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研究キーワード:東京大学における「微生物群集」 に関係する研究一覧:3件
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発表日:2025年12月3日
1
ヒトから海洋・土壌までウイルスの多様性を包括的に解析するデータベースVIREを構築
――ウイルス進化と生態系機能の理解を支援するための地球規模データ基盤――
東京大学大学院新領域創成科学研究科附属生命データサイエンスセンターの西嶋傑特任准教授と、欧州分子生物学研究所(EMBL)のPeer Bork博士らによる研究グループは、世界中の10万件を超えるメタゲノムデータを解析し、約170万のウイルスゲノムを収集・統合した「VIRE」データベースを開発しました。本研究では、最新のウイルス検出技術を用いて、ヒト、海洋、土壌など多様な環境に生息するウイルス(主に細菌に感染するバクテリオファージ)を網羅的に同定し、それらの分類、宿主、遺伝子機能を予測しました。先行研究と比較して、網羅性と解析規模の両面で世界最大であり、ヒトや環境に生息するウイルスの多様性を地球...
キーワード:データ駆動/海洋/環境変動/微生物群集/バクテリオファージ/進化学/生物群集/極限環境/古細菌/生態系/生態系機能/土壌/微生物生態/細菌群集/生態学/微生物/シークエンス/ゲノム情報/APC/CRISPR/メタゲノム/ファージ/ラット/ウイルス/ゲノム/遺伝子/細菌/分子生物学/網羅的解析
他の関係分野:情報学環境学生物学総合生物農学
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発表日:2025年12月1日
2
海洋環境DNAを用いた黒潮域における微生物群集の解明
―微生物の群集構造や分布パターンから探る生態系構造―
東京大学大気海洋研究所の菅井洋太特任研究員、吉澤晋准教授、香港科技大学海洋学科の潮雅之助理教授らを中心とする研究チームは、海水中の環境DNAのメタバーコーディング解析により黒潮域における原核生物と真核微生物(注4)を分類群横断的に調査し、両者の群集構造の変動要因や時空間的な分布パターンを報告しました。...
キーワード:多変量解析/回帰分析/視覚化/類似度/海洋/微生物群集/バクテリア/ブルーム/アーキア/クロロフィル/塩基配列/生物群集/生物地理/海洋環境/生態系/海洋微生物/群集構造/生物間相互作用/プランクトン/渦鞭毛藻/海洋生態/海洋生態系/環境DNA/漁業/植物プランクトン/食物網/動物プランクトン/微生物/環境要因/重回帰分析/PCR/遺伝子
他の関係分野:情報学環境学数物系科学生物学工学農学
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発表日:2025年3月11日
3
地球の軌道リズムが巨大噴火と気候変動のタイミングをつなぐ
―白亜紀最後の100万年間の気候変動を詳細に復元することに成功―
東京大学大気海洋研究所の黒田潤一郎准教授が、ドイツ、イタリア、米国の研究者らと共同で、大西洋と太平洋の海底掘削コアから得られた様々な古気候記録を「時刻合わせ」してつなげ、白亜紀-古第三紀境界直前、つまり恐竜が絶滅する直前の100万年間に起こった火山活動と気候変動の関係を、これまでにない時間解像度で詳細に解明しました。新たに得られた高時間解像度の地球化学的記録は、6700~6600万年前に、インドのデカン高原をつくった洪水玄武岩の形成時に2回の大規模な火山噴火があったことを示しました(図1)。さらに研究チームは地球化学モデルを駆使して、これら2回の大規模玄武岩噴火が、二酸化硫黄や二酸化炭素とい...
キーワード:環境変化/産学連携/気候変化/火山噴火/海洋/二酸化硫黄/微生物群集/パルス/オスミウム同位体/マントル/火山活動/海底堆積物/気候変動/玄武岩/古気候/古地磁気/洪水玄武岩/酸素同位体/酸素同位体比/周期性/堆積物/大量絶滅/地球システム/地球化学/地磁気/地磁気逆転/地質学/天体衝突/同位体/白亜紀/白金族元素/北西太平洋/北太平洋/小惑星/太陽/同位体比/年代測定/惑星/隕石/生物群集/西太平洋/太陽エネルギー/レニウム/地球環境/アルミニウム/シナリオ/トラップ/モデリング/磁気記録/二酸化炭素/生態系/微生物/イミン/オスミウム/ストレス
他の関係分野:複合領域環境学数物系科学生物学総合理工工学農学
東京大学 研究シーズ