歯石DNAから読み解く、過去の日本人と口腔内微生物の関わり

江戸時代のお歯黒痕跡と歯周病関連古細菌の系統分布に着目

2026.06.09 研究成果Humanities & Social Sciences

発表のポイント

歯石DNAから過去の日本列島人の口腔内マイクロバイオームを復元し、江戸時代を中心とする古人骨の歯石を解析することで、過去の口腔内微生物の特徴を明らかにしました。
古人骨由来歯石と現代歯石で異なる口腔内微生物の特徴を確認しました。古人骨由来の歯石では現代歯石とは異なる微生物構成が見られ、地域差や時代による細菌系統の違いを確認しました。
お歯黒痕跡と歯周病関連古細菌の系統に着目しました。歯周病関連古細菌 M. oralis は、遺伝的にクレードAとクレードBの2つに大きく分かれ、お歯黒痕跡が報告されていた女性個体から検出された M. oralis はいずれもクレードBに分類されることがわかりました。

発表概要

　東邦大学、東京大学、農業・食品産業技術総合研究機構、国際医療福祉大学、聖マリアンナ医科大学、九州大学、国立科学博物館、日本大学松戸歯学部、土井ヶ浜遺跡・人類学ミュージアム、新潟医療福祉大学、鎌倉女子大学、沖縄県立埋蔵文化財センター、新潟大学、東京科学大学の研究グループは、江戸時代を中心とする日本列島の古人骨の歯石から微生物DNAを解析し、過去の口腔内マイクロバイオーム（注1）の特徴を明らかにしました。その結果、古人骨由来の歯石に含まれる口腔内微生物の構成は現代歯石とは異なり、地域差や、時代による一部の細菌系統の違いがあることを確認しました。さらに、歯周病関連古細菌 Methanobrevibacter oralis（以下、M. oralis）（注2）の系統解析では、過去の研究でお歯黒痕跡が報告されていた女性個体が同一クレードに含まれることが示されました。
　本成果は、歯石に残されたごく微量なDNAが、過去の人々の食生活、地域性、文化習慣、さらには日本列島における人と微生物の関わりを検討するための新たな手がかりとなることを示すものです。
　この研究成果は2026年6月8日に雑誌「Scientific Reports」に発表されました。
歯石DNAから読み解く、過去の口腔内マイクロバイオーム



新たに解析した歯石試料と先行研究データを用いて、古代および現代の口腔内微生物の構成を比較した図。

用語解説

（注1）口腔内マイクロバイオーム
口の中に存在する細菌、古細菌、真菌、ウイルスなどの微生物の集まり、またはそれらの遺伝情報全体を指します。食生活や衛生状態、生活環境、疾患などの影響を受けて変化します。
（注2）Methanobrevibacter oralis（M. oralis）
ヒトの口腔内に存在する古細菌の一種で、歯周病との関連が報告されています。本研究では、古代～近世の歯石試料から多く検出されました。

論文情報

雑誌名：「Scientific Reports」（2026年6月8日公開）
論文タイトル：Insights into demographic and cultural influences on the oral microbiome from historical Japanese dental calculus
著者：Yuki Kuriyama, Fuzuki Mizuno*, Takashi Yamada, Masahiko Kumagai, Masaki Tanaka, Izumi Naka, Kazuaki Hirata, Soichiro Mizushima, Shiori Yonemoto, Kyoko Funahashi, Noriko Seguchi, Kazuhiro Sakaue, Eisaku Kanazawa, Masami Matsushita, Takayuki Matsushita, Aiko Saso, Takashi Nara, Ryohei Sawaura, Chiaki Katagiri, Tomoki Maekawa, Kunihiko Kurosaki, Hisako Saitoh, Shuuji Namiki, Shintaroh Ueda*, Jun Ohashi*（* 責任著者）
DOI番号：10.1038/s41598-026-55286-2
論文URL：https://doi.org/10.1038/s41598-026-55286-2
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