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研究キーワード：東京科学大学における「アミノ酸配列」 に関係する研究一覧：12件
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発表日：2025年11月1日
1
酵素Sir2のタンデムアロステリック効果
脱アセチル化反応を効率的に行う仕組みを解明
東京科学大学（Science Tokyo） 生命理工学院 生命理工学院系の白臻（バイ・ジェン）博士課程学生、Tran Phuoc Duy（チャン・フ・ズイ）助教、北尾彰朗教授は、酵素Sir2が連続する2段階のアロステリック効果[用語1]、「タンデムアロステリック効果」によって、タンパク質の脱アセチル化反応を効率的に行っていることを明らかにしました。Sir2はDNAと結合するヒストンタンパク質やがん抑制因子p53などの様々なタンパク質を脱アセチル化するサーチュインという酵...
キーワード：PCクラスタ/スーパーコンピュータ/自由エネルギー/健康増進/計算機シミュレーション/ヒストン/ポリエチレン/ボトムアップ/シミュレーション/金属イオン/大規模計算/動力学/分子動力学/リボソーム/生物物理学/エチレン/脱アセチル化/キチン/アミノ酸配列/DNA修復/p53/酵素反応/新型コロナウイルス/生物物理/GPCR/Gタンパク質/アセチル化/アミノ酸/メチル化/ユビキチン/ユビキチン化/受容体/創薬/低分子化合物/分子認識/翻訳後修飾/立体構造/ウイルス/サーチュイン/抗体/脂質/老化
他の関係分野：情報学複合領域数物系科学工学総合生物農学
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発表日：2025年10月18日
2
酵素断片の「トラップ＆リリース」に基づく抗原依存的酵素スイッチ
任意の分子によるタンパク質機能の自由自在な制御を目指して
東京科学大学（Science Tokyo）総合研究院 化学生命科学研究所の北口哲也准教授と安田貴信助教らの研究チームは、東北大学 多元物質科学研究所の田口真彦助教、理化学研究所の木川隆則博士、信州大学の新井亮一教授と共同で、抗体に酵素の断片を融合させることにより、抗原に応答して活性が上昇する酵素スイッチ「Switchbody」 を開発しました。タンパク質は多様な機能を持ち、さまざまな生命現象に関与しています。その中でも、外的刺激に応答してオン・オフのスイッチとして機能するタンパク質は、細胞生理機能を動的に制御する上で重要な役割を果たします。このスイッチ機能を人工的...
キーワード：スループット/深層学習/デルタ/クロスオーバー/原子核/磁気共鳴/物質科学/蛍光センサー/生物発光/X線結晶構造解析/グルコース/ハイスループットスクリーニング/結晶構造解析/核スピン/静電相互作用/シミュレーション/スピン/センサー/ダイナミクス/トラップ/マイクロ/結晶化/光センサー/分子デザイン/ハイスループット/神経活動/生体内/X線結晶構造/発酵/結晶構造/変異体/タンパク質工学/酵素活性/一本鎖抗体/ELISA/MDシミュレーション/アミノ酸配列/細胞膜/cGMP/蛍光タンパク質/細胞内シグナル/生理機能/大腸/ATP/アミノ酸/ケミカルバイオロジー/シグナル分子/スクリーニング/バイオイメージング/マウス/リガンド/遺伝子導入/蛍光色素/血液/抗原/構造変化/骨粗鬆症/細胞増殖/細胞培養/受容体/代謝酵素/大腸菌/培養細胞/分子認識/膜電位/免疫応答/立体構造/アレルギー/遺伝学/遺伝子/抗体
他の関係分野：情報学複合領域数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年9月14日
3
アクアグリセロポリンが尿素・ホウ酸の透過性を制限する仕組みを解明
遺伝子配列から活性予測を可能に
東京科学大学（Science Tokyo）生命理工学院 生命理工学系の永嶌鮎美助教、潮和敬大学院生（研究当時）、加藤明准教授らの研究チームは、同 古田忠臣助教、近畿大学 農学部の西原秀典准教授と共同で、水とグリセロールのチャネルとして知られるアクアグリセロポリン[用語1]Aqp10がグリセロール以外の小分子（尿素・ホウ酸）の透過を制御する仕組みを明らかにしました。これまで、アクアグリセロポリンが水以外の小分子の透過を制御するメカニズムはよく分かっていませんでした。今回、尿素・ホウ酸を輸送するタイプ...
キーワード：検索システム/幾何学/水分子/微量元素/芳香族/アンモニア/アフリカツメガエル/グルコース/ゲノム進化/ツメガエル/ホウ酸/系統樹/進化学/分子系統解析/卵母細胞/両生類/爬虫類/遺伝子重複/環境適応/機能分化/脊椎動物/分子系統/加水分解/水分解/選択性/細孔構造/モデリング/構造予測/生物物理学/窒素代謝/哺乳類/ゲノム配列/変異体/輸送体/哺乳動物/系統解析/アミノ酸配列/ダイバーシティ/アルギニン/細胞膜/糖新生/生物物理/生理機能/脊椎/代謝産物/分子機構/アクアポリン/アミノ酸/イミン/エネルギー代謝/ゲノムプロジェクト/タンパク質発現/水チャネル/低分子化合物/膜タンパク質/立体構造/ゲノム/遺伝子/育児/生理学
他の関係分野：複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年6月23日
4
髄鞘形成を促進する新規ECMタンパク質と合成ペプチドを発見
ラミニン-411およびその由来ペプチドA4G47がオリゴデンドロサイトによる髄鞘形成を活性化
東京科学大学（Science Tokyo） 大学院医歯学総合研究科 臨床分析・分子生物学分野の鈴木喜晴准教授らの研究チームは、多発性硬化症に代表される脱髄[用語1]疾患や、加齢による脳機能低下、アルツハイマー型認知症、うつ病などの精神疾患において、主因の一つとして知られる中枢神経系の髄鞘[用語2]機能に着目し、その制御メカニズムの解明を試みています。 本研究では、東京...
キーワード：高分子/ロイシン/神経系/絶縁体/オリゴデンドロサイト前駆細胞/神経活動/CD8/アミノ酸配列/層構造/生体組織/アイソフォーム/アルギニン/活動電位/機能解析/細胞膜/髄鞘/シュワン細胞/ラミニン/神経ネットワーク/中枢神経/末梢神経/中枢神経系/歯学/前駆細胞/多発性硬化症/アポトーシス/アミノ酸/アルツハイマー病/インテグリン/基底膜/細胞外マトリックス/細胞核/細胞骨格/細胞生物学/細胞接着/受容体/神経科学/神経細胞/生体高分子/生体分子/転写因子/脳機能/立体構造/うつ/うつ病/遺伝子/加齢/脂質/精神疾患/認知症/分子生物学
他の関係分野：化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年6月20日
5
標的細胞を見分ける“スマートカプセル”：無細胞で抗体を固定化したリポソーム開発
薬剤送達や遺伝子治療への応用が期待される細胞を使わないプラットフォーム
東京科学大学 総合研究院 細胞制御工学研究センターの丹羽達也助教と国立研究開発法人 海洋研究開発機構 超先鋭研究開発部門の車兪澈主任研究員、ジーンフロンティア株式会社の研究グループは、試験管内で合成した抗体タンパク質を脂質修飾し、脂質ナノカプセル（リポソーム）の表面に固定化する技術を開発しました（図1）。この方法は培養細胞などを使用しないため、これまでの技術では通常数週間から数ヵ月間かかっていた工程をわずか2日間で完了することができます。また抗体だけではなく、原理上全ての水溶性タンパク質をリポソームの表面に結合させることができます。この方法で低分子抗体（VHH抗体）を合成してリポソーム上に固...
キーワード：検索システム/技術戦略/海洋/海洋科学/アミド/機能性分子/タンパク質合成/遺伝情報/材料科学/タンパク質デザイン/キャリア/電気泳動/センサー/トンネル/ナノサイズ/バイオセンサー/制御工学/膜構造/タンパク質合成系/新生鎖/無細胞タンパク質合成系/ナノカプセル/リボソーム/機能性/脂質膜/アミノ酸配列/アルギニン/mRNA/大腸/HER2/siRNA/アミノ酸/アミロイド/がん細胞/がん治療/スクリーニング/バイオ医薬品/プロテアーゼ/ラット/リン脂質/遺伝子治療/抗原/合成生物学/細胞培養/創薬/大腸菌/培養細胞/ワクチン/遺伝子/遺伝子発現/抗がん剤/抗体/脂質/乳がん
他の関係分野：複合領域環境学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年6月9日
6
病状の指標となる液性因子に応じて薬効タンパク質の産生量を自動調整する次世代mRNA医薬を開発
東京科学大学（Science Tokyo）総合研究院 生体材料工学研究所の中西秀之助教（現 大阪大学 感染症総合教育研究拠点（CiDER）特任講師（常勤））と位髙啓史教授（現 大阪大学 感染症総合教育研究拠点（CiDER）教授、東京科学大学 総合研究院 核酸・ペプチド創薬治療研究センター（TIDEセンター）特命教授を兼任）は、ホルモンなどの液性因子を検知し、それに応じて投与されたmRNAからタンパク質への...
キーワード：オープンアクセス/最適化/バクテリオファージ/ナノ粒子/バイオマテリアル/リン酸/翻訳抑制/技術革新/アミノ酸配列/アルギニン/タバコ/細胞膜/翻訳制御/炎症反応/脳虚血/mRNA/ホルモン/新型コロナウイルス/ペプチド創薬/液性因子/歯学/DDS/Gタンパク質/RNA結合タンパク質/アミノ酸/ファージ/プロスタグランジン/プロスタグランジンE2/プロテアーゼ/遺伝子治療/虚血/抗炎症/合成生物学/再生医療/受容体/生理活性/生理活性物質/創薬/培養細胞/副作用/ウイルス/ワクチン/遺伝子/感染症/脂質/生体材料/疼痛
他の関係分野：情報学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年5月12日
7
酸化ストレス応答に着目したデータベース「Localizatome」を開発
8,000種超のタンパク質局在変化を網羅的解析、老化・がんなどの研究や創薬に貢献
東京科学大学（Science Tokyo）大学院医歯学総合研究科 システム発生再生医学分野の松島隆英助教および淺原弘嗣教授を中心に、大阪大学、理化学研究所、武蔵野大学、産業総合研究所の研究チームは、酸化ストレス[用語1]に応答して細胞内局在が変化するタンパク質を網羅的...
キーワード：スループット/学習アルゴリズム/アルゴリズム/機械学習/生細胞/ロボット/ハイスループット/機能性/細胞応答/アミノ酸配列/ストレス顆粒/オミクス/蛍光タンパク質/整形外科学/再生医学/歯学/発生学/アミノ酸/オートファジー/スーパーオキシド/ストレス応答/タンパク質分解/プロテオミクス/リウマチ/活性酸素/活性酸素種/構造変化/細胞周期/細胞内局在/細胞分化/細胞分裂/小胞体/小胞体ストレス/創薬/ストレス/バイオマーカー/遺伝子/遺伝子発現/酸化ストレス/分子生物学/網羅的解析/老化
他の関係分野：情報学化学工学総合生物農学
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発表日：2025年4月21日
8
オーファン酵素遺伝子を探索するための深層学習ベースの 計算手法「DeepES」を開発
オーファン酵素遺伝子の特定による代謝理解と酵素応用に期待
東京科学大学（Science Tokyo）生命理工学院 生命理工学系の山田拓司准教授と廣田佳亮大学院生とSalim Felix（サリム・フェリックス）博士らの研究チームは、細菌ゲノムからオーファン酵素[用語1]を効率的に探索するための深層学習ベースの計算手法として「DeepES」を開発しました。オーファン酵素とは酵素活性は確認されているものの、アミノ酸配列情報が知られていない酵素のことで、酵素データベース上に多数存在しています。オーファン酵素は、アミノ酸配列情報がないた...
キーワード：位置情報/言語モデル/自然言語/自然言語処理/情報学/深層学習/人工知能（AI）/検索システム/言語処理/がん研究/生命情報/生体触媒/候補遺伝子/機能予測/遺伝子クラスター/腸内フローラ/リンパ腫/酵素活性/生合成/生合成遺伝子/アミノ酸配列/ゲノム科学/メタゲノム解析/酵素反応/代謝物質/ゲノム解析/メタゲノム/大腸/短鎖脂肪酸/腸内環境/予測モデル/がん化/発がん/T細胞/アミノ酸/ラット/脂肪酸/代謝物/大腸がん/白血病/連続反応/ゲノム/メタボローム/メタボローム解析/遺伝子/細菌/細菌叢/真菌/早期発見/腸内細菌/腸内細菌叢/予防医学
他の関係分野：情報学複合領域生物学総合理工総合生物農学
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発表日：2025年4月4日
9
独自の深層学習モデルによる蛍光免疫センサーの高性能化
アミノ酸配列のみから機能の有無が予測可能に
東京科学大学 総合研究院 化学生命科学研究所の北口哲也准教授と朱博助教、生命理工学院の井上暁人大学院生（研究当時）らの研究チームは、同工学院の小林健准教授と米国カリフォルニア大学アーバイン校のChang C. Liu教授と共同で、蛍光免疫センサーを高性能化させる独自の深層学習モデル「NanoQ-model 1.0」を構築しました。標的分子を検出できる免疫センサーは、環境調査や食品分析、医療などで不可欠です。しかし、高感度なセンサーの開発には膨大な試行錯誤が必要で、数ヵ月を要していました。本研究では、深層学習を利用して構築した分類モデルにより、このプロセスをわずか数...
キーワード：スループット/AI/機械学習/言語モデル/情報学/深層学習/人工知能（AI）/検索システム/産学連携/相補性/二量体/蛍光センサー/電子移動/グルコース/ハイスループットスクリーニング/光応答/有害物質/シリコン/センサー/バイオセンサー/レーザー/光センサー/ハイスループット/機能予測/変異体/アレルゲン/酵素活性/性決定/アミノ酸配列/SARS-CoV-2/cGMP/FACS/蛍光タンパク質/健康診断/新型コロナウイルス/大腸/臨床検査/フローサイトメトリー/ATP/in vitro/RNA/アミノ酸/スクリーニング/トリプトファン/ヘリックス/マウス/リガンド/蛍光色素/蛍光標識/光誘起電子移動/抗原/抗体医薬/受容体/大腸菌/アレルギー/ウイルス/ゲノム/ワクチン/遺伝子/感染症/抗体
他の関係分野：情報学複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年3月25日
10
アクアポリン3の新規チャネル閉鎖構造を発見
クライオ電子顕微鏡でアクアポリン3の構造を解析し、他の水チャネルには見られない、水の通路が塞がれた構造を解明
東京科学大学（Science Tokyo）総合研究院 高等研究府 細胞構造生理学研究室の藤吉好則特別栄誉教授、香西大輔プロジェクト助教らは、横浜市立大学 大学院生命医科学研究科の池口満徳教授、井上雅郎特任助教らと共同で、細胞内外の水輸送に関与する膜タンパク質として知られる水チャネル[用...
キーワード：先端技術/産学連携/分子動力学シミュレーション/芳香環/生命情報/水輸送/原子分解能/構造モデル/3次元構造/シミュレーション/界面活性剤/電子顕微鏡/電子顕微鏡観察/動力学/分解能/分子シミュレーション/分子動力学/生体内/哺乳類/変異体/アミノ酸配列/クライオ電子顕微鏡/免疫系/アルギニン/筋炎/細胞膜/脂質二重膜/心筋/新型コロナウイルス/大腸/ペプチド医薬/RNA/アクアポリン/アミノ酸/がん細胞/ラット/医薬品開発/上皮細胞/腎臓/水チャネル/生体膜/阻害剤/創薬/大腸菌/動的構造/膜タンパク質/立体構造/立体構造解析/ウイルス/ストレス/遺伝子/酸化ストレス/脂質/生理学/唾液
他の関係分野：複合領域数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学
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発表日：2025年3月13日
11
タンパク質合成を停止させる新規ペプチド配列を発見
生命を形作るタンパク質は、DNAにコードされた遺伝子配列をもとに細胞内装置リボソーム[用語1]によって合成され、この過程は「翻訳」と呼ばれます。リボソームはどんなタンパク質でも合成可能、と思われがちですが、実際には合成しやすい配列と、合成が困難な「難翻訳配列[用語2]」が存在することが明らかになってきました。これまでにさまざまなアミノ酸配列が難翻訳であることが判明し、かつその一部は遺伝子発現制御に利用...
キーワード：検索システム/先端技術/環境変化/産学連携/水溶液/ポリペプチド/終止コドン/タンパク質合成/翻訳終結/tRNA/コドン/遺伝情報/トンネル/制御工学/大規模解析/電子顕微鏡/分解能/たんぱく/モデル生物/新生鎖/リボソーム/生体内/技術革新/生合成/アミノ酸配列/クライオ電子顕微鏡/シャペロン/細胞毒性/熱ショックタンパク質/ショック/筋萎縮/大腸/RNA/アミノ酸/アミロイド/ストレス応答/タンパク質発現/トリプトファン/プロリン/ラット/遺伝子発現制御/医薬品開発/創薬/大腸菌/発現制御/薬理学/ゲノム/ストレス/遺伝子/遺伝子発現/筋萎縮性側索硬化症 /生理学/認知症
他の関係分野：複合領域数物系科学化学生物学工学総合生物農学
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発表日：2025年3月4日
12
わずか2種類のアミノ酸で構成されたペプチドで 高活性人工酵素を構築
自己組織化を利用し、天然酵素と同等の活性を低コストで実現
東京科学大学（Science Tokyo）※ 物質理工学院 材料系の杉山茉莉絵修士課程学生、早水裕平准教授および、金沢大学ナノ生命科学研究所（WPI-NanoLSI）のAyhan Yurtsever（アイハン・ユルトセベル）特任助教、福間剛士教授らのチームは、自己組織化[用語1]ペプチド[用語2]を用いた人工酵素電極の簡便な形成技術を開発し、その界面分子構造と触媒反応の関係を分子...
キーワード：最適化/情報学/検索システム/産学連携/化学物質/環境計測/グラファイト/水溶液/分子構造/自己組織/モリブデン/金属錯体/触媒反応/人工酵素/ロイシン/2次元物質/カルコゲナイド/ナノ物質/酵素電極/遷移金属/2次元材料/カンチレバー/トランジスタ/ナノ界面/遷移金属ダイカルコゲナイド/単分子膜/電界効果トランジスタ/二硫化モリブデン/半導体デバイス/還元反応/秩序構造/ナノシート/ナノワイヤ/電界効果/AFM/グラフェン/センサー/センシング/ナノメートル/ナノ材料/バイオセンサー/金属イオン/原子間力顕微鏡/構造設計/周波数/電気化学/半導体/微細構造/分解能/ナノチューブ/表面構造/酵素活性/アミノ酸配列/空間分解能/酵素反応/組織化/筋萎縮/アミノ酸/ポルフィリン/電気化学測定/分子設計/ヘルスケア/感染症/筋萎縮性側索硬化症 /新型コロナウイルス感染症
他の関係分野：情報学複合領域環境学数物系科学化学生物学総合理工工学総合生物農学