【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2010-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場科学 / フェムト秒化学 (他7件)

【概要】本研究は、分子特有の運動自由度である振動と回転に着目して、最も基本的な物理学的実存である波動関数を実験的に決定する方法を確立し、さらに、量子状態をデザイン通りに作り出す制御技術の獲得を目的とした。本研究を通じて、１）新しい配置のイオンイメージング測定システムを構築し、右もしくは左に回転する波動関数の実時間発展の追跡に成功、２）コヒーレント状態分布移動の新手法としてチャープパルスを利用した非共鳴誘導...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】永田 利明 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (80783373)

【キーワード】物理化学 / クラスター / 気相反応 / 質量分析

【概要】気相クラスターを加熱した際の熱反応について、クラスターと周囲の分子の衝突頻度が十分高い熱的条件を保ちながら反応時間を制御する手法を開発することで、これまでより詳しく熱力学・速度論解析を行うことを目指して研究を進めている。時間制御を行うことで期待されることの1つとして、反応の過程を詳しく追跡できるようになると思われることから、そのような研究の対象となる反応系の候補として、多段階に及ぶ熱反応を想定し、...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】永田 利明 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (80783373)

【キーワード】物理化学 / クラスター / 気相反応 / 質量分析

【概要】気相クラスターを加熱した際の熱反応について、クラスターと周囲の分子の衝突頻度が十分高い熱的条件を保ちながら反応時間を制御する手法を開発することで、これまでより詳しく熱力学・速度論解析を行うことを目指して研究を進めている。時間制御を行うことで期待されることの1つとして、反応の過程を詳しく追跡できるようになると思われることから、そのような研究の対象となる反応系の候補として、多段階に及ぶ熱反応を想定し、...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】

【研究種目】若手研究

【研究期間】2021-04-01 - 2024-03-31

【研究代表者】永田 利明 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (80783373)

【キーワード】物理化学 / クラスター / 気相反応 / 質量分析

【概要】気相クラスターを加熱した際の熱反応について、クラスターと周囲の分子の衝突頻度が十分高い熱的条件を保ちながら反応時間を制御する手法を開発することで、これまでより詳しく熱力学・速度論解析を行うことを目指して研究を進めている。時間制御を行うことで期待されることの1つとして、反応の過程を詳しく追跡できるようになると思われることから、そのような研究の対象となる反応系の候補として、多段階に及ぶ熱反応を想定し、...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2020-03-31

【研究代表者】永田 利明 東北大学, 理学研究科, JSPS特別研究員(PD) (80783373)

【キーワード】気相クラスター / 気相反応 / 反応機構 / 幾何構造 / 質量分析 (他14件)

【概要】金属や金属酸化物の気相クラスターを研究対象とし、熱的条件下における気体分子との反応について実験及び理論計算により研究した。真空装置内でレーザー蒸発法によりクラスターを生成し、反応セル内で気体分子と反応させた後、気相昇温脱離法やイオン移動度質量分析法を用いた測定を行った。これにより、特にクラスター上に付加した気体分子について、結合の強さ(エネルギー)や付加形態(幾何構造)についての情報が得られる。実...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】生物物理学

【研究種目】若手研究(B)

【研究期間】2017-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】渡邉 宙志 慶應義塾大学, 理工学研究科(矢上), 特任講師 (20767199)

【キーワード】水素イオン / 分子シミュレーション / 凝縮系 / 量子化学 / ダイナミクス (他11件)

【概要】我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。 さらに...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31

【研究代表者】大島 康裕 東京工業大学, 理学院, 教授 (60213708)

【キーワード】物理化学 / 分子分光学 / 分子間相互作用 / 分子クラスター / 強レーザー場科学 (他13件)

【概要】極短パルス光励起による量子状態のコヒーレンス制御法とイオンイメージング法を融合した新規計測の開発に取り組み、これまでに分光学的実験データが殆どない(N2)2を研究対象として、その振動ならびに回転量子波束の生成と観測を行った。本成果は「時間領域の高分解能分子分光」とでも呼ぶべき新規計測技術を確立したものと言える。さらに、ベンゼンと水素分子から構成されるクラスターについて質量選別２波長２光子イオン化分...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2006 - 2009

【研究代表者】大島 康裕 分子科学研究所, 光分子科学研究領域, 教授 (60213708)

【キーワード】分子分光 / 原子・分子物理 / 物理化学 / 分子分光学 / 強レーザー場 (他8件)

【概要】フレキシブルに構造を変化しうる分子系についてコンフォメーション変化を量子論的現象として観測し制御することを目指して、高いコヒーレンスを有する光源を利用した周波数ならびに実時間領域の分光法によって研究を進めた。ベンゼンを含む各種クラスターにおいて大規模な配向変化運動を実験的に検証し、また、高強度非共鳴フェムト秒パルスによる分子間振動のコヒーレント励起を実現した。これらの成果は、構造異性化のコヒーレン...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2015-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】松下 道雄 東京工業大学, 理学院, 准教授 (80260032)

【キーワード】１分子観察 / 一分子計測(SMD) / 一分子観察 / １分子計測(SMD) / 一分子観察(SMD) (他13件)

【概要】我々は、結晶中にある無数のイオン一つ一つをそれぞれ1量子ビットずつに割り当てることで、量子ビットを高度に集積することを目指して、新しい系の探索と観察する光学顕微鏡の独自開発を10年にわたり続けてきた。当該研究では、Pr3+同士の三次元相対位置を決定する場合に、遷移双極子の向きにより、20~30 nmの系統誤差が生じることが分かった。そこで、三次元のすべての軸を高精度に決定することで、この系統誤差を...

【研究テーマ】物理化学

【研究種目】若手研究(A)

【研究期間】2011-04-01 - 2014-03-31

【研究代表者】藤芳 暁 東京工業大学, 理工学研究科, 助教 (70371705)

【キーワード】タンパク質 / １分子観察 / 低温 / 分光 / 構造 (他14件)

【概要】温度1.5 Kに冷却した生体分子の三次元イメージングをするための１分子蛍光顕微鏡を開発した。この顕微鏡の特性をＱdotにより評価した。まず、この顕微鏡は635, 532, 405 nmのどの波長でも色収差なく使用することが可能であった。さらに、その焦点付近の光分布（点像分布関数）は理論値の1.2倍以下であった。これを用いて、２個の分子の位置決定精度（解像度）を見積もったところ、焦平面方向が3 nm...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2016-04-01 - 2019-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)

【キーワード】蛋白質-蛋白質相互作用 / 抗体 / 低分子 / 阻害剤 / 熱力学 (他12件)

【概要】本研究では、癌疾患に関連するPPI、細菌感染に関連するPPIなど、創薬へとつながる有力なモデルPPIを選択し、熱力学、速度論、そして計算科学を駆使して、これらPPIの精密な相互作用解析と、抗体や低分子化合物によるPPIに対する阻害機構解明を行った。１つの標的蛋白質に対して、PPIのプロセスに関連する中間体構造を制御する制御剤を得ることに成功した。さらに、これら抗体と低分子それぞれに関する阻害メカニ...

【研究テーマ】

【研究種目】基盤研究(B)

【研究期間】2018-04-01 - 2021-03-31

【研究代表者】長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248)

【キーワード】蛋白質 / 熱力学 / 速度論 / リガンド / 相互作用 (他10件)

【概要】申請者は、低親和性相互作用蛋白質の熱力学と速度論を精密に解析することにより、蛋白質相互作用の質に関する新しい知見を提唱することを試みた。OMD蛋白質の相互作用解析においては、脱水和を伴うエントロピー駆動型の低親和性結合により機能を果たしていることが明らかとなった。FcγRIIIaの抗体間相互作用解析においては、結合界面ではない可変領域の違いや糖鎖修飾の違いが低親和性における分子認識に差異を与えてい...

【研究テーマ】生物分子化学

【研究種目】研究活動スタート支援

【研究期間】2016-08-26 - 2018-03-31

【研究代表者】中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 助教 (80784511)

【キーワード】分子認識 / 多重特異性 / メチル基転移酵素 / 相互作用 / 物理化学 (他8件)

【概要】本研究では、酵素の持つ多重特異性の分子機構についてアミノ酸残基レベルで知見を得ることを目的とし、多様な蛋白質の翻訳後修飾を担うメチル基転移酵素SMYD2を題材に研究を行った。SMYD2および基質タンパク質であるp53について、野生型および基質結合に関与していると考えられるSMYD2のアミノ酸残基に変異を導入した変異体を作製し、物理化学的手法によって相互作用解析を行うことにより、各アミノ酸残基の基質...

【研究テーマ】生物機能・バイオプロセス

【研究種目】基盤研究(A)

【研究期間】2013-04-01 - 2016-03-31

【研究代表者】津本 浩平 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

【キーワード】低分子創薬 / 熱力学解析 / フラグメントスクリーニング / 相互作用 / 蛋白質 (他10件)

【概要】本研究は、フラグメントスクリーニングにおいて、物理化学的な解析を行い、創薬の候補となりうるヒット化合物の選別とその親和性向上において有効な技術開発を行うことを目標とした。スクリーニングより得られた低分子化合物について、ITCやDSCによる熱量解析を行い、特異的な結合を示す化合物の選別(ヒットバリデーション)よりヒット化合物を得た。これらヒット化合物と蛋白質との複合体構造解析や分子モデリング解析結果...