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京都大学 研究Discovery Saga
2026年10月30日

遺伝子発現の形から種間遺伝子対応を推測

―ビッグデータと数学で種差解明に挑む―

【産学連携対象 全学共通分野 Discovery Saga】
生物学農学医歯薬学
【Sagaキーワード】
生殖/哺乳類/始原生殖細胞/生殖細胞/カニクイザル/RNA/マウス/幹細胞/細胞分化/多能性幹細胞/遺伝子/遺伝子発現/動物実験


illustrated bykanon Tanaka
October 29, 2026

概要

京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点(WPI-ASHBi)の平岡裕章 副拠点長/主任研究者、德田有矢 同特定研究員、井元佑介 同特定准教授らの研究グループは、異なる動物種の遺伝子発現データから、似た役割を担う遺伝子の候補を探す解析手法「Species-OT」を開発しました。動物実験の知見をヒトの理解に生かすには、種を超えた遺伝子の働きの対応を調べる必要があります。しかし、DNA配列の類似性だけで、その対応が決まるとは限りません。本手法は、多数の遺伝子の発現パターンがつくる「形」を比較することで、種間の遺伝子対応候補を推定し、データ全体の違いを定量化します。さらに本手法をマウス・カニクイザル・ヒトの細胞分化過程と6種の哺乳類の多能性幹細胞データに適用し、既知の生物学的知見に整合する遺伝子対応を上位候補として捉えることに成功しました。Species-OTは、種間で共通する仕組みと異なる仕組みを、実験で調べるための手がかりを提供します。
本成果は、2026年10月29日日本時間午前0時に学術誌「Cell Reports Methods」にオンライン掲載されました。


Species-OTの概要と、マウス・カニクイザル・ヒトの始原生殖細胞誘導系から取得したバルクRNA-seqデータや、哺乳類6種の多能性幹細胞から取得したシングルセルRNA-seqデータにSpecies-OTを適用した結果のまとめ。原著グラフィカルアブストラクトより。

プレスリリース全文は、サイドバー(PDF)よりご覧ください。

書籍情報

Yuya Tokuta, Tomonori Nakamura, Kohei Fujiwara, Masanori Imamura, Masahiro Nagano, Mitinori Saitou, Yusuke Imoto, Yasuaki Hiraoka (2026). Geometric inference of cross-species transcriptome correspondence.Cell Reports Methods. DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101643