エピゲノム比較解析パイプライン高度化のための正規化・統合解析手法の構築
【研究分野】システムゲノム科学
【研究キーワード】
ChIP-seq法 / Hi-C法 / 大規模解析 / エピゲノム / 品質評価 / ゲノム立体構造 / Spike-in解析 / ノイズ除去 / IHECプロジェクト
【研究成果の概要】
多数のChIP-seqサンプルを比較する大規模ChIP-seq解析では、細胞特異的なタンパク結合や、DNA結合におけるタンパク間の依存関係を捉えることができる。しかし微量細胞や生体組織など困難な条件下で調整されたサンプルはデータに強い偏りが発生する場合があり、従来法ではデータ補正も困難なため、現状では比較解析に含めることができない。本申請ではこれらの課題を克服すべく、効率的に同時解析可能な解析プログラムDROMPA3、新たなChIP-seq品質評価手法SSPおよび、Hi-Cデータ解析パイプラインを作成した。これらの新規手法はより頑健かつ効率的な大規模エピゲノム解析を可能にする。
【研究代表者】
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2015-04-01 - 2018-03-31
【配分額】4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)