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「ゲノム構造」とサイレントキーワードを含む研究
【数物系科学】地球惑星科学：軟体動物 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新しい分子マーカーを用いた後生動物の系統関係の解析(08454275)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / ゲノム構造 / 軟体動物 / 腹足綱 / 後生動物 (他10件)
【概要】本研究では、軟体動物を主な研究対象として、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列または部分的な塩基配列を決定し、ゲノム上の各遺伝子の配置を比較することにより系統解析を行った。これまで、後生動物のmtDNAのゲノム構造は保守性が高く、同じ動物門の中ではほとんど変化しないと考えられていたが、軟体動物や腕足動物では近縁な分類群の間でもゲノム上の遺伝子配置が大きく異なっており、ゲノム構造の進化速度...
❏ミトコンドリアDNAゲノムの構造変化を指標とした軟体動物門腹足綱の系統解析(07640923)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1995
【研究代表者】上島 励 筑波大学, 生物科学系, 助手 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / 遺伝子配置 / ゲノム構造 / 分子進化 / 系統解析 (他7件)
【概要】有肺亜綱柄眼目に属するシクシマイマイと、後鰓亜綱としては最も原始的な上科に属するコシイノミガイについて、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列を決定し、そのゲノムにコードされている全遺伝子を同定した。本研究によって明らかになった2亜綱のゲノム構造を前鰓亜綱のメガイアワビと比較したところ、有肺亜綱と後鰓亜綱は非常によく似た特徴を示すのに対し、前鰓亜綱と他の2亜綱はゲノムサイズ、領域の特徴、遺...
【生物学】生物学：腹足綱 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新しい分子マーカーを用いた後生動物の系統関係の解析(08454275)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / ゲノム構造 / 軟体動物 / 腹足綱 / 後生動物 (他10件)
【概要】本研究では、軟体動物を主な研究対象として、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列または部分的な塩基配列を決定し、ゲノム上の各遺伝子の配置を比較することにより系統解析を行った。これまで、後生動物のmtDNAのゲノム構造は保守性が高く、同じ動物門の中ではほとんど変化しないと考えられていたが、軟体動物や腕足動物では近縁な分類群の間でもゲノム上の遺伝子配置が大きく異なっており、ゲノム構造の進化速度...
❏ミトコンドリアDNAゲノムの構造変化を指標とした軟体動物門腹足綱の系統解析(07640923)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1995
【研究代表者】上島 励 筑波大学, 生物科学系, 助手 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / 遺伝子配置 / ゲノム構造 / 分子進化 / 系統解析 (他7件)
【概要】有肺亜綱柄眼目に属するシクシマイマイと、後鰓亜綱としては最も原始的な上科に属するコシイノミガイについて、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列を決定し、そのゲノムにコードされている全遺伝子を同定した。本研究によって明らかになった2亜綱のゲノム構造を前鰓亜綱のメガイアワビと比較したところ、有肺亜綱と後鰓亜綱は非常によく似た特徴を示すのに対し、前鰓亜綱と他の2亜綱はゲノムサイズ、領域の特徴、遺...
【生物学】基礎生物学：コルネリア・デ・ランゲ症候群 ／ゲノム構造を含む研究件
❏コヒーシンの転写制御における役割の解明(21710192)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / コヒーシン / アセチル化 / HDAC8 / SMC3 (他12件)
【概要】コヒーシンサブユニットSMC3コンディショナルノックアウト(SMC3KO)マウスを作製した。神経細胞特異的にSMC3のヘテロノックアウトすると、神経細胞の維持ができず、細胞死が誘導される。現在、神経細胞分化段階で、時期を変えてノックアウトを行い、形態学的な影響とともに遺伝子発現変化、クロマチン高次構造解析を行うことを予定している。一方、SMC3が、ESCO1/ESCO2によりアセチル化されることと...
❏コヒーシンによるヒト染色体の構造形成と遺伝子発現制御(19710161)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2007 - 2008
【研究代表者】坂東 優篤 東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / ゲノム発現 / コヒーシン / コルネリアデランゲ症候群 / ChIP-chip解析 (他8件)
【概要】ヒトコヒーシンは、姉妹染色体間の接着以外の機能として遺伝子発現の調節に寄与することがいわれてきたが詳細は不明であった。本研究でのChIP-chip解析より、コヒーシンがインシュレーター因子CTCFと染色体上で共局在すること、さらにインシュレーター活性にコヒーシンが必要であることを明らかにした。また、コヒーシン関連の遺伝病患者由来のB細胞を用いたコヒーシンのChIP-chip解析や転写解析から、コヒ...
【生物学】人類学：分子進化 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新しい分子マーカーを用いた後生動物の系統関係の解析(08454275)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / ゲノム構造 / 軟体動物 / 腹足綱 / 後生動物 (他10件)
【概要】本研究では、軟体動物を主な研究対象として、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列または部分的な塩基配列を決定し、ゲノム上の各遺伝子の配置を比較することにより系統解析を行った。これまで、後生動物のmtDNAのゲノム構造は保守性が高く、同じ動物門の中ではほとんど変化しないと考えられていたが、軟体動物や腕足動物では近縁な分類群の間でもゲノム上の遺伝子配置が大きく異なっており、ゲノム構造の進化速度...
❏タンパク質モジュールとエクソンとの対応の普遍性(08458205)
【研究テーマ】生物物理学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】郷 通子 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)
【キーワード】モジュール / イントロン / エクソンかき混ぜ / イントロンの起源 / キシラナーゼ (他13件)
【概要】立体構造既知の蛋白質のすべてをモジュールに分解し、モジュール境界と遺伝子上のイントロンの位置との対応を統計的に調べ、モジュール境界とイントロンの対応がタンパク質に普遍的に成り立つ事実であることを明らかにすることが本研究の目的であった。 本研究で完成したモジュール全自動同定法を使って、立体構造が既知であって原子座標が公開されているすべてのタンパク質をモジュールに分類した。最終的に50を越える多数のタ...
❏ミトコンドリアDNAゲノムの構造変化を指標とした軟体動物門腹足綱の系統解析(07640923)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1995
【研究代表者】上島 励 筑波大学, 生物科学系, 助手 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / 遺伝子配置 / ゲノム構造 / 分子進化 / 系統解析 (他7件)
【概要】有肺亜綱柄眼目に属するシクシマイマイと、後鰓亜綱としては最も原始的な上科に属するコシイノミガイについて、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列を決定し、そのゲノムにコードされている全遺伝子を同定した。本研究によって明らかになった2亜綱のゲノム構造を前鰓亜綱のメガイアワビと比較したところ、有肺亜綱と後鰓亜綱は非常によく似た特徴を示すのに対し、前鰓亜綱と他の2亜綱はゲノムサイズ、領域の特徴、遺...
【生物学】人類学：進化 ／ゲノム構造を含む研究件
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
❏二枚貝類のmtDNAゲノムの特異な進化とその系統学的意義(13440251)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2001 - 2003
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】二枚貝 / mtDNA / ゲノム / 遺伝様式 / 進化 (他6件)
【概要】後生動物のmtDNAゲノムは一般に37種類の遺伝子をコードしており、母性遺伝する。しかし、軟体動物のムラサキイガイではmtDNAの遺伝子配置や遺伝子組成が他の動物と異なり、mtDNAが両性遺伝することも報告されている。しかし、他の二枚貝類についてはmtDNAがほとんど研究されていないため、これらの特異なゲノム構造や遺伝様式がどのように進化してきたのか不明であった。そこで、本研究は二枚貝類のmtDN...
【生物学】人類学：ミトコンドリアDNA ／ゲノム構造を含む研究件
❏新しい分子マーカーを用いた後生動物の系統関係の解析(08454275)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】1996 - 1998
【研究代表者】上島 励 東京大学, 大学院・理学系研究科, 講師 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / ゲノム構造 / 軟体動物 / 腹足綱 / 後生動物 (他10件)
【概要】本研究では、軟体動物を主な研究対象として、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列または部分的な塩基配列を決定し、ゲノム上の各遺伝子の配置を比較することにより系統解析を行った。これまで、後生動物のmtDNAのゲノム構造は保守性が高く、同じ動物門の中ではほとんど変化しないと考えられていたが、軟体動物や腕足動物では近縁な分類群の間でもゲノム上の遺伝子配置が大きく異なっており、ゲノム構造の進化速度...
❏ミトコンドリアDNAゲノムの構造変化を指標とした軟体動物門腹足綱の系統解析(07640923)
【研究テーマ】系統・分類
【研究種目】一般研究(C)
【研究期間】1995
【研究代表者】上島 励 筑波大学, 生物科学系, 助手 (20241771)
【キーワード】ミトコンドリアDNA / 遺伝子配置 / ゲノム構造 / 分子進化 / 系統解析 (他7件)
【概要】有肺亜綱柄眼目に属するシクシマイマイと、後鰓亜綱としては最も原始的な上科に属するコシイノミガイについて、ミトコンドリアDNA(mtDNA)の全塩基配列を決定し、そのゲノムにコードされている全遺伝子を同定した。本研究によって明らかになった2亜綱のゲノム構造を前鰓亜綱のメガイアワビと比較したところ、有肺亜綱と後鰓亜綱は非常によく似た特徴を示すのに対し、前鰓亜綱と他の2亜綱はゲノムサイズ、領域の特徴、遺...
【総合生物】ゲノム科学：染色体構造 ／ゲノム構造を含む研究件
❏ESCO1 及び ESCO2 によるコヒーシンアセチル化の分子機構の解明(23710213)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】エピゲノム / 染色体構造 / コヒーシン / アセチル化 / ChIP-seq (他7件)
【概要】ESCO1は、酵素ドメインを含まないN末領域にクロマチン及びPDS5に結合する領域が存在し、この結合を介してコヒーシンのアセチル化を行っていた。ESCO1の染色体上の局在は、腕部に存在するコヒーシンの結合領域と完全に一致し、その領域でアセチル化を引き起こしていた。一方、ESCO2は、S期のみに存在し、コヒーシンアセチル化をMCMを含む複製装置を介して行っており、ヒトにおいても、酵母やアフリカツメガ...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
【総合生物】神経科学：ChIPシークエンス ／ゲノム構造を含む研究件
❏ESCO1 及び ESCO2 によるコヒーシンアセチル化の分子機構の解明(23710213)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】エピゲノム / 染色体構造 / コヒーシン / アセチル化 / ChIP-seq (他7件)
【概要】ESCO1は、酵素ドメインを含まないN末領域にクロマチン及びPDS5に結合する領域が存在し、この結合を介してコヒーシンのアセチル化を行っていた。ESCO1の染色体上の局在は、腕部に存在するコヒーシンの結合領域と完全に一致し、その領域でアセチル化を引き起こしていた。一方、ESCO2は、S期のみに存在し、コヒーシンアセチル化をMCMを含む複製装置を介して行っており、ヒトにおいても、酵母やアフリカツメガ...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
❏コヒーシンの転写制御における役割の解明(21710192)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / コヒーシン / アセチル化 / HDAC8 / SMC3 (他12件)
【概要】コヒーシンサブユニットSMC3コンディショナルノックアウト(SMC3KO)マウスを作製した。神経細胞特異的にSMC3のヘテロノックアウトすると、神経細胞の維持ができず、細胞死が誘導される。現在、神経細胞分化段階で、時期を変えてノックアウトを行い、形態学的な影響とともに遺伝子発現変化、クロマチン高次構造解析を行うことを予定している。一方、SMC3が、ESCO1/ESCO2によりアセチル化されることと...
【総合生物】神経科学：コヒーシン ／ゲノム構造を含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ESCO1 及び ESCO2 によるコヒーシンアセチル化の分子機構の解明(23710213)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】エピゲノム / 染色体構造 / コヒーシン / アセチル化 / ChIP-seq (他7件)
【概要】ESCO1は、酵素ドメインを含まないN末領域にクロマチン及びPDS5に結合する領域が存在し、この結合を介してコヒーシンのアセチル化を行っていた。ESCO1の染色体上の局在は、腕部に存在するコヒーシンの結合領域と完全に一致し、その領域でアセチル化を引き起こしていた。一方、ESCO2は、S期のみに存在し、コヒーシンアセチル化をMCMを含む複製装置を介して行っており、ヒトにおいても、酵母やアフリカツメガ...
❏コヒーシンの転写制御における役割の解明(21710192)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / コヒーシン / アセチル化 / HDAC8 / SMC3 (他12件)
【概要】コヒーシンサブユニットSMC3コンディショナルノックアウト(SMC3KO)マウスを作製した。神経細胞特異的にSMC3のヘテロノックアウトすると、神経細胞の維持ができず、細胞死が誘導される。現在、神経細胞分化段階で、時期を変えてノックアウトを行い、形態学的な影響とともに遺伝子発現変化、クロマチン高次構造解析を行うことを予定している。一方、SMC3が、ESCO1/ESCO2によりアセチル化されることと...
【医歯薬学】歯学：ゲノム編集 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新規光誘導型デグロンを用いた生命機能操作技術の創出(19K22378)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】深谷 雄志 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00786163)
【キーワード】ショウジョウバエ / オプトジェネティクス / ライブイメージング / 転写 / ゲノム編集 (他10件)
【概要】本研究では光依存的かつ発生段階特異的に標的タンパク質の機能を阻害する新規実験系の開発に取り組んだ。その結果、CRY2のオリゴマー化を介した異常凝集の誘導が、Bicoidなどの特定の転写因子の機能阻害に有効であることが明らかとなった。一方で、iLID-SspBシステムを介したタンパク質分解や、LINX/LEXYなどの光依存的な核外排出による機能阻害は、標的因子の特性に応じた最適化が必要であることが明...
❏ゲノム構造変化にともなう乾燥無代謝休眠特異的な遺伝子制御ネットワークの全容解明(17H01511)
【研究テーマ】昆虫科学
【研究種目】基盤研究(A)
【研究期間】2017-04-01 - 2021-03-31
【研究代表者】黄川田 隆洋 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 主席研究員 (60414900)
【キーワード】乾燥耐性 / ゲノム構造 / 遺伝子発現調節 / 遺伝子ネットワーク / 遺伝子制御ネットワーク (他6件)
【概要】本研究の目的は、ネムリユスリカの乾燥・再水和の過程で生じる”ゲノムの高次構造変化”が、”どのような機能をもつ遺伝子”を”どの順番で作動”させているのかを知ることで、"乾燥耐性をもたらす遺伝子制御ネットワーク"の全容を解明することにあった。成果として、Hi-C解析を利用する事で染色体レベルのネムリユスリカゲノムデータの取得に成功し、乾燥耐性に特異的な遺伝子制御ネットワークの同定ができ...
【医歯薬学】薬学：アセチル化 ／ゲノム構造を含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ESCO1 及び ESCO2 によるコヒーシンアセチル化の分子機構の解明(23710213)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】エピゲノム / 染色体構造 / コヒーシン / アセチル化 / ChIP-seq (他7件)
【概要】ESCO1は、酵素ドメインを含まないN末領域にクロマチン及びPDS5に結合する領域が存在し、この結合を介してコヒーシンのアセチル化を行っていた。ESCO1の染色体上の局在は、腕部に存在するコヒーシンの結合領域と完全に一致し、その領域でアセチル化を引き起こしていた。一方、ESCO2は、S期のみに存在し、コヒーシンアセチル化をMCMを含む複製装置を介して行っており、ヒトにおいても、酵母やアフリカツメガ...
❏コヒーシンの転写制御における役割の解明(21710192)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / コヒーシン / アセチル化 / HDAC8 / SMC3 (他12件)
【概要】コヒーシンサブユニットSMC3コンディショナルノックアウト(SMC3KO)マウスを作製した。神経細胞特異的にSMC3のヘテロノックアウトすると、神経細胞の維持ができず、細胞死が誘導される。現在、神経細胞分化段階で、時期を変えてノックアウトを行い、形態学的な影響とともに遺伝子発現変化、クロマチン高次構造解析を行うことを予定している。一方、SMC3が、ESCO1/ESCO2によりアセチル化されることと...
【医歯薬学】薬学：転写 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新規光誘導型デグロンを用いた生命機能操作技術の創出(19K22378)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】深谷 雄志 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00786163)
【キーワード】ショウジョウバエ / オプトジェネティクス / ライブイメージング / 転写 / ゲノム編集 (他10件)
【概要】本研究では光依存的かつ発生段階特異的に標的タンパク質の機能を阻害する新規実験系の開発に取り組んだ。その結果、CRY2のオリゴマー化を介した異常凝集の誘導が、Bicoidなどの特定の転写因子の機能阻害に有効であることが明らかとなった。一方で、iLID-SspBシステムを介したタンパク質分解や、LINX/LEXYなどの光依存的な核外排出による機能阻害は、標的因子の特性に応じた最適化が必要であることが明...
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
【医歯薬学】薬学：転写制御 ／ゲノム構造を含む研究件
❏新規光誘導型デグロンを用いた生命機能操作技術の創出(19K22378)
【研究テーマ】
【研究種目】挑戦的研究(萌芽)
【研究期間】2019-06-28 - 2022-03-31
【研究代表者】深谷 雄志 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00786163)
【キーワード】ショウジョウバエ / オプトジェネティクス / ライブイメージング / 転写 / ゲノム編集 (他10件)
【概要】本研究では光依存的かつ発生段階特異的に標的タンパク質の機能を阻害する新規実験系の開発に取り組んだ。その結果、CRY2のオリゴマー化を介した異常凝集の誘導が、Bicoidなどの特定の転写因子の機能阻害に有効であることが明らかとなった。一方で、iLID-SspBシステムを介したタンパク質分解や、LINX/LEXYなどの光依存的な核外排出による機能阻害は、標的因子の特性に応じた最適化が必要であることが明...
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏コヒーシンの転写制御における役割の解明(21710192)
【研究テーマ】基礎ゲノム科学
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2009 - 2010
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】ゲノム構造 / コヒーシン / アセチル化 / HDAC8 / SMC3 (他12件)
【概要】コヒーシンサブユニットSMC3コンディショナルノックアウト(SMC3KO)マウスを作製した。神経細胞特異的にSMC3のヘテロノックアウトすると、神経細胞の維持ができず、細胞死が誘導される。現在、神経細胞分化段階で、時期を変えてノックアウトを行い、形態学的な影響とともに遺伝子発現変化、クロマチン高次構造解析を行うことを予定している。一方、SMC3が、ESCO1/ESCO2によりアセチル化されることと...
【医歯薬学】看護学：ゲノム ／ゲノム構造を含む研究件
❏コヒーシンアセチル化酵素による転写調節機構の解明(16H04718)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(B)
【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31
【研究代表者】坂東 優篤 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (90360627)
【キーワード】コヒーシン / 転写制御 / アセチル化 / DNA複製 / ゲノム構造 (他16件)
【概要】コヒーシンは、ゲノム構造を形成し、転写制御に機能する複合体であるが、その分子機序について不明である。転写が活性化される際に起こるゲノム上のタンパク質の動態をin vitroアッセイ系を用いて解析した。テンプレートDNA上では転写開始前複合体に加え、コヒーシンローダーやSEC、ESCO1が会合した。さらに、コヒーシンローダーとSECのPICへの会合は競合的に起こる可能性を示した。ESCO1やESCO...
❏ヒト染色体動態の全体像解明に向けた染色体情報システムの構築(22221009)
【研究テーマ】ゲノム生物学
【研究種目】基盤研究(S)
【研究期間】2010-04-01 - 2015-03-31
【研究代表者】白髭 克彦 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 教授 (90273854)
【キーワード】染色体 / ゲノム構造 / 染色体構造 / 染色体機能 / 転写 (他15件)
【概要】ヒト染色体について、その動態を解析するための技術と情報基盤を開発した。また、SMCタンパク、ヒストン修飾、RNAポリメラーゼを中心にChIP-seq法を用いその細胞周期、老化、分化異常においての動態を明らかにした。主たる業績としては1)非ヒストンタンパクのアセチル化による制御機構を解明した、2) 染色体高次構造と転写の伸長反応を連携させる因子としてコヒーシンを同定した、3)コンデンシンがR-loo...
❏トラフグ高密度連鎖地図を利用した主要養殖魚のゲノム構造の推定(18580175)
【研究テーマ】水産学一般
【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2006 - 2007
【研究代表者】菊池 潔 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (20292790)
【キーワード】ゲノム / 連鎖地図 / トラフグ / メダカ / シンテニー (他12件)
【概要】ゲノム配列情報の農学的利用が近年盛んに試みられており、主要な穀類や家畜類のゲノム配列が解読された。一方で水産学に目を向けると、我が国の養殖対象魚類は多岐にわたることから、そのすべてにおいてゲノム配列解読を進めることは現実的ではない。ブリ類など主要養殖魚のゲノム構造を比較ゲノム法で推定するため、本研究では、トラフグと他のモデル魚類のゲノム構造を全ゲノムレベルで詳細に比較することを目指した。 ○トラフ...
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