染色体高次構造の情報学的再構築法の検討
【研究分野】システムゲノム科学
【研究キーワード】
ゲノム情報学 / ChIP-seq 法 / データ可視化 / ChIP-seq法 / 転写解析 / クロマチン構造解析 / ゲノム機能解析 / ChIP-seq / 3C
【研究成果の概要】
タンパクのゲノム結合部位を網羅的に同定可能な「ChIP-seq法」のためのデータ解析・可視化プログラムDROMPAを開発した。本手法は精度高く高速に結果を得ることができるだけでなく、結果を可視化して概観できる機能を持ち、ChIP-seq解析に必要なコストを大幅に削減できる。本手法を用いた成果のひとつとして、姉妹染色体間接着因子であるコヒーシンの機能不全によって引き起こされるCdLS遺伝病患者の細胞におけるコヒーシンのゲノム局在の変化を解析した。
【研究代表者】
【研究種目】若手研究(B)
【研究期間】2011 - 2012
【配分額】4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)