マルチスケールシミュレーションによるタンパク質へのリガンド結合過程の研究
【研究分野】生物物理学
【研究キーワード】
分子動力学シミュレーション / タンパク質 / リガンド / パスウェイ / マルチコピー・マルチスケール法 / 粗視化モデル / 自由エネルギー計算 / MARTINI / マルチスケールシミュレーション
【研究成果の概要】
粗視化分子動力学シミュレーションを用いて、リガンドがタンパク質のリガンド結合ポケットに結合する過程を明らかにする方法を確立した。この方法を、リガンド結合ポケットの形状や物理化学的性質、リガンドの物理化学的性質が異なる多数のタンパク質・リガンドペアに適用した。この結果の比較から、リガンドは特定のパスウェイを経由してリガンド結合ポケットに入ることが示唆された。また、全原子モデルを用いてパスウェイを精密化し、これに沿った自由エネルギープロファイルを計算する方法を確立した。
【研究代表者】
【研究協力者】 |
| 根上 樹 | |
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【研究種目】基盤研究(C)
【研究期間】2012-04-01 - 2015-03-31
【配分額】5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)