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研究キーワード：理化学研究所における「分子動力学シミュレーション」 に関係する研究一覧：5件
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発表日：2025年10月6日
1
神経・腎疾患をもたらす酸化還元タンパク質の構造揺らぎ
－チオレドキシンの突然変異が疾患の原因となる仕組みを解明－
理化学研究所（理研）放射光科学研究センター 生物系ビームライン基盤グループの竹下 浩平 研究員、岡山大学 学術研究院 教育学域の大守 伊織 教授、日本原子力研究開発機構 物質科学研究センター 強相関材料物性研究グループの中川 洋 研究主幹、総合科学研究機構 中性子科学センターの岡﨑 伸生 副主任技師らの共同研究グループは、体内で酸化還元反応の調節に重要な働きを担うタンパク質「チオレドキシン」の突然変異が脳神経変性や慢性腎臓病の原因となる仕組みを、機能解析と...
キーワード：システム開発/突然変異/原子核/物質科学/分子動力学シミュレーション/揺らぎ/SPring-8/中性子/軟X線/放射光/遠赤外線/赤外線/電子供与体/らせん構造/酸化還元反応/タンパク質立体構造/ロイシン/X線結晶構造解析/チオレドキシン/結晶構造解析/シンクロトロン放射/強相関/酸化還元電位/可視光/還元反応/熱安定性/シミュレーション/ピコ秒/機構総合/原子力/酸化還元/電磁波/動力学/分子動力学/疎水性相互作用/X線結晶構造/システイン/結晶構造/酵素活性/アミノ酸配列/オミックス/機能解析/腎臓病/オミックス解析/点突然変異/分子機構/ナノテクノロジー/NF-κB/RNA/アポトーシス/アミノ酸/インスリン/てんかん/バイオテクノロジー/ヘリックス/ラット/抗酸化/細胞死/神経細胞/神経細胞死/神経変性/神経変性疾患/腎障害/腎臓/創薬/立体構造/立体構造解析/ストレス/加齢/酸化ストレス/慢性腎臓病
他の関係分野：複合領域環境学数物系科学化学生物学総合理工工学農学
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発表日：2025年9月14日
2
補酵素骨格を転移する生合成酵素の触媒機構を解明
－酵素を使った抗生物質のカスタム化へつながる一歩－
理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター ケミカルバイオロジー・生合成研究チームの淡川 孝義 チームディレクター、全 智揚 研究員らの共同研究グループは、抗生物質の生合成においてメチル化に関わる補酵素[1]のS-アデノシルメチオニン（SAM）[2]の代謝に関係する新規酵素の触媒機構の解明に成功しました。本研...
キーワード：水分子/分子動力学シミュレーション/X線回折/二量体/アンモニア/求核置換反応/触媒反応/天然物合成/反応機構/RNA修飾/アミン/触媒機能/遷移状態/活性化エネルギー/シミュレーション/酸化物/動力学/分解能/分子動力学/量子力学/酵素工学/天然物化学/物質生産/生物物理学/X線結晶構造/システイン/部位特異的変異/biosynthesis/結晶構造/変異体/細胞壁/病原性/生合成/生合成遺伝子/生合成酵素/微生物/アミノ酸配列/プロトン/ビタミン/アルギニン/エピジェネティクス制御/酵素反応/ポリアミン/生物物理/ATP/RNA/アミノ酸/グルタミン酸/ケミカルバイオロジー/ヘリックス/メチル化/ラジカル/ラット/リガンド/化合物ライブラリー/官能基/抗菌薬/抗生物質/構造変化/合成生物学/生体分子/阻害剤/創薬/低分子化合物/誘導体/立体構造/ゲノム/遺伝子/細菌/疼痛
他の関係分野：数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年8月20日
3
生体分子モーターの回転駆動機構を原子レベルで解明
－「歪み」と「押し出し」から成る駆動力－
理化学研究所（理研）開拓研究所 杉田理論分子科学研究室の杉田 有治 主任研究員（計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームプリンシパル）、本橋 昌大 大学院生リサーチ・アソシエイトらの共同研究グループは、生体内でエネルギー変換を担う分子モーター[1]である「F1-ATPase」の回転機構について、計算機シミュレーションを用いて解析し、原子レベルの「歪（ひず）み」と「押し出し」によっ...
キーワード：データ駆動/スーパーコンピュータ/最適化/自由エネルギー/人工知能（AI）/計算量/分子動力学シミュレーション/計算機シミュレーション/分子構造/一分子観察/高分子/ATP合成/静電相互作用/材料科学/生体分子モーター/結合状態/加水分解/遷移状態/水分解/単一分子/TMD/シミュレーション/ナノスケール/ポリマー/マルチスケール/モーター/モデリング/結晶化/大規模計算/電子顕微鏡/電子顕微鏡法/動力学/分解能/分子シミュレーション/分子動力学/並列計算/生体内/エネルギー変換/好熱菌/リン酸/スギ/ATP合成酵素/MDシミュレーション/クライオ電子顕微鏡/分子モーター/高分解能/細胞膜/アデノシン/ナノマシン/生物物理/動態解析/分子機構/ナノテクノロジー/ATP/アミノ酸/ミトコンドリア/構造変化/高次構造/細胞骨格/生体高分子/生体分子/生体膜/分子動力学計算/立体構造/細菌/脂質
他の関係分野：情報学数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年7月31日
4
昆虫の体内で機能性分子ナノカーボンを合成
－ウンチのなかに新機能性物質－
理化学研究所（理研）開拓研究所 伊丹分子創造研究室の伊丹 健一郎 主任研究員（環境資源科学研究センター チームディレクター、名古屋大学 トランスフォーマティブ生命分子研究所（WPI-ITbM）主任研究者）、名古屋大学 トランスフォーマティブ生命分子研究所（WPI-ITbM）の宇佐見 享嗣 特任助教（高等研究院YLC教員）、藤本 和宏 特任准教授、柳井 毅 教授、名古屋大学 大学院理学研究科の河野 英也 博士後期課程学生（研究当時）、オースティン・ビック 博士前期課程学生らの共同研究グループは、昆虫が持つ異物代...
キーワード：インターフェース/磁気共鳴/対称性/物質科学/分子動力学シミュレーション/量子化/分子構造/量子化学/量子化学計算/機能性分子/反応場/X線結晶構造解析/結晶構造解析/分子進化/ナノ物質/質量分析/生体触媒/ACT/材料科学/新物質/選択性/ナノカーボン/単結晶/カーボン/シミュレーション/マルチスケール/生産性/生体システム/動力学/分子動力学/量子力学/生体内/X線結晶構造/カルス/機能性/酸化酵素/P450/結晶構造/変異体/タンパク質工学/ゲノム編集技術/哺乳動物/カーボン材料/二次代謝/リアルタイムPCR/二次代謝産物/蛍光タンパク質/分子機能/代謝産物/大腸/ゲノム編集/in vitro/PCR/RNA/RNA干渉/RNA干渉法/siRNA/エポキシド/バイオテクノロジー/フラーレン/ポルフィリン/遺伝子導入/核磁気共鳴/官能基/合成化学/生理活性/体内動態/代謝酵素/大腸菌/有機合成/誘導体/ゲノム/遺伝子/遺伝子発現/遺伝子変異
他の関係分野：情報学数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年7月31日
5
人工イオンチャネルの精密デザインに成功
－膜ペプチドの集まる数を自在に制御して新機能の創出へ－
理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター 生体分子動態デザイン研究チームの新津 藍 チームリーダー、開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室の杉田 有治 主任研究員、ジョン・ジェウン 専任技師、環境資源科学研究センター 触媒・融合研究グループの袖岡 幹子 グループディレクター、ブリストル大学のデレック・ウルフソン 教授、キングス・カレッジ・ロンドンのマーク・ワレス 教授らの国際共同研究グループは、自然界にはないタンパク質を理論的に設計する独自の手法を用いて、...
キーワード：スーパーコンピュータ/機械学習/人工知能（AI）/システム開発/水分子/水溶液/分子動力学シミュレーション/閉じ込め/バクテリア/α-ヘリックス/自己組織/アルキル化/一分子観察/自己集合/タンパク質合成/ロイシン/細胞内小器官/膜輸送/遺伝情報/抗菌ペプチド/膜輸送体/タンパク質デザイン/メモリ/絶縁体/選択性/構造モデル/動的挙動/二次構造/電気抵抗/HPC/シミュレーション/ナノメートル/モデリング/界面活性剤/生産システム/設計法/動力学/導電性/分子動力学/タンパク質合成系/親水性/人工タンパク質/物質生産/人工細胞/超並列/分子システム/カルシウムイオン/システイン/ペプチド合成/輸送体/二重構造/スギ/Ca2+/アミノ酸配列/全反射蛍光顕微鏡/細胞膜/脂質二重膜/抗菌性/アミノ酸/イオンチャネル/カルシウム/ヘリックス/リン脂質/一分子イメージング/蛍光顕微鏡/蛍光色素/蛍光標識/抗生物質/構造変化/受容体/神経細胞/生体分子/生体膜/分子イメージング/分子動力学計算
他の関係分野：情報学複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学