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研究キーワード:横浜市立大学における「動力学」 に関係する研究一覧:5件
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発表日:2026年4月16日
1
抗ヘルペスウイルス薬が働く仕組みを原子レベルで解明
~実験と計算を組み合わせ、次世代抗ウイルス薬開発への道を開く~
本研究では、クライオ電子顕微鏡*1を用いて、単純ヘルペスウイルス由来のHPCがDNAと、2種類の阻害剤(アメナメビル*2またはプリテリビル*3)のいずれかを結合した状態の立体構造を決定しました(図1)。その結果、HPCは、二本鎖DNAをほどく反応を担うヘリケースモジュールと、RNAプライマーの合成を担うプライメースモジュールからなる構造をとることが明らかになりました。DNAおよび阻害剤はいずれもヘリケースモジュールに結合していました。 ...
キーワード:スーパーコンピュータ/人工知能(AI)/先端技術/分子動力学シミュレーション/量子化/量子化学/量子化学計算/タンパク質複合体/加水分解/水分解/持続可能/持続可能な開発/HPC/シミュレーション/モデリング/電子顕微鏡/動力学/分解能/分子軌道法/分子動力学/クライオ電子顕微鏡/ウイルス感染症/単純ヘルペスウイルス/ATP/DNA複製/RNA/スクリーニング/ヘルペスウイルス/ラット/抗ウイルス薬/構造変化/自己免疫/自己免疫疾患/阻害剤/創薬/相互作用解析/副作用/分子軌道計算/膜タンパク質/立体構造/臨床試験/ウイルス/感染症/認知症
他の関係分野:情報学複合領域数物系科学化学生物学工学
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発表日:2026年4月10日
2
ヘテロクロマチン形成促進の分子機構ヒストンH1の役割
ヒストンのアセチル化として特にヒストンH4のN末テールの5番目、8番目、12番目、16番目に存在するリシン(H4-4Kと略記)のアセチル化(H4-4Kacと略記)がユークロマチン形成に重要です。私たちは、以前の研究でヒストンH4-4Kacを含むヌクレオソームと通常のヌクレオソームの構造を比較したところ、ヌクレオソームのコアの構造は変化しないのに、H4のテールの動的構造が変化し、さらにはH3のN末テールの動的な構造も変化することを見出しました。H4のテールはアセチル化によりDNA結合型からDNA非結合型に変化しますが、その結果H3のN末テールのDNA結合型構造も変化し、更にその動的な構...
キーワード:DNA結合/接触構造/原子核/磁気共鳴/水溶液/スペクトル/磁場/悪性化/核スピン/ヒストン/持続可能/持続可能な開発/3次元構造/スピン/電子顕微鏡/動力学/分子動力学/ヌクレオソーム/構造変換/クロマチン構造/脱アセチル化/クライオ電子顕微鏡/ヘテロクロマチン/アルギニン/ヒストン脱アセチル化酵素/クロマチン/ヒストンアセチル化/リンカーヒストン/分子機構/がん化/発がん/HDAC/アセチル化/アミノ酸/ラット/核磁気共鳴/構造変化/細胞分化/創薬/動的構造/分子動力学計算/遺伝子
他の関係分野:複合領域数物系科学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日:2026年2月2日
3
B型肝炎ウイルスが肝臓の受容体を認識するユニークな段階的相互作用を解明
横浜市立大学大学院生命医科学研究科浴本亨助教、池口満徳教授、...
キーワード:危機管理/統計力学/分子動力学シミュレーション/構造形成/ロイシン/トランスジェニック/力学モデル/シミュレーション/トンネル/動力学/分子動力学/組み換え/ドッキング/輸送体/遺伝子組み換え/病原性/ウイルス学/肝炎/細胞膜/肝がん/肝硬変/肝疾患/B型肝炎ウイルス(HBV)/アミノ酸/トリプトファン/マウス/肝細胞/肝細胞がん/抗ウイルス薬/抗原/構造生物学/受容体/胆汁酸/ウイルス/ワクチン/遺伝子/感染症/公衆衛生/脂質
他の関係分野:複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日:2025年3月24日
4
ヘテロクロマチンタンパク質による液-液相分離機構を解明
DNAはヒストンと呼ばれるタンパク質に巻き付いてヌクレオソームと呼ばれる構造になります。ヌクレオソームは束になってクロマチンと呼ばれる構造になります。クロマチンの中で特に凝縮度が高いものをヘテロクロマチンと呼びます。ヘテロクロマチンを形成するタンパク質にHP1が存在します。HP1はNテイル、クロモドメイン(CD) 、ヒンジ領域、クロモシャドードメイン(CSD)で構成されています(図2)。ヘテロクロマチンでは、ヌクレオソーム中のヒストンH3の9番目のリシン残基がメチル化され(H3K9me)、HP1のCDがH3K9meと結合します。ヌクレオソーム中にはヒストンH3が2個存在します。HP1の...
キーワード:産学連携/原子核/高エネルギー/磁気共鳴/水分子/加速器/相分離/放射光/磁場/高分子/悪性化/粗視化モデル/核スピン/小角散乱/ヒストン/光散乱/持続可能/構造モデル/持続可能な開発/X線小角散乱/スピン/動力学/分子動力学/ヌクレオソーム/構造変換/光学顕微鏡/リン酸/変異体/クロマチン構造/ヘテロクロマチン/セントロメア/クロマチン/蛍光タンパク質/テロメア/分子機構/がん化/発がん/RNA/アミノ酸/クロマトグラフィー/メチル化/ラット/核磁気共鳴/凝集体/細胞核/創薬/分子動力学計算/遺伝子/遺伝子発現
他の関係分野:複合領域数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日:2025年3月24日
5
アクアポリン3の新規チャネル閉鎖構造を発見
-クライオ電子顕微鏡でアクアポリン3の構造を解析し、 他の水チャネルには見られない、水の通路が塞がれた構造を解明-
横浜市立大学 大学院生命医科学研究科の池口満徳教授、井上雅郎特任助教らは、東京科学大学(Science Tokyo)総合研究院 高等研究府 細胞構造生理学研究室の藤吉好則特別栄誉教授、香西大輔プロジェクト助教らと共同で、細胞内外の水輸送に関与する膜タンパク質として知られる水チャネル(用語1)の一種であるアクアポリン3(用語2)の立体構造解析(用語3)を行いました。その結果、アクアポリン3は、これまで構造解析が行われた多くの水チャネルでは見られなかった、細胞外側から水の通路がほぼ塞がれたチャネル構造を持つことを発見しました。...
キーワード:先端技術/産学連携/分子動力学シミュレーション/芳香環/生命情報/水輸送/原子分解能/持続可能/構造モデル/持続可能な開発/3次元構造/シミュレーション/界面活性剤/電子顕微鏡/電子顕微鏡観察/動力学/分解能/分子シミュレーション/分子動力学/生体内/哺乳類/変異体/アミノ酸配列/クライオ電子顕微鏡/免疫系/アルギニン/細胞膜/脂質二重膜/大腸/アクアポリン/アミノ酸/がん細胞/ラット/医薬品開発/上皮細胞/腎臓/水チャネル/生体膜/阻害剤/創薬/大腸菌/膜タンパク質/立体構造/立体構造解析/ストレス/遺伝子/酸化ストレス/脂質/生理学/唾液
他の関係分野:複合領域数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
横浜市立大学 研究シーズ