ヒストンのアセチル化として特にヒストンH4のN末テールの5番目、8番目、12番目、16番目に存在するリシン（H4-4Kと略記）のアセチル化（H4-4Kacと略記）がユークロマチン形成に重要です。私たちは、以前の研究でヒストンH4-4Kacを含むヌクレオソームと通常のヌクレオソームの構造を比較したところ、ヌクレオソームのコアの構造は変化しないのに、H4のテールの動的構造が変化し、さらにはH3のN末テールの動的な構造も変化することを見出しました。H4のテールはアセチル化によりDNA結合型からDNA非結合型に変化しますが、その結果H3のN末テールのDNA結合型構造も変化し、更にその動的な構...

実験では、がんや加齢に関わる疾患への関与が知られるタンパク質ヒトSirtuin 2（SIRT2）をモデルとして用いました。このタンパク質が、生きた細胞内で阻害剤と結合していることを、1つの細胞レベルで捉えることが本研究の核心です。解析の最大の障壁は、1つの細胞に含まれる標的タンパク質の量が極めてわずかであることでした。そこで私たちは、標的であるSIRT2を細胞内に作り出す際、緑色に光る「蛍光タンパク質（EGFP）」を同時に、かつ独立して同じ細胞内で作り出す工夫を施しました 。これにより、細胞が発する蛍光の強さを確認することで、その細胞の中にどれだけの標的タ...

研究グループは、PPLの立体構造と糖鎖認識機構を原子レベルで明らかにするため、X線結晶構造解析およびクライオ電子顕微鏡単粒子解析を行いました。X線結晶構造解析では、GalNAc（N-acetylgalactosamine）と結合したPPLの複合体構造を2.0 Å分解能で決定しました。解析の結果、GalNAcの環構造は Trp35と強いスタッキング相互作用を形成し、さらにAsp20、Asn42、Ser24 など複数の残基との水素結合ネットワークにより高い特異性で認識されることが明らかになりました（図2）。一方、TF抗原や A型抗原のような長い糖鎖...

本研究では、官能基を導入した種々のFLP-UiO-67-MOFによるCO2の水素化反応の反応機構を明らかにしました。水素は最も軽い原子核をもつため、零点振動のような量子力学的性質（NQE）がしばしば顕著に現れます。我々の開発した多成分系密度汎関数理論（MC_DFT）＊６を用いることで、NQEがH2の解離およびCO2水素化反応の活性化障壁を低下させ、反応を促進することを明らかにしました。特に、反応の進みやすさがFLPの酸性度の指標であるヒドリド付加エネルギー＊７と強い相関を示すことを明らかにし...

横浜市立大学では、グローバルな視野を持って活躍する人材の育成を目的に、毎年各国の駐日大使など国際的に活躍する方々をお招きし、諸外国の動向や日本との関わりなどをグローバルな観点から語っていただく講演会を英語または大使の母国語で開催しています。　令和７（2025）年度は、10月15日（水）にオーレリウス・ジーカス駐日リトアニア共和国大使をお招きし、「リトアニアの真実：文化、自然、政策、未来への課題」をテーマにご講演いただきました。モデレーターは、本学国際教養学部の靑正澄教授及び学部４年生の石川妃菜さんが務め、約215名の参加者が集いました。...

トリボルミネッセンス（TL）は、擦る、叩くなどの機械的な刺激により発光する現象です。今から約400年前に哲学者のフランシス・ベーコンが、暗闇で氷砂糖（スクロース）を砕くと青く発光するミステリアスな現象について、自身の哲学書に文字のみで説明し、これを1888年にウィーデマンが “Triboluminescenz （英：Triboluminescence）”と名付けたのが由来です。しかし、電気を使って光らせる物質や、ブラックライトをあてて光らせる(Photoluminescence, PL)物質は発見から比較的すぐ実用化されているのに対し、TLは発見から約400年...

本研究では、パラゴムノキ5種のヘベア属近縁種を対象に、パンジーン解析＊5、プロテオミクス解析、リピドミクス解析の手法を組み合わせ、網羅的な解析を実施しました。まず、パンジーン解析では、パラゴムノキ（Hevea brasiliensis）の高品質なゲノムを再構築するとともに、H. guianensis、H. pauciflora、H. spruceana、H. confusa、H. collinaの5種との比較解析を行いました。その結果、ヘベア属の進化の過程においてA...

生命医科学研究科 博士後期期課程2年 保科隼佑さんが2025年6月22日（日）-6月25日 (水)に沖縄県石垣島で開催されたアジア・オセアニア質量分析会議において、「Quantitative Proteomics of Post-Translational Modification in Parkinson’s Disease Model Cells」について発表し、ポスター賞を受賞しました。おめでとうございます！ 「ベストプレゼンテーション賞」には約180人が応募し、12人がポスター賞を受賞しました。...

生命医科学研究科 博士前期課程2年三上芽生さんが、2025年６月22日(日)～25日(水)に沖縄県のANAインターコンチネンタル石垣リゾートで開催されたThe 10th Asia-Oceania Mass Spectrometry Conference (AOMSC 2025)において、「Search for Differentiation markers of human iPSCs by EV using data-independent acquisition LC/MS/MS」について発表し、Best Presentation Award (First Prize)を受賞しました。...

生命現象の解明へ！ 生体高分子の「ありのまま」を捉えるネイティブ質量分析法による研究が表彰生命医科学研究科の明石知子教授が、2025年６月22日（日）にANAインターナショナル石垣リゾートで行われた第10回アジア・オセアニア質量分析会議（2025年６月22日～25日）に付随して行われた2025年度日本質量分析学会総会で、日本質量分析学会学会賞を受賞しました。...

生命ナノシステム科学研究科の関本 奏子准教授が、一般財団法人バイオインダストリー協会が主催する表彰制度において、第９回「バイオインダストリー奨励賞」を受賞しました。この賞は、バイオサイエンスやバイオテクノロジー分野で応用を目指す若手研究者の業績を称えるもので、関本准教授が「JSTさきがけ」や「科研費 学術変革領域研究（A）」、「横浜市立大学学長裁量事業 第５・６期戦略的研究推進事業『研究開発プロジェクト』」において主に取り組んでいる、質量分析を用いた植物分子科学の研究成果が高く評価されました。...

横浜市立大学理学部理学科の服部伸吾助教が、UBE学術振興財団 第65回学術奨励賞を受賞しました。この賞は、有機化学、無機化学、高分子化学、機械・計測制御・システム、電気・電子、医学を含む幅広い自然科学分野の優れた独創的な研究を行っている若手研究者に贈られるものです。受賞者理学部 服部　伸吾助教（無機化学）研究課題...

生命医科学研究科 博士前期課程２年（創薬再生科学研究室）の三上 芽生さんが、2025年５月14日に東京都品川区の微生物化学研究所で開催された第164回 質量分析学会関東談話会において、「データ非依存的取得LC/MS/MSを用いたEVプロテオミクスによるヒトiPS細胞の分化マーカー探索」について発表し、優秀学生発表賞を受賞しました。受賞者生命医科学研究科 博士...

本研究グループは、クライオ電子顕微鏡＊３により、IncHプラスミド由来のH-Pilusの高分解能での構造解析に成功しました（図1, 2）。H-Pilusはこれまで報告されてきたPilusと同様のα-Helixとループから構成されていた一方で、構成単位のピリン（H-pilusの構成タンパク質：TrhA）はN末端とC末端が結合し環状化していることを明らかにしました（図1, 2b, c）。ピリンの環状化は質量分析を中心にこれまでも報告[2]されてきましたが、構造学的情報はありませんでした。本研究では、この環状化したピリンを世界ではじめ...

横浜市立大学大学院生命ナノシステム科学研究科 高木 牧人特任助教・島崎 智実准教授・立川 仁典教授は、京都大学大学院工学研究科分子工学専攻 Li Zhuowei氏（博士課程３年）・Paitandi Rajendra氏（日本学術振興会研究員）・筒井 祐介助教・松田 若菜氏（博士研究員）・信岡 正樹氏（博士課程３年）・Chen Bin氏（博士課程３年）・鈴木 克明助教・梶 弘典教授・Samrat Ghosh氏（日本学術振興会研究員）・田中 隆行准教授・須田 理行准教授・関 修平教授と、同研究科物質エネルギー化学専攻・Zhu Tong准教授・陰山 洋教授、名古屋大学大学院工学研究科有機・高...

本研究では、クライオ電子顕微鏡単粒子解析によりGLUT9の尿酸が結合しているときの構造と、結合していないとき（アポ型）の構造を明らかにしました（図2a）。また、放射標識した尿酸を用いた分子機能解析により、GLUT9を介した尿酸輸送を直接測定することで、GLUTファミリーの中でも特異的な基質選択性を持つGLUT9の尿酸認識機構を明らかにしました。 ...

横浜市立大学 大学院生命医科学研究科の池口満徳教授、井上雅郎特任助教らは、東京科学大学（Science Tokyo）総合研究院 高等研究府 細胞構造生理学研究室の藤吉好則特別栄誉教授、香西大輔プロジェクト助教らと共同で、細胞内外の水輸送に関与する膜タンパク質として知られる水チャネル（用語1）の一種であるアクアポリン3（用語2）の立体構造解析（用語3）を行いました。その結果、アクアポリン3は、これまで構造解析が行われた多くの水チャネルでは見られなかった、細胞外側から水の通路がほぼ塞がれたチャネル構造を持つことを発見しました。...

DNAはヒストンと呼ばれるタンパク質に巻き付いてヌクレオソームと呼ばれる構造になります。ヌクレオソームは束になってクロマチンと呼ばれる構造になります。クロマチンの中で特に凝縮度が高いものをヘテロクロマチンと呼びます。ヘテロクロマチンを形成するタンパク質にHP1が存在します。HP1はNテイル、クロモドメイン(CD) 、ヒンジ領域、クロモシャドードメイン(CSD)で構成されています（図２）。ヘテロクロマチンでは、ヌクレオソーム中のヒストンH3の９番目のリシン残基がメチル化され(H3K9me)、HP1のCDがH3K9meと結合します。ヌクレオソーム中にはヒストンH3が２個存在します。HP1の...

本研究では、予測AIの適用範囲を定義する信頼度を自動的に調整するフレームワークであるDyRAMO（Dynamic Reliability Adjustment for Multi-objective Optimization）を開発しました。DyRAMOによる信頼度の調整は、①信頼度の設定、②分子設計、③設定された信頼度の高さと分子設計の結果の評価、を通して行われます（図２）。Step 1：使用する予測AIそれぞれにおいて、信頼度を設定し、それに基づき適用範囲を定義します。ここで、本検証での信頼度は、予測する分子と教師データに含まれる分子との構造的な...

木々は、私たちに聞こえない言葉で会話しているって知っていますか？　その言葉は、「BVOC（植物由来の揮発性有機化合物）」と呼ばれる特別な香りのこと。そしてその香りには、地球の気候を大きく変える力があるのです。生命ナノシステム科学研究科の関本 奏子 准教授が計画班メンバーとして参画している学術変革領域研究（A）＊１「植物気候フィードバック」では、このBVOCという物質...

理学部理学科４年の今西 咲綺さんが、2024年11月18日～20日に工学院大学新宿キャンパスで開催された「第53回結晶成長国内会議(JCCG-53)」において、「デジタルX線トポグラフィによるベンジル結晶の精密評価」について発表し、学生ポスター賞を受賞しました。 今西 咲綺さん ...

今回の研究では、超好熱菌Aquifex aeolicusが持っている大腸菌由来RsePのホモログタンパク質（AaRseP）について、クライオ電子顕微鏡単粒子解析を用いた立体構造解析に取り組みました。AaRsePは分子量が5万以下のタンパク質で、クライオ電子顕微鏡で解析するにはサイズが小さかったことから、AaRsePの可溶性ドメインを認識する抗体を取得し、その抗体のFab＊４を結合させて構造解析を行いました。大腸菌で発現させて精製したAaRsePの野生型タンパク質や活性を低下させた変異体について、...