【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生命・健康・医療情報学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】石田 貴士 東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (40508355)

【キーワード】トリパノソーマ寄生原虫症 / タンパク質立体構造予測 / 適合性フィードバック / 創薬標的タンパク質選定 / 顧みられない熱帯病 (他10件)

【概要】本研究では顧みられない熱帯病の病原体の一つであるトリパノソーマ寄生原虫Trypanosoma cruziの全タンパク質についてゲノムワイドにタンパク質立体構造予測の一つであるホモロジーモデリングを用いて３次元の予測構造モデルを構築し、それらを参照するためのWebインタフェースを開発することで、標的選定の際にタンパク質構造を参照しながらの検討を可能とした。また、情報量の増大によりシステムが使いづらく...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...

【研究テーマ】生体物性学

【研究種目】総合研究(A)

【研究期間】1990 - 1993

【研究代表者】吉川 信也 姫路工業大学, 理学部, 教授 (40068119)

【キーワード】膜タンパク質 / 結晶化 / X線結晶構造解析 / 結晶成長機構 / タンパク質立体構造予測 (他11件)

【概要】過去3か年にわたる研究の結果、膜タンパク質スーパーコンプレックスの構築原理と結晶化条件の一般化に関して以下のことが明かになった。 膜タンパク質の立体構造の安定化の要因は膜貫通ヘリックス間の水素結合と静電的相互作用である。それに加えて、親水性部分が安定化に寄与している。したがって、脂質二重膜に埋まった疎外性表面を界面活性剤で覆って水溶液中に‘可溶化'することは立体構造を損なわずに膜タンパク質...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2018-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】山本 詠士 慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 助教 (00779340)

【キーワード】アクアポリン / 分子動力学計算 / 分子透過 / 細胞膜 / 浸透圧 (他12件)

【概要】膜貫通タンパク質であるアクアポリンによる分子の選択的透過機構を分子レベルで明らかにするために，分子動力学シミュレーションを行った．アニオンチャネルとして知られるアクアポリン6は実験による立体構造の報告がないため，タンパク質立体構造予測法によって構造をモデル化した．モデル化したタンパク質構造の生体膜中における安定性をシミュレーションにより確認した．さらに，塩化物イオンの透過経路を特定し，イオン透過時...