種目】国際共同研究加速基金(国際共同研究強化)
【研究期間】2017 - 2021
【研究代表者】森田 鉄兵 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科(藤沢), 特任講師 (10444366)
【キーワード】小分子RNA / 遺伝子発現 / 転写終結 / Hfq / 細菌 (他10件)
【概要】sRNAの機能構造や合成機構の原理の解明を目的として、sRNAの転写終結の解析や転写終結を制御する遺伝因子の探索を行った。sRNAの1つであるSgrSの転写終結を用いたスクリーニングにより、sRNAの転写終結やその制御系を破綻させる新規因子を同定した。これにより、sRNAの転写終結がsRNA制御系の新たな調節階層であるという概念を提示する。さらに、新規因子の1つであるCspDの過剰発現下で、転写伸...
❏変異に対して頑強なゲノムの進化的構築(15KT0078)
【研究テーマ】構成的システム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2015-07-10 - 2019-03-31
【研究代表者】津留 三良 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任助教 (80594506)
【キーワード】ゲノム / 変異 / 遺伝子 / 遺伝子発現 / ゆらぎ (他10件)
【概要】本研究では、高頻度に変異が生じる条件で大腸菌を長期間培養し、蓄積したゲノム変異を解析した。得られた数千個の変異を解析した結果、ストレス応答に関わる遺伝子群に変異が集中しやすいことが分かった。また、増殖低下の要因は、有害変異の蓄積だけではなく、変異率増加そのものに起因することを突き止めた。さらに、変異は任意の塩基配列に完全にランダムに生じるのではなく、数塩基で構成される特定の塩基配列のモチーフに生じ...
【医歯薬学】看護学：適応 ／大腸菌を含む研究件
❏大腸菌細胞間相互作用をとおしてみた生命体情報ネットワーク(16650063)
【研究テーマ】生体生命情報学
【研究種目】萌芽研究
【研究期間】2004 - 2005
【研究代表者】清水 浩 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00226250)
【キーワード】大腸菌 / 生命体情報ネットワーク / 細胞間相互作用 / 適応 / フローサイトメトリー (他12件)
【概要】細胞内には遺伝子、タンパク質、代謝といった多階層のネットワークが存在し、それらの階層間の関係が複雑に絡み合っている。さらに環境と細胞間の相互作用を通じて、上位の階層である細胞集団においても細胞間の相互作用ネットワークが形成される。本研究では、生物ネットワークの解析を行うことにより、そこでの情報のやりとりを明らかにしていくことを目的とした。大腸菌としてグルタミン合成酵素遺伝子を欠損させた宿主にグルタ...
❏多刺激受容型レセプターによるシグナル伝達と適応の分子機構(11480190)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1999 - 2001
【研究代表者】川岸 郁朗 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (80234037)
【キーワード】大腸菌 / 走化性 / シグナル伝達 / pH / 温度 (他11件)
【概要】大腸菌やサルモネラ菌の走化性は,シグナル伝達機構を分子レベルで解析する上でよいモデル系である.膜貫通型レセプターが,誘引・忌避物質,pH,温度を感知し,ヒスチジンキナーゼCheAの活性を制御する.また,一定の刺激が続くと,レセプターの可逆的メチル化により,菌は適応する.本研究では,走化性レセプターの多刺激受容に着目した解析を行い,以下のような成果を得た.これらは,刺激の受容や適応の機構に迫るばかり...
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