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東京大学 研究シーズDiscovery Saga
研究キーワード:東京大学における「微生物生態」 に関係する研究一覧:3
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発表日:2025年12月3日
1
ヒトから海洋・土壌までウイルスの多様性を包括的に解析するデータベースVIREを構築
――ウイルス進化と生態系機能の理解を支援するための地球規模データ基盤――
東京大学大学院新領域創成科学研究科附属生命データサイエンスセンターの西嶋傑特任准教授と、欧州分子生物学研究所(EMBL)のPeer Bork博士らによる研究グループは、世界中の10万件を超えるメタゲノムデータを解析し、約170万のウイルスゲノムを収集・統合した「VIRE」データベースを開発しました。本研究では、最新のウイルス検出技術を用いて、ヒト、海洋、土壌など多様な環境に生息するウイルス(主に細菌に感染するバクテリオファージ)を網羅的に同定し、それらの分類、宿主、遺伝子機能を予測しました。先行研究と比較して、網羅性と解析規模の両面で世界最大であり、ヒトや環境に生息するウイルスの多様性を地球...
キーワード:データ駆動/海洋/環境変動/微生物群集/バクテリオファージ/進化学/生物群集/極限環境/古細菌/生態系/生態系機能/土壌/微生物生態/細菌群集/生態学/微生物/シークエンス/ゲノム情報/APC/CRISPR/メタゲノム/ファージ/ラット/ウイルス/ゲノム/遺伝子/細菌/分子生物学/網羅的解析
他の関係分野:情報学環境学生物学総合生物農学
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発表日:2025年10月2日
2
糸魚川―静岡構造線の深部から水素依存型の地下生命圏を発見
〜プレート境界の水素で探る水・岩石・微生物生態系の相互作用〜
国立研究開発法人海洋研究開発機構(理事長 大和 裕幸)海洋機能利用部門 生物地球化学センターの高野 淑識センター長と国立大学法人東京大学(総長 藤井 輝夫)大学院理学系研究科地球惑星科学専攻の西村 大樹研究生(当時:現在、理化学研究所)および同専攻の高橋 嘉夫教授、国立大学法人信州大学(学長 中村 宗一郎)理学部の浦井 暖史助教は、国立大学法人東京大学 大気海洋研究所の横山 祐典教授らと共同で、長野県諏訪盆地から地下水試料を取得し、地球化学及び微生物学的な分析から、地下微生物生態系の組成と分布、そして地下10 – 1,000 mまでに拡がる地下深部の物質循環を明らかにしました。...
キーワード:生物地球化学/海洋/バクテリア/プレート境界/炭素同位体/地球化学/同位体/放射性炭素/惑星/惑星科学/アーキア/メタン/化学分析/同位体分析/有機物/微生物学/ユーラシア/生態系/トレーサ/水循環/微生物生態/微生物/物質循環
他の関係分野:環境学数物系科学生物学工学農学
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発表日:2025年7月7日
3
微生物-代謝物関連性発見のための深層ベイズ統合解析法VBayesMMを開発
東京大学大学院理学系研究科のトウンダン特任研究員、アルテムルイセンコ准教授、角田達彦教授(兼 同大学新領域創成科学研究科教授)らは、変分ベイズマイクロバイオーム ・マルチオミクス (VBayesMM)という新しい手法を開発しました。本手法により、ヒトの体内や体表のマイクロバイオームのデータから、その箇所でのヒトの代謝物量を高精度に予測し...
キーワード:AI/ニューラルネットワーク/プロファイル/深層学習/人工知能(AI)/不確実性/空間解析/免疫機能/計算量/因果関係/系統樹/ニューラルネット/マイクロ/自動化/大規模解析/生体内/プロバイオティクス/土壌/微生物生態/生態学/微生物/メタゲノム解析/オミクス/オミクス解析/がん免疫/マルチオミクス/マルチオミクス解析/治療標的/ゲノム解析/メタゲノム/高脂肪食/大腸/分子機構/予測モデル/統計的手法/創薬/代謝物/大腸がん/低酸素/ゲノム/マイクロバイオーム/胃がん/遺伝子/個別化医療/細菌/細菌叢/神経疾患/睡眠/腸内細菌/腸内細菌叢/糖尿病
他の関係分野:情報学複合領域数物系科学生物学工学総合生物農学