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名古屋大学 研究シーズDiscovery Saga
研究キーワード:名古屋大学における「分子動力学」 に関係する研究一覧:4
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発表日:2026年3月28日
1
細菌細胞の"毛"が引っ張られても抜けない仕組みを解明 膜タンパク質が"ナット"のように固定される新原理「Protein nut」提唱
・細菌細胞表層の繊維状タンパク質が引っ張られても膜から抜けない仕組みを全原子分子動力学シミュレーション注1)により解明。・ペリプラズム注2)側のタンパク質が“ナット”のように働き、膜貫通構造を支えることを発見し、「Protein nut(プロテイン ナット)」として提唱。・生体分子の設計原理の理解や、バイオ材料・ナノデバイスへの応用に期待。 名古屋大学大学院工学研究科の堀 克敏 教授、鈴木 淳巨 准教授、吉本 将悟 助教、笹原 純 博士後期課程学生らの研究グループは、アシネ...
キーワード:分子動力学シミュレーション/ファイバー/ナノデバイス/ナノ構造体/ナノファイバー/シミュレーション/ナノメートル/ナノ構造/プラスチック/耐久性/動力学/分子動力学/生体分子/膜タンパク質/細菌
他の関係分野:数物系科学工学
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発表日:2026年2月21日
2
単層の氷の構造を初めて可視化
―渦状に並んだ水分子がつくるフェロアキシャル秩序を実証―
・鉱物中に閉じ込められた単層の水分子(単層氷)が研究の舞台・ハニカム格子上に並んだ水分子は室温で定まった方向を向かずに回転・低温で水分子が渦状に並んだ、フェロアキシャル秩序状態の新しい氷を発見 静岡大学理学部の野村肇宏講師の研究グループは、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鬼頭俊介助教・有馬孝尚教授、岡山大学の小松寿弐千大学院生(当時)・木村純大学院生・甲賀研一郎教授、広島大学の長谷川巧准教授・荻田典男教授、高輝度光科学研究センターの中村唯我研究員、東京理科大学の石川孟講師、名古屋大学の矢島健准教授、東京大学物性研究所の松尾晶技術専門職...
キーワード:水分子/閉じ込め/X線回折/放射光/放射光X線/秩序構造/結晶工学/動力学/分子動力学/分子動力学計算
他の関係分野:数物系科学工学
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発表日:2026年2月14日
3
抗ウイルス薬ファビピラビルの活性化の鍵となる酵素反応を可視化
― 高い薬効を発揮できる新薬の創製へ向けた新たな手法開拓 ―
・酵素HGPRTがファビピラビルを活性型へと変化させる反応を、NMRでリアルタイムに直接観測・HGPRTが酵素活性を発揮するうえで特に重要な「ホットスポット残基」を同定し、その役割を解明・NMRデータと分子動力学シミュレーションを統合的に解析し、酵素-薬剤相互作用の機序を解明・本手法は、より高い薬効をもつ新規抗ウイルス薬やプロドラッグの設計への応用が期待される 北里大学大学院薬学研究科の杉木俊彦准教授と吉田智喜助教、大阪大学量子情報・量子生命研究センターの根来誠教授、大阪大学蛋白質研究所の藤原敏道名誉教授、量子科学技術研究開発...
キーワード:情報学/磁気共鳴/分子動力学シミュレーション/量子情報/ホットスポット/シミュレーション/動力学/分子動力学/酵素活性/酵素反応/プロドラッグ/核磁気共鳴/抗ウイルス薬/ウイルス
他の関係分野:情報学数物系科学工学農学
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発表日:2025年8月19日
4
ナノ領域に閉じ込められた水の構造は 界面で見られる水の構造と同一であることを解明
・非常に薄い領域に閉じ込められた水の構造は、閉じ込めの効果よりも界面との接触の効果で説明できることを解明。・第一原理分子動力学法、機械学習分子動力学法の組み合わせによって、記述の難しい複合界面の和周波発生(SFG)分光スペクトル注1)を計算。 名古屋大学大学院工学研究科の大戸 達彦 准教授らの研究グループは、マックスプランクポリマー研究所(ドイツ)、厦門大学(中国)、東南大学(中国)との共同研究で、ナノメートルレベルの空間に閉じ込められた水の構造を和周波発生分光スペクトルの理論シミュレーションと計測を通じて明らかにしました。...
キーワード:機械学習/水素結合ネットワーク/対称性/非線形/非線形光学応答/分子動力学シミュレーション/閉じ込め/スペクトル/赤外線/振動分光/第一原理分子動力学/対称性の破れ/第一原理分子動力学法/可視光/双極子/非線形光学/分子振動/フッ化カルシウム/材料設計/グラフェン/シミュレーション/ナノスケール/ナノメートル/ナノ構造/ポリマー/第一原理/第一原理計算/動力学/分子動力学/分子動力学法/カルシウム
他の関係分野:情報学数物系科学化学工学