KEKと東京大学宇宙線研究所がホスト機関として進めているハイパーカミオカンデ（HK）計画は素粒子ニュートリノの素性に迫る国際共同実験で「なぜこの宇宙は物質（粒子）で満たされていて、反物質（反粒子）がほとんど存在しないのか？」という謎を解き明かすことが目標の一つです。
その手がかりとなるのが、ニュートリノが飛行する間に変身する「ニュートリノ振動」と呼ばれる現象です。この現象をニュートリノ（粒子）と反ニュートリノ（反粒子）それぞれについて詳しく観測することで、振る舞いの違い、すなわちCP対称性の破れを明らかにして、この宇宙の成り立ちの謎を解明しようとしています。
ニュートリノ振動は、岐阜県飛騨市神岡町に建設中のハイパーカミオカンデ検出器で、茨城県東海村のJ-PARCから送られるニュートリノビームを観測することで詳しく調べられます。KEKはメインリング（MR）と呼ばれる加速器やニュートリノビームラインの増強、中間検出器（IWCD）の建設を中心に準備を進めています。