核ゲノム解析による進化速度の速い種の系統的位置決定:尾索動物オタマボヤ類を例に
【研究キーワード】
全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 / 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ / ゲノム系統解析 / 解析パイプライン / 尾索類 / 遺伝子系統樹 / トランスクリプトーム / 脊索動物
【研究成果の概要】
交付申請書に記載した目的と計画は以下である。
研究の目的:全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する.
研究実施計画:A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて,系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い,オタマボヤ類の系統的位置を推定する。
当該年度は、申請者は、ORTHOSCOPE web version (https://www.orthoscope.jp)をもとに作られたスクリプト ORTHOSCOPE* (https://github.com/jun-inoue/ORTHOSCOPE_STAR) を公開し論文として公表した (B)。解読した尾索動物 7 種のトランスクリプトームデータの解読は昨年度行行った。これらのデータは、一般公開はしていないが、すでに自身が保有するデータベース ORTHOSCOPE web version に搭載され、密な解析ができる状態にある (A)。つまり、オタマボヤの系統的位置の検証をすぐに行える (C)。
【研究代表者】
【研究分担者】 |
西野 敦雄 | 弘前大学 | 農学生命科学部 | 教授 | (Kakenデータベース) |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2018-04-01 - 2023-03-31
【配分額】4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)